2011～2017年新农药活性成分及天然产物药效团衍生法在农药分子设计中的应用

统计了全球范围内首次登记日期位于2011～2017年的102种(不包含生物农药)农药活性成分,并以此为研究对象综述分析了SND(Synthetic natural derived)和NP(Natural product)类农药分子的天然产物来源、作用机制及在农药活性分子中的占比等,综合评估天然产物药效团衍生法在农药分子开发设计中的重要性,并在此基础上提供对未来发展方向。     

戊二酰亚胺类天然产物生物合成研究进展

微生物天然产物是天然药物的重要组成部分,而天然产物的良好生物活性很大程度上取决于发挥药效的结构基团。这些特殊药效基团的生物合成,通常是利用小分子羧酸、氨基酸等结构简单的初级代谢产物,经过复杂的生物化学过程,最终合成结构复杂活性多样的天然产物。戊二酰亚胺类天然产物是一类重要的细菌来源天然产物,它们具有良好的生物活性,是潜在的先导化合物,部分化合物已被开发成分子探针。本文综述了近年来微生物来源的戊二酰亚胺类天然产物及其生物合成研究,包括Iso-Migrastatin、Lactimidomyin、Cycloheximide、Streptimidone、Gladiostatin、Sesbanimide等,对戊二酰亚胺类天然产物的生物合成研究,将有效促进通过基因组挖掘策略寻找新型戊二酰亚胺类天然产物。     

埃博拉病毒基因组中微卫星序列的分布分析

微卫星或简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)在真核和原核生物以及病毒基因组中普遍存在,并被广泛用于遗传与进化研究。本研究从NCBI中下载埃博拉病毒属的四个不同种的埃博拉病毒全基因组序列,筛选36条作为实验材料,利用IMEx在线提取软件提取SSRs,用Python编程统计数据,从而分析SSRs在埃博拉病毒全基因组序列中的分布情况。分析得出,埃博拉病毒基因组序列中二型SSRs含量最为丰富,其次是一型SSRs,三型SSRs有少量,四型SSRs则更少,没有发现五型和六型SSRs。在更深入的分析中得出在埃博拉病毒属四个种中,含A/T碱基的SSRs含量远远大于含C/G碱基的SSRs。分析得出一型SSRs中(A)n/(T)n远多于(G)n/(C)n,二型SSRs中不存在(GC/CG)n,三型中也不存在(GGC/CGG/GCG/CCG/CGC/GCC) n。上述发现可能跟埃博拉病毒的致病机理有密切联系。通过对埃博拉病毒基因组序列中SSRs的分析,为研究埃博拉病毒的变异情况及致病机制提供更多参考。     

质谱分子网络在天然产物结构研究中的应用CSCD

质谱分子网络(molecular networking)常用于新颖天然产物发现及鉴定、药物代谢及药物研发等研究。目前,分子网络能够将具有相似二级质谱的化合物连接成簇,在天然产物分析中得到了广泛的应用。本综述将简单介绍分子网络的基本概念和构建分子网络的步骤,以及从化合物的鉴定及发现;鉴定天然产物的代谢产物;天然产物化学成分的定性及定量;天然产物活性成分筛选、分离与制备;天然产物的生物合成途径五个方面对分子网络的应用进行阐述。     

基于天然产物的蛋白酪氨酸磷酸酶1B 抑制剂的虚拟筛选

蛋白酪氨酸磷酸酶1B(protein tyrosine phosphatase 1B,PTP1B)是治疗Ⅱ型糖尿病的靶点之一,筛选PTP1B抑制剂具有十分重要的意义.本文采用分子对接虚拟筛选方法,构建共含有42 296个小分子的天然产物库,分别与PTP1B靶点蛋白进行分子对接,以原配体的结合能量为阈值,经过三轮筛选选取打分值高于阈值的小分子进行药代动力学参数和毒性参数预测,最终筛选出3个PTP1B抑制剂,对苯醌类化合物7、异香豆素类衍生物10和Clavepictine类似物11.结合方式研究表明,3个候选抑制剂类药性良好,均具有较好的PTP1B抑制活性,其中化合物10和11的PTP1B抑制活性未见报道.对化合物10进行体外抑制活性检测,其IC50为(74.58±1.23)μmol/L,可作为潜在Ⅱ型糖尿病治疗药物.     

基于天然产物的蛋白酪氨酸磷酸酶1B抑制剂的虚拟筛选（英文）

蛋白酪氨酸磷酸酶1B(protein tyrosine phosphatase 1B,PTP1B)是治疗Ⅱ型糖尿病的靶点之一,筛选PTP1B抑制剂具有十分重要的意义.本文采用分子对接虚拟筛选方法,构建共含有42 296个小分子的天然产物库,分别与PTP1B靶点蛋白进行分子对接,以原配体的结合能量为阈值,经过三轮筛选选取打分值高于阈值的小分子进行药代动力学参数和毒性参数预测,最终筛选出3个PTP1B抑制剂,对苯醌类化合物7、异香豆素类衍生物10和Clavepictine类似物11.结合方式研究表明,3个候选抑制剂类药性良好,均具有较好的PTP1B抑制活性,其中化合物10和11的PTP1B抑制活性未见报道.对化合物10进行体外抑制活性检测,其IC50为(74.58±1.23)μmol/L,可作为潜在Ⅱ型糖尿病治疗药物.     

人埃博拉病毒密码子偏爱性与聚类分析

埃博拉病毒(Ebola virus,EBOV)宿主广泛,其遗传进化关系复杂,影响埃博拉病毒密码子偏爱性的因素众多。为了明确人埃博拉病毒密码子使用的偏爱性,揭示影响其偏爱性的影响因素和不同宿主来源的埃博拉病毒间的遗传进化关系。本研究通过计算有效密码子数(Effective number of codons,ENC),同义密码子相对使用频率(Relative synonymous codon usage,RSCU)和其他指标,对人埃博拉病毒的密码子使用模式进行综合分析。结果显示,人埃博拉病毒各蛋白的ENC均值分布于55.66～55.77,RSCU1的密码子中77%以上都是以A/U结尾。中性绘图分析和PR2绘图分析等相关分析表明,自然选择是影响密码子使用模式的主要因素,突变压力的影响相对较小。聚类分析结果表明,猪和人来源的埃博拉病毒亲缘关系最近,提示猪来源的埃博拉病毒感染人的风险最大。新发现的bombali型埃博拉病毒与人的亲缘关系距离较远,在大多数蛋白中均单独聚类。本研究结果对深入了解人埃博拉病毒的遗传进化关系,进而研究埃博拉疫苗和制备抗体具有重大意义。     

应用酵母双杂交技术筛选与埃博拉病毒VP24、VP35、VP40蛋白相互作用的宿主蛋白

目的:用酵母双杂交实验筛选人肝cDNA文库,得到与埃博拉病毒VP24、VP35、VP40蛋白相互作用的蛋白质,用以研究VP24、VP35、VP40蛋白的生物学功能。方法:以埃博拉病毒VP24、VP35、VP40为诱饵蛋白,利用酵母双杂交技术对人肝cDNA文库进行初步筛选,并采用DNA测序技术及生物信息学技术进行分析。结果:筛选到13个可能与VP24、VP35、VP40相互作用的蛋白,包括视黄酸受体应答蛋白2(RARRES2)、PRKA激酶相互作用蛋白1(AKIP1)、白蛋白(ALB)、补体因子1(CF1)、人肿瘤易感基因(TSG101)等。结论:应用酵母双杂交技术初步筛选出与埃博拉病毒VP24、VP35、VP40相互作用的宿主蛋白,并完成了初步功能分析。     

基于GoPubMed对埃博拉病毒研究文献的数据分析

本研究对埃博拉病毒相关研究载文量的文献计量学分析,以期为埃博拉病毒研究提供文献的数据支持。埃博拉病毒(Ebolavirus,EBOV)是撒哈拉以南的非洲地区高致病性人畜共患传染病,本文基于文献计量学的分析方法,以“Ebolavirus”为主题词检索文献,检索截止至2018年3月2日被PubMed数据库收录的埃博拉病毒(Ebolavirus)相关研究文献,在PubMed中检索到4 391篇文献为研究对象。统计学分析其埃博拉病毒相关研究文献的高频主题词及发表文献的年份、国家、城市和期刊的分布情况,了解埃博拉病毒研究的现状及其发展趋势。结果表明2013-2015年,PubMed数据库收录的埃博拉病毒相关研究的载文量呈逐年上升趋势,2015年至本文统计日的载文量呈现逐年下降。本研究在PubMed数据库检索到的4 391篇埃博拉病毒研究文献中,载文量最多的国家为美国,中国排第六,载文量较多的地区和城市则集中在北美和欧洲等西方发达国家,载文量较多的城市中,中国的北京排第八位。埃博拉病毒相关研究载文量较多的期刊是Journal of Virology(J Virol)。利用GoPubMed检索到的埃博拉病毒相关研究文献,可以从文献数据的角度显示出埃博拉病毒研究的现状和发展趋势。     

埃博拉疫苗临床研究进展

2014年西非埃博拉疫情暴发后,多个埃博拉疫苗临床试验陆续开展。开展临床试验的埃博拉疫苗主要是病毒载体类疫苗,例如人腺病毒载体(Ad5和Ad26)、3型黑猩猩腺病毒载体(Ch Ad3)、水泡性口炎病毒载体(VSV)、痘病毒载体(MVA)。从免疫策略上来说,包括单次免疫与初免-加强两种免疫策略。基于Ad5、Ad26、Ch Ad3和MVA载体的埃博拉疫苗在Ⅰ、Ⅱ期临床试验中显示了良好的免疫原性,基于VSV载体的疫苗更是在Ⅲ期临床试验中显示了很好的保护性。     

同一载体单次注射的三价丝状病毒疫苗:在豚鼠远交群中概念验证的研究

正丝状病毒属包括马尔堡的马尔堡病毒(MARV)、扎伊尔埃博拉病毒(ZEBOV)以及苏丹埃博拉病毒(SEBOV),它们在人类和非人灵长类动物中(NHPs)中引起严重而且经常是致命的出血热。基于水泡性口炎病毒(rVSV)的单价重组载体疫苗它     

以副流感病毒为载体的三价埃博拉病毒疫苗诱导的抗体介导的保护机制

<正>埃博拉病毒扎伊尔(Ebolaviruses Zaire,EBOV)、本迪布焦(Bundibugyo,BDBV)和苏丹(Sudan,EBOV)毒株造成人类疾病,病死率高。使用单一包膜糖蛋白(Glycoprotein ,GP)的实验性单价疫苗都不能提供抵御异源埃博拉病毒的保护。以副流感病毒为载体的三价埃博拉病毒疫苗具有无针给药和诱导呼吸道黏膜应答等优点。采取多种途径来诱导针对三种埃博拉病毒的广泛保护。虽然以糖蛋白(GP)共有序列为基础的抗原     

腺病毒载体疫苗对埃博拉感染的非人灵长类提供暴露后保护

正埃博拉病毒(EBOV)在其感染的人群中引起高达90%的致死性疾病。疫苗中,只有疱疹性口炎病毒平台已经成功地在非人灵长类动物中提供了暴露后的保护。在这里,作者表明,人类腺病毒5型(Ad5)作为载体的佐剂疫苗(Ad5-扎伊尔埃博拉病毒糖蛋白)在埃博拉病毒攻击后30 min和24 h进     

芳香类天然产物的合成生物学研究进展

植物芳香类天然产物具有重要的药用价值,可制成具有抗菌、抗炎、镇痛、抗氧化、杀虫驱虫、祛痰止咳、安神镇静和抗肿瘤等药效的医药保健用品.然而,由于植物中芳香类天然产物含量较低并且难以提取和纯化,严重限制了其工业化生产及应用.合成生物学和代谢工程技术的发展为天然产物的生产提供了新的思路,可以利用人工微生物细胞工厂来实现多种芳...     

表达埃博拉病毒表面糖蛋白的rVSV载体疫苗的效力与效果

正以表达扎伊尔埃博拉病毒表面糖蛋白的重组、可复制水泡性口炎病毒为基础的疫苗(rV SV-ZEBOV)是有希望的埃博拉病毒候选疫苗。本文主要描述了在西非的几内亚地区所做临床试验临时分析的结果。此次标签开放、群随机的环状疫苗接种实验,Basse-Guinée(几内亚,西非)的埃博拉病毒疑似病例由国家检测系统的埃博拉应急小组独立进行确诊。     

埃博拉病毒莱斯顿亚型实时荧光定量PCR检测方法的建立

本研究的目的为建立一种灵敏、快速、定量检测埃博拉病毒莱斯顿亚型核酸的实时荧光定量PCR检测方法及试剂盒。首先选择埃博拉病毒莱斯顿亚型的保守基因NP基因作为检测靶目标,筛选出保守序列并设计合成一对特异性引物。然后将连有NP全长基因的重组质粒作为定量标准品,将10倍系列稀释的重组质粒进行荧光定量PCR扩增,绘制标准曲线,并进行重复性、灵敏度及特异性检测。结果显示建立的埃博拉病毒莱斯顿亚型荧光定量PCR检测方法,其灵敏度可达102拷贝/μL,不同梯度标准品间线性关系(R2)达0.997,斜率为-0.3101,扩增效率为110.145%,所有标准品均在79.94℃出现尖且窄的特异性熔解峰。利用该检测系统可以快速定量检测埃博拉病毒莱斯顿亚型核酸,灵敏度高、重复性好,可用于基础及临床实验室对埃博拉病毒莱斯顿亚型感染的快速诊断和临床效果的监测,具有实际的应用价值。     

Cell:研究首次发现抵抗埃博拉病毒的人广谱性抗体

正在一项新的研究中,通过分析2013~2016年埃博拉病毒爆发的一名存活者的血液,研究人员发现首个天然的人抗体能够中和所有三种主要的致病性埃博拉病毒,并且保护动物免受它们的感染。这些发现可能导致人们开发出首个广泛有效的埃博拉病毒药物和疫苗。相关研究结果发表在Cell期刊上,论文标题为"Antibodies from a Human Survivor Define Sites of Vulnerability for Broad Protection against Ebolaviruses"。     

信号分子在链霉菌天然产物发现和开发中的应用研究进展

链霉菌具有巨大的合成次级代谢产物的潜力,但在实验室常规培养条件下链霉菌中大部分生物合成基因簇是沉默的,或者表达量极低。链霉菌中信号分子可调节形态分化和代谢产物的生物合成。通过对编码这些信号分子合成酶或受体的基因进行操作,或在发酵液中添加信号分子,可以激活链霉菌中的沉默生物合成基因簇,发现新的天然产物,或者提升已发现的天然产物产量。本文以γ-丁内酯和γ-丁烯内酯两类信号分子为例总结了过去十余年中信号分子在链霉菌天然产物发现和产量提升中的应用,以期为微生物天然产物的开发提供借鉴。     

白僵菌天然产物及其药理活性和生物合成研究进展

白僵菌是重要的昆虫病原真菌,能产生多肽类、聚酮类、生物碱类、苯丙素类、萜类、核苷类等多种结构类型的天然产物,其中很多天然产物显示出优良的抗肿瘤、抗菌、抗病毒和杀虫等活性,具有极大的应用开发潜力。随着白僵菌基因组测序的完成,白僵菌素、白僵菌交酯、球孢交酯、卵孢素及纤细素等活性分子的生物合成基因簇及其生物合成机制已得到阐明,这些研究将大大促进白僵菌来源的新结构活性天然产物的基因组挖掘和发现以及已知重要活性分子的开发应用。本文对已知白僵菌产生的天然产物、药理活性及重要活性分子的生物合成途径进行了概括总结,为系统开发白僵菌天然产物资源提供参考。