Rab19在胃癌中的表达及其与预后的相关性

[目的]Rab19属于Ras-GTPase基因家族成员,探讨Rab19表达在胃癌诊断和预后中的价值。[方法]从肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中下载胃癌数据集表达谱及临床病理特征资料。评估Rab19 mRNA在GC中的表达水平。通过Kaplan-Meier和Cox分析,确定Rab19在胃癌中的预后价值。使用TCGA数据集进行基因集富集分析(GSEA)以预测胃癌中Rab19作用的分子机制。[结果]Rab19在胃癌中过表达(P 0.0001),且Rab19的表达与肿瘤分级和瘤体大小都有显著相关(P 0.05)。生存分析结果显示Rab19高表达与胃癌患者生存时间长相关(P 0.05)。Rab19表达可作为胃癌患者的独立预后因子(P 0.005)。此外,过氧化物酶体、状腺癌、泛酸和Co A生物合成、鞘脂代谢、细胞凋亡、硒氨基酸代谢、Notch信号传导途径和子宫内膜癌相关的基因集与Rab19的高表达表型存在差异。[结论]Rab19在胃癌细胞中明显上调,有望成为胃癌的诊断和预后中的有效生物标志物。     

肝细胞癌患者自噬相关基因的预后作用

构建由自噬相关基因组成的预后模型,预测肝细胞癌(HCC)患者的生存预后情况,为其个性化诊疗和临床研究提供依据.利用TCGA数据库中HCC的测序信息与人类自噬数据库联合,筛选差异表达的自噬相关基因,对其进行GO富集与KEGG通路分析;通过单因素与多因素Cox分析筛选与患者生存预后明显相关的风险基因,构建预后风险评分模型;...     

利用TCGA数据库构建肾透明细胞癌相关miRNA预后模型

利用TCGA数据库中肾透明细胞癌的miRNA与mRNA数据及临床信息,构建由miRNA组成的预后风险评分模型,并筛选与生存预后相关的miRNA-mRNA调控关系对,为研究提供理论依据。下载并整理TCGA[JP+1]数据库中肾透明细胞癌的miRNA与mRNA数据;对数据进行差异分析,将差异表达的miRNA与临床信息进行合并,利用单因素与多因素Cox回归分析,构建预后模型并进行模型评价;对模型中的miRNA进行靶基因预测,结果与差异表达的mRNA进行取交集,构建miRNA-mRNA调控网络;对网络中的mRNA进行生存分析,筛选生存相关的miRNA-mRNA调控关系对。共得到49个差异表达的miRNA与3 613个差异表达的mRNA;预后模型计算公式为:风险值(risk score)=hsa-miR-21-5p表达量×0.603＋hsa-miR-1251-5p表达量×-0.093;调控网络中共纳入31个miRNA-mRNA调控关系对;对mRNA进行生存分析,共得到7个有价值的关系对。所构建预后模型可有效预测肾透明细胞癌患者生存预后情况,筛选到的miRNA-mRNA调控关系对可为相关研究与治疗提供参考。     

人肝细胞癌预后不良相关基因的生物信息学分析及其临床意义

目的:筛选肝细胞癌(HCC)预后不良相关基因,并探讨其临床意义。方法:在基因表达综合数据库(GEO)中获取符合分析条件的肝细胞癌全基因组表达谱数据并分析得到差异表达基因(DEGs),再运用生物学信息注释及可视化数据库 (DAVID) 和蛋白相互作用数据库 (String) 分别进行功能富集分析和蛋白质互作用网络的构建。利用癌症基因组图谱数据库(TCGA)和Cox比例风险回归模型对相关差异基因进行预后分析。结果:找到一个符合条件的人类HCC数据库 (GSE84402),共筛选出1141个差异表达基因(DEGs),其中上调基因720个,下调基因421个。基因功能富集分析和蛋白质互作用分析结果显示CDK1、CDC6、CCNA2、CHEK1、CENPE 、PIK3R1、RACGAP1、BIRC5、KIF11和CYP2B6为HCC预后的关键基因。TCGA数据库和Cox回归模型分析显示CDC6、PIK3R1、RACGAP1和KIF11的表达升高,CENPE的表达降低与HCC预后不良密切相关。结论:CDC6、CENPE、PIK3R1、RACGAP1和KIF11可能和HCC的预后不良相关,可作为未来HCC预后研究的参考标志物。     

RHBDF1在ccRCC中的临床意义及其免疫浸润情况

[目的]探讨RNBDH1在肾透明细胞癌(ccRCC)中的临床意义及RHBDF1在ccRCC中免疫浸润的情况.[方法]从TCGA数据库下载ccRCC病人的mRNA表达及相关临床信息.然后提取出ccRCC病人的RHBDF1的单基因矩阵.评估了肿瘤与非肿瘤组织中的RHBDF1的差异表达.Kaplan-Meier生存分析RHB...     

联合TCGA和GEO数据库筛选乳腺癌易感基因

本研究是利用公共基因芯片数据库筛选乳腺癌的预后基因,预测和探索这些基因在乳腺癌进展中的可能机制和临床价值.首先,我们筛选了公共基因芯片数据库(gene expression omnibus,GEO)GSE22820和癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)乳腺癌数据库的重叠差异表达基因,联合R语言分析乳腺癌组织与癌旁正常组织差异表达的基因;其次,基于STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络图,分析并识别了中枢基因和前3个模块;之后进行了更多的功能分析,包括基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析以及基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA),以研究这些基因的作用以及潜在的潜在机制;最后进行了Kaplan-Meier分析和Cox比例风险分析,以阐明这些基因的诊断和预后效果.相关数据分析表明15个基因的表达水平与生存预后相关,高表达基因患者的总生存时间短于低表达患者(P＜0.05);Cox比例风险分析表明UBE2T、ER-CC6L和RAD51这3个基因是预后生存的独立因素(P＜0.05);GSEA分析表明在UBE2T、ERCC6L和RAD51基因中细胞周期、基础转录因子和卵母细胞减数分裂明显富集.最终,我们得出结论,这3种基因标志物的高表达是乳腺癌预后不良因素,可作为预测乳腺癌患者转移和预后的有效生物标志物.     

环氧化物水解酶2在肝细胞癌中的表达水平与功能作用

本研究通过公共数据和实验数据,全面分析环氧化物水解酶2(epoxide hydrolase 2, EPHX2)在肝细胞癌中的表达情况、功能作用以及预后意义。利用GEO和MitoCarta数据集,筛选肝细胞癌中呈差异表达的线粒体相关基因;利用TCGA数据库分析EPHX2及其相关基因在肝细胞癌中的表达水平;运行R包绘制Kaplan-Meier生存曲线和功能富集分析;基于STRING和GSEA构建蛋白质互作网络和基因集富集分析;荧光定量PCR和GEO数据集验证EPHX2在肝细胞癌中的表达水平。本研究共筛选得到15个在肝细胞癌中呈差异表达的线粒体相关基因。EPHX2在肝细胞癌组织中的表达水平显著降低(P<0.01)。EPHX2表达水平与肝癌患者性别、分期和级别有关,而与年龄、T分期等因素无关。与EPHX2低表达组肝癌患者相比,EPHX2高表达组肝癌患者预后较好。功能富集结果显示,EPHX2与补体途径、脂肪酸降解等信号通路有关。蛋白质互作网络结果显示,EPHX2与HAO1、AGXT、ACOX1、GSTκ1、SCP-2、CAT、CYP2C8,CYP2C9,CYP2B6,和CYP2J2等密切相关。GSEA结果显示,EPHX2低表达组与肝癌细胞增殖、肝癌复发等基因集正相关。荧光定量PCR和GEO数据集验证结果显示,EPHX2在肝细胞癌组织和肝癌细胞株中呈显著低表达。EPHX2在肝细胞癌中呈显著低表达,提示其可能在肝细胞癌发生发展过程中发挥抑癌基因作用,但具体作用机制还需进一步验证。     

肝癌预后miRNA风险评分模型的鉴定和分析

肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是世界上高发病率和高死亡率的恶性肿瘤之一.研究目的是寻找HCC相关的mi RNA预后生物学标志物,预测HCC患者的风险程度和生存时间,为他们提供有效的预后信息.使用4种方法从TCGA中识别差异表达的mi RNAs(DEMs).并用Kaplan-Meier生存曲线、单因素和多因素Cox回归分析从DEMs中筛选肝癌预后相关的mi RNA.最终4个HCC的预后mi RNA生物学标志物(hsa-mi R-132-3p、hsa-mi R-139-5p、hsa-mi R-3677-3p、hsa-mi R-500a-3p)被筛选出来组合成一个风险评分模型.目前还没有实验证据表明组合中的hsa-mir-3677-3p与HCC相关,是本研究新发现的mi RNA.生存曲线、ROC曲线、卡方检验等多种生物信息学方法的评价结果均表明,该模型计算出的风险分值能有效预测患者的风险程度(P<0.000,风险比=2.551,95%置信区间=1.751-3.717).低风险组HCC患者1-5年生存率比高风险组高20%-30%.通过与临床数据分析发现,组合的生物学标志物较其他临床指标相比具有更好的预后效果,也可以作为独立的预后因子.最后,预测了4种mi RNA的靶基因,包括AGO2、FOXO1、ROCK2、RAP1B、CYLD等,并在细胞增殖、迁移、凋亡、免疫应答等生物学过程中富集.     

一种新的泛素化-铁死亡相关基因特征用于肝细胞癌患者预后分析

本研究通过筛选泛素化-铁死亡相关基因构建肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)预后模型,并探究泛素化-铁死亡相关基因对HCC预后的影响。使用R包DESeq2对TCGA-LIHC数据集进行差异分析,获取HCC差异表达基因(HCC＿DEGs)。将HCC＿DEGs、泛素化相关基因(ubiquitination related genes, URGs)和铁死亡差异表达基因(ferroptosis＿differentially expressed genes, FERR＿EDGs)取交集获得泛素化和铁死亡相关基因(UBFE＿EDGs),将UBFE＿EDGs依次进行LASSO回归分析、单因素Cox回归分析和多因素Cox回归分析以筛选出最佳独立预后基因用于构建HCC预后模型(ubiquitination and ferroptosis-related prognostic model, UBFE)。由生存曲线、 ROC曲线和校正曲线评估UBFE的预测准确性。单因素Cox回归分析、多因素Cox回归分析评估UBFE风险评分是否为HCC的预后独立危险因素,并构建列线图模型。...     

天冬酰胺合成酶(ASNS)在喉癌中的表达意义及苦参碱干预机制

[目的]探索天冬酰胺合成酶(ASNS)在喉癌诊断和预后中的意义及苦参碱干预机制。[方法]从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载喉癌的基因表达谱和临床数据，分析ASNS在喉癌组织和邻近非肿瘤组织中的表达差异，通过Logistic回归分析评估ASNS与临床病理参数的关系，进一步通过Kaplan-Meier生存分析和单因素、多因素Cox回归分析判断ASNS与喉癌患者临床特征的相关性，并对苦参碱与ASNS进行分子对接，预测其结合模式和亲合力。[结果]喉癌组织中ASNS的表达高于邻近非肿瘤组织(P<0.05),ASNS高表达患者生存时间明显短于低表达患者(P<0.05),ASNS表达与性别、N分期和T分期显著相关，性别、ASNS可作为喉癌患者的独立预后因素，并通过调控能量代谢、细胞功能等通路发挥作用。分子对接显示苦参碱与ASNS存在多个结合位点，最低结合能为-8.6 kcal/mol。[结论]ASNS在喉癌中高表达，是喉癌重要的诊断和预后标志物，可作为喉癌患者预后的独立预测因子，苦参碱可能通过调控ASNS发挥治疗喉癌的作用。     

基于单细胞测序构建胶质母细胞瘤预后模型

[目的]基于单细胞测序筛选胶质母细胞瘤特征基因并构建预后模型。[方法]分析GEO数据库单细胞RNA测序数据集GSE84465,筛选出GBM细胞分化相关的差异基因。下载TCGA数据库GBM的基因表达谱和临床数据,采用Lasso回归、Cox回归分析筛选出特征基因构建预后模型,根据独立预后因素构建列线图,GSE83300作为外部验证集。基于风险评分中位数将患者分组,比较两组生存差异。[结果]通过scRNA-seq得到492个分化差异基因,经过回归分析得到基于6个基因(PLAUR、RARRES2、G0S2、MDK、SERPINE2、CD81)的预后模型。其1、3、5年ROC曲线下面积均大于0.7;KM分析显示高低风险组预后存在差异(P<0.001),GSE83300验证结果与TCGA一致。多因素Cox回归分析表明年龄和风险评分可以作为独立影响因素(P<0.01);C-Index(0.679)、校准图显示列线图预测模型有良好的拟合度。GSEA分析示高低风险组差异基因集参与细胞因子受体相互作用、抗原处理与提呈等通路。[结论]由PLAUR、RARRES2、G0S2、MDK、SERPINE...     

TMEM131L在非小细胞肺癌中的表达及其临床意义

目的探讨transmembrane 131-like(TMEM131L)在非小细胞肺癌中的表达及临床意义。方法通过免疫组织化学染色检测TMEM131L在104例非小细胞肺癌组织及36例癌旁正常组织的表达情况,Pearsonχ2检验分析TMEM131L与临床病理因素的关联。结果 TMEM131L在肺癌组织中的表达水平明显高于癌旁正常组织;TMEM131L在非小细胞肺癌中的表达与p-TNM分期、阳性淋巴结转移及不良预后呈显著正相关。结论 TMEM131L在非小细胞肺癌中可能作为一种促癌基因起着促进肿瘤转移等关键作用,并可能成为诊断和治疗的新靶点。     

基于大数据分析CAP2基因在肝细胞癌中的表达意义

[目的]研究CAP2基因在肝细胞癌中的表达及临床意义.[方法]对TCGA和Oncomine数据库中CAP2进行检索,并对所获取的数据二次分析.[结果]Oncomine数据库中共收集了33项(高表达14项、低表达19项)CAP2在肿瘤组织与正常对照组织中表达差异具有统计学意义的结果.肝细胞癌中CAP2高表达有5项,低表达...     

转录因子FOXM1在肝细胞肝癌中的表达及与临床预后的关系分析

叉头框M1(forkhead box M1,FOXM1)是一种与细胞增殖相关的转录因子,对各种恶性肿瘤的发生以及发展起促进作用。有相关研究表明FOXM1在肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中高表达,但其与患者临床病理特征的关系以及对患者预后的影响并未报道。我们采用免疫组织化学染色方法检测FOXM1在HCC组织(38例)及配对癌旁组织(10例)中的表达情况,结果显示FOXM1高表达于癌组织中而不表达于癌旁组织中,同时更明显表达于低分化癌组织中。采用Fisher确切概率法分析HCC组织中FOXM1表达与患者肝功能指标及临床病理参数的关系,结果表明FOXM1仅与癌组织的分化程度相关,而与HCC患者肝功能指标及其他病理特征不相关。同时,我们还采用Kaplan-Meier生存曲线及Cox多因素比例风险回归模型分析FOXM1与HCC患者预后的相关性,结果表明FOXM1对HCC患者预后并无影响。我们还发现抑制FOXM1表达能够下调肝癌细胞株分泌AFP水平。这些结果提示我们,FOXM1可以作为一种鉴定HCC组织分化程度的生物学标志物,并且抑制FOXM1表达能够下调HCC患者AFP的分泌水平,然而并不能作为评估患者预后的指标。     

miR-550a-3靶向NFIC表达调控肺癌细胞HCC827增殖、迁移和侵袭

[目的]探讨miR-550a-3靶向NFIC表达调控肺癌细胞HCC827增殖、迁移和侵袭作用。[方法]检测40例肺癌患者癌组织和癌旁组织中miR-550a-3和NFIC mRNA表达,并分析NFIC表达与肺癌患者病理特征的相关性。按Lipofectamine 2000方法分别将miR-NC、miR-550a-3 mimics和miR-550a-3inhibitor转染到HCC827细胞,48h后检测细胞增殖、迁移和侵袭情况,同时检测细胞中miR-550a-3和NFIC mRNA表达,并检测细胞中NFIC、E-cadherin和N-cadherin蛋白表达。[结果]肺癌组织中miR-550a-3表达水平(1.83±0.19)高于癌旁组织(1.00±0.15),NFIC mRNA表达水平(0.62±0.14)低于癌旁组织(1.00±0.10)(P<0.05);以miR-550a-3 mRNA均数为标准,将肺癌患者分为高表达组(22例)和低表达组(18例),miR-550a-3与病理类型和TNM分期相关(P<0.05),与年龄、性别、是否吸烟和肿瘤直径不相关(P>0.05)...     

DNA甲基化驱动的转录表达特征作为肝癌预后预测标志物的价值

肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,简称肝癌)是最常见的恶性肿瘤之一。DNA甲基化的异常是恶性肿瘤的特征之一,并被发现在肝癌等肿瘤的发生发展中发挥重要作用。为了能为肝癌患者提供新的临床预后预测标志物,本研究首先采用整合组学分析策略在全基因组范围内鉴定与肝癌患者预后相关的DNA甲基化驱动的差异表达基因;然后,采用LASSO (least absolute shrinkage and selection operator)分析建立了10个最优基因组合的预后预测模型。Cox比例风险回归分析显示,在校正临床特征参数后,此预测模型高风险评分与患者不良预后显著相关,表明该模型具有潜在的独立预后价值。受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线分析显示该风险评分模型在预测患者短期和长期预后方面优于其他已被报道的肝癌预后预测模型。基因集富集分析(gene set enrichment analysis, GSEA)表明,高风险评分与细胞周期和DNA损伤修复通路相关。以上结果表明,本研究构建了一个基于10个DNA甲基化驱动基因的预后风险评分模型,该模型可作为肝癌患者的潜在预后生物标志物,有助于肝癌患者的生存预后评估和治疗策略的指导。     

肾透明细胞癌低氧相关基因预后模型的建立与应用

[目的]低氧是肾透明细胞癌内肿瘤微环境的重要组成部分,在肿瘤的发生与发展中起着至关重要的作用.利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库建立低氧相关基因模型.[方法]提取低氧相关基因的表达进行单因素和多因素Cox回归分析建立模型.分析模型与临床分期以及免疫细胞浸润的相关性.[结果]构建5个低氧相关基因模型(ISG20、PLI...     

基于TCGA与Oncomine数据库挖掘MKL-1基因在KIRC中的临床意义

[目的]阐明MKL-1基因在肾透明细胞癌中的表达情况与临床意义。[方法]从TCGA与Oncomine数据库中收集与MKL-1的表达相关的数据,对收集到的数据进行荟萃分析,同时使用Kaplan–Meier方法分析MKL-1的表达量与生存的相关性。[结果]从Oncemine数据库中共收集到154项与MKL-1有关的研究,分析表明在MKL-1在9种癌症中表达上升,且在肾透明细胞癌中的表达显著性上升(P 0. 05)。进一步分析发现MKL-1与癌症患者的特征无显著性关系,但与预后成负相关性。最后通过蛋白质网络预测MKL-1相互作用的蛋白。[结论]基于不同数据库深度挖掘提示MKL-1基因在肾透明细胞癌中高表达,并与肾透明细胞癌的预后有显著相关性,有望被用作肾透明细胞癌的治疗的新靶点。     

T细胞分化蛋白2在肝细胞癌中的表达及其临床意义

目的:观察T细胞分化蛋白2(Mal2)在肝细胞癌(HCC)中的表达并探讨其临床意义。方法:采用免疫组织化学染色方法检测226例HCC患者的肿瘤组织和86例正常肝组织中Mal2蛋白的表达情况,并分析其与HCC临床病理指标的关系。通过生存分析比较不同Mal2表达水平患者的生存情况,并分析影响HCC患者生存情况的危险因素。结果:Mal2蛋白在HCC肿瘤组织中的表达水平显著高于正常肝组织(P0.05)。Mal2蛋白表达水平增高与HCC患者血管侵犯、淋巴结转移和较高的TNM分期相关。生存分析表明Mal2蛋白高表达组患者术后生存率显著低于低表达组患者(P0.05)。Mal2阳性表达、血管癌栓形成、淋巴结转移及较高的TNM分期是影响HCC患者术后生存时间的独立危险因素。结论:Mal2蛋白在HCC组织中呈过表达趋势,且与肿瘤转移密切相关,可能在HCC的诊断与预后判断中有一定的应用价值。