基于数据挖掘分析MTERF2基因在子宫内膜癌的表达及意义

目的:基于数据挖掘分析线粒体转录终止因子2(MTERF2)基因在子宫内膜癌及正常子宫内膜组织中的表达情况,并进一步探讨MTERF2对子宫内膜癌患者预后的影响。方法:利用Oncomine数据库分析MTERF2基因DNA拷贝数在子宫内膜癌组织中的变化;利用cBioportal分析MTERF2基因在子宫内膜癌组织中的突变情况;通过基因表达谱动态分析(GEPIA)探讨人体正常组织及其相应的肿瘤组织中MTERF2基因的表达差异;经MethHC分析子宫内膜癌和正常子宫内膜组织中MTERF2基因DNA启动子区甲基化水平的差异;利用OncoLnc对MTERF2基因的表达水平与子宫内膜癌患者生存率做Kaplan-Meier生存分析和Log-Rank检验;在String-DB数据库中探索MTERF2基因在线粒体DNA表达调控过程中关系密切的相关基因。结果:与正常子宫内膜组织相比,子宫内膜癌组织中MTERF2基因DNA拷贝数无明显变化(P0.05),在mRNA水平呈显著低表达(P0.05),DNA启动子区甲基化水平显著降低(P0.005);MTERF2基因的表达水平与子宫内膜癌患者的总体生存时间无显著相关性(Log-Rank P0.05);TFB1M、TFB2M、POLMT、MTERFD1、MTERFD2、PTCD1、SSBP1、COA3、HDGFRP3等基因与MTERF2基因关系密切,可能存在相互作用。结论:大样本数据挖掘能迅速获取子宫内膜癌组织中MTERF2基因表达的相关信息,为深入探究MTERF2基因在子宫内膜癌发生发展中的作用机制及其预后价值奠定基础。     

基于数据挖掘分析ATP1A1基因在肾透明细胞癌中的表达及意义

目的:通过数据挖掘分析ATP1A1在肾透明细胞癌中的表达及意义。方法:通过Oncomine数据库检索关于ATP1A1的mRNA信息,采用The Human Protein Atlas分析ATP1A1蛋白在正常肾组织和肾透明细胞癌中表达情况,GEPIA网站中TCGA数据对ATP1A1低表达的肾透明细胞癌患者进行生存分析,Meth HC数据库分析ATP1A1甲基化水平和蛋白相互作用,利用String-DB数据分析ATP1A1与上下游蛋白的相互作用。结果:肾透明细胞癌(Clear cell Renal Cell Carcinoma,cc RCC)组织中ATP1A1的mRNA表达水平较正常对照组明显降低。免疫组化结果证实ATP1A1蛋白质表达变化与mRNA相似。TCGA数据中得出ATP1A1低表达患者的总体生存期明显短于高表达组患者。此外,ATP1A1基因启动子区在肾透明细胞癌中的甲基化水平明显高于正常肾组织中。同时,ATP1A1与ATP1B1、FXYD2、ATP1B2等蛋白可能存在相互作用。结论:大数据分析结果表明ATP1A1在肾透明细胞癌中低表达,并与其发生发展相关,可能作为其潜在的治疗靶点。     

基于数据挖掘分析ONECUT2基因在胃癌的表达及与幽门螺杆菌感染的相关性

目的分析ONECUT2基因在胃癌中的表达及其与幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)感染的相关性。方法 (1)利用Oncomine数据库、TCGA数据库分析ONECUT2基因在胃癌中的表达,R软件包进行基因的共聚类微阵列数据分析。(2)利用Kaplan-Meier Plotter数据库和GEPIA数据库分析ONECUT2差异表达与胃癌患者预后的关系。(3)利用生物信息学功能注释数据平台DAVID对胃癌中与ONECUT2基因表达正相关的前200个基因进行功能富集分析。(4)利用GEO数据库中的数据分析H.pylori感染与ONECUT2表达的相关性。结果 (1)Oncomine数据库中的数据在胃癌、膀胱癌等8种肿瘤中共有14项研究显示ONECUT2基因在肿瘤组织中的高表达;其中胃癌相关的有两项(t=6.064,P0.000 1;t=4.335,P0.000 1);TCGA数据库的数据也证实胃癌中ONECUT2高表达(t=6.680,P0.001)。(2)胃癌中ONECUT2与EHF、FUT6、TNFRSF11A、RSAEF、EPCAM等20个基因有较高的共表达。(3)GO分析发现胃癌中ONECUT2富集在分子结构活性等相关的基因功能上;而KEGG富集分析发现ONECUT2富集于紧密连接功能等6个通路。(4)Kaplan-Meier Plotter数据库中207676-at芯片结果显示ONECUT2高表达组患者远期生存率下降(P0.001);GEPIA数据库中的分析结果同样显示ONECUT2高表达组患者其总体生存率(P0.05)和无病生存率(P0.01)下降。GEO数据库中GSE74577(P=0.005)、GSE70394(P=0.034)和GSE25146(P=0.036)三个数据集均显示H.pylori感染AGS和GES-1细胞系后ONECUT2表达上调。结论 ONECUT2在胃癌中高表达,且与胃癌一类致癌原H.pylori感染相关。ONECUT2高表达组患者远期生存率下降,表明其与胃癌发生发展密切相关,可能成为胃癌治疗的新靶点。     

RNA聚合酶Ⅱ催化亚基POLR2A自身表达调控及其在肿瘤中作用研究进展

RNA聚合酶Ⅱ转录真核生物基因组中所有的蛋白质编码基因和许多非编码RNA.POLR2A是RNA聚合酶Ⅱ的关键催化亚基,在基因表达中具有不可替代的作用.POLR2A自身的表达调控对细胞中基因转录至关重要,且近年来研究表明,POLR2A与肿瘤等多种疾病密切相关.本文从转录、pre-mRNA剪接、mRNA稳定性,以及蛋白质降...     

S100A4基因在结肠癌中的表达及意义

目的：通过检测S100A4基因在结肠癌细胞系及结肠癌组织中的表达,探讨其与结肠癌的关系。方法：运用RT-PCR法检测不同结肠癌细胞系中S100A4基因的表达情况;通过原位杂交和免疫组化方法检测61例结肠癌标本中S100A4基因的表达。结果：结肠癌细胞系Lovo及HT29均有S100A4基因表达。S100A4蛋白和RNA在结肠癌中表达率分别为36．1％和34.4％,而在正常结肠组织中不表达（p〈0．05）。临床分期晚比临床分期早的患者S100A4表达明显增高（p〈0.05）;有淋巴结转移的患者比无淋巴结转移的患者S100A4表达明显增高（p〈0．05）。此外,S100A4表达还与肿瘤大小,病理学分级,肉眼分型等相关。结论：结肠癌中S100A4基因表达增高,而且与肿瘤的侵袭及转移密切相关,是判断结肠癌生物学行为及预后的有价值的指标。     

乳铁蛋白在人脑胶质瘤中的表达及意义

目的：通过对乳铁蛋白生物学特性的研究,分析其在人脑胶质瘤中的表达及意义。方法：通过免疫组化方法测定10例非肿瘤脑组织和46例胶质瘤（其中低级别胶质瘤27例（I级和II级）和高级别胶质瘤19例（III级和Ⅳ级）中乳铁蛋白的表达情况并分析二者的相关性。用RT—PCR技术及Westem—blot方法测定非肿瘤脑组织、低级别组胶质瘤和高级别胶质瘤组乳铁蛋白的表达量并分析二者的相关性。结果：乳铁蛋白在非肿瘤脑组织及不同级别胶质瘤中的表达情况不同,其在低级别胶质瘤中有表达,略低于非肿瘤脑组织;而在高级别胶质瘤中表达显著减少或者表达不明显,明显低于低级别胶质瘤和非肿瘤脑组织（免疫组化、RT．PCR及Western．Blot的P值分别为P=0．001、P=0．003、P=0．004）。结论：乳铁蛋白在非肿瘤脑组织和不同级别胶质瘤中的表达有差异,提示乳铁蛋白参与了人脑胶质瘤发生与发展的过程。高级别胶质瘤的高度恶性和高侵袭性可能与乳铁蛋白表达的下调从而丧失对肿瘤细胞的抑制作用相关。     

基因在脑内的表达

冈山大学药学部助教授津田正明等在小鼠脑内导入重组质粒DNA,瞬时表达获得成功.于9月12日在大阪召开的日本生化学会上报告了这一结果.目前的研究是在小鼠脚垫的肌肉注入质粒DNA进行表达.在活体动物脑内表达外源基因这大概在世界尚属首次.津田等与冈山大学医学部和庆应大学等共同进行此项研究.打算以此阐明脑机能问题.     

基于Oncomine数据库探究COL1A1基因在胰腺癌中的表达及意义

[目的]探究COL1A1基因在胰腺癌中的表达及临床意义。[方法]收集Oncomine和NCBI/GEO Profiles数据库中关于COL1A1的信息,对目前数据库中资料再次进行分析,并对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析,使用Kaplan-Meier Plotter在线数据库分析该基因是否与胰腺癌患者的预后相关。[结果]Oncomine数据库中共收集了400项不同类型的研究。其中COL1A1高表达有86项研究,低表达有6项研究。共有8项研究涉及COL1A1在胰腺癌组织与正常组织中的表达,包括209例样本,与正常组织相比,COL1A1在胰腺癌组织中高表达(P<0.05)。NCBI/GEO Profiles数据库分析发现TGF-β处理48 h后COL1A1表达升高。Kaplan-Meier Plotter数据库分析表明COL1A1高、低表达组胰腺癌患者的总体生存率(OS)无统计学差异(HR=1.4,95%CI:0.92~2.12,P=0.11),但高表达组胰腺癌患者的无复发生存(RFS)明显差于低表达组(HR=5.05,95%CI:1.48~17.24,P=0.0044)。[结论]COL1A1基因在胰腺癌组织中的表达明显高于正常组织,低表达患者的RFS延长。可见靶向COL1A1的药物有望改善胰腺癌患者的预后。     

E2F-1基因在肺癌中的表达及意义

目的：探讨E2F-1基因在肺癌中的表达及意义。方法：采用免疫组化S-P法,检测60例肺癌及20例正常肺组织中E2F-1基因蛋白的表达情况。结果：E2F-1在肺癌组织中的阳性率为91.7%,显著高于正常肺组织的10%,两组间差异有显著性（P〈0.05）;E2F-1与肺癌患者的性别、年龄、组织学类型、分化程度及淋巴结转移等无相关性（P〉0.05）。结论：E2F-1的异常高表达在肺癌的发生发展中起重要作用,可作为肺癌基因诊断和治疗的靶点。     

E2F-1基因在肺癌中的表达及意义

目的:探讨E2F-1基因在肺癌中的表达及意义。方法:采用免疫组化S-P法,检测60例肺癌及20例正常肺组织中E2F-1基因蛋白的表达情况。结果:E2F-1在肺癌组织中的阳性率为91.7%,显著高于正常肺组织的10%,两组间差异有显著性(P<0.05);E2F-1与肺癌患者的性别、年龄、组织学类型、分化程度及淋巴结转移等无相关性(P>0.05)。结论:E2F-1的异常高表达在肺癌的发生发展中起重要作用,可作为肺癌基因诊断和治疗的靶点。     

基于Oncomine和TCGA数据挖掘分析MTERF2在胰腺癌中的表达及临床意义

目的:探究人线粒体转录终止因子2(MTERF2)在胰腺癌中的表达及临床意义。方法:检索Oncomine数据库中的MTERF2信息,对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析;从美国癌症基因组图谱(TCGA)中下载胰腺癌数据集MTERF2 RNA Seq V2数据及临床病理资料;利用R 2.15.3软件分析MTERF2表达量与临床病理参数的相关性及预后;利用Kaplan-Meier生存函数分析MTERF2表达量和胰腺癌患者预后的关联。结果:Oncomine数据库中共收集了586个不同类型的研究结果,其中关于MTERF2表达有统计学差异的研究有58个,MTERF2表达增高的研究有26个,表达减低的研究有32个。共有9项研究涉及MTERF2在胰腺癌组织和正常组织中的表达,包括226例临床样本,与对照组相比,MTERF2在胰腺癌中低表达(P=7.34×10-6)。TCGA胰腺癌数据集中共收集179例具有临床病理参数的病例及其对应的MTERF2 mRNA表达量。剔除病理参数不详或不完整的病例,利用R 2.15.3软件分析发现,MTERF2 mRNA表达量与胰腺癌患者T分期、M分期、癌症类型及原发部位存在显著相关(均P<0.05),而与患者的年龄、性别、N分期、AJCC病理分期、等级、组织学类型及饮酒史无显著相关(均P>0.05)。Kaplan-Meier生存分析发现,胰腺癌患者MTERF2的表达水平与总生存率(OS)无显著相关性(P>0.05),而与无病生存率(DFS)显著相关(P<0.001)。结论:Oncomine和TCGA数据挖掘显示,人MTERF2在胰腺癌组织中低表达,且MTERF2表达量与胰腺癌患者总生存率无显著相关性,与无病生存率有显著相关性。     

脑红蛋白在胶质瘤中表达的研究进展

脑红蛋白(neuroglobin,NGB)是2000年Burmester发现的神经系统特异的携氧蛋白,广泛分布于人和动物组织器官中,主要在脊椎动物脑组织高度表达。目前研究认为,NGB在脑缺血缺氧状态下对神经元保护起着重要作用,缺氧能够诱导NGB的表达,而高表达的NGB则能够保护神经元免受缺氧损伤,从而在神经系统缺氧、缺血损伤中具有重要的神经保护功能,可为脑中风、新生儿窒息等缺血缺氧性神经系统病变及帕金森病、阿尔茨海默病等神经系统退行性疾病的治疗带来新的希望。NGB在肿瘤细胞缺氧微环境中的作用也开始受到关注,其在肿瘤细胞中的表达研究开始成为这一领域内的研究热点。本文就NGB的生物学结构、功能和它在神经胶质细胞瘤中分布及其在临床医学中的应用等研究进展作一综述。     

基于大数据分析CAP2基因在肝细胞癌中的表达意义

[目的]研究CAP2基因在肝细胞癌中的表达及临床意义.[方法]对TCGA和Oncomine数据库中CAP2进行检索,并对所获取的数据二次分析.[结果]Oncomine数据库中共收集了33项(高表达14项、低表达19项)CAP2在肿瘤组织与正常对照组织中表达差异具有统计学意义的结果.肝细胞癌中CAP2高表达有5项,低表达...     

猪磷脂酶A2基因在黑曲霉中的表达

目的:在黑曲霉中表达猪磷脂酶A2基因(PLA2、PLA2M)。方法:分别构建含有自身信号肽或糖化酶信号肽的猪磷脂酶A2基因PLA2重组表达载体pSZHG-PLA2、pSZHGS-PLA2M,并通过农杆菌介导法转化黑曲霉。结果:经筛选各得到1株同源重组转化子。对筛选出的同源重组菌株进行发酵培养,并进行胞内以及胞外酶活检测,结果显示由自身信号肽引导分泌的同源重组菌株的胞内和胞外酶活分别为21.68U/mL和2.12 U/mL,由糖化酶信号肽引导分泌的同源重组菌株的胞内以及胞外酶活分别为15.07U/mL和3.10U/mL。结论:表明在黑曲霉表达系统中自身信号肽和糖化酶信号肽都不能引导重组猪磷脂酶A2的有效分泌。     

基于Oncomine数据库分析COL5A2基因在胰腺癌中的表达及其临床意义

目的:探讨COL5A2基因在胰腺癌中的表达及临床意义。方法:收集Oncomine和NCBI/GEO Profiles数据库中关于COL5A2的信息,对目前数据库中的资料进行二次分析,并对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析,利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析COL5A2与胰腺癌患者预后的关系。结果:Oncomine数据库中共收集了417项不同类型的研究,其中COL5A2高表达有75项研究,低表达有3项研究。共有7项研究涉及COL5A2在胰腺癌组织与正常组织中的表达,包括178例样本,与正常组织相比,COL5A2在胰腺癌组织中高表达(P0.05)。NCBI/GEO Profiles数据库分析同样发现COL5A2在胰腺癌组织中高表达(P0.05),与达沙替尼(dasatinib)敏感细胞株相比,达沙替尼耐药细胞株中COL5A2表达升高,进一步分析发现TGF-β处理48 h后COL5A2表达升高。Kaplan-Meier Plotter数据库分析表明COL5A2高、低表达组胰腺癌患者的总体生存率(OS)无统计学差异(HR=1.45,95%CI:0.96～2.18,P=0.077),但高表达组胰腺癌患者的无复发生存率(RFS)明显差于低表达组(HR=4.13,95%CI:1.46～11.72,P=0.0045)。结论:基于Oncomine和NCBI/GEO Profiles数据库分析发现COL5A2在胰腺癌组织高表达,且与胰腺癌患者的无复发生存及达沙替尼耐药性密切相关,有望成为胰腺癌诊断和治疗的重要靶标。     

基于基因突变频率识别低级别脑胶质瘤驱动基因

癌症通常由基因变异的累积所驱动,有效地识别癌症的驱动突变是一个巨大的挑战。目前已有方法更多是通过将基因组区域中观察到的突变率与背景突变率(BMR)预期的突变率进行比较或功能影响测试来识别驱动基因,该驱动基因本质上是存在统计异常的基因。而且并未对已有明确分类的癌症的子类之间驱动基因进行研究。本文引入关联规则算法,探寻发生该基因突变诱使病人患该子类低级别脑胶质瘤的有效规则,将突变数据与患癌结果通过算法建立关系,再通过支持度、置信度和提升度这三个指标对产生的规则进行筛选和评估,来预测候选驱动基因以及类间驱动基因差异。最后利用491例低级别脑胶质瘤体细胞突变数据,得到22个与结果存在关联的驱动基因及其所属的子类,敏感性和假阳性结果优于目前已有的单一算法,且22个基因均具有重要的生物学功能。同时建立了基于22个基因的低级别脑胶质瘤子类识别方法,模型总体准确率达98.99%,方法可有效区分三子类。     

基于ONCOMINE数据库荟萃分析BRCA1基因在肺癌中的表达及意义

为探讨BRCA1基因在肺癌中的表达及对肺癌患者预后生存意义,本研究利用(BioGPS, Oncomine,Kaplan-Meier Plotter)基因数据库和癌症细胞系百科全书(CCLE),分析BRCA1基因在正常人体组织中的表达以及差异表达情况,并对符合条件的研究进行Meta分析,同时分析BRCA1基因在肺癌组织细胞系中的表达和对肺癌患者预后生存意义。研究发现,BioGPS数据库显示BRCA1在正常肺癌组织中低表达(3.65±0.035);同时Oncomine数据库检索BRCA1基因有453项不同种类结果,35项结果表达有统计学差异意义,其中28项显示表达增高,7项显示表达降低,共有研究样本量229例;并对符合条件的5项研究进行Meta分析,发现BRCA1基因差异表达中位数值排名为34.0,p=2.51×10~(-5);与CCLE检索BRCA1基因在肺癌组织细胞系中高表达的结果一致;Kaplan-Meier Plotter数据库检索结果表明BRCA1表达水平与患者的总生存预后周期相关(p=9.5×10~(-6));并且BRCA1高表达组相对于低表达组的肺癌患者总体生存周期明显降低(p0.05)。因此,通过深入挖掘Oncomine等数据库中BRCA1基因芯片信息,证实BRCA1基因在肺癌组织中呈现高表达状态,且与肺癌患者预后生存周期相关,为临床肺癌的治疗及基因靶向药物的研制提供重要依据。     

小峰熊蜂蜂毒磷脂酶A2基因的克隆及表达分析

磷脂酶A2 （phospholipase A2, PLA2）是蜂毒主要成分, 也是蜂毒的主要过敏原, 在熊蜂个体和群体防御方面具有重要功能。为了探究熊蜂A2基因的生物学功能, 本研究以小峰熊蜂Bombus hypocrita为材料进行了蜂毒PLA2基因的克隆、 鉴定与表达特性分析。结果表明： 该基因全长为2 272 bp, GenBank登录号为KF214771, 由4个外显子和3个内含子组成, 编码区（CDS）长为543 bp, 共编码180个氨基酸残基。氨基酸序列相似性分析显示, 成熟的小峰熊蜂PLA2（含有136个氨基酸）与其他蜂类PLA2的氨基酸序列相似性较高, 均包含10个保守的半胱氨酸残基、 1个保守的Ca2+结合位点和1个酶活性中心。基于PLA2氨基酸序列的系统进化树分析表明, 熊蜂属Bombus与蜜蜂属Apis在不同分支上, 属单系群, 且蜜蜂属分化较早。荧光定量PCR结果表明, PLA2基因在小峰熊蜂各日龄均有表达, 且随日龄增长, 表达量呈先上升后下降的趋势, 10日龄时出现峰值, 其表达量显著高于其他日龄（P<0.05）。半定量PCR结果表明, PLA2基因在毒腺、 卵巢、 中肠中表达量较高, 在足、 触角、 食道腺中表达量较低, 在脂肪体、 肌肉、 神经、 气管、 复眼、 脑中未表达。本研究探明了小峰熊蜂PLA2的基因结构及其表达特性, 丰富了熊蜂PLA2的生物学基础, 为进一步深入研究熊蜂PLA2生物学功能和作用机制以及开发蜂毒生物制剂等鉴定了基础。     

金鱼PP2A调节亚基PR55基因的克隆及表达分析

蛋白磷酸酶2A是一种重要的丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶,对于调控多细胞的生命活动起重要作用。以金鱼大脑为材料,运用RT-PCR技术克隆得到PP2A调节亚基B55家族中PR55基因编码区部分序列。结果显示PR55基因cDNA长1218 bp,编码的多肽共含405个氨基酸。序列分析表明,该基因编码的蛋白与已知其他物种对应的PR55蛋白质均有着很高的同源性。用RT-PCR的方法检测了PR55基因在金鱼不同组织和胚胎发育不同时期的mRNA表达水平。结果表明,PR55基因表达呈现明显的组织和胚胎发育阶段差异性。在成体组织中,仅在大脑和鳍中有表达。在胚胎发育过程中,PR55从神经胚开始出现,整体呈现上升趋势,在出膜期达到最高水平。据此推测,PR55基因可能在金鱼胚胎发育中具有多种重要作用。