PMA结合ddPCR检测食品中金黄色葡萄球菌的研究

研究了将叠氮溴化丙锭(PMA)与微滴式数字PCR(ddPCR)技术相结合,用于金黄色葡萄球菌活菌的检测。结果表明,强烈光照15 min,可以使PMA与死菌DNA共价交联,同时钝化游离的PMA;可以有效抑制金黄色葡萄球菌死菌DNAPCR扩增的PMA终浓度为2.0μg/m L;不抑制活菌DNA扩增的PMA最高浓度是5.0μg/m L。在不同死、活菌比例下,PMA-ddPCR可以定量检测活菌,避免了死菌DNA的干扰,本方法的检出限为10 copy/20μL。利用PMA-ddPCR检测人工污染鸡肉样品,最低可检出102cfu/m L的金黄色葡萄球菌。表明PMA-ddPCR方法的灵敏度高。     

叠氮溴化丙锭-荧光定量PCR法实时快速检测5种乳杆菌活菌数方法的建立与应用

【背景】乳杆菌属是发酵食品中最常见的微生物之一,与食品的品质和安全密切相关,定量检测乳杆菌活菌数、解析乳杆菌群落组成对发酵乃至肠道微生物等具有重要意义。【目的】建立一种在种水平上定量检测5种乳杆菌活菌数的叠氮溴化丙锭-荧光定量PCR(propidium monoazide-quantitativePCR,PMA-qPCR)检测方法并探讨其适用性。【方法】以植物乳杆菌、发酵乳杆菌、短乳杆菌、嗜酸乳杆菌和干酪乳杆菌等发酵食品中常见的5种乳杆菌为目标菌株,查找并筛选特异性引物用于荧光定量PCR(qPCR)检测,优化叠氮溴化丙锭(PMA)处理条件,测定PMA-qPCR检测法的特异性、灵敏度及可靠性。最后利用PMA-qPCR法检测黄酒酿造过程中5种乳杆菌的活菌数。【结果】PMA最佳处理条件为:浓度20μmol/L下暗处理15 min后曝光15 min,此时可抑制样品中99.89%的死菌DNA扩增。该方法特异性高,能够准确识别5种乳杆菌;线性关系强,R2>0.98;灵敏度高,检测限为101.8-103.2 CFU/mL;重复性好,Cq值变异系数小于1%;与平板计数相比差异不显著(统计学上),...     

SD-PMA-ddPCR检测食品中单核细胞增生李斯特氏菌

【目的】检测食品中单核细胞增生李斯特氏菌活菌。【方法】利用脱氧胆酸钠(SD)对受损细胞预处理,然后使叠氮溴化丙锭(PMA)进入受损细胞与DNA发生共价交联,提取细菌基因组DNA进行微滴式数字PCR(dd PCR)检测。【结果】0.1%SD和5.0 mg/L PMA协同作用,可以有效抑制108 CFU/m L的单核细胞增生李斯特氏菌死菌DNA的PCR扩增。经过SD和PMA对样品预处理,dd PCR可以在死菌存在条件下,定量检测鸡肉中单核细胞增生李斯特氏菌活菌,消除了"假阳性"结果的出现。活菌灵敏度检测结果显示:SD-PMA-dd PCR的灵敏度为2.0 copies/20μL。SD-PMA-dd PCR方法精密度和稳定性良好。【结论】SD-PMA-dd PCR在检测食源性致病菌方面有巨大的发展空间。     

基于EMA-qPCR的茄科青枯菌活体检测技术的建立

【目的】利用特异性核酸染料叠氮溴乙锭(Ethidium monoazide bromide, EMA)与实时荧光定量PCR技术相结合, 建立一种能有效区分青枯菌死活细胞的检测方法。【方法】样品DNA制备前经EMA渗透预处理, 再进行实时荧光定量PCR特异扩增菌体DNA。【结果】终浓度为2.0 mg/L的EMA能有效排除1.0×107 CFU/mL灭活青枯菌细胞DNA的扩增, 对活细胞和不可培养状态(Viable but non-culturable, VBNC)活菌的DNA扩增均没有影响。当每个定量PCR反应体系中的活细胞在5.0×100?5.0×104 CFU范围内时, 扩增Ct值与定量PCR反应体系中活细胞CFU对数值呈良好的负相关性(R2=0.992 5)。比较EMA-qPCR法和平板计数法对经过不同温度短期保存的青枯菌检测结果发现, 待检样品可在24 °C与4 °C冷藏条件下短期保存。【结论】本研究建立的EMA-qPCR方法能有效检测青枯菌VBNC细胞和有效区分死活菌, 避免或减少青枯菌PCR检测的假阳性和假阴性。     

铜绿假单胞菌外膜蛋白Ⅰ的原核表达、纯化及免疫保护作用研究

铜绿假单胞菌外膜蛋白Opr I具有较强的免疫原性,在疫苗上具有开发前景。利用分子方法获得Opr I蛋白的表达菌株。Western blotting验证表明抗体能与Opr I蛋白特异性结合。SDS-PAGE电泳切胶纯化获得Opr I蛋白。将Opr I蛋白免疫小鼠并攻毒铜绿假单胞菌,发现Opr I蛋白激活的特异性免疫对小鼠铜绿假单胞菌感染的保护率达到57.14%,与对照组相比较达到显著性。采用正交试验设计,获得Opr I菌株最佳诱导表达条件为:加IPTG菌夜OD600值0.8,加IPTG终浓度0.3 mmol/L,诱导时间8 h,诱导温度28℃;菌株最佳培养条件为转速230 r/min,葡萄糖浓度0%,装液量50 m L。     

一株广谱抑菌活性乳酸菌的筛选及特性研究

【目的】从贵州剑河采集的传统自然发酵豆酱中分离筛选具有广谱抑菌效果的乳酸菌,并进行肠道益生特性的研究。【方法】通过抑菌试验分离筛选得到菌株DJ-04,对其进行人工胃肠液耐受性、胆盐耐受性和渗透压耐受性的研究,并对其进行生理生化鉴定和16S r RNA鉴定。【结果】菌株DJ-04对大肠杆菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、志贺氏菌和铜绿假单胞菌的生长有很好的抑制作用;在p H值为2.5的人工胃液中处理3 h活菌数达到107 CFU/m L以上;在人工肠液中处理3 h活菌数达到108 CFU/m L以上,对人工胃肠液表现出良好的耐受性。能耐受一定浓度的牛胆盐,在质量浓度0.2 g/100 m L的牛胆盐环境中活菌数可达到107 CFU/m L;具有较高的渗透压耐受能力,在Na Cl质量浓度为10 g/100 m L的液体MRS中培养24 h后,活菌数仍在107 CFU/m L以上。经鉴定,DJ-04为植物乳杆菌。【结论】植物乳杆菌DJ-04具有良好的人工胃肠液耐受性以及耐胆盐和耐渗透压能力,具有肠道益生菌的潜能。     

种特异性PCR快速检测奶粉中阪崎肠杆菌研究

阪崎肠杆菌是一种目前认为以奶粉为传播媒介的食源性条件致病菌,通过α-1,4-葡萄糖苷酶基因和ompA基因分别设计引物ESF-ESR和ESSF-ESSR,进行单重和双重PCR方法研究,结果显示所有阪崎肠杆菌菌株PCR扩增均为阳性,阴性对照均未扩增出目的片段;纯菌单重PCR灵敏度分别为102cfu/mL和101cfu/mL,双重PCR灵敏度为103cfu/mL;在有或无其他细菌存在时,人工污染阪崎肠杆菌模拟样品单重PCR检测灵敏度分别为103cfu/mL和102cfu/mL,双重PCR检测灵敏度为104cfu/mL;实际样品检测显示PCR方法与传统方法具有很好的一致性。结果表明:该PCR方法具有很好的种特异性和灵敏度,能够克服奶粉中杂菌对快速检测阪崎肠杆菌造成的干扰,减少以保守序列来设计引物导致假阳性结果的出现,可以较好地应用于奶粉中阪崎肠杆菌的检测与鉴定。     

卡他莫拉菌实时荧光PCR检测方法的建立

[目的]建立基于SYBR GreenⅠ染料法的卡他莫拉菌实时荧光PCR检测方法。[方法]选取卡他莫拉菌两个的基因(uspA1和copB)设计特异性引物;提取卡他莫拉菌、嗜肺军团菌等11种呼吸道病原体的DNA,通过常规PCR和实时荧光PCR对引物的特异性进行验证;以卡他莫拉菌DNA为模板进行实时荧光PCR,获取扩增曲线、标准曲线、熔解曲线和熔解峰图,并判断检测方法的灵敏度;进行重复性试验,评估检测方法的组内和组间重复性;通过模拟临床样本,对检测方法的灵敏度进行验证。[结果]共设计出3对引物,对嗜肺军团菌等10种呼吸道病原体具有特异性;对卡他莫拉菌的最低检出浓度为1.0×10^(3)cfu/mL;组内和组间最大变异系数分别为1.78%、1.89%;模拟的临床试验结果与预期相符。[结论]成功建立了卡他莫拉菌的实时荧光PCR检测方法,与10种常见的呼吸道病原体无交叉反应,且重复性变异系数小于2%,模拟临床试验灵敏度结果达到1.0×10^(3)cfu/mL。     

环介导等温扩增技术检测化妆品中铜绿假单胞菌的研究

本文建立了环介导等温扩增技术(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)快速检测化妆品中铜绿假单胞菌的方法。采用铜绿假单胞菌外膜蛋白oprI基因保守序列引物,评价检测铜绿假单胞菌灵敏度和特异性,并与普通PCR相比,检测人工污染样品中的铜绿假单胞菌。结果显示,LAMP检测铜绿假单胞菌的灵敏度为62. 5 pg/μL,而且特异性高,人工污染样品中的检出限为102cfu/m L,比PCR检测灵敏度高10倍。该方法具有灵敏度高、特异性好、操作简便、耗时短,可用于化妆品中铜绿假单胞菌的快速检测。     

应用PMA-qPCR方法快速准确检测发酵乳制品中副干酪乳杆菌活菌的研究

目的 建立快速、准确检测发酵乳制品中副干酪乳杆菌活菌的方法.方法 发酵乳制品中副干酪乳杆菌先经PMA处理后,采用沸水浴的方法提取副干酪乳杆菌基因组,然后通过qPCR方法检测发酵乳制品中的活菌.结果 副干酪乳杆菌经90℃处理6 min,即为膜损伤菌:PMA能够抑制107 CFU/mL死菌DNA的扩增,而不影响活菌DNA的扩增;PMA-qPCR能够准确检测到样品中活菌.结论 建立了一种快速、准确的方法检测发酵乳制品中的副干酪乳杆菌活菌.     

TaqMan探针荧光PCR检测肠出血性大肠埃希菌O157:H7方法的建立

肠出血性大肠埃希菌(Enterohemorrhagie Escherichia coli,EHEC)O157:H7是一种重要的传染病病原菌,以EHEC O157:H7标准菌株rfbE保守区设计一对特异引物和一条探针,建立了检测EHEC O157:H7核酸的荧光定量PCR检测方法。实验结果表明荧光定量PCR检测方法特异性好,最低检测限为20 cfu/mL,线性范围是102～108cfu/mL。稳定性试验表明批内变异系数和批间变异系数分别为2.06%和2.45%。     

产气荚膜梭菌实时荧光PCR方法的建立

目的:利用荧光定量PCR技术,建立快速敏感特异的检测产气荚膜梭菌的方法。方法:以产气荚膜梭菌基因为靶序列设计引物和探针,以自产气荚膜梭菌菌株中提取的DNA为模板,优化引物和探针的浓度比,同时验证方法的特异性、敏感性。结果:建立的反应体系在上游引物浓度为0.45μmol/L、下游引物浓度为0.15μmol/L、探针浓度为0.3μmol/L时,具有良好的特异性和敏感性,与创伤弧菌等12种相关细菌均无交叉反应;对纯菌检测的灵敏度低于10 CFU/反应体系。结论:建立的实时荧光PCR方法特异、灵敏、快速,能对战时气性坏疽做出快速准确的报告,实现对这种战时高发疾病的安全、快速和定量检测。     

TaqMan探针荧光PCR检测肠出血性大肠埃希菌O157∶H7方法的建立

肠出血性大肠埃希菌(Enterohemorrhagie Escherichia coli,EHEC)O157∶H7是一种重要的传染病病原菌,以EHEC O157∶H7标准菌株rfbE保守区设计一对特异引物和一条探针,建立了检测EHEC O157∶H7核酸的荧光定量PCR检测方法.实验结果表明荧光定量PCR检测方法特异性好,最低检测限为20 cfu/mL,线性范围是102～108 cfu/mL.稳定性试验表明批内变异系数和批间变异系数分别为2.06％和2.45％.     

纤维素酶高产菌株Trichoderma atroviride HP35-3原生质体制备及转化

旨在优化深绿木霉(Trichoderma atroviride)菌株HP35-3原生质体制备和转化条件,便于对该菌株进行遗传操作以提高其纤维素酶产量。分别对制备深绿木霉原生质体的菌龄、酶解时间、酶组分及比例和转化条件进行优化。结果显示,利用3mg/m L蜗牛酶、3 mg/m L溶菌酶和3 mg/m L裂解酶酶组分酶解菌龄10 h的菌丝2 h,获得的原生质浓度达到3.5×107个/m L以上,原生质体再生率为61%。利用原生质体进行PEG介导转化,当原生质体浓度为1×108个/m L、外源DNA为5μg时,转化率达到35个转化子/μg DNA。建立的高效原生质体制备及转化体系可用于深绿木霉的遗传转化及菌株改造。     

大菱鲆鳗弧菌灭活疫苗原液发酵条件的优化

为实现大菱鲆鳗弧菌灭活疫苗中试生产,通过对大菱鲆鳗弧菌菌株VAM003二级种子培养时间、盐度、培养基、接种量、补料等发酵条件的优化筛选,确定大菱鲆鳗弧菌菌株VAM003灭活疫苗发酵原液的发酵工艺条件。鳗弧菌菌珠VAM003接种于含2. 5%Na Cl的TSB液体发酵培养基,28℃振荡培养12～14 h,制备二级种子液,按发酵罐培养基总量的10%接种二级种子液,28℃补料发酵10～12 h。在该条件下鳗弧菌菌株VAM003发酵活菌数达到1. 20×1010cfu/m L,比优化前提高120%以上。     

重组大肠杆菌表达铜绿假单胞菌溶血性磷脂酶C

[目的]构建产溶血性磷脂酶C (Hemolytic Phospholipase C,PLCH)的重组大肠杆菌(Escherich coli菌株,并初步优化其发酵条件.[方法]首先利用卵黄硼砂平板分离法筛选到一株产磷脂酶C(Phospholipase C,PLC)活性较高的菌株,命名为铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)41;进一步以P.aeruginosa 41基因组DNA为模板设计引物,PCR扩增获得溶血性磷脂酶C(PLCH)基因,构建重组大肠杆菌表达质粒并转化大肠杆菌E.coli BL21 (DE3);筛选转化子并检测PLC活性和溶血能力,并初步优化其发酵条件.[结果]成功构建了重组大肠杆菌E.coli BL21(DE3) /pET28a-plcH;在硼砂卵黄平板上对重组菌进行PLC活性测定,显示重组菌有明显的磷脂酶C活性;在哥伦比亚血琼脂平板上对重组菌进行溶血性试验,表明PLCH具有较强的溶血活性;初步优化摇瓶发酵条件为:5％转接量,37℃、200 r/min下培养4h添加IPTG至终浓度为0.9 mmol/L,转为25℃、150 r/min诱导培养14 h;优化后重组菌的酶活可达到722.89±0.47 U/mL.[结论]本文成功构建了一株产溶血性磷脂酶C活性较高的重组大肠杆菌菌株,并通过优化发酵条件使其酶活达到了722.89±0.47 U/mL,本实验在国内首次实现了铜绿假单胞菌来源的溶血性磷脂酶C基因在大肠杆菌的胞内表达,该研究为研究磷脂酶C产业化奠定了一定的基础.     

临床皮炎外瓶霉荧光定量PCR检测方法的建立

目的 建立基于TaqMan探针技术的皮炎外瓶霉荧光定量PCR检测方法.方法 通过对皮炎外瓶霉ITS区域基因组序列（GenBank：JN675373.1）进行分析,设计合成特异性引物和荧光标记探针,优化荧光定量PCR反应条件.以临床标本中分离的皮炎外瓶霉为阳性菌株,及其他种类真菌和细菌作为阴性对照菌株,从特异性、敏感性及重复性方面对该方法检测效果进行评价.结果 该研究设计的引物和探针能扩增皮炎外瓶霉特异性序列.临床分离得到的皮炎外瓶霉在反应中有明显扩增曲线,而甄氏外瓶霉、棘状外瓶霉、烟曲霉、白色念珠菌、新生隐球菌、马内菲青霉等20株菌在CT值≤38范围内均未有扩增;利用基因重组构建的标准品完成了标准曲线的绘制,在1.0×103～1.0×107拷贝数（Cp）内具有良好的线性关系（R2=1.000）,最低可检出量为10 Cp/μL.结论 成功建立了荧光定量PCR检测皮炎外瓶霉方法,该法特异度强、敏感度高、重复性好,将有助于临床皮炎外瓶霉感染的早期诊断和针对性治疗.     

沙门菌、志贺菌、副溶血性弧菌多重PCR检测方法的研究

建立快速检测沙门菌、志贺菌和副溶血性弧菌的多重PCR方法[1-4].根据沙门菌hilA基因、志贺菌ipaH基因及副溶血性弧菌TDH基因设计特异性PCR引物[5-6],被检样品经4 h振荡培养后金属浴裂解制备DNA模板,使用全自动毛细管电泳核酸检测系统分析PCR扩增产物.在580、423和245 bp处分别出现预期的特异性DNA条带,且无非特异扩增条带出现.敏感性试验显示沙门菌在模拟标本中的检测灵敏度为101-2cfu/mL、志贺菌为101cfu/mL、副溶血性弧菌为102cfu/mL.该方法操作方便、分析时间短、特异性和灵敏度高,可用于公共卫生突发事件食源性病原菌的快速检测.     

北京泛菌的生长特性及快速鉴定方法研究

[目的]研究分析了杏鲍菇软腐病病原菌北京泛菌的生长特性以及病原菌的快速鉴定方法,从而为杏鲍菇软腐病的防控打下基础。[方法]测定了北京泛菌在不同温度、不同种类抗生素、不同浓度的杀菌剂二氧化氯的生长情况,以及采用特异性引物进行PCR鉴定病原菌。[结果]北京泛菌生长的最适温度28℃,对硫酸链霉素、羧苄青霉素等7类抗生素敏感,在含有50 mg/L的杀菌剂二氧化氯的培养基中不能生长,引物对hrp LF/R、wzx CF/R、tua GF/R和lps DF/R在北京泛菌能够扩增出目的条带。[结论]明确了北京泛菌的生长特性,50 mg/L的杀菌剂能够有效杀灭病原菌,并开发了4对特异性引物用于病原菌的快速、准确鉴定,为杏鲍菇软腐病的防控打下基础。     

高产紫杉醇菌株的诱变选育及其差异表达基因消减cDNA文库的构建

[目的]选育高产紫杉醇菌株,并构建选育到的高产紫杉醇菌株与出发菌株HD1-3差异表达的cDNA消减文库.[方法]分别采用硫酸二乙酯和紫外线与硫酸二乙酯复合诱变处理菌株HD1-3孢子;以选育到的高产紫杉醇菌株为tester,菌株HD1-3为driver,应用抑制性消减杂交技术构建选育到的高产紫杉醇菌株与菌株HD1-3差异表达的cDNA消减文库.[结果]试验确定的Nodulisporium sylviforme紫杉醇产生菌HD1-3孢子复合诱变的适宜条件为:将106cfu/mL孢子悬液经过8%硫酸二乙酯处理15 min后,在电磁搅拌下,用紫外灯(30 w,距离30 cm)照射处理45 s,获得了1株遗传性状稳定、高产紫杉醇的突变株--UD14-11,其紫杉醇产量从出发菌株HD1-3的232.73±4.61μg/L提高至312.81±7.51μg/L;构建的文库滴度为1.2×107cfu/mL,阳性克隆率75.3%,片段大小主要集中在300 bp-1.0kb.[结论]选育到了1株遗传性状稳定、高产紫杉醇突变株;成功地构建了高产紫杉醇菌株UD14-11与菌株HD1-3差异表达的cDNA消减文库,为寻找、分离微生物生物合成紫杉醇相关基因和利用基因工程或代谢工程手段定向设计改造菌株奠定基础.