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1.
大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)是一种具有代表性的高价值冷水性鱼类。通过分析大泷六线鱼表皮粘液及肠道内容物微生物菌群特征,了解其微生物多样性及所携带的自身特有的潜在病原微生物情况。采集设施化车间养殖的大泷六线鱼,提取表皮粘液和肠道内容物基因组DNA,通过16S rRNA高通量测序技术和生物学分析方法,对不同样本的V3+V4区基因文库进行分析。结果表明,大泷六线鱼表皮粘液和肠道内容物样本拥有共同的OTUs为33个,且Venn图呈现了不同来源样本之间的相似性和差异性。Rank-abundance曲线显示了不同样本的均匀度和丰富度,测序数据合理、可信。Alpha指数平均值显示肠道内容物微生物丰富度较高,而表皮粘液微生物多样性较高;Beta多样性显示了不同来源样本间的异质性及同一来源样本间的相似性。从门水平上看,优势菌门均为蓝菌门(Cyanobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes);而属水平结果不同,肠道内容物样本中优势菌属包括Streptophyta、芽孢杆菌属(Bacillus)、杆菌属(Bacillaceae_unclassified)、气单胞菌属(Aeromonas)及弧菌属(Vibrio),表皮粘液样本中优势菌属包括Streptophyta、气单胞菌属(Aeromonas)、杆菌属(Bacillaceae_unclassified)、香味菌属(Myriudes)、假单胞菌属(Gemmobacter)及弧菌属(Vibrio)。Heatmap热图结果提示,不同微生物菌群结构发挥出不同生物学功能,其中未分类杆菌属、气单胞菌属、弧菌属、假单胞菌属等条件性致病菌的存在均可能导致病害的发生。因此,揭示表皮粘液和肠道内容物样本中微生物的多样性及主要病原菌属的特征对大泷六线鱼健康养殖和疾病防控具有一定的指导意义。  相似文献   

2.
目的探讨太原地区健康成年人的肠道菌群结构及多样性。方法采集太原地区20份健康成年人的粪便样本,提取DNA、构建菌群16S rRNA基因克隆文库、高通量测序并进行生物信息学分析。结果测序获得优质序列1 383 680条,平均序列为69 184条±551条,归类于455个OTUs;所有样本共含有10个菌门,101个菌属,141种菌;其中核心菌门3个,依次为拟杆菌门(63.13%)、厚壁菌门(31.14%)和变形菌门(5.10%),占所有样本微生物总量的99.37%;丰度最高的前10个菌属依次为拟杆菌属(43.34%)、普氏菌属(15.51%)、栖粪杆菌属(4.92%)、罗氏菌属(4.73%)、毛螺菌属(3.27%)、萨特菌属(2.50%)、粪球菌属(2.38%)、布劳特菌属(2.31%)、瘤胃球菌属(2.18%)和副杆状菌属(1.61%),占样本微生物总量的82.75%,未分类的菌属占6.84%。结论健康成年人肠道微生物群落复杂,但主要菌群相对稳定,为进一步研究人体肠道菌群结构与功能提供了参考依据。  相似文献   

3.
动物肠道菌群关系其健康状态,而菌群组成受到生活环境等因素的影响,探究其中关系有利于更好地进行物种保护。本研究基于非损伤性取样,利用16S rDNA高通量测序技术,开展不同地理纬度笼养国家二级重点保护野生动物狼(Canis lupus)的肠道菌群结构比较和初步功能预测。针对取自天津市动物园(38°88′N)和南京市红山森林动物园(31°14′N)两地饲养的狼粪便样本(分别简称为天津样本和南京样本)进行高通量测序,利用生物信息学比较分析两组样本的微生物组成和多样性差异。结果表明:Student’s t和Welch’s t检验显示南京样本的α多样性显著高于天津样本。在门水平上,厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria)是两组样本中的优势菌门,天津样本中弯曲杆菌门(Campilobacterota)的丰度显著高于南京样本。在属水平上,两组样本的肠道菌群中优势菌属均包括艰难梭菌属(Peptoclostridium)、柯林斯菌属(Collinsella)和狭义梭菌属(Clostridium_sensu_stricto_1)。基于Unweighted UniFrac距...  相似文献   

4.
【目的】解析小头裸裂尻鱼不同部位的微生物群落结构、物种组成、多样性特征以及菌群功能差异。【方法】通过Illumina MiSeq扩增子高通量测序,分析小头裸裂尻鱼皮肤黏膜、肠道黏膜和肠道内容物3个部位微生物菌群组成差异,并通过Tax4Fun预测菌群潜在功能。【结果】皮肤黏膜微生物α多样性最高,其Shannon指数显著高于肠道黏膜(P<0.05)和肠道内容物(P<0.001)。主坐标分析表明,皮肤黏膜微生物显著区别于其他2个部位。在门水平小头裸裂尻鱼3个部位相对丰度前五的微生物类群均为放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、绿弯菌门(Chloroflexi)和蓝藻门(Cyanobacteria),其中肠道内容物中放线菌门相对丰度(46.53%)显著高于肠道黏膜(29.23%,P<0.05)和皮肤黏膜(25.83%,P<0.01);肠道黏膜中变形菌门的相对丰度(40.33%)显著高于肠道内容物(26.10%,P<0.05)。对各部位相对丰度前10的菌群进行分析发现,小头裸裂尻鱼皮肤黏...  相似文献   

5.
目的 探讨母乳和混合喂养方式对西安地区婴儿肠道菌群的影响。方法 收集24例0~2月龄西安地区健康婴儿粪便样本,根据婴儿的喂养方式,将样本分为母乳喂养组(17例)和以奶粉为主的混合喂养组(7例)。利用16S rRNA基因测序技术对不同喂养方式的婴儿肠道菌群进行测序,比较不同喂养方式对婴儿肠道菌群多样性和菌群差异的影响。结果 母乳喂养组婴儿粪便样本Ace指数和Chao1指数显著高于混合喂养组(t=4.886, P<0.05; t=6.855, P<0.05), Shannon指数显著低于混合喂养组(t=2.126,P<0.05)。门水平上,2组样本均以放线菌门、厚壁菌门、变形菌门和拟杆菌门为主,但比例存在差异。相比混合喂养组,母乳喂养组婴儿粪便样本放线菌门和拟杆菌门丰度显著升高(U=6,P<0.05;U=0,P<0.05),厚壁菌门和变形菌门丰度显著降低(U=24,P<0.05;U=16,P<0.05)。属水平上,母乳喂养组婴儿粪便样本双歧杆菌相对丰度(72.04%)显著升高,同时发现罗氏菌属和葡萄球菌属相对丰度也高于混合喂养组(U=17,P<...  相似文献   

6.
目的 通过16S rDNA测序技术对绝经综合征抑郁患者肠道菌群分布、多样性和基因功能进行分析,探讨肠道菌群与绝经综合征抑郁发生的关联。方法 选取2021年6月至2022年3月就诊于我院妇科门诊的绝经综合征抑郁患者19例为观察组(A组),同期绝经综合征患者10例为对照组(C组)。利用16S r DNA基因测序法对患者肠道菌群进行物种注释分析和功能比较,统计两组肠道菌群分布、多样性和基因功能的变化。结果 两组肠道菌群差异明显。GraPhlAn物种组成图显示,患者肠道菌群总体以厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门组成。在门水平,与C组相比,A组放线菌门、变形菌门相对丰度较低,拟杆菌门相对丰度较高。在属水平,与C组相比,A组拟杆菌属、小杆菌属、巨单胞菌属、Lachnospiracea_incertae_se相对丰度较高,而Gemmiger、布劳特菌属、普雷沃菌属、粪球菌属、粪杆菌属、双歧杆菌属相对丰度偏低。进一步在属水平上选取了10种相对丰度差异具有统计学意义的菌群(P<0.05):韦氏球菌属、消化球菌属、巨单胞菌属、史雷克菌属在A组的相对丰度较高(P<0.05),柯林斯菌属、C...  相似文献   

7.
三种跳虫肠道菌群的多样性分析及功能预测   总被引:1,自引:0,他引:1  
【目的】跳虫在土壤生态系统中发挥着重要的作用。本研究旨在调查Sinella(Coecobrya)oligoseta,Proisotoma minuta和Tomocerus missus 3种跳虫肠道菌群的结构和多样性以及潜在功能。【方法】采用16S rDNA扩增子测序法对以上3种跳虫成虫肠道内容物中的菌群进行分析和比较;应用Tax4Fun法对其肠道菌群基因进行功能预测。【结果】3种跳虫中成虫肠道菌群多样性最高的是T.missus,最低的是S.(C.)oligoseta。在门水平上3种跳虫成虫肠道中最主要的菌群均为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),放线菌门(Actinobacteria)也具有较高的丰度;在属水平上S.(C.)oligoseta肠道中假单胞菌属Pseudomonas的丰度(16.21%)明显高于P.minuta和T.missus肠道中的丰度(分别为0.87%和1.37%);P.minuta肠道中弧菌属Vibrio的丰度(25.81%)明显高于S.(C.)oligoseta和T.missus肠...  相似文献   

8.
目的 研究支原体肺炎(MPP)合并气道黏液栓的患儿气道微生物菌群的变化。方法 选取2018年1月至2020年1月在我院诊治的116例MPP患儿为研究对象。根据支气管镜检查结果,将56例合并气道黏液栓的MMP患儿纳入MPP合并黏液栓组,60例无气道黏液栓的MPP患儿纳入单纯MPP组。用16S r RNA测序技术分析各组患儿支气管灌洗液中气道菌群的组成,比较各组气道微生物菌群分布差异,采用Pearson相关性分析探讨MPP合并黏液栓组菌属与临床参数的相关性。结果 单纯MPP组和MPP合并黏液栓组的优势菌门是软壁菌门、拟杆菌门、厚壁菌门。MPP合并黏液栓组软壁菌门和变形菌门相对丰度显著高于单纯MPP组(P=0.012、0.001),两组的拟杆菌门、厚壁菌门、放线菌门和梭杆菌门相对丰度间差异无统计学意义(P>0.05)。单纯MPP组和MPP合并黏液栓组的优势菌属包括支原体属、放线菌属、鞘氨醇单胞菌属、苯杆菌属、伊丽莎白菌属、普氏菌属、链球菌属和韦荣球菌属。相比于单纯MPP组,MPP组合并黏液栓组支原体属、放线菌属的相对丰度较高(P<0.001),鞘氨醇单胞菌属和伊丽莎白菌属相对丰度...  相似文献   

9.
方圆  李玭  武微  熊倩  律娜  朱宝利  张玉梅 《微生物学报》2021,61(11):3642-3652
[目的] 比较持续母乳喂养条件下不同分娩方式的34周龄婴儿肠道菌群差异,探讨分娩方式对较大婴儿肠道菌群发育的影响。[方法] 在北京地区招募健康足月分娩母乳喂养婴儿,在34周仍然参与随访的持续母乳喂养婴儿共21例,其中剖宫产婴儿16例、阴道分娩婴儿5例,进行肠道菌群的16S rRNA检测。[结果] 两组共21个粪便样本中,共注释到6个门,分别为:疣微菌门、变形菌门、梭杆菌门、厚壁菌门、放线菌门和拟杆菌门;两组共21个样本中共有57个OTU注释到属水平,其中,26个属水平OTU被注释到厚壁菌门,18个属水平OTU被注释到变形菌门,6个属水平OTU被注释到放线菌门,5个属水平OTU被注释到拟杆菌门,梭杆菌门、疣微菌门各有1个属水平OTU被注释。其中变形菌门在阴道分娩组(44.17%)肠道菌群中的含量高于剖宫产组(16.10%);而放线菌门在阴道分娩婴儿(0.00%)肠道菌群中的含量低于剖宫产婴儿(0.09%)。阴道分娩组与剖宫产组相比,共有7个菌属的丰度发生了显著降低(P<0.05),分别为副杆菌属、葡萄球菌属、嗜血杆菌属、乳杆菌属、肠球菌属、双歧杆菌属及一注释到科水平的毛螺旋菌科OTU。[结论] 分娩方式对持续母乳喂养的婴儿肠道菌群结构存在影响,且这种影响在出生后34周仍然存在。  相似文献   

10.
目的 采用16S rRNA和非靶向代谢组测序分析的方法探讨结直肠癌患者肠道菌群和其代谢产物的变化。方法 新鲜粪便为实验样品,收集10个结直肠癌患者组样本和6个正常对照组样本进行16S rRNA测序,分析肠道菌群的组成、多样性和物种差异,并对预测差异肠道菌群代谢功能;取8个结直肠癌组样本和6个正常对照组样本进行LC-MS非靶向代谢组学测序,分析代谢产物变化情况并进行功能预测。结果 结直肠癌组的菌群多样性较正常对照组无显著差异(P>0.05)。结直肠癌组的优势菌群为疣微菌门,结直肠癌组葡萄球菌、嗜冷杆菌属、毛螺菌科NK4A136、梭状芽孢杆菌vadinBB60和CAG-56相对丰度增加(P<0.05),CAG-352、瘤胃球菌属、粪球菌属和挑剔真杆菌相对丰度降低(P<0.05)。KEGG富集分析发现,差异菌群在环境信息处理、遗传信息处理和新陈代谢等通路中发挥重要作用。非靶向代谢组学测序检测出两组样本有367种代谢物存在显著差异,对差异代谢物进行功能预测发现与咖啡因、嘌呤、氨基糖和核苷酸糖和生物素等的代谢相关。结论 结直肠癌患者的肠道菌群和代谢物与健康个体存在差异,结直肠癌...  相似文献   

11.
The spatial distribution of fish on feeding grounds is an important factor in determining their prey composition. Of the factors that may influence the spatial distribution on the feeding ground and subsequent diet composition is the fish maturation stage. Using hairtail (Trichiurus japonicus) as an example, we evaluated the impacts of gonad development stage on diet composition. Hairtail supports one of the most valuable and largest fisheries in the East China Sea. As one of the top predators, it plays an important role in the ecosystem. We analyzed hairtail stomach samples collected on their feeding grounds from a fisheries-independent survey program in September 2005. Our analyses suggest that females in their third maturity stage tended to feed more intensively. Fish were the most important preys for hairtail, accounting for 72.6% of the total stomach contents in weight. The four most important fish species were juvenile hairtail (25.2%), Japanese scad (11.4%), Japanese jack mackerel (7.7%), and small yellow croaker (5.9%), suggesting strong cannibalism. A cluster analysis suggests that hairtail could be divided into three groups in their spatial distribution based on their diets: one group with similar percentages of fish and crustacean preys mainly distributed in the south of East China Sea far from the coast; one group mainly consuming fish and distributed over the north of East China Sea near the coast; and the third group consuming mainly crustacean species mainly distributed in the open sea. We hypothesize that gonadal development stage of hairtail may determine their movement from spawning ground to feeding ground, and subsequently spatial distribution on the feeding ground, which in turn results in different feeding intensities and prey compositions. Handling editor: Robert Bailey  相似文献   

12.
山东省德州市禹城市和湖南省长沙市望城区分别属于我国北方和南方地区,环境和气候差异明显。本试验以禹城市和望城区两地的草鱼(Ctenopharyngodon idella)、鲫鱼(Carassius auratus)和鲤鱼(Cyprinus carpio)为研究对象,对肠道中的菌群进行16s rRNA V4高变区扩增,基于IonS5 TM XL测序平台进行测序,并对相关数据进行分析。结果表明,在门水平上鲫鱼、鲤鱼、草鱼的肠道优势菌主要为变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、硬壁菌门(Firmicutes),拟杆菌门(Bacteroidetes),各组中这四种菌门所占比之和均在80%以上;基于Bray-Curtis距离值的秩次进行组间差异显著性检验,山东草鱼组和湖南草鱼组比较中组间差异大于组内差异(R=0.307,P<0.05),且线性判别分析显示湖南草鱼组的特征性菌群为弧菌属,而山东草鱼组的为梭菌纲,推测特征性菌群差异与环境的影响有关;有害菌种的统计分析表明,湖南鲫鱼组和鲤鱼组的嗜水气单胞菌属相对丰度明显高于对应的山东鲫鱼组和鲤鱼组,山东草鱼组和鲤鱼组的弧菌属相对丰度高于对应的湖南草鱼组和鲤鱼组,可能受外界环境的影响,不同地区抵御外来有害细菌的能力也不一样。本研究对两地的淡水鱼类肠道微生物群落结构进行了比较和分析,为进一步的鱼类发育研究奠定基础。  相似文献   

13.
东海带鱼和小型鱼类空间异质性及其空间关系   总被引:3,自引:0,他引:3  
根据2001年秋季东海区121个调查站位的调查资料,以变异函数为工具,分析带鱼和7种小型鱼类(黄鲫、棘头梅童鱼、鳄齿鱼、六丝钝尾虎鱼、发光鲷、七星底灯鱼和细条天竺鲷)的空间异质性及其空间关系.结果表明,带鱼的变异函数曲线与细条天竺鲷、六丝钝尾虎鱼和发光鲷的曲线极为相似,对不同距离的变异函数值进行相关分析,带鱼与上述3种小型鱼类均达到极显著相关水平(P<0.01).黄鲫和棘头梅童鱼的变异函数表现出纯金块效应,而其它几种鱼都可拟合为球状或指数模型,并且都具有较强的空间自相关特性,其中细条天竺鲷、六丝钝尾虎鱼和发光鲷的变程也都接近或超过带鱼265km的变程,带鱼与这3种小型鱼类之间具有较强的空间追随关系,因此它们是带鱼的主要摄食对象.  相似文献   

14.
淡水螺是水生态系统中重要的生物类群,也是多种寄生虫的中间宿主。肠道菌群在动物能量代谢和抵抗病原体方面起着重要作用。本文分析了耳萝卜螺Radix auricularia和三旋卷丽螺Planorbella trivolvis肠道菌群的多样性。结果表明:在门水平上,耳萝卜螺有23个菌门,以变形菌门(Proteobacteria,33.63%)、蓝细菌门(Cyanobateria,15.33%)、绿弯菌门(Chloroflexi,13.95%)和放线菌门(Actinobacteria,12.99%)为主;三旋卷丽螺有13个菌门,以变形菌门(54.88%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,28.49%)和放线菌门(7.65%)为主。属水平上,耳萝卜螺有厚皮藻属Pleurocapsa、硫网菌属Thiodictyon、纤毛菌属Leptotrichia及类诺卡氏菌属Nocardioides等445个属;三旋卷丽螺有Cloacibacterium、OM60NOR5clade、假单胞菌属Pseudomonas及红杆菌属Rhodobacter等238个属。有93个菌属为两种螺的共...  相似文献   

15.
为评估二甲酸钾对畜禽肠道菌群的影响及其作为一种抗饲料添加剂的应用潜力,采用3日龄健康白羽肉鸡作为饲喂对象,在基础饲粮基础上添加质量浓度为0.1%、0.3%、0.5%、0.7%的二甲酸钾和含量为50 mg/mL的金霉素分别进行比较饲喂管理。记录28 d试验周期内白羽肉鸡的料重比变化,采集28 d时白羽肉鸡盲肠肠道内溶物,利用第三代测序技术对肠道菌群进行16S rDNA全长序列高通量测序。结果显示,饲喂0.3%的二甲酸钾能够显著降低料重比,对白羽肉鸡的生长性能具有明显的促进作用。饲喂0.3%的二甲酸钾对白羽肉鸡的肠道菌群结构造成了一定的影响,有效地提高了肠道菌群的物种多样性。优势菌群中,饲喂0.3%二甲酸钾与空白组相比,在门水平上,拟杆菌门相对丰度显著上升,厚壁菌门、变形菌门和Epsilonbacteraeota的相对丰度下降,产生了更有利于生长发育的微生物群落。同时,在属水平上,拟杆菌属相对丰度显著上升, Barnesiella和螺杆菌属的相对丰度下降,改善了肠道中微生物菌群的微生态健康。研究结果丰富了二甲酸钾和金霉素对白羽肉鸡生长性能和肠道菌群影响的认识,也为更全面了解二甲酸钾应用于替代抗生素对畜禽的影响提供了有价值的微生物学信息。  相似文献   

16.
口服肝素与小鼠肠道菌群的相互作用   总被引:1,自引:0,他引:1  
口服肝素药物的开发需要系统地理解口服肝素与肠道菌群之间的互作过程。通过荧光体视镜观察荧光素标记的肝素经小鼠口服后在体内的分布情况,利用高效液相色谱法检测肝素在模拟胃肠液中的稳定性和体外培养肠道菌群模拟肠道菌对肝素的降解作用,发现口服肝素主要分布在小鼠胃肠道内,在体外模拟胃肠液条件下肝素结构稳定,但能够被添加肝素的厌氧培养基培养后的肠道菌群降解。为了进一步揭示口服肝素对健康小鼠肠道菌群的影响,利用Illumina MiSeq高通量测序技术测定口服肝素后C57BL/6J小鼠粪便菌群的16S rRNA序列,与口服生理盐水的小鼠粪便菌群进行对比,发现口服肝素的小鼠粪便菌群的生物多样性降低;在门水平上,菌群结构差异不显著;而在属水平上,别样杆菌属Alistipes、副萨特氏菌属Parasutterella和艾克曼菌属Akkermansia相对丰度增高,而嗜胆菌属Bilophila、肠杆菌属Enterorhabdus、瘤胃梭菌属Ruminiclostridium、普雷沃氏菌科Prevotellaceae_UCG_001、瘤胃梭菌属Ruminiclostridium-9、拟杆菌属Bacteroides、Lachnoclostridium、Candidatus_Saccharimonas、Intestinimonas和Dubosiella的相对丰度减少,表明口服肝素能够影响小鼠肠道菌群结构。此外,实验发现口服肝素对小鼠无明显毒副作用,具有较高安全性。研究结果将为开发肝素口服递送策略提供新的思路,为口服肝素类药物的开发提供参考。  相似文献   

17.
研究旨在探究饥饿胁迫对克氏原螯虾(Procambarus clarkii)血淋巴生理生化指标、肠道组织病理和肠道微生态的影响.对克氏原螯虾进行为期28d的饥饿胁迫,分别于饥饿0、7d、14d和28d采集血淋巴和肠道样品.血淋巴生化分析结果表明,谷丙转氨酶(ALT)没有发生显著变化,血糖(GLU)水平随着饥饿时间延长逐渐...  相似文献   

18.
从31个60岁以上的符合中华医学会老年医学分会健康老年人标准的健康老人中随机选取4例作为研究对象,使用分子生物学方法,对他们的肠道双歧杆菌和乳杆菌种群多样性进行分析.研究结果表明,健康老人肠道中双歧杆菌的优势种群为长双歧杆菌(Bifi∥dobacterium longum)和假小链双歧杆菌(Bifidobacterium pseudocatenulatum),分别占双歧杆菌种群的55%和45%;而肠道乳杆菌则有唾液乳杆菌(Lactobacillus salivarius)50%、Lactobacillus mocosae 31.1%、口腔乳杆菌(Lactobacillus oris)6.3%、鼠李糖乳杆菌(Lactobacillus rhamnosus)6.3%和瑞士乳杆菌(Lactobacillus helveticus)6.3%,其中唾液乳杆菌、Lactobacillus mocosae为健康老人肠道优势乳杆菌种群.  相似文献   

19.
目的研究暴露于PM2.5后的肺癌荷瘤裸鼠肠道菌群发生的急性改变。方法 18只Bac裸鼠随机分为PM2.5暴露组和对照组,每组9只。全部裸鼠应用A549细胞腋下注射后,饲养1周让其适应环境,第2周开始于动式染尘暴露仓中暴露染尘,对照组暴露于生理盐水。每天暴露2h,每周暴露6d,共暴露3周。利用16S rDNA分析技术对粪便标本的PCR产物进行高通量测序。结果暴露于PM2.5的肺癌荷瘤裸鼠肠道菌群结构发生改变,与对照组荷瘤裸鼠肠道菌群相比,其厚壁菌门、拟杆菌门细菌显著减少,而致病菌变形菌门细菌增加。结论 PM2.5可以导致肺癌荷瘤裸鼠肠道菌群失衡。  相似文献   

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