RHBDF1在ccRCC中的临床意义及其免疫浸润情况

[目的]探讨RNBDH1在肾透明细胞癌(ccRCC)中的临床意义及RHBDF1在ccRCC中免疫浸润的情况.[方法]从TCGA数据库下载ccRCC病人的mRNA表达及相关临床信息.然后提取出ccRCC病人的RHBDF1的单基因矩阵.评估了肿瘤与非肿瘤组织中的RHBDF1的差异表达.Kaplan-Meier生存分析RHB...     

利用TCGA数据库构建肾透明细胞癌相关miRNA预后模型

利用TCGA数据库中肾透明细胞癌的miRNA与mRNA数据及临床信息,构建由miRNA组成的预后风险评分模型,并筛选与生存预后相关的miRNA-mRNA调控关系对,为研究提供理论依据。下载并整理TCGA[JP+1]数据库中肾透明细胞癌的miRNA与mRNA数据;对数据进行差异分析,将差异表达的miRNA与临床信息进行合并,利用单因素与多因素Cox回归分析,构建预后模型并进行模型评价;对模型中的miRNA进行靶基因预测,结果与差异表达的mRNA进行取交集,构建miRNA-mRNA调控网络;对网络中的mRNA进行生存分析,筛选生存相关的miRNA-mRNA调控关系对。共得到49个差异表达的miRNA与3 613个差异表达的mRNA;预后模型计算公式为:风险值(risk score)=hsa-miR-21-5p表达量×0.603＋hsa-miR-1251-5p表达量×-0.093;调控网络中共纳入31个miRNA-mRNA调控关系对;对mRNA进行生存分析,共得到7个有价值的关系对。所构建预后模型可有效预测肾透明细胞癌患者生存预后情况,筛选到的miRNA-mRNA调控关系对可为相关研究与治疗提供参考。     

基于Oncomine数据库探究COL1A1基因在胰腺癌中的表达及意义

[目的]探究COL1A1基因在胰腺癌中的表达及临床意义。[方法]收集Oncomine和NCBI/GEO Profiles数据库中关于COL1A1的信息,对目前数据库中资料再次进行分析,并对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析,使用Kaplan-Meier Plotter在线数据库分析该基因是否与胰腺癌患者的预后相关。[结果]Oncomine数据库中共收集了400项不同类型的研究。其中COL1A1高表达有86项研究,低表达有6项研究。共有8项研究涉及COL1A1在胰腺癌组织与正常组织中的表达,包括209例样本,与正常组织相比,COL1A1在胰腺癌组织中高表达(P<0.05)。NCBI/GEO Profiles数据库分析发现TGF-β处理48 h后COL1A1表达升高。Kaplan-Meier Plotter数据库分析表明COL1A1高、低表达组胰腺癌患者的总体生存率(OS)无统计学差异(HR=1.4,95%CI:0.92~2.12,P=0.11),但高表达组胰腺癌患者的无复发生存(RFS)明显差于低表达组(HR=5.05,95%CI:1.48~17.24,P=0.0044)。[结论]COL1A1基因在胰腺癌组织中的表达明显高于正常组织,低表达患者的RFS延长。可见靶向COL1A1的药物有望改善胰腺癌患者的预后。     

基于Oncomine和TCGA数据挖掘分析MTERF2在胰腺癌中的表达及临床意义

目的:探究人线粒体转录终止因子2(MTERF2)在胰腺癌中的表达及临床意义。方法:检索Oncomine数据库中的MTERF2信息,对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析;从美国癌症基因组图谱(TCGA)中下载胰腺癌数据集MTERF2 RNA Seq V2数据及临床病理资料;利用R 2.15.3软件分析MTERF2表达量与临床病理参数的相关性及预后;利用Kaplan-Meier生存函数分析MTERF2表达量和胰腺癌患者预后的关联。结果:Oncomine数据库中共收集了586个不同类型的研究结果,其中关于MTERF2表达有统计学差异的研究有58个,MTERF2表达增高的研究有26个,表达减低的研究有32个。共有9项研究涉及MTERF2在胰腺癌组织和正常组织中的表达,包括226例临床样本,与对照组相比,MTERF2在胰腺癌中低表达(P=7.34×10-6)。TCGA胰腺癌数据集中共收集179例具有临床病理参数的病例及其对应的MTERF2 mRNA表达量。剔除病理参数不详或不完整的病例,利用R 2.15.3软件分析发现,MTERF2 mRNA表达量与胰腺癌患者T分期、M分期、癌症类型及原发部位存在显著相关(均P<0.05),而与患者的年龄、性别、N分期、AJCC病理分期、等级、组织学类型及饮酒史无显著相关(均P>0.05)。Kaplan-Meier生存分析发现,胰腺癌患者MTERF2的表达水平与总生存率(OS)无显著相关性(P>0.05),而与无病生存率(DFS)显著相关(P<0.001)。结论:Oncomine和TCGA数据挖掘显示,人MTERF2在胰腺癌组织中低表达,且MTERF2表达量与胰腺癌患者总生存率无显著相关性,与无病生存率有显著相关性。     

基于大数据分析CAP2基因在肝细胞癌中的表达意义

[目的]研究CAP2基因在肝细胞癌中的表达及临床意义.[方法]对TCGA和Oncomine数据库中CAP2进行检索,并对所获取的数据二次分析.[结果]Oncomine数据库中共收集了33项(高表达14项、低表达19项)CAP2在肿瘤组织与正常对照组织中表达差异具有统计学意义的结果.肝细胞癌中CAP2高表达有5项,低表达...     

基于数据挖掘分析ATP1A1基因在肾透明细胞癌中的表达及意义

目的:通过数据挖掘分析ATP1A1在肾透明细胞癌中的表达及意义。方法:通过Oncomine数据库检索关于ATP1A1的mRNA信息,采用The Human Protein Atlas分析ATP1A1蛋白在正常肾组织和肾透明细胞癌中表达情况,GEPIA网站中TCGA数据对ATP1A1低表达的肾透明细胞癌患者进行生存分析,Meth HC数据库分析ATP1A1甲基化水平和蛋白相互作用,利用String-DB数据分析ATP1A1与上下游蛋白的相互作用。结果:肾透明细胞癌(Clear cell Renal Cell Carcinoma,cc RCC)组织中ATP1A1的mRNA表达水平较正常对照组明显降低。免疫组化结果证实ATP1A1蛋白质表达变化与mRNA相似。TCGA数据中得出ATP1A1低表达患者的总体生存期明显短于高表达组患者。此外,ATP1A1基因启动子区在肾透明细胞癌中的甲基化水平明显高于正常肾组织中。同时,ATP1A1与ATP1B1、FXYD2、ATP1B2等蛋白可能存在相互作用。结论:大数据分析结果表明ATP1A1在肾透明细胞癌中低表达,并与其发生发展相关,可能作为其潜在的治疗靶点。     

基于Oncomine数据库分析COL5A2基因在胰腺癌中的表达及其临床意义

目的:探讨COL5A2基因在胰腺癌中的表达及临床意义.方法:收集Oncomine和NCBI/GEO Profiles数据库中关于COL5A2的信息,对目前数据库中的资料进行二次分析,并对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析,利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析COL5A2与胰腺癌患者预后的...     

Oncomine数据库在肿瘤研究中的应用

Oncomine 是目前世界上最大的癌基因芯片数据库和综合数据挖掘平台之一,该数据库整合了GEO、TCGA和已发表文献来源的RNA和DNA-seq数据。数据库目前含有715个基因表达数据集（datasheet）、86 733个人体肿瘤组织和正常组织样本的信息,且有新的数据不断更新。Oncomine 数据库囊括的肿瘤类型有19种,包括：膀胱癌、脑/中枢神经系统肿瘤、乳腺癌、宫颈癌、结直肠癌、食管癌、胃癌、头/颈肿瘤、肾癌、白血病、肝癌、肺癌、淋巴瘤、黑色素瘤、骨髓瘤、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、肉瘤。本文就如何利用Oncomine数据库,进行肿瘤组织中癌基因表达差异性分析以及基因共表达分析、癌基因在肿瘤组织中的表达及拷贝数分析、多组研究数据集的荟萃分析（meta analysis）、以及癌基因表达与患者生存率关系等进行分析。通过该数据库可以对肿瘤癌基因进行研究前的筛查,有利于发现新的肿瘤生物标记物或治疗靶点,为临床科学研究奠定一定的理论基础。     

基于TCGA数据库结肠癌RBL1基因甲基化水平的诊断与预后分析

视网膜母细胞瘤样蛋白1(RBL1/p105)是视网膜母细胞瘤蛋白质家族的成员之一,RBL1通常被认为是抑癌基因,在细胞增殖、凋亡、分化中发挥重要作用。该文探讨RBL1基因在结肠癌诊断和预后中的作用和可能的机制。利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的结肠癌病例资料和芯片数据,筛选RBL1基因差异甲基化位点,并通过Cox回归模型研究甲基化位点与结肠癌患者预后之间的关系。该研究发现,待研究的癌组织RBL1基因启动子甲基化水平高于癌旁组织(0.120±0.012 vs 0.113±0.008, P=0.000 04)。随后,研究者采用受试者工作特征(ROC)曲线来评价RBL1基因启动子甲基化水平的诊断价值,用曲线下面积(AUC)作为诊断价值的评判标准。研究发现,启动子区甲基化的AUC达到0.732,对应的灵敏度为80.5%、特异度为55.3%。Cox多因素分析结果发现, cg04086771高甲基化是结肠癌患者预后的独立危险因素(P=0.002)。该研究通过对TCGA数据库的挖掘,发现RBL1基因启动子区甲基化均值可能与结肠癌发病风险有关,同时RBL1基因的甲基化位点的甲基化水平对结肠癌的预后有影响。     

肾透明细胞癌患者铁死亡相关基因的预后作用

探讨铁死亡相关基因在肾透明细胞癌患者中的表达及其预后价值。通过TCGA数据库下载KIRC的相关测序数据与检索到的铁死亡相关基因取交集,进行铁死亡相关基因的差异分析。之后利用单变量和多变量Cox回归分析,筛选具有预后价值的基因,构建预测患者生存情况的风险评分模型,并对模型进行验证。对高低风险组进行GO与KEGG通路富集,探讨风险差异的可能原因;通过ssGSEA分析,评估高低风险组间的免疫浸润情况。在KIRC患者的肿瘤组织和正常组织中,共得到21个差异的铁死亡相关基因;通过单因素Cox回归分析,获得 28 个与KIRC预后相关的基因;之后进行Lasso回归与多因素Cox回归分析,结果显示有10个基因被纳入模型,计算公式为:风险值(Risk score)=(0.024 5)×ALOX5表达值+(0.126 0)×CBS表达值+(0.199 5)×CD44表达值+(0.218 3)×CHAC1表达值+(-0.295 9)×HMGCR表达值+(0.036 7)×MT1G表达值+(0.061 4)×SLC7A11表达值+(-0.080 7)×FDFT1表达值+(0.160 3)×PEBP1表达值+(-0.220 5)×GOT1表达值。生存状态图表明,高风险组死亡病例数多于低风险组;ROC曲线表明风险评分模型具备一定预测能力;K-M生存分析显示,高风险组总体生存率低于低风险组(P=5.73×10^-13)。GO与KEGG富集分析提示,高低风险组间免疫情况及IL-17信号通路存在显著差异;进一步的ssGSEA富集显示,高低风险组间大部分免疫细胞的评分存在显著差异。基于铁死亡相关基因的预后风险评分模型可用于KIRC的预后预测,针对铁死亡相关基因设计靶点可能是治疗KIRC的一种新选择。     

PCCA表达与肾透明细胞癌患者预后相关性

[目的]探究PCCA基因与肾透明细胞癌(KIRC)患者预后的联系.[方法]下载TCGA数据库中KIRC患者基因表达数据及临床信息,利用PCCA基因表达差异分析探究KIRC患者中PCCA的表达情况;生存分析测定PCCA基因表达与患者生存时间的联系;采用逻辑回归和Cox回归分析研究PCCA基因表达与患者grade、stag...     

肾透明细胞癌Caki-1细胞系差异表达基因的生物信息学分析

目的比较肾透明细胞癌Caki-1细胞系与正常肾上皮细胞系ASE-5063中的差异表达基因（DEGs）,寻找潜在的肾透明细胞癌特异性分子标志物。 方法利用GEO数据库自带的GEO2R在线分析工具分析基因芯片GSE78179,将筛选出的DEGs分别导入Metascape、STRING以及Cytoscape进行综合分析并筛选出核心基因。最后使用FunRich等软件对筛选出的核心基因进行GO和KEGG富集分析。 结果共筛选出562个DEGs,其中上调基因345个,下调基因217个。进一步使用MCODE筛选出36个关键基因,GO功能分析发现这些基因与细胞粘附分子活性、趋化因子活性、细胞通讯和信号转导等密切相关;KEGG通路富集结果则表明差异基因主要集中在趋化因子信号通路、TNF信号通路以及NF-κB信号通路等多种与肿瘤相关的通路上。 结论运用生物信息学方法筛选出肾透明细胞癌Caki-1细胞系中DEGs,其中数个核心基因广泛参与多种肿瘤的病理进程,但尚未在肾透明细胞癌有相关研究报道,提示其可能是治疗肾透明细胞癌的潜在靶点。     

COX-2 与mPGES-1 在肾透明细胞癌中的表达及临床意义

目的:探讨环氧合酶-2(COX-2)和膜结合型前列腺素E2合成酶1(mPGES-1)在肾透明细胞癌组织中的表达及临床意义。方法:采用免疫组化SP法分别检测49例肾透明细胞癌组织标本和21例正常肾组织标本中COX-2和mPGES-1的表达。结果:COX-2在正常肾组织中的阳性表达率为4.8%,在肾透明细胞癌组织中的阳性表达率为53.1%(P<0.05);mPGES-1在正常肾组织中的阳性表达率为4.8%,在肾透明细胞癌组织中的阳性表达率为40.8%(P<0.05);COX-2和mPGES-1的高表达均与肾透明细胞癌的病理分级和临床分期无相关性(P>0.05);COX-2和mPGES-1在肾透明细胞癌中的表达呈正相关(P<0.05),r=0.5。结论:COX-2和mPGES-1在肾透明细胞癌发生及发展过程中共同发挥重要作用;COX-2和mPGES-1可能成为肾透明细胞癌新的治疗靶点。     

基于GEO和TCGA数据库分析促癌基因INHBA和抑癌基因CLCA4、CA4在结直肠癌中表达

目的:通过分析GEO数据库结直肠癌相关芯片集,寻找差异基因,并在TCGA数据库和GEO数据库进行验证,为结直肠癌的早期诊断寻找标志物。方法:分析GEO数据库结直肠癌相关芯片集GSE21510、GSE25071、GSE32323。分别分析差异基因,采用文恩图软件查找共同差异基因。进一步在TCGA数据库查找差异基因在结直肠癌中的表达及生存曲线。最后通过GEO数据库GSE24514验证差异基因的表达。结果:GSE21510,包含104例样本,共筛选出251个差异基因,其中上调基因146个,下调基因105个。GSE25071,包含50例样本,共筛选出669个差异基因,其中上调基因312个,下调基因357个。GSE32323,包含10例样本,共筛选出353个差异基因,其中上调基因115个,下调基因238个。在样本中上调基因为促癌基因,下调基因为抑癌基因。经文恩图分析,3个基因集交集共有15个基因,其中上调基因3个,下调基因12个。在TCGA数据库中查找差异基因的表达量和生存曲线,生存曲线选择结肠癌数据集,选取279个样本进行分析。根据差异基因的表达和生存曲线,最终确定促癌基因INHBA和抑癌基因CLCA4、CA4为结直肠癌的标志物。最后在GSE24514芯片集验证差异基因的表达。结论:通过GEO和TCGA数据库筛选及验证,发现在结直肠癌组织中INHBA基因明显上调,CLCA4、CA4基因明显下调。最终确定促癌基因INHBA和抑癌基因CLCA4、CA4可作为结直肠癌早期诊断的标志物。     

基于生物信息学方法分析EGLN1在肾透明细胞癌中的表达及意义

为探究egl-9家族缺氧诱导因子1(EGLN1)在肾透明细胞癌(ccRCC)中的表达情况及临床意义,基于TCGA数据库中ccRCC患者的基因表达数据分析EGLN1在ccRCC组织和正常肾组织中的差异表达情况,应用UALCAN平台分析ccRCC中EGLN1在不同角度下的表达差异.基于TCGA数据库中ccRCC的临床数据,...     

基于TCGA数据分析研究TMEM206在HCC中的表达及其与预后的相关性

[目的]探讨TMEM206表达在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)诊断和预后中的价值。[方法]从肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载肝细胞癌数据集表达谱及临床病理特征资料。采用KaplanMeier和Cox分析,观察TMEM206表达对肝细胞癌患者生存和预后的影响。使用TCGA数据集进行基因集富集分析(GSEA)。[结果]TMEM206在HCC肿瘤组织中的表达高于癌旁组织(P <0.000 1),并且TMEM206的表达与HCC的肿瘤分级、肿瘤分期都有显著相关。生存分析结果表明TMEM206表达越高,HCC患者的总体生存时间越短。单因素和多因素Cox分析表明,TMEM206 mRNA的表达可能是判断HCC预后的有效生物标志物。GSEA鉴定了TMEM206在HCC中的高表达可能与泛素介导的蛋白质水解、胞吞作用、RNA降解、小细胞肺癌、癌症通路、胰腺癌、胞质DNA传感途径、慢性粒细胞白血病、自然杀伤细胞介导的细胞毒性、细胞周期等反应有关。[结论]TMEM206 mRNA高表达是肝细胞癌的诊断和预后中的有...     

VHL基因的研究进展及其在肾癌基因治疗中的应用

VHL基因是抑癌基因,定位于染色体3p25-26,其产物pVHL与Wnt-β-catenin信号通路、缺氧诱导因子、氧化磷酸化的调控有关。VHL基因的失活会导致VHL蛋白不能正常合成,这与散发性肾透明细胞癌的发生、发展有着密切的关系。VHL基因的失活机制主要包括基因突变,杂合性缺失和甲基化。通过对VHL基因失活机制的研究有助于筛选用于肾透明细胞癌早期诊断与预后的新分子标志物。目前利用VHL基因开展了肾癌基因治疗的试验探索。     

ACADSB低表达指示肾透明细胞癌患者预后不良

[目的]探究短/支链酰基辅酶a脱氢酶(A CADSB对肾透明细胞癌(KIRC)患者的生存、临床特征、通路表达等方面的影响.[方法]从肿瘤基因组图谱(TCGA)下载KIRC的基因表达数据和相应的临床信息.采用Wilcox.test分析ACADSB在正常组织和肿瘤组织中的表达差异.采用Kaplan-Meier法进行生存分析...     

基于生物信息学分析肾透明细胞癌组织中差异过表达miRNAs及其临床意义

[目的]基于生物信息学方法筛选肾透明细胞癌表达芯片中共同过表达的miRNAs,并对其下游靶基因进行GOPathway、分子功能等预测,结合正常本底表达及患者生存分析,最终发现可作为肾透明细胞癌生物标记物的新miR-NA.[方法]利用dbDEMC 2.0人类癌症相关miRNA数据库、mirPath v.3、Human m...