利用TCGA数据库构建肾透明细胞癌相关miRNA预后模型

利用TCGA数据库中肾透明细胞癌的miRNA与mRNA数据及临床信息,构建由miRNA组成的预后风险评分模型,并筛选与生存预后相关的miRNA-mRNA调控关系对,为研究提供理论依据。下载并整理TCGA[JP+1]数据库中肾透明细胞癌的miRNA与mRNA数据;对数据进行差异分析,将差异表达的miRNA与临床信息进行合并,利用单因素与多因素Cox回归分析,构建预后模型并进行模型评价;对模型中的miRNA进行靶基因预测,结果与差异表达的mRNA进行取交集,构建miRNA-mRNA调控网络;对网络中的mRNA进行生存分析,筛选生存相关的miRNA-mRNA调控关系对。共得到49个差异表达的miRNA与3 613个差异表达的mRNA;预后模型计算公式为:风险值(risk score)=hsa-miR-21-5p表达量×0.603＋hsa-miR-1251-5p表达量×-0.093;调控网络中共纳入31个miRNA-mRNA调控关系对;对mRNA进行生存分析,共得到7个有价值的关系对。所构建预后模型可有效预测肾透明细胞癌患者生存预后情况,筛选到的miRNA-mRNA调控关系对可为相关研究与治疗提供参考。     

基于生物信息学分析肾透明细胞癌组织中差异过表达miRNAs及其临床意义

[目的]基于生物信息学方法筛选肾透明细胞癌表达芯片中共同过表达的miRNAs,并对其下游靶基因进行GO Pathway、分子功能等预测,结合正常本底表达及患者生存分析,最终发现可作为肾透明细胞癌生物标记物的新miRNA。[方法]利用db DEMC 2. 0人类癌症相关miRNA数据库、mir Path v. 3、Human miRNA tissue atlas、PROGmiRV2等多种生物信息学手段进行肾透明细胞癌中miRNAs的全方位分析。[结果]db DEMC 2. 0数据分析表明相对于正常组织,肾透明细胞癌组织中,分别存在上调miRNA 33个(GSE11016)、48个(GSE12105)和48个(GSE47582)。Venny分析得到13个共同上调miRNAs簇,该microRNAs簇仅在肾透明细胞癌、乳腺癌等部分癌种中高表达。mir Path v. 3 GO分析进一步显示,下游靶基因可能与脂肪酸代谢、细胞周期、TGF-β信号通路、Hippo信号通路等密切相关。Human miRNA tissue atlas揭示miR-21-5p、miR-342-3p、miR15a-5p、m...     

肾透明细胞癌低氧相关基因预后模型的建立与应用

[目的]低氧是肾透明细胞癌内肿瘤微环境的重要组成部分,在肿瘤的发生与发展中起着至关重要的作用.利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库建立低氧相关基因模型.[方法]提取低氧相关基因的表达进行单因素和多因素Cox回归分析建立模型.分析模型与临床分期以及免疫细胞浸润的相关性.[结果]构建5个低氧相关基因模型(ISG20、PLI...     

基于数据挖掘分析ATP1A1基因在肾透明细胞癌中的表达及意义

目的:通过数据挖掘分析ATP1A1在肾透明细胞癌中的表达及意义。方法:通过Oncomine数据库检索关于ATP1A1的mRNA信息,采用The Human Protein Atlas分析ATP1A1蛋白在正常肾组织和肾透明细胞癌中表达情况,GEPIA网站中TCGA数据对ATP1A1低表达的肾透明细胞癌患者进行生存分析,Meth HC数据库分析ATP1A1甲基化水平和蛋白相互作用,利用String-DB数据分析ATP1A1与上下游蛋白的相互作用。结果:肾透明细胞癌(Clear cell Renal Cell Carcinoma,cc RCC)组织中ATP1A1的mRNA表达水平较正常对照组明显降低。免疫组化结果证实ATP1A1蛋白质表达变化与mRNA相似。TCGA数据中得出ATP1A1低表达患者的总体生存期明显短于高表达组患者。此外,ATP1A1基因启动子区在肾透明细胞癌中的甲基化水平明显高于正常肾组织中。同时,ATP1A1与ATP1B1、FXYD2、ATP1B2等蛋白可能存在相互作用。结论:大数据分析结果表明ATP1A1在肾透明细胞癌中低表达,并与其发生发展相关,可能作为其潜在的治疗靶点。     

RHBDF1在ccRCC中的临床意义及其免疫浸润情况

[目的]探讨RNBDH1在肾透明细胞癌(ccRCC)中的临床意义及RHBDF1在ccRCC中免疫浸润的情况.[方法]从TCGA数据库下载ccRCC病人的mRNA表达及相关临床信息.然后提取出ccRCC病人的RHBDF1的单基因矩阵.评估了肿瘤与非肿瘤组织中的RHBDF1的差异表达.Kaplan-Meier生存分析RHB...     

紧密连接蛋白claudin-4 在肾透明细胞癌中的表达及预后意义

目的:探讨claudin-4在肾透明细胞癌中的表达及与临床病理特征及预后的相关性。方法:应用免疫组织化学技术检测50例肾透明细胞癌组织及10例正常肾组织标本中claudin-4的表达情况,并分析与临床病理参数的相关性;随机选取其中4例肾透明细胞癌患者癌组织及4例正常肾新鲜组织,Western blot检测claudin-4的表达情况,并与免疫组化检测结果进行相关性分析;结合随访结果分析claudin-4的表达水平与患者无疾病生存期的关系。结果:Claudin-4在肾透明细胞癌组织中的表达显著高于肾正常组织(P<0.05),表达水平与肿瘤的直径、TNM分期、临床分期及淋巴结转移相关;Western blot结果也表明claudin-4在肾透明细胞癌组织中的表达显著高于肾正常组织(P<0.01),与免疫组化结果呈显著正相关(r2=0.748,P<0.01);Kaplan-Meier分析显示claudin-4高表达组患者的患者无疾病生存期为20.7个月,显著低于低表达组的30.8个月。COX多因素比例风险模型分析显示,claudin-4的表达不是肾透明细胞癌的独立预后因素(RR值=1.686,95%CI 0.174~16.311,P=0.652)。结论:claudin-4蛋白表达上调可能促进肾透明细胞癌的发生和发展,有可能作为肾透明细胞癌潜在的治疗靶点及影响不良预后的指标。     

基于大数据分析CAP2基因在肝细胞癌中的表达意义

[目的]研究CAP2基因在肝细胞癌中的表达及临床意义.[方法]对TCGA和Oncomine数据库中CAP2进行检索,并对所获取的数据二次分析.[结果]Oncomine数据库中共收集了33项(高表达14项、低表达19项)CAP2在肿瘤组织与正常对照组织中表达差异具有统计学意义的结果.肝细胞癌中CAP2高表达有5项,低表达...     

PCCA表达与肾透明细胞癌患者预后相关性

[目的]探究PCCA基因与肾透明细胞癌(KIRC)患者预后的联系。[方法]下载TCGA数据库中KIRC患者基因表达数据及临床信息,利用PCCA基因表达差异分析探究KIRC患者中PCCA的表达情况;生存分析测定PCCA基因表达与患者生存时间的联系;采用逻辑回归和Cox回归分析研究PCCA基因表达与患者grade、stage、T分期和M分期等临床特征的相关性;基因集富集分析(GSEA)测定KIRC患者中与PCCA表达相关的通路。[结果]基因表达数据包含肿瘤组织539例,正常组织72例;临床数据包含537例患者信息;患者肿瘤组织中PCCA表达显著低于正常组织(P <0.000);生存分析显示PCCA低表达组患者生存时间显著低于高表达组(P <0.000); PCCA表达与临床特征显著相关(P <0.000),肿瘤等级、分期越高,PCCA表达越低;丙酸代谢,赖氨酸减少,胰岛素信号通路、色氨酸代谢、过氧化物酶体以及丙酮酸代谢等通路富集于PCCA高表达组。[结论]对于539例肿瘤组织,72例正常组织及537例病人的数据进行初步分析发现,PCCA低表达组患者6年生存率低于50%,而...     

基于TCGA数据分析研究TMEM206在HCC中的表达及其与预后的相关性

[目的]探讨TMEM206表达在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)诊断和预后中的价值。[方法]从肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载肝细胞癌数据集表达谱及临床病理特征资料。采用KaplanMeier和Cox分析,观察TMEM206表达对肝细胞癌患者生存和预后的影响。使用TCGA数据集进行基因集富集分析(GSEA)。[结果]TMEM206在HCC肿瘤组织中的表达高于癌旁组织(P <0.000 1),并且TMEM206的表达与HCC的肿瘤分级、肿瘤分期都有显著相关。生存分析结果表明TMEM206表达越高,HCC患者的总体生存时间越短。单因素和多因素Cox分析表明,TMEM206 mRNA的表达可能是判断HCC预后的有效生物标志物。GSEA鉴定了TMEM206在HCC中的高表达可能与泛素介导的蛋白质水解、胞吞作用、RNA降解、小细胞肺癌、癌症通路、胰腺癌、胞质DNA传感途径、慢性粒细胞白血病、自然杀伤细胞介导的细胞毒性、细胞周期等反应有关。[结论]TMEM206 mRNA高表达是肝细胞癌的诊断和预后中的有...     

hepaCAM和VEGF基因表达与肾透明细胞癌侵袭转移关系的探讨

研究肾癌细胞株786-0,RC-2及肾透明细胞癌组织中肝细胞黏附分子(hepatocyte cell adhesion molecule,hepaC-AM)和血管内皮生长因子(VEGF)mRNA表达及其与肾透明细胞癌侵袭转移的关系。应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测786-0、RC-2、正常肾组织hepaCAM和VEGFmRNA表达,73例肾透明细胞癌组织及相应癌旁组织中hepaCAMmRNA表达,43例肾透明细胞癌组织及相应癌旁组织VEGFmRNA表达,并比较它们之间的差异性和相关性。与正常肾组织比较786-0,RC-2的hepaCAMmRNA显著降低(P0.05);VEGFmRNA显著升高(P0.05)。肾透明细胞癌组织hepaCAMmRNA显著低于癌旁组织(P0.05);VEGFmRNA显著高于癌旁组织(P0.05)。在肾透明细胞癌组织中临床Ⅰ+Ⅱ期和Ⅲ+Ⅳ期两组VEGFmRNA表达差异具有统计学意义(P0.05),hepaCAM与VEGFmRNA呈负相关(r=-0.329,P0.05)。提示hepaC-AM基因缺失可能参与肾透明细胞癌侵袭转移,其机制可能与调节VFGF表达改变有关,hepaCAM有望成为一种新的肾癌基因治疗的靶分子。     

基于Oncomine数据库探究COL1A1基因在胰腺癌中的表达及意义

[目的]探究COL1A1基因在胰腺癌中的表达及临床意义。[方法]收集Oncomine和NCBI/GEO Profiles数据库中关于COL1A1的信息,对目前数据库中资料再次进行分析,并对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析,使用Kaplan-Meier Plotter在线数据库分析该基因是否与胰腺癌患者的预后相关。[结果]Oncomine数据库中共收集了400项不同类型的研究。其中COL1A1高表达有86项研究,低表达有6项研究。共有8项研究涉及COL1A1在胰腺癌组织与正常组织中的表达,包括209例样本,与正常组织相比,COL1A1在胰腺癌组织中高表达(P<0.05)。NCBI/GEO Profiles数据库分析发现TGF-β处理48 h后COL1A1表达升高。Kaplan-Meier Plotter数据库分析表明COL1A1高、低表达组胰腺癌患者的总体生存率(OS)无统计学差异(HR=1.4,95%CI:0.92~2.12,P=0.11),但高表达组胰腺癌患者的无复发生存(RFS)明显差于低表达组(HR=5.05,95%CI:1.48~17.24,P=0.0044)。[结论]COL1A1基因在胰腺癌组织中的表达明显高于正常组织,低表达患者的RFS延长。可见靶向COL1A1的药物有望改善胰腺癌患者的预后。     

NHP2调控肝癌细胞衰老机制的生物信息学分析

为了探讨核糖核蛋白NHP2在肝细胞癌（hepatocellular carcinoma, HCC）中的表达情况,了解其与疾病进展与预后的关系,通过Quick Go、GEPIA 2在线数据库筛选HCC细胞衰老的差异表达基因并确定了研究对象基因NHP2;进一步使用STRING、TIMER 2.0、UALCAN数据库等生物信息学方法分析NHP2在泛癌中的差异表达以及在肝癌和其他泛癌中病理进展过程中的相关性,并预测预后生存关系;使用miRNet数据库分析其靶向miRNAs和lncRNAs,应用Cytoscape v3.8.0绘制可能的CeRNAs调控网络图。结果显示,在线数据库检索到细胞衰老相关生物学过程相关基因113个,HCC差异表达基因2 206个,共有19个差异表达基因参与了肝癌细胞衰老的生物学过程。其中,NHP2在包括HCC的多种癌症中显著高表达,NHP2高表达的肝癌人群预后较差,具有统计学差异。NHP2基因编码的互作蛋白有10个,主要参与了1个信号通路（KEGG信号通路）、6个分子功能（molecular function,MF）、11个细胞组分（cellular component...     

TYK2、RASSF1A与乳腺癌临床病理参数及预后相关性

[目的]研究TYK2、RASSF1A的表达与乳腺癌临床病理参数及预后的相关性。[方法]选择乳腺癌患者240例作为研究对象,比较患者的癌症组织与癌旁组织的TYK2、RASSF1A的表达差异,分析TYK2、RASSF1A的表达与乳腺癌临床病理参数及预后的相关性。[结果]癌症组织的TYK2阳性率(54.17%)显著高于癌旁组织(14.58%),癌症组织的RASSF1A的阳性率(15.83%)显著低于对照组(45.00%)(P<0.05);患者的肿瘤直径、TNM分期、淋巴结转移、脉管转移、ER情况、PR情况以及生存情况与患者的TYK2呈现正相关,与RASSF1A呈现负相关。[结论]TYK2的异常表达与乳腺癌临床病理参数及预后呈现正相关,RASSF1A的异常表达与乳腺癌临床病理参数及预后呈现负相关,临床可将TYK2和RASSF1A表达水平作为患者预后评估的重要依据。     

肾透明细胞癌Caki-1细胞系差异表达基因的生物信息学分析

目的比较肾透明细胞癌Caki-1细胞系与正常肾上皮细胞系ASE-5063中的差异表达基因（DEGs）,寻找潜在的肾透明细胞癌特异性分子标志物。 方法利用GEO数据库自带的GEO2R在线分析工具分析基因芯片GSE78179,将筛选出的DEGs分别导入Metascape、STRING以及Cytoscape进行综合分析并筛选出核心基因。最后使用FunRich等软件对筛选出的核心基因进行GO和KEGG富集分析。 结果共筛选出562个DEGs,其中上调基因345个,下调基因217个。进一步使用MCODE筛选出36个关键基因,GO功能分析发现这些基因与细胞粘附分子活性、趋化因子活性、细胞通讯和信号转导等密切相关;KEGG通路富集结果则表明差异基因主要集中在趋化因子信号通路、TNF信号通路以及NF-κB信号通路等多种与肿瘤相关的通路上。 结论运用生物信息学方法筛选出肾透明细胞癌Caki-1细胞系中DEGs,其中数个核心基因广泛参与多种肿瘤的病理进程,但尚未在肾透明细胞癌有相关研究报道,提示其可能是治疗肾透明细胞癌的潜在靶点。     

光甘草定抗乳腺癌作用机制的分析

[目的]探究光甘草定抗乳腺癌(Breast cancer, BC)的作用机制。[方法]采用噻唑蓝(MTT)实验考证光甘草定对人乳腺癌细胞MCF-7和MDA-MB-231的抑制作用;通过PharmMapper数据库获得与光甘草定具有潜在相互作用的靶点;以“Luminal-A”和“Basal-like breast cancer”为关键词从Gene Cards数据库中下载乳腺癌相关靶点。将交集靶点导入DAVID数据库中进行富集分析,并基于STRING数据库和Cytoscape软件筛选潜在核心基因。利用GEPIA2、UALCAN和Kaplan-Meier Plotter数据库验证核心基因的表达,获取预后生物标志物并分析其泛癌性。[结果]共筛得光甘草定相关靶点286个,Luminal-A相关靶点4 285个,Basal-like相关靶点944个。光甘草定主要通过调节癌症的途径、BC通路以及PI3K-Akt通路等116条通路(P<0.05)。10个核心基因中仅MAPK1在数据库间的表达趋势不一致,且高表达的HSP90AA1与BC生存和预后不良显著正相关,并在多种肿瘤中显著高表达。[结论]光...     

异常激活的葡萄糖-6-磷酸脱氢酶通过上调周期蛋白D1表达促进肾透明细胞癌增殖

葡萄糖6-磷酸脱氢酶（glucose 6-phosphate dehydrogenase,G6PD）为磷酸戊糖途径的调节酶。研究表明,G6PD与多种恶性肿瘤的发生密切相关。然而,G6PD在肾透明细胞癌（clear cell renal cell carcinoma, ccRCC）中的功能及其作用机制却鲜有报道。本研究通过TCGA数据分析发现,G6PD在肾透明细胞癌TNM Ⅲ/Ⅳ期mRNA表达水平显著升高,与患者的性别、原发肿瘤直径、淋巴结转移、远端转移、病灶一侧的偏重性、病理分级以及TNM临床分期密切相关。并且,G6PD异常激活有可能成为评价肾透明细胞癌患者不良预后的分子。细胞系检测结果提示,与对照293T细胞及恶性程度较低的786-O细胞相比,恶性程度较高的Caki-1细胞中的G6PD表达及活性明显增加。基因稳定转染结合CCK8分析结果显示,G6PD过表达或异常激活可显著提高293T及786-O细胞的增殖能力,并且促进786-O细胞中周期蛋白D1基因表达上调。综上,本研究通过TCGA数据库分析和稳定细胞系检测及CCK8分析,结果显示,G6PD在肾透明细胞癌中异常激活,并可上调细胞周期蛋白D1表达,进而促进肿瘤细胞增殖。该研究为进一步揭示肾透明细胞癌分子发病机制以及开发有效的靶向治疗方案提供了借鉴。     

肺癌中Hsa-miR-98靶基因生物信息学分析

[目的]分析肺鳞癌中Hsa-miR-98的靶基因及参与的生物学过程和信号通路。[方法]分析TCGA中收录的肺鳞癌患者的Hsa-miR-98及生存数据,通过4个靶基因数据库和表达数据分析Hsa-miR-98靶基因,利用Bi NGO富集分析靶基因功能,通过DAVID数据库富集分析靶基因信号通路。[结果]高表达Hsa-miR-98延长肺鳞癌患者总生存率和无复发生存率。综合4个数据库分析结果,得到Hsa-miR-98的113个靶基因,其中82个在肺鳞癌患者癌与癌旁差异表达。GO分析表明4个基因参与细胞胶原的组成,59个基因参与细胞的生命活动,KEGG通路富集到7条通路,包括肿瘤发生发展、阿米巴运动、胞外基质的形成等。[结论]82个Hsa-miR-98靶基因通过7条信号通路,影响细胞生命活动,进而调控肿瘤发生发展,使高表达Hsa-miR-98患者生存期延长。     

COX-2 与mPGES-1 在肾透明细胞癌中的表达及临床意义

目的:探讨环氧合酶-2(COX-2)和膜结合型前列腺素E2合成酶1(mPGES-1)在肾透明细胞癌组织中的表达及临床意义。方法:采用免疫组化SP法分别检测49例肾透明细胞癌组织标本和21例正常肾组织标本中COX-2和mPGES-1的表达。结果:COX-2在正常肾组织中的阳性表达率为4.8%,在肾透明细胞癌组织中的阳性表达率为53.1%(P<0.05);mPGES-1在正常肾组织中的阳性表达率为4.8%,在肾透明细胞癌组织中的阳性表达率为40.8%(P<0.05);COX-2和mPGES-1的高表达均与肾透明细胞癌的病理分级和临床分期无相关性(P>0.05);COX-2和mPGES-1在肾透明细胞癌中的表达呈正相关(P<0.05),r=0.5。结论:COX-2和mPGES-1在肾透明细胞癌发生及发展过程中共同发挥重要作用;COX-2和mPGES-1可能成为肾透明细胞癌新的治疗靶点。     

基于生物信息学方法分析EGLN1在肾透明细胞癌中的表达及意义

为探究egl-9家族缺氧诱导因子1(EGLN1)在肾透明细胞癌(ccRCC)中的表达情况及临床意义,基于TCGA数据库中ccRCC患者的基因表达数据分析EGLN1在ccRCC组织和正常肾组织中的差异表达情况,应用UALCAN平台分析ccRCC中EGLN1在不同角度下的表达差异.基于TCGA数据库中ccRCC的临床数据,...