抗人前列腺干细胞抗原单克隆抗体可变区基因的5＇RACE扩增及序列分析

目的：克隆并分析抗人前列腺干细胞抗原单克隆抗体轻链和重链的可变区基因。方法：从分泌抗人前列腺干细胞抗原单克隆抗体的杂交瘤细胞株中提取总RNA,根据小鼠IgG恒定区序列设计特异性引物,通过5’RACE法扩增其轻链和重链的可变区基因,克隆入pMD18-T载体,测序并分析其可变区序列。结果：3株抗人前列腺干细胞抗原单克隆抗体的重链可变区基因序列全长均为423bp,编码141个氨基酸残基;轻链可变区基因序列全长均为393bp,编码131个氨基酸残基;在GenBank中对氨基酸序列进行比对分析,均符合小鼠IgG可变区基因的特征;根据Kabat法则对3株抗体轻链和重链可变区氨基酸序列进行分析,确定了3个抗原互补决定区、4个框架区和前导肽。结论：通过5＇RACE法得到了3株抗人前列腺干细胞抗原单克隆抗体轻链与重链可变区基因,为进一步研究抗体三维结构、人源化改造奠定了基础。     

β淀粉样肽单克隆抗体可变区基因的5′RACE扩增及序列分析

目的:克隆并分析抗β淀粉样肽单克隆抗体轻链与重链可变区基因。方法:从分泌抗β淀粉样肽单克隆抗体的杂交瘤细胞株A8中提取总RNA,根据恒定区序列设计基因特异性引物,通过5′RACE法扩增抗体的轻链和重链可变区基因,测定并分析可变区基因序列,并克隆入pMD18-T载体。结果:重链可变区基因序列全长450bp,编码150个氨基酸残基;轻链可变区基因序列全长429bp,编码143个氨基酸残基。在GeneBank中对氨基酸序列进行比对分析,二者均符合小鼠IgG可变区基因的特征。根据Kabat法则对A8抗体轻链和重链可变区氨基酸序列基因进行分析并确定了3个抗原互补决定区(CDR)、4个框架区(FR)和信号肽。结论:通过5′RACE法得到了抗β淀粉样肽单克隆抗体轻链与重链可变区基因,为进一步研究抗体三维结构,以及对该抗体进行人源化改造奠定了基础。     

小西葫芦黄化花叶病毒分离物的3′末端序列多态性研究

研究了来自中国大陆9个小西葫芦黄化花叶病毒（ZYMV）分离物的基因组3′末端核苷酸序列及所推导的外壳蛋白（CP）氨基酸序列以及3′末端非编码区（UTR）序列,并与其它地区所报道的16个ZMYV分离物进行了同源性比较。ZYMV CP基因核苷酸序列具有一定的寄主相关性和地域相关性,但总体上其关联程度不明显;同时,CP氨基酸序列的寄主适应性程度明显高于地域相关性。25个ZYMV分离物的CP氨基酸序列根据其变异程度分为2个区： N端约41个氨基酸为高度变异区,CP核心区和C端氨基酸序列为保守区。研究结果初步揭示了ZYMV作为单链RNA病毒通过与寄主相互作用而表现寄主适应性变异的趋势。     

普通小麦低分子量麦谷蛋白亚基核心编码区与面团强度关系的研究

为分析LMW-GS基因对面团强度的影响, 利用两个重组自交系99G45/京771和Pm97034/京771的F9代,对LMW-GS基因特异位点和与其紧密连锁的Gli-1位点进行分析, 研究对面团强度影响差异显著的Glu-B3位点的等位基因核心编码区的序列差异。结果表明, 3个亲本LMW-GS核心编码区都具有6个半胱氨酸残基, 但PB较GB和JB缺失了一个7氨基酸序列的重复单元, 并且在不同序列中出现了氨基酸代换, 其中有2个代换可能影响氨基酸序列的亲水性, 进而影响面团强度。     

大熊猫生长激素受体(GHR) cDNA 的克隆与序列分析

根据已报道的若干物种GHR 基因cDNA 序列设计引物, 利用RT- PCR 技术首次从大熊猫肝脏组织总RNA中扩增出GHR 基因编码区全长cDNA 序列, 克隆于pGEM®-T 载体后进行测序和序列分析。结果表明,大熊猫GHR 的ORF为1 917 bp , 编码638 个氨基酸的前体蛋白, 由18 个氨基酸的信号肽和620 个氨基酸的成熟肽组成,与人、狗、猪GHR 结构相似, 大熊猫GHR 成熟肽由246 个氨基酸的胞外区、24 个氨基酸的跨膜区和350 个氨基酸的胞内区组成, 并具GHR 的特征性结构。序列相似性比较显示, 大熊猫GHR 与哺乳类GHR 具有69 %～93 %的高序列相似性, 与爬行类和鸟类的序列相似性也达到60 % , 而与鱼类的序列相似性较低, 仅为30 %左右。与其它哺乳动物GHR 相比, 大熊猫GHR 在氨基酸序列上也存在明显的特异性。     

中国长白山乌苏里蝮蛇金属蛋白酶解整合蛋白Ussurin基因克隆和序列分析

采用Clontech链转换建库试剂盒,建立了中国长白山乌苏里蝮蛇毒腺cDNA文库,从中克隆了金属蛋白酶/解整合蛋白Ussurin,并进行了序列分析。结果显示,Ussurin开框读码序列由1434bp组成,编码478个氨基酸。由核苷酸顺序推导的氨基酸序列可以看出,Ussurin最初的翻译产物是酶原前体;依次含有18氨基酸组成的信号肽,171氨基酸组成的酶原区和由289氨基酸组成的Ussurin（200氨基酸组成的金属蛋白酶结构域、16氨基酸组成的间隔区和73氨基酸组成的解整合蛋白结构域）。Ussurin的金属蛋白酶结构域含有3对二硫键;解整合蛋白结构域含有6对二硫键和特征性RGD(精氨酸甘氨酸天冬氨酸)结构。其基因序列和结构域组成与GenBank中蛇毒金属蛋白酶/解整合蛋白呈现高度同源性属于P-Ⅱ。氨基酸序列blast比对发现,酶原区和解整链蛋白结构域呈现极高的同源性,而金属蛋白酶结构域却出现了极高的变异,推测这些变异结构区是为了适应不同的底物、不同受体或同一受体的不同结构域。     

中国长白山乌苏里蝮蛇金属蛋白酶解整合蛋白Ussurin基因克隆和序列分析

采用Clontech链转换建库试剂盒 ,建立了中国长白山乌苏里蝮蛇毒腺cDNA文库 ,从中克隆了金属蛋白酶 解整合蛋白Ussurin ,并进行了序列分析。结果显示 ,Ussurin开框读码序列由 14 34bp组成 ,编码 4 78个氨基酸。由核苷酸顺序推导的氨基酸序列可以看出 ,Ussurin最初的翻译产物是酶原前体 ;依次含有 18氨基酸组成的信号肽 ,171氨基酸组成的酶原区和由 2 89氨基酸组成的Ussurin(2 0 0氨基酸组成的金属蛋白酶结构域、16氨基酸组成的间隔区和 73氨基酸组成的解整合蛋白结构域 )。Ussurin的金属蛋白酶结构域含有 3对二硫键 ;解整合蛋白结构域含有 6对二硫键和特征性RGD(精氨酸 甘氨酸 天冬氨酸 )结构。其基因序列和结构域组成与GenBank中蛇毒金属蛋白酶 解整合蛋白呈现高度同源性属于P Ⅱ。氨基酸序列blast比对发现 ,酶原区和解整链蛋白结构域呈现极高的同源性 ,而金属蛋白酶结构域却出现了极高的变异 ,推测这些变异结构区是为了适应不同的底物、不同受体或同一受体的不同结构域     

大豆酪氨酸氨基转移酶基因的克隆与表达分析

采用电子克隆与实验克隆相结合的方法获得了大豆酪氨酸氨基转移酶基因的cDNA序列,GenBank登录号为DQ003328.序列分析结果表明,该cDNA序列含有一个编码425个氨基酸的完整的开放读码框,5′非翻译区具有多个同框终止密码子,3′端具有3个加尾信号和polyA尾巴.启动子区除含有通用核心元件外,还含有许多与光反应有关的作用元件.氨基酸序列比对和系统发育分析结果显示,不同物种之间酪氨酸氨基转移酶的氨基酸序列同源性较高.电子表达分析和RT-PCR组织表达分析结果表明,该基因的表达量与组织中叶绿体含量具有很高的关联,强光逆境能够上调该基因的表达.     

16条甲型肝炎病毒流行株基因型及全基因组特征分析

为分析具有相同VP1-2A区基因序列的甲型肝炎病毒（Hepatitis A virus,HAV）流行株全基因组序列特征,收集我国6个省市不同年份同一起或不同起甲型肝炎（甲肝）暴发中,部分甲肝病例急性期血清标本,提取HAV RNA,进行VP1-2A区基因分型,RT-PCR分段扩增HAV近全基因组序列,构建系统进化树,分析基因组特征。本研究获得16条HAV近全基因组序列,均属于基因IA亚型,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.81%～100%和99.23%～100%。与GenBank中HAV序列比较,15条序列与Man12-001（蒙古国株）最接近,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.87%～99.81%和99.55%～99.95%;1条序列与HAJEF-K12（日本株）最接近,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为99.37%和99.91%。本文中VP1-2A区序列完全相同的HAV流行株,来源于同一起甲肝暴发时,HAV近全基因组核苷酸序列差异为0%～0.03%;来源于不同起暴发时,核苷酸序列差异为0.18%～0.99%。16条HAV序列在已发表的中和抗原表位未发现变异,编码区氨基酸序列处于负向选...     

节杆菌A．pascens DMDC12中SOD基因的克隆和序列分析

根据基因库中细菌SOD的基因保守序列和Arthrobacter pascens DMDC12的N-末端氨基酸序列设计引物,采用PCR技术,以A.pascens DMDC12基因组为模板,克隆了A.pascens DMDC12中Mn-SOD的567 bp的基因片段;再结合该基因片段和A.pascens DMDC12中SOD的N-末端氨基酸序列的有关信息,设计包含该sod完整ORF区域的引物,成功扩增了A.pascens DMDC12中Mn-SOD的基因序列,新sod序列(sodAP)已提交Gen-Bank(收录号DQ779150)。利用生物学软件对该序列进行分析表明,该sodAP序列的ORF区域全长651 bp,编码216个氨基酸;该序列和Arthrobacter sp.FB24的SOD基因序列同源性为86%。     

球形棕囊藻(Phaeocystis globosa)叶绿体psaA基因片段的序列分析

根据GenBank中检索到的南极棕囊藻(Phaeocystis globosa)psaA基因序列设计psaAL和psaAR引物,对球形棕囊藻(Phaeocystis globosa),的psaA基因片段进行PCR扩增并测序,获得了629bp的DNA序列。应用clustal X对球形棕囊藻P1、P2株系和南极棕囊藻的psaA基因片段序列进行比对,结果表明,球形棕囊藻psaA基因片段序列无插入／缺失,核苷酸差异率为3.34％。应用DNAstar分析软件推断球形棕囊藻和南极棕囊藻的psaA基因对应的氨基酸序列和RNA二级结构,发现它们的氨基酸序列差异不大,序列中209个氨基酸只有1个发生了变化,其氨基酸变异率为0．48％;除部分结构域比较相似外,RNA二级结构上体现一定程度的差异,这可能对棕囊藻的分子分类研究有参考价值。因所获得的psaA基因片段序列及氨基酸序列具有种的极端保守性,不适宜用作Phaeocystis属种间的分子分类研究。     

Deduced amino acid sequence of Escherichia coli adenosine deaminase reveals evolutionarily conserved amino acid residues: implications for catalytic function

The goal of the research reported here is to identify evolutionarily conserved amino acid residues associated with enzymatic deamination of adenosine. To do this, we isolated molecular clones of the Escherichia coli adenosine deaminase gene by functional complementation of adenosine deaminase deficient bacteria and deduced the amino acid sequence of the enzyme from the nucleotide sequence of the gene. Nucleotide sequence analysis revealed the presence of a 996-nucleotide open reading frame encoding a protein of 332 amino acids having a molecular weight of 36,345. The deduced amino acid sequence of the E. coli enzyme has approximately 33% identity with those of the mammalian adenosine deaminases. With conservative amino acid substitutions the overall sequence homology approaches 50%, suggesting that the structures and functions of the mammalian and bacterial enzymes are similar. Additional amino acid sequence analysis revealed specific residues that are conserved among all three adenosine deaminases and four AMP deaminases for which sequence information is currently available. In view of previously published enzymological data and the conserved amino acid residues identified in this study, we propose a model to account for the enzyme-catalyzed hydrolytic deamination of adenosine. Potential catalytic roles are assigned to the conserved His 214, Cys 262, Asp 295, and Asp 296 residues of mammalian adenosine deaminases and the corresponding conserved amino acid residues in bacterial adenosine deaminase and the eukaryotic AMP deaminases.     

我国四株狂犬病毒M和P基因序列分析和所编码蛋白的分析

为了解我国狂犬病毒M、P基因序列和结构特点,用RT-PCR方法获得目的基因片段,测定核苷酸序列后,计算机分析核苷酸和氨基酸序列及其功能区位点结构。结果显示四株病毒M基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.9%～99.5%和93.1%～99%,四株狂犬病毒M蛋白上调节病毒RNA转录和复制功能的第58位氨基酸残基均为谷氨酰胺残基(E),与特异性细胞蛋白WW区域作用的PPxY结构序列均为PPEY保守序列;四株病毒P基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.6%～99.8%和87.2%～99%,P蛋白与胞浆动力蛋白轻链LC8相互作用的序列位于143～148位氨基酸残基,均为DKSTQT,四株病毒P基因与L蛋白、N蛋白作用位点序列显示未发生影响其生物学功能的变异。研究结果证实了这两种蛋白结构在病毒致病性中起重要作用的推论。     

The isolation and characterization of rabbit motilin precursor cDNA.

The cDNA sequence of rabbit motilin precursor has been determined. The predicted amino acid sequence indicates that the precursor consists of 133 amino acids and includes a 25 amino acid signal peptide followed by the 22 amino acid motilin sequence and an 86 amino acid motilin associated peptide (MAP). As in the human and porcine precursors, two lysine residues follow motilin in the rabbit sequence. Rabbit motilin shares 64% amino acid sequence identity with human and porcine motilin, and all amino acid substitutions represent conservative changes. Amino acid sequence alignments of the rabbit, human and porcine MAP sequences suggest three functional/structural motifs corresponding to a putative endoproteinase recognition site, a putative PEST site and a potential posttranslational processing recognition element.     

新疆黄精凝集素基因的克隆、序列分析和表达

用百合科黄精属植物凝集素基因的保守序列为引物,从新疆黄精的叶中克隆出黄精凝集素的全长cDNA。序列分析表明, 克隆获得的新疆黄精凝集素(Polygonatum roseum agglutinin, PRA)基因完整的ORF片段大小为550 bp, 编码1 条长159个氨基酸肽链, 没有内含子, 其中N 端的28个氨基酸是信号肽。对新疆黄精凝集素cDNA 序列同源性的分析比较发现, 黄精属植物凝集素基因之间有很高的同源性(92%)。氨基酸序列比对和SWISS-MODEL同源模建分析表明, PRA由12个b-折叠片组成的b-桶结构, 具有与单子叶植物甘露糖结合凝集素相似的空间结构。重组质粒pGEX-4T-1-PRA 和pMAL-p2x-PRA, 分别转化E. coli BL21进行原核表达, 新疆黄精凝集素能够以可溶性融合蛋白形式表达, 分子量约为14 kD。构建真核表达载体pcDNA3-PRA, 免疫小鼠后获得了抗血清。免疫印迹结果显示为单一的条带, 证明该抗血清具有针对PRA抗原的专一性。新疆黄精凝集素基因的克隆、原核和真核的表达以及抗血清的制备, 为进一步研究凝集素蛋白的性质和功能, 并为植物抗病虫基因工程研究提供有用的实验材料。     

新疆黄精凝集素基因的克隆、序列分析和表达

用百合科黄精属植物凝集素基因的保守序列为引物,从新疆黄精的叶中克隆出黄精凝集素的全长cDNA。序列分析表明, 克隆获得的新疆黄精凝集素(Polygonatum roseum agglutinin, PRA)基因完整的ORF片段大小为550 bp, 编码1 条长159个氨基酸肽链, 没有内含子, 其中N 端的28个氨基酸是信号肽。对新疆黄精凝集素cDNA 序列同源性的分析比较发现, 黄精属植物凝集素基因之间有很高的同源性(92%)。氨基酸序列比对和SWISS-MODEL同源模建分析表明, PRA由12个b-折叠片组成的b-桶结构, 具有与单子叶植物甘露糖结合凝集素相似的空间结构。重组质粒pGEX-4T-1-PRA 和pMAL-p2x-PRA, 分别转化E. coli BL21进行原核表达, 新疆黄精凝集素能够以可溶性融合蛋白形式表达, 分子量约为14 kD。构建真核表达载体pcDNA3-PRA, 免疫小鼠后获得了抗血清。免疫印迹结果显示为单一的条带, 证明该抗血清具有针对PRA抗原的专一性。新疆黄精凝集素基因的克隆、原核和真核的表达以及抗血清的制备, 为进一步研究凝集素蛋白的性质和功能, 并为植物抗病虫基因工程研究提供有用的实验材料。     

带芒草属低分子量谷蛋白基因的克隆及序列分析

在普通小麦中获得了大量的低分子量谷蛋白基因序列, 而在小麦近缘属物种中获得的同源基因则比较少, 导致对麦类低分子量谷蛋白基因家族成员间的关系还不清楚。因此, 进行近缘属物种低分子量谷蛋白基因的研究是非常必要的。此研究通过特殊设计的1对引物, 以小麦近缘属带芒草物种的基因组DNA为模板, 经过PCR和克隆, 从中得到了一条核苷酸序列长度为1 035 bp, 推测的氨基酸序列为343个氨基酸残基的低分子量谷蛋白基因, 该基因序列具有小麦低分子量谷蛋白基因的典型特征, 包括21个氨基酸残基的信号肽、13个氨基酸的N-端和由可重复的短肽单元组成的重复区以及1个C末端。序列比对结果揭示了来自带芒草的低分子量谷蛋白基因与小麦同源基因的差异及相互关系。此研究结果对从带芒草属以及其他小麦近缘属物种中分离未知低分子量谷蛋白基因有参考价值和借鉴意义。     

Cloning and nucleotide sequence of the Salmonella typhimurium LT2 gnd gene and its homology with the corresponding sequence of Escherichia coli K12

Summary The complete nucleotide sequence of the Salmonella strain LT2 gnd gene for 6-phosphogluconate dehydrogenase was determined. The gene contains 1404 bases and encodes a 468 amino acid polypeptide, which is the same as for Escherichia coli K12. The DNA sequence shows 14.8% difference between the two and the amino acid sequence 3.6% difference. Changes are mostly in the third codon base and most of the amino acid changes are conservative.     

A single amino acid difference distinguishes the human and the rat sequences of stathmin, a ubiquitous intracellular phosphoprotein associated with cell regulations

Stathmin is a ubiquitous phosphoprotein proposed to play a general role as an intracellular relay integrating diverse regulatory signals of the cell's environment. We used a rat stathmin probe to isolate two classes of cDNAs coding for the human protein and corresponding to the usage of different polyadenylation sites. Compared to the rat sequences, they displayed a very high conservation both at the nucleic acid and the deduced protein sequence levels, with a single conservative amino acid difference. Further analysis of the protein sequence revealed novel putative phosphorylation sites, as well as internal repeated sequences which might reflect structural features involved in the molecular mechanisms by which stathmin fulfills its biological functions. The extreme conservation of the entire stathmin sequence further stresses the essential and general role of stathmin in cell regulations.