不同处理方式及试剂盒对石蜡包埋组织提取DNA影响

目的:比较石蜡包埋组织三种不同的前处理方式用不同试剂盒提取DNA效果,以期达到能根据各自实验室条件差异,选择合适的样本处理方式及相应的试剂盒,获得高质量DNA。方法:在提取DNA前,对石蜡块包埋的组织分别进行三种前处理,形成三种组织形式:切片机连续切片,手动刮取石蜡组织块后获得手刮片和切片后烤片制成的玻片,用Qiagen和Tiangen试剂盒提取DNA,并用琼脂糖电泳,PCR扩增和测序进行鉴定。结论:如果样本是玻片形式的石蜡包埋组织,可以选择改良过的Qiagen试剂盒提取DNA;样本如果是石蜡块包埋的组织,有切片机的,切片之后用Tiangen试剂盒提取DNA;而没有切片机的实验室可以选择用刀片刮取石蜡块组织,用Tiangen试剂盒提取DNA。     

石蜡包埋组织中DNA的提取

从石蜡包埋组织中提取DNA,是进一步研究抑癌基因的基础,而石蜡包埋组织中提取到的DNA往往已被降解成小分子且量微,作者经多次摸索试验,改进了一些步骤,取得了较好的抽提效果。     

从石蜡包埋组织中获取高质量基因组DNA的方法改进

从石蜡包埋组织中制备基因组DNA(gDNA)难度大、获取样本量很少.传统方法为二甲苯脱蜡法.为了简化操作,获得更高质量的gDNA,我们采用水浴法替代二甲苯进行脱蜡,亲和层析纯化石蜡包埋肝细胞癌(HCC)组织标本中基因组DNA,以纯化gDNA为模板PCR扩增看家基因.结果显示改良水浴法提取的gDNA质量、数量均显著高于传统二甲苯脱蜡法,PCR产物量也得到显著提高.与传统方法相比,改良水浴法简单、快捷,可以更有效的回收石蜡包埋组织中的gDNA.     

石蜡包埋组织的DNA提取及其在免疫球蛋白基因重排分析中的应用

基因重排分析在淋巴瘤诊断中具有重要意义.文章应用改良DNA提取方法,从30例淋巴增生性病变石蜡包埋组织获得的DNA虽有不同程度的降解,但适于PCR扩增Ig重链基因重排分析;约1/3病例提出高分子量DNA,可用于DNA印迹杂交.因此,石蜡包埋组织同样可为某些疾患,如淋巴瘤疑难和罕见病例的回顾性分子病理学研究提供基因诊断的DNA来源.     

甲醛固定石蜡包埋组织4种DNA提取方法的比较分析

本研究以10例甲醛固定石蜡包埋组织（FFPET）作为疑难检材,将其制成蜡膜,分别以二甲苯-Chelex100法、脱蜡液-Chelex100法、脱蜡液-Vazyme FastPure FFPE DNA Isolation试剂盒（简称FP试剂盒）、脱蜡液-北京天根石蜡包埋组织基因组提取试剂盒法（简称天根试剂盒）提取DNA,进行紫外分光光度计测定（浓度、纯度）及短串联重复序列（STR）分型检测（23个常染色体）,通过比较分析FFPET在4种不同提取方法中的提取质量、STR分型质量和检出率,从而寻求一种高效简便、经济实用、方便快捷的甲醛固定石蜡包埋组织中DNA提取方法。结果表明：应用4种方法提取的石蜡包埋组织蜡膜DNA经紫外分光光度计测定后显示,应用2种Chelex100法提取的DNA浓度高于2款试剂盒,试剂盒提取的DNA的纯度优于另外2种方法,以上差异均具有统计学意义（P<0.05）;FP试剂盒提取DNA的平均浓度和纯度均优于天根试剂盒,无显著性差异（P>0.05）;STR分型普遍存在不同基因座和同一基因座不同等位基因之间的扩增不均衡,呈现前高后低状态;STR平均检出率为FP试剂...     

Bst DNA聚合酶大片段在全基因组扩增中的应用

Bst DNA聚合酶大片段作为一种常用的DNA聚合酶,因其独特的特点:能引发链置换反应、高保真、耐高温等,而成为一种重要的DNA多重置换扩增酶。目的:为减少成本,设计一种高产,方便且扩增活性高的Bst DNA聚合酶大片段表达体系;探究该酶应用于胃癌石蜡包埋组织基因组DNA的扩增条件。方法:采用p TWIN1质粒作为载体克隆表达Bst DNA聚合酶大片段,应用几丁质亲和层析柱纯化该酶,使用该酶对人类基因组DNA进行不同温度下扩增,探究其最适反应温度,并据此对胃癌石蜡包埋组织基因组DNA进行扩增。结果:由此得到的Bst DNA聚合酶大片段能运用于胃癌石蜡包埋组织基因组DNA的扩增,扩增效率可达200倍,并能应用于a CGH芯片。结论:扩增得到保真性高,覆盖基因组范围大的DNA扩增产物。该应用与a CGH结合,使得对少量的癌症石蜡包埋组织DNA样本进行全基因组扩增,并进行其基因拷贝数变异研究成为可能。     

从石蜡包埋的微量肾活检组织中提取及分析RNA

本文用氧钒核糖核苷复合物ＶＲＣ（ＶａｎａｄｙｌＲｉｂｏｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅＣｏｍｐｌｅｘ）孵育的方法,从石蜡包埋半年以上的肾组织中提取出ＲＮＡ,分析了ＲＮＡ的质量,探讨了影响ＲＮＡ提取的因素。在此基础上,我们又采用ｔＲＮＡ助沉的方法,进一步从石蜡包埋的微量肾活检组织中提取出ＲＮＡ,并用逆转录热启动ＰＣＲ（ＲＴ－ｈｏｔｓｔａｒｔ－ＰＣＲ）方法,观察了石蜡包埋的肾活检组织中细胞因子的基因表达。     

STR 分型应用于病理标本污染的个体识别

目的:通过STR分型,对两例卵巢囊腺癌病理标本的组织细胞进行个体识别,以鉴别其中一例病理标本癌细胞是否源于污染。方法:对甲醛固定石蜡包埋组织,分别切片后在倒置显微镜下,用显微操作系统分离出不同形态的细胞团,对提取的DNA样本进行常规STR扩增检验。结果:经过STR分型比对,证实病理标本存在污染,其中一例的癌细胞来源于另一个体。结论:STR分型是用于病理石蜡包埋组织标本污染个体识别的有效手段。     

DNA提取的应用与相关技术分析

为了分析影响提取DNA的有关因素,采用标准酚—氯仿抽提法和蛋白酶消化法提取DNA。结果表明,平均每mL全血可提取200 ~ 300μgDNA;新鲜组织及OCT包埋冰冻组织提取DNA,平均每0.2g组织可获得200~300μgDNA;直接将石蜡标本提取物制作模版,PCR扩增良好。从4种组织中均获得较为纯净的DNA;OCT对组织DNA无不良影响。 Abstract:To explore influence factors of DNA extraction,the protease and phenol-chloroform method was used to extract DNA in whole blood,fresh tissues,frozen tissues embedding with OCT and tissues embedding in paraffin.It results that 200~300μg DNA was extracted from 1ml whole blood or 0.2g fresh tissues or frozen tissue embedding with OCT.DNA extracted from paraffin specimen can be directly used in PCR amplification.Purity DNA can be extracted from four kinds of different tissues.OCT hasn't harmful effect on tissue DNA extraction.     

一种简便的从石蜡包埋组织中提取RNA的方法

目的:建立一种从石蜡包埋组织提取高质量RNA的简便、经济的方法。方法:运用TRIzol法和改进的AGPC(酸-异硫氰酸胍-苯酚-氯仿)法等2种提取方法,从50例石蜡包埋组织中提取RNA,用紫外分光光度仪测定RNA的产率和纯度;用管家基因β-肌动蛋白做RT-PCR,检测RNA的质量。结果:TRIzol法提取RNA的成功率为96%(48/50),AGPC法为94%(47/50),2种方法所得RNA的吸光度值及得率在统计学上均无明显差异。结论:AGPC法和TRIzol法的提取效率相似,且提取费用只有TRIzol法的一半左右,是一种简便、经济、适合大量提取石蜡包埋组织中的RNA的方法,可用于临床。     

乳腺癌组织CCNA1启动子区甲基化与肿瘤转移的相关性

目的：探讨CCNA1基因甲基化在乳腺癌发生发展中的作用。方法：采用Qiagen-FFPE的步骤提取95例石蜡包埋乳腺癌组织的基因组DNA,应用限制性酶切-PCR对所提DNA进行CCNA1甲基化检测。结果：乳腺癌组织中CCNA1基因启动子甲基化的阳性率为90.9%（86/95）。结论：CCNA1基因甲基化参与乳腺癌的发生,发展,有淋巴结转移多见的特征,CCNA1基因甲基化与乳腺癌转移由关。     

乳腺癌组织CCNA1 启动子区甲基化与肿瘤转移的相关性

目的:探讨CCNA1基因甲基化在乳腺癌发生发展中的作用。方法:采用Qiagen-FFPE的步骤提取95例石蜡包埋乳腺癌组织的基因组DNA,应用限制性酶切-PCR对所提DNA进行CCNA1甲基化检测。结果:乳腺癌组织中CCNA1基因启动子甲基化的阳性率为90.9%(86/95)。结论:CCNA1基因甲基化参与乳腺癌的发生,发展,有淋巴结转移多见的特征,CCNA1基因甲基化与乳腺癌转移由关。     

石蜡包时组织的DNA提取及其在免疫球蛋白基因重排…

基因重排分析在淋巴瘤诊断中具有重要意义。文章应用改良ＤＮＡ提取方法。从３０例淋巴生性病变石蜡包埋组织获得的ＤＮＡ虽有不同程度的降解,但适于ＰＣＲ扩增Ｉｇ重链箕因重排分析;约１／３病例提出高分子量ＤＮＡ,可用于ＤＮＡ印迹杂交。因此,石蜡包埋组织同样可为某些疾患,如淋巴瘤凝难和罕见病例的回顾性分子病理学研究提供基因诊断的ＤＮＡ来源。     

一种用于DAPI染色的方法--Steedman's wax包埋切片法

以植物的胚珠和子房为实验材料,介绍一种用Steedman's wax 包埋对组织切片中的细胞核进行DAPI染色的方法.Steedman's wax 作为一种低熔点多酯蜡,具有与石蜡相似的性质,切片方法同常规石蜡切片,适合于切成厚度大于5 μm的连续切片.Steedman's wax包埋的切片能成功地进行DAPI染色.与用压片法和Technovit 7100或GMA包埋切片法进行的DAPI染色相比,用Steedman's wax 包埋切片法进行的DAPI染色具有廉价、操作简便、可进行连续切片、图象清晰等优点,特别在植物细胞程序化死亡(PCD)的研究中及细胞核DNA含量测定方面,有着较大的应用价值和潜能.     

蚊虫连续石蜡切片制备及染色

本研究利用塑化石蜡进行了吸血前后白纹伊蚊整个蚊虫的石蜡包埋、制片及 HE染色 ,获得了染色清晰 ,组织完整的连续石蜡切片 ,并讨论了有关蚊虫石蜡包埋及制片染色的一些注意事项。为进一步利用免疫组化、原位 PCR等技术研究虫媒病毒在蚊虫体内的分布规律提供了可能     

头颈部肿瘤基因组中HPV16DNA的同源序列

利用头颈部肿癌临床活检新鲜组织和石蜡包埋组织的两种处理标本,分别采用核酸分子杂交和聚合酶链反应(PCR)两种技术,分析了头颈部肿瘤组织基因组中人乳头瘤病毒16型的同源序列,并研究HPV16的感染同头颈部肿瘤发生发展的关系。结果表明:1.喉鳞状细胞癌DNA中有HPV16 DNA同源序列,检测频率在20.0％以上。2.PCR扩增石蜡包埋肿瘤组织DNA中HPV16的URR(病毒基因上游调控区)中的序列,电泳分析扩增产物在喉乳头状瘤、喉癌、鼻腔内翻性乳头瘤和口腔癌中检测率分别是11.1％、20.0％、42.9％和27.3％。3.研究表明HPV16 DNA阳性率与喉癌原发部位,分化程度和临床分期之间可能有一定的相关性。人乳头瘤病毒可能是头颈部肿瘤的病毒病因之     

一种用于DAPI染色的方法Steedman＇s wax包埋切片法

以植物的胚珠和子房为实验材料,介绍一种用Steedrnan‘s wax包埋对组织切片中的细胞核进行DAPI染色的方法。Steedrnan‘s wax作为一种低熔点多酯蜡,具有与石蜡相似的性质,切片方法同常规石蜡切片,适合于切成厚度大于5μm的连续切片。Steedrnan‘s wax包埋的切片能成功地进行DAPI染色。与用压片法和Technovit 7100或GMA包埋切片法进行的DAPI染色相比,用Steedrnan‘s wax包埋切片法进行的DAPI染色具有廉价、操作简便、可进行连续切片、图象清晰等优点,特别在植物细胞程序化死亡(PCD)的研究中及细胞核DNA含量测定方面,有着较大的应用价值和潜能。     

激光显微切割技术用于子宫内膜异位组织DNA的提取及其完整性分析

目的：探索一套激光显微切割（LCM）分离子宫内膜异位症腺体细胞后提取微量DNA并进行完整性分析的操作流程。方法：分别对20例石蜡标本及20例冰冻标本进行LCM,收集切割后的腺体细胞;2组标本各取10例提取微量DNA,检测DNA浓度并通过PCR扩增进行验证;余20例标本分别进行全基因组扩增,检测产物浓度并利用8种常见管家基因作为引物通过PCR扩增进行验证,对比分析其结果。结果：石蜡标本与冰冻标本在LCM获取腺体细胞及提取微量DNA两个环节中均可获得满意效果;但经全基因组扩增后,石蜡标本无法保留完整DNA信息。结论：LCM获取子宫内膜异位症腺体细胞提取微量DNA是一种操作简单、结果稳定的方法,可作为日后子宫内膜异位症基因组研究的常规方法;冰冻切片相对石蜡切片,更能保留完整的DNA信息。     

四格小孔径包埋盒在常规病理技术中的应用改进

目的探讨四格小孔径包埋盒应用于胃肠镜活检组织病理标本取材和石蜡包埋过程中的改进方法,以提高制片效率和质量。方法将胃肠镜活检组织随机放入四格小孔径包埋盒内作为对照组,包埋盒上不记录(对照组A)或记录(对照组B)每例活检组织的数量;改进组对四格小孔径包埋盒的四个分区重新定义为I-IV四个象限,取材时将1-4个活检组织分别对应放入I-IV四个象限的小格中。对照组和改进组标本均进行常规石蜡包埋、切片以及HE染色,比较3组间病理组织取下后放入包埋盒内的耗时、石蜡包埋过程中收集标本的耗时以及显微镜观察标本数与实际标本数的符合率。结果改进组平均每例标本取材后放置标本和包埋收集标本耗时均显著短于对照组B;与对照组A相比,改进组放置标本耗时无显著差异,而收集标本耗时显著缩短。改进组镜检标本数量符合率为100%,显著高于两个对照组。结论对四格小孔径包埋盒的四个小格重新定义并赋予特定的数量关系,将该规则应用于病理组织取材过程和常规石蜡包埋过程中可提高胃肠镜活检组织的制片效率和质量。     

不同组织在石蜡包埋中的方法和体会

在石蜡切片制作过程中,组织包埋是一重要环节,不同组织和病变的包埋则有所不同,包埋位置直接影响切片和对病变的观察,现将我们在工作中的包埋方法和体会介绍如下：