动物snmRNA的系统识别与鉴定

小分子非编码RNA(snmRNA)在调控基因的转录和转录后加工、细胞分化和个体发育、遗传和表观遗传等几乎所有的重要生命活动中发挥关键作用。建立和发展snmRNA研究技术,系统地发现和注释基因组中的snmRNA基因并阐明其生物学意义是当前RNA组学的首要任务。围绕snmRNA的系统识别与鉴定等问题,该文对近年来采用实验技术和计算机预测方法发掘snmRNA所取得的主要研究成果进行综述。     

microRNA及其在植物生长发育中的作用

microRNA（miRNA）是真核生物中一类长度约为22个核苷酸的调控基因表达的非编码小分子RNA。文章介绍miRNA在植物生长发育、激素分泌与信号转导、对外界环境胁迫的应答以及调控自身合成中的作用的研究进展。     

模式生物与microRNA研究

microRNA（miRNA）是一类内源性、长度在19~25个碱基的小分子非编码RNA,其在基因的转录后调控中发挥重要功能.miRNA的研究在最近得到了快速发展,模式生物在这一过程中起到了重要作用.本文介绍了不同模式生物在miRNA的发现、作用机制和生物学功能研究中的作用.     

microRNA和长链非编码RNA在呼吸系统疾病中的表达

非编码RNA包括microRNA(miRNA)和长链非编码RNA(1ncRNA),广泛存在于真核生物的基因组中,通过调控转译过程影响各种生物学效应,在多种生物体的重要生命过程中具有不可替代的作用。研究已证实呼吸系统疾病中miRNA存在差异性表达,而lncRNA可调节分子表型,两者的相互作用机制仍需大量实验进行研究。非编码RNA作为一种新型治疗途径的靶点,其具体作用机制及如何更好地应用于临床值得深入探讨。     

"总RNA提取和鉴定"的实验技巧及方法改进

植物总RNA提取,对实验室和实验器具的要求比较苛刻,如果没有专门的,RNA实验室,本科生实验课程在大实验室里有限的条件下,实验难以成功。有以下方法供参考。     

计算识别microRNA及其靶基因

小RNA的发现为基因调控系统研究提供了新的方向。在多数物种中已经发现了大量的小RNA。这一领域已经成为了近来研究的热点,在研究起始阶段,计算学方法已经成为实验研究中不可或缺的工具,许多发现是由生物学实验与计算学方法共同合作来完成的。在这篇综述中,我们总结了前人关于小RNA及其靶基因识别的理论知识。最后,讨论了关于预测小RNA及其靶基因的计算学方法和相关软件。     

sORFs及其编码的微肽的发现和鉴定方法研究进展

小开放阅读框(small open reading frames,sORFs)是指含有不多于100个密码子的开放阅读框.由sORFs编码的肽被称作微肽(micropeptide)或小开放阅读框编码的肽(sORFs-encoded pep-tide,SEP).随着生物信息学、计算机科学以及高通量测序技术的发展,已在多个物...     

计算机在厌氧菌数值鉴定编码中的应用

用ＦｏｘＢＡＳＥ＋语言将厌氧菌数值鉴定编码检索表编制专用程序,在计算机里贮存性信息将未知厌氧性状检查后所得结果与已有信息比较,自动做出鉴定。本程序采用先进的软件编辑,因此,程序运行灵活,速度快,占内存小,结果准确、满足用户的要求。用户在执行本程度时,只需将２４项检查后的结果按“＋”,“－”号的方式输入,经过计算机的检索,就可判断出是哪一种菌种,程度操作简单。     

细菌中非编码小RNA的筛选及鉴定

细菌非编码小RNA(small non-coding RNA,sRNA)是一类长度在50-200个核苷酸,不编码蛋白质的RNA.它们通过碱基配对识别靶标mRNA,在转录后水平调节基因的表达,是细菌代谢、毒力和适应环境压力的重要调节因子.近年来,随着生物信息学和RNA组学技术应用于细菌sRNA的筛选,sRNA已被证实存在于大肠埃希杆菌(Escherichia coli),铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)、霍乱弧菌(Vibrio cholerae)等细菌中,是细菌基因调控中新的调节因子.本文对细菌中非编码小RNA的筛选和鉴定技术作一个简要论述.     

非编码RNA多维调控网络与肝细胞癌

肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC,下称肝癌)是一种全球高发的恶性肿瘤,其生长快、易转移、死亡率高.非编码RNA(non-coding RNA, ncRNA)是指由基因组转录的不编码蛋白质的RNA.它们数量巨大,占人类基因组转录产物的90%以上.近年研究发现, ncRNA可以在表观遗传、转录和转录后水平调控基因表达,或者调控蛋白质的定位及活性,进而影响细胞的分化、增殖、死亡、运动等重要活动; ncRNA的失调与疾病的发生发展密切相关.发现肝癌相关的ncRNA并深入研究其调控网络及作用机制将为肝癌的诊断和治疗提供新策略.本文介绍了ncRNA的分类, ncRNA的生成、加工和降解机制, ncRNA的功能网络,并总结了ncRNA在肝癌细胞恶性表型调控中的功能及机制,最后讨论了ncRNA作为诊断标志物和治疗靶点的潜在应用.     

microRNA与心脏疾病

microRNA是植物和动物基因组编码的小分子非编码RNA.这种高度保守、长21～25个碱基RNA分子通过与mRNA的3'非编码区结合来调控基因组表达.microRNA通过其转录后调控机制在胚胎发育、细胞增殖,细胞分化、细胞死亡及细胞凋亡中发挥调控作用.近期研究发现,microRNA的异常表达可导致心脏疾病的发生、发展.现对microRNA在心脏发育、心肌肥厚和心肌重构、心力衰竭和心律失常等过程中的作用进行综述.     

预测和鉴定蛋白质翻译后修饰的生物信息方法

蛋白质翻译后修饰对蛋白质成熟、结构和功能多样性有决定性的作用。但蛋白质翻译后修饰的多样性、普遍性、动态性,使传统的生物化学方法在全局水平上理解翻译后修饰非常有限,对它们的研究、特别是大规模的研究长期发展缓慢。现在,在实验研究基础上,借助多方面的生物信息学方法,可以快速高通量的预测和鉴定蛋白质翻译后修饰。一方面,可以从序列角度出发,基于酶识别底物的特异性,用位点权重矩阵、支持向量机等算法,从底物蛋白质序列提取修饰相关的保守序列,并用于预测翻译后修饰位点。这种方法相对成熟,能够取得较理想的预测准确性,但不能反映不同时间不同细胞的翻译后修饰状态。另一方面,可从质谱数据分析出发,有望捕获细胞内翻译后修饰的动态特性。质谱分析的高灵敏度、高准确度和高通量的能力已使建立在质谱基础上的蛋白质组学成为研究翻译后修饰的重要工具,生物信息学方法和质谱蛋白质组学的结合则更可以加速研究翻译后修饰的进程。本文从序列和质谱分析两个角度总结评价了各种翻译后修饰相关生物信息学方法的研究近况,重点讨论利用质谱数据鉴定翻译后修饰的新思路。     

microRNA调控的生物网络

生物网络是生物体内各种分子通过相互作用来完成各种复杂的生物功能的一个体系。网络水平的研究,有助于我们从整体上理解生物体内各种复杂事件发生的内在机制。microRNA（miRNA）是一类在转录后水平调控基因表达的小RNA分子。研究结果表明,miRNA调控的靶基因分布范围很广,因此必然与目前所研究的生物网络有着各种各样的联系。对这种关系的揭示,将对阐明miRNA的调控规律起到重要的作用。本文重点讨论了miRNA调控的基因调控网络、蛋白质相互作用网络以及细胞信号传导网络的特征。此外,还总结了miRNA调控的网络模体（motif）和miRNA协同作用网络的特征。     

MicroRNA在植物营养胁迫中的作用

microRNA是具有重要功能的一类非编码小RNA,不仅在植物生长发育过程中具有重要的调控作用,而且在植物营养胁迫中发挥作用。本文综述了microRNA在3种大量元素——氮、磷、硫胁迫中的作用。     

MicroRNAs and response to therapy in leukemia

A variety of epigenetic factors involved in leukemia pathogenesis. Among various epigenetic factors, microRNAs (miRNAs) have emerged as important players, which affect a sequence of cellular and molecular signaling pathways. Leukemia is known as progressive cancer, which is related to many health problems in the world. It has been shown that the destruction of the blood-forming organs could lead to abnormal effects on the proliferation and development of leukocytes and their precursors. Despite many attempts for approved effective and powerful therapies for patients with leukemia, finding and developing new therapeutic approaches are required. One of the important aspects of leukemia therapy, identification of underlying cellular and molecular mechanisms involved in the pathogenesis of leukemia. Several miRNAs (ie, miR-103, miR-101, mit-7, let-7i, miR-424, miR-27a, and miR-29c) and play major roles in response to therapy in patients with leukemia. miRNAs exert their effects by targeting a variety of targets, which are associated with response to therapy in patients with leukemia. It seems that more understanding about the roles of miRNAs in response to therapy in patients with leukemia could contribute to better treatment of patients with leukemia. Here, for the first time, we summarized various miRNAs, which are involved in response to therapy in the treatment patients with leukemia.     

microRNA对细胞自噬调节

细胞自噬是细胞内高度保守的细胞自我消化和分解代谢过程,细胞内变性蛋白、衰老和受损的细胞器被转运到溶酶体降解. 自噬过程失调引起多种疾病,包括感染、衰老、神经退行性疾病、癌症和心脏疾病等,因此,自噬过程需要非常精确的调控. MicroRNA是一类在基因转录后水平调控目的基因的功能性小RNA分子.研究发现,microRNA可以通过RNA干扰（RNA interference, RNAi）途径调控某些自噬相关基因(autophagy related gene, ATG)及其调节因子.这些microRNA表达异常足以影响自噬水平,使得microRNA成为自噬研究的新视角,同时也使microRNA成为治疗自噬失调引起的疾病的潜在靶点.本文将对有关microRNA参与细胞自噬调控的最新研究动态进行综述.     

MicroRNAs and their role in viral infection

Recently, a class of about 22 nucleotides (nt) small RNA has been discovered in many eukaryotes, termed microRNAs (miRNAs), which have a variety of functions. Many recent findings have demonstrated that viruses can also encode their own miRNAs. Meanwhile, other findings reveal a relationship between host miRNA and viral infection. These findings suggest a tight relationship between host and viral infection via miRNA pathway. This article introduces the miRNAs encoded by viruses and reviews the advances of the interaction of the mammalian host miRNAs and viral infection.