三峡库区常见鱼类DNA条形码本地BLAST数据库的构建和应用

本研究采集三峡水库库区6目10科41属51种常见鱼类样本,测定了DNA条形码COI基因652 bp同源片段,初步分析条形码序列特征、不同分类水平下K2P遗传距离及系统发育关系.研究发现:属内种间平均遗传距离为0.061,科内属间平均遗传距离为0.110,目内科间平均遗传距离为0.206.DNA条形码具有较高的物种鉴别率...     

微生物基因数据库在氮循环功能基因注释中的应用

氮循环是微生物和化学过程介导的生物地球化学循环。利用基因测序技术研究环境中参与氮循环的微生物群落、微生物及功能基因,是环境基因组学和微生物生态学的重要研究热点。近年来,各种类型的数据库被开发并应用到功能分析中。本文结合时下最新研究成果,聚焦由微生物引起的同化硝酸盐还原作用、异化硝酸盐还原作用、反硝化作用、固氮作用、硝化作用(包括完全氨氧化作用)和厌氧氨氧化作用等6种无机氮循环途径的功能基因,对比了National Center for Biotechnology Information (NCBI)、Integrated Microbial Genomes (IMG)、Universal Protein (UniProt)、Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)、Protein Families (Pfam)、Functional Gene (FunGene)、Clusters of Orthologous Groups (COG)和NCycDB等数据库的设计理念和功能特点,并结合环境介质、表征基因、分析方法和比对方法等影响因素,分析了以上数据库在氮循环功能基因注释中的选择及应用方式,展望了未来氮循环基因数据库的发展方向,以期为研究人员了解氮循环基因家族和选择合适的数据分析平台提供参考。     

蓝藻与植物叶绿体光合系统基因的生物信息学研究

用BLAST法比较了蓝藻和叶绿体中编码光合系统蛋白的基因碱基序列的同源性,其中蓝藻来自集胞藻6803和念珠藻7120,叶绿体来自地钱、烟草、水稻、裸藻、黑松、玉米、紫菜、拟南芥等。以集胞藻6803的碱基序列为基准(100％),与其他物种进行同源性比较。在光系统Ⅰ基因中,psaC同源性最高(90．14％),最低的是psaJ,(52．24％)。光系统Ⅱ基因中,同源性最高的是psbD基因(83．7l％),最低的是psbN(49．70%)。ATP合成酶基因中,同源性最高的是atpB基因(79．58％,),最低的是atpF(26．69％)。细胞色素b6／f复合物基因中,同源性最高的是petB(81．66％),最低的是petA(55．27％)。这些数据可为叶绿体的起源和进化提供一些证据。     

基于Internet网生物信息资源特定基因同源新基因克隆策略

随着人类基因组计划的基本完成,各类生物信息学数据库和软件层出不穷,利用Internet网上生物信息资源克隆新基因的策略也得到新的发展。作者在简单介绍网上生物信息资源以及新基因克隆策略的同时,着重对基于EST数据库和基因组数据库特定基因的同源新基因克隆策略进行了详细阐述。     

中国基因专利的数据挖掘

对中国专利基因数据库（NASDAP, http://nasdap.generank.org/）进行了统计和数据挖掘,展示了中国基因专利的全貌;揭示了我国基因专利申请的热点和薄弱面;通过对专利基因生命周期聚类结果的分析,总结出围绕一个专利基因进行二次创新的策略以及我国对此类申请的授权态度。这些数据挖掘结果可为我国药物开发和疾病诊断等生命科学高技术领域知识产权战略制定提供重要参考。     

基因转录调控相关数据库集成系统及其应用

通过互联网访问的有关基因转录调控的数据库集成系统及其应用 ,包括调控区 (3’和 5’调控区、内显子和外显子调控区等 )、调控单元 (启动子 ,增强子 ,沉默子等 )和转录因子结合位点相关数据库及其数据库系统的性质、组成和功能。也介绍了这些数据库和系统的查询和搜索方法以及相关开发的程序工具。这些生物信息学资源对于从事生物信息学、分子生物学、遗传工程、基因功能、生物技术、代谢工程、药物设计、病理学和药理学研究的机构及人员在教学研究方面具一定的参考价值和帮助。     

烟曲霉cyp51A基因序列BLAST数据库的建立CSCD

目的构建我国烟曲霉cyp51A基因序列BLAST数据库。方法对本课题组收集的143株耐药与非耐药临床烟曲霉进行cyp51A基因测序,使用BLAST工具包汇总测序结果,构建本地数据库。结果此BLAST数据库包含143株耐药与非耐药烟曲霉cyp51A基因序列,以1株耐药与1株非耐药待测烟曲霉标本的cyp51A序列对此数据库进行检索和比对可以确定烟曲霉cyp51A基因型。结论本数据库有望用于cyp51A基因的检索与比对,鉴定烟曲霉cyp51A耐药基因型。     

4个microRNA靶基因数据库简介

随着对microRNA(miRNA)研究的不断深入,在不同生物中发现了大量miRNA,相应的数据库也应运而生。目前已建立了一些miRNA靶基因数据库,却鲜见介绍。我们简要介绍4个miRNA靶基因数据库及其使用方法,以方便研究者快速查找到所需信息。     

人类基因组计划及基因掠夺

基因在人类的生命过程中占据着重要的地位 ,因此 ,围绕人类基因的研究探索成为本世纪后半叶生命科学研究的热点之一。特别是自九十年代开始 ,人们对基因的研究已不再偏重于单个基因 ,而是把重点放到了对人类基因组的整体研究上 ,也就是说 ,开始对人体从分子水平上进行全面、系统的研究 ,这就是“人类基因组计划”。1 986年 ,美国科学家率先提出了“人类基因组计划” ,1 990年 ,美国政府正式启动“人类基因组计划”(ＨＧＰ) ,并预计投入 3 0亿美元 ,在 1 5年内完成此项计划。随后 ,欧盟、日本、加拿大、俄罗斯、巴西、印度等国纷纷响应 ,提出…     

基于基因本体论的生物信息个人数据库平台

论述了一个基于基因本体论(geneontology)的生物信息个人数据库平台BIO.该数据库平台根据自身研究的需要,用基因本体论中的相关的规范术语来对基因序列信息进行注释,从而可以让用户从基因本体论的角度对生物信息序列进行查询.由于因特网上生物数据库中大量的关于基因序列信息的术语不统一、不规范,存在大量的信息冗余,用此方式可最大限度地精确所要查找的结果.文中详细论述了该数据库平台的研究背景、查询功能以及维护.     

从Myriad案谈基因专利的正当性及美国对基因专利授权实质性要件分析

按照专利制度构建的本质,基因专利的作用在于激励产业创新,促进基因研究的发展。但基因专利从产生以来就一直存在着争议。2011年美国Myriad案对分离DNA序列的可专利性具有不同的观点,从Myriad I案认为分离的DNA是不可专利的客体,到Myriad II上诉案中联邦巡回上诉法院推翻地方法院的观点,认为分离的DNA具有不同的化学结构,满足专利客体的适格性,但同时也反射出了对DNA序列可专利性的怀疑。Myriad案引起了美国、欧洲和澳大利亚司法审判中就基因专利适格性问题的较大争议。本文结合美国Myriad案来分析DNA序列作为专利客体的适格性以及目前美国对基因专利授权的实质性条件。     

Mammalian Mitochondrial ncRNA Database

Mammalian Mitochondrial ncRNA is a web-based database, which provides specific information on non-coding RNA in mammals. This database includes easy searching, comparing with BLAST and retrieving information on predicted structure and its function about mammalian ncRNAs.

Availability

The database is available for free at http://www.iitm.ac.in/bioinfo/mmndb/     

Database searching with DNA and protein sequences: an introduction

This review of sequence database searching aims to set out current practice in the area, in order to give practical guidelines to the experimental biologist. It describes the basic principles behind the programs and enumerates the range of databases available in the public domain. Of these, the most important are the equivalent DNA databases European Molecular Biology Laboratory (EMBL), GenBank and DNA Databank of Japan (DDBJ), and the protein databases Swiss-Prot and TrEMBL. The commonly used BLAST and FASTA algorithms are described in detail and alternative approaches mentioned briefly. Scoring matrices used to compare amino acid types during protein database searches are compared, with an emphasis on the PAM and BLOSUM series of observed substitution matrices.     

中国植物名称数据库的建设及若干问题的探讨

中国植物物种信息数据库是中国科学院科学数据库参考型数据库,中国植物名称数据库（CPNI）是中国植物物种信息数据库最重要的组成部分,是中国植物物种信息数据库收录植物的目录和索引,也是其他数据库的参考和联系的桥梁。以《中国植物志》和《Flora of China》为基础数据来源,加上少量参考数据作为补充,设计建设了中国植物名称数据库,并从现有已建成同类数据库的评价、数据来源和数据组成,以及建库策略实现对中国植物名称数据库建设进行了分析和探讨。中国植物名称数据库是植物名称的参考型数据库,能够辅助植物学相关学科研究中关于植物名称的研究和利用。     

中国农业生态系统的生物量与生产力数据库及其管理系统的研建

在对中国农业生态系统的生物量、生产力研究资料的收集、整理基础上,建立了中国农业生态系统的生物量、生产力数据库,并实现了对该数据库信息的管理,该系统可进行数据录入、修改、系统维护、查询并生成子数据库,与ＳＡＳ软件结合对提取数据集可作进一步分析、研究．可广泛用于农业生态系统的生物量、生产力研究领域     

中成药质量控制研究进展

中成药是我国医药学宝库的重要组成部分,在推动我国医药产业的发展过程中具有不可替代的作用。但是中成药有效成分复杂,药效物质基础不明确,以及单味药材易受品种、产地、加工方法等因素的影响,使得中成药的质量评价成为阻碍中成药走向现代化与国际化的障碍。所谓中成药的现代化就是指用现代化的分析检测手段去解决中成药的质量问题,而中成药的国际化就是指在我国传统中成药知识产权和法律制度的前提下,用国际化的视野和创造性的思维来促进中成药的科技创新,加强与国际之间的交流与合作,达成共识,创建国际化与标准化的中成药质量控制体系。本文从历代药典对中成药质量控制的变化、中成药质量控制的现状分析及存在问题三方面进行了综述,提出了完善中成药质量控制的策略,从而进一步使中成药走向现代化与国际化。     

中成药质量控制研究进展

中成药是我国医药学宝库的重要组成部分,在推动我国医药产业的发展过程中具有不可替代的作用。但是中成药有效成分复杂,药效物质基础不明确,以及单味药材易受品种、产地、加工方法等因素的影响,使得中成药的质量评价成为阻碍中成药走向现代化与国际化的障碍。所谓中成药的现代化就是指用现代化的分析检测手段去解决中成药的质量问题,而中成药的国际化就是指在我国传统中成药知识产权和法律制度的前提下,用国际化的视野和创造性的思维来促进中成药的科技创新,加强与国际之间的交流与合作,达成共识,创建国际化与标准化的中成药质量控制体系。本文从历代药典对中成药质量控制的变化、中成药质量控制的现状分析及存在问题三方面进行了综述,提出了完善中成药质量控制的策略,从而进一步使中成药走向现代化与国际化。     

蛋白质组图谱数据库的建立

中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心与蛋白质组研究中心将公布我国第一个蛋白质组图谱数据库。数据库由物理层、链路层、交互层三层构架组成 ,数据库开发全面采用Java技术 ,具有完全的平台无关性。用户可以方便地对数据库中的图谱进行浏览 ,还可以使用数据库提供的多种检索工具获得感兴趣蛋白质的具体信息     

上海农作物种质资源数据库的设计和构建

随着农作物种质资源数量的不断增加,种质资源交流的日益频繁以及种质资源利用的逐步深入,农作物种质资源数据库的建设对农作物的应用研究和基础性研究至关重要。上海市农业生物基因中心借助于本中心保存的近21万份种质资源的信息,开发了一套上海农作物种质资源数据库,本文主要阐述了该数据库设计和构建的目的、原则和数据库的架构、运行环境以及主要功能模块。上海农作物种质资源数据库采用了B/S结构,平台系统利用多层逻辑架构实现了对农作物种质资源数据信息的收集、存储、查询、统计分析等功能。外部用户通过浏览器即可访问平台系统,浏览查询种质资源信息。内部管理员可使用平台的受限功能,需要认证成功后才可使用后台管理功能,实现对整个平台数据的管理。注册用户还可通过基因资源数据库提交引种申请,管理员结合管理信息系统实现对外供种全流程的网络化,借此可提高工作效率,增加工作流程的透明度。