花生EST数据库的分析、评价和应用前景

花生是我国重要的油料和经济作物。花生产业的发展对我国国民经济具有重要战略意义。随着分子生物学的发展,植物基因工程和功能基因组学的先进技术将有效推动花生种质创新和科技进步。分析了现有的花生EST数据,结合其他作物功能基因组学的最新研究进展,深入探讨了花生EST数据资源在基因克隆、分子标记开发及表达谱研究等方面的利用价值,并在分析花生EST数据库特点的基础上,展望了新一代测序技术在花生中的应用前景。为更好的利用花生EST数据库提供参考。     

基因克隆技术的研究进展

为能快速而准确地克隆目的基因,综述了一些基因克隆常用技术,包括差异表达基因分离技术、转座子标签技术、图位克隆技术、同源序列技术、表达序列标签技术的原理、应用及应用潜力,并对其作了简要的评价.这些技术有利有弊,应根据不同的实验目的和水平来选择相应的技术.     

基因克隆的策略

基因克隆的策略沈岩,吴冠芸（中国医学科学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室北京１００００５）前言从孟德尔发现生物遗传性状由细胞物质控制,至今已有一百多年了。现在我们都知道控制生物遗传性状的基本单位是基因。最近２０年来,随着ＤＮＡ重组体技术的...     

充分利用EST数据库资源

表达序列标签(EST）数据库作为一种重要的基因组数据库,已成为新基因的发现、基因表达及重组蛋白表达等研究的有力分子生物学工具.介绍了如何充分利用EST数据库.     

EST的研究进展

EST(expressed sequence tags)是指从cDNA文库中随机挑取克隆并对其3′或5′端进行单轮自动测序所获得的短cDNA库列,一般长度为150～500 bp.EST作为一种快捷、高效的揭示基因组信息的方法,为寻找新基因、绘制遗传图谱、研究基因差异表达和比较基因组学及DNA芯片的制备等提供了大量的序列信息.总结了EST标记开发存在的一些问题及解决方法和主要EST标记(EST-SSR、EST-SNP、EST-RFLP、EST-AFLP)的开发策略.     

运用生物信息学方法快速获取与肿瘤基因同源的EST及其新基因克隆的策略

如何更多更快地克隆肿瘤基因,探索肿瘤发病机制是研究工作者努力的方向。利用人类基因组研究的现存数据,从ＥＳＴ即ｃＤＮＡ的部分序列入手,通过同源筛选,直接搜寻新基因不失为一种在“基因抢夺战”中获胜的捷径。本文通过实例综述了怎样动用生物信息资源进行ＥＳＴ筛选及其新基因克隆的策略。     

绍鸭卵巢卵泡发育相关新EST的分离与表达

采用银染mRNA差异显示方法从绍鸭卵巢等级卵泡中分离并筛选到 3个差异表达序列标签 (ExpressedSequenceTags ,ESTs)SXDF0 2 0 1(2 71bp)、SXDF0 2 0 2 (2 0 0bp)和SXDF0 2 0 3(173bp) ,通过测序和BLAST检索 ,发现SXDF0 2 0 1与GenBank中登录的所有物种的所有序列均无同源性 ,是在绍鸭卵巢卵泡发现的新EST ,现已登录GenBank(GenBank登录号 :CB0 72 6 2 9) ,而SXDF0 2 0 2和SXDF0 2 0 3则分别与GenBank公布的鸡的EST和肌胃肌球蛋白重链高度同源。用 5′ RACE将SXDF0 2 0 1延伸至 5 4 4bp ,经过BLAST再次检索 ,仍然未发现中度同源序列采用相对定量RT PCR方法进一步研究SXDF0 2 0 1和SXDF0 2 0 2在绍鸭组织中的时空特异性表达 ,发现这两个EST在产蛋高峰期绍兴鸭的下丘脑、垂体、肌肉、肝脏、脂肪等组织都有表达 ;SXDF0 2 0 1在 30日龄卵巢的表达水平显著高于 6 0 (P <0 0 5 )和 90 (P =0 0 15 )日龄 ;而SXDF0 2 0 2在卵巢发育的不同阶段的表达水平没有变化 ;SXDF0 2 0 1在卵巢卵泡颗粒层中的表达总体高于膜层 ,SXDF0 2 0 2在颗粒层中的表达F3 >F5>Fw(P <0 0 1) ,而在F1卵泡降至最低 (P <0 0 1) ,膜层中以Fw 卵泡表达水平最高 (P <0 0 1)。     

白粉病菌诱导的小麦表达序列标签(EST)研究

白粉病是我国小麦的主要病害之一.尝试用表达序列标签(expressed sequence tags, EST)技术,研究了经白粉病菌诱导后的小麦基因表达.从构建的普通cDNA文库中随机挑取约1 500个阳性克隆并进行测序, 获不重复ESTs序列387条.不重复序列均获GenBank的存储号.其中49.4%的序列与已知基因同源,196条序列功能未知, 84条序列为新ESTs.将不重复序列制备成高密度点阵膜,用差示杂交法筛选到几个抗病相关序列.     

ＥＳＴ在克隆新基因中的应用

随着基因定位（连锁图谱、物理图谱、转录图谱）和ＤＮＡ测序及生物信息技术的迅猛发展,ＥＳＴ已成为人类寻找新的未知基因以及克隆不同时空差异表达基因和疾病相关基因的重要标志物。随着ＥＳＴ数据库的进一步完善,网上克隆和定位候选克隆策略将成为克隆新基因的主要方法,并在虚拟的网上空间将模型生物基因组的研究成果成功地应用于人类基因组的研究中。     

白粉病菌诱导的小麦表达序列标签（EST）研究

白粉病是我国小麦的主要病害之一,尝试用表达序列标签（expressed sequence tage,EST）技术,研究了经白粉病菌诱导后的小麦基因表达。从构建的普通cDNA库中随机挑取约1500个阳性克隆并进行测序,获不重复ESTs序列387条,不重复序列均获GenBank的存储号,其中49.4%的序列与已知基因同源,196条序列功能未知,84条序列为新ESTs。将不重复序列制备成高密度点阵膜,用差示杂交法筛选到几个抗病相关序列。