蝗虫肠道微生物总DNA提取方法的比较

采用Bead beating法和QIAamp DNA stool mini kit法提取蝗虫肠道微生物总DNA,并对2种方法提取DNA的得率、完整性以及16SrRNA基因扩增产物的变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)图谱等进行综合比较。结果表明,Bead beating法提取DNA的得率显著高于QIAamp DNA stool mini kit法(P=0.042),而QIAamp DNA stool mini kit法提取DNA片段更完整。PCR-DGGE检测微生物多样性结果显示,QIAamp DNA stool mini kit法提取DNA所代表的微生物群落多样性略高于Bead beating法,但Mann-Whitley统计学检验表明用2种方法检测蝗虫肠道微生物多样性无显著差异(P=0.17)。因此在蝗虫肠道微生物群落多样性的检测中QIAamp DNA stool mini kit法具一定的优势,而Bead beating法同样适用。     

一种快速提取肠道微生物总DNA的方法

采集的兔肠道内容物及其粪便样品,通过分散浸泡、震荡洗涤、分级离心、滤器过滤、DNA提取试剂盒提取纯化,可以获得纯度很高的DNA样品。经0.8%琼脂糖凝胶电泳检测和紫外分光光度计测定,样品A260/A280的比值为1.72±0.02。分别以提取的DNA样品为模板,通过设计的细菌特异引物,对其16S rDNA基因进行PCR扩增,获得了1.6 kb大小特异性很好的预期条带。这为肠道微生物群落的分子生态学研究提供了一种简便、可靠的DNA提取方法。     

四种小鼠肠道微生物DNA提取方法比较

采用异硫氰酸胍(guandine thiocyanate,GITC)法、Tiangen DNA提取试剂盒、Omega DNA提取试剂盒和广泛应用的十六烷基三甲基溴化铵(hexadecyl trimethyl ammonium bromide,CTAB)法提取小鼠粪便微生物总DNA,通过比较所提取DNA的浓度和纯度,发现粪便DNA提取试剂盒提取的DNA纯度最高但浓度最低;CTAB法所得的DNA浓度最高但纯度最低;GITC法所得DNA的浓度高于粪便DNA提取试剂盒,纯度高于CTAB法。通过变性梯度凝胶电泳(16S r DNA-PCR-DGGE)指纹图谱分析技术进一步比较了各种提取方法所代表微生物群落的丰富度和多样性。结果表明,GITC法提取得到的DNA所代表细菌的丰富度和多样性显著高于其他3种方法。本实验所建立的GITC法可更全面地反映肠道微生物的多样性和群落结构,是一种较为理想的粪便微生物DNA提取方法。     

鸡肠道菌群总DNA三种提取方法的比较

目的比较不同方法提取鸡肠道菌群总DNA的差异,为分子方法分析肠道菌群组成提供质量较高的DNA模板。方法采用反复冻融法、酶裂解法和试剂盒法（E.N.Z.A Stool DNA Kit）来提取鸡肠道菌群的总DNA,并根据DNA浓度及纯度、16S DNA扩增产物和ERIC-PCR产物所反映的片段多态性4个指标,对这3种方法提取的DNA质量进行比较。结果3种方法均能提取DNA,所得DNA都可以用于16S DNA的扩增,但后2种方法所得DNA的ERIC-PCR结果能反映出更高的菌群多样性。结论试剂盒法和酶裂解法所提取的DNA质量好,适合用于肠道菌群的分子生态研究。     

三种土壤微生物总DNA提取方法的比较

本文对3种常用的土壤微生物总DNA提取方法Martin法、高盐改进法及试剂盒法进行了比较,并通过DNA得率、纯度及16S rDNA V3可变区的PCR扩增结合DGGE法(denaturing gradient gel electrophoresis),分别对3种方法进行评价.结果表明,3种方法提取的DNA均能满足土壤微生物多样性分析的要求.其中试剂盒方法操作简单,提取的DNA质量较高,但DNA得率较低且成本昂贵.Martin法和高盐改进法用时较长,DNA得率较高,纯度较低,但对后续PCR扩增和DGGE分析没有明显影响,且成本低廉.     

沼气池污泥微生物总DNA提取方法的比较

沼气发酵系统是一个复杂的生态系统,其污泥微生物超过99%是不可培养的。为了优化沼气池纤维素的转化效率、沼气的产率和开展污泥微生物多样性研究,本研究采用化学裂解法、溶菌酶裂解法和QIAampDNA Stool Mini Kit提取了沼气池污泥样品中微生物的总DNA,对三种方法的DNA得率、纯度、大片段提取效果以及是否含有PCR反应抑制剂进行了研究,最后对16S rRNA基因V3区的扩增产物进行了PCR变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)分析。与化学裂解法和QIAamp DNA Stool Mini Kit法相比,溶菌酶裂解法得到的DNA量大、片段长、片段分布广、PCR扩增效率高;同时PCR-DGGE图谱显示,溶菌酶裂解法可更好地展示沼气池污泥中微生物的多样性。该结果为进一步提高沼气池中纤维素的转化效率和沼气生产优势菌种的质和量打下了一定的前期基础。     

三种粪便总DNA提取方法的比较

目的比较不同粪便总DNA提取方法对肠道菌群多样性研究的影响。方法采用Bead beating法、化学裂解法和QIAamp DNA Stool Mini Kit提取同一份人粪便样品的总DNA,对比3种方法的DNA得率和16S rRNA基因V3区的变性梯度凝胶电泳（DGGE）图谱。结果Bead beating法的DNA得率约是其他2种方法的2倍;3种方法得到的DGGE图谱的Dice相似性为60％～70％,2条优势条带只出现在Bead beating法图谱中。在2～5min的Bead beating法击打时间里,DNA得率随击打时间的延长有一定的增加,但DGGE图谱无显著变化。结论不同的DNA提取方法会影响菌群的多样性分析。比较其他2种方法,Bead beating的裂解效率更高,能够检测到更多种类的细菌,更合适肠道菌群组成的分子研究。     

茶园土壤微生物总DNA不同提取方法的比较

传统的微生物分离培养方法,在反映茶园土壤微生物基因信息上有很大的局限性,因此,目前逐步被分子生态学的方法替代,而获得高质量、大片段、无偏好的土壤微生物总DNA则是茶园土壤微生物分子生态学研究的基础.本文采用SDS高盐法、变性剂加SDS高盐法、脱腐SDS高盐法、CTAB法和Krsek改进法5种土壤微生物DNA提取方法分别从茶园土壤微生物中提取总DNA,并对5种方法提取的DNA的片段大小、质量和产量进行了综合评价.结果表明,Krsek改进法提取到的DNA片段最大(>23 kb)、纯度最高(OD260/OD280>1.70;OD260/OD230>1.35)、产量较高(>34.50μg/g dry soil)且不需纯化就可以用于PCR扩增和RFLP分析.因此,Krsek改进法是一种高效、可靠且适合于茶园土壤微生物分子生态学研究的DNA提取方法.     

一种适于微生物多样性分析的青贮饲料总DNA的提取方法

目的:提出一种适于微生物多样性分析的青贮饲料中微生物总DNA的提取方法,并评价其效果.方法:间接法抽提样本的总DNA,通过琼脂糖电泳、紫外吸收及PCR分析DNA质量,DGGE评价提取效果,用PCR扩增目的菌株的特定片段来检测提取方法的灵敏度.结果:两个样本DNA的A260/A280值分别为1.99和1.93,A260/,A230值分别为2.19和1.90,提取的DNA不需纯化便可直接用于16S rRNA基因的扩增,提取方法灵敏度为3cfu/g,DGGE结果表明提取方法可以涵盖样品中的所有微生物.结论:提取的DNA纯度较高,可直接用于下游分子操作,提取方法灵敏度较高,能全面反映样品中的微生物原貌,可用于免培养法研究青贮饲料中的微生物菌群组成.     

可用于微生物群落分子生态学研究的活性污泥总DNA提取方法研究

活性污泥样品经液氮速冻、沸水浴融化、溶菌酶处理和 SDS裂解后 ,99%以上细胞裂解。所提取的 DNA经琼脂糖凝胶电泳检测和荧光法浓度测定 ,其片断大小在 2 0 kb左右 ,产量可达 1 .75 6± 0 .1 mg/g MLSS。样品 ABS2 6 0 nm/ABS2 80 nm的比值为 1 .96± 0 .2。以提取的总 DNA为模板 ,进行细菌核糖体小亚基 1 6Sr DNA基因 V3区和多组分苯酚羟化酶大亚基基因 (Lm PHs)的 PCR扩增 ,均获得成功 ,为活性污泥中微生物群落的分子生态学研究提供了一种简便、可靠的 DNA提取方法。     

模式小鼠总DNA三种提取方法比较

目的：建立简便、快捷、经济的模式小鼠总DNA提取方法,以快速鉴定大批量模式小鼠基因型。方法采用苯酚抽提法、异丙醇沉淀法、鼠耳煮沸法提取同种模式小鼠总DNA,对比DNA纯度、得率、耗费时间,并比较基因型鉴定结果。结果苯酚抽提法得率最高,异丙醇沉淀法最低;而纯度则按照苯酚抽提法、异丙醇沉淀法、鼠耳煮沸法顺序递减;在耗时上鼠耳煮沸法最短。三种方法提取的DNA均可做模版用于基因型鉴定。结论鼠耳煮沸法操作简单、成本最低,快速、基因型鉴定结果可靠,可用于规模化的基因型鉴定实验中。     

A comparison of methods for total community DNA preservation and extraction from various thermal environments

The widespread use of molecular techniques in studying microbial communities has greatly enhanced our understanding of microbial diversity and function in the natural environment and contributed to an explosion of novel commercially viable enzymes. One of the most promising environments for detecting novel processes, enzymes, and microbial diversity is hot springs. We examined potential biases introduced by DNA preservation and extraction methods by comparing the quality, quantity, and diversity of environmental DNA samples preserved and extracted by commonly used methods. We included samples from sites representing the spectrum of environmental conditions that are found in Yellowstone National Park thermal features. Samples preserved in a non-toxic sucrose lysis buffer (SLB), along with a variation of a standard DNA extraction method using CTAB resulted in higher quality and quantity DNA than the other preservation and extraction methods tested here. Richness determined using DGGE revealed that there was some variation within replicates of a sample, but no statistical difference among the methods. However, the sucrose lysis buffer preserved samples extracted by the CTAB method were 15-43% more diverse than the other treatments.     

Comparison of methods for total community DNA extraction and purification from compost

The differences on DNA yield and purity of three different DNA extraction protocols were compared with regard to the use for PCR and other molecular analyses. Total DNA was extracted from compost by the three protocols, and then was purified by spin-bind cartridges after being precipitated by PEG8000. The detection performed on a nucleic acid and protein analyzer showed that all three methods produced high DNA yields. The agarose gel electrophoresis showed that the fragments of crude and purified DNA had a length of about 23 kb. A eubacterial 16S rRNA gene-targeted primer pair was used for PCR amplification, and full length 16S rDNAs were amplified from all the purified DNA samples. After being digested by restriction endonucleases, the restriction map of amplified rDNA showed identical genetic diversity. The products of PCR using primer pair GC341F and 907R were also used for denaturing gradient gel electrophoresis analysis. The results indicated that high-quality DNA was extracted from compost by the three protocols, and each of the protocols is adapted to extract microbial genome DNA from compost expediently and cheaply.     

三种提取蓝猪耳总DNA方法的比较

针对蓝猪耳（Torenia fournieri L.）叶片中多糖、色素等物质严重干扰总DNA提取质量的问题,以蓝猪耳叶片为试验材料,分别采用高盐低pH值法、SDS法、CTAB法提取总DNA,并从样品电泳图谱、纯度、得率等方面对三种方法进行评价。结果表明,CTAB法提取总DNA的产率较高、纯度最好,是蓝猪耳总DNA提取的最佳方法。     

4种黑曲霉基因组DNA提取方法的比较

目的:筛选适合提取曲霉DNA的方法.方法:比较2个菌落培养时间段(3d内和10d左右)提取DNA质量的差异;运用氯化苄法、石英砂+CTAB法、Biospin法和微波法分别提取黑曲霉基因组DNA,然后用直接电泳、浓度测定、PCR扩增等方法比较所提DNA的浓度和质量.结果:培养3d内的菌落提取的DNA纯度较高,无需纯化即可用于后续实验;4种方法制备的DNA均可用于PCR等后续实验,其中以石英砂+CTAB法提取的DNA纯度好,产率最高.结论石英砂+CTAB法是一种适用于曲霉DNA提取的简便方法.     

白腐真菌总DNA提取方法的研究

白腐真菌的巨大而广谱的生物降解能力使其在“三废”治理和环境修复中具有良好的应用前景。为寻求一种简便有效的白腐真菌总DNA的提取方法,在实验中分别采用蜗牛酶法、CTAB法、SDS法和蛋白酶K法进行操作,且对提取的DNA进行紫外吸收光谱和琼脂糖凝胶电泳（AGE）检测。通过对提取的总DNA浓度、纯度、实验操作过程以及试验成本等方面的比较与分析,得出蜗牛酶法是白腐真菌总DNA提取的理想方法。     

Evaluation of three methods for effective extraction of DNA from human hair

In this paper we evaluate three different methods for extracting DNA from human hair i.e. the Chelex method, the QIAamp DNA Mini Kit method and the ISOHAIR method. Analysis of DNA prepared from dyed hairs with the ISOHAIR method suggested that the DNA extracts contained PCR inhibitors. On the other hand, few inhibition was observed when DNA from dyed hairs were extracted using the Chelex method and the QIAamp DNA Mini Kit method. In conclusion, the Chelex method is recommended for PCR experiments in view of its simplicity and cost-effectiveness. To assess the reliability of the Chelex method for the extraction of genomic DNA from both natural and dyed hair samples, minisatellite variant repeat (MVR)-polymerase chain reaction (PCR) patterns of Chelex-extracted DNA were compared using hairs (three natural black hairs and three dyed hairs) with buccal swabs from six individuals. Complete agreement was observed between hair and swab samples in each individual, proving the utility of the Chelex method.     

红豆杉属植物三种不同总DNA提取方法的分析比较

红豆杉属植物均为濒危物种,也是国家一级保护植物.以红豆杉属植物叶片为材料,利用三种不同的DNA提取方法提取总DNA,用分光光度计和琼脂糖凝胶电泳方法检测所得总DNA的得率和纯度,用PCR扩增的方法检测所得总DNA的质量,并对三种不同提取方法的结果进行了比较分析.结果表明:CTAB法提取的DNA纯度和得率均较高,可直接用...