葡萄Actin基因家族的鉴定及进化和表达分析

采用生物信息学方法从葡萄(Vitis vinifera Linn.)全基因组中鉴定Actin基因家族,并对各基因的染色体定位和结构特征,编码蛋白质的理化性质、亚细胞定位、二级结构、三级结构和系统进化,以及不同组织的基因表达进行研究.结果表明:葡萄Actin基因家族16个基因分布在12条染色体上.16个基因的结构特征及其编码蛋白质的理化性质差异较大.16个基因的长度及其内含子总长度的变化范围较大,编码序列(CDS)和外显子总长度的变化范围较小.除登录号GSVIVG01008254001和GSVIVG01014035001的基因外,其他14个基因的GC含量均低于其CDS的GC含量.除登录号GSVIVG01008254001的基因外,其他15个基因编码的蛋白质的理论相对分子质量为12534.54~82612.33,理论等电点为pI 4.92~pI 9.13.16个基因编码蛋白质的消光系数为14105~73645,脂肪族氨基酸指数为65.54~92.06,其中9个为稳定蛋白,7个为不稳定蛋白.除登录号GSVIVG01014035001的基因外,其他15个基因编码的蛋白质均为亲水性蛋白.登录号GSVIVG01016517001的基因编码的蛋白质定位于细胞质和细胞核,其他15个基因编码的蛋白质定位于细胞质.二级结构和三级结构显示:葡萄Actin基因家族16个基因编码的蛋白质均由α螺旋、无规则卷曲和延伸链构成,且总体以无规则卷曲为主.系统进化分析和不同组织的基因表达分析结果显示:与拟南芥〔Arabidopsis thaliana(Linn.)Heynh.〕相似,葡萄Actin基因家族16个基因编码的蛋白质分为3个亚家族,ClassⅡ亚家族(营养型)包括登录号GSVIVG01003099001和GSVIVG01026580001的基因编码的蛋白质,这2个基因在所有组织中的表达均较高;ClassⅢ亚家族(生殖型)包括登录号GSVIVG01033494001、GSVIVG01024980001和GSVIVG01016550001的基因编码的蛋白质,这3个基因在花粉、雄蕊和花中的表达均较高;ClassⅠ亚家族包括其他11个基因编码的蛋白质,这11个基因在各组织中的表达总体上较低.研究结果显示:葡萄Actin基因家族的表达具有组织特异性.     

蛋白质代谢、折叠、运输、定位、装配相关基因在大鼠肝再生中表达变化

为在基因转录水平了解蛋白质代谢、折叠、运输、定位、装配相关基因在大鼠肝再生中表达情况和作用,本文用搜集网站资料和查阅相关论文等方法获得上述基因,用Rat Genome 2302.0芯片检测它们在大鼠再生肝中表达情况,用真、假手术比较方法确定肝再生相关基因。初步证实上述基因中1147个基因与肝再生相关。其中,参与蛋白质代谢、折叠、运输、定位和装配的基因以上调表达为主;参与蛋白质代谢的基因主要在部分肝切除（partial hepatectomy,PH）后0.5-1h和16-30h起始表达;0.5-12h表达的促进蛋白降解基因数多于促进蛋白积累基因数,而16-48h表达的促进蛋白质积累基因数显著多于促进蛋白质降解基因数;蛋白质合成相关基因在肝再生的16、24、42和66h表达上调较多,在42h最多;几乎在整个肝再生中蛋白质降解相关基因表达上调,在早、前期较多,在后期较少;蛋白质折叠相关基因在2、16-24、42、66、72和168h表达上调较多,在66h最多;蛋白质运输和定位相关基因在整个肝再生中表达上调,在66h表达上调最多;蛋白质装配相关基因在96h前均表达上调,其中,12h表达上调基因最多。根据上述结果推测,在肝再生中期蛋白质合成旺盛,几乎整个肝再生中蛋白质降解、折叠、运输定位和装配活动活跃。     

基因重组蛋白质表达和纯化——金普诺安的强项

金普诺安蛋白质工程技术（北京）有限公司是中美合资创办的以研发、生产基因重组蛋白质为主导业务的高科技公司。我们的主要业务之一是为国内外客户合同生产基因重组蛋白质。我们已经优化的基因重组蛋白质表达平台包括一大肠杆菌、毕赤酵母、悬浮昆虫细胞、悬浮哺乳动物细胞CHO和HEK 293。不论您的基因来源如何,我们都可在上述五个系统中找到合适的表达、纯化方法,     

适应的分子机制

适者生存是生命活动的普遍规律。在生命适应环境的过程中,细胞内部的蛋白质和基因随着环境的变化不断调整自身的结构和功能,以趋于同环境的协调统一。环境、蛋白质、基因三者之间宏观与微观、微观与微观的联系过程可以概括为:环境决定蛋白质,蛋白质决定基因。基因将蛋白质适应环境的信息记录下来,并源源不断地输出,从而产生了各种适应环境的性状。     

EGF对EGFR基因和c-fos、c-myc原癌基因DNA结合蛋白质的影响

基因转录调控作用是EGF的细胞核内作用之一,而序列特异的DNA结合蛋白质与基因转录的调控密切相关。本文以C_3H小鼠胚胎正常成纤维细胞C_3H_(10)T_(1/2)C18(简称NC_3H_(10))株及其氚标记脱氧胸苷(~3H-TdR)恶性转化的细胞株(简称TC_3H_(10))为对象,我们研究了EGF作用下,核内蛋白质与EGFR基因和c-fos、c-myc二种原癌基因的结合状态。研究发现,EGF的持续作用可使EGFR基因的特异结合蛋白质P120、c-fos基因的特异结合蛋白质P80、以及c-myc基因的特异结合蛋白质P125等明显增加。这些结果提示基因的特异结合蛋白质可能与EGF对基因转录的调控密切相关。上述结果尚未见到国内外同类报道。     

基因重组蛋白质表达和纯化——金普诺安的强项

金普诺安蛋白质工程技术（北京）有限公司是中美合资创办的以研发、生产基因重组蛋白质为主导业务的高科技公司。我们的主要业务之一是为国内外客户合同生产基因重组蛋白质。我们已经优化的基因重组蛋白质表达平台包括一大肠杆菌、毕赤酵母、悬浮昆虫细胞、悬浮哺乳动物细胞CHO和HEK293。     

Gproan基因重组蛋白质表达和纯化——金普诺安的强项

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基因的推理设计与改造—体外分子进化的捷径

体外分子进化是改造基因、获得新的功能蛋白质重要手段之一,已经取得了令人瞩目的成就。推理设计是利用序列和结构的比较信息创造新的基因和蛋白质,是研究改造蛋白质功能的有效方法。文章着重介绍了基因推理设计在基因体外分子进化中的应用,从简单实用的基因密码偏爱设计,结合多个不同性状相关功能基因信息的基因推理设计,关键功能区域的简并引物设计,位点直接蛋白质重组4个方面进行描述,并综述了该方法近年来的应用。     

双杂合系统及其应用

蛋白质与蛋白质的相互作用是生物体内包括复制、转录、分泌、信号传导、代谢等生命活动得以进行的物质基础．以基因工程技术为基础的双杂合系统可以在体内检测蛋白质与蛋白质的相互作用,并推广应用到寻找同某已知蛋白质相互作用的未知蛋白质,直接克隆未知蛋白质的基因,鉴别同已知蛋白质相互作用的关键氨基酸残基,绘制蛋白质联系图谱等．双杂合系统在药物设计中的应用使其具有更重大的实用价值．     

基因表达调控中的核因子作用

利用病毒和动物系统对基因表达调控进行了广泛和深入的研究,发现了顺式作用调节序列,鉴定了序列专一的DNA结合蛋白,DNA与蛋白质相互识别、结合及蛋白质与蛋白质相互作用中起作用的蛋白质结构域,并且对调节蛋白基因的克隆和序列进行了分析．基因表达调控领域又由于植物基因调控机制取得的发展而得到了补充,文章着重介绍植物基因中的DNA与蛋白质间的作用;植物调节蛋白基因的分离;这一领域的今后研究方向及展望．     

担子菌交配型基因的克隆及功能研究进展

担子菌中已有２０多个交配型基因被克隆,Ａ、Ｂ位点的交配型基因具有明显不同的结构特征。Ａ位点的交配型基因编码两类含相似同源结构域的蛋白质,两种蛋白质形成异源二聚体,调节依赖Ａ因子的发育过程;而Ｂ位点的交配型基因编码信息素及其受体。交配型基因编码的同源结构域蛋白质在植物、动物和菌类中都具有广泛的保守性。     

细胞蛋白质相互作用的结构基础

随着人类基因组计划的进行 ,大量基因被发现和定位 ,基因的功能问题将成为今后研究的热点。大多数基因的最终产物是相应的蛋白质 ,因此要认识基因的功能 ,必然要研究基因所表达的蛋白质。蛋白质的功能往往体现在与其他蛋白质及 /或核酸的相互作用之中。细胞各种重要的生理过程 ,包括信号的转导 ,细胞对外界环境及内环境变化的反应等 ,都是以蛋白质间相互作用为纽带 ,并形成网络。所以 ,近年来 ,蛋白质间相互作用的研究逐渐得到重视。蛋白质分子的结构域有很多种 ,但是现在明确作为为介导蛋白质 蛋白质间相互作用的结构域并不多 ,这里取已明…     

NAG7基因转染HNE1细胞后下调蛋白质的鉴定及其意义(英文)

NAG7基因是我室克隆的与鼻咽癌相关的肿瘤抑制候选基因 .将NAG7编码框的cDNA片段克隆至pGEM3.1(+ )的表达载体 ,经脂质体转染入HNE1细胞 ,经G4 18筛选 ,并运用PCR技术证实 .建立含NAG7基因稳定转染的细胞系 ,抽提细胞总蛋白质 ,双向凝胶电泳分离蛋白质 ,对表达下调的蛋白质点进行质谱分析 ,获得的肽质指纹经SWISS PROT数据库分析以鉴定蛋白质点 .鉴定出的 7个下调蛋白质包括纤溶酶原、收缩蛋白、Ras 相关蛋白Rab 36及ARF 相关蛋白等 .通过对蛋白质性质和功能的分析 ,发现这些蛋白质参与了细胞信号的转导、蛋白质的转运及细胞代谢等众多事件 .因此 ,NAG7基因很可能是通过介导这些蛋白质的表达下调而发挥其功能     

杆状病毒表达载体系统

杆状病毒表达载体系统是近年来发展起来的较高效的表达外源基因系统。由于多角体病毒中多角体蛋白基因的非必需性、高表达性、重组病毒的易鉴定等特性,以及多角体蛋白基因的强启动子使其特别适于基因工程中作为表达载体,借助于转移载体可将外源目的基因转移到野生型AcMNPV中,在一个被转移载体和野生型AcMNPV共转染的细胞内,可以通过同源重组完成目的基因的转移。应用不同的转移载体可表达出融合及非融合蛋白质。经该系统表达的重组蛋白质具有生物学活性,其中大部分进行翻译后剪接产生与天然蛋白质相似的重组蛋白质。这些产物的抗原性,免疫原性和功能都与天然蛋白质非常相似。目前,应用该系统已成功地表达了许多酶、生长因子、病毒抗原包括病毒的外壳蛋白等有生物活性的蛋白质。本文对如何最大限度表达外源基因及该表达系统的发展前景作了讨论。     

蛋白质工程及植物基因工程国家重点实验室

蛋白质工程及植物基因工程实验室设于北京大学,1987年1月通过论证,由北京大学生物学系顾孝诚教授兼任实验室主任,张龙翔教授任学术委员会主任。本实验室可进行蛋白质及核酸的生物化学、蛋白质工程、生物大分子三维重构、蛋白质的分离纯化等工作,在植物基因工程方面可进行植物基因工程、植物人工种子、植物细胞和组织培养等工作。此外,本室还从事细胞株与菌种保藏的工作。     

担子菌交配型基因的克隆及功能研究进展

担子菌中已有２０多个交配型基因被克隆,Ａ、Ｂ位点的交配型基因具有明显不同的结构特征。Ａ位点的交配型基因编码两类含相似同源结构域的蛋白质,两种蛋白质形成异源二聚体,调节依赖Ａ因子的发育过程;而Ｂ位点的交配型基因编码信息素及其受体,交配型基因编码的同源结构域蛋白质在植物、动物和菌类中都具有广泛的保守性。     

无细胞系统原位制备蛋白质芯片及其应用

主要介绍了目前在生物芯片表面进行蛋白质无细胞表达与定向制备蛋白质芯片的研究进展,包括各种基因植入芯片的方法、蛋白质体外不同表达的途径、蛋白质固定的策略以及可能的应用发展前景等．蛋白质芯片以其高通量、高灵敏和检测迅速等优点正成为蛋白质组学研究中的重要工具之一．蛋白质的高效表达与纯化、蛋白质在芯片表面的有效固定与蛋白质活性的保持等内容是蛋白质芯片技术发展的关键．采用纳米生物技术与无细胞表达系统,已经可以在生物芯片表面通过植入基因的方式制备相关的蛋白质芯片,从而为蛋白质芯片的原位制备开辟了新的方向．     

杨树和葡萄UBX蛋白质家族分析

UBX（泛素调控X因子）蛋白质家族在泛素化相关的过程中起着重要的作用,如细胞周期调控、转录调控、信号转导、发育、胁迫响应、细胞程序性死亡、内吞作用和DNA修复。然而,到目前为止。UBX家族在杨树和葡萄中还没有被研究过。为了更好的弄清这两个植物的UBX家族,我们对UBX的基因结构、染色体位置、基因重复、系统发育关系作了分析。该研究对葡萄和杨树的UBX蛋白质家族作了第一个系统的分析。基因的外显子／内含子结构和蛋白质基序组成在同一个组里相对比较保守。基因重复分析表明．串联重复和片段重复对于杨树和葡萄的UBX基因家族的扩张有一定贡献,基因缺失在UBX基因家族的扩张过程中也发生了作用。本研究为UBX蛋白质功能的研究奠定了基础。     

美洲大蠊新基因Parcxpwxxq01的分析及功能预测

为进一步研究已发现的美洲大蠊新基因Parcxpwxxq01,我们采用BLASTp,ORF Finder,ProtScale,ScanProsite和Tmpred Server等软件或数据库进行相似性比较、开放读码框预测和编码蛋白质的功能等生物信息学方法对该序列进行特征分析和功能预测,以获得该基因及其编码的蛋白质的更多功能提示。结果发现得到的Parcxpwxxq01序列是该基因的全长序列,该基因编码的蛋白质是一碱性跨膜蛋白,该蛋白质可能为美洲大蠊的药用有效成分,有进一步研究的价值。