侵染花生的辣椒褪绿病毒S RNA全序列分析

番茄斑萎病毒属(Tospovirus)是布尼亚病毒科(Bunyaviridae)中植物病毒组成的一个属, 病毒粒子为球状,直径80～110nm,粒体外层由一层脂质包裹.基因组属于负单链RNA,由三个片段组成,分别被称为L RNA、M RNA、和S RNA.L RNA为负链、含单个开放阅读框架(ORF),M RNA和S RNA均为双义RNA, 有2个ORF,反向相连.     

烟粉虱MEAM1和MED成虫在辣椒上传播番茄褪绿病毒的特性

【目的】分析与比较烟粉虱Bemisia tabaci MEAM1和MED成虫在辣椒Capsicum annuum植株上对番茄褪绿病毒(tomato chlorosis virus, ToCV)的传播差异,解析媒介昆虫-病毒-寄主植物间的互作关系,为田间辣椒上ToCV防治提供参考。【方法】利用烟粉虱MEAM1和MED成虫及ToCV cDNA侵染性克隆,对烟粉虱MEAM1和MED成虫在辣椒植株上获取和传播ToCV的能力进行比较,同时比较烟粉虱MEAM1和MED成虫在健康和携带ToCV辣椒植株上的取食偏好。【结果】在感染ToCV的辣椒植株上接虫后96 h内,烟粉虱MEAM1和MED成虫体内病毒积累量逐渐增加,MED成虫获毒速度和病毒积累量均大于MEAM1成虫的,MED成虫获毒量是MEAM1成虫的1.74倍;MED成虫在辣椒植株上的传毒量明显高于MEAM1成虫,传毒量平均相差9倍,且MED成虫传毒率比MEAM1成虫高29%。MEAM1和MED成虫对健康和感染ToCV的辣椒植株的取食偏好相似,都明显倾向于取食被ToCV侵染的辣椒植株。【结论】烟粉虱MED成虫在辣椒植株上获取、传播ToCV的能力均...     

小苍兰褪绿条纹花叶病毒的分离鉴定

从表现褪绿条纹花叶症状的小苍兰(Freesia hybrida)上分离得到一种棒状病毒,能感染茄科、藜科、苋科、玄参科和葫芦科的部分植物。病毒粒子长500—575nm,直径13nm。外壳蛋白由一种分子量17500dalton的蛋白亚基组成。纯化的病毒制剂具有典型的核蛋白紫外吸收,A260/A280为1.39。稀释终点10~(-7),致死温度约为95℃,在4℃下体外保毒期大于6个月。排蚜不能传毒。病毒与PVX有血清学关系。实验表明,该病毒属于马铃薯X病毒群,不同于已报道的感染小苍兰的其它病毒。本文还讨论了小苍兰褪绿条纹花叶病毒的控制和检测问题。     

侵染花生的黄瓜花叶病毒CA株核酸全序列分析

对侵染花生的黄瓜花叶病毒CA(CMVCA)株系进行克隆和序列分析。CMVCARNA1全长3356个核苷酸(nt),编码分子量为111kDa的1a蛋白;RNA2全长3045nt,编码分子量为96.7kDa的2a蛋白和13.1kDa的2b蛋白;RNA3全长2219nt,编码分子量为30.5kDa的3a蛋白和分子量为24kDa的外壳蛋白(CP)。序列同源性比较表明,CMVCARNA1、2、3与CMV亚组IACMVFny、亚组IBCMVSD、亚组IICMVQ株系序列同源性,RNA1分别为91.3%、91.1%和76.5%,RNA2分别为92.1%、90%和71.2%,RNA3分别为96.1%、92.6%和74.5%;与同属花生矮化病毒(Peanutstuntvirus,PSV)RNA1、2、3序列同源性分别为67.1%、58.2%和55.7%。上述研究未发现CMVCA基因组与PSVRNA链的重组,CMVCA对花生的侵染应是该株系适应于花生的遗传变异、长期进化的结果;对RNA35′NTR结构分析以及RNA35′NTR和CP系统进化树分析表明,CMVCA属CMVIB亚组。     

侵染花生的黄瓜花叶病毒CA株核酸全序列分析

对侵染花生的黄瓜花叶病毒CA(CMV-CA)株系进行克隆和序列分析.CMV-CA RNA1全长3 356个核苷酸(nt),编码分子量为111kDa 的1a 蛋白;RNA2全长3045nt,编码分子量为96.7kDa 的2a蛋白和13.1kDa的2b蛋白;RNA3全长2219nt,编码分子量为30.5kDa的3a蛋白和分子量为24kDa的外壳蛋白(CP).序列同源性比较表明,CMV-CA RNA1、2、3与CMV亚组IA CMV-Fny、亚组IB CMV-SD、亚组II CMV-Q 株系序列同源性,RNA1分别为91.3%、91.1%和76.5%,RNA2分别为92.1%、90%和71.2%,RNA3分别为96.1%、92.6%和74.5%;与同属花生矮化病毒(Peanut stunt virus,PSV) RNA1、2、3序列同源性分别为67.1%、58.2%和55.7%.上述研究未发现CMV-CA基因组与PSV RNA链的重组,CMV-CA对花生的侵染应是该株系适应于花生的遗传变异、长期进化的结果;对RNA3 5′NTR结构分析以及RNA3 5′NTR和 CP 系统进化树分析表明,CMV-CA属CMV IB亚组.     

杏褪绿卷叶植原体新疆分离物核糖体蛋白基因的克隆与序列分析

【目的】了解杏褪绿卷叶植原体新疆分离物的系统发育关系及遗传分化,确定其分类地位。【方法】利用植原体核糖体蛋白(rp)基因的特异性引物rpF1/rpR1对新疆轮台县托克逊县杏褪绿卷叶病植株总DNA进行PCR扩增,并对部分扩增片段克隆、测序及序列分析。【结果】获得杏褪绿卷叶植原体新疆分离物rp基因片段大小为1196 bp,该片段包含部分rpS19以及rpL22和rpS3基因的全部序列。序列相似性和系统进化分析表明,杏褪绿卷叶植原体新疆分离物与16SrⅤ-rp亚组中的各代表性植原体的rp基因核苷酸序列相似性达到95.7%~99.3%,其中与rpⅤ-C亚组的甜樱桃绿化植原体和枣疯病植原体的相似性最高,核苷酸及氨基酸相似性分别达到99.2%~99.3%和98.3%~98.4%。进一步虚拟RFLP分析,发现杏褪绿卷叶植原新疆分离物rp基因的酶切图谱与rpⅤ-C亚组成员相似性最高,但在MseⅠ、SspⅠ和TaqⅠ的酶切位点上存在差异。综上初步判断其可能属于16SrⅤ组(榆树黄化组)中的一个新rp亚组。【结论】本研究首次报道了杏褪绿卷叶植原体新疆分离物的rp基因序列,确定了其分类地位,为杏褪绿卷叶病的早期诊断和检测提供了基础。     

番茄褪绿病毒对刀角瓢虫捕食烟粉虱的影响

在实验室条件下研究了不同温度下刀角瓢虫Serangium japonicum对健康和感染番茄褪绿病毒(Tomato chlorosis virus,ToCV)番茄上的烟粉虱Bemisia tabaci的捕食效果.结果表明,无论在健康番茄还是感染ToCV番茄上,刀角瓢虫均可以取食烟粉虱的卵和若虫,对卵的捕食量最大,且对烟...     

侵染陕西洋葱的胡葱黄条病毒基因组全序列分析

葱属植物病毒病害在世界范围内广泛发生,严重危害生产,如果要有效控制病害,首先需要明确病毒的种类及它们的分子生物学特征。Dijk根据寄主范围和血清学的差异,将全世界5700份葱属植物上发生的马铃薯Y病毒属(Potyvirus)成员区分为4个不同的种:韭葱黄条病毒(Leek yellowstripevirus,LYSV)、洋葱黄矮病毒(Onion yellowdwarf virus,OYDV)、胡葱黄条病毒(Shallotyellow stripe virus,SYSV)和大葱黄条病毒(Welsh onion yellowstripe virus,WoYSV)[1]。它们的寄主通常局限于一种或几种葱属植物,其中LYSV主要寄主为大蒜(garlic)、韭葱(le…     

中国南部地区蜘蛛兰上朱顶红褪绿环斑病毒RNAL序列分析

朱顶红褪绿环斑病毒(Hippeastrum chlorotic ringspot virus,HCRV)流行和扩张速度极快,严重危害多种蔬菜和花卉产业,造成严重的经济损失,己上升成为中国南部地区正番茄斑萎病毒属(Orthotospovirus)优势种.对不同地区HCRV分离株进行克隆,研究其在不同地区快速扩张和进化的机制对农业发展具有重要意义.本研究对2013-2015年在云南、广东、广西、福建和海南等5个中国南部地区采集的疑似感染Orthoto-spovirus属病毒的蜘蛛兰样本,采用RT-PCR技术鉴定、分离,得到10份HCRV新分离株,对其L序列进行克隆、测序.结合现有分离株,利用DNAMAN 7.0和MEGA 7.0进行分子多样性、系统发育和重组分析.结果显示,本研究的10份HCRV L分离株,包括1个最早报道的HCRV HLS1-2L分离株,可分为2个不同来源的类群.结合10份分离株采集地的环境信息,对比可看出其气候、温度、降水等差异很大,推测HCRV在中国南部地区的广泛分布与不同地区多态的气候类型有关,在它们的进化过程中,突变和重组发挥作用.RdRp是参与HCRV在细胞内的复制和转录的重要蛋白,对RdRp序列的分析,可为后续研究HCRV RdRp的遗传变异对HCRV侵染能力的影响提供理论基础,也为HCRV的防治提供思路.     

番茄褪绿病毒TaqMan荧光定量PCR快速检测方法的建立与应用

【目的】本研究旨在建立TaqMan实时荧光定量PCR(TaqMan RT-qPCR)技术,快速检测单头烟粉虱Bemisia tabaci体内的番茄褪绿病毒(tomato chlorosis virus, ToCV)。【方法】根据ToCV外壳蛋白保守序列设计了1对特异性引物和1条TaqMan探针,建立了TaqMan RT-qPCR方法;与常规PCR检测进行比较,检测该方法的灵敏度与特异性;并应用该方法对单头烟粉虱成虫体内ToCV进行了快速检测。【结果】本研究构建的TaqMan RT-qPCR检测ToCV的标准曲线,其循环阈值(Ct值)与模板浓度具有良好的线性关系,扩增效率为98%。该方法对ToCV的最低检测浓度为8.3×10 copies/μL,灵敏度是常规RT-PCR的1 000倍。该方法与田间番茄两种重要病毒番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl virus, TYLCV)和番茄斑萎病毒(tomato spotted wilt virus, TSWV)检测无交叉反应。单头烟粉虱成虫ToCV检测结果表明,温室内ToCV侵染植株上烟粉虱携毒率为100%,田间烟粉...     

侵染辣椒的烟草蚀纹病毒的鉴定

1990年在杨陵从表现花叶畸形的辣椒上分离到H90－2分离物。汁液磨擦接种6科17种植物,病毒可侵染2科8种植物,在白肋烟、三生烟上出现坏死蚀纹,在辣椒、心叶烟、曼陀罗上出现花叶畸形,在苋色藜上出现局部枯斑。该分离物的致死温度为50－55℃,稀释限点10^-3-3×10^-3,体外保毒期3－5天,桃蚜可传毒。病毒粒体为线状,稍弯曲,长720－750nm,宽13nm,与烟草蚀纹病毒的抗血清有明显的阳性反应。根据这些特性,经初步鉴定该病毒属于马铃薯Y病毒组的烟草蚀纹病毒（TEV）。     

我国两株登革2型病毒基因组的全序列分析

本研究对我国两株登革２型病毒Ｄ２－４３株、Ｄ２－０４株的基因组进　行　了全序列测定,在此基础上对这两株引起不同临床症状及鼠神经毒力的登革病毒的基因组序　列进行了比较分析,结果表明Ｄ２－４３株与Ｄ２－０４株基因组全长约为１０　７２３ｎｔ,核苷酸序列的同源性为９５．１％,氨基酸序列的同源性为９７．６％,　不存在特别的高变区。这两株序列中共有８３个核苷酸的变化导致了氨基酸的变化,其中２１个　差异氨基酸可引起所在位点电荷或极性的变化,位于登革病毒粒子表面的Ｅ糖蛋白第１２６位氨　基酸由Ｇｌｕ　（Ｄ２－０４株）→Ｌｙｓ（Ｄ２－４３株）的变化对其抗原性有影响,可能引起了病毒对鼠神　经　毒力的改变。对结构糖蛋白Ｅ基因的聚类分析表明Ｄ２－４３株与新几内亚株、台湾８７株及菲律　宾　８３株亲缘关系较近,Ｄ２－０４株与牙买加株及巴西９０年分离株的亲缘关系较近,表明我国存　在不同起源的登革２型病毒感染。     

Characterization of a New Strain of Capsicum chlorosis virus from Peanut (Arachis hypogaea L.) in China

A new strain of Capsicum chlorosis virus (CaCV) from peanut (Arachis hypogaea L.) in China, designated CaCV‐CP, was characterized. CaCV‐CP causes yellow spots and necrosis on the leaves of affected peanut plants. Of 31 plant species inoculated mechanically, 24 were susceptible to this strain. Quasi‐spherical virions were present in ultrathin section of diseased leaves. The complete sequence of S RNA of CaCV‐CP consisted of 3399 nucleotides (nts). The NSs and N genes of the virus contained 1320 nts and 828 nts, respectively; these two open reading frames were in an ambisense arrangement. The N gene of CaCV‐CP shared 84.7–86.4% and 92.4–93.1% identity with that of CaCV strains from Thailand and Australia at nt and amino acid levels, respectively (the GenBank accession number of the sequence reported in this study is DQ355974 ).     

Complete Nucleotide Sequence of the RNA 3 of Bacopa chlorosis virus and Production of Polyclonal Antibodies to a Recombinant Coat Protein

The complete sequence of the RNA 3 of a virus causing chlorosis in Impatiens in Germany was determined and identified as an isolate of Bacopa chlorosis virus (BaCV, genus Ilarvirus). BaCV has previously only been reported from bacopa in the USA, but no coat protein (CP) sequence has been previously available. Both RNA 3 encoded proteins, CP and movement protein, showed highest sequence identity to Parietaria mottle virus, a subgroup 1 ilarvirus. Attempts to purify BaCV failed, so an antiserum was raised against a recombinant CP. The polyclonal antiserum so produced allowed specific detection of BaCV but showed no serological cross‐reaction with other ilarviruses and was unsuitable for immunoelectron microscopy. The host range includes many important flowering plant species, highlighting the potential threat BaCV might pose for the horticultural industry. This is the first report of BaCV occurring in Germany and outside the US.     

侵染人参果的马铃薯M病毒基因组全序列分析

测定了侵染人参果的马铃薯M病毒(PVMCh)基因组全序列。线状、单链正义RNA全长8526bp,含6个开读框(ORF),具麝香石竹潜隐病毒属(Genus Carlavirus)典型结构特征。序列比较表明它与其他PVM分离物各基因核苷酸和编码蛋白氨基酸序列同源性分别为62.5%～9702%和60.9%～97.4%,其中CP基因最保守,而TGB3基因变异最大。系统进化树分析表明美国爱达荷州马铃薯分离物(PVMId) (AF023877)为PVM的一个远缘株系,而其他4个PVM分离物的成簇在外壳蛋白(Coat protein, CP)和核酸结合蛋白(Nucleic acid binding protein, NABP)区域略有差异。这是PVM在人参果上侵染的首次报道。     

我国一株鹦鹉幼雏病病毒全序列测定与初步分析

采用鸡胚成纤维细胞(CEF)培养增殖首次从湖北省云梦县分离的鹦鹉幼雏病病毒(Budgerigar fledgling dis ease virus,BFDV)分离株(BFDV HBYM02),经 PCR分段扩增法获得全基因组并完成序列测定。HBYM02 株全序列测定结果与GenBank中仅有的六株BFDV全序列进行同源性与进化分析。经BLAST分析,HBYM02株与其他六株BFDV同源性为98%~99%,为同一个基因型。运用Phylip3.5软件构建进化树,分析显示,来源于不同宿主的BFDV与宿主关系紧密,与地理分布没有明显的相关性。     

我国一株鹦鹉幼雏病病毒全序列测定与初步分析

采用鸡胚成纤维细胞(CEF)培养增殖首次从湖北省云梦县分离的鹦鹉幼雏病病毒(Budgerigar fledgling disease virus,BFDV)分离株(BFDV-HBYM02),经PCR分段扩增法获得全基因组并完成序列测定.HBYM02株全序列测定结果与GenBank中仅有的六株BFDV全序列进行同源性与进化分析.经BLAST分析,HBYM02株与其他六株BFDV同源性为98%～99%,为同一个基因型.运用Phylip3.5软件构建进化树,分析显示,来源于不同宿主的BFDV与宿主关系紧密,与地理分布没有明显的相关性.     

Chromosomal Localization and Sequence Variation of 5S rRNA Gene in Five Capsicum Species

Chromosomal localization and sequence analysis of the 5S rRNA gene were carried out in five Capsicum species. Fluorescence in situ hybridization revealed that chromosomal location of the 5S rRNA gene was conserved in a single locus at a chromosome which was assigned to chromosome 1 by the synteny relationship with tomato. In sequence analysis, the repeating units of the 5S rRNA genes in the Capsicum species were variable in size from 278 bp to 300 bp. In sequence comparison of our results to the results with other Solanaceae plants as published by others, the coding region was highly conserved, but the spacer regions varied in size and sequence. T stretch regions, just after the end of the coding sequences, were more prominant in the Capsicum species than in two other plants. High G-C rich regions, which might have similar functions as that of the GC islands in the genes transcribed by RNA PolII, were observed after the T stretch region. Although we could not observe the TATA like sequences, an AT rich segment at -27 to -18 was detected in the 5S rRNA genes of the Capsicum species. Species relationship among the Capsicum species was also studied by the sequence comparison of the 5S rRNA genes. While C. chinense, C. frutescens, and C. annuum formed one lineage, C. baccatum was revealed to be an intermediate species between the former three species and C. pubescens.     

我国首次分离的辛德毕斯病毒(XJ-160病毒株)全基因组核苷酸序列测定

对我国首次分离的辛德毕斯病毒ＸＪ－１６０病毒株全基因组核苷酸序列进行测定,阐明该病毒基因组与国外株的差异,了解其分子致病机理。测序结果显示,ＸＪ－１６０病毒全基因组除５’末帽子结构和３’末多聚腺苷酸尾外共１１６２６个核苷酸,编码３７３１个氨基酸。非结构基因的编码区长７４６４核苷酸（６０ｎｔ￣７５２３ｎｔ）,编码２４８６氨基酸,翻译成四种非结构蛋白（ｎｏｎｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｐｒｏｔｅｉｎ,ｎｓｐ