A preliminary genetic distinctness of four Coilia fishes (Clupeiformes: Engraulidae) inferred from mitochondrial DNA sequences

In order to understand the genetic distinctness between four Coilia fishes, i.e. (C. ectenes, C. e. taihuensis, C. mystus, and C. grayii) the combined cytochrome b (cytb), 12S rRNA and 16S rRNA gene sequences were obtained and analysed. The results are as follows: (1) Neighbour-joining (NJ) and maximum parsimony (MP) trees were built with 1000 bootstrap replicates. They supported that Coilia fishes consisted of two clades: C. grayii form a monophyletic group, and the remaining samples form the other monophyletic group; (2) The topological differences between the NJ tree and the MP tree are checked by Templeton test, indicating that their differences are insignificant (P > 0.05); and (3) Kimura two-parameter distances between the samples of C. ectenes, C. e. taihuensis, and C. mystus all do not exceed 1.6%, and most of them are between 0 and 0.9%. Coilia ectenes, C. e. taihuensis, and C. mystus are closely related and their differences may be under subspecies. The text was submitted by the authors in English.     

从线粒体控制区全序列变异看短颌鲚和湖鲚的物种有效性

经克隆测序获得我国七丝鲚(Coilia grayii)、凤鲚(C. mystus)、刀鲚(C. nasus)和短颌鲚(C. brachygnathus)以及太湖湖鲚(C. nasus taihuensis)等4个种和1亚种32尾个体的mtDNA D-loop区全序列, 以日本鳀(Engraulis japonicus)和秘鲁鳀(E. ringens)为外类群构建了中国鲚属的分子系统发育树, 并讨论了短颌鲚和湖鲚的物种有效性。结果显示, 七丝鲚的D-loop区全序列长1,208 bp, 凤鲚1,279–1,361 bp, 刀鲚1,252–1,290 bp, 短颌鲚1,214–1,252 bp, 湖鲚1,252–1,442 bp, 除七丝鲚外的其他种类个体间均表现出序列长度的多态性。短颌鲚、刀鲚和湖鲚三者间的平均K 2-P遗传距离仅为0.011–0.020, 明显小于它们与凤鲚、七丝鲚及外类群间的遗传距离(0.051–0.349)。以邻接法和最大简约法构建的系统发育树表明, 刀鲚、短颌鲚及湖鲚均未各自构成单系, 而是共同构成一个单系群, 三者并未发生显著分化。研究表明, 短颌鲚和湖鲚为刀鲚的淡水生态型种群, 并非有效物种。系统发育分析表明, 中国鲚属3个有效物种间以凤鲚最为原始, 刀鲚和七丝鲚为姐妹群, 处于较进化的位置。推测凤鲚可能是鲚属祖先种最早从起源中心扩散到西北太平洋的后裔, 而刀鲚和七丝鲚则是凤鲚在演化过程中分别适应寒冷和温暖气候而分化出的物种。     

刀鲚和凤鲚的分子鉴定及其在仔鱼种类鉴定中的应用

使用mtDNA Cyt b基因序列作为分子标记,基于400 bp左右的序列分析长颌鲚、短颌鲚及凤鲚成鱼的遗传关系。结果显示长颌鲚和短颌鲚间的遗传距离在0—0.5%之间;凤鲚与长颌鲚、短颌鲚的遗传距离分别在7.9%—8.9%和7.7%—8.6%之间。用Kimura双参数模型构建的NJ分子系统树显示,长颌鲚和短颌鲚不能形成彼此独立的分支,而是混合聚在一起形成一个分支;凤鲚则形成另一个分支。对长江口沿岸区域的鲚属仔鱼Cyt b基因片段序列分析发现,仔鱼个体之间的遗传距离为0—0.7%,仔鱼与长颌鲚、短颌鲚的遗传距离在0.1%—0.5%之间,而与凤鲚的遗传距离为8.3%—8.8%。在Kimura双参数模型构建的NJ分子系统树中,仔鱼与长颌鲚、短颌鲚聚为一类,而与凤鲚分开,表明分析的仔鱼样品不包括凤鲚个体。由于长江口一般没有短颌鲚分布,这些仔鱼应该都是长颌鲚。     

Reconstructing habitat use of Coilia mystus and Coilia ectenes of the Yangtze River estuary, and of Coilia ectenes of Taihu Lake, based on otolith strontium and calcium

The habitat use and migratory patterns of Osbeck's grenadier anchovy Coilia mystus in the Yangtze estuary and the estuarine tapertail anchovy Coilia ectenes from the Yangtze estuary and Taihu Lake, China, were studied by examining the environmental signatures of strontium and calcium in their otoliths using electron probe microanalysis. The results indicated that Taihu C. ectenes utilizes only freshwater habitats, whereas the habitat use patterns of Yangtze C. ectenes and C. mystus were much more flexible, apparently varying among fresh, brackish and marine areas. The present study suggests that the spawning populations of Yangtze C. ectenes and C. mystus in the Yangtze estuary consist of individuals with different migration histories, and individuals of these two Yangtze Coilia species seem to use a variety of different habitats during the non-spawning seasons.     

基于矢耳石形态特征的中国鲚属鱼类种类识别

分析了中国鲚属鱼类七丝鲚、凤鲚、刀鲚和短颌鲚共4种205尾2龄鱼矢耳石的32个形态特征。对9个可量性状的主成分分析表明,反映矢耳石体积和基叶大小的第1主成分,以及与反映翼叶大小的第2主成分共同解释了总变异的91.2%,是种类判别的主要依据。对10个比例性状的逐步判别显示,4个种的平均正判率达95.6%,但交互验证结果却显示,刀鲚与短颌鲚间存在着20.1%的误判率,表现出与传统的依据外部形态分类和线粒体DNA控制区全序列分析的相似结果。这表明,短颌鲚并非有效种,而是刀鲚的淡水生态型种群,也预示着耳石形态分析在近缘种判别方面的良好应用前景。     

基于Cyt b基因探讨羚羊亚科原羚属系统发生关系

原羚属物种在羚羊亚科中的分类地位尚存在很多争议。本文测定了原羚属的黄羊和藏原羚细胞色素b基因全序列(1140bp),并与牛科其它属31个种的同源序列进行比较,对其碱基组成变异情况及核苷酸序列差异进行了分析。基于细胞色素b基因全序列,用简约法(MP)、邻接法(NJ)和似然法(ML)构建了系统进化树。结果表明：黄羊和藏原羚的序列差异为3．78％,颠换数目近乎为0,其突变远未饱和;原羚属内黄羊和藏原羚为不同种,单系发生;原羚属与赛加羚羊属、犬羚属及跳羚属等并系发生,原羚属隶属于羚羊亚科,应为独立属;羚羊亚科组成属间多为并系起源。根据序列差异值2％／百万年的细胞色素6分子钟,推测黄羊和藏原羚分歧时间大约为1～2百万年;原羚属与羚羊亚科其它属分歧时间大约在5．7～8百万年。     

中国绿水螅分子系统发生地位的初步探讨

目的:初步探讨中国绿水螅(Hydra sinensis)分子系统发生地位以及水螅属内部各类群系统发生关系。方法:采用酚-氯仿法提取中国绿水螅总DNA,扩增线粒体COI和16S r RNA基因片段并进行DNA序列测定,再利用Clustal及MEGA等生物信息学分析软件进行系统发生分析。结果:在本研究重建的所有系统发生树中,中国绿水螅始终与绿水螅Hydra viridissima的不同种群一起构成绿水螅单系群。同时,棕色水螅群的单系性被基于COI基因的NJ树以及基于16S r RNA基因的NJ树和ML树支持,唯独基于COI基因的ML树不支持棕色水螅群的单系发生。在基于COI基因的ML树中纤弱水螅族在系统树的基部独立为一支系,而绿水螅群和其他棕色水螅群水螅一起组成另一支系,提示纤弱水螅族水螅的系统发生地位值得进一步探讨。值得注意的是,根据本文的结果,棕色水螅群内3族的划分仍然有一定疑问。基于COI基因的NJ树和ML树支持普通水螅族、寡水螅族和纤弱水螅族各自族内的单系发生,但16S r RNA基因的NJ树和ML树中仅普通水螅族水螅聚为单系群,而寡水螅族和纤弱水螅族水螅各自并非单系发生。结论:把水螅属划分为绿水螅群及棕色水螅群有一定的合理性,但棕色水螅群内寡水螅族、普通水螅族和纤弱水螅族3族的划分还有待商榷。     

园蛛总科网型不同的蜘蛛间分子系统发生关系的初步探讨

为初步探讨园蛛总科内网型不同的蜘蛛间分子系统发生关系,测定了9种蜘蛛核18S rRNA基因的部分序列。联合GenBank中的2种蜘蛛18S rRNA基因序列数据,用NJ法、MP法和ML法重建分子系统树,结果表明：（1）织圆网的园蛛科和肖蛸科蜘蛛在园蛛总科中不是姊妹群;（2）不织圆网的球蛛科和皿蛛科也不是单系发生,证实了皿蛛片网和球蛛网独立起源的观点;（3）皿蛛科蜘蛛的分子系统发生地位与肖蛸科较近、而与园蛛科较远,这表明皿蛛科和园蛛科问雄性触肢结构的相似性很可能是类似而不是同源相似。     

芍药属牡丹组基于形态学证据的系统发育关系分析

对芍药属牡丹组Paeonia L.sect.Moutan DC.（全部野生种）40个居群进行了基于形态学证据的系统学分析,试图建立组内种间的系统发育关系。利用PAUP （4.0）计算机程序分别构建了建立在25个形态学性状基础上的所有研究类群的距离树（UPGMA、NJ）和最大简约树（MP）。所得树的拓扑结构基本一致,差异只发生在距离树和简约树之间,在由形态和细胞学关系都很近的5个种（牡丹P.suffruticosa、矮牡丹P.jishanensis、卵叶牡丹P.qiui、紫斑牡丹P.rockii和凤丹P.o     

利用肠道菌群的分布和16S DNA序列研究鲤科肠道菌系统演化关系

肠道微生物与寄主具有复杂的、多方面的相互依存效应,这种依存效应所产生的共生关系或协同进化关系既可反映寄主间的系统演化关系,也可显示肠道微生物间的系统演化关系,共生关系或协同进化关系是由于寄主与肠道微生物两者之间存在着相互自然选择作用所形成的,在长期的进化历程中逐步发生的共生关系信息很可能被记录在DNA序列中。本文通过检测鱼鲤鱼科8种鱼中9种肠道菌群的分布含量对这9种菌群进行分析,且利用从GenBank调取这9种肠道细菌菌属的43个种或亚种的16S DNA序列的构建NJ树和MP树,将这6个科9个属43个种或亚种分为革兰氏阴性和革兰氏阳性两大类群（一级分枝）。在这两类群中,又以科为单位分为6个亚类群（二级分枝）,而肠杆菌科中则以属为单位分为4个小类群（三级分枝）,此外球状菌与杆状菌也能截然分开。将16S DNA的NJ树隐去所有的种,以属为单位所得到的以分枝形式的无根树在拓扑结构上与菌群分布含量（寄主范围）所构建的无根树相近,但芽孢杆菌在两种无根树的位置中有较大的差异。如果提高检测水平,扩大所检测的寄主对象,这种差异有可能消除。     

性腺发育不同阶段野生瓯江凤鲚肌肉营养成分的分析与评价

研究旨在针对不同性腺发育阶段(Ⅰ期、Ⅱ期、Ⅲ期、Ⅳ期、Ⅴ期)野生瓯江凤鲚(Coiliamystus)性腺发育情况和肌肉营养成分进行分析与评价.研究表明:在雌、雄野生瓯江凤鲚性腺从Ⅰ期发育至Ⅴ期的过程中,成熟系数呈现上升趋势,凤鲚卵巢的GSI值是精巢GSI值的5倍.在卵巢发育Ⅰ—Ⅴ期,粗脂肪含量显著下降,粗蛋白和水分显著...     

基于12S rRNA基因序列探讨崇安地蜥的分类地位

为探讨崇安地蜥Platyplacous sylvaticus的分类地位,测定了崇安地蜥线粒体12S rRNA基因全序列,并从GenBank中下载了东亚产10种草蜥、3种地蜥的同源序列进行分析,采用Mega V2.1软件的NJ法和ME法、PAUP4.0软件的MP法构建分子系统树.结果表明:崇安地蜥线粒体12S rRNA基因全序列(952 bp)中T、C、A、G碱基含量分别为23.1%、22.9%、35.9%、18.1%;与其它同源序列比对后有978 bp,发现321个位点出现变异,占总位点数32.8%,其中199个简约信息位点,为总变异位点的62%;转换/颠换之比平均为2.16.构建的分子系统树中,NJ树和ME树完全一致,与MP树略有差异.3种构树法中崇安地蜥与南台草蜥Takydromus sauteri、峨眉地蜥P.intermedius、先岛地蜥P.dorsalis均聚为一支,崇安地蜥与先岛地蜥亲缘关系最近.本实验结果支持将地蜥属并入草蜥属和取消地蜥亚属的观点.     

杉科、柏科的系统发生分析——来自28S rDNA序列分析的证据

对杉科（Taxodiaceae）与柏科（Cupressaceae s.s.）的28S rRNA基因的部分序列（约630 bp）进行PCR扩增、序列测定和系统发生关系分析,用简约法和邻接法构建的系统发生树基本一致。结果表明,杉科与柏科构成一个单系群,支持将杉科、柏科（Sciadopitys除外）合并为一个科——广义柏科（Cupressaceae sensu lato）的观点。在广义柏科中,Taiwania、Athrotaxis分别形成一支系;Metasequoia、Sequoia、Sequoiadendron关系较近,聚成一支系; Taxodium、Glyptostrobus、Cryptomeria聚成一支系;柏科聚成一支系。这一分析结果与叶绿体基因序列的分析结果相吻合,但是由于28S rRNA基因的进化速率较慢,尚不能分辨上述各个支系之间的系统演化关系。 Abstract:DNA sequences from 28S rDNA were used to assess relationships between and within traditional Taxodiaceae and Cupressaceae s.s.The MP tree and NJ tree generally are similar to one another.The results show that Taxodiaceae and Cupressaceae s.s.form a monophyletic conifer lineage excluding Sciadopitys.In the Taxodiaceae-Cupressaceae s.s.monophyletic group,the Taxodiaceae is paraphyletic.Taxodium,Glyptostrobus and Cryptomeria forming a clade(Taxodioideae),in which Glyptostrobus and Taxodium are closely related and sister to Cryptomeria;Sequoia,Sequoiadendron and Metasequoia are closely related to each other,forming another clade (Sequoioideae),in which Sequoia and Sequoiadendron are closely related and sister to Metasequoia;the seven genera of Cupressaceae s.s.are found to be closely related to form a monophyletic lineage (Cupressoideae).These results are basically similar to analyses from chloroplast gene data.But the relationships among Taiwania,Sequoioideae,Taxodioideae,and Cupressoideae remain unclear because of the slow evolution rate of 28S rDNA,which might best be answered by sequencing more rapidly evolving nuclear genes.     

大黄鱼16SrRNA和18SrRNA基因的测定与序列分析

利用多对引物,扩增并测定出大黄鱼16SrRNA基因和18SrRNA基因的部分序列,其长度分别为1202bp和1275bp,16SrRNA基因序列的GC含量为46．12％,18SrRNA基因的Gc含量为53．oo％。将大黄鱼16SrRNA基因序列与GenBank中15种硬骨鱼类的同源序列结合,同时将其18SrRNA基因序列与GenBank中9种脊索动物的同源序列相结合,运用软件获得各自序列间差异百分比,转换和颠换数值等信息。基于这两种基因序列,利用NJ法和BI法,分别构建16种硬骨鱼类和10种脊索动物的分子系统树。18SrRNA构建的系统树包括三大支,一支为哺乳类、鸟类和爬行类共6个物种,一支为两栖类的1个物种,另一支为2种硬骨鱼类。16SrRNA构建的系统树显示大黄鱼所在的石首鱼科与鲈科和盖刺鱼科亲缘关系较近。此外还讨论了这两个基因的序列特征。     

洞庭湖渔业资源现状及其变化

1990－1999年资源监测表明,洞庭湖鱼的种类与70年代基本相同,但其组成结构发生较大变化,明显以鲤,鲫,鲶,黄颡鱼等湖泊定居性鱼类为主,最高达86．1％,“四大家鱼”在渔获物中所占比较不足10％,刀鲚等洄游性鱼类已极为罕见;90年代渔获量平均为3．97万t,渔业产量增加,但多以1－2龄鱼为主,补充群体严重不足,水利工程的兴建,泥沙淤积,围垦,污染加剧以及过度捕捞是造成洞庭湖渔业资源衰退的主要原因。     

PHYLOGENETIC RELATIONSHIPS WITHIN THE COLONIAL VOLVOCALES (CHLOROPHYTA) INFERRED FROM rbcL GENE SEQUENCE DATA

The chloroplast-encoded large subunit of the ribulose-1, 5-bisphosphate carboxylase / oxygenase (rbcL) gene was sequenced from 20 species of the colonial Volvocales (the Volvacaceae, Goniaceae, and Tetrabaenaceae) in order to elucidate phylogenetic relationships within the colonial Volvocales. Eleven hundred twenty-eight base pairs in the coding regions of the (rbcL) gene were analyzed by the neighbor-joining (NJ) method using three kinds of distance estimations, as well as by the maximum parsimony (MP) method. A large group comprising all the anisogamous and oogamous volvocacean species was resolved in the MP tree as well as in the NJ trees based on overall and synonymous substitutions. In all the trees constructed, Basichlamys and Tetrabaena (Tetrabaenaceae) constituted a very robust phylogenetic group. Although not supported by high bootstrap values, the MP tree and the NJ tree based on nonsynonymous substitutions indicated that the Tetrabaenaceae is the sister group to the large group comprising the Volvocaceae and the Goniaceae. In addition, the present analysis strongly suggested that Pandorina and Astrephomene are monophyletic genera whereas Eudorina is nonmonophyletic. These results are essentially consistent with the results of the recent cladistic analyses of morphological data. However, the monophyly of the Volvocaceae previously supported by four morphological synapomorphies is found only in the NJ tree based on nonsynonymous substitutions (with very low bootstrap values). The genus Volvox was clearly resolved as a polyphyletic group with V. rousseletii Pocock separated from other species of Volvox in the rbcL gene comparisons, although this genus represents a monophyletic group in the previous morphological analyses. Furthermore, none of the rbcL gene trees supported the monophyly of the Goniaceae; Astrephomene was placed in various phylogenetic positions .     

Genetic differentiation between two color morphs of <Emphasis Type="Italic">Apogon taeniophorus</Emphasis> from southern Japan

The anterior half of the mitochondrial 16S rRNA gene (ca. 610bp) was compared for two color morphs (spotted and lined types) of a dark-striped cardinalfish, previously identified as Apogon taeniophorus. Phylogenetic analyses using maximum-parsimony (MP) and neighbor-joining (NJ) methods, with haplotypes of A. cookii as an outgroup, showed that the haplotypes of each color-morph were reciprocally monophyletic with 100% bootstrap values. In addition, the degree of sequence difference between the two morphs was comparable to that existing between the other clearly distinct congeneric species. These results, together with the differences in coloration and overlapped geographical ranges, indicated that the two color morphs of A. taeniophorus represent two distinct species.     

rRNA及MaSp1基因证据不支持圆网蛛类(蜘蛛目:妖面蛛总科+园蛛总科)的单系起源

圆网蛛类(妖面蛛总科 园蛛总科)是否为单系,圆网究竟经历一次进化还是多次进化,这是多年来有争论的、悬而未决的蛛形学难题之一。本文测定了包括妖面蛛总科、园蛛总科和非圆网蛛类等类群在内的9科10种蜘蛛线粒体12S rDNA、16S rDNA及核18S rDNA、28S rDNA等4个基因片段序列,并基于4个基因序列的整合数据,分别通过邻接(NJ)法、最大简约(MP)法、最大似然(ML)法和贝叶斯法(Bayesian)分析,对园蛛总科和妖面蛛总科蜘蛛之间的分子系统关系进行了探讨。系统发生结果表明:1)园蛛总科和妖面蛛总科蜘蛛不是姊妹群,从而支持这两个类群的圆网是平行演化而非同源演化的观点;2)筛器类蜘蛛并非单系发生而为多系发生。另外,依据编码大壶状腺丝蛋白-1(MaSp1)C末端非重复氨基酸序列区段的核酸序列重建的系统发生树也证实圆网蛛类并非单系发生。     

六种灵猫科动物的分子系统关系研究

对六种灵猫科物种线粒体12 S rRNA基因及其中四种的Cytb基因部分序列进行了测定,并从Gen-Bank获得斑林狸(Prionodon pardicolor)、熊狸(Arctictis binturong)的Cytb基因同源序列。两基因整合序列比对后长755 bp,12 S rRNA基因序列中有70个变异位点,31个简约信息位点,在Cytb基因序列中,共有120个位点呈现变异,60个简约信息位点,Cytb基因的碱基变异百分比高于12 S rRNA基因的碱基变异百分比。使用邻接法(NJ)、最大似然法(ML)重建的分子系统树显示:斑林狸从灵猫亚科中分离出来,支持灵猫亚科的多系起源,而且斑林狸可能是中国起源最早且最特化的灵猫科动物。另外,同属于灵猫亚科的大灵猫(Viverra zibe-tha)、小灵猫(Viverricula indica)聚为一支,同属于棕榈狸亚科的果子狸(Viverricula indica)、熊狸聚为姐妹群,这些与传统形态学分类观点一致。     

瓯江口凤鲚鱼卵、仔稚鱼的时空分布及其与环境因子关系

为了解凤鲚(Coilia mystus)早期群体在瓯江口的时空分布及其影响因素, 研究根据瓯江口渔业资源调查数据, 利用两阶段广义加性模型(Two-stage GAM)分析影响凤鲚鱼卵仔稚鱼分布的环境因子。采用交叉验证评价模型的预测性能, 对2020年5—7月的凤鲚鱼卵、仔稚鱼出现率及资源量进行预测。结果表明: 5—7月是瓯江口凤鲚的主要繁殖期, 鱼卵主要分布在瓯江上游七都岛附近低盐水域, 仔稚鱼在瓯江水域均有分布, 瓯江下游灵昆岛近岸水域仔稚鱼的相对资源丰度高于瓯江上游。GAM模型分析表温、表盐是影响凤鲚早期群体分布的主要环境因子, 表盐对鱼卵的分布具有极显著影响(P<0.01), 适宜表盐在1以下, 适宜表温在24—26℃; 仔稚鱼对水温、盐度的适宜度宽于鱼卵, 表温对仔稚鱼的分布具有显著影响(P<0.05), 适宜表温为22—27℃, 适宜表盐为5—13。交叉验证分析认为模型对鱼卵的预测性能(AUC均值0.83)优于仔稚鱼(AUC均值0.71)。2020年预测结果显示, 凤鲚鱼卵的适宜栖息环境较窄, 主要集中在江心屿上游及灵昆岛下游附近水域, 仔稚鱼主要栖息在江心屿至灵昆岛水域。瓯江口作为凤鲚的主要栖息场所之一, 掌握凤鲚早期群体在瓯江口的分布特征及与环境因子间的关系, 能够为其产卵场栖息地的保护和资源养护管理提供科学依据。