NME1在皮肤黑色素瘤中的表达及其与临床预后的相关性分析

为探讨非转移性细胞1(NME1)基因在皮肤黑色素瘤（SKCM）中的表达及其与临床预后的相关性，通过GEPIA数据库及UALCAN数据库分析NME1在SKCM组织中的表达；通过GSCA数据库、GEPIA数据库和TIMER数据库分析NME1表达水平与SKCM患者总生存率的相关性；通过cBioPortal数据库分析SKCM患者中NME1基因的突变情况及其与患者总生存率的相关性；通过STRING数据库分析可能与NME1相互作用的蛋白，并利用Metascape数据库对其进行功能富集分析；通过TIMER数据库分析SKCM中NME1的表达水平与免疫细胞浸润水平的相关性。结果显示：NME1在SKCM组织中表达水平明显高于正常组织；NME1的高表达与转移性SKCM患者较低的总生存率显著相关；NME1基因变异与SKCM患者总生存率无明显相关性；NME1及其相互作用蛋白主要参与ARF6运输通路、嘌呤代谢、细胞发育的调节、DNA代谢等生物学过程；转移性SKCM中NME1的高表达与CD4+T细胞、CD8+T细胞、中性粒细胞、巨噬细胞和树突状细胞较低的免疫浸润水平相关。本研究表明，在转移性SKCM患者中，NME1...     

FN1在GBM中的表达差异及对预后的影响

[目的]探究纤维连接蛋白1(Fibronectin 1,FN1)在多形性胶质母细胞瘤(GBM)中的表达情况及对患者预后的影响,为GBM的早期诊断和治疗提供生物标志物。[方法]CCLE数据库分析FN1在不同肿瘤细胞系中的表达;UALCAN和GEPIA2数据库分析FN1在GBM肿瘤组织和正常组织中的表达差异;The Human Protein Atlas数据库分析FN1蛋白在GBM肿瘤组织和正常组织中的表达;GEPIA2数据库分析FN1在肿瘤组织中的异常表达对GBM患者总体生存率和无病生存率的影响;DAVID 6.8在线软件对FN1相关基因进行KEGG通路富集。[结果]在所有类型肿瘤细胞系中,GBM肿瘤细胞系中FN1 mRNA表达水平中排第八;FN1在GBM肿瘤组织中的表达高于正常组织(***P<0.001和*P<0.05),并且FN1高表达后GBM患者的总体生存率和无病生存率均降低(P=0.028和P=0.0056);KEGG分析结果表明与FN1正相关的基因富集通路有57个,癌症通路位于第三位。[结论]FN1在GBM中明显上调,是GBM诊断和预后的有效生物标志物。     

5AZA-CdR 影响UPP1在结肠癌中的表达

目的:探讨5-氮杂-2'-脱氧胞嘧啶核(5AZA-CdR)对尿苷磷酸化酶(uridine phosphorylase,UPP1)在结肠癌中表达的影响以及UPP1在多种恶性肿瘤中的表达及其与患者临床预后的相关性。方法:用5AZA-CdR处理结肠癌细胞系并进行裸鼠成瘤实验检测UPP1的表达情况。在TCGA数据库中对UPP1在多种肿瘤中的表达情况进行分析。使用在线数据库GEPIA评估UPP1m RNA表达对患者预后影响。使用cBioPortal在线软件在10945个肿瘤样本中对UPP1参与的调控网络进行预测。结果:5AZA-CdR明显抑制结肠癌细胞系SW620以及SW1116的增殖(P0.05);用5AZA-CdR对结肠癌细胞系进行处理后UPP1表达量显著增加(P0.05)。体内实验结果显示5AZA-CdR处理后肿瘤重量显著降低;在裸鼠模型中,5AZA-CdR处理后UPP1表达量增加(P0.05)。通过比对23种肿瘤细胞与其相对应的正常细胞的表达谱数据,结果显示在大多数肿瘤中UPP1呈高表达状态。使用在线数据库GEPIA对肿瘤患者的生存率进行了全面的研究结果显示UPP1表达高患者的总生存率差和无病生存率均较差。通过cBioPortal在线软件对UPP1参与的调控网络进行预测,UPP1能够参与多种基因的表达调控。结论:5AZA-CdR抑制肿瘤生长并增加UPP1的表达;UPP1高表达与患者的预后不良相关,因此UPP1可能成为一种潜在的肿瘤诊断和预后因子。     

胰腺癌中CDK1的表达与预后的生物信息学分析

为探讨胰腺癌的发病机制并为胰腺癌的防治提供生物信息学依据,用GEO2R在线工具分析GSE16515中胰腺癌患者肿瘤组织和相应正常组织的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),通过DAVID数据库对DEGs进行GO分析和KEGG通路富集分析,然后通过STRING数据库构建蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,用Cytoscape软件进行关键基因(hub基因)筛选和功能模块分析,并在GEPIA数据库对hub基因进行验证,用CCLE数据库检测靶基因在胰腺癌组织及细胞系中的表达水平。分析结果显示胰腺癌中筛选出的376个DEGs主要涉及细胞周期、p53信号通路、蛋白质消化吸收、ECM-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路、血小板激活信号通路。GEPIA数据库验证结果显示10个hub基因均在胰腺癌组织中高表达,其中8个hub基因与胰腺癌患者的不良预后有关。CCLE数据库检测结果显示周期蛋白依赖性激酶1 (cyclin-dependent kinase 1, CDK1)在胰腺癌组织和细胞中均有较高的表达水平。本研究结果表明CDK1可能与胰腺癌的发生发展最为相关,为进一步探究胰腺癌的发病机制提供了生物信息学依据。     

基于GEO数据库的肝癌相关基因的筛选及验证

肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是中国高发的恶性肿瘤之一,识别肝细胞癌发生发展相关基因,对于深入研究肝癌发病机制和开发诊疗靶点均具有重要意义.本研究利用GEO2R工具从基因表达汇编数据库(Gene Expression Omnibus Database,GEO)筛选5个数据集中共有的差异表达基因作为潜在的肝癌相关基因.利用Metascape网站,对差异表达基因进行功能富集及信号通路分析.结合GEPIA(Gene Expres-sion Profiling Interaction Analysis)网站筛选具有临床意义的基因.利用荧光定量PCR技术验证与肝癌预后相关的差异表达基因,候选肝癌相关基因,为后续的深入研究奠定扎实的基础.结果显示,从5个数据集中共发现94个共有的差异表达基因.文献检索后发现24个基因与肝癌发生发展的关系少见文献报道,属于肝癌中未知功能基因.利用GEPIA分析癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)中数据后发现,GINS1在肝癌组织中高表达,与肝癌患者生存期呈负相关;CFHR4和DNASE1L3在肝癌组织中显著低表达,与肝癌患者生存期呈正相关.荧光定量PCR技术证实GINS1在81.3％的肝癌组织中呈现高表达,CFHR4和DNAS-E1L3分别在71.9％和93.8％肝癌组织中低表达.因此,本研究发现GINS1、CFHR4和DNASE 1L3在肝癌组织中显著差异表达,与肝癌患者的预后密切相关,可能作为潜在的判断肝癌患者预后的分子标志物和研发肝癌治疗的潜在靶标.     

乙肝相关性肝癌组织BCLAF1、SETDB1表达与临床病理特征和术后预后的关系研究

目的：探讨乙肝相关性肝癌组织Bcl-2相关转录因子-1(BCLAF1)、组蛋白甲基化酶SET结构域分支型1(SETDB1)表达与临床病理特征和术后预后的关系。方法：选择2018年1至2020年6月南方医科大学珠江医院和高州市人民医院收治的127例行根治性手术切除的乙肝相关性肝癌患者,取手术切除的癌组织和旁组织,采用免疫组化法检测BCLAF1、SETDB1表达,分析BCLAF1、SETDB1表达与临床病理特征的关系。术后随访3年,Kaplan-Meier生存曲线分析BCLAF1、SETDB1不同表达患者生存差异,多因素Cox回归分析影响乙肝相关性肝癌患者预后的因素。结果：癌组织BCLAF1、SETDB1阳性表达率高于癌旁组织（P<0.05）。低分化、TNM分期Ⅲa期、门脉侵犯、淋巴结转移患者癌组织中BCLAF1、SETDB1阳性表达率高于中高分化、TNM分期Ⅰ～Ⅱ期、无门脉侵犯、无淋巴结转移患者癌组织（P<0.05）。BCLAF1阳性表达、SETDB1阳性表达乙肝相关肝癌患者3年总生存（OS）率低于BCLAF1阴性表达、SETDB1阴性表达乙肝相关肝癌患者（P<0.05...     

MORF4L1蛋白抗体制备及生物信息学分析

[目的]构建MORF4L1原核表达载体和纯化表达产物,制备MORF4L1蛋白抗体并进行生物信息学分析。[方法]利用PCR将MORF4L1基因片段酶切、克隆、转化至大肠杆菌Bl21(DE3),经IPTG诱导表达蛋白。利用His-Tag技术纯化重组蛋白,用重组蛋白免疫新西兰白兔,采集抗血清后通过硫酸铵沉淀法将多克隆抗体从抗血清中纯化,应用Western Blotting验证多克隆抗体与内外源性MORF4L1蛋白的结合特异性。利用在线软件(GEPIA、UALCAN)进行生物信息学分析。[结果]成功构建了重组蛋白,蛋白纯化后在相对分子质量(Mr)43000位置处有单一条带,重组His-MORF4L1蛋白与His抗体发生特异性结合。制备的抗血清与MORF4L1蛋白特异性结合,纯化后仅在相对分子质量(Mr)55000和25000位置处有条带。纯化的多克隆抗体与内外源性MORF4L1蛋白发生特异性反应。MORF4L1的表达与肝癌不良预后相关。[结论]成功构建MORF4L1蛋白及抗体,MORF4L1在肝癌中高表达预后差,对进一步研究MORF4L1蛋白的结构和生物学功能具有重要意义。     

NHP2调控肝癌细胞衰老机制的生物信息学分析

为了探讨核糖核蛋白NHP2在肝细胞癌（hepatocellular carcinoma, HCC）中的表达情况,了解其与疾病进展与预后的关系,通过Quick Go、GEPIA 2在线数据库筛选HCC细胞衰老的差异表达基因并确定了研究对象基因NHP2;进一步使用STRING、TIMER 2.0、UALCAN数据库等生物信息学方法分析NHP2在泛癌中的差异表达以及在肝癌和其他泛癌中病理进展过程中的相关性,并预测预后生存关系;使用miRNet数据库分析其靶向miRNAs和lncRNAs,应用Cytoscape v3.8.0绘制可能的CeRNAs调控网络图。结果显示,在线数据库检索到细胞衰老相关生物学过程相关基因113个,HCC差异表达基因2 206个,共有19个差异表达基因参与了肝癌细胞衰老的生物学过程。其中,NHP2在包括HCC的多种癌症中显著高表达,NHP2高表达的肝癌人群预后较差,具有统计学差异。NHP2基因编码的互作蛋白有10个,主要参与了1个信号通路（KEGG信号通路）、6个分子功能（molecular function,MF）、11个细胞组分（cellular component...     

基于生物数据挖掘分析PTX3在非小细胞肺癌中的表达及其与预后的关系

摘要 目的：探讨正五聚素蛋白 3（PTX3）在非小细胞肺癌（NSCLC）中的表达及预后意义。方法：运用 Oncomine、GEPIA分析PTX3在NSCLC组织中的表达情况，通过GEPIA分析PTX3表达与NSCLC患者生存期的相关性，利用CCLE分析 PTX3在 NSCLC细胞系中的表达水平，从CCLE下载NSCLC相关基因芯片并用 R语言筛选 PTX3共表达基因，利用基因本体（GO）和KEGG信号通路分析对 PTX3 相关共表达基因进行功能注释。结果：Oncomine和GEPIA 数据库中分析显示 PTX3 基因在NSCLC组织中显著低表达（P＜0.05）；利用GEPIA数据库生存分析功能发现，PTX3高表达与NSCLC预后呈负相关（P＜0.05）；在CCLE数据库里利用 R 软件共筛选出 105个NSCLC中与PTX3共表达的基因，GO功能富集分析表明，PTX3相关性蛋白主要定位于黏着斑、细胞-基质黏着连接及细胞间连接等，主要参与细胞外基质、细胞外结缔组织、细胞-基质粘附及上皮细胞发育等生物过程。KEGG分析显示PTX3共表达基因主要参与紧密连接、调节肌动蛋白骨架及JAK-STAT信号通路等。结论：PTX3基因在NSCLC组织中低表达，PTX3表达与NSCLC患者预后相关，可能作为NSCLC患者预后评估的分子标志物之一。     

α-1-酸性糖蛋白1在肺癌中的表达及其生物学功能探究

α-1-酸性糖蛋白(alpha-1-acid glycoprotein 1, AGP1)属于orosomucoid家族成员,主要由肝细胞和中性粒细胞分泌,是相对分子质量为23.51 kD的酸性糖蛋白。前期研究发现, AGP1蛋白在早期非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)患者血清中含量下降,有望作为NSCLC早诊标志物,但其在肺癌组织中的表达、具体生物学作用及临床意义尚不清楚。本研究运用GEPIA数据库分析肺癌组织中AGP1 m RNA的表达水平,采用蛋白质印迹法检测AGP1蛋白在肺癌组织和血清中的含量,利用cBioPortal数据库分析AGP1在肺癌组织中的DNA改变频率,利用STRING数据库构建与AGP1蛋白相互作用的蛋白质网络,利用HPA和Kaplan-Meier数据库分析AGP1的表达水平与肺癌患者生存的关系;同时,构建过表达AGP1基因的A549和H157肺癌细胞系,通过CCK-8实验检测过表达AGP1对A549和H157细胞增殖的影响。结果显示:AGP1的m RNA水平在486例肺鳞癌组织中显著下降,在早期肺癌组织和血清中AGP...     

迁移体相关基因在人肝癌发展过程中的作用机制研究

迁移体(migrasome)是由迁移细胞产生的细胞器,在胚胎发育、机体免疫反应和肿瘤转移等细胞生物学行为过程中发挥信号转导作用,然而其在人(Homo sapiens)肝癌中的作用尚不清楚。为了探究迁移体相关基因对肝癌患者恶性进展及临床预后的影响,利用TCGA数据库分析迁移体相关标志基因TSPAN4、TSPAN7、KIF5B、MYO19、DNM1L mRNA表达水平;绘制Kaplan-Meier曲线分析上述基因对肝癌患者临床预后的影响;利用临床生信之家(assistant for clinical bioinformatics,ACLBI)网站进行GO和KEGG富集分析;运用STRING数据库平台及Cytoscape软件开展蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析。在人肝癌细胞SMMC7721、 Huh7中转染合成siRNA,用CCK8法评估转染TSPAN4后细胞增殖能力的改变;利用免疫荧光染色法检测细胞中TSPAN4蛋白的表达分布;利用碘化丙啶(propidium iodide,PI)单染法检测细胞周期分布;利用划痕伤口愈合实验和Tran...     

转录组分析揭示东方蜜蜂微孢子虫侵染意大利蜜蜂的分子机制

【目的】本研究旨在通过差异表达基因(differentially expressed gene, DEG)分析以及毒力因子和其他侵染相关因子分析,在转录组水平揭示东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae侵染意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica的分子机制。【方法】基于前期已获得高质量的东方蜜蜂微孢子虫纯化孢子(NcCK)及侵染意大利蜜蜂工蜂7和10 d的东方蜜蜂微孢子虫(分别为NcT1和NcT2)转录组数据,根据P≤0.05且|log_2(Fold change)|≥1的标准,通过比较分析筛选出NcCK vs NcT1, NcCK vs NcT2和NcT1 vs NcT2比较组的DEG。通过相关生物信息学软件对上述DEG进行Venn分析、GO分类和KEGG代谢通路富集分析。根据Nr和KEGG数据库注释信息和相关文献进行对东方蜜蜂微孢子虫的毒力因子和侵染相关因子的统计和分析。通过RT-qPCR验证转录组数据及DEG表达趋势。【结果】从NcCK vs NcT1, NcCK vs NcT2和NcT1 vs NcT2比较组分别鉴定出1 397, 1 497和52个DEG。Venn分析结果显示各比较组共有的上调和下调基因分别为10和1个。GO分类结果显示,NcCK vs NcT1和NcCK vs NcT2中DEG富集数最多的功能条目为代谢进程、细胞进程、单组织进程、细胞、细胞组件、细胞器、催化活性和结合,而NcT1 vs NcT2中DEG富集数最多的是代谢进程、细胞进程、单组织进程、催化活性和结合。KEGG代谢通路富集分析结果显示,NcCK vs NcT1和NcCK vs NcT2中DEG分别富集到80和79条通路;富集在糖酵解/糖异生和MAPK信号通路的上调基因数量多于下调基因。毒力因子分析结果显示,孢壁蛋白9基因和孢壁蛋白12基因在NcCK vs NcT1和NcCK vs NcT2中均下调表达,孢壁蛋白8基因仅在NcCK vs NcT1中表达量下调;此外孢壁蛋白前体基因、孢壁和锚定盘复合蛋白基因、几丁质合酶基因、极管蛋白基因、蓖麻毒素B凝集素基因的表达水平在NcCK vs NcT1和NcCK vs NcT2中表现为上调。侵染相关因子分析结果表明,糖酵解途径的3个关键酶基因在NcCK vs NcT1和NcCK vs NcT2中上调表达;3个涉及ATP/ADP移位酶的基因在NcCK vs NcT1和NcCK vs NcT2中上调表达,但有1个表达量下调;2个涉及ABC转运蛋白的基因在NcCK vs NcT1和NcCK vs NcT2中上调表达,另有4个下调表达。RT-qPCR结果证实了本研究中转录组数据及DEG表达趋势的真实可靠性。【结论】本研究通过比较分析解析东方蜜蜂微孢子虫侵染意大利蜜蜂工蜂过程的转录组动态,揭示了孢壁蛋白、孢壁和锚定盘复合蛋白、几丁质酶、极管蛋白和蓖麻毒素B凝集素等毒力因子编码基因,以及己糖激酶、丙酮酸激酶、6-磷酸果糖激酶、ATP/ADP移位酶和ABC转运蛋白等侵染相关因子编码基因在病原增殖中扮演重要角色,为阐明东方蜜蜂微孢子虫的侵染机制提供了基础。     

肝细胞肝癌E-Cadherin 蛋白的表达及其对判断肝癌肝移植 疗效的意义

目的:探讨E-Cadherin蛋白在肝细胞肝癌组织中的表达及其对判断肝癌肝移植患者预后的价值。方法:选择肝细胞肝癌行全肝移植患者68例,应用免疫组化方法检测其切除的肝癌组织和癌旁正常肝组织中E-Cadherin蛋白的表达情况,并对患者进行移植术后随访,分析E-Cadherin蛋白表达与肝癌肝移植患者预后的关系。结果:肝癌组织中E-Cadherin蛋白阳性表达率明显低于癌旁组织(P<0.01)。经Logrank检验分析显示,E-Cadherin蛋白低表达组移植后的无瘤生存率明显低于E-Cadherin蛋白高表达组(P<0.01)。多因素Cox回归分析显示,E-Cadherin蛋白表达是影响肝细胞肝癌患者肝移植术后肝癌复发的独立预后因素之一。结论:E-Cadherin蛋白表达是一个预测肝细胞肝癌患者肝移植预后的重要因子。     

SIRT7琥珀酰化修饰对肝癌生存、免疫浸润及预后的相关性分析

摘要 目的：探究SIRT7基因琥珀酰化修饰对肝癌患者的生存、免疫浸润及预后的相关性分析。方法：采用生物信息分析法对SIRT7在肝癌组织中的表达情况及其对肝癌患者预后的影响进行分析；采用蛋白免疫印迹法（Western blot）检测其转染效果。结果：（1）生物信息分析结果显示：SIRT7在多种肿瘤（包括肝癌）组织中呈高表达（P<0.05）；SIRT7的表达与肿瘤的生存曲线相关（P<0.05）；肝癌患者的SIRT7相对表达量与其预后相关，高表达组肝癌患者的总生存情况（P=0.017）和无进展生存情况较低表达组缩短（P=0.004）；免疫浸润和肿瘤微环境分析结果显示，SIRT7表达水平与多数免疫细胞浸润水平、肿瘤微环境(ESTIMATES core)均有明显负相关。（2）Western blot显示，SIRT7在肝癌细胞中表达高于正常细胞。因此，SIRT7 可作为肝癌的潜在预后标志物。结论：SIRT7表达水平与肝癌(HCC)患者的预后、免疫细胞浸润性、肿瘤微环境免疫细胞和基质细胞浸润等相关。     

BET蛋白通过调控NF-κB通路参与炎症基因转录

目的:探讨特异性抑制溴结构域(bromodomain and extra-terminal,BET)蛋白对血管内皮细胞激活与早期动脉粥样硬化形成的作用及其分子机制。方法:1.原代分离培养脐静脉内皮细胞和小鼠心脏血管内皮细胞后用肿瘤坏死因α(TNFα)刺激模拟炎症过程,以小分子化合物JQ1特异性抑制BET蛋白,分组如下:(1)对照组;(2)TNFα(25 ng/m L)处理组;(3)TNFα+JQ1处理组。采用Realtime-PCR及流式细胞术检测各组细胞炎症因子m RNA及蛋白水平的表达,采用5XκB荧光素酶报告基因检测各组核转录因子kappa B(NF-κB)转录活性。2.LDL受体基因敲除(LDLR-/-)小鼠随机分为2组:JQ1组(n=8,JQ1腹腔注射,50 mg/kg,每天一次)和对照组(n=8,DMSO溶媒组),同时给予高胆固醇饮食8周,采用免疫组化方法检测主动脉弓部血管细胞黏附分子-1(VCAM-1)表达水平。结果:与对照组相比,TNFα组炎症因子m RNA、蛋白表达明显上调(P0.01),使用JQ1干预后,炎症因子E选择素(E-selectin)、P选择素(P-selectin)、VCAM-1及白细胞介素-8(IL-8)m RNA及蛋白表达均明显下调(P0.01)。LDLR-/-小鼠高脂饮食诱导8周后JQ1显著下调了主动脉弓部VCAM-1蛋白表达。5XκB荧光素酶报告基因结果显示,与TNFα(-)相比,TNFα(+)组荧光素酶报告基因活性增强,JQ1可以显著下调报告基因活性(P0.01)。结论:BET蛋白通过调控NF-κB信号通路参与了血管内皮炎症基因转录;抑制BET蛋白下调了NF-κB目的基因表达从而减轻了内皮激活及高脂诱导的早期动脉粥样硬化病理改变。     

基于公共数据库分析TCF3在胃癌中的表达及临床意义

[目的]探讨TCF3在胃癌组织中的表达水平及其与临床预后的相关性。[方法]通过GEPIA、ULCAN数据库分析TCF3在胃癌组织中的差异性表达、临床病理资料以及与错配修复基因之间的关系,并利用Kaplan-Meier Plotter数据库绘制TCF3与胃癌患者生存预后曲线。根据Spearman相关系数寻找胃癌中和TCF3作用相关的基因,另外对TCF3及其相关基因进行G0/KEGG富集分析,找出其中最具差异性的生物学注释,最后使用String数据库搭建TCF3蛋白质和上下游蛋白的调控互作网络。[结果]胃癌组织中TCF3表达水平明显高于正常胃组织(P<0.05),而且TCF3与错配修复基因MLH1、MSH2、MSH6、PMS2之间存在显著相关性(P<0.001),另外TCF3表达与肿瘤组织分化程度高低、是否感染幽门螺旋杆菌有关(P<0.05)。生存分析数据表明TCF3表达量越高,胃癌患者的总生存率和进展后生存率越低(P<0.001)。生信富集分析结果显示TCF3及其相关基因在生物遗传信息保存、细胞周期、肿瘤发生发展方面有重要作用(P<0.05),蛋白质网络提示...     

基于生物信息学分析miRNA-195-5p在肝癌中的表达及其临床意义

为了研究miRNA-195-5p在肝癌(liver hepatocellular carcinoma, LIHC)中的表达及对预后的影响,并对其潜在靶基因进行生物学信息学分析,评估miRNA-195-5p在LIHC中的临床意义和诊断价值,本文利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析miRNA-195-5p在肝癌组织中的表达;利用Kaplan-Meier plotter数据库分析miRNA-195与肝癌患者预后的相关性;利用miRWalk 2.0数据库获取预测的与实验数据支持的miRNA-195-5p的靶基因,同时采用DAVID 6.8数据库对靶基因进行GO和KEGG富集分析,以Cytoscape 3.6.1软件构建靶基因蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选PPI网络中的核心基因;通过公开访问的数据库进一步验证筛选出的核心基因。TCGA数据库分析结果显示, miRNA-195-5p在肝癌组织中的表达水平显著低于正常组织。Kaplan-Meier生存分析显示, miRNA-195低表达LIHC患者的总生存时间明显低于高表达患者。GO分析显示,miRNA-195-5p的靶基因主要显著富集到蛋白质磷酸化、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调节、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的负调节等生物学过程。KEGG分析显示, miRNA-195-5p的靶基因显著富集于癌症相关通路。miRNA-195-5p潜在靶基因所编码蛋白质之间存在复杂的相互作用,其中POLR2A、MIB1、MAPK3、ACACA、ASH1L以及MAP3K3是PPI网络中的核心基因。6个核心基因中,仅MAPK3的蛋白质与m RNA表达水平在LIHC组织中均显著上调。Kaplan-Meier生存分析进一步显示, MAPK3 m RNA水平升高预示LIHC患者总生存时间缩短。以上生物信息学分析结果初步表明, miRNA-195-5p表达下调在肝癌相关的生物学过程中起到重要调控作用,可能与其潜在靶基因MAPK3表达上调有关,这为肝癌的生物标志物研究提供了线索。     

PARP15在肺腺癌中的表达及其对肺腺癌细胞生长、凋亡的影响

该文研究了PARP15过表达在肺腺癌中的临床意义及其对肺腺癌细胞生长、凋亡的影响。利用UALCAN和GEPIA数据库比对PARP15基因在肺腺癌组织和正常组织中的表达水平,利用GEPIA数据库分析PARP15基因对肺腺癌患者预后生存的影响。构建核心质粒pCDH-PARP15,通过慢病毒包装及感染的方法在人肺腺癌细胞系A549和H1299中获得PARP15过表达稳定株,用Western blot鉴定PARP15过表达情况。采用CCK-8、克隆形成实验检测过表达PARP15对A549和H1299细胞生长的影响,流式细胞仪检测PARP15对A549和H1299细胞凋亡和细胞周期的影响。PARP15基因在肺腺癌组织中的表达水平均低于正常组织(P<0.05),且PARP15基因的表达水平与肺腺癌患者的良好预后呈正相关(P=0.003 6)。过表达PARP15抑制肺腺癌细胞的生长(P<0.05),并诱导细胞凋亡(P<0.05),但对细胞周期没有显著影响。PARP15可通过诱导肺腺癌细胞凋亡从而发挥抑制其生长的作用。     

eEF1A1通过HGF/c-MET通路调控肝癌细胞的迁移和侵袭能力

目的 探讨真核翻译延长因子1A1(eukaryotic translation elongation factor 1 α 1,eEF1A1)对肝癌细胞的侵袭、迁移和HGF/c-MET通路的影响及作用机制。方法 采用qRT-PCR和Western bolt检测肝癌细胞和组织中eEF1A1表达。构建eEF1A1敲除载体转染HLF和Alex肝癌细胞,CCK-8和Transwell实验检测细胞的增殖、侵袭和迁移能力。KM plotter分析患者的总体预后。通过eEF1A1基因敲除的转录组测序,Western bolt检测HGF、c-MET和p-c-MET蛋白的表达。裸鼠皮下成瘤实验检测eEF1A1对肝癌肿瘤的影响。结果 eEF1A1在肝癌细胞和组织中显著升高,敲低eEF1A1能抑制HCC细胞的增殖、迁移和侵袭。eEF1A1高表达与肝癌的不良预后相关。此外,敲除eEF1A1显著降低HGF和p-c-MET蛋白水平,抑制肝癌肿瘤的生长,但c-MET蛋白水平无显著差异。结论 eEF1A1通过抑制HGF/c-MET信号通路抑制肝癌细胞迁移和侵袭。     

环氧化物水解酶2在肝细胞癌中的表达水平与功能作用

本研究通过公共数据和实验数据,全面分析环氧化物水解酶2(epoxide hydrolase 2, EPHX2)在肝细胞癌中的表达情况、功能作用以及预后意义。利用GEO和MitoCarta数据集,筛选肝细胞癌中呈差异表达的线粒体相关基因;利用TCGA数据库分析EPHX2及其相关基因在肝细胞癌中的表达水平;运行R包绘制Kaplan-Meier生存曲线和功能富集分析;基于STRING和GSEA构建蛋白质互作网络和基因集富集分析;荧光定量PCR和GEO数据集验证EPHX2在肝细胞癌中的表达水平。本研究共筛选得到15个在肝细胞癌中呈差异表达的线粒体相关基因。EPHX2在肝细胞癌组织中的表达水平显著降低(P<0.01)。EPHX2表达水平与肝癌患者性别、分期和级别有关,而与年龄、T分期等因素无关。与EPHX2低表达组肝癌患者相比,EPHX2高表达组肝癌患者预后较好。功能富集结果显示,EPHX2与补体途径、脂肪酸降解等信号通路有关。蛋白质互作网络结果显示,EPHX2与HAO1、AGXT、ACOX1、GSTκ1、SCP-2、CAT、CYP2C8,CYP2C9,CYP2B6,和CYP2J2等密切相关。GSEA结果显示,EPHX2低表达组与肝癌细胞增殖、肝癌复发等基因集正相关。荧光定量PCR和GEO数据集验证结果显示,EPHX2在肝细胞癌组织和肝癌细胞株中呈显著低表达。EPHX2在肝细胞癌中呈显著低表达,提示其可能在肝细胞癌发生发展过程中发挥抑癌基因作用,但具体作用机制还需进一步验证。