BRD7单核苷酸多态性及鼻咽癌易感性分析

为了探讨BRD7基因的遗传变异在鼻咽癌发生的作用,采用PCR-SSCP和直接测序方法对BRD7基因的编码区进行单核苷酸多态性（coding-region single nucleotide polymorphism,cSNP）分析,并对两个鼻咽癌家系的高危成员、57个散发性鼻咽癌病人和50个正常人进行了BRD7等位基因分型.在BRD7基因的编码区发现了3个cSNP（C450T、A538C和A737G）,其中A538C颠换导致其编码蛋白的第162个氨基酸由Asp变为Ala;C450T改变与同义的A737C多态性偶联发生在87.7%的鼻咽癌活检组织和配对的外周血、所有的鼻咽癌家系的患者及8个易感成员,但是仅存在于22%的正常人血标本中.C450T多态性变化可以导致其编码蛋白在第133位氨基酸的翻译终止（G133Ter）.以上结果说明,C450T和A737C偶联的多态性改变是鼻咽癌发生和发展的重要遗传易感风险因子之一（P＜0.01）;BRD7基因有两种翻译方式,G133Ter可以导致另一种截断的翻译本（truncated     

鼻咽癌侯选抑瘤基因BRD7原核表达载体的构建及其表达

BRD7基因是一个鼻咽癌侯选抑瘤基因,为了构建BRD7基因的原核表达载体并使其在大肠杆菌得到表达,设计了带有SalⅠ,NotⅠ酶切位点的引物,以已构建好的质粒pGEM-T Easy/BRD7为模板,用PCR扩增出BRD7基因的完整阅读框架,并用SalⅠ,NotⅠ酶切PCR产物和原核表达载体PGEX-4T-2,然后用T4 DNA连接酶将其连接,得到重组表达质粒PGEX-4T-2/BRD7,经双酶切鉴定和测序验证,表达载体构建正确.重组表达质粒转化感受态大肠杆菌Jm105后用IPTG诱导,成功表达了一分子质量约为90 ku的融合蛋白;37℃诱导4 h后,SDS-聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)电泳后,经扫描分析该融合蛋白产量占菌体蛋白总量28.48%, 蛋白质印迹(Western-blot)证实了该融合蛋白的表达获得成功.这为BRD7基因的蛋白纯化及抗体制备,进一步开展其功能研究奠定了基础.     

鼻咽癌侯选抑瘤基因BRD7原核表达载体的构建及其表达(英)

BRD7基因是一个鼻咽癌侯选抑瘤基因,为了构建BRD7基因的原核表达载体并使其在大肠杆菌得到表达,设计了带有SalⅠ,NotⅠ酶切位点的引物,以已构建好的质粒pGEM-T Easy/BRD7为模板,用PCR扩增出BRD7基因的完整阅读框架,并用SalⅠ,NotⅠ酶切PCR产物和原核表达载体PGEX-4T-2,然后用T4 DNA连接酶将其连接,得到重组表达质粒PGEX-4T-2/BRD7,经双酶切鉴定和测序验证,表达载体构建正确.重组表达质粒转化感受态大肠杆菌Jm105后用IPTG诱导,成功表达了一分子质量约为90 ku的融合蛋白;37℃诱导4 h后,SDS-聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)电泳后,经扫描分析该融合蛋白产量占菌体蛋白总量28.48%, 蛋白质印迹(Western-blot)证实了该融合蛋白的表达获得成功.这为BRD7基因的蛋白纯化及抗体制备,进一步开展其功能研究奠定了基础.     

大规模单核苷酸多态性分析与肿瘤易感性

单核苷酸多态性(SNPs)是人类基因组中最常见的变异形式。作为第三代遗传标记,SNP在基因定位、克隆、遗传多态性方面具有广泛应用,特别是作为基因诊断标记在预防医学中具有十分重要的作用。近年来,随着人类基因组计划的发展,数以百万计的SNP被陆续发现,并可在公共数据库中免费获得。SNP数量的快速增加和SNP检测方法的发展,为其在肿瘤易感性领城的应用提供了可能。在本综述中,我们介绍了几种高通量检测SNP的分析方法,总结了大规模SNP分析技术在肿瘤易感性中的应用,介绍了目前人们对于不同人群中的SNP分析、肿瘤易感基因、个体肿瘤易感性的理解,以及研究SNP标记与肿瘤易感性关系时存在的难点。     

与老年黄斑病变有关的单核苷酸多态性

老年黄斑病变(AMD)是导致50岁以上的人失明的最常见的原因,它部分的原因是继承了易感基因。在AMD中,视网膜中的感光细胞受损,导致中央视觉逐渐消失。AMD有2种：湿型和干型。湿型AMD对患者危害最严重,因为视觉消失的速     

候选抑瘤基因 BRD7 及家族蛋白的功能研究进展

溴区结构（bromodomain）是近年来发现的广泛分布于多种生物中的一种高度保守的结构域,溴区结构蛋白通过参与信号依赖性的基因转录调控而广泛参与细胞内重要的生命活动．BRD7基因是1999年克隆的一个新的bromodomain基因,GenBank登录号为AF152604或AF152605．eMotif分析表明,BRD7蛋白包含多个磷酸化位点和一个保守bromodomain功能域,Blast显示BRD7蛋白与人的Celtix-1及鼠的bromodomain蛋白BP75具有高度的同源性．利用转基因技术已证实,在鼻咽癌细胞系HNEl中过表达BRD7基因可以抑制其细胞生长和细胞周期G1-S的进程,并部分逆转鼻咽痛细胞HNE1的恶性表型．为了全面地揭示BRD7基因的细胞内生物学功能,深入了解BRD7基因的细胞内整体信息流向,中南大学肿瘤研究所细胞遗传室已从上、中、下游三个不同层面对BRD7基因的功能研究展开了初步的探索．     

候选抑瘤基因 BRD7 及家族蛋白的功能研究进展

溴区结构(bromodomain)是近年来发现的广泛分布于多种生物中的一种高度保守的结构域,溴区结构蛋白通过参与信号依赖性的基因转录调控而广泛参与细胞内重要的生命活动.BRD7基因是1999年克隆的一个新的bromodomain基因,GenBank登录号为AF152604或AF152605.eMotif分析表明,BRD7蛋白包含多个磷酸化位点和一个保守bromodomain功能域,Blast显示BRD7蛋白与人的Celtix-1及鼠的bromodomain蛋白BP75具有高度的同源性.利用转基因技术已证实,在鼻咽癌细胞系HNE1中过表达BRD7基因可以抑制其细胞生长和细胞周期G1-S的进程,并部分逆转鼻咽癌细胞HNE1的恶性表型.为了全面地揭示BRD7基因的细胞内生物学功能,深入了解BRD7基因的细胞内整体信息流向,中南大学肿瘤研究所细胞遗传室已从上、中、下游三个不同层面对BRD7基因的功能研究展开了初步的探索.     

鼻咽癌相关基因 BRD7 对鼻咽癌细胞CNE1的影响

为了研究BRD7基因对鼻咽癌细胞CNE1的影响,通过脂质体转染方法,将BRD7基因导入NPC细胞株CNE1细胞中.通过细胞生长曲线发现该基因能够抑制CNE1细胞的生长.为了探讨可能的作用机制,进而采用蛋白质组技术研究该基因对鼻咽癌蛋白质表达谱的影响,从而研究该基因在CNE1中的地位和作用.通过对过表达BRD7基因后鼻咽癌细胞系CNE1的蛋白质表达谱改变的研究,鉴定出19个差异表达蛋白,这些蛋白质包括:BCCIP (BRCA2 and CDKN1A(p21(Waf1/Cipl)),FHL2(four and a half LIM domains 2),Chloride channel regulatory protein;Hin-1(high-in-normal-1),WISP-1(connective tissue growth factor related protein),SREC-4(scavenger receptor expressed by endothelial cells-2),folate receptor.这些差异蛋白涉及到基因表达调控、细胞黏附等众多的事件.从另一个侧面研究了BRD7基因与鼻咽癌的关系,扩展了BRD7基因的研究范围,并进一步充实了该基因做为鼻咽癌候选抑瘤基因的证据.     

单核苷酸多态性与大肠癌遗传易感性

大肠癌遗传易感性与单核苷酸多态性（SNP）的关系是近年来研究的热点。研究发现COX2,MTHFR等代谢相关基因的某些SNP与大肠癌的发病风险相关,其中携带COX29850G-10335A单倍型的个体可显著增加患大肠癌的风险。MMP家族是调控大肠癌侵袭转移的重要基因,MMP7-181G等位型频率可显著增加大肠癌淋巴结转移风险。进一步寻找大肠癌特异性SNP,对筛选大肠癌高危人群,预估发病风险,具有重要意义。     

泛肽相关蛋白基因UBAP1单核苷酸多态及与鼻咽癌的相关研究

UBAP1基因是在鼻咽癌9p最小共同缺失区内新克隆的鼻咽癌候选抑瘤基因,通过采用病例-对照研究方法,对105例鼻咽癌患者和183例正常人UBAP1基因的5个单核苷酸多态(SNPs)用测序法进行了分型,在实验过程中,偶然发现了一个新的SNP位点,并已登录至dbSNP（登录号：rs3135929）.经相关分析发现,位于UBAP1基因第6外显子中的SNP rs1049557与鼻咽癌发病存在显著相关性,基因型GG和GC的相对危险度分别为1.64和1.31.实验结果进一步支持了UBAP1基因与鼻咽癌的发生发展可能存在密切关系,SNP rs1049557由于处在UBAP1基因下游3′非翻译区,其多态类型可能在某种程度上影响UBAP1基因的表达调控,从而与鼻咽癌发病相关.     

NGX6基因单核苷酸多态及与鼻咽癌的相关性

NGX6基因是本研究室在鼻咽癌 9p最小共同缺失区内新克隆的鼻咽癌候选抑瘤基因。通过采用病例 对照研究方法 ,利用动态等位基因杂交 (DASH)技术对 10 5例鼻咽癌患者和 183例正常人NGX6基因的 2个单核苷酸多态 (SNP)进行了分型 ,经相关分析发现 ,位于NGX6基因上游调控区的SNPrs8792 84与鼻咽癌发病存在显著相关性 ,基因型CT和TT的相对危险度分别为 3.93和 2 .2 7。实验结果进一步支持了NGX6基因与鼻咽癌的发生发展可能存在密切关系 ,SNPrs8792 84由于处在NGX6基因上游调控区域 ,其多态类型可能在某种程度上影响NGX6基因的表达调控 ,从而与鼻咽癌发病相关     

单核苷酸多态性检测分析技术

单核苷酸多态性(SNP)作为第三代遗传标记已经广泛用于基因作图、疾病相关性分析、群体遗传学及药物研究等领域。 文中系统地介绍了目前国内外主要的SNP检测技术,任何一种SNP的检测方法都可将之看成由两部分组成,即区分SNP位点的原理方法和数据的检测分析手段,文章对这两部分做了较详细的介绍,并对SNP检测技术的发展进行了展望。 Abstract :As the third generation of genetic markers SNPs（single nucleotide polymorphisms）has been used extentively in gene mapping,disease-correlativity analysis ,population genetics and drug research.Here methods for detection are reviewed.Most SNP genotyping are a combination of method for interrogating SNPs and analysis tecnique.It described both parts and give a outlook for detection.     

单核苷酸多态性的研究技术

本文在对人类基因组单核苷酸多态性(SNP)的概念做简要说明的基础上,系统地介绍14种检测分析SNP的技术和方法的原理、操作要点及其优缺点。 Abstract:Based on summarizing the single nucleotide polymorphisms (SNP) of human genome,14 methods for detection were reviewed in detail,including the principle,operational point,the advantages and the disadvantages of each method.     

一个新硝基还原酶基因NOR1编码区单核苷酸多态及与鼻咽癌的关联分析

NOR1基因是中南大学湘雅医学院肿瘤研究所克隆的一个鼻咽癌表达下调新基因,生物信息学预测NOR1基因含有硝基还原酶结构域,该基因可能参与亚硝胺类化学致癌物在体内的代谢过程,从而与鼻咽癌的发生密切相关.通过采用病例-对照的研究方法,利用测序技术对144名鼻咽癌患者和匹配的144名正常人NOR1基因编码区单核苷酸多态(coding region single nucleotide polymorphisms, cSNPs)进行基因分型,关联分析结果显示所检测到的两个cSNPs之间存在连锁不平衡,且均与鼻咽癌发病相关,两个cSNPs及它们所组成的单倍型相对危险度分别为1.36、1.64和1.37.两个cSNPs的多态性改变均使NOR1基因编码蛋白一级结构发生了变化,这种改变可能影响NOR1基因编码蛋白的结构和功能.研究进一步支持了NOR1基因与鼻咽癌的发生发展可能存在密切的关系.