cDNA-AFLP和cDNA-SRAP技术在植物基因差异表达上的应用及其分析比较

对cDNA-AFLP和cDNA-SRAP技术在植物上的应用研究进行了介绍,指出cDNA-AFLP和cDNA-SRAP技术已逐渐成为基因表达研究的重要工具,是构建转录图谱、定位目标性状位点、研究差异基因表达等研究的主要手段,具有广泛广阔的应用前景.但是cDNA-AFLP和cDNA-SRAP技术均具有一定的缺限,主要表现在获得的差异片段还不够全面丰富.cDNA-AFLP可以扩增到扩增较多的带,但试验程序比较繁琐、昂贵而且耗时较长、操作较困难;而cDNA-SRAP相对比较简便、便宜而耗时较短,较易操作.因而将cDNA-AFLP与cDNA-SRAP技术结合起来,可望得到更全面丰富的差异片段,从而在植物基因差异表达、新基因发现、抗逆性分子机理研究等方面发挥更大的作用.     

cDNA-AFLP技术原理及其在研究植物基因差异表达中的应用

cDNA-AFLP是一种在转录水平研究基因表达的技术,因其具有灵敏度高,重复性好的特点,已经被广泛用于基因研究。介绍了cDNA-AFLP的原理和反应影响因素,并概述了其在分离和筛选植物差异表达基因研究中的应用？     

cDNA-AFLP技术在植物耐盐基因鉴定上的应用

cDNA-AFLP技术是近年来广泛应用于植物基因分离与表达研究的mRNA指纹图谱技术,在分离植物特异性基因等生物技术研究中发挥了巨大作用.在植物耐盐基因鉴定方面,该技术的应用处于新兴初始阶段,但已取得了诸多成效.本文在概述植物耐盐响应机制的基础上,着重对利用cDNA-AFLP技术鉴定的植物耐盐相关基因及其相应作用机制进行了阐述,并对其在植物耐盐分子生物学研究上的应用前景进行了展望.     

小麦抗黄矮病相关基因cDNA-AFLP差异表达片段的验证

cDNA-AFLP技术是研究基因差异表达的有利工具,广泛用于植物抗病、抗逆和生长发育等研究领域.本研究以cDNA-AFLP技术分离的抗黄矮病小麦与感黄矮病小麦间差异表达片段为对象,利用反向Northern方法,从cDNA-AFLP技术筛选的46个候选抗黄矮病防御基因差异表达片段中,筛选出抗黄矮病相关防御基因片段6个;采用对回收的差异片段进行再扩增(延伸引物再扩增),再与原选扩产物一起进行PAGE电泳分析法,并结合半定量RT-PCR分析法,又验证了候选抗黄矮病相关基因表达片段3个.反向Northern方法以及对回收的差异片段进行再扩增(PAGE再分析法),结合(半)定量RT-PCR分析方法,可以比较准确地验证cDNA-AFLP所筛选出的基因差异表达片段.     

乙烯利调控甘蔗生长前期基因表达初报

在甘蔗(Saccharum of ficinarum L.)生长前期分别叶面喷施200mg L-1乙烯利和清水,利用cDNA-AFLP技术分析甘蔗经不同处理后体内基因表达的差异情况,以期通过对差异表达基因进行序列分析和功能分析,探讨乙烯利调控甘蔗生长的分子机理。结果表明:经乙烯利处理后的甘蔗叶片,cDNA-AFLP的扩增产物多态性丰富,基因表达差异显著;部分差异片断序列与抗病、抗逆及促进光合作用等相关基因具有较高的同源性。     

茶树种子脱水过程差异基因的研究

利用cDNA-AFLP方法在转录水平上对茶树无性系龙井43种子脱水前后基因表达的变化进行分析,探讨脱水差异和生物学中的衰老与死亡的联系,并为茶树等顽拗型种子植物的种质资源保存提供理论依据.结果显示:64对引物组合产生87条差异条带.对其中的6条克隆测序,发现4条与已知功能基因相关,包括植物衰老蛋白、PPR、硫氧还蛋白,翻译控制肿瘤蛋白,其中硫氧还蛋白在茶树种子中首次被发现.     

基因表达系列分析法(SAGE)的改进及其在植物功能基因组研究中的应用

基因表达系列分析方法(SAGE)是一种新的基因表达分析方法,与基因芯片技术一样具有高通量的特点,可测定特定组织的基因表达水平,在全基因组水平上同时定量检测数万个基因表达模式;可在未知目的基因的前提下,分析来自一个细胞的全部转录本信息;对已知或未知基因表达进行定性和定量分析.目前,虽然在疾病、发育、细胞凋亡、药物筛选等多个领域已有利用SAGE方法进行的研究,但该方法在植物功能基因组研究中的应用相对较少.本文主要综述了该方法在RNA用量、PCR循环次数、SAGE效能和可靠性、标签长度和未知标签分析等方面的改进及其在植物中构建SAGE文库、筛选新基因、基因表达图谱分析等方面的应用,从而为其在植物功能基因组研究中的进一步应用提供理论参考.     

植物异源多倍体进化中基因表达的变化

多倍化是植物物种进化的主要动力,异源多倍体植物在形成早期发生着快速的基因表达变化。本文概述了异源多倍体植物中基因表达变化的特点,包括基因的沉默、激活和部分同源基因表达水平的变化,探讨了基因表达变化的分子机制和生物学意义,并对研究中的问题进行了分析和展望。     

植物异源多倍体进化中基因表达的变化

多倍化是植物物种进化的主要动力, 异源多倍体植物在形成早期发生着快速的基因表达变化。本文概述了异源多倍体植物中基因表达变化的特点, 包括基因的沉默、激活和部分同源基因表达水平的变化, 探讨了基因表达变化的分子机制和生物学意义, 并对研究中的问题进行了分析和展望。     

cDNA-AFLP技术在植物表达分析上的应用

阐述了一种mRNA指纹图谱技术,即cDNA_AFLP技术的原理和程序; 该技术具有重现性高、准确可靠、效率高等特点,可广泛应用于植物遗传标记分析、基因表达特性研究以及分离植物基因等,具有良好的发展前景。     

标题双胚苗水稻中单倍体和二倍体不同器官的cDNA- AFLP分析

SARII-628是四川农业大学水稻研究所的一个双胚苗自然群体, 每年都能定期分离出单倍体与二倍体(n:2n)。文章对单倍体和对应的二倍体进行了cDNA-AFLP分析。合成了3个单倍体和1个二倍体的根、茎、穗和叶的cDNA, 用EcoR I/ Msp I酶切组合, 通过cDNA-AFLP技术统计这16个样本的表达差异。共选用30对引物, 在633条扩增位点上筛选出49个有差异表达的序列。结果:(1)单倍化后cDNA-AFLP总体水平虽然在各单株间略有差异但变化不大, 表达变化的位点所占比例平均为5.14%, 高于二倍体的3.93%; (2)根据样本在根、茎、穗和叶中表达出带的有无, 在扩增出的14种带型中, 有4种只出现在单倍体中, 其对应位点的表达具有单倍体的特异性; (3)对这3个单倍体在不同器官的激活和沉默位点进行汇总, 发现在根和穗中, 发生沉默的位点多于激活的位点数, 而在茎和叶中的结果正好与之相反, 但是在单倍体的所有器官中发生激活变化的位点多于沉默变化的位点; (4)对不同器官中的发生表达变化(激活+沉默)位点分析, 发现根中的变化位点最多, 在穗中的变化最少, 说明位点的表达变化具有器官特异性。     

Quantitative comparison of cDNA-AFLP, microarrays, and GeneChip expression data in Saccharomyces cerevisiae

cDNA-AFLP is a genome-wide expression analysis technology that does not require any prior knowledge of gene sequences. This PCR-based technique combines a high sensitivity with a high specificity, allowing detection of rarely expressed genes and distinguishing between homologous genes. In this report, we validated quantitative expression data of 110 cDNA-AFLP fragments in yeast with DNA microarrays and GeneChip data. The best correlation was found between cDNA-AFLP and GeneChip data. The cDNA-AFLP data revealed a low number of inconsistent profiles that could be explained by gel artifact, overexposure, or mismatch amplification. In addition, 18 cDNA-AFLP fragments displayed homology to genomic yeast DNA, but could not be linked unambiguously to any known ORF. These fragments were most probably derived from 5' or 3' noncoding sequences or might represent previously unidentified ORFs. Genes liable to cross hybridization showed identical results in cDNA-AFLP and GeneChip analysis. Three genes, which were readily detected with cDNA-AFLP, showed no significant expression in GeneChip experiments. We show that cDNA-AFLP is a very good alternative to microarrays and since no preexisting biological or sequence information is required, it is applicable to any species.     

Robust ordered mRNA differential display: an improved method for global gene expression profiling

Global gene expression profiling (GGEP) plays a pivotal role in biological research. We developed an improved GGEP method called "robust ordered mRNA differential display (RoDD)" by combining mRNA differential display (DD) and complementary DNA amplified fragment length polymorphisms (cDNA-AFLP) using elaborately designed primers and a poly (dT:A) replacement technique. Redundancy was minimized by bead-based isolation and coverage was improved by using restriction enzymes that recognized 4-bp sites. This method offers the common virtues of gel-based methods along with the reliability of cDNA-AFLP. The most significant advantage of RoDD over current gel-based methods is greatly improved coverage and minimized redundancy.     

陆地棉体细胞胚胎发生过程的cDNA-AFLP分析

以陆地棉标准系TM-1未经诱导的下胚轴、下胚轴经诱导40 d的愈伤组织和胚性愈伤组织为材料,利用cDNA-AFLP差异显示技术对陆地棉体细胞胚胎发生过程中的cDNA差异表达进行了初步分析.经反转录获得3个不同时期的cDNA,利用180对引物组合进行AFLP分析,结果表明,在总共显示的约3 000条谱带中,其中38条为胚性愈伤组织中所特有的差异谱带.对这些差异片段进行克隆、序列测定和同源性分析,其中12个差异片段同已知陆地棉、雷蒙德氏棉和亚洲棉不同发育时期器官的EST序列高度同源,其相似性达到90%以上.结果说明,棉属在形态建成早期（胚胎发育阶段）,其特定器官的相关基因已经表达.