酿酒酵母B5不对称还原制备手性药物中间体R-2′-氯-1-苯乙醇的研究

从11株微生物中筛选出4株具有不对称还原2′-氯-苯乙酮能力的酵母,其中酿酒酵母B5的还原产率与对映体选择性最佳。确定了酿酒酵母B5对2′-氯-苯乙酮还原的最佳反应时间为24h;最佳pH 8.0;最佳反应温度为25℃;最佳共底物为5%（体积比）乙醇。同时研究了底物浓度、微生物的量、微生物的培养条件等对反应产率和立体选择性的影响。细胞浓度为10.75mg/mL（细胞干重/反应体积）的酿酒酵母B5可将647mmol/L的2′-氯-苯乙酮100%地转化为R-2′-氯-1-苯乙醇,其对映体选择性为100%。酿酒酵母B5可重复利用的特点可提高产物的产量。     

蛋白质-蛋白质分子对接方法研究进展

蛋白质分子间相互作用与识别是21世纪生命科学研究的前沿和热点.分子对接方法是研究这一课题有效的计算机模拟手段.通常,蛋白质-蛋白质分子对接包括四个阶段:搜索受体与配体分子间的结合模式,过滤对接结构以排除不合理的结合模式,优化结构,用精细的打分函数评价、排序对接模式并挑选近天然构象.结合国内外研究蛋白质-蛋白质分子对接方法进展和本研究小组的工作,对以上四个环节做了详细的综述.另外,还分析了目前存在的主要问题,并提出对未来工作的展望.     

（S）-（-）-β-羟基苯丙酸乙酯的微生物法合成

采用酿酒酵母CGMCC No．2266菌体,不对称还原β-羰基苯丙酸乙酯制备光学纯（S）-（-）-β-羟基苯丙酸乙酯。结果表明：采用初始pH为8．0的液体发酵培养基培养的CGMCCNo．2266菌体经过50℃预热处理30min后用于生物转化获得的（S）-（-）-G-羟基苯丙酸乙酯对映体过剩值可以达到100％ee。确定了合成（S）-（-）-β-羟基苯丙酸乙酯的较佳转化条件为pH7．0,温度30℃,转化时间24h,底物浓度为3．63mmol／L,菌体用量为86g/L（干重／反应体积）。以10％葡萄糖为辅助底物,产率比不加辅助底物时提高了75．4％。在最佳转化条件下反应转化率及（S）-（-）-β-羟基苯丙酸乙酯对映体过剩值可分别达到98．4％和100％ee。     

利用回归模型筛选出近天然的抗原-抗体对接模拟结构

在抗原-抗体分子对接模拟所生成的大量计算生成构象中筛选出近天然结构,即接近真实情况的抗原-抗体结合模式。借鉴QSAR原理,定义抗原-抗体接触面描述符并利用Discovery Studio 4.5软件平台计算出各对接模拟构象的接触面描述符和能量参数。构造训练集数据进行回归分析,建立预测对接模拟构象是否是近天然结构的数学模型。通过测试集和实际应用情况检验该数学模型。通过回归分析所建立的数学模型能够在成百上千的抗原-抗体对接模拟构象中有效筛选出其中的近天然结构,在测试集验证和4G7抗体结合模式预测应用中具有良好的表现,验证了该数学模型的有效性和实用性。经验性的抗原-抗体接触面特征如氢键密度、氨基酸对偏好性指数等以及能量参数能够共同有效表征近天然结构,所建立的数学模型有效增强了通过分子对接预测抗原-抗体结合模式的可行性。     

R-2-卤代酸脱卤酶的同源模建及底物对映体选择性研究

对来自假单胞菌ZJU26中的R-2-卤代酸脱卤酶(DehI-R)进行同源模建,分析其与底物的相互作用,为解析酶的底物对映体选择性提供理论依据.采用Sybyl中的APM模块首次构建并优化了R-2-卤代酸脱卤酶的三维结构,并用Procheck 验证结构模型的合理性.使用Suflex-Docking模块将结构模型与底物分别进行对接,分析相互之间的作用.序列比对结果显示,R-2-卤代酸脱卤酶与恶臭假单胞菌PP3中DehI的相似性达23.71％.Deh-R模建后的结构与模板很好的吻合.模型比对分析DehI-R中参与催化的残基,除Asn2.03外大部分都比较保守.分子对接结果表明,R-2-氯丙酸和S-2-氯丙酸都可以结合到活性位点上,决定其选择性的是值点Asn203,在RS-2-卤代酸脱卤酶所对应位点的残基为Ala,相比之下,Aan具备较大的空间位阻,从而阻止了S-2-氯丙酸的反应.利用Sybyl中的Biopolymer模块对R-2-卤代酸脱卤酶中的Asn203突变成具有不同空间位阻的Ala、Gly和Gln.突变酶与底物对接结果进一步证实了Asn203位点对R-2-卤代酸脱卤酶的底物对映体选择性作用.     

恶臭假单胞菌CGMCC 1388对映选择性生物降解制备(S)-扁桃酸及其衍生物的研究

从土壤中分离得到一株（R）-扁桃酸选择性降解菌,经鉴定为恶臭假单胞菌,保存于中国普通微生物保藏中心,编号为CGMCC1388。考察了扁桃酸及其降解产物对扁桃酸脱氢酶活力的影响。研究表明,在培养基中添加少量扁桃酸、苯甲酰甲酸或苯甲酸均可显著提高其产量,以扁桃酸的诱导效果最佳。3种诱导物的最适添加质量浓度分别为4、4和2 g/L。当以消旋扁桃酸为反应底物时,该菌可高选择性降解（R）-扁桃酸,回收得到的（S）-扁桃酸对映体过量值（e.e.）高于99%,反应的对映选择率（E）达130。用静息细胞催化扁桃酸降解的最适温度和pH分别为30 ℃和6.0,最适底物浓度为60 mmol/L,以双倒数法求得Km为47 mmol/L。考察了该菌对扁桃酸苯环取代衍生物的生物转化,并以高产率制备获得高对映纯度的（S）-对羟基扁桃酸和（S）-对氯扁桃酸。     

(3R)-2-羧乙基-3-氰基-5-甲基己酸乙酯水解酶产生菌的筛选与产酶条件优化

以2-羧乙基-3-氰基-5-甲基己酸乙酯为唯一碳源,采用手性气相法检测,筛选到一株能产对映选择性水解酶的假单胞菌Pseudomonas CGMCC No.4184.该菌产的水解酶能优先水解R型底物产生(3R)-2-羧乙基-3-氰基-5-甲基己酸,产物对映体过量值达到90%以上.对菌株Pseudomonas CGMCC ...     

蛋白质-蛋白质分子对接方法中分子柔性处理与近天然结构筛选的研究

蛋白质-蛋白质分子对接方法是研究蛋白质分子间相互作用与识别的重要理论方法。该方法主要涉及复合物结合模式的构象搜索和近天然结构的筛选两个问题。在构象搜索中,分子柔性的处理是重点也是难点,围绕这一问题,近年来提出了许多新的方法。针对近天然结构的筛选问题,目前主要采用三种解决策略:结合位点信息的利用、相似结构的聚类和打分函数对结构的评价。本文围绕以上问题,就国内外研究进展和本研究小组的工作作详细的综述,并对进一步的研究方向进行了展望。     

蛋白质- 核酸对接方法研究进展

分子对接技术作为预测蛋白质-核酸复合物结构的有效方法,为研究在生物学过程中蛋白质-核酸的相互作用提供了重要的工具。本文首先分析了当前蛋白质-核酸对接研究中的主要困难,例如构象变化和核糖磷酸骨架的带电性问题。然后从构象搜索、打分函数、柔性策略三个方面比较和总结了蛋白质-核酸对接中主要的计算方法。最后回顾了蛋白质-核酸对接计算模型的应用,并对未来的工作进行了展望。     

一株微生物菌株催化水解拆分外消旋6-羟基-8-氯辛酸乙酯

从土壤中筛选到一株能够拆分外消旋的硫辛酸中间体6-羟基-8-氯辛酸乙酯的微生物菌株T4,并对其拆分反应条件进行了优化,确定了最适反应温度为30℃,最适pH为7．0,最适摇床转速为170r／min,确定了有效表面活性剂为CTAB,在此优化条件下反应8h,得到（R）-6-羟基-8-氯辛酸乙酯的对映体过量值（e．e．）为92．8％,产率为26．3％。该研究为（R）-硫辛酸的制备提供了一条可行的途径。     

90例弥漫性大B细胞淋巴瘤的分子遗传学及预后意义初探

目的：分析90例弥漫性大B细胞淋巴瘤（diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL）的临床病理学特征及其临床意义。方法：收集90例DLBCL石蜡包埋组织标本及预后资料,采用免疫组织化学技术及间期荧光原位杂交（Fluorescence in situ Hybridization,FISH）技术研究其免疫表型和分子遗传学特征。结果：本组病例中,70例原发于淋巴结外,20例原发于淋巴结。根据Hans模型,42.2%（38/90）的DLBCL起源于生发中心B细胞（GC）,57.8%（52/90）起源于非生发中心B细胞（Non-GC）。IGH、bcl-6、bcl-2及c-myc基因易位的阳性率分别为33.3%（30/90）、22.2%（20/90）、4.4%（4/90）和3.3%（3/90）;bcl-2、bcl-6、c-myc及IGH基因多拷贝的阳性率分别为51.1%（46/90）,40%（36/90）、30%（27/90）和14.4%（13/90）。20例bcl-6基因易位的DLBCL中,14例为Non-GC起源,6例为GC起源;4例bcl-2基因易位的病例中,3例为GC起源,1例为Non-GC起源;3例c-myc基因易位的病例中,2例为GC起源,1例为Non-GC起源。结外DLBCL的IGH基因易位的阳性率高于结内者（P〈0.05）;结内DLBCL的c-myc基因多拷贝的阳性率高于结外者（P〈0.05）。本组29例有随访结果的病例显示,IGH、bcl-6、bcl-2及c-myc基因易位及多拷贝与预后无明显相关（P〉0.05）。结论：本组DLBCL总的分子遗传学异常率（包括因易位及拷贝数的异常）为82.2%,其中以bcl2多拷贝（51.1%）最为多见。不存在IGH、bcl-6、bcl-2及c-myc基因异常,不能除外DLBCL的诊断。少部分DLBCL中存在Burrkitt淋巴瘤特征性的c-myc基因易位。IGH、bcl-2、bcl-6及c-myc基因易位及拷贝数的异常在DLBCL中不具有的预后判定意义。     

Effects of phosphonium-based ionic liquids on the lipase activity evaluated by experimental results and molecular docking

In this work, the effect of several phosphonium-based ionic liquids (ILs) on the activity of lipase from Burkholderia cepacia (BCL) was evaluated by experimental assays and molecular docking. ILs comprising different cations ([P₄₄₄₄]⁺, [P_444(14)]⁺, [P_666(14)]⁺) and anions (Cl⁻, Br⁻, [Deca]⁻, [Phosp]⁻, [NTf₂]⁻) were investigated to appraise the individual roles of IL ions on the BCL activity. From the activity assays, it was found that an increase in the cation alkyl chain length leads to a decrease on the BCL enzymatic activity. ILs with the anions [Phosp]⁻ and [NTf₂]⁻ increase the BCL activity, while the remaining [P_666(14)]-based ILs with the Cl⁻, Br⁻, and [Deca]⁻ anions display a negative effect on the BCL activity. The highest activity of BCL was identified with the IL [P_666(14)][NTf₂] (increase in the enzymatic activity of BCL by 61% at 0.055 mol·L⁻¹). According to the interactions determined by molecular docking, IL cations preferentially interact with the Leu17 residue (amino acid present in the BCL oxyanion hole). The anion [Deca]⁻ has a higher binding affinity compared to Cl⁻ and Br⁻, and mainly interacts by hydrogen-bonding with Ser87, an amino acid residue which constitutes the catalytic triad of BCL. The anions [Phosp]⁻ and [NTf₂]⁻ have high binding energies (−6.2 and −5.6 kcal·mol⁻¹, respectively) with BCL, and preferentially interact with the side chain amino acids of the enzyme and not with residues of the active site. Furthermore, FTIR analysis of the protein secondary structure show that ILs that lead to a decrease on the α-helix content result in a higher BCL activity, which may be derived from an easier access of the substrate to the BCL active site.     

Quinoline-4-methyl esters as human nonpancreatic secretory phospholipase A₂ inhibitors

A series of novel fused heterocycle methyl esters were designed and synthesized as human nonpancreatic secretory phospholipase A? (hnps-PLA?) competitive inhibitors. Among the 22 synthesized compounds, 17 quinoline-4-methyl esters displayed hnps-PLA? inhibition activity in the in vitro bioassay. The IC?? value for the best compound 3o was 1.5 μM. The structure-inhibition-activity relationships of the compounds were studied using molecular docking.     

气相色谱质谱法测定食品包装材料中24种邻苯二甲酸酯(英文)

目的:建立同时检测食品包装材料中24种邻苯二甲酸酯类化合物的气相色谱质谱法(GC-MS)分析方法。方法:用正己烷提取包装材料,GC-MS选择离子监测模式(SIM)测定,运用气质联用仪测定24种邻苯二甲酸酯类物质。结果:24种邻苯二甲酸酯类物质的线性范围为0.05 mg/L~10 mg/L,除了邻苯二甲酸二异壬酯(DINP)和邻苯二甲酸二异癸酯(DIDP)为0.5 mg/L~10 mg/L,相关系数(r2)除DINP、DIDP外均大于0.99,方法的检出限(信噪比为3)为0.002 mg/kg~0.05 mg/kg,在食品包装材料基质中3个加标水平的平均回收率为85.2%~108%,相对标准偏差(RSD,n=6)为5.9%~10.2%。结论:该方法快速、灵敏、准确可靠,适用于食品包装材料中邻苯二甲酸酯类化合物的分析检测。     

钙结合蛋白S100A14的结构预测及分析

钙结合蛋白S100A14是S100家族中的新成员,其空间结构与功能尚未阐明。采用服务器PredictProtein对人S100A14进行二级结构预测,利用同源建模法构建S100A14（序列12-102）的空间结构模型,经PROCHECK评估模型的可靠性,并将所构建的单体模型进行分子对接,预测S100A14形成同源二聚体的可能性及模式。结果显示,S100A14与S100A13的蛋白序列一致性最高,其C-端Ca2＋结合区存在多个变异,但Cu2＋和Zn2＋结合位点保守存在;helix I与helix IV较S100A13延伸长,而helix I、helix II和helix IV与S100A13的四个α螺旋一样具有两亲性的结构特征,并且在S100A13中扮演重要角色的W77在S100A14的helix IV（W85）中也保守存在。空间结构上,S100A14与S100A13具极大相似性;分子对接显示S100A14单体间可以通过疏水作用力形成＂X-型螺旋束＂同源二聚体。这些结构特征的分析将为S100A14的功能研究提供重要线索。     

利用结构多样性的对硝基苯酚羧酸酯和脂肪醇乙酸酯评估7个枯草芽胞杆菌酯水解酶的指纹图谱

基于GenBank公布的枯草芽胞杆菌168基因组序列,克隆表达了30个预测的酯水解酶基因。结果发现:其中7个酶对对硝基苯酚酯表现出明显的酯水解活力。它们在α/β水解酶家族中分属5个不同的亚家族。通过显色底物和pH指示剂进行的高通量筛选,分别绘制了这7个酶的底物指纹谱。考察了酶催化手性酯水解反应的对映选择性,结果表明:对硝基苄基酯酶PnbA和S-脱乙酰化酶Cah对手性醇的乙酸酯具有较广的底物谱,而PnbA和羧酸酯酶Nap分别对DL-薄荷醇乙酸酯和2-氯-1-苯乙醇乙酸酯/2-萘乙醇乙酸酯有极好的对映选择性(E>200)。此外,发现酯酶YitV催化2-氯-1-苯乙醇乙酸酯水解的反应遵循反-Kazlauskas规则。     

龙须藤凝集素的分离纯化和性质

利用酸化处理的Sepharose 6B亲和柱从龙须藤（Bauhinia championii)种子中分离纯化出龙须藤凝集素（BCL）,其比活性比抽提液提高了57倍,活力回收率达63．3％。经Sphadex G-100测得BCL的分子量为64000,SDS－PAGE的结果表明BCL由两个相同的亚基组成,亚基分子量为32000,等电聚集凝胶电泳测得其等电点为4．70。BCL是一种糖蛋白,其中性糖含量为3．0％。N－乙酰－D－氨基半乳糖能强烈地抑制BCL对兔红细胞的凝集作用。     

也门与中国产香丝草挥发油的化学成分分析和比较

目的：分析也门与中国产香丝草挥发油的化学成分,比较两者差异。方法：采用水蒸气蒸馏法提取也门及中国产香丝草的挥发油,运用气相色谱-质谱联用法（GC—MS）对挥发油进行组分分析,将两者的成分差异进行了比较。结果：从也门产香丝草挥发油中鉴定了34个成分,相对含量最多的分别为醇类（47．77％）、烯类（29．15％）、酯类（9．64％）,主要为雪松烯醇（18．54％）和环氧化香橙烯（18．75％）;从中国产香丝草挥发油中鉴定了56个成分,以酯类（31．20％）、烯类（28．05％）、醇类（14-29％）等挥发性物质为主,包括异戊酸香叶酯（18．81％）、反式--佛手柑油烯（10．31％）。结论：也门与中国产香丝草挥发油的组成具有较大的差异,是两者香味迥异的物质基础,也是也门产香丝草制作香料、美食的科学依据;     

2-Benzyl and 2-phenyl-3-hydroxypropyl pivalates as protein kinase C ligands

A series of 2-benzyl and 2-phenyl-3-hydroxypropyl pivalates designed to incorporate the principal pharmacophores of phorbol esters have been synthesized and tested as PKC-alpha ligands. Among the analogues, 13c exhibited the most potent binding affinity with a Ki = 0.7 microM. The synthesized analogues were subjected to molecular modeling analysis based on two alternative models of the phorbol pharmacophore and a docking study of 13c was carried out.     

固相萃取与气相色谱⁃质谱法联用测定食用植物油和含脂肪食品中氯丙醇酯的方法验证研究

氯丙醇酯是国际上广泛关注的食品加工过程污染物,其水解产物氯丙醇对人体（特别是婴幼儿）危害风险较大。采用固相萃取与气相色谱-质谱（gas chromatography-mass spectrometry,GC-MS）联用技术,对食用植物油和含脂食品中的氯丙醇酯[3-氯-1,2-丙二醇脂肪酸酯（简称3-MCPD酯）和2-氯-1,3-丙二醇脂肪酸酯（简称2-MCPD酯）]进行检测。该方法准确度高（3-MCPD酯和2-MCPD酯的平均回收率分别为98.9%和96.5%)、灵敏度高(3-MCPD酯和2-MCPD酯的检出限分别为0.042 mg·kg^-1和0.058 mg·kg^-1)、重现性好(相对标准偏差均低于5%)。76批次监测样品中,3-MCPD酯和2-MCPD酯的含量分别为0.042~4.865 mg·kg^-1(平均值为0.773 mg·kg^-1)和0.058~2.592 mg·kg^-1(平均值为0.469 mg·kg^-1)。经机构间的协同验证和英国FAPAS样的能力验证,2种氯丙醇酯在0.200~3.000 mg·kg^-1范围内线性良好,为进一步研究奠定了基础,同时也为食品加工企业严格控制生产过程建立了一种可行的检测方法。