生物信息学数据库研究文献引文与热点分析

以Web of Science为数据源,简要概括生物信息学数据库研究的发展趋势。利用Cite Space可视化工具展现生物信息学数据库研究的知识基础和研究热点图谱,为开展生物信息学数据库领域相关的理论研究和实践活动提供借鉴,以便推动生物信息学数据库研究的发展。研究表明：1990年Altschul SF发表的＂局部比对搜索工具——BLAST＂是生物信息学数据库研究的重要知识来源文献;热点主题集中在序列库、基因组数据库、分类数据库、蛋白质数据库、数据库更新、集成系统等。     

基于共词分析的国内生物信息学热点领域研究

利用共词分析和可视化方法对生物信息学的关键词进行聚类分析,探讨该研究领域的学科分类和热点内容.以中国知网、中华医学会数据库中期刊论文为统计来源,对1998～2013年间的5 707篇生物信息学相关文献进行计量分析,提取出40个高频关键词.利用ROST软件得到关键词共词矩阵,在此基础上利用SPSS进行因子分析、聚类分析和多维尺度分析.结合因子分析和聚类分析将生物信息学领域主要研究内容分为7类,结合多维尺度分析对研究热点及变化趋势进行了初步探讨.研究结果较为客观地反映了当前生物信息学领域的学科分类和研究热点,为科研人员进行生物信息学研究提供一些思路.     

生物信息学软件研究的可视化分析

以Web of Science数据库为数据来源,利用Cite Space和UCINET软件对发表在Nucleic Acids Research期刊上有关生物信息学软件研究的文献做了可视化分析,揭示了该领域的研究力量、作者团队与高被引作者、知识基础、期刊分布、研究热点与前沿,为生物信息学软件的研究和发展提供必要的参考依据。     

国内外生物信息学数据库服务新进展

生物信息学是生命科学中最活跃的领域之一. 各类生物信息学数据库在近年不断出现,其规模呈爆炸趋势增长,同时数据结构日趋复杂. 目前生物信息学数据库服务已实现了高度的计算机和网络化. 算法和软件的进步、数据库的一体化、服务器-客户模式的建立使之成为生物、医药、农业等学科的强有力工具. 在国内北京大学物理化学研究所于1996年建立了第一家生物信息学网络服务器. 现已为国内外科学家提供了7万余次服务,在国际上具有一定影响.     

生物信息学跨学科研究

目的:研究生物信息学起源、发展趋势,与其他学科相互交叉渗透关系的发展及强度。方法:利用美国《科学引文索引》(SCI)数据库web of science,运用文献计量学方法对8种权威生物信息学期刊2001年至2010年于2011年1月15日之前上传至webof science的全部文献进行统计及分析。通过研究生物信息学相关论文的主题分类,被引情况及施引文献的分类,寻找其跨学科的趋势及相关研究领域的进展情况、主要内容。结果:生物信息学的相关文献数在2001-2010间逐年增加,在2009-2010年达到高峰。跨学科领域广泛,并以生物化学、分子生物学、计算生物学、微生物学、数学、统计学等学科为主要交叉学科。各交叉学科与生物信息学之间跨学科研究的文献数也呈逐年递增趋势。结论:生物信息学的跨学科范围广泛,发展迅速。     

基于Web of Science的阴道菌群研究现状和热点的可视化分析与展望

目的 探索阴道菌群近10年来的研究现状并预测其发展趋势。方法 在Web of Science数据库中检索近10年阴道菌群相关的文献,运用可视化软件VOSviewer进行共词分析、文献耦合、合著分析等。结果 阴道菌群领域发文量呈整体上升趋势,目前的主要热点研究分为阴道菌群的多样性、传染病学、细胞生物和基因学、阴道菌群与生殖的关联四大方面。结论 文献可视化研究展现了阴道菌群的研究现状和发展趋势,为相关研究人员提供了借鉴。     

微生物与肺癌研究的知识图谱构建及可视化分析

【背景】微生物与肺癌的发生发展密切相关，该领域研究已成为国内外持续关注的焦点。【目的】对微生物与肺癌相关的文献进行文献计量分析，分析该领域的研究现状和发展趋势，为后续研究提供参考。【方法】收集Web of Science Core Collection （WOSCC）、中国知网（China National Knowledge Infrastructure，CNKI）、万方（Wanfang）与维普（VIP database for Chinese technical periodicals，VIP）等数据库的文献数据，并通过CiteSpace和VOSviewer对其年发文量、国家/地区、关键词进行可视化分析。【结果】共收录中文文献143篇，英文文献278篇。中国是发文量最多的国家。关键词分析显示，肺癌、肠道微生物、免疫治疗等关键词是该领域的研究热点。【结论】在过去20年中人们已关注到微生物在肺癌致病机制、诊断和治疗中的作用。通过对比这些数据库发现，国内外关注的热点话题基本一致。但该领域仍处于早期发展阶段，研究相对不成熟，缺乏广泛密切的国际合作，未来应进一步加强对该领域前沿热点的深入研究。本文结果有助于研究人员进一步了解该领域前沿热点及发展趋势，为后续研究的深入探索提供参考。     

基于VOSviewer与CiteSpace的肠道菌群与高脂血症相关性研究图谱分析

目的 应用VOSviewer与CiteSpace软件分析1991—2022年肠道菌群与高脂血症相关性研究的现况与热点。方法计算机检索中国知网（CNKI）、万方（Wanfang）、维普（VIP）、 Web of Science(WOS)数据库1991年1月1日至2022年4月30日肠道菌群与高脂血症相关性研究的文献。应用VOSviewer 1.6.18及CiteSpace 5.8.R3软件对纳入文献的发文国家、机构、作者和本研究领域的热点和前沿方向进行统计分析。结果 纳入文献共1 321篇，其中中文636篇，英文685篇。纳入文献发文量呈现逐年上升趋势。中国发文量位居世界首位，高中介中心性国家主要集中在欧美地区。中国科学院为该研究领域的核心机构，其发文量及中介中心性均为世界第一。该领域中脂质代谢、益生菌、代谢综合征、obesity（肥胖）、insulin resistance（胰岛素抵抗）等成为研究的热点。关键词时间线分析发现胰岛素抵抗、益生菌、inflammation是最新的研究前沿。结论 通过对肠道菌群与高脂血症相关性研究热点和新兴趋势进行可视化分析，为以后肠道菌群及高脂血症的研究提...     

基于VOSviewer和CiteSpace的昆虫肠道微生物领域可视化分析

【背景】近年来，昆虫肠道微生物领域受到科研工作者的广泛关注，相应发表了大量的科研论文和著作。然而目前尚缺乏对昆虫肠道微生物全面、系统的文献计量分析。【目的】了解国内外昆虫肠道微生物领域的历史、研究热点和新兴趋势。【方法】以昆虫肠道微生物为搜索主题对中国知网(China National Knowledge Infrastructure, CNKI)数据库和Web of Science (WOS)数据库进行检索，利用文献计量工具VOSviewer和Cite Space对关键词进行分析。【结果】1991-2022年间该领域全球研究发文量整体呈现上升趋势，国内外对昆虫肠道微生物领域的关注点和研究方向逐渐扩大。关键词聚类锚定了3个新兴研究领域：昆虫饮食(insect meal)、次生代谢物(secondary metabolites)和生物降解(biodegradation)。【结论】基于文献计量学研究的发现提供了昆虫肠道微生物领域的现状和趋势，可能有助于确定该领域的热点话题和探索新的方向。     

全球大数据与健康管理的研究热点聚类分析

揭示全球该领域的研究热点。采用文献计量学和双向聚类分析方法。发现全球大数据与健康管理现已达到年均发文量1000篇以上;全球有89个国家和地区都进行了该方面的研究,其中欧洲地区的国家合作交流频繁;该领域中重要出版物有Stud Health Technol Inform、PloS one等;目前研究热点主要聚焦为：蛋白质等生物大分子网络作用的信息挖掘、数据挖掘在药物数据库及电子健康档案的应用、基因组序列数据挖掘在疾病预测中的应用、药物生物信息学的数据挖掘、生物医学大型数据库的数据挖掘、系统生物学的数据挖掘和医疗卫生服务中的数据挖掘等7个方面。     

基于文献计量的青藏高原土壤呼吸研究进展

为了深入了解青藏高原土壤呼吸的研究现状与研究前沿,以中国知网数据库(CNKI)和Web of Science核心合集数据库中的相关文献为数据源,基于文献计量的分析方法,运用Citespace和VOSviewer等软件,通过对国内外发文趋势分析、高频关键词共现分析及国家、机构、作者合作网络分析等,总结了青藏高原土壤呼吸的研究热点与研究趋势。结果表明：(1)国内外青藏高原土壤呼吸的研究在逐年上升,外文研究的增长速率大于中文研究。(2)国内外关于青藏高原土壤呼吸的合作网络较为松散。(3)青藏高原土壤呼吸的研究大体划分为三个阶段：起步阶段(1978—2005年)、增长阶段(2006—2013年)、快速发展阶段(2014年—至今),研究方法、研究尺度都在不断发展。(4)目前土壤呼吸领域研究内容以青藏高原土壤呼吸与全球气候变化、氮添加与土壤呼吸、土壤呼吸与土壤温度、土壤呼吸与过度放牧为主。研究指出：在未来,应该加强对于青藏高原碳动态的连续观测,完善不同类型生态系统土壤呼吸研究。同时,探索放牧等生态系统管理措施对青藏高原土壤呼吸的影响机制。这些结果为国内外青藏高原土壤呼吸研究方向提供了可靠情报支持。     

基于文献计量的牡蛎礁研究现状与热点分析

牡蛎礁作为重要的海岸带生态系统,具备水质净化、提供栖息地等多种生态系统服务功能。为了解国内外牡蛎礁研究的现状与热点,分别以Web of Science 核心合集数据库和中国期刊全文数据库为数据源,通过国内外发文趋势分析、高频关键词分析、关键词共现和聚类分析及主题时间演变分析等,分析牡蛎礁研究热点与趋势。研究结果表明：（1）国际与国内牡蛎礁研究发文量总体呈现上升趋势,但国内研究增长速率低于国际研究;（2）牡蛎礁生态恢复研究是国内外研究的共同关注点,但国内相关研究起步较晚;（3）以外,国际上对牡蛎礁的研究更加关注生态系统服务功能、气候变化等,而国内主要倾向于从地质学角度进行研究;（4）近年来,气候变化成为国际牡蛎礁研究新的热点,但国内对此关注较少。本研究将为了解当前国内外牡蛎礁研究现状及发展态势提供借鉴,并为我国牡蛎礁保护与修复方面的政策制定、科学研究等工作的开展提供情报参考。     

基于CiteSpace的城市群生态安全研究发展态势分析

基于CiteSpace软件,以CNKI与WOS数据库中2003—2017年645篇城市群生态安全相关文献为研究对象,对国内外城市群生态安全研究现状及发展态势进行分析。研究发现,近15年来国内外城市群生态安全研究呈波动上升态势,2008年后国内学者在国外期刊发文量、文献及作者被引频次逐年增高;国外历年城市群生态安全研究网络离散,关键词中心度较低,突现词单一;国内研究网络完整,前沿分支较少,且尚未构建完整的研究体系框架,其中"可持续发展"突现频率最高、"生态安全"突现时间持续性久、"PSR模型"是最新突现词频;国内"城市生态安全格局"与国外"污染与增长"等是城市群生态安全的研究热点。总体来看,城市群生态安全研究更加强调多学科与多角度开展理论基础研究,注重内部机理与外部构建协同作用,静态与动态测度相结合进行生系统安全评价与分析,不断趋向网络化治理和生态安全治理等研究将成为未来重点关注的方向与角度。     

基于文献计量的凋落物研究现状及热点分析

在生态学中,凋落物作为过渡层的研究价值日趋重要。为进一步探究凋落物的现存特征以及热点问题,基于文献计量学的相关方法分析,分别以中国知网数据库(CNKI)和Web of Science核心数据库集合中的文献作为基础数据源。运用Bibexcel、Ucinet、和Netdraw等软件得出研究文献中的高频词共词矩阵和关键词网络化图谱。再利用SPSS进行聚类分析,将研究内容分为五大群集,据此分析枯落物的特性及未来研究方向。研究结果表明:①就文献发文量来看国内外对凋落物的研究,国际上开始的时间较早,国内的研究比国际滞后10年左右,但国内的发文量和增长速度要明显高于国际上;两者都在21世纪开始趋于成熟稳定发展。②国内的凋落物研究以森林生态系统内部的各因子之间的联系为主;国外更偏向于把研究凋落物的分解、土壤营养元素归还以及化学元素转变所带来的气候改变和对环境的污染程度作为该领域研究热点。③经过共现网络化可视分析得出,国内凋落物研究中一定程度上可将凋落物、凋落物分解、生物量、人工林、土壤养分、氮沉降等词作为该领域研究热点和未来延伸发展方向。④通过聚类分析,国内外的研究有相近的部分,都涉及到凋落物的分解方面,化学元素与凋落物、土壤质地的影响。但二者不同的是国内侧重于研究森林生态系统内部的各因子之间的联系,而国际上着重上研究凋落物的分解、土壤营养元素归还以及化学元素转变,所带来的气候改变和对环境的污染程度。由此可以得出,有关凋落物的研究在国内外都是重点,今后应加强国际间的合作,着重研究枯落物特性的变化对气候改变和环境污染的影响。     

基于文献计量的冻土微生物研究态势分析

【背景】全球气候变暖导致的冻土融化加速了微生物对土壤有机碳的降解,产生的温室气体在一定程度上加剧了温室效应,对全球气候变化形成正反馈作用。【目的】本文针对国内外冻土微生物研究的热点和发展趋势进行分析比较,旨在归纳、总结并为今后该领域的研究和发展提供参考和依据。【方法】利用Web of Science核心合集数据库和CNKI数据库检索,运用BIBExcel软件生成高频关键词的共词矩阵,使用UCINET和NetDraw软件完成高频词的网络可视化图谱,并通过SPSS软件实现高频词的聚类分析。【结果】共检索到与冻土微生物相关的国内外文献839篇,其中国外文献713篇、中文文献126篇,国外的发文量和增长率显著高于国内。从高频关键词和共现网络视图上看,国外偏重气候变化、温室气体及微生物群落变化之间的作用关系研究,而国内更偏向于冻土微生物多样性的研究。聚类分析表明,国外研究主要以微生物对有机碳的降解作用及对冻土区乃至全球的影响为主,此外还涉及以冻土微生物为研究对象的火星生命的探究。国内研究主要以冻土微生物多样性、甲烷排放和微生物对污染的降解作用为重点。【结论】国内外对于冻土微生物的研究态势存在异同...     

国内外菌物学研究热点和研究趋势分析——指导科研选题,助力科技创新

为了梳理和分析近些年国内外菌物学研究的整体状况、研究热点、发展脉络及研究趋势,本文分别以Web of Science核心数据集中20本菌物学SCI期刊的1 762篇文献、《菌物学报》近10年发表的1 347篇文章以及中国知网中2 128篇食用菌文献为研究对象,采用Citespace 5.0R7为数据分析工具,以关键词共现分析和文献共被引分析为主要研究方法,形成文献间引证与被引证的可视化知识网络。通过对可视化网络图谱的分析,揭示了近些年菌物学国内外的研究概况。分析结果表明,现今国际菌物学研究热点以医学真菌为主,并向生物合成、生物防治、内生真菌领域发展,国内菌物学研究以分类学、食用菌、内生真菌、次级代谢产物和漆酶为主要内容和研究热点。我们希望通过对菌物学文献的数据分析,帮助科学家及时掌握菌物学研究演变进程中具有重要作用的文献,捕捉研究热点,探测研究趋势,从而对学科研究动向做出合理判断,指导科学家未来科研选题。     

基于近10年红球菌发展的文献计量分析

【背景】近些年,越来越多的研究集中在红球菌上,很少有研究人员对现有文献进行全面回顾。【目的】为了探究国内外红球菌领域的研究热点、前沿和未来发展趋势,以便为后续研究人员提供全面直观的参考。【方法】对近10年发表在Web of Science的红球菌领域论文进行统计分析和文献计量分析。通过VOSviewer文献可视化软件绘制作者标签视图和关键词共现网络图。【结果】全球有关红球菌领域的发文量总体呈逐年上升趋势,发表期刊多为微生物学领域的专科期刊,中国和美国的文章发表数和引用数远超其他国家,红球菌的研究内容也主要集中在生物催化、生物降解和非核糖体肽合成酶等方面。【结论】红球菌在世界范围内越来越受到重视,并逐渐成为研究热点,国家和研究机构应继续加强合作,推动红球菌领域的继续发展。     

中国荒漠草原的研究态势与热点分析——基于文献计量研究

荒漠草原是我国草原的重要组成部分,对保障粮食安全、生态安全具有极其重要的作用。为了解中国该领域研究态势,运用文献计量方法,基于36年间国内外发表的3651篇论文,分析了发文量、发文来源、被引频次、主要作者、研究机构和研究热点等。结果表明：（1）2000年后关于荒漠草原的论文数量增幅较大,年均发表超160篇,但篇均被引频次、高质量学术期刊发文量和创新性研究成果较少,整体发文质量还有待进一步提高;（2）具有创新性的评价方法和理论研究一直备受关注,而利用荟萃分析方法对某一研究领域进展的分析得到了学者们的认可;（3）韩国栋、宋乃平、卫智军、周广胜等是荒漠草原研究的主要贡献者,内蒙古农业大学和宁夏大学等单位在发文机构合作间的节点上发挥了重要作用,并形成了荒漠草原研究的网络核心,但中文论文研究机构间的合作较英文论文离散程度高,特别是与国外机构的合作相对较少;（4）研究的热点主要集中在人类活动和气候变化对荒漠草原植被-土壤系统的影响、荒漠草原植被生产力及其影响因素、利用孢粉研究植被和环境变迁等方面。未来荒漠草原的研究应加强国内外机构和人员间的合作创新,从多尺度、多维度应用多学科知识、多技术手段,加强人类活动和气候条件相互作用对荒漠草原植物群落结构进化过程、地上与地下生态过程耦联关系、不同营养级之间内在机理的分析和探讨。通过深度挖掘荒漠草原基础数据,以促进高影响力、高质量成果的产出,实现科研成果量变与质变并举、基础研究与实际应用并重,期望能给荒漠草原的相关研究提供借鉴和启发新方向,为中国草地建设和决策提供科学依据。     

基于Citespace软件的生态风险知识图谱分析

伴随着重大环境事件频发,环境污染、生态破坏现象的日益严峻,生态风险研究受到各国学者和政府的广泛关注。对整个生态风险研究领域进行全面系统的分析,旨在探究研究热点及趋势,归纳研究主题演进,了解当前国际研究现状。以Web of Science数据库为数据源,利用Citespace软件,绘制生态风险研究知识图谱,进行文献可视化分析。研究发现:(1)国际生态风险研究的发文数量经历了缓慢增长-平稳增长-迅速增长3个阶段;(2)生态风险研究分为奠基期,成长期,拓展期3个阶段,各阶段研究热点不同,当前研究热点是"空间分布、生态系统服务、城市土壤、源解析、海洋沉积物";(3)生态风险研究由单一风险源、风险受体、小尺度的评价演化为多种风险源、多种风险受体的大尺度综合评价;(4)欧美国家、学者奠定了该领域的研究基础,中国起步较晚但发展迅速。