水稻条纹病毒分子生物学及抗病基因的研究进展

水稻条纹病毒(rice stripe virus,RSV)是水稻条纹叶枯病的致病原。综述了国内外对水稻条纹病毒的基因组结构、复制、转录、功能特点及抗水稻条纹病毒基因研究等方面最新研究进展。     

2018年甘肃省平凉市流行性乙型脑炎病毒的分子特征

为研究甘肃省2018年蚊虫携带流行性乙型脑炎病毒(简称乙脑病毒)的分子特征,2018年7月上旬在甘肃省平凉市4个县采集蚊虫标本,采用实时荧光定量RT-PCR方法开展乙脑病毒筛查;通过高通量测序方法对乙脑病毒基因扩增阳性蚊虫标本进行深度测序研究.结果显示,本次调查在4个县共采集蚊虫1800只,均为三带喙库蚊,分36批研磨和检测.定量RT-PCR结果显示10批(27.8％)蚊虫样本呈乙脑病毒基因扩增阳性.对10批样本进行高通量测序共获得59.7 M读序,其中5.3 M(8.9％)条读序能够比对到病毒基因组数据库上,经注释属于14科15属28种病毒.在其中7批样本中检出乙脑序列共1357条,基因组覆盖度为9.5％-83.1％.系统进化分析显示甘肃省2018年采集的三带喙库蚊中乙脑病毒为基因Ⅰ型.     

CRISPR/Cas9基因编辑技术在病毒学研究中的应用及进展

近年来,以CRISPR/Cas9为代表的基因编辑技术发展迅速,与这一技术相关的基础和应用研究已成为全球生命科学各个领域的研究热点。在病毒学研究中,病毒基因组改造技术一直以来都是研究病毒基因功能、致病机制以及疫苗研发的重要技术手段。本文主要从传统的病毒基因组改造技术,CRISPR/Cas9基因编辑系统的起源、原理、发展以及在病毒基因编辑方面的应用和进展等方面进行阐述,重点介绍该系统在病毒学研究中已取得的最新进展和成果,并就CRISPR/Cas9基因编辑技术现存的问题及应用前景进行简要论述。     

果树高通量测序的最新研究进展

本文综述了果树高通量测序的最新研究成果。重点介绍了全基因组测序、重测序研究所揭示的果树基因组、基因家族进化、可可荚色基因挖掘和柑橘、桃驯化起源等重要科学问题,以及转录组测序研究所揭示的果树园艺性状、组织分化、果实不同发育阶段、响应人工栽培、采后措施和逆境等的分子机理。同时也讨论了果树高通量测序究领域存在的挑战和机遇。     

导读与评论(2016年第6期)

本期刊出稿件均为病毒学方面的内容 ,涉及分子生物学、致病机制、流行病学研究及测序新技术介绍等.其中有关致病机制密切联系临床的研究方式值得倡导.有关病毒第3代基因组测序的技术 ,对推广新技术有较好的应用价值和前景.     

全基因组测序在重要家畜上的研究进展

全基因组测序研究主要包括通过不同测序技术和组装比对方法,获得某物种的全基因组序列图谱,及在此基础上构建物种全基因组遗传变异图谱进行个体或群体遗传多样性、选择信号或起源进化等方面的研究。利用单核苷酸多态性(SNP)、插入和缺失(Indel)和拷贝数变异(CNV)等遗传变异作为分子标记,全基因组测序研究已经在家畜起源进化、驯化、适应性机制、重要经济性状候选基因、群体历史动态等方面取得了许多重要的研究成果。本文主要对近几年全基因组测序在常见家畜(猪、马、牛、羊等及其近缘物种)的取得的重要研究成果进行了综述,并讨论了全基因组测序的优势、缺点及在生产中意义。此外,对基因组测序研究的未来发展进行了归纳及展望,以期为今后家畜重要经济性状的功能基因定位和物种起源、驯化研究提供参考。     

海南省三亚市15例新冠病毒Omicron变异株BA.5.1.3亚型的基因组特征分析

本文选取15例SARS-CoV-2感染病例的鼻咽拭子样本,采用新冠病毒全基因组三代Nanopore测序技术进行全基因组测序并对病毒的变异位点进行分析;结果显示,15株病毒均为BA.5.1.3变异株（Omicron）,NextStrain进化分析为22B。15株毒株共同发现了71个核苷酸突变位点,氨基酸的变异位点有54个,其中存在相同的16个同义突变。15株毒株具有5个特有的核苷酸变异,4个特有的氨基酸变异位点,个别毒株还具有其他突变位点。这是中国境内首次发现Omicron BA.5.1.3变异株,此变异株存在引发本地的流行和暴发风险,需要严密持续的对境外输入病例进行流行病学调查和病毒基因分子特征分析。本研究构建测序方法和分析结果可用于新冠病毒的变异分析和病例溯源,对新冠疫情防控具有重要意义。     

二代测序技术在烟草中的应用进展

二代测序技术由于通量高、读长适中、错误率较低及成本低等优点而备受广大科研人员的青睐。本文从7种烟草属植物的基因组测序、宏基因组测序、转录组测序及烟草病毒的检测与鉴定等4个方面对二代测序技术在烟草中的应用进展进行了详细的综述,并在此基础上对二代测序技术及三代测序技术在烟草行业中的应用前景进行了展望,以期为相关领域研究者提供新的思路。     

基于Web的基因组浏览器研究现状

测序技术的发展促使人类基因组测序成本急剧降低,测序速度迅速增加,对这些数据的分析和可视化已成为生命科学领域最重要的课题之一.基因组浏览器技术在基因序列分析,遗传密码解读,复杂疾病研究等方面具有重要意义.本文综述了9种主要的基因组浏览器技术,并从可视化内容、可视化形式、软件系统架构等角度分析了它们的特点.最后,探讨了基因组浏览器发展所面临的挑战.     

RNA病毒感染性克隆技术及其应用

为实现对RNA病毒基因分子水平上的操作与研究,可将病毒基因组RNA体外转换成cDNA,构建出cDNA克隆,通过cDNA克隆与重组技术实现对RNA病毒基因分子水平的修饰,从而为病毒基因组的结构和功能研究提供有效的方法。这种方法是现代实验病毒学非常有用的工具,称为RNA病毒感染性克隆技术或反向遗传学技术。我们对该技术及其应用进行简要综述。