感病与抗病圭亚那柱花草遗传多样性的AFLP分析

圭亚那柱花草(Stylosanthes guianensis Swarcz)原产中南美洲及非洲,是一种重要的热带豆科牧草,已在我国华南热带、南亚热带地区种植并利用。由胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides(Penz．)Sacc．)引起的炭疽病是柱花草的主要病害。采用扩增片段长度多态性(AFLP)技术分析了42个圭亚那柱花草品系的遗传多样性,同时对其抗病性进行了接种鉴定。从96个选择性引物对中筛选出较好的4个,分别对42个圭亚那柱花草品系进行扩增,共获得出225条带,其中多态性带215条,平均多态性水平为95．5％,表现出高度的多态性。采用NTSYS-pc软件计算了品系间的遗传相似系数,其变化范围为0.31～0．95。根据非加权成对平均数法(UPGMA)进行聚类分析,建立了42个品系的聚类树系图,以所有品系的平均遗传相似系数0．48为阈值,共分为5类。主成分分析表明：第一主成分和第二主成分对全部品系间遗传变异的贡献率分别为56．04％和6．40％,并建立了品系间相互关系的二维图,各品系在二维图中的分布与UPGMA分类相吻合。抗病性鉴定结果表明：各品系对两种典型的病原菌的抗性有差异,其中抗病品系对两种病原菌的抗病相关系数达到0．904,表明抗病品系对两种病原菌有共同抗性。此外,抗病品系在UPGMA聚类中呈随机分布。这些结果表明,AFLP技术是分析圭亚那柱花草遗传多样性的有效方法。     

柱花草RAPD反应体系的建立及其8个品种遗传多样性分析

采用两种不同的方法分别从柱花草嫩叶及种子萌发芽中提取了高质量的DNA ,并对柱花草RAPD反应中的各组分浓度及热循环因素进行优化 ,建立了柱花草RAPD反应的最佳条件。在此基础上 ,用 2 0条随机引物对 8个柱花草品种进行了RAPD扩增 ,结果表明 ,其多样性达 5 1 .9% ,品种间的遗传相似系数在 0 .5 3～0 .88之间 ;根据非加权成对平均数法 (UPGMA)进行分类 ,获得了品种聚类树形图 ,8个柱花草品种均被明显分开。     

利用AFLP标记鉴定小豆种质遗传多样性

利用11对AFLP引物对106份小豆种质的基因组DNA进行扩增,共扩增出603条清晰可辨的带型,其中208条具有多态性,比例为34．5％,平均每对引物扩增出18．9条多态性带。基于AFLP标记,把106份小豆种质聚类划分为4个组群,该组群的划分与小豆的生态地域性存在一定的相关性。     

利用AFLP标记鉴定小豆种质遗传多样性

利用11对AFLP引物对106份小豆种质的基因组DNA进行扩增,共扩增出603条清晰可辨的带型,其中208条具有多态性,比例为34.5%,平均每对引物扩增出18.9条多态性带.基于AFLP标记,把106份小豆种质聚类划分为4个组群,该组群的划分与小豆的生态地域性存在一定的相关性.     

甜瓜遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP(Amplified fragment length polymorphism)分子标记技术对48份甜瓜(Cucumis meloL.)材料遗传多样性和亲缘关系进行了研究.从64对引物中筛选出了10对进行选择性扩增,共扩增出423条带,其中多态性条带172条,多态率为40.66%.聚类分析将供试材料分成了两大类群,即厚皮甜瓜类群和薄皮甜瓜类群,并进一步将厚皮甜瓜类群分成了4个亚类,与甜瓜传统分类结果基本一致.     

大麻品种遗传多样性的AFLP分析

利用POPGENE 3.2软件对13个不同来源的大麻群体进行遗传多样性分析。结果显示:云南地区的大麻群体具有最高的遗传多样性水平(PPB=88.82%,He=0.3000,I=0.4571),其次为黑龙江群体(PPB=75.66%,He=0.2572,I=0.3897)。13个大麻群体的多态位点百分率(PPB)为92.11%,Nei’s总遗传多样性(Ht)为0.3837,Shannon’s信息指数I=0.5374。群体内遗传多样性(Hs)为0.1640,群体间的遗传分化系数(Gst)为0.5725,总的遗传变异中有57.25%发生在群体间,42.75%发生在群体内。根据Nei’s(1978)的方法计算了13个大麻群体间的遗传距离和遗传一致度。结果显示:各群体间的遗传一致度在0.6556～0.9258之间,其中四川群体和广西群体间具有最高的遗传一致度(0.9258);云南群体与贵州群体和四川群体间遗传一致度分别为0.9196、0.9173。所有群体中甘肃群体和山西群体遗传一致度最低为0.6556,说明大麻种内具有较大的遗传变异。     

用AFLP分子标记探讨吴茱萸的遗传多样性

用AFLP标记分析研究吴茱萸与其变种石虎和疏毛吴茱萸之间的遗传多样性.采用AFLP技术,从18对引物中筛选出3对引物.对19株不同地域的3种吴茱萸AFLP指纹图谱进行了分析,计算不同品种间的遗传距离和构建吴茱萸的聚类分析树状图.3对引物共扩增出93条带,其中57条(61.3%)呈多态性,吴茱萸种质内遗传距离为0.059～0.765;在相似系数0.48的水平上.19份吴莱萸材料可以大致分为2个类群.吴茱萸不同品种问遗传距离差异较大,遗传分类在一定程度上与传统的分类方法是一致的,这暗示遗传变异与地域分布有相关性.     

香蕉种质遗传多样性与亲缘关系的AFLP分析

应用AFLP技术,对60个栽培蕉和野生蕉种进行了遗传多样性分析及分类研究。在相似系数0.62的水平上将供试的60份蕉类植物分为4个群体;在相似系数0.64的水平上将栽培蕉划为两个类群;在相似系数0.83的水平上将香牙蕉类群划分为6个亚群;认为传统地将Cavend ish亚群分为5个类别的分类依据与基因型之间并无严格的对应关系。将Saba归入ABB群体;吊罗矮蕉和北大矮蕉2号很可能是同一品种;国家果树种质广州香蕉圃收集的小米蕉、63-1与华农香蕉园种植的小米蕉、63-1均属同名异物情况。     

硬核资源遗传多样性的AFLP分析

为了解云南省硬核[Scleropyrum wallichianum（Wight et Arn.）Arn.]的遗传多样性,采用AFLP标记分析了7个居群84份种质材料的遗传变异。结果表明,从64对引物组合中挑选出多态性较好的引物8对,共扩增出1 728条带,其中多态性条带1 388条,多态性百分率为80.14%。硬核在物种水平的多样性指数分别为Na=1.416,Ne=1.179,H=0.137,I=0.225,在居群水平上分别为H=0.111,I=0.175;在遗传相似性系数为0.52时,这些种质材料可分为3组,其中易武居群具有丰富的遗传变异,大部分的遗传变异存在于居群内,而在0.05置信区间内居群间遗传变异仅为11.5%;居群间的遗传距离和地理距离无显著相关性（r=0.0323,P=0.5820）。因此,硬核资源可采用就地和迁地保护策略,以增加其遗传多样性。     

陕西唐棣遗传多样性和遗传分化的AFLP分析

采用扩增片段长度多态性分子标记技术对陕西省分布的6个野生唐棣居群的96个个体进行了遗传多样性分析, 以明确野生唐棣资源的亲缘关系,为唐棣资源的保护、良种选育和开发利用提供理论依据。结果显示：(1)从64对引物组合中筛选出8对扩增条带清晰、多态性高的引物组合,共扩增出277条清晰条带,其中多态性条带116条,多态性位点百分率为42.86%。(2)UPGMA聚类、主坐标分析(PCoA)和遗传结构分析结果相似,将6个陕西野生唐棣居群分成2大支,秦岭南北居群间遗传分化明显,且群体间存在一定基因流。(3)分子方差分析(AMOVA)结果显示遗传变异主要存在于居群内(63%),居群间遗传变异为37%。Mantel检验表明陕西唐棣居群地理距离与遗传距离之间无明显相关性(r = 0.192,P = 0.220)。研究表明,AFLP分子标记可以准确、有效地用于唐棣遗传多样性分析;唐棣遗传变异主要来源于居群内,居群间的基因交流有限;陕西野生唐棣遗传多样性水平较低,但部分居群的遗传多样性较高。该研究结果可为野生唐棣资源的保护、良种选育和开发利用提供理论依据。     

24个中外猪种(群)的AFLP多态性及其群体遗传关系

利用12对AFLP引物组合检测了19个中国地方猪种（群）,1个培育猪种和4个欧美引进猪种混合基因组DNA的遗传变异,根据AFLP分析结果计算了24个猪种（群）间的遗传相似系数,据此构建了UPGMA聚类关系图,结果表明,AFLP标记有着很高的多态检测效率（Ai),平均每个引物组合检测到17.3个多态标记,非常适合于猪种（群）遗传多样性分析和品种鉴定;中国地方猪种与欧美引进猪种间的遗传分化十分明显,两类猪群间的亲缘关系较远;南昌白猪与大白猪,铅山黑猪与玉山黑猪有着极近的亲缘关系,分别与其育成历史,地理分布和RAPD分析结果相一致。另外还对部分猪种（群）的聚类分析结果与其形态学,地理分布和现行分类情况不相一致的原因进行了探讨。     

铝胁迫下柱花草SSH文库构建及表达序列标签分析

柱花草栽培种热研2号（Stylosanthes guianensis‘Reyan2’）对铝毒有较强的耐受性。为了鉴定其在铝胁迫下的诱导基因,利用抑制消减杂交（SSH）技术构建在300μmol·L-1铝胁迫下正向cDNA文库。挑选插入片段大于300bp的600个克隆进行测序,共获得504条表达序列标签（EST）。序列重复性分析表明,其中12.1%的EST只有1次重复,61.4%的EST有2-16次重复,重复出现次数较高的EST是细胞色素P450（53次,占10.5%）、病原诱导型胰蛋白酶抑制剂（44次,占8.7%）和衰老相关蛋白（37次,占7.3%）。BLASTX分析显示,504条EST中有97种非冗余基因,其中包括46条功能已知基因和51条功能未知序列。46条功能已知EST中有30个为已报道铝胁迫相关基因,16个是新发现的铝胁迫相关基因。SSHcDNA文库提供的信息为阐明柱花草耐铝毒的分子机制提供了重要线索。     

Geographical patterns of genetic variation in two species of Stylosanthes Sw. using amplified fragment length polymorphism

Understanding the extent and distribution of genetic diversity within a species is essential for the development of effective conservation strategies. The objective of this study was to assess genetic variation using amplified fragment length polymorphisms (AFLP) in two species of the tropical legume genus Stylosanthes Sw. Annual, S. humilis (2n = 20) and perennial, S. viscosa (2n = 20) are found throughout tropical America, and are sympatric for much of their range of distribution. One hundred and eleven accessions, covering a wide geographical range, were selected for AFLP analysis. Binary data matrices derived from DNA banding patterns were analysed using the software programs NTSYS-PC and ARLEQUIN. Several accessions were found to be misidentified. Of the S. humilis accessions, the overall average similarity value was (0.72) slightly higher than the value obtained for S. viscosa (0.67). Cluster analysis and principal coordinate analysis grouped accessions from both species by geographical origin, with a few exceptions. Analysis of molecular variance (AMOVA) in S. humilis revealed 59.4% of the variation among groups formed from the cluster analysis. This was highly significant (P < 0.001). For S. viscosa AMOVA also revealed more variation among than within groups (66.5%). This was also highly significant (P < 0.001). The majority of accessions of both species conserved ex situ are of Brazilian and Venezuelan origin. This study has identified areas in Central America and Mexico for which novel genetic variation may be found and where conservation activities should be focused.     

Use of AFLP Analyses to Assess Genetic Variation in Morone and Thunnus Species

The amplified fragment length polymorphism (AFLP) technique was used to assess genetic variation across the genera of 2 Morone and 3 Thunnus species. The AFLP profiles from 23 primers revealed higher levels of polymorphism in each of 3 Thunnus species than in either of the 2 Morone species. However, extensive variation (20 of 23 primers) was observed between the 2 Morone species, but much less variation was observed among the 3 Thunnus species. In addition, comparisons of banding patterns indicated that albacore is divergent from both Atlantic northern bluefin tuna and yellowfin tuna. This result is consistent with the findings of several previous studies employing either allozymes or mitochondrial DNA. Overall, these results demonstrate that AFLP is a useful technique for the assessment of both intraspecies and interspecies variation of fish. Furthermore, the species-specific patterns produced by AFLP can be used for the identification of closely related species.     

不同倍性黄瓜遗传差异的AFLP分析

采用AFLP(Amplified fragment length polymorphism)技术对黄瓜(Cucumis sativusL.)品种‘津绿4号’的单倍体、二倍体和四倍体进行基因组DNA多态性比较。结果表明:(1)从35对引物扩增获得2 188条60~500 bp的条带,多态性位点仅有20个,占0.92%,其中22对引物组合扩增的不同倍性材料的AFLP指纹没有明显差异;(2)在多态性位点表现中,以二倍体的条带存在,单倍体和(或)四倍体的条带丢失为主,在四倍体中扩增出1条特异带;(3)与相应的二倍体相比,单倍体和四倍体有特异片段的消失和增加。     

AFLP标记在玉米种质资源鉴定中的应用

利用AFLP分子标记技术对55份玉米(Z ea m ay s L.)种质材料进行了研究.结果表明,20对AFLP引物检测到清晰可见的带656条,其中多态性带487条.平均每个引物组合可以检测到24.4条多态性带.将55份玉米材料聚为6组,与材料来源基本一致.结果显示AFLP有利于玉米遗传多样性分析.对来源美国先锋的P ioneer系列与瑞得种群和BSSS种群的关系进行了初步探讨,认为P ioneer系列中有很多材料与瑞得种群有亲缘关系.     

小麦白粉病抗性基因的导入及AFLP分析

本研究以簇毛麦为抗源,采用杂交与辐射、组织培养相结合的方法,将簇毛麦的抗白粉病基因导入小麦,选育出高产、抗白粉病的小麦新品种和农艺性状较好、抗白粉病的小麦新种质。经AFLP分析,确定4个抗白粉病种质均为含有一段簇毛麦DNA的易位系。并得到3个可能与抗性基因紧密连锁的标记。     

资源昆虫角倍蚜遗传多样性及遗传分化的AFLP分析

本研究采用AFLP分子标记技术对资源昆虫角倍蚜Schlechtendalia chinensis 6个种群共102个个体的样本进行遗传多样性分析, 探讨角倍蚜主要分布区不同种群之间的遗传分化及其变异程度, 为合理利用和保护该经济昆虫提供分子方面的证据。结果表明: 经过摸索实验筛选出的4对选择性扩增引物共扩增条带126条, 多态性条带比例为100%, 种群多态性位点比例介于23.81%～66.67%之间; Nei's基因多样性指数介于0.0942～0.1980之间; Shannon's多样性数介于0.1381～0.3027之间; AMOVA分析显示57.99%的变异来源于种群内, 42.41%的变异来源于种群间（P<0.01）; 总群体的Fst值为0.4242; NJ聚类树显示角倍蚜6个种群共形成两个大的聚类簇, 阳雀、丹寨和汉中种群聚为一支, 安县、竹山和龙胜3个种群聚为另一支。总体上, 角倍蚜种内的遗传多样性较低, 而种群间的遗传分化较大, 遗传距离与地理距离之间没有显著的相关关系（P>0.05）。     

Using Amplified Fragment Length Polymorphisms (AFLP) to Study Genetic Variability in Several Freshwater Rotifer Species

We have used amplified fragment length polymorphisms (AFLP) to investigate the potential of this technique as a tool to measure genetic variability in eight species of freshwater rotifers: Brachionus calyciflorus, Lecane bulla, L. luna, L. quadridentata, Plationus patulus, Philodina acuticornis odiosa, Rotaria neptunia, and R. rotatoria. We used nine combinations of oligonucleotides. We observed a total of 806 amplified bands, 798 polymorphic and 8 monomorphic. The data were analyzed using cluster analysis with UPGMA, first within each set of oligonucleotide combination and finally using all nine combinations. Our best dendrogram clearly separated monogononts from digononts, and grouped the species of monogononts in the two genera. However, it grouped R. neptunia with P. acuticornis odiosa rather than with R. rotatoria. These results are discussed in view of recent works in the literature measuring genetic variability and discussing the phylogeny of the Rotifera.