Reverse ChIP:研究DNA-蛋白质相互作用的新方法

反向染色质免疫共沉淀技术(reverse chromatin immunoprecipitation assay,Reverse ChIP)是一种在体内状态下分析DNA-蛋白质相互作用的新方法.它用特异的核酸探针捕获靶DNA片段及与其相结合的蛋白质,蛋白质用质谱仪检测,以达到确定靶DNA位点全部相关蛋白质的目的.其可对靶DNA位点相关蛋白质进行全面、系统地鉴定,特别是寻找已知DNA元件相应的调节蛋白.在发现、鉴定靶DNA位点相关蛋白质和研究DNA-蛋白质相互作用中有重要应用价值.     

虫生真菌的分子生物学检测技术

线粒体DNA探针、核糖体RNA编码DNA序列分析、随机扩增多态性DNA－聚合酶链式反应、基因组DNA探针和电泳核的,五类分子生物学技术在虫生真菌研究中已有应用。本对此作了介绍,着重阐述了RAPD－PCR技术的特点及其使用此技术的研究成果。     

一种新的线粒体基因组DNA捕获探针的制备及初步应用

目的:建立新的线粒体基因组DNA杂交捕获探针制备方法并用进行初步应用。方法:通过PCR技术扩增特异线粒体DNA片段,并与生物素偶联,最后与标记磁珠的亲和素混合获得捕获探针。并自行制备的线粒体基因组DNA文库捕获探针与肝癌全基因组测序文库进行液相杂交。分离捕获产物后PCR扩增并进行测序分析。结果:成功建立了线粒体基因组杂交捕获探针制备方法并成功分离线粒体基因组DNA;对测序数据的分析显示:90%以上测序数据来自线粒体基因组DNA,且覆盖率达到100%,且均一性良好。检测到的同质性变异位点数量和异质性变异位点数量与全基因组测序数据产生的结果接近(P=0.9152,P=0.8409)。结论:新方法制备的线粒体基因组DNA杂交捕获探针可以从全基因组文库中高效捕获线粒体基因组DNA测序文库。     

猴类pERT87-15位点的多态性分析

应用人X染色体上的pERT87-15DNA探针,分析了猕猴属的猕猴、豚尾猕猴、熊猴、毛面短尾猴和红面短尾猴等共5种89只猴子的基因组DNA,首次发现在相当于人类 pERT87-15的位点上存在着3个“等距”的多态性位点。单体型分析提示这3个多态位点位于其X染色体上。这些结果表明,人类某些基因组探针也可适用于某些灵长类动物基因组DNA的多态性分析,并为研究动物DNA及其种系发生提供了新的信息。     

酶标HBV DNA探针的研制与应用

本实验采用一种非放射性物质——碱性磷酸酶标记乙肝病毒HBV DNA制备分子探针。碱性磷酸酶在苯醌作用下与单链DNA联结,形成DNA和酶的共价复合物,即酶标探针。此探针通过分子杂交与待测DNA结合,与酶的底物作用显色,几小时内可观察结果,其最低检测量约为10pg。用此探针检测乙肝病人血清中的HBV DNA,与~(32)P标记的探针比较,酶标探针可检测出~(32)P标记探针检出率的95.7％。结果表明,所合成的酶标探针具有准确、简便、快速、安全而经济的优点,具有应用前景。     

四个探针产生的家禽 DNA 指纹图谱

对四个多位点小卫星探针 33.6,33.15,α珠蛋白-3’HVR 和 M13用于家禽的DNA 指纹分析的可行性进行了探讨,较详细地报导了用不同探针在鸡、鸭、鹌鹑上产生 DNA 指纹图的方法.结果表明,用我们所采用的方法,四个探针都能在鸡、鸭、鹌鹑上产生信息量大、分辨率较高的 DNA 指纹图.     

基因组原位杂交的新进展及其在植物中的应用

基因组原位杂交 ( Genomic in situ hybridization GISH)是 2 0世纪 80年代末发展起来的一种原位杂交技术。它最初应用于动物方面的研究[1 ] ,但很快被植物方面所借用 ,并且使用频率高于动物方面的研究。它采用来自一个物种的总基因组 DNA作为标记探针 ,用另一物种的总基因组 DNA以适当的浓度进行封阻 ,在靶染色体上进行原位杂交。在封阻DNA和标记 DNA探针之间 ,封阻 DNA优先与一般序列杂交 ,剩下的特异性序列主要被标记探针所杂交。在此基础上 ,人们先后发展了荧光基因组原位杂交、多色基因组原位杂交和比较基因组原位杂交等技术 ,…     

精密的DNA探针

东曹与东京大学名誉教授和田昭允、长冈技术科学大学助教授陶山明共同研究出能识别并分取单链DNA中仅有—碱基差别的色谱分离技术.在1小时内就能分离、检测、分取碱基序列有微妙不同的单链DNA.据说此技术在DNA研究利用DNA探针的诊断、检测法中是有效的.东曹正在考虑这种DNA探针色谱分离法的商业化,重点放在DNA     

三种小型猪线粒体DNA控制区的比较研究

目的分析五指山小型猪、巴马小型猪和贵州香猪线粒体DNA控制区碱基序列,比较研究不同猪种的遗传标志。方法应用PCR技术分别对这三种小型猪的血液总DNA样品中线粒体DNA D-loop区进行扩增,测序比对。结果猪的线粒体DNA D-loop区分3个区域。Ⅰ区（靠近5′端区域）704 bp,五指山小型猪在此区共有6个变异位点,通过6个变异位点中归纳出3个单倍体,而巴马小型猪在此区有9个变异位点,通过9个变异位点归纳出4个单倍体,贵州香猪在此区共有6个变异位点,通过6个变异位点归纳出3个单倍体。     

分子倒置探针技术的研究进展及应用

分子倒置探针技术是一项新发展起来的用于目标序列捕获的分子生物学技术,该技术通过设计特异的探针对已知的特定目的基因组序列进行捕获,将目标序列DNA富集后再利用芯片杂交或测序进行检测。此技术有助于研究人员对大样本中的基因组重要区域进行研究,避免了全基因组研究费用高、分析困难等问题。并且,分子倒置探针技术弥补了杂交捕获技术、PCR捕获技术等分子捕获手段的不足,为动植物及病原菌重要DNA片段的研究提供强有力的技术支持。目前,分子倒置探针技术广泛应用于单核苷酸多态性(SNP)分型、外显子测序、拷贝数变异、杂合性丢失、体细胞突变、DNA甲基化和可变剪接等方面的研究。由于其特异性强、重复性好、操作简单、费用低廉,并对DNA完整度要求不高,适用于福尔马林石蜡包埋样本分析等特点,分子倒置探针技术的应用越来越广泛。然而,分子倒置探针技术在探针设计及数据分析软件研发等方面仍存在一些不足,还需要进一步的优化完善。为促进相关领域学者全面了解该技术,综述了分子倒置探针技术的基本原理、发展历程、技术特点及在疾病研究领域的应用,讨论了分子倒置探针技术的价值及存在的问题。     

基于核酸适体和胶体金技术构建凝血酶的DNA逻辑门

DNA逻辑门在分子计算机和分子水平上的计算技术中具有重要作用。我们通过设计核酸适体与凝血酶特异结合导致胶体金团聚的方法,构建了凝血酶的DNA逻辑门。凝血酶作为输入信号与其核酸适体结合,将监测探针上的胶体金结合位点释放,两个核酸功能化修饰的胶体金同时结合到监测探针上,引起胶体金团聚,实现信号输出。根据这个设计原理,成功构建了蛋白质凝血酶的YES逻辑门。     

三种小型猪线粒体DNA控制区的比较研究

目的分析五指山小型猪、巴马小型猪和贵州香猪线粒体DNA控制区碱基序列,比较研究不同猪种的遗传标志。方法应用PCR技术分别对这三种小型猪的血液总DNA样品中线粒体DNA D-loop区进行扩增,测序比对。结果猪的线粒体DNA D-loop区分三个区域。I区（靠近5’端区域）704bp,五指山小型猪在此区共有6个变异位点,通过6个变异位点中归纳出3个单倍体,而巴马小型猪在此区有9个变异位点,通过9个变异位点归纳出4个单倍体,贵州香猪在此区共有6个变异位点,通过6个变异位点归纳出3个单倍体。Ⅱ区（串联重复序列区）,五指山小型猪、巴马小型猪和贵州香猪序列相同。Ⅲ区（靠近3’端区域）三种小型猪的序列几乎相同。结论五指山小型猪、巴马小型猪和贵州香猪三种小型猪之间线粒体DNA碱基序列变异位点较少,五指山小型猪和巴马小型猪亲缘关系较近。     

热启动PCR快速制备地高辛标记探针

介绍了一种在热启动PCR中,以Dig-11-dUTP部分代替dTTP,从少量基因组DNA中快速制备大量的地高辛标记的探针的方法,此探针灵敏度达0.03pg,并只和相关的DNA特异杂交.     

高分辨率熔解曲线法的非标记探针基因分型技术

PCR反应中利用荧光检测技术对已知位点进行基因分型时常采用荧光标记的寡核苷酸做探针。近年来新兴起的高分辨率熔解曲线技术可以采用非标记的探针对已知位点的SNP(single nucleotide polymorphism)或突变进行基因分型研究。采用非标记探针法对已知位点的基因分型研究具有廉价、快速、简便等特点,因此被大量应用在和疾病、形状等相关的一些多肽位点的研究中。本文较详细地介绍该技术的基本原理和实验中的注意事项。     

DNA探针技术在肠道细菌检定中的应用

<正>随着生物化学和分子生物学的发展,DNA探针技术应运而生。它作为一个有效的检测手段,已广泛应用于分子生物学和遗传工程中的基因检测等工作中。近年来,医学微生物工作者已将探针技术应用于致病性细菌鉴定、分类和流行病学调查等工作。本文拟就DNA探针技术在肠道细菌检定中的应用情况作一综述。     

重叠延伸PCR对DNA片段进行定点双突变

探讨如何利用重叠延伸PCR对同一靶DNA片段中的两个不同位点实施联合突变。先用野生型DNA作模板,通过一轮重叠延伸PCR,获得突变一个预期位点的DNA片段,再用此突变DNA片段作模板,通过另一轮重叠延伸PCR获得两个预期位点均突变的DNA片段。重叠延伸PCR能对DNA片段进行双突变甚至多点突变,具有简便、快速、经济等特点,在阐明基因的调控机理、改造蛋白质结构等分子生物学领域中具有极大的应用价值。     

酶标探针在转基因植物检测中的应用

采用碱性磷酸酶标记DNA制备分子探针, 并首次在植物中应用。酶在苯醌作用下与单链DNA联结, 形成DNA和酶的共价复合物即酶标探针。此探针通过分子杂交与待测DNA结合, 再与酶的底物作用显色, 3～6h 内可观察结果。用此探针检测转基因植物中的UidA基因, 点杂交和Southern杂交结果表明, 所合成的酶标探针具有快速、准确、安全而经济的优点。点杂交证明外源UidA基因被成功转化到受体植物中, Southern 杂交对转基因的材料检测的结果证明, 该材料包含多个外源UidA基因拷贝, 初步确定其外源UidA基因拷贝数在5个以上。     

一种筛选微卫星位点的改进方法及其在小熊猫微卫星基因文库构建上的应用

微卫星（Simple Sequence Repeat,SSR）基因位点是在各个遗传学领域被广泛使用的分子标记。而对于首次研究的物种,必须筛选出可以应用的微卫星位点。对于分离微卫星位点来说由于只有大约0.5％-2%的重组体含有微卫星位点,所以标准的基因组文库需要至少产生5 000个重组体。传统的筛选方法就是通过检测大量重组体来定位这些少量的位点。近几年来出现了一些新的筛选方法,采用“富集”微卫星序列的技术将包含微卫星位点的重组体比例提高了10-100倍。这样就降低了筛选工作的时间和劳动强度,大大提高了筛选微卫星位点的效率。本文在结合了几种筛选微卫星位点技术路线的基础上,采用生物素标记探针杂交、富集和PCR筛选技术,对原有技术路线进行了改进。主要试验步骤为：1）基因组DNA的提取和消化;2）生物素标记探针富集;3）克隆建库;4）“PCR”筛选;5）引物设计和多态性检测。新的方法在小熊猫微卫星基因文库的构建中取得成功,获得了10个具有多态性的(CA)n重复序列微卫星位点。     

应用TaqMan探针荧光定量PCR技术鉴定Lepr~(db/+)小鼠子代基因型

目的建立一种高效的应用Taq Man探针荧光定量PCR技术对Lepr~(db/+)小鼠子代基因分型的方法。方法提取228例Lepr~(db/+)小鼠子代鼠尾DNA,针对Lepr基因的突变位点(rs1801133)设计1对PCR引物和2条Taq Man探针。设定条件进行实时荧光PCR扩增,用SDS软件对SNP位点进行分型。通过2月龄动物的肥胖表现型验证并进行Hardy-Weinberg平衡检验。结果用建立的Taq Man探针荧光定量PCR方法对228份样本进行检测,其中GG基因型64份,基因型频率为0.1929;GT基因型123份,基因型频率为0.5395;TT基因型41份基因型频率为0.2807。Taq Man探针荧光定量PCR方法分型结果与通过肥胖表现型分型结果比较,灵敏度为97.56%,特异度为99.47%。结论应用Taq Man探针荧光定量PCR技术可实现对Lepr~(db/+)小鼠子代基因位点的早期分型检测,方法简便,高效。     

用DNA指纹法研究野生天鹅种群的遗传分化

DNA指纹技术自问世以来,已被广泛地用于法医学上个体识别和亲缘关系的鉴定。此外,人源DNA指纹探针(即多位点型小卫星探针)还被用于动植物等的研究,特别是在研究动物的繁育规律方面成效显著。近一两年来,DNA指纹技术也在分子水平上用来研究种群分化,为物种起源研究开辟了新的途径。本文利用人源多位点型小卫星探针,对分布在英国和美国的四种天鹅(小天鹅、疣鼻天鹅、大天鹅和喇叭天鹅)的种群结构和天鹅小卫星的分化初步进行了研究。用酶HaeIII和探针pSPT19.6分析了分布在英国的疣鼻天鹅种的两个群体(洛锡安群体和阿伯茨伯里群体)的DNA指纹图,结果表明两群体之间的遗传变异性大于群体内的遗传变异性;洛锡安群体内小卫星的变异程度较高。虽然小卫星在基因组中的作用尚不清楚,但某些天鹅小卫星在种间发生了分化,因而同一个种内不同个体的DNA指纹图有一些共同的特征,导致DNA指纹图的物种特异性。DNA指纹分析表明:小天鹅、大天鹅和喇叭天鹅在遗传上比较接近,而疣鼻天鹅与它们在遗传上相距较远,这与原来对天鹅种下分类情况是一致的。就遗传变异程度而言,在英国仕林布里奇的小天鹅为最高,英国卡拉乌尔洛克的大天鹅次之,英国阿伯茨伯里的疣鼻天鹅居第三,美国蒙大拿的喇叭天鹅最低。我们认为,基因迁移和遗传漂变对