大亚基rRNA基因D1/D2区序列相同或相似的子囊菌酵母ITS序列比较和核型分析

下面每个组内的酵母菌:I)Candida aaseri和Candida butyri;Ⅱ)Candida boleticola, Candida laureliae和Candida ralunensis;Ⅲ) Candida zeylanoides和Candida krissii以及Ⅳ) Pichia farinosa和Candida cacaoi因具有相同或只有一个碱基差异的大亚基(26S)rRNA基因D1/D2区序列,而被认为属于同一个种。本研究对其ITS序列和电泳核型进行了比较分析。结果表明前3个组内的种具有完全相同的ITS序列,第Ⅳ组的两个种只有1个碱基差异, 但是各组内的核型并不完全一致。第Ⅳ组内的两个种具有完全相同的核型,证实他们属于同一个种。第Ⅱ组内的C.laureliae和C.ralunensis也具有完全相同的核型,可以肯定二者也属于同一个种,该组内的C.boleticola的核型与前二者不完全一样,但染色体分子量范围相似,也可能与前二者属于同一个种。第Ⅰ和Ⅲ组内各种的核型具有明显差异,对组内种间的同物异名关系未提供支持。     

福建橄榄18S-26S rRNA及其ITS片段的克隆与序列分析

利用18S-26S rRNA基因及其ITS片段的PCR扩增、克隆及测序分析,对福建14个橄榄品种进行分子标记及遗传分类。序列分析结果表明:14个品种可分为4个类别,以1号品种为参照,3、4、6、7、8、9、11号品种的ITS1、ITS2和5.8S共634个碱基序列完全一致,与1号仅ITS2上有1个碱基差异,2号和1号品种的ITS1和5.8S序列完全一致,仅ITS2上有2个碱基差异,归为第一类;5号和14号的序列完全一致,与1号在ITS1和ITS2上各有1个碱基差异,归为第二类;10号和12号序列完全一致,与1号在ITS1上有2个碱基差异,归为第三类;13号品种5.8S的序列与1号相同,但在ITS1上有1个碱基差异,在ITS2上有24个碱基差异,归为第四类。使用DNAMAN软件建立的同源关系树说明了不同橄榄品种的变异程度。将橄榄18S-26S rRNA基因及其ITS序列登陆GenBank,登陆号:DQ517524。     

烟曲霉rRNA基因ITS区的克隆测序分析

对烟曲霉rRNA基因内转录间区(ITS区)进行了克隆测序,并将之与其他几种常见曲霉的相应序列进行了比较.发现3株烟曲霉的ITSⅠ区完全相同,而其中1株烟曲霉的ITSⅡ区与一条已知相应序列仅有2个碱基的变异.提示烟曲霉rRNA基因的两个ITS区序列均十分保守,而且与黄曲霉、黑曲霉、土曲霉及构巢曲霉的相应序列相比较,均有一定程度的变异.     

大豆疫霉和苜蓿疫霉rDNA ITS序列分析*

采用真菌核糖体基因转录间隔区(ITS)通用引物,PCR分别扩增了Phytophthora sojae的5个菌株(Pg1、Pg2、Pg3、CN1和S317)和1个P. medicaginis (菌株44390)的ITS1与ITS2,并对PCR产物进行了序列测定。根据Bioedit软件中的neighbour-joining methods分析法将上述序列和Genbank中已登录的P. sojae、P. medicaginis、P. megasperma和P.trifolii等4个形态学种10个登录菌株的ITS1与ITS2碱基序列进行聚类分析。结果是聚类组与形态学种有一定差别,4个种16个菌株分成7个聚类组。结果表明,分别属于同一形态学种且可聚为一组的不同个体之间的ITS碱基序列遗传相似性最高,但是也具有一定的多样性;形态学上属于不同种的个体的ITS可以聚为一组。上述结果提示L41385可能不属于P. sojae, L41380可能属于是P. trifolii,P. megasperma仍是一个复合种。同时提示ITS DNA碱基序列可以区分形态学种。     

基于3个DNA序列的不同形态类型诸葛菜的遗传关系分析及后代性状观察

选择4种形态类型(花紫色-果实光滑、花紫色-果实密生毛、花白色-果实光滑和花白色-果实密生毛)诸葛菜[Orychophragmus violaceus (L. ) O. E. Schulz]共11个单株为实验材料,在进行ITS、trnL-F和psbA-trnH序列分析的基础上,采用邻接法(NJ)构建系统发育树,并对各形态类型的后代性状进行观察和分析.结果表明,诸葛菜的ITS、trnL-F和psbA-trnH序列长度分别为704、767和216 bp,合并序列长度为1 687 bp,G+C含量为43.5%;共有7个变异位点和7个信息位点,变异率0.41%.4个形态类型诸葛菜的trnL-F序列完全一致,ITS和psbA-trnH序列略有差异.其中,花紫色和花白色的果实密生毛类型中各有1个单株的ITS序列第519位碱基为C,其他单株为T;花紫色和花白色的果实光滑类型中各有1个单株的psbA-trnH序列第68位至第73位碱基依次为CAAAAA,其他单株均为TTTTTG.NJ系统发育树显示,4个类型诸葛菜之间没有完全清晰的界限,亲缘关系很近.后代性状观察结果表明,诸葛菜白色花为特化现象,果实光滑和密生毛是不稳定的性状.研究结果支持将毛果诸葛菜(O. violaceus var. lasiocarpus Migo)并入诸葛菜的分类处理.     

药用野生稻复合体ITS1和ITS2序列变异及其系统进化分析

通过PCR扩增并测序分析稻属药用野生稻复合体5个野生稻种基因组完整的ITS区及5.8S区,并与栽培稻ITS序列进行比较,构建分子系统进化树,探讨了稻属药用野生稻复合体内不同种间的亲缘关系和系统进化.结果表明,ITS1和ITS2均有较高的G/C含量,ITS1序列的长度多态性相对较高,ITS2序列的碱基突变频率较高.药用野生稻和高秆野生稻亲缘关系很近,而与栽培稻亲缘关系较远;短药野生稻、斑点野生稻、澳洲野生稻与药用野生稻亲缘关系渐近.处于进化的过渡阶段.     

福建青梅rDNA ITS区克隆与序列分析

利用PCR法对青梅ITS1、5.8S、ITS2序列扩增后克隆测序,用软件DNAMAN和MEGA3.1分析测序结果,研究18个福建青梅样品的核糖体ITS碱基序列差异。获得青梅18个样品rDNA中的ITS和5.8S完全序列,ITS1、5.8S和ITS2序列长度分别为223~224bp、164bp和241~246bp,5.8S较为保守。根据测序结果,以UPGMA法建立系统发生树,从分子水平说明18个样品间的变异程度,并将福建青梅差异较大的14条rDNA ITS序列登录GenBank,获得登录号:EF523482-EF523493、EF529435和EF529436。     

大豆疫霉和苜蓿疫霉rDNA ITS序列分析

采用真菌核糖体基因转录间隔区(ITS)通用引物,PCR分别扩增了Phytophthora sojae的5个菌株(Pg1、Pg2、Pg3、CN1和S317)和1个P. medicaginis (菌株44390)的ITS1与ITS2,并对PCR产物进行了序列测定。根据Bioedit软件中的neighbour-joining methods分析法将上述序列和Genbank中已登录的P. sojae、P. medicaginis、P. megasperma和P.trifolii等4个形态学种10个登录菌株的ITS1与ITS2碱基序列进行聚类分析。结果是聚类组与形态学种有一定差别,4个种16个菌株分成7个聚类组。结果表明,分别属于同一形态学种且可聚为一组的不同个体之间的ITS碱基序列遗传相似性最高,但是也具有一定的多样性;形态学上属于不同种的个体的ITS可以聚为一组。上述结果提示L41385可能不属于P. sojae, L41380可能属于是P. trifolii,P. megasperma仍是一个复合种。同时提示ITS DNA碱基序列可以区分形态学种。     

大豆疫霉和苜蓿疫霉rDNA ITS序列分析

采用真菌核糖体基因转录间隔区(ITS)通用引物,PCR分别扩增了Phytophthora sojae的5个菌株(Pg1、Pg2、Pg3、CN1和S317)和1个P.medicaginis(菌株44390)的ITS1与ITS2,并对PCR产物进行了序列测定。根据Bioedit软件中的neighbour-joining methods分析法将上述序列和Genbank中已登录的P.sojae、P.medicaginis、P.megasperma和P．trifolii等4个形态学种10个登录菌株的ITS1与ITS2碱基序列进行聚类分析。结果是聚类组与形态学种有一定差别,4个种16个菌株分成7个聚类组。结果表明,分别属于同一形态学种且可聚为一组的不同个体之间的ITS碱基序列遗传相似性最高,但是也具有一定的多样性;形态学上属于不同种的个体的ITS可以聚为一组。上述结果提示L41385可能不属于P.sojae,L41380可能属于是P.trifolii,P.megasperma仍是一个复合种。同时提示ITS DNA碱基序列可以区分形态学种。     

中国石蒜属种间亲缘关系ITS序列分析

本文利用核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列对石蒜属13个种(含变种)的亲缘关系进行分析。结果表明,各样品的ITS1长度为259~260 bp,ITS2为230 bp,分别有多个特异性信息位点。以ITS序列为依据对石蒜属植物亲缘关系进行分析,表明石蒜属13个种可分为三大类,其中类Ⅰ包括中国石蒜、地笑、安徽石蒜和长筒石蒜,核型为M+T型;类Ⅱ包括矮小石蒜、换锦花、玫瑰石蒜和红蓝石蒜,核型为ST型;类Ⅲ包括稻草石蒜、乳白石蒜、短蕊石蒜和两种人工杂交种,核型为ST+M+T。系统进化树与核型分析结果相似,第Ⅲ类可能为自然杂交种。