埃博拉病毒莱斯顿亚型实时荧光定量PCR检测方法的建立

本研究的目的为建立一种灵敏、快速、定量检测埃博拉病毒莱斯顿亚型核酸的实时荧光定量PCR检测方法及试剂盒。首先选择埃博拉病毒莱斯顿亚型的保守基因NP基因作为检测靶目标,筛选出保守序列并设计合成一对特异性引物。然后将连有NP全长基因的重组质粒作为定量标准品,将10倍系列稀释的重组质粒进行荧光定量PCR扩增,绘制标准曲线,并进行重复性、灵敏度及特异性检测。结果显示建立的埃博拉病毒莱斯顿亚型荧光定量PCR检测方法,其灵敏度可达102拷贝/μL,不同梯度标准品间线性关系(R2)达0.997,斜率为-0.3101,扩增效率为110.145%,所有标准品均在79.94℃出现尖且窄的特异性熔解峰。利用该检测系统可以快速定量检测埃博拉病毒莱斯顿亚型核酸,灵敏度高、重复性好,可用于基础及临床实验室对埃博拉病毒莱斯顿亚型感染的快速诊断和临床效果的监测,具有实际的应用价值。     

荧光定量RT-PCR检测甲型H1N1病毒核酸的临床意义

目的观察荧光定量RT-PCR技术在检测甲型H1N1病毒核酸的临床意义。方法对135例经确诊为甲型H1N1的感染患者的咽式子采用荧光定量PCR技术检测H1N1病毒核酸,同时对40例健康体检者的咽式子做为对照组一同进行甲型H1N1病毒核酸检测。结果 135例确诊为甲型H1N1的患者经荧光定量PCR检测阳性129例,符合率为96.99%。40例健康体检者结果全阴性。结论荧光定量PCR检测甲型H1N1病毒核酸具有快速、特异性高等特点,在采用此方法诊断甲型H1N1时,阳性即可确诊,阴性者要结合临床。     

H13亚型禽流感病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及其应用

H13亚型禽流感病毒以往只在海鸥、鸭等水禽中被发现,2018年,我们实验室报道了蛋鸡感染H13亚型禽流感病毒的证据,表明H13亚型禽流感病毒存在从水禽中溢出感染陆禽的风险,因而有必要加强对H13亚型禽流感病毒的监测。实时荧光定量PCR由于具有特异性强、灵敏度高、检测时间短等优点,在病原监测工作中得到了广泛应用。本研究以H13亚型禽流感病毒的HA基因作为靶基因,设计了一对特异性荧光定量PCR检测引物,通过特异性试验、敏感性试验等,建立了H13亚型禽流感病毒实时荧光定量PCR检测方法,并应用建立的检测方法对海鸥粪便样品进行核酸检测。实验结果发现,该检测方法的灵敏度为1.60×10⁰拷贝/μL;该检测方法对H1、H3、H5、H6、H7和H9等6个亚型的禽流感病毒无交叉反应;该检测方法的敏感性是常规PCR的10倍;海鸥粪便样品中H13亚型禽流感病毒的核酸检测阳性率为18.8%。我们建立的H13亚型禽流感病毒实时荧光定量PCR检测方法具有灵敏度高、特异性强等特点,该检测方法可用于大量临床样品的快速检测,为H13亚型禽流感病毒监测工作的顺利开展提供了技术支撑。     

同时检测新甲型H1N1及人季节性H1N1和H3N2流感病毒的单管多重荧光定量PCR方法

本研究设计的一种4重荧光定量RT-PCR检测方法,以A型流感病毒各亚型的血凝素基因(HA)为检测靶标,实现了同时检测新甲型H1N1流感病毒、人季节性H1N1流感病毒和人季节性H3N2流感病毒。本法使用人细胞RNA酶P基因作为内参,以判断标本来源和实施质量控制。利用不同来源和亚型的流感病毒验证了该方法的特异性;利用连续稀释的新甲型H1N1流感病毒HA全基因体外转录物进行灵敏度分析。结果表明该方法灵敏度高,可检测低至20个拷贝的RNA;特异性强,每对引物只检测出对应的病毒,无交叉反应;并且成功地验证性检验了34份新甲型H1N1流感病毒阳性临床标本和20份人季节性H1N1和H3N2流感病毒及人乙型(HB)流感病毒阳性临床标本。因此,该多重荧光定量RT-PCR法是一种可同时检测2009年新甲型流感病毒及季节性流感病毒的有效方法。     

狂犬病病毒 SYBR-Green玉实时荧光定量 PCR 检测方法的建立

狂犬病病毒为不分节段单链负股的 RNA 病毒,属弹状病毒科狂犬病病毒属.世界上几乎所有国家都有狂犬病发生,狂犬病病毒能够使所有温血动物发病致死,死亡率高达100%.本研究根据 GenBank 中的狂犬病病毒 M 基因序列,选择保守区域设计引物,通过对 SYBR-Green玉实时荧光 PCR 反应条件进行优化,建立了用于检测狂犬病病毒的 SYBR-Green玉实时荧光 PCR 方法.结果显示,建立的狂犬病病毒实时荧光定量 PCR 方法,具有特异性强、灵敏度高、重复性好的优点,是开展狂犬病的临床检测的有力工具.     

检测HIV—1载量的荧光实时定量PCR技术的建立其应用

准确测定HIV－1的前病毒载量和病毒载量的技术,在感染者预后和艾滋病患者药物治疗效果的评价以及艾滋病的其它研究方面,都具有十分重要的应用价值。以定量的HIV－1 DNA和RNA为标准外参照,利用SYBR Green荧光染料和GeneAmp5700Sequence Detection System（5700系统）,建立了测定HIV－1的前病毒载量和病毒载量的荧光实时定量PCR技术,以病毒感染细胞和培养上清上材料,测定了三种化合物（AZT,GL和WT）对细胞内的前病毒载量和培养上清中的病毒载量的抑制活性,并与合胞体形成抑制方法测定化合物抗病毒活性的结果进行了比较,根据病毒载量、前病毒载量和合胞体形成计算出的三种化合物的治疗指数均依次变小,提出以荧光实时定量PCR技术测定前病毒载量,会在评价药物在体内外根除或减少存在于CD4休止或记忆T淋巴细胞中的HIV－1前病毒方面有特别的价值。     

甲型H1N1流感病毒核酸荧光定量RT-PCR检测技术

目的:建立基于TaqMan荧光探针技术的甲型H1N1流感病毒实时定量RT-PCR方法。方法:分析H1N1流感病毒基因特性,根据新发甲型H1N1流感病毒突变基因片段设计检测引物和TaqMan荧光探针,建立荧光定量RT-PCR检测体系,体外转录制备RNA标准品,进行特异性、敏感性、重复性及盲样检测评价实验。结果:可特异性有效检测新发甲型H1N1流感病毒核酸,与H1～H16流感病毒基因无交叉反应;对RNA标准品的检测敏感性达103拷贝/μL;重复性实验中,阳性标准品Ct值变异系数(CV)10%,阴性标准品检测结果均呈阴性;12份盲样检测结果特异性好。结论:该荧光定量RT-PCR方法可作为甲型H1N1流感防控的病原快速诊断技术。     

O1群霍乱弧菌实时荧光定量PCR快速检测方法的建立

目的:建立针对O1群霍乱弧菌的实时荧光定量TaqMan PCR快速检测方法,并进行模拟粪便标本的检测评价。方法:根据O1群霍乱弧菌O抗原编码基因rfb的特异性序列设计引物和TaqMan探针,建立检测O1群霍乱弧菌的实时荧光定量TaqMan PCR快速检测方法,对所建立的方法分别进行实验室内的灵敏度及特异性评价;将O1群霍乱弧菌灭活菌株悬液倍比稀释后与健康成人新鲜粪便混匀,制备成模拟带菌者粪便标本,提取DNA,进行Taq-Man PCR检测,用以评价该方法。结果:建立了快速检测O1群霍乱弧菌的实时荧光定量TaqMan PCR方法,灵敏度为每反应体系104拷贝;该方法对其他14种肠道菌DNA没有扩增;该方法对模拟粪便标本的检测灵敏度为每反应体系102 CFU。结论:建立了一种快速、高效检测O1群霍乱弧菌的荧光定量PCR检测方法,该方法可用于O1群霍乱弧菌临床粪便标本的检测。     

检测HIV-1载量的荧光实时定量PCR技术的建立及其应用

准确测定HIV 1的前病毒载量和病毒载量的技术 ,在感染者预后和艾滋病患者药物治疗效果的评价以及艾滋病的其它研究方面 ,都具有十分重要的应用价值。以定量的HIV 1DNA和RNA为标准外参照 ,利用SYBRGreen荧光染料和GeneAmp5 70 0SequenceDetectionSystem (5 70 0系统 ) ,建立了测定HIV 1的前病毒载量和病毒载量的荧光实时定量PCR技术。以病毒感染细胞和培养上清为材料 ,测定了三种化合物 (AZT ,GL和WT)对细胞内的前病毒载量和培养上清中的病毒载量的抑制活性 ,并与合胞体形成抑制方法测定化合物抗病毒活性的结果进行了比较。根据病毒载量、前病毒载量和合胞体形成计算出的三种化合物的治疗指数均依次变小 ,提出以荧光实时定量PCR技术测定前病毒载量 ,会在评价药物在体内外根除或减少存在于CD4休止或记忆T淋巴细胞中的HIV 1前病毒方面有特别的价值。     

检测HIV-1载量的荧光实时定量PCR技术的建立及其应用

准确测定HIV-1的前病毒载量和病毒载量的技术,在感染者预后和艾滋病患者药物治疗效果的评价以及艾滋病的其它研究方面,都具有十分重要的应用价值。以定量的HIV-1DNA和RNA为标准外参照,利用SYBRGreen荧光染料和GeneAmp5700 Sequence Detection System(5700系统),建立了测定HIV-1的前病毒载量和病毒载量的荧光实时定量PCR技术。以病毒感染细胞和培养上清为材料,测定了三种化合物(AZT,GL和WT)对细胞内的前病毒载量和培养上清中的病毒载量的抑制活性,并与合胞体形成抑制方法测定化合物抗病毒活性的结果进行了比较。根据病毒载量、前病毒载量和合胞体形成计算出的三种化合物的治疗指数均依次变小,提出以荧光实时定量PCR技术测定前病毒载量,会在评价药物在体内外根除或减少存在于CD4休止或记忆T淋巴细胞中的HIV-1前病毒方面有特别的价值。     

H5N1禽流感病毒实验室检测方法灵敏性比较

目的比对实验室常用的H5N1禽流感病毒检测方法灵敏性。方法增殖H5N1病毒,蚀斑技术定量待检病毒,应用细胞接种、血凝实验、RT-PCR、Real-time RT-PCR等方法检测稀释的病毒悬液,比较检测的最低滴度。结果细胞接种、Real-time RT-PCR、RT-PCR及血凝实验能检测病毒的最低滴度为10 PFU/mL、10 PFU/mL、103 PFU/mL及3.52×105 PFU/mL。结论几种检测方法比较而言,细胞接种与Real-time RT-PCR检测灵敏性最高;血凝实验用时最短,但灵敏性低,结果需要进一步确认;RT-PCR用时较较短,检测灵敏性较高。     

逆转录环介导等温核酸扩增技术(RT-LAMP)在H5N1禽流感病毒基因检测中的应用

建立一种便捷、灵敏的检测方法,即逆转录环介导等温核酸扩增技术(RT-LAMP)用于H5N1亚型禽流感病毒基因检测.该技术使用特异对应于靶序列中8个基因区段的6条特异引物,在等温条件下进行核酸扩增反应.对51份实验感染动物及病毒培养标本的H5N1亚型禽流感病毒的HA、NA基因区进行了RT-LAMP检测,并以SYBR Green Ⅰ为反应指示剂进行了逆转录环介导等温核酸扩增技术,对该反应进行实时监控,经对扩增产物做内切酶验证和测序分析,证明RT-LAMP技术的特异性;同时,用10倍系列稀释的RNA样品对该检测方法的灵敏度进行了测试.结果显示:利用RT-LAMP技术成功检测到H5N1禽流感病毒的HA、NA基因区,且RT-LAMP与Real-time PCR结果呈现很好的一致性.此方法的灵敏度可达到能检测10个拷贝RNA分子水平.因此,RT-LAMP技术应用于H5N1亚型禽流感病毒的快速检测是一种可行的方法.     

新的猪源性甲型H1N1流感病毒

2009年3月在美国和墨西哥流感样患者的呼吸道标本中鉴定出新的猪源性甲型H1N1流感病毒。该病毒可人一人传播,已蔓延到172个国家和地区。现就猪源性甲型H1N1流感病毒的鉴定、基因组结构特征做一综述。     

一株H5N1亚型禽流感病毒的分离与鉴定

2004年1月湖北宜昌某鸡场暴发疫病,从该鸡场濒死鸡肺组织中分离到了一株病毒,电镜切片观察到典型的禽流感病毒粒子;采用ELISA检测禽流感抗原为阳性;RT-PCR扩增HA、NA基因并测序,经BLAST分析,HA基因与A／Goose／Guangdong／1／96(H5N1)HA基因同源性为97％;NA基因与A／Goose／Guangdong／1／96(H5N1)NA基因同源性为96％,确定该分离株为禽流感病毒H5N1亚型(A／Chicken／Yichang／Lung-1／04(H5N1))。     

猪源性甲型H1N1流感病毒研究概况

2009年3月在美国和墨西哥流感样患者的呼吸道标本中鉴定出新的猪源性甲型H1N1流感病毒。该病毒可人-人传播,已蔓延到112个国家和地区。为了遏制不断重组或重配的流感病毒,各国学者对甲型H1N1流感病毒的分子生物学特征、复制周期及实验室诊断做了细致的研究,以研发相应的药物或疫苗,这些成就为世界各国防控今年新鉴定的猪源性甲型H1N1流感病毒感染发挥了重要作用。现就猪源性甲型H1N1流感病毒的鉴定、基因组结构特征做一综述。     

一株H5N1亚型禽流感病毒的分离与鉴定

2004年1月湖北宜昌某鸡场暴发疫病,从该鸡场濒死鸡肺组织中分离到了一株病毒,电镜切片观察到典型的禽流感病毒粒子;采用ELISA检测禽流感抗原为阳性;RT-PCR扩增HA、NA基因并测序,经BLAST分析,HA基因与A/Goose/Guangdong/1/96(H5N1)HA基因同源性为97%;NA基因与A/Goose/Guangdong/1/96(H5N1)NA基因同源性为96%,确定该分离株为禽流感病毒H5N1亚型(A/Chicken/Yichang/Lung-1/04(H5N1)).     

共表达H5和H9亚型禽流行性感冒病毒血凝素基因的重组禽痘病毒及其免疫效力

为了构建更为安全有效能同时抵抗高致病性H5亚型和低致病忡H9亚型禽流行性感冒(禽流感)病毒的基因工程疫苗,将H5和H9亚型禽流感病毒分离株的血凝素(HA)基因,分别由鸡痘病毒早晚期启动子PS和PE／L调控其转求,定向插入鸡痘病毒转移载体p11s中,获得H5A和H9A基因分别处于PS及PE／L启动子转录调控下的重组转移载体p11SH5H9。以FuGene^TM6转染法将p11SH5H9转染至已感染鸡痘病毒282E4疫苗株(wt-FPV)的鸡胚成纤维细胞(CEF)中。p11SH5H9与wt—FPV基因组DNA之间的同源重组产生了重组鸡痘病毒rFPV11SH5H9。通过在含X-gal的营养琼脂上连续挑选蓝色病毒蚀斑获得并纯化rFPV-11SH5H9。以间接免疫荧光法试验证实,纯化的rFPV-11SH5H9感染的CEF能同时表达H5A和H9A。初步的动物试验表明,用10^5PFU的rFPV-11SH5H9免疫无特定病原体(SPF)鸡,免疫后血凝抑制(HI)抗体监测阳性率均为100％(8／8);该重组病毒能显著抑制H9亚型AIV滴鼻、点眼后7日龄SPF鸡从气管和泄殖腔排毒,同时也能抵抗H5亚型AIV肌肉注射后对7日龄SPF鸡致死性攻击,保护率均为100％,显示出一定的应用前景。     

H1N1型流感病毒神经氨酸酶的原核表达、纯化及免疫原性分析

目的：研究H1N1型流感病毒神经氨酸酶（NA）在原核系统中的表达、纯化方法及其免疫原性。方法：构建了大肠杆菌表达载体pET22b-NA,并转化了大肠杆菌BL21（DE3）;通过SP-Sepharose Fast Flow柱对重组NA进行分离纯化,并用Sephadex G-25柱对SP柱后获得的NA进行柱上复性;用不同剂量的重组NA免疫BALB/c小鼠,并检测其诱导产生的抗体滴度。结果：大肠杆菌表达的NA以包涵体形式存在,通过分离及柱上复性,纯化得到重组NA;NA抗原的免疫原性是剂量依赖的,随着剂量的增加,其免疫原性相应增强,3次免疫后,3μg NA诱导小鼠产生的抗体滴度最高,为1∶7000。结论：大肠杆菌表达的NA具有一定的诱导小鼠产生针对天然NA的抗体的能力,为流感病毒基因工程疫苗研究提供了初步线索。