鳜鱼CRP cDNA和斜带石斑鱼AAT cDNA的克隆与序列分析

采用RT-PCR及RACE法分别克隆得到鳜鱼(Siniperca chuatsi)C-反应蛋白(C-reactive protein,CRP)cDNA全序列和斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)α1-抗胰蛋白酶(α1-antitrypsin,AAT)cDNA全序列.鳜鱼CRP基因cDNA全长为914 bp,其中5'非翻译区(5'-UTR)为49 bp,3'非翻译区(3'-UTR)为199 bp,开放阅读框(ORF)为666 bp,编码222个氨基酸.序列同源性分析发现,推测的鳜鱼CRP氨基酸序列与小鼠(Mus musculus)、人类(Homo sapiens)、大鼠(Rattus,norvegicus)、非洲蟾蜍(Xenopus tropicalis)和中国鲎(Tachypleus tridentatus)的CRP氨基酸同源性分别为33.2%、32.4%、31.5%、24.9%和22.4%.斜带石斑鱼肝脏ATT基因cDNA全序列长1 785 bp,其中,5'-UTR为13 bp,3'-UTR为530 bp,ORF为1 242 bp,编码414个氨基酸.序列同源性分析发现,推测的斜带石斑鱼AAT氨基酸序列与斑马鱼(Danio rerio)、非洲爪蟾(X.laevis)、楔齿蜥(Sphenodon punctatus)、大鼠、人类、狒狒(Papio papio)和小鼠的AAT氨基酸序列同源性分别为59.2%、40%、38.6%、38.5%、37.7%、37%和36%.鳜鱼CRP基因和斜带石斑鱼AAT基因cDNA全序列的获得为其疾病相关分子机理研究奠定了基础,对今后进一步进行种苗育苗的研发,并以此为依据提高其人工育苗仔鱼成活率有重要意义.     

天蚕卵黄原蛋白cDNA的克隆及序列分析

天蚕卵黄原蛋白cDNA的全碱基序列由5 720个碱基构成,一个开读框有5 334个碱基序列,编码了包括由15个氨基酸组成的信号肽在内的共1 778个氨基酸的蛋白质前体。天蚕和柞蚕卵黄原蛋白的同源性非常高,氨基酸序列达到92.6%,碱基序列达到94%。天蚕、柞蚕和家蚕的卵黄原蛋白的糖链附加位点(N-linkedg-lycosylationsite):柞蚕有4个,家蚕有5个,天蚕和家蚕相同保存着5个。在N-末端区域,天蚕和家蚕有多聚丝氨酸区域和可被胰蛋白酶识别的RSRR部位;柞蚕虽然也具有多聚丝氨酸区域,但没有可被胰蛋白酶识别的RSRR部位。在C-末端区域里,大多数昆虫从G ICG功能部位至C-末端结尾具有7个~10个半胱氨酸(Cys)。鳞翅目的4种昆虫柞蚕、天蚕、家蚕和舞毒蛾(A.pernyi,A.yam am ai,B.m ori,L.dispar)都是7个半胱氨酸。     

斜带石斑鱼2种胰脂肪酶基因全长cDNA序列的克隆与分析

利用RT-PCR和RACE方法克隆得到斜带石斑鱼（Epinephelus coioides）肝胰脏中胆盐活化的胰脂肪酶(bile salt-activated lipase,BSAL)和依赖于辅酶的胰脂肪酶(colipase-dependent pancreatic lipase,PL)基因的全长cDNA序列.BSAL基因全长cDNA序列1 796 bp,编码558个氨基酸,该蛋白序列含有BSAL的全部特征结构区,与其他脊椎动物BSAL的氨基酸序列同源性为49.9%～57.3%.PL基因的全长cDNA序列1 503bp,编码465个氨基酸,该蛋白序列含有PL全部的特征结构区,与其它脊椎动物PL的氨基酸同源性为49.1%～73.9%.系统树分析表明,斜带石斑鱼BSAL和PL与其它物种BSAL、PL和胰脂肪酶相关蛋白(PL-RP)聚于进化树的两个不同分支,属于2种不同的胰脂肪酶.结果证实,在同一鱼类体内也存在BSAL和PL两种胰脂肪酶基因.     

烟叶脉坏死病毒原鉴定及cDNA克隆与序列分析

田间采集辽宁地区烟叶脉坏死病标样所得分离物,在测定的１２个科３５种植物中只侵染茄科的一些烟草品种及洋酸浆（ｐｈｙｓａｌｉｓｆｌｏｒｉｄａｎａ）,可由桃蚜（Ｍｙｚｕｓｐｅｒｓｉｃａｅ）传播。病叶汁液稀释限点（ＤＥＰ）为１０￣（－２）－v１０￣（－３）;失毒温度（ＴＩＰ）为５５一６０℃;体外保毒期（Ｌ）为４８－７２小时。病毒粒体形态呈线条状７２０×１２ｎｍ,病叶脉坏死部细胞质中含风轮状内含体。病毒提取物的紫外最大吸收为２６５ｎｍ,最小吸收为２４５ｎｍ,Ａ＿（２８０）／Ａ＿（２６０）为０．８２。该病毒分离物与ＰＶＹ￣０抗血清呈阳性反应。以病毒ＲＮＡ为模板,按国外报道的ＰＶＹ￣Ｎ序列合成引物经逆转录合成ｃＤＮＡ。用ＰＣＲ扩增出约０．８０ｋｂ的ＣＰ基因片段,将这一片段插入载体ｐＧＥＭ７Ｚ－ｆ（＋）中转化Ｅ．ｃｏｌｉＤＨ５ａ菌株得到了ＣＰ基因的克隆。ｃＤＮＡ序列分析表明,和国外报道的ＰＶＹ￣Ｎ序列同源性极高,初步表明引起辽宁地区烟叶脉坏死病的毒原为ＰＶＹ￣Ｎ。     

草莓果实膜联蛋白基因（annfaf）全长cDNA克隆及序列分析

采用RACE技术从草莓（Franaria ananassa Duch)成熟果实中分离克隆了膜联蛋白（annexin)基因的cDNA5'-端未知序列,并通过测序确定了翻译的起始密码位点,终止密码位点及完整的读码框,从而首次获得了草莓果实膜联蛋白基因的cDNA全序列,命名为annfaf9annexin of Fragaria anananssa fruit)基因。     

中国对虾蜕皮抑制激素全长cDNA的克隆及序列分析

对虾的蜕皮活动由蜕皮抑制激素和蜕皮激素调控,蜕皮抑制激素是甲壳动物CHH家族神经肽的成员之一,通过抑制Y器官蜕皮激素的合成而调节蜕皮,以中国对虾（Fennropenaeus chinensis）眼柄总RNA为材料,采用cDNA末端快速扩增（RACE）方法。首次得到蜕皮抑制激素的全长cDNA（GenBank登录号：AF469187）。该全长cDNA大小为697bp,是由320bp的3′RACE产物和468bp的5′RACE产物拼接而成,Blast搜索结果显示,该全长cDNA与甲壳动物的MIH基因序列具有较高的相似性,用Clustal X进行多序列比较结果表明,由该全长cDNA推导的氨基酸序列与对虾类的MIH的氨基酸序列同源性最高,其中与日本对虾,斑节对虾,刀额新对虾MIH的同源性分别为95.1%,83.1%,79.1%,根据以上数据,推断该697bp的全长cDNA为编码中国对虾MIH前体的cDNA。进一步序列分析表明,编码中国对虾MIH前体cDNA包括312bp的开放阅读框,81bp的3′UTR和302bp的5′UTR;编码103个氨基酸的MIH前体分子包括信号肽和成熟肽,信号肽由28个氨基酸组成,成熟肽由75个氨基酸组成,成熟肽中6个半胱氨酸非常保守。     

柳蚕卵黄原蛋白cDNA的克隆及序列分析

经RT-PCR和RACE合成了柳蚕卵黄原蛋白(Vg)cDNA,经序列分析其长度为5701个碱基,由一个ORF组成,编码了1 774个氨基酸。氨基酸序列中有2个保守的多聚丝氨酸区域。并推测氨基酸序列中有8个天冬酰胺连接的糖基化位点(N-linked glycosylation sites)。与樟蚕、天蚕、柞蚕、野桑蚕、家蚕、樗蚕、蓖麻蚕的VgcDNA序列比对后发现有很高的同源性,分别为83.1%、81.1%、81.0%、64.7%、64.6%、79.7%、79.2%,同其它昆虫Vg cDNA序列也具有很高的同源性。根据7种蚕(家蚕、天蚕、柞蚕、蓖麻蚕、樟蚕、野桑蚕、樗蚕)VgcDNA序列建立了系统发生树。     

黄鳝cGnRH-Ⅱ的cDNA克隆与序列分析

促性腺激素释放激素（Conadotropin-releasing hormone,GnRH）是一个保守的十肽神经家族激素,在脊椎动物的性腺发育和繁殖功能的维持方面起着重要的调控作用。本文通过运用RACE和RT-PCR方法,从黄鳝脑组织中克隆得到cGnRH-ⅡcDNA全序列,其核苷酸序列长度为617bp。该cDNA编码的cGnRH-Ⅱ的前体氨基酸序列结构组成与其他物种的cGnRH-Ⅱ前体结构一致,其推导的蛋白前体长度为83个氨基酸,包括一个信号肽、cGnRH-Ⅱ十肽和一个由蛋白水解位点（Gly—Lys—Arg）连接的GnRH联接肽,其中信号肽和联接肽的长度分别为21和49个氨基酸。cGnRH-Ⅱ的氨基酸序列和其他相关物种cGnRH-Ⅱ氨基酸序列比较结果显示,cGnRH-Ⅱ cDNA的蛋白编码区高度保守,而非编码区的保守性程度很低。     

海南黄牛HSF1 cDNA全长的克隆与序列分析

目的：根据人、小鼠HSF1cDNA保守区序列设计引物,通过PCR方法扩增海南黄牛HSF1cDNA,并进行序列分析。方法：利用RT-PCR、半巢式PCR以及3＇-RACE技术分段扩增得到了海南黄牛HSF1cDNA序列,测序正确后进行拼接。用DNAMAN 生物信息学软件分析海南黄牛HSF1 cDNA与赫里福德牛、人、小鼠同源性和海南黄牛HSF1蛋白的氨基酸组成、等电点、亲/疏水区等蛋白质性质,并根据各种动物HSF1蛋白绘制进化树。结果：（1）海南黄牛的HSF1 cDNA序列全长为1 993bp,包括150bp的5＇非翻译区,1 578bp的开放阅读框以及264bp（不含poly（A）尾）的3＇非翻译区,编码524个氨基酸,分子量为56.42 kD,等电点（pI）为 4.79。（2）海南黄牛的HSF1 cDNA与赫里福德牛、小鼠和人HSF1 cDNA的同源性分别为98.99 %、81.78 %、87.82 %,相应编码蛋白氨基酸序列的同源性分别为98.86 %、83.84 %、89.06 %,其中N-末端和C-末端高度保守,而中间区域存在缺失或替换。（3）根据氨基酸序列构建不同动物HSF1蛋白的进化树,与采用经典遗传分类法构建的进化树基本一致。结论：首次克隆了海南黄牛 HSF1 cDNA全长,分析表明：海南黄牛HSF1蛋白是亲水性蛋白,在8种动物中,其同源性大于73 %,高度保守。海南黄牛与赫里福德牛HSF1蛋白同源性高达98.86 %,在三聚体化区域、转录调节域和激活域存在6个位点的单氨基酸突变,这些发现为进一步揭示海南黄牛抗热性状形成的分子机制提供了重要依据。     

斜带石斑鱼黏膜免疫系统结构的研究

对斜带石斑鱼皮肤、眼角膜、鳃、前肠及后肠等黏膜相关免疫组织结构进行了研究。通过组织切片的H E染色及透射电镜的观察 ,描述了黏膜组织的显微结构、主要免疫相关细胞在黏膜组织中的分布情况及各免疫细胞的超微结构。结果表明黏膜组织中存在杯状细胞、淋巴细胞、巨嗜细胞、单核细胞、嗜曙红细胞、嗜中性粒细胞等免疫相关细胞 ,具有在黏膜局部独立完成免疫应答的细胞基础。另外 ,还观察到了皮肤表皮对异物的吞噬过程。本文还就黏膜免疫组织的非特异和特异性免疫应答 ,以及黏膜免疫是否独立于系统免疫等问题进行了讨论。     

斜带石斑鱼仔鱼变态过程中甲状腺的发育变化

斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)属鲈形目,科,石斑鱼属,为暖水性中下层鱼类,是我国南方沿海重要的经济养殖鱼类。长期以来,许多海水鱼仔稚鱼培育阶段的一大难题是成活率低1。目前斜带石斑鱼的大规模苗种培育仍未很好解决,仔鱼经历第二背鳍棘从生长到吸收的变态过程时死亡率很高。       

斜带石斑鱼TLR3基因的克隆及其在刺激隐核虫感染时的表达分析

TLR3(Toll like receptor 3)是Toll样受体家族的重要成员,通过识别病原相关分子模式,诱导宿主天然免疫应答。研究从斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)中克隆得到TLR3 cDNA序列,全长为2937 bp,包括107bp的5′非编码区、100 bp的3′非编码区和编码909个氨基酸的2730 bp的开放阅读框。TLR3全长氨基酸序列包含1个信号肽、18个富含亮氨酸的重复序列(Leucine-rich Repeat LRR)、1个跨膜结构域和1个胞内TIR结构域(IL-R1 homologous region)。同源比对显示,斜带石斑鱼TLR3与其他已报道硬骨鱼类的TLR3具有较高的同源性(52%—67%)。组织表达分析显示,TLR3在健康斜带石斑鱼的组织中具有较广的表达分布,其中在前脑、体肾和脾脏中表达量较高。刺激隐核虫(Cryptocaryon irritans)感染斜带石斑鱼后:在皮肤中TLR3的表达量呈现先降低后升高的趋势,从感染后第7天开始上调,并在第10天达到高峰;而在脾脏中,TLR3的表达量在感染6h时就显著上调并达到峰值。结果表明斜带石斑鱼TLR3在抗刺激隐核虫的免疫应答过程中可能发挥重要作用。     

中华鲟阿黑皮素原cDNA 序列克隆及其序列分析

通过构建中华鲟(Acipenser sinensis)垂体的SMART cDNA 质粒文库, 首次从文库中筛选得到阿黑皮素原(Proopiomelanocortin, POMC) cDNA 全长序列, 分别为阿黑皮素原A 型基因 (Proopiomelanocortin I,AsPOMC-A, EV824935) 和阿黑皮素原B 型基因(Proopiomelanocortin II, AsPOMC-B, EV825368)。 其中,AsPOMC-A 和AsPOMC-B 分别在文库中出现128 次和19 次。AsPOMC-A 全长1122 bp, 有792 bp 的开放阅读框, 共编码264 个氨基酸。 AsPOMC-B 全长1216 bp, 有792 bp 的开放阅读框, 共编码264 个氨基酸。以其氨基酸序列为分子标记, 比较了3 种鲟鱼的共6 种POMC 的氨基酸同源性, 并利用已报道的鱼类的POMC氨基酸序列构建了系统发育树, 可识别2 个大的单系类群, 即类群I: 非新鳍亚纲类群(仅包含辐鳍亚纲的长吻雀鳝), 类群II: 新鳍亚纲类群。AsPOMC 可能是一种进化上更原始的基因。       

斜带石斑鱼经葡萄糖灌喂后的代谢反应

糖类的主要生理功能是为动物机体提供能量,而且是比蛋白质和脂肪更为廉价的能源。相对于陆生恒温动物,鱼类尤其是肉食性鱼类对糖的利用能力低下,似乎先天性地具有糖尿病患者的某些生理特征。饲料中过高的糖水平会导致鱼类抗病力下降、生长速度减缓、死亡率增加等症状。鱼类解除葡萄糖负荷的能力有限从而表现     

斜带石斑鱼MyD88基因的原核表达及蛋白纯化

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斜带石斑鱼MyD88基因的原核表达及蛋白纯化简

正Toll样受体(Toll-like receptor,TLR)是一类重要的模式识别受体,其胞外结构域可识别特定的病原相关分子模式(Pathogen-associated molecular patterns,PAMPs),胞内的TIR(Toll-like/IL-1 receptor)结构域则参与启动胞内信号转导,诱导细胞产生活性氧中间体(Reactive oxygen intermediate)、活性氮中间体(Reactive nitrogen intermediate)和促炎症因子,在感染早期发挥重要作用[1]。在哺乳动物中,髓样分化因子88(Myeloid differentiation factor     

点带石斑鱼的亲鱼培育、产卵受精和胚胎发育

在水泥池人工养殖条件下,对人工诱导性逆转的“功能性雄性”、天然雄性及天然雌性点带石斑鱼(Epinephelus malabaricus)亲鱼进行强化培育,自然产卵受精。2002年繁殖季节,共获3cm以上的点带石斑鱼苗145万尾。亲鱼培育、产卵受精和胚胎发育的程序：(1)经过强化培育的亲鱼,自然产卵受精,受精率平均81％,最高97％;(2)成熟的“人工变性雄鱼”的精子头部呈球型,精子头径约3．7—6．1gm,尾长12．4～44．5μm;在水温26℃、盐度3％、pH7．9条件下,精子游动时间最长超过58min,精液中90％精子在31min停止游动,与天然雄亲鱼的精子无异,可作为生产雄亲鱼的来源;(3)在东山岛,产卵期由4月初持续到11月中旬,产卵高潮集中在4月底至5月底、9月底至10月初。在24h内,自然产卵通常从16：30持续到次日1：30;(4)产卵适宜水温为23．5—28．6℃,最适产卵水温为25．5—26．5℃;(5)水温26℃时,受精卵在盐度2．82％～2．96％,的海水中呈悬浮状态,盐度2．82％以下时下沉,盐度2．96％以上时上浮;(6)在水温24．9—27．6℃、盐度3％—3．3％、pH7．6—8．2的情况下,胚胎发育时间为21h。     

饲料精氨酸水平对斜带石斑鱼幼鱼生长和肠道形态的影响

正精氨酸作为一种鱼类生长发育所必需的碱性氨基酸,是机体合成蛋白质的重要成分[1],对肠细胞的增殖分化和维持细胞形态结构具有重要的保护作用[2]。对陆生动物如羊[2]、仔猪[3,4]和鼠[5]等的研究表明,日粮中添加精氨酸能显著提高肠道绒毛高度和隐窝深度,从而提高肠道消化吸收能力。目前,在鱼类的相关研究中,Cheng等[6]报道在饲料中添加精氨酸或谷氨酰胺能显著提高杂交条纹鲈(Motone chrysopsxMorone,saxatilis)和美国红鱼(Sciaenops ocellatus)[7]前肠和中肠的皱襞和微绒毛高度,增大肠道吸收面积。肠道是动物吸收利用精氨酸的