三种提取冬虫夏草菌丝体基因组DNA方法的比较

采用改良氯化苄法、CTAB法、蛋白酶K裂解法这三种方法,对冬虫夏草菌丝体基因组DNA进行提取,将提取的基因组DNA经过紫外分光光度计检测纯度和计算浓度、琼脂糖凝胶电泳分析及PCR扩增,结果表明,3种方法均能提取到符合分子生物学的DNA,其中蛋白酶K裂解法纯度最高,含蛋白质少,改良氯化苄法、CTAB法次之。而浓度则是改良氯化苄法最高,CTAB法、蛋白酶K裂解法次之。3种方法所提取的DNA均能扩增出理想条带。     

4种黑曲霉基因组DNA提取方法的比较

目的:筛选适合提取曲霉DNA的方法.方法:比较2个菌落培养时间段(3d内和10d左右)提取DNA质量的差异;运用氯化苄法、石英砂+CTAB法、Biospin法和微波法分别提取黑曲霉基因组DNA,然后用直接电泳、浓度测定、PCR扩增等方法比较所提DNA的浓度和质量.结果:培养3d内的菌落提取的DNA纯度较高,无需纯化即可用于后续实验;4种方法制备的DNA均可用于PCR等后续实验,其中以石英砂+CTAB法提取的DNA纯度好,产率最高.结论石英砂+CTAB法是一种适用于曲霉DNA提取的简便方法.     

番茄灰霉病生防融合子基因组DNA提取方法的研究

以番茄灰霉病生防菌株木霉T-23和链霉菌A的融合子为实验材料,在SDS-CrAB法、改进CTAB法和氯化苄法的基础上加以改进,比较和研究了真菌融合子基因组DNA的提取,找到了一种快速、高效的基因组DNA提取方法,为进一步对融合子进行生防机制和分子生物学水平的研究提供基础。结果表明SDS-CTAB法提取的基因组DNA OD_(260)/OD_(280)为1．909,DNA浓度约为42．0ng/μL,可以满足分子生物学实验的需要。并将提取的基因组DNA直接用于PCR扩增,得到了多态性的RAPD图谱。     

短序十大功劳基因组总DNA提取方法研究

以短序大功劳嫩叶为材料,采用CTAB法、CTAB改良法1、CTAB改良法2、SDS法和试剂盒法五种方法提取短序十大功劳基因组总DNA,用分光光度计和琼脂糖凝胶电泳方法检测所得总DNA的纯度和得率,用ISSR-PCR扩增的方法检测所得总DNA的质量。结果表明,五种方法均能从短序大功劳叶片中提取到基因组DNA,但不同方法提取得的基因组DNA的纯度、浓度和得率存在明显的差异。CTAB改良法2和试剂盒法提取的DNA纯度高,可直接用于下游分子生物学实验,CTAB法、CTAB改良法1和SDS法提取的总DNA质量较差,不利于下游的分子生物学实验;五种方法提取的总DNA的得率在10.836~451.709μg/g之间,呈CTAB法>SDS法>CTAB改良法1>CTAB改良法2>试剂盒法的现象。此实验获得的结果可以为短序十大功劳分子生物学研究提供基础。     

HPLC法检测蛇足石杉内生真菌胶胞炭疽发酵液中石杉碱甲和石杉碱乙的含量

建立了高效液相色谱(HPLC)测定蛇足石杉(Huperzia serrate)内生真菌胶胞炭疽发酵液中石杉碱甲(Huperzina A)和石杉碱乙(Huperzine B)含量的方法,并以此方法检测胶胞炭疽发酵液中石杉碱甲和石杉碱乙含量的积累。内生真菌发酵液经氯仿萃取、甲醇溶解、过滤后进行高效液相检测分析,选用Agilent Eclipse plus-C18色谱柱(250 mm×4.6 mm,5μm),以0.015 mol/L乙酸铵(p H 6.8)和甲醇溶液(70∶30)为流动相进行等度洗脱,流速1 mL/min,检测波长为308 nm,连续检测内生真菌胶胞炭疽发酵液中第6–15天石杉碱甲和石杉碱乙的含量积累。结果表明,发酵提取液中的石杉碱甲和石杉碱乙可在25 min内进行很好的分离和分析,石杉碱甲在1.50-48.00μg/mL范围内线性关系良好(相关系数r为0.999 5),石杉碱乙在0.25-7.50μg/mL范围内线性关系良好(相关系数r为0.999 7),石杉碱甲和石杉碱乙的平均加标回收率分别为106.83%、108.06%,相对标准偏差(RSD)分别为3.34%、3.60%。该方法简便、快速、精密度高、结果准确,适用于内生真菌发酵液中石杉碱甲和石杉碱乙含量检测。在发酵过程中,内生真菌发酵液中石杉碱甲和石杉碱乙的含量呈现先增后减,随后有所增加继而又减少的趋势。石杉碱甲和石杉碱乙的含量分别在内生真菌发酵第14天、第8天达到最高,分别为12.417 0μg/mL、4.660 3μg/mL。该方法学的建立为内生真菌胶胞炭疽合成石杉碱甲与石杉碱乙的机制研究提供了检测手段,从而有利于药物新资源的开发。     

毛薯ISSR-PCR反应体系的建立

本研究主要建立毛薯ISSR-PCR的最佳反应体系。研究采用改良CTAB法提取毛薯总基因组DNA,应用单因子实验法设定模板DNA,Mg2+浓度,dNTP浓度,Tap酶浓度以及退火温度的5个不同梯度,探讨单因素变化对毛薯ISSR-PCR扩增的影响。实验结果表明,毛薯ISSR-PCR最佳反应体系为:总体积20μL,模板DNA为50ng、Taq酶为0.8U、Mg2+浓度为2.0mmol/L、引物浓度为0.5μmol/L、dNTPs浓度为0.5mmol/L。     

宽叶缬草DNA的提取及正交优化RAPD反应体系

[目的]确定适合宽叶缬草RAPD分析的DNA提取方法以及建立最佳RAPD反应体系。[方法]比较宽叶缬草基因组DNA的两种提取方法(经典CTAB法、试剂盒法);采用正交设计L16(45),针对Taq DNA聚合酶浓度,d NTP浓度,Mg2+浓度,引物浓度,DNA模板浓度进行RAPD扩增,确立最佳RAPD反应体系。[结果]综合比较,试剂盒法较适合宽叶缬草基因组DNA提取;25μl最适宽叶缬草RAPD反应体系为:2.0 U Taq DNA聚合酶、0.4 mmol/L d NTP、4.0 mmol/L Mg2+、4.0μmol/L随机引物、60 ng模板DNA、2.5μl 10×buffer。[结论]试剂盒DNA提取法和正交优化的反应体系适用于宽叶缬草的RAPD分析,为进一步研究黔产宽叶缬草药材遗传多样性奠定了基础。     

组蛋白甲基化与去乙酰化对蛇足石杉内生真菌盘长孢状刺盘孢合成石杉碱甲的影响

以蛇足石杉Huperzia serrata内生真菌盘长孢状刺盘孢Cg01菌株为研究对象,利用PEG介导的同源重组转化体系,对Cg01组蛋白甲基化酶基因（histone methyltransferases,HMT）CgClr4和组蛋白去乙酰化酶基因（histone deacetylase,HDAC）CgClr3、CgSir2进行基因敲除与回补,并通过实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检测了回补株中对应基因表达量以及高效液相色谱HPLC检测突变体菌株中石杉碱甲huperzine A（HupA）产量。结果显示3个基因敲除突变体菌株ΔCgClr4、ΔCgClr3、ΔCgSir2的HupA产量分别为255μg/L、270μg/L、244μg/L,与野生型菌株相比分别下降了21.3%、16.6%、24.7%。在基因回补突变体菌株ΔCgClr4/CgClr4、ΔCgClr3/CgClr3、ΔCgSir2/CgSir2中,相应回补基因表达均与野生型无显著性差异,其HupA产量分别为351.9μg/L、334.7μg/L、331μg/L,回补菌株的HupA产量回复到野生型水平。结果表明这3个基因均具有调控内生真菌盘长孢状刺盘孢Cg01合成HupA的作用,为研究蛇足石杉内生真菌中石杉碱甲的合成调控机制提供了理论基础和新的思路。     

7株蛇足石杉内生真菌拮抗4种致病菌的研究

目的:筛选具有拮抗致病菌的蛇足石杉内生真菌。方法:选择蛇足石杉为材料,经过表面消毒,分离得到菌株。随机选择7株内生菌通过改良菌块法进行4种致病菌的拮抗试验。结果:菌株F002对致病真菌Canidia Albicans表现中等强度的拮抗作用,而菌株F004对致病菌Canidia Albicans及Crytococcus Neofonmans均表现较强的抑制活性。经r DNA的ITS序列分析,菌株F004定为厚垣镰孢霉。结论:通过蛇足石杉内生菌的生物活性测定,可以筛选到较强的拮抗致病真菌的活性菌株,其抗菌活性物质有待我们进一步的跟踪分离。     

海南龙血树DNA提取与ISSR反应体系的优化

目的:从海南龙血树叶片巾提取出高质量的总DNA,建立与优化海南龙血树ISSR的反应体系.方法:采用4种DNA提取方法,提取海南龙血树叶片中的总DNA,并对DNA进行紫外和电泳检测.采用改良CTAB法提取了基因组DNA模板,对海南龙血树ISSR-PCR反应体系中各个主要影响因子进行了优化和筛选.结果:改良CTAB法提取的DNA A260/A260在1.7～1.9之间,纯度高、杂质少、DNA完整性好.根据PCR产物的琼脂精凝胶检测结果,由试验得到的最佳反应体系为:60ng模板DNA,1.5mmol/L Mg2+,0.25mmol/L dNTPs,1.0μmol/L引物,1U Taq酶,总体积为20μl.结论:改良CTAB法可以从海南龙血树叶片中提取高质最DNA,该反应体系适用于应用ISSR标记开展海南龙血树DNA指纹、遗传多样性等研究.     

胡椒叶片基因组DNA提取方法比较

目的：研究建立胡椒叶片中提取高质量DNA的方法。方法：采用各种CTAB法和SDS法的改良方法,提取胡椒叶片中的总DNA,并对DNA进行紫外和电泳检测。结果：改良CTAB法4和5提取的DNA经电泳检测,有一条明亮主带,且无拖尾现象,样品槽无荧光出现,说明抽出的DNA纯度较高,一致性好;测定其OD260和OD280值,并计算其比值,OD260/OD280值在1.8-2.0之间,提取率在51.667-60.000μg/g之间,获得的基因组DNA质量高。结论：改良CTAB法4和法5可从胡椒幼叶中提取高质量DNA。     

一种褐飞虱病原真菌的分子生物学鉴定

从田间褐飞虱Nilaparvata lugens( St(a)l)罹病虫体分离得到一株绿僵菌,以该菌为供试菌体,采用氯化苄法、CTAB法以及裂解液法分别提取了该菌的基因组DNA;以ITS1和ITS4为绿僵菌通用引物,对供试菌株的rDNA ITS序列进行PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳检测和序列分析,并在核酸序列数据库中进行同...     

改良CTAB法提取番石榴叶片总DNA

目的:从番石榴叶片中快速提取高质量的总DNA。方法:改良CTAB法。主要改进之处在于不用液氮,而是直接研磨硅胶干燥样品;用高浓度CTAB、低浓度乙醇与NaCl盐析相结合等方法去除多糖。结果:应用改良后的方法可以快速提取番石榴叶片总DNA,有效去除组织中的多糖、蛋白质,抑制提取过程中的组织褐变。提取的DNA可用于限制性内切酶酶切和PCR扩增。结论:传统CTAB法经过改良,可用于快速提取番石榴高质量DNA。     

濒危物种胡杨和灰叶胡杨总DNA提取及RAPD体系优化

以濒危物种胡杨和灰叶胡杨硅胶干燥的叶片为材料,研究其总DNA提取方法及RAPD-PCR体系优化条件。结果表明,用改良CTAB法提取的DNA适用于胡杨和灰叶胡杨的RAPD分析。优化的胡杨和灰叶胡杨RAPD-PCR体系为:20μL的反应体系中含Mg2+2.5 mmol·L-1、dNTP 0.15 mmol·L-1、引物0.2μmol·L-1、模板DNA100 ng和1.5 U Taq DNA聚合酶。用6条多态性引物对优化体系的稳定性进行检测,结果显示扩增结果稳定,多态性丰富。该优化体系为在分子水平开展胡杨和灰叶胡杨的保护生物学研究提供了技术支持和参考。     

新生隐球菌基因组DNA不同抽提方法的比较

目的 DNA是进行分子生物学研究的重要基础。在本研究中,我们建立了2种简单快速抽提基因组DNA的方法并可用作PCR扩增的模板。通过比较4种不同的DNA抽提方法以确定哪种更适合进行下一步的基因分析。方法这4种方法是:玻璃珠法,酶法,3%SDS法和氯化苄法。玻璃珠法是用玻璃珠在混漩器上剧烈振荡破碎细胞壁;3%SDS法是将细胞在含10mmol/LDTT的3%SDS溶液中加热,然后用5mmol/LKAc和异丙醇抽提,DNA的产量通过A260测定。结果 3%SDS溶解法、经典酶法、玻璃珠法和氯化苄法的DNA产量分别为0.4154±0.0367、0.8484±0.0756、1.2636±0.2040、0.4070±0.0339(g/L×108CFU/mL)。结论玻璃珠法是最敏感、重复性好、简单、费用合理的抽提方法 。     

Optimization of DNA extraction from fresh leaf tissues of Melanoxylon brauna (Fabaceae)

Melanoxylon brauna (Fabaceae - Caesalpinioideae) is an endemic and valuable hardwood tree species in the Brazilian Atlantic rainforest; it is comparable to African ebony wood. We tested three protocols of DNA extraction based on the citrimonium bromide (CTAB) method and evaluated the quantity, purity and integrity of the DNA. We also determined whether these procedures interfere with PCR amplification in order to develop a protocol for M. brauna. We found that the quality and integrity of DNA were improved with the use of proteinase K in the extraction buffer and by modifications in the centrifugation speed. The lowest concentration of DNA was obtained with Doyle and Doyle's protocol (5.42 ng/μL). Ferreira and Grattapaglia's protocol modified for M. brauna provided the most DNA (36.89 ng/μL) and the highest quality DNA (purity ratio of 1.80 nm). The original Ferreira and Grattapaglia protocol provided 13.42 ng/μL DNA; however, the purity ratio (1.44 nm) indicates protein contamination. PCR results showed that Ferreira and Grattapaglia's protocol modified for M. brauna gave satisfactory quantity and purity of DNA for molecular studies.     

鸢尾属药用植物总DNA提取方法的比较研究

以鸢尾属（Iris L．）药用植物鸢尾Iris tectorum Maxim．叶片为材料,分别采用CTAB法、高盐低pH法、SDS法和试剂盒法四种方法提取植物总DNA,并通过琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度计、ISSR和RAPD四种方法对所提取的DNA样品进行检测。结果表明,用SDS—I法提取的植物总DNA纯度、浓度和完整性都很高,从经济角度考虑优于用试剂盒提取,从提取效果考虑不亚于用CTAB法和高盐低pH法提取,是比较适合鸢尾属植物总DNA提取的方法。     

蚧虫基因组DNA不同提取方法的比较

实验以日本龟蜡蚧CeroplastesjaponicusGreen,白蜡绵粉蚧PhenacoccusfraxinusTang ,朝鲜球蚧DidesmococcuskoreanusBorchseniush和瘤大球坚蚧EulecaniumgiganteaShinji等 4种蚧虫为材料 ,分别用十二烷基硫酸钠 (SDS)法、十六烷基三乙基溴化铵 (CTAB)法、醋酸钾 (KAc)法和氯化钠 (NaCl)法等 4种方法 ,对单只蚧虫进行基因组DNA提取 ,用 0 8%琼脂糖凝胶电泳检测所提DNA。结果表明 ,4种方法都可以提取到基因组DNA ,但是比较而言 ,CTAB法和NaCl法所提取的DNA质量明显优于SDS法和KAc法 ,并适用于PCR。因此认为 ,CTAB法和NaCl法是实验室提取单只蚧虫基因组DNA更有效而实用的方法。     

改良CTAB法提取林木树种基因组DNA的研究

目的:验证改良CTAB法提取不同林木树种基因组DNA的效果,寻求一种对于不同林木树种基因组DNA提取普遍使用的方法。方法:采用改良的CTAB法提取22种木本植物基因组DNA,并对其进行定性、定量分析及酶切分析。结果:采用本法可以去除多糖和其他次生代谢物并获得高质量的DNA。结论:该方法可以作为一种适于在实验室进行的林木树种基因组DNA的提取方法。