天津地区气单胞菌分离株的鉴定与多位点序列分型

[目的]研究气单胞菌菌株分类情况,并分析其致病性.[方法]采集环境样品和鱼类标本,分离并鉴定气单胞菌菌株,并运用多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)方法进行分类研究,利用PCR和测序方法分析毒力基因Aera、Hly、Aha1、GCAT和Nuc的分布.[结果]通过对分离菌株的16S rRNA基因进行分析,确认属于4种不同气单胞菌的7个分离株.发现所有菌株至少有1种毒力基因阳性,其中3株具有4种毒力基因.药物敏感实验显示,6株分离株对3种或3种以上抗菌素具有多重耐药性.最后,对看家基因gyrB、groL、gltA、metG、ppsA和recA进行分析,与MLST数据库中的等位基因序列比对,发现7株分离株均为新的不同的序列型(Sequence type,ST).[结论]气单胞菌具有较高的遗传多样性.     

47株空肠弯曲菌湖北禽源株的多位点序列分型

【目的】为了解湖北地区家禽空肠弯曲菌的流行状况及其分子特征,应用多位点序列分型方法对2013–2014年的47株禽源空肠弯曲菌湖北分离株进行分子分型研究。【方法】以空肠弯曲菌的7个管家基因aspA、glnA、gltA、glyA、pgm、tkt和uncA为目的基因,提取样本基因组后PCR扩增,测序和分析。将测序结果上传数据库进行比对,制作成多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)遗传进化树。【结果】分离株共有38个ST型,10个克隆群,其中最多的克隆群为ST-353CC和ST-464CC,发现2个新的等位基因编号和25个新的ST型。遗传进化树显示,不同家禽宿主中空肠弯曲菌序列型存在一定的差异,不同地区和来源的空肠弯曲菌呈现出遗传多样性。【结论】本研究对湖北分离的47株禽源空肠弯曲菌进行了MLST分析,其结果显示菌株多样性较为丰富,将为我国家禽空肠弯曲菌的流行病学调查提供科学的数据。     

一株ST477型单增李斯特菌的全基因组测序及inlA基因遗传多样性

【背景】单增李斯特菌是一种重要的条件致病菌,不同型别菌株在宿主范围和毒力等方面存在差异。内化素基因inlA在入侵宿主上皮细胞中具有重要作用。【目的】研究单增李斯特菌序列型(Sequence type,ST)为477菌株的基因组特征及内化素基因inlA的遗传多样性。【方法】使用相关软件对测序数据进行多位点序列分型(Mutilocussequencetyping,MLST)、单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)及基因inlA遗传多样性分析。【结果】MLST进化分析结果显示,分离自不同国家的菌株具有较近亲缘关系。以分离自中国食品的ST477型菌株为参考菌株,通过SNP分析表明,加拿大食品中的ST9型菌株发生的突变位点最少(91-93个)。7株复合克隆系(Clonal complex,CC)为9的菌株其inlA基因序列间核苷酸相似性为29.8%-100%。【结论】初步分析了ST477型别菌株的进化及基因组特征,同时研究了部分CC9克隆系菌株inlA基因突变情况,为研究ST477型别菌株的进化及单增李斯特菌的毒力提供基础数据。     

19群肺炎链球菌国家标准菌株分子特征分析及在菌株质量控制中的应用

目的明确19群肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)国家标准菌株的分子特征,为完善中国肺炎链球菌国家标准菌株的质量标准提供依据。方法在传统肺炎链球菌菌种检定方法的基础上,应用16S rRNA基因分析、聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)血清分型、多位点序列分型(multilocus sequence type,MLST)和脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)分型等多种分子生物学质控方法,对来源于中国医学细菌保藏管理中心的20株19群肺炎链球菌国家标准菌株进行分析。结果 20株19群肺炎链球菌的16S rRNA基因序列与肺炎链球菌模式株NCTC 7465的16S rRNA基因序列的相似性在99.64%～100%之间,碱基差异0～5 bp。PCR血清分型结果表明:11株19F型菌株均检测到大小为304 bp的19F型特异性扩增条带,6株19A型菌株均检测到大小为478 bp的19A型特异性扩增条带,PCR血清分型结果与血清凝集试验结果一致。MLST分型结果表明,相同血清型的菌株可以具有不同的序列型(sequence type,ST)。共获得12个ST型,其中6个ST型(10496、10497、10501、10502、10503和10509)为首次报道。PFGE分型结果显示:各型别菌株各具有其特征性PFGE带型(9～17条带),相同血清型或ST型菌株可能具有不同的PFGE带型。共存在18种不同的PFGE带型,其中19F型和19A型菌株中各有一对菌株的ST型和PFGE图谱完全一致。菌株的传代稳定性考察结果显示:在25代以内31708菌株的PFGE带型未发生变化,遗传特征是稳定的。结论 16S rRNA基因分析、PCR血清分型、MLST分型和PFGE分型等分子生物学方法应用于中国肺炎链球菌国家标准菌株的质量控制,可获得更加全面的肺炎链球菌标准菌株身份信息数据(包括序列、PCR扩增片段、序列型、图谱等),为进一步完善中国肺炎链球菌国家标准菌株的质量标准提供依据和数据支撑。     

哈尔滨地区假丝酵母菌DNA异质性及药物敏感性分析

研究假丝酵母菌的DNA异质性及药物敏感性,为预防和监控院内假丝酵母菌感染奠定基础。将临床分离的假丝酵母菌菌株,用科玛嘉显色培养基鉴定菌种,经纸片扩散法进行药敏试验,应用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术对这些菌株进行基因分型。结果显示：93株假丝酵母菌中白假丝酵母菌68株,非白假丝酵母菌25株,所有菌株对制霉菌素,两性霉素B两种药物的敏感率最高（100％）,酮康唑其次（70．9％）,氟康唑的敏感率最低（50．5％）,引物1和引物2将来源不同的68株白假丝酵母菌分别分成4型（A1、B1、C1、D1）和6型（A2、B2、C2、D2、E2、F2）。哈尔滨地区的假丝酵母菌感染以白假丝酵母菌为主,且主要为A1、B1型（引物1）或A2、B2型（引物2）;基因型与药敏谱无明显相关性。     

不同毒力差异基因型的新生隐球菌MLST分型及交配型鉴定研究

目的：了解及比较两组毒力差异明显的新生隐球菌格鲁比变种的多位点序列分型（MLST）的特点并进行交配型鉴定。方法采用多位点序列分型（MLST）的方法,设计7个看家基因（CAP59,GPD1,LAC1,PLB1,SOD1,URA5和IGS1）的引物,扩增并分析来源分别为环境和临床的各10株新生隐球菌格鲁比变种的基因型,并鉴定实验菌株交配型,与多位点微卫星分型（MLMT）结果对比,比较不同基因分型方法在分类中的稳定性和可靠性。结果在微卫星分型中为MLMT-36的10株环境分离株,MLST分型为ST-15,而在微卫星分型中为MLMT-13型的10株临床分离株,MLST分型为ST-32,所有菌株交配型均为MAT-α。结论MLST分型结果与MLMT分型结果高度一致,提示以上两种分子分型技术在真菌分类鉴定研究中可显示对于其分离背景及进化来源的高分辨率及稳定性。     

多位点序列分型在食源性金黄色葡萄球菌分型中的应用研究

对食源性金黄色葡萄球菌进行多位点序列分型(MLST)分析,了解其基因型特征,并与流行病学资料进行对比分析。应用MLST方法对2012年石家庄市分离出的18株食源性金葡菌进行基因分型,并对该地区食源性金葡菌分子特性和流行病学特性进行分析。18株食源性金葡菌通过MLST分析得到10个ST序列型,其中ST5序列型最多,共5株;其次为ST464序列型,共3株;ST7型和ST15各2株;ST6型、ST9型、ST59型和ST2138型各1株,有2个菌株是2个新的ST型其ST码分别为287-1-1-8-1-1-1和10-14-8-6-278-3-2。本地区食源性金葡菌的ST型别丰富,主要流行克隆系为ST5和ST464,ST6、ST7、ST9、ST15、ST59和ST2138等克隆系也有分布。     

假丝酵母菌尿路感染临床观察及耐药性分析

目的 调查和分析尿路感染假丝酵母菌的分布及耐药情况,为临床合理选用抗菌药物提供依据.方法 尿液采用经典型浸片Uricult培养,使用ATB-Fungus板条进行药敏试验,利用WHONET 5.6对浙江萧山医院2008年1月至2012年12月间尿培养分离菌株及药敏结果进行回顾性分析.结果 共分离出假丝酵母菌273株,其中白假丝酵母菌占37.4％,光滑假丝酵母菌28.9％、热带假丝酵母菌27.8％;临床分离数量以ICU(58)最多,其次为泌尿外科(50)和内科(49).药敏结果显示:两性霉素B、5-氟胞嘧啶对白假丝酵母菌、热带假丝酵母菌和光滑假丝酵母菌仍保持较强的抗菌活性,敏感率≥98.6％,伏立康唑敏感率≥86.3％.结论 尿路感染分离得到的假丝酵母菌以白假丝酵母菌为主,其次为光滑假丝酵母菌和热带假丝酵母菌;两性霉素B、5-氟胞嘧啶对假丝酵母菌保持较强的抗菌活性,是治疗假丝酵母菌感染的首选药物.临床应重视假丝酵母菌的培养和其药敏试验,根据药敏结果科学合理使用抗真菌药物.     

多位点序列分型分析空肠弯曲菌华东动物源分离株

【目的】研究空肠弯曲菌菌株间的分子特征,对不同宿主来源的空肠弯曲菌进行分子分型研究。【方法】选择空肠弯曲菌的7个看家基因gltA、aspA、glnA、glyA、pgm、tkt和uncA作为目的基因,对2006-2008年间华东地区分离的42株空肠弯曲菌样本进行PCR扩增后测序。将测序结果软件分析并上传到数据库进行比对,将结果制作多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)遗传进化树并进行分析。【结果】与数据库已有类型比对,发现了24个新的ST型,通过进化树得到其遗传关系。【结论】MLST方法对于研究空肠弯曲菌的菌株群体基因差异与进化趋势具有重要意义。     

不同寄主来源白假丝酵母菌多态性与耐药性分析

为研究白色假丝酵母菌的分子多样性情况,探讨RAPD基因多态性与药物敏感性的关系,在获得病菌分离物的基础上,应用经筛选的10条10 bp随机引物,对18株病菌分离物进行RAPD分析,利用UPGMA对结果进行聚类.RAPD扩增的指纹图谱清晰,带型稳定,多态性丰富,可以作为白假丝酵母菌分型方法,18株不同来源的菌株可大致分为6种亲缘关系.药敏结果显示导致出现耐药的机制可能并不相同.所以利用RAPD标记技术在基因水平上对白色假丝酵母菌进行分子分型和鉴定是可行的.