研究基因转录的RT-PCR技术

ＤＮＡ模板序列的转录调控是基因表达多级调节过程的关键 ,细胞周期中基因转录水平的改变应激细胞发育、分化及正常生理功能的多种信号转导。疾病或其它因素也应激转录水平变化 ,从而改变各种ｍＲＮＡｓ的稳定性。因此基因的ｍＲ ＮＡ水平分析 ,在基因调控研究领域是必不可少的。ｍＲＮＡ的常规分析方法是Ｎｏｒｔｈｅｒｎｂｌｏｔｓ、ＲＮＡｄｏｔ/ｓｌｏｔｂｌｏｔ、核酸酶保护法(ｎｕｃｌｅａｓｅｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ)和原位杂交 (ｉｎｓｉｔｕｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ)。而ＰＣＲ技术的应用开创了ｍＲＮＡ分析新方法[1 -3] :ＲＮ…     

研究基因转录的RT-PCR技术

RT-PCR是检测和定量特异性mRNA的高度灵敏技术,被广泛应用于基因转录水平的分析研究,本文探讨RT-PCR方法的发展,应用及潜在问题。     

Real-time quantification of microRNAs by stem-loop RT-PCR

A novel microRNA (miRNA) quantification method has been developed using stem-loop RT followed by TaqMan PCR analysis. Stem-loop RT primers are better than conventional ones in terms of RT efficiency and specificity. TaqMan miRNA assays are specific for mature miRNAs and discriminate among related miRNAs that differ by as little as one nucleotide. Furthermore, they are not affected by genomic DNA contamination. Precise quantification is achieved routinely with as little as 25 pg of total RNA for most miRNAs. In fact, the high sensitivity, specificity and precision of this method allows for direct analysis of a single cell without nucleic acid purification. Like standard TaqMan gene expression assays, TaqMan miRNA assays exhibit a dynamic range of seven orders of magnitude. Quantification of five miRNAs in seven mouse tissues showed variation from less than 10 to more than 30,000 copies per cell. This method enables fast, accurate and sensitive miRNA expression profiling and can identify and monitor potential biomarkers specific to tissues or diseases. Stem-loop RT-PCR can be used for the quantification of other small RNA molecules such as short interfering RNAs (siRNAs). Furthermore, the concept of stem-loop RT primer design could be applied in small RNA cloning and multiplex assays for better specificity and efficiency.     

应用逆转录PCR检测海产贝壳类中的甲型肝炎病毒

污染水体中生长的贝壳类是传播甲型肝炎的重要媒介之一,本文介绍了用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测贝壳类中甲型肝炎病毒(HAV)的方法。贝壳类中HAV的浓集回收采用洗脱-沉淀法并加以改进,30g贝肉中的病毒浓集回收在1.5~2.0m l上清液中。RT-PCR检出限为回收样品经二次扩增后10-2稀释度。从7种39份采自大连近海海域的贝壳类样品中,用该法检测出阳性样品4种10份,阳性率为26%。说明各种贝壳类有不同程度的污染。     

食品中脊髓灰质炎病毒RT-PCR检测体系的建立

目的:建立食品中脊髓灰质炎病毒的RT-PCR检测体系。方法:在脊髓灰质炎病毒基因组2A区保守序列设计引物,建立同时适于3种血清型脊髓灰质炎病毒的检测方法,并对人工接种病毒的贝类(生蚝、文蛤)、蔬果(草莓、樱桃和生菜)和水样等实际样品进行检测。结果:基于构建的分别适于3种血清型脊髓灰质炎病毒检测的参照分子,确定所建立方法的检测下限可达50拷贝参照分子DNA。针对各种食品基质建立的脊髓灰质炎病毒富集、RNA提取和RT-PCR方法检测3种血清型病毒可达10RT-PCR单位(RTU)。结论:建立的RT-PCR检测体系可用于食品中脊髓灰质炎病毒的检测。     

齿肋赤藓中半定量RT-PCR方法的探讨

目的:建立一种半定量RT-PCR方法,用于齿肋赤藓(Syntrichia caninervis)基因表达研究。方法:比较常用的几种内参照基因actin、tubulin及18S rRNA在齿肋赤藓中的表达情况,以确定表达稳定的内参基因;分析PCR扩增动力学,确定内参和靶基因的PCR体系。结果:琼脂糖凝胶电泳检测分析表明:18S rRNA作为齿肋赤藓的内参基因更稳定;同管扩增试验表明:18SrRNA的引物滞后6个循环加入PCR扩增体系中,至第26个循环,二者同时处于指数扩增期,且靶基因RT-A的扩增效率不受影响。结论:18S rRNA与RT-A可以同管扩增,18S rRNA可以作为半定量RT-PCR的内参照,为齿肋赤藓基因表达研究奠定基础。     

水体中诺瓦克病毒RT-PCR检测研究

诺瓦克病毒是公认的食源性或水源性非细菌性胃肠炎的主要致病因子之一。建立诺瓦克病毒的RT-PCR检测方法,验证其特异性及灵敏度,并在实验室人工污染水样,进行模拟水样的检测,验证RT-PCR检测方法的实用性。所用引物为RNA多聚酶区的JV12/JV13,多次反复实验,均可产生327bp预期大小的特异条带,并通过杂交进一步证实了其特异性和正确性;在临床粪样中,可达到的最高检测限为50pg/mL。在共42份模拟样品的检测中,经过播毒、富集和浓缩,38份均可检出诺瓦克病毒。其中4份池塘水未检出。在模拟水样中的检测灵敏度为200pg/mL。实验中所建立的试验条件和体系可用于实际水样中诺瓦克病毒的筛选,对水质控制起到了很好的监控作用。