4种快速PCR检测试剂法医学应用的初步研究

采用快速PCR扩增,探索其法医学应用价值.将AmpFLSTRIdentifiler试剂盒分别与4种不同的快速PCR检测试剂联合构建快速PCR体系,以9947A为模板,采用各自优化的循环参数进行扩增,并将各分型结果与常规方法进行比较,结果表明:联合构建的4种快速PCR体系均可获得与常规方法一致的DNA分型结果,扩增用时最短可减少至22 min.可见应用快速PCR方法进行扩增,可获得与常规方法一致的STR分型,并且显著缩短扩增时间,提高DNA分型速率.     

不同亲子鉴定试剂盒对D7S820基因座稀有等位基因检测结果比较

目的：观察分析用不同亲子鉴定试剂盒对D7S820基因座稀有等位基因检测结果的差异。方法：280名不同个体的血样DNA提取和基因型检测,按中华人民共和国公共安全行业标准GA／T382—2002和GA／T383—2002进行;分别用Identifiler试剂盒（美国AB公司）、PowerPlex 18Dsystem试剂盒（美国普洛麦格公司）、GoldeneyeTM20A试剂盒（北京基点认知技术有限公司）,经PCR复合扩增STR基因座,用AB公司DNA序列分析仪电泳分离扩增产物和激光扫描分析。结果：检测到280名不同个体的常用常染色体STR基因座的等位基因。,其中六份样本在D7S820基因座上,Identifiler试剂盒检测的基因型与PowerPlex 18D—system和GoldeneyeTM20A试剂盒检测的基因型结果有差异。结论：不同厂家生产的试剂盒检测常用常染色体D7S820基因座的稀有等位基因存在有一定误差。     

两种核酸提取方法对小鼠诺如病毒RNA提取效能的比较

目的比较两种核酸提取方法对小鼠诺如病毒RNA的提取效能。方法用Trizol提取法和QIAamp Vira lRNA Min iKit提取法分别提取感染小鼠诺如病毒（Murine Norovirus,MNV）的小鼠小肠组织样品RNA和细胞培养物RNA,测定RNA浓度;用MNV特异的引物对分离的核酸样品进行一步法RT—PCR扩增。结果Trizol提取法提取小肠组织的RNA浓度高于QIAamp Viral RNA Mini Kit提取法;QIAamp Viral RNA Mini Kit提取得到的细胞培养物RNA浓度高于Trizol提取法。经QIAamp Viral RNA Mini Kit提取的两种核酸样品均能扩增出特异条带,而Trizol提取的核酸样品未见特异条带。结论在MNV的检测中,QIAampViralRNAKit更适合组织样品中MNV病毒核酸的提取。     

肠道菌群核酸提取自动化流程的优化

目的:优化肠道菌群核酸提取自动化流程。方法:收集粪便样本,分别采用手工方法、核酸提取工作站提取核酸,然后利用液体工作站制备PCR反应液进行PCR扩增,最后采用文库工作站建库测序。结果:400μl样品用QIAamp~ Fast DNA Stool Mini Kit试剂盒裂解液裂解后,用MagMAX~(TM) Express 96机器提取核酸的方法与用QIAamp~ Fast DNA Stool Mini Kit试剂盒手工提取核酸的方法相比,测序得到的序列数基本一致,分析结果也没有明显区别;而单独采用MagMAX~(TM)Viral RNA Isolation Kit试剂盒提取核酸由于样品投入体积受限(50μl)、核酸浓度低、测序得到的序列数太少,不能满足后续的分析要求。结论:通过结合使用两种不同的试剂盒,可以实现核酸提取、PCR反应液配制及文库制备的全流程自动化操作,从而大大提高工作效率和结果的稳定性。     

猴B病毒PCR检测方法的建立

目的　建立检测猴血B病毒的PCR方法。方法　根据MakotoH报道的引物 ,用PCR方法直接扩增猴血B病毒及扩增经Vero细胞培养后的猴血B病毒 ,扩增产物连于pGEM T载体。结果　这四对引物可同时对猴血B病毒及经Vero细胞培养后的猴血B病毒进行扩增 ,扩增结果一致 ,对扩增片段克隆测序的结果证实 ,其与美国猴B病毒E2 4 90株同源性为 10 0 %。结论　建立了从血样中直接检测猴B病毒DNA的PCR方法。     

香蕉RAPD分析初步研究

比较了不同提取方法对香蕉植株不同部位组织提取 DNA的质量及其 PCR扩增结果 ,对香蕉 RAPD分析中引物种类和浓度 ,复性温度 ,d NTPs,Taq DNA聚合酶浓度 ,热循环数等因素进行了比较影响分析。结果表明 ,虽然改良的 SDS法、CTAB法和 PVP法提取的植株嫩叶和吸芽 DNA提取量和纯度各不相同 ,但其 PCR扩增结果基本相同 ;相同克隆不同植株的 DNA其 PCR扩增结果也基本相同 ;建立了适合香蕉大规模 DNA多态性分析 RAPD反应体系 :2 5 μL反应液中 ,含 1倍缓冲液 ,0 .2 m Md NTPs,0 .3 2 p M随机引物 ,IUTaq酶 ,2 0 ng模板 DNA;反应循环数为 45 ,热循环条件为 94°C,1 min;3 7°C,1 min;72°C,1 .5 min;之前为 94°C,5 min;之后为72°C,1 0 min。在筛选的 2 49个随机引物中 ,有 1 8个在 7个品种上都能扩增出 3～ 1 0条比较清晰条带。     

三种粪便总DNA提取方法的比较

目的比较不同粪便总DNA提取方法对肠道菌群多样性研究的影响。方法采用Bead beating法、化学裂解法和QIAamp DNA Stool Mini Kit提取同一份人粪便样品的总DNA,对比3种方法的DNA得率和16S rRNA基因V3区的变性梯度凝胶电泳（DGGE）图谱。结果Bead beating法的DNA得率约是其他2种方法的2倍;3种方法得到的DGGE图谱的Dice相似性为60％～70％,2条优势条带只出现在Bead beating法图谱中。在2～5min的Bead beating法击打时间里,DNA得率随击打时间的延长有一定的增加,但DGGE图谱无显著变化。结论不同的DNA提取方法会影响菌群的多样性分析。比较其他2种方法,Bead beating的裂解效率更高,能够检测到更多种类的细菌,更合适肠道菌群组成的分子研究。     

指甲游离缘的核DNA分型研究

为探讨指甲游离缘核DNA分型的可行性, 采集无关个体指甲游离缘样本10份, 分别以不同消化体系, 采用有机法、Chelex-100法,有机法结合Chelex-100法等3种方法提取指甲游离缘核DNA, AmpFlSTR IdentifierTM试剂盒复合扩增, ABI PRISM 3130自动遗传分析仪检测分析。结果显示：与对照血样比较,有机法结合Chelex-100法提取的样本核DNA均获得满意的STR分型, 有机法提取的样本核DNA可以进行STR分型, 但部分样本图谱峰值不均衡, Chelex-100法提取的样本核DNA不能分型或出现较多等位基因缺失。提示指甲游离缘可以进行成功地核DNA的分型, 有机法和有机法结合Chelex-100法提取的DNA质量都可成功检测, 其中以有机法结合Chelex-100法提取DNA的检测成功率最高。     

一种单个胚胎的DNA模板制备方法

建立了一种简单处理单个卵子和早期胚胎制备DNA模板的方法——KOH/DTT-Triton X裂解法,并与TE-蛋白酶K法比较了PCR扩增效率。结果,采用KOH/DTT-Triton X裂解法处理单个卵子或2-细胞胚、8-细胞胚、桑椹胚、囊胚后,作为DNA模板直接进行PCR扩增线粒体DNA片段,3对引物的PCR扩增总成功率为100%（70/70）,而TE-蛋白酶K法处理的单个卵子的PCR扩增总成功率为92.9%（65/70）,二者差异显著（P<0.05）。但两种方法所制备模板的PCR假阳性率均为0。实验设计的KOH/DTT-Triton X裂解法是一种有效的单个早期胚胎的DNA模板制备方法,经一次PCR扩增即能获得清晰的目的DNA条带,能够满足早期胚胎遗传物质检测的需要。     

RFFIT、FAVN、ELISA及狂犬病中和抗体检测试剂盒对狂犬病抗体检测的比较研究

为了比较RFFIT、FAVN、ELISA及狂犬病中和抗体检测试剂盒(RVNA Kit)等四种方法对狂犬病抗体的检测效果,对65份狂犬病疫苗免疫前、免疫后临床血清样本,分别使用RFFIT、FAVN、ELISA及RVNA Kit方法对狂犬病病毒特异性抗体进行测定,并对检测结果的阳性符合率、相关性及重复性进行分析。检测结果显示,RFFIT、FAVN及RVNA kit的阳性符合率为100%,三种方法与ELISA试剂盒的阳性符合率为95.38%,对0.5IU/mL~10IU/mL的血清样本进行阳性符合率分析显示,四种方法的阳性符合率为100%;相关性研究结果表明,RFFIT、FAVN及RVNA Kit之间任意两种方法检测结果的相关系数均超过0.97,但ELISA与其他三种方法检测结果的相关系数均低于0.86;同一份样品的重复性检验结果显示,RVNA Kit和ELISA比RFFIT和FAVN具有更好的重复性,而RVNA Kit的重复性最好,其变异系数仅6%。研究结果表明,RFFIT、FAVN及RVNA Kit等三种方法可通用于血清中抗狂犬病病毒中和抗体的检测,而ELISA检测结果与中和抗体效价有一定差距,但在经过优化、校验后ELISA也可以在有效范围内用于狂犬病抗体的检测。     

猴 B 病毒血清学和 PCR 检测结果比较

目的：比较猴B病毒血清抗体和病毒PCR检测结果,阐明动物感染后病毒在机体内的存在状况。方法：采集成年猴血清和三叉神经组织,首先通过ELISA方法检测血清中B病毒抗体,然后采用B病毒舡和徊基因引物通过PCR方法扩增血清DNA和三叉神经组织DNA,比较2种方法的检测结果,并对扩增产物进行序列分析。结果：22份猴血清中,B病毒抗体呈阳性的有13份（59．1％）;PCR结果显示,抗体阴性动物及所有血清DNA模板中均无阳性扩增,但在13份抗体阳性动物的三叉神经组织DNA样品中,PCR阳性4份（30．8％）;gL和gD基因扩增条件及产物分析表明,舡基因的GC含量为64．1％,gD为74．2％,且舡的扩增条件和效果明显优于gD。结论：B病毒感染猴后,将在部分动物神经节中建立潜伏,而础基因更适合作为分子鉴定的靶标。     

一种改良的可直接用于PCR扩增的土壤DNA提取方法

本研究对Zhou氏土壤DNA抽提方法进行了改良,减少了土壤用量、孵育和裂解时间,增加了土壤淋洗和硫酸铝处理步骤。接着比较了改良法和Zhou氏法抽提四种类型土壤DNA的效果。结果表明,将土壤用量减少至0.4 g、孵育和裂解时间分别降至20 min和30 min,极大地简易了操作过程,大幅节省了实验所需时间(约为Zhou氏法所需时间的一半)。裂解前增加淋洗步骤和裂解过程中加入硫酸铝都提高了DNA的纯度。前者同时提高了DNA得率,但后者稍微降低了DNA得率。与Zhou氏法相比较,改良法提取4种类型土壤(黑土,黄土,潮土,红土)的DNA在得率和纯度方面均得到提高,并且可以直接用于16S rRNA基因的PCR扩增等分子操作。总之,本改良法简便了DNA提取过程、大大节省了实验时间,可用于从不同类型土壤中抽提适合于PCR扩增等分子操作的DNA。     

改良环介导等温扩增技术快速检测肉类中的大肠杆菌O157: H7

针对大肠杆菌O157:H7(Escherichia coli O157:H7,E.coli O157:H7)传统检测方法检测周期长的问题,建立了肉类中的E.coli O157:H7的改良环介导等温扩增(LAMP)快速检测方法。以E.coli O157:H7的O157特异性抗原rfbE基因、鞭毛H7特异性抗原fliC基因序列作为靶序列,分别设计2套增加了环引物的改良LAMP引物序列,单管同时检测,通过肉眼观察白色沉淀,判断检测结果。采用36株细菌验证了该改良LAMP引物的特异性。热裂解法提取的DNA经改良LAMP体系扩增20 min,检测E.coli O157:H7的灵敏度为1.4 CFU/mL,人工污染肉中的E.coli O157:H7检出限为1.8 CFU/g。137份实样中,检测出1份E.coli O157:H7假阳性,与行业标准SNT0973-2000符合率达到99.3%。     

狮子头热泉菌席样品环境总DNA提取方法的比较研究

通过对狮子头热泉7个环境菌席样品所提取的总DNA进行纯度检测、提取得率计算和DGGE分析,比较了3种直接和1种间接DNA提取方法。结果表明：综合利用多种裂解方式比单一裂解方式更能充分释放环境DNA;其中3种方法获得的DNA片段能够进行后续16S rDNA扩增;针对同一样品,不同方法提取的环境DNA,可获得不同DGGE群落指纹图谱;间接提取法提取的总DNA,能更好地反映狮子头热泉菌席的微生物多样性。     

高温烹饪对动物肌肉组织DNA降解的影响

目的 探索高温烹饪对肌肉组织DNA降解程度的影响.方法 对牛肉、猪肉和鸡肉样本分别进行以下处理:不同温度烘烤0.5h;100℃沸水中加热不同时间;分别用水煮、油煎、红烧、烘烤烹饪肌肉至熟.分别提取DNA,PCR扩增线粒体DNA上的12S rRNA基因片段,电泳检测PCR产物的变化,并进行DNA序列测定.结果 样品经过不同温度处理均能扩增到目的条带,但条带从140℃开始显著减弱;沸水持续加热20 min、40 min后,3种肉的PCR产物量无显著影响,但加热80 min后,猪肉和鸡肉的PCR扩增产物条带明显减弱;红烧后的肌肉PCR扩增产物量显著减少.结论 温度、烹饪时间及烹饪方式对模板DNA的降解和后续PCR扩增有一定影响,但不影响肌肉组织的DNA可检测性.     

降低mRNA差异显示技术假阳性率的一种方法

为了探讨降低mRNA差异显示技术假阳性率的方法 ,进一步提高此技术的可靠性 ,提取了手术切除肝癌及非癌肝组织成对标本的总RNA ,逆转录获得cDNA片段 ,以mRNA差异显示方法筛选差异表达基因 ,选取较明显的一条差异表达条带 ,行进一步PCR扩增 .分别对PCR产物及其经TA克隆后随机挑选的 6个单克隆质粒DNA进行序列分析 ,并通过GenBank BLAST数据库进行序列的同源性比较 ,以Northern杂交予以来源确认 .自 72 0余条扩增条带中共选出 2 8条差异条带 .序列分析及同源性比较表明 ,所选择条带的PCR产物为一可能的新基因片段 ;而随机选择的 6个TA克隆质粒DNA中 ,有 4个为同一已知基因片段 ,一个为另一已知基因片段 ,一个为一可能的新基因片段 .同源性比较表明 ,PCR产物直接测序所得序列与TA克隆质粒DNA的 6个片段不具同源性 .结果表明 ,mRNA差异显示条带可能由 1条以上分子量相似的片段构成 ,直接对PCR产物行序列分析并以其为探针进行Northern杂交 ,是导致出现假阳性片段的原因之一 .将PCR产物进行TA克隆 ,对单克隆质粒DNA进行序列分析并以其为探针进行Northern杂交 ,可能是解决此问题的一种较好方法 .     

DNA聚合酶对PacBio SMRT测序结果影响的评价

目的评估不同DNA聚合酶是否会对以16SrRNA全长为测序靶点的肠道微生物多样性研究结果产生影响。方法用美国太平洋公司的三代测序仪(PacBio single molecule real-time sequencing technology)对3份分别采用KAPA HiFi^TM HotStart DNA聚合酶和PCRBIO HotStart DNA聚合酶扩增的军犬粪便样品进行精确至"种"水平的测序分析。结果经配对Mann-Whitney U检验显示,不同DNA聚合酶扩增的同一样品在门、属和种水平上差异无统计学意义(P>0.05),然而在某些相对含量较少的操作分类单元(OTU)上,其扩增效率存在差异。经基于非加权UniFrac距离的非加权组平均法聚类分析和基于加权UniFrac距离的非参数多元方差分析发现不同DNA聚合酶扩增的同一样品其多样性差异无统计学意义(P>0.05)。结论 KAPA HiFi^TM HotStart DNA聚合酶和PCRBIO HotStart DNA聚合酶虽对模板DNA扩增存在一定的偏好性,但该偏好性不影响PacBio SMRT测序结果。     

不同方法提取生物检材DNA的比较研究

目的:比较有机法、chelex100法和硅珠法提取不同检材DNA的优劣,从而为各类检材的DNA提取提供参考。方法:用有机法、chlex100法和SiO2法分别提取2组共24份生物检材DNA进行扩增检验,比较分析结果。结果:对不同生物检材的DNA检验,有机法、chlex100法和SiO2法各有其优势和局限性。结论:针对不同检材采用不同提取方法,可以有效节约检验时间,提高检验成功率。     

单管直扩38重祖先信息InDels体系的构建及其在微流控芯片系统的应用

本文基于插入-缺失多态性(insertion-deletion polymorphism,InDel)遗传标记,从相关文献和dbSNP库中筛选出38个在东亚、欧洲、非洲人群中具有等位基因频率差异的祖先来源InDel位点,同时整合Amelogenin位点和Y染色体STR(DYS439)位点,以辅助未知样本的性别鉴定,采用PCR-CE技术构建了可以区分三大洲际人群的单管直接扩增复合检测体系,该体系可与微流控芯片系统相结合,1.7 h内完成DNA样本自动化扩增和电泳分型,利用公共数据库1000Genomes中16个人群1 607名个体的分型数据对筛选的38个InDel位点进行初步评估;同时对构建的38-plex InDels体系的灵敏度、准确性、直接扩增能力进行验证评估;检测5种不同人群的779份样本和215份唾液卡、血卡的直接扩增样本,采用聚类分析和主成分分析方法,评价体系的推断准确性.结果表明该38-plex InDels复合检测体系分型准确,灵敏度达157 pg,能够对唾液卡和血卡直接扩增,可以区分三大洲际人群及其混合人群,能够准确推断待测样本的族群来源、估算祖先成分,且通过集成细胞裂解步骤将有望2h实现"样本进-结果出"式快速自动化InDel分型.     

荧光定量PCR与LAMP检测IHHNV的特异性和灵敏性比较

传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV)是世界各地养殖对虾的重要病毒性病原之一,给对虾养殖业造成严重经济损失.研究建立了检测IHHNV的荧光定量PCR和环介导等温核酸扩增(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)两种技术,并对它们的特异性和灵敏性进行了比较.结果显示,所建立的荧光定量PCR检测IHHNV的方法最低检测限度为6个DNA拷贝/反应,在待扩增DNA浓度为6.038×104-6.038×109cps/mL,范围时,模板浓度与循环阈值Ct之间的相关性良好,决定系数r2为0.99521;对5份白斑综合症病毒基因组DNA和10份健康对虾基因组DNA样品进行荧光定量PCR检测,结果都为阴性;这说明荧光定量PCR检测IHHNV方法具有灵敏度高、特异性高和精确性高等优点.同样,所建立的LAMP检测IHHNV的方法在60min反应时间内也可榆测到最低为6个拷贝的DNA模板,反应产物加入荧光染料SYBR Green Ⅰ后反应液呈现明显的亮绿色,且特异的检测IHHNV DNA模板;这说明所建立的LAMP检测IHHNV的方法具有荧光定量PCR方法相当的灵敏度、特异性和精确性.考虑到LAMP检测方法操作更为简单、方便,而且不需要昂贵的仪器,LAMP检测IHHNV的方法更适合于对虾养殖现场检测的推广使用.