REGULAR ARTICLES

Marginalized Models for Moderate to Long Series of Longitudinal Binary Response Data
Les modèles marginalisés (Heagerty, 1999) permettent l'inférence basée sur la vraisemblance lorsqu'on s'intéresse à des modèles marginaux de régression pour des données longitudinales binaires. Deux modèles de ce type sont le modèle de transition marginalisée, et le modèle à variable latente marginalisée. Le premier reflète la dépendance sérielle intra-sujet au sein des mesures répétées avec des termes de transition dans le modèle, tandis que le deuxième suppose l'échangeabilité ou la non-décroissance de la dépendance de la réponse avec des intercepts aléatoires. Dans cet article, nous étendons la classe des modèles marginalisés en proposant un modèle simple unifié décrivant à la fois la dépendance sérielle et la dépendance au long terme. Ce modèle est particulièrement utile dans des analyses longitudinales avec un nombre de mesures répétées par sujet modéré ou large, où aussi bien les formes sérielles et échangeables de la corrélation de la réponse peuvent être identifiées. Nous décrivons des approches bayésiennes et au maximum de vraisemblance pour l'estimation des paramètres et pour l'inférence, et nous étudions les caractéristiques opérationnelles pour de grands échantillons, sous deux types de mauvaise spécification du modèle de dépendance. On analyse les données de l'étude longitudinale de schizophrénie de Madras (Thara, 1994).     

CORRESPONDENCE

J. Cao and C. Z. He              877
Les populations de nombreuses espèces d'oiseaux Nord-américains montrent des signes de déclin. La collecte d'informations sur le succès reproductif permet de détecter rapidement les populations fragiles et aide au développement de pratiques de gestion de l'habitat appropriées. Dans cet article, nous étudions la performance du modèle Bayésien (He, 2003) appliquéà des taux de survie au nid dépendant de l'âge dans le cas de visites irrégulières. Nous montrons que les estimations sont satisfaisantes, mise à part celle de la survie à l'âge 1. Plus le nombre de jours entre deux visites est grand, plus cette survie risque d'être sous-estimée. Nous avons étudié ce problème et développé trois approches pour contrôler ce biais. Les simulations montrent que les trois approches permettent d'améliorer de façon significative l'estimation de la survie de la classe d'âge 1.     

CONSULTANT'S FORUM

The DNA Database Search Controversy Revisited: Bridging the Bayesian--Frequentist Gap
Deux quantités différentes ont été proposées pour mesurer l'évidence dans les cas où un suspect est identifiéà partir d'une base de données de profils ADN. Le rapport de vraisemblance, habituellement développé dans le cadre bayésien, est préféré par de nombreux experts du domaine. La règle dite np a été suggérée sur des arguments fréquentistes par l'American National Research council (NRC) et Stockmarr (1999). Ces deux quantités différent considérablement et sont à la source d'une controverse sérieuse sur l'utilisation des bases d'ADN. Bien que plusieurs auteurs aient critiqué ces différentes approches, une explication claire sur le pourquoi de ces différences observées n'a jamais été proposée. Dans cet article, nous montrons que le degré de signification P dans un contexte fréquentiste est approximativement égal au résultat de la règle np . Nous soutenons cependant qu'une procédure plus raisonnable consiste à utiliser une stratégie de test conditionnel qui génère un P directement lié aux probabilités a posteriori ainsi qu'un rapport de vraisemblance. Cette façon d'aborder le problème construit un pont entre les approches bayésienne et fréquentiste et indique également que la règle np ne doit pas être utilisée pour quantifier l'évidence.     

Composition du liquide seminal de Sparus aurata au cours d'une saison de spermiation

Résumé Du sperme de daurade Sparus aurata est prélevéà diffkrentes dates de la saison de spermiation. La composition biochimique du plasma séminal est analyské.
La concentration des éléments dosés est généralement plus importante que chez les espèces d'eau douce. La teneur en protéines reste constante au cours du temps. La quantité de glucose accuse une diminution à partir de la mi-décembre. Les triglycérides et le cholesterol atteignent des valeurs relativement elevees aux dates limites de la période d'échantillonnage, tandis que le taux de calcium est minimal à la fin de la saison de spermiation.     

REGULAR ARTICLES

Marginal Analysis of Correlated Failure Time Data with Informative Cluster Sizes
Nous nous intéressons à la modélisation de données de survie corrélées quand la connaissance de la taille des strates peut fournir une information sur le critère de jugement. Celle-ci est basée sur une approche de ré-échantillonnage au sein des strates et sur une méthode de fonction de score pondérée. Nous déterminons les propriétés asymptotiques pour les estimateurs de ré-échantillonnage au sein des strates dans le cadre d'un modèle à risques proportionnel de Cox. Nous établissons la convergence et la normalité asymptotique des estimateurs des coefficients de régression et la propriété de convergence faible des estimateurs de la fonction de base du risque cumulé. La méthode de fonction du score pondérée consiste à prendre l'inverse de la taille des strates comme poids dans la fonction de score. Nous procédons à des études de simulations pour déterminer et comparer le comportement des estimateurs pour des échantillons finis et appliquons les méthodes proposées à une étude dentaire.     

Economies of affect

Cet article développe le concept des «économies de l'affect>> pour attirer l'attention des anthropologues sur le rôle de l'affect dans la facilitation des transformations économiques. Il s'appuie sur les résultats de deux projets de terrain ethnographiques, l'un au Mexique et l'autre en Indonésie, pour montrer comment l'affect a été mobilisé pour créer des sujets pouvant être appréhendés selon les normes néolibérales. Les auteurs montrent comment l'étreinte, les pleurs et les discours sur l'amour et le chagrin ont été associés à des transformations impliquant la cessation de prestations de l'État et l'application des lois du marché. En faisant de l'affect et de son articulation avec le changement économique un objet d'étude anthropologique, l'article affirme l'utilité d'une notion d'affect se démarquant d'autres approches qui mettent l'accent sur l'émotion. Les auteurs affirment que l'affect est utile parce qu'il est, par nature, réflexif et intersubjectif. L'affect renvoie aux relations pratiquées entre les individus, à la différence de l'émotion, toujours marquée par le spectre d'un individualisme psychologique.     

Estimating larger carnivore numbers from track counts and measurements

Résumé Avoir conscience de l'abondance des grands carnivores est très important pour la gestion de leur conservation. Cependant, l'évaluation directe des nombres de carnivores est souvent difficile, nècessitant beaucoup d'argent et de temps, ce qui importe que l'échantillonnage indirect est une alternative fiable et valable. Les techniques de recensement à distance se sont montrèes économiques, renouvelables, et objectives. Nous avons donc estimé le nombre de grands carnivores de six espèces dans une superficie assez petite au nord de l'Afrique du Sud, en comparant trois méthodes d'échantillonnage basèes sur des décomptes des traces et mesures: (i) une approche qualitative, où les individus furent identifiés de manière subjective en étudiant les différences dans les mesures des traces; (ii) une approche quantitative qui se sert de la forte corrélation linéaire de la densité des traces à la densité des carnivores démontrée dans d'autres études; et (iii) une approche quantitative qui impliquent des analyses répétées de la variance et des post-enquêtes sur les mesures des traces afin de disposer des données statistiques pour identifier les différences entre des services des traces. Les trois méthodes fournirent des résultats comparables qui semblent raisonnables et qui peuvent être une bonne indication du vrai nombre de grands carnivores dans la zone de l'étude. Les rèsultats étayent la fiabilité des estimations indirectes de l'abondance de grands carnivores basés sur les données des traces, et sont prometteurs pour des futures recherches et pour la conservation de ces animaux.     

BIOMETRIC METHODOLOGY

Matching in Studies of Classification Accuracy: Implications for Analysis, Efficiency, and Assessment of Incremental Value
Dans les études cas-témoins qui visent àévaluer une classification effectuée à partir d'un marqueur, il est courant d'apparier les témoins aux cas sur des facteurs liés à la maladie et au marqueur. Dans ce type d'études, par opposition aux études étiologiques, l'appariement n'a pas fait l'objet de travaux rigoureux. Nous étudions les implications de l'appariement sur le choix d'un modèle d'analyse statistique, sur l'efficacité et sur l'évaluation de l'apport supplémentaire du marqueur par rapport aux variables d'appariement. Nous observons que l'ajustement sur les variables d'appariement est essentiel car les mesures non ajustées des qualités du marqueur peuvent être biaisées. Dans de nombreuses situations, l'appariement est la plus efficace des méthodes d'échantillonnage en fonction des covariables et nous donnons une expression du rapport optimal nombre de cas/nombre de témoins. En revanche, nous montrons également que l'appariement complique sérieusement l'évaluation de l'apport supplémentaire du marqueur. Nous recommandons d'envisager l'intérêt d'un appariement à la lumière de ces résultats.     

Caractéristiques Ultrastructurales du Cortex et des Membranelles du CiliéEspejoia mucicola (Oligohymenophora, Hymenostomata, Tetrahymenina)

RESUME. L' étude détaillée du cortex et des organelles buccaux adoraux d' Espejoia montre que ce Cilié possède une organisation ultrastructurale comparable à celle des Tétrahyméniens. Tout en restant conforme au plan général d'organisation de ces derniers, des variations spécifiques décelées tant au niveau du cortex d'une part, que des membranelles, d'autre part, font ressortir des affinités trés marquées pour le genre Glaucoma et autres Ciliés voisins. En conséquence, en nous appuyant en outre sur les données récentes de la morphogenèse, nous confirmons la position d' E. mucicola parmi les Tetrahymenina, dans la famille des Glaucomidae.     

CONSULTANT'S FORUM

Time-Varying Coefficient Models for the Analysis of Air Pollution and Health Outcome Data
Nous présentons un modèle à coefficient dépendant du temps pour étudier la relation entre exposition aiguë (à court terme) à la pollution atmosphérique et altérations de la santé. Ce modèle permet au risque relatif de varier en fonction du temps comme cela peut se produire en cas d'interaction avec la température ou de modification de la composition en polluants, par exemple en particules solides. Le modèle fournit une estimation lissée de ces effets dépendant du temps sans qu'il soit nécessaire de spécifier une forme paramétrique particulière. Cette forme est estimée à partir des données à l'aide de fonctions spline cubiques pénalisées. Nous développons des modèles de régression de Poisson dont les coefficients sont estimés soit en maximisant une quasi-vraisemblance par une procédure itérative de moindres carrés repondérés, soit par une approche bayésienne utilisant une méthode de Monte Carlo par chaîne de Markov (MCMC). L'efficacité de ces approches pour estimer différents effets dépendant du temps est évaluée par simulations et les modèles sont appliqués aux données recueillies dans quatre villes pour l'enquête NMMAPS (Enquête Nationale Morbidité, Mortalité et Pollution Atmosphérique).     

The influence of man-made fires on large wild herbivores in Lake Burungi area in northern Tanzania

The effect of fire on the distribution of large wild herbivores during the late dry season was studied in northern Tanzania during October 1987. All species were attracted to burnt-over areas with 1–10 cm regrowth of grass. Recently burnt areas with no regrowth and areas not burnt during the dry season were avoided.
By the end of the dry season the study area was left as a fire mosaic, with different areas burnt at different times during the dry season. Thirty two percent was unburnt. The fires were mainly man-made but for purposes other than wildlife management. Such a fire mosaic has a positive effect on the larger herbivores by supplying protein-rich food during the dry season.

Résumé

On a étudié en octobre 1987, durant la deuxième saison sèche l'effet du feu sur la distribution de grands herbivores dans le nord de la Tanzanie.
Toutes les espèces sont attirées par les surfaces brûlées où les repousses sont de 1 à 10 cm. Les surfaces sans repousses et les zones non brúéees sont évitées. A la fin de la saison sèche, la zone étudiée ressemblait à une mosaïque due au feu, avec des endroits brûlés a des moments différents durant la saison sèche. Trente-deux pour-cents n'avaient pas brûlé. La plupart des feux avaient été allumes par l'homme, mais dans d'autres buts que la gestion de la faune. Une telle mosaïque a un effet positif sur les grands herbivores car elle fournit un complément de nourriture riche en protéines au cours de la saison sèche.     

Biomass dynamics of herbaceous vegetation in Zambezi riverine woodlands

Seasonal changes in biomass, productivity and large mammal utilization of annual grasslands on Zambezi alluvium in Mana Pools National Park, Zimbabwe, were recorded over four years and compared with perennial grasslands. Annual grasses grew only in the wet season, but forb productivity peaked at the start of the dry season. Large mammals and termites ate dead annual grasses in the dry season. Production was usually greater in perennial grasslands, than in annual ones, and perennial grasses often grew throughout the year. Large mammal utilization of grasslands varied between 53 and 99% of annual production.

Résumé

L'on rapporte les changements saisonniers de biomasse, productivité et utilisation par les grands mammifères des herbages annuels dans les plaines alluviales du Zambèze au Parc National de Mana Pools, Zimbabwe, pendant 4 ans et on les compare avec ceux des herbages pérennes. Les herbes annuelles ne croissent que pendant la saison des pluies mais la productivité du fourrage était au maximum en début de pérennes que dans les annuels et les herbes pérennes poussaient souvent tout au long de I'année. L'utilisation par les grands mammifères variait de 53 à 99% de la production annuelle.     

REGULAR ARTICLES

Dans ce papier, nous proposons un modèle hiérarchique bayésien prenant simultanément en compte les effets liés au support (i.e. la puce) pour détecter les gènes différentiellement exprimés. Nous montrons comment interpréter et utiliser les informations obtenues pour définir la liste des gènes nécessitant des investigations supplémentaires. Nous montrons empiriquement que la prise en compte des effets de support influençant les niveaux d'expression est nécessaire et nous explorons différentes fonctions non linéaires dans notre approche modèle-dépendante de normalisation des données. Notre modèle inclus des variances gène-spécifiques mais impose des contraintes relatives à la structure hiérarchique. La validité du modèle est discutée sur la base de contrôles prédictifs a posteriori. Modéliser les effets de support (la normalisation) simultanément avec les niveaux d'expression conduit à moins de résultats faussement positifs. Pour optimiser le choix de la liste de gènes d'intérêt, nous proposons de combiner plusieurs critères (par exemple la variation relative et l'expression totale) dans une variable indicatrice pour chaque gène. La distribution a posteriori de ces variables indicatrices est utilisée pour définir la liste de gènes d'intérêt, prenant ainsi en compte l'incertitude sur l'estimation des paramètres. Dans une application sur des données de souris invalidées, les annotations de Gene Ontology sur- et sous-représentées parmi les gènes de la liste choisie sont en accord avec les prévisions biologiques.     

Hunters, ritual, and freedom: dozo sacrifice as a technology of the self in the Benkadi movement of Côte d'Ivoire

L'article affirme que dans les années 1990, les chasseurs dozo de Côte-d'Ivoire ont utilisé le sacrifice pour se constituer en police officieuse au sein d'un groupement de sécurité qu'ils ont appelé Benkadi . Les chercheurs ont noté une évolution similaire par laquelle d'autres chasseurs d'Afrique de l'Ouest devenaient soldats, garde-chasse ou agents de développement, dans le contexte des changements politiques, économiques et écologiques. Bien que ces changements aient créé les conditions dans lesquelles les dozo s se sont chargés de fonctions de sûreté nationale, ces conditions ne suffisent pas à expliquer comment ils en sont venus à constituer une force de l'ordre. L'auteur explore le sacrifice des dozos comme une «technologie de soi>>, selon les termes de Foucault, pour avancer qu'ils ont librement endossé des rôles de sûreté impliquant des responsabilités éthiques proches de celles implicitement contenues dans leurs chasses et leurs pratiques occultes. Il invoque Frankl et Laidlaw pour expliquer les aspects émotionnels et pratiques de cet auto-façonnage. L'analyse culturelle des rituels des dozos éclaircit la manière dont ils ont agi pour donner forme aux effets de l'économie et de l'écologie politiques sur leurs pratiques.     

Etude Ultrastructurale de la Sporulation de Paramarteilia orchestiae gen. n., sp. n., Parasite de l'Amphipode Orchestia gammarellus (Pallas)

RESUME. L'individualisation de 2 spores bicellulaires à partir d'un měme pansporoblaste caractérise la sporulation du parasite de l'Amphipode Orchestia gammarellus (Pallas) précédemment décrit sous le nom de Marteilia sp. Cette sporulation le distingue des espèces du měme genre parasite d'Hutres qui sont toutes caractérisées par la production de spores tricellulaires. Les conditions semblables dans lesquelles les pansporoblastes paraissent se differencier à partir d'une cellule souche dans laquelle ils poursuivent leur évolution vers la sporogenèse ainsi que divers caractères cytologiques communs, nous incitent à maintenir tous ces parasites dans une měme famille mais à placer celui de l'Amphipode dans un genre différent. Nous proposons de le nommer Paramarteilia orchestiae gen. n., sp. n.
Ces parasites ne peuvent ětre maintenus dans les Protozoaires en raison de leur évolution vers la pluricellularité et de l'individualisation de ces éléments somatiques que représentent la cellule souche primaire, les pansporoblastes et cellules sporales (à l'exception des sporoplasmes). Il semble logique de les inclure dans l'embranchement des Myxozoaires créé par Grassé pour les Myxosporidies et Actinomyxidies qui différencient également des spores pluricellulaires et des éléments somatiques. Les centrioles à 9 singlets de P. orchestiae ainsi que les cellules primaires uninucléées, quel que soit le nombre de pansporoblastes qu'elles contiennent, peuvent ětre considérés comme des caractères résiduels d'Unicellulaires.     

Rethinking agency: persons and things in the heterotopia of 'traditional Indian craft'

Sur la base d'un travail d'ethnographie parmi les tisserands de tapis handloom d'Inde du Sud, l'auteur s'interroge sur la façon dont les personnes et les objets deviennent des agents et sur ce qu'implique ce processus. Le concept d'hétérotopie de Foucault est mis à contribution pour résoudre l'énigme de «l'artisanat indien traditionnel>>, sans toutefois s'y limiter : pourquoi et comment certaines personnes et certains objets marginalisés sont-ils amenés par d'autres, plus puissants, au centre d'un espace social encadré? Comment ce repositionnement accroît-il et restreint-il à la fois la capacité d'agir efficacement de ces personnes et de ces objets? L'article propose également une approche de la réflexion sur les objets agissants, tout en évitant l'écueil de l'intentionnalité.     

On vegetable love: gardening, plants, and people in the north of England

La comparaison du corps humain à une machine est une métaphore dominante dans la pensée occidentale depuis le Siècle des Lumières au moins. À partir de recherches menées dans le Nord de l'Angleterre auprès de jardiniers, l'auteure explore un autre ensemble d'associations. Elle examine les implications des pratiques et connaissances du jardinage en Angleterre qui mettent l'accent sur des parallèles réciproques entre le corps et l'intentionnalité des humains et ceux des plantes. Bien que les humains ne soient pas assimilés aux végétaux, les plantes sont intégrées dans une vision du monde qui n'est pas rigoureusement mécaniste. L'auteure examine les implications qu'aurait une approche «simplement>> métaphorique de ces liens entre plantes et personnes et avance qu'il faut, pour les décrire, un cadre théorique dont l'espace analytique irait au-delà de la métaphore.     

READER REACTION

Sensitivity Analysis: Distributional Assumptions and Confounding Assumptions
Dans la présentation de diverses méthodes pour évaluer la sensibilité des résultats de la régression à une variable de confusion non mesurée, Lin et al. (1998) utilisent une hypothèse d'indépendance conditionnelle pour en déduire des relations algébriques entre l'effet de la véritable exposition et l'effet de l'exposition apparente dans un modèle réduit qui ne contrôle pas la variable de confusion non mesurée. Néanmoins, Hernán et Robbins (1999) ont noté que si les covariables mesurées et la confusion non mesurée affectent ensemble l'exposition d'intérêt, alors la principale supposition d'indépendance conditionnelle qui est utilisée pour en déduire les relations algébriques ne peut pas se produire. Un résultat particulier de Lin et al. n'est pas reliéà la supposition d'indépendance conditionnelle mais seulement à des suppositions concernant l'additivité. Il peut être montré que cette dernière supposition est satisfaite pour une famille entière de distributions même si les covariables mesurées et la variable de confusion non mesurée affectent ensemble l'exposition d'intérêt. Ces considérations clarifient le contexte approprié dans lequel des techniques d'analyse de sensibilité pertinentes peuvent être appliquées.     

REGULAR ARTICLES

Line Transect Methods for Plant Surveys
En raison de la nécessité de bien quantifier la diminution de la biodiversité, on observe actuellement un regain d'intérêt pour les méthodes de suivi de l'abondance des plantes. Les suivis par transects constituent une méthode efficace de suivi pour de nombreuses espèces. Mais dans certaines circonstances, la méthode ne fonctionne pas bien, par exemple quand les sites d'étude sont petits, quand les plantes ont des distributions très agrégées, ou quand les plantes qui se trouvent sur la ligne ne sont pas facilement détectables. Pour résoudre ces problèmes, nous utilisons une stratégie basée sur des transects croisés combinés à des méthodes qui exploitent l'information additionnelle que fournissent de tels plans expérimentaux. Cette méthode est illustrée avec des données provenant d'une colonie de primevères coucou.     

Feeding and oviposition preferences of the Sweet Potato Weevil, Cylas formicarius elegantulus, on the outer periderm and exposed inner core of storage roots of selected Sweet Potato cultivars

Cores from sweet potato (Ipomoea batatas L.) storage roots, with either the outer periderm or inner core exposed, were presented to female sweet potato weevils, Cylas formicarius elegantulus (Summers) (Coleoptera: Curculionidae) in cage preference tests. Tests with weevils of different ages showed that feeding was constant 21 to 76 days after emergence, while oviposition showed a slight peak between 21 and 45 days. Differences in the levels of feeding and oviposition were noted for the periderms of four sweet potato cultivars, but these differences were not evident for the inner cores. Oviposition was reduced to low levels on the inner core and, therefore, the oviposition stimulant appears to reside in the root periderm. Feeding did occur on the inner cores, but at a reduced level compared to the root periderm in preference tests where both were available. Inner root cores have a potential use in the elucidation of the oviposition stimulant of the sweet potato weevil.

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Résumé Des coeurs de racines tubéreuses d'I. batatas ont été proposés, soit avec leur périderme externe, soit avec la partie interne du coeur seule, à des femelles du charançon, C. formicarius elegantulus Summers, dans des cages pour expériences sur le choix. Les coeurs étaient prélevés à l'emportepièce pour liège dans des racines stockées et, après tirage au hasard, les expériences ont été distribuées dans des plaques à 24 puits pour cultures de tissus.L'alimentation des charançons de différents âges était constante du 21ème au 47ème jour après l'émergence, tandis que la ponte était maximale entre les 25ème et 45ème jours. Des différences quantitives quant à l'alimentation et à la ponte ont été observées avec les péridermes de 4 cultivars: Centennial, Jewel, Resisto et Regal; ces différences n'étaient pas nettes pour les parties profondes du coeur.La ponte était réduite à un niveau bas avec la partie interne du coeur; il semble ainsi qu'un stimulant de la ponte soit contenu dans de périderme de la racine. L'alimentation s'est effectuée sur la partie centrale du coeur, mais moins que sur le périderme, quand les deux étaient disponibles dans des expériences de choix. La ponte paraît un meilleur critère que l'alimentation, pour comparer les résistance variétales. La partie intérieure du coeur peut être utilisée pour connaître le stimulant le stimulant de la ponte de C. formicarius elegantulus.