花生总DNA的快速提取与纯化研究

优化了花生总DNA的提取条件。用3.50ml细胞提取液,2.50ml饱和KCl溶液,0．25倍样液体积的酚／氯仿／异戊醇(21：28：1)溶液,0.30倍样液体积的氯仿／异戊醇溶液,0.60倍体积的异丙醇,可从1．0g花生芽中提得4．0mg纯DNA。用该法提取总DNA的产率高,时间短,DNA的纯度高。     

土壤微生物总DNA的提取和纯化

本文建立了从土壤中提取总DNA的方法,并通过改进使适合于对革兰氏阳性菌的提取。用9种性质不同的土壤进行验证,均提取到了DNA,每克干土的DNA提取量从3.30μg～13.41μg,通过透析袋回收进行纯化,纯化回收率达到65.34%,纯化后的土壤DNA可以直接扩增出16S rDNA。9种土壤的提取率从60.51%～93.45%,可以从每g干土添加362个菌体的土壤中扩增到目的条带。     

狭叶坡垒基因组总DNA的提取和纯化方法研究

以狭叶坡垒叶片为材料,对基因组总DNA的提取和纯化方法进行了研究,并对改良CTAB法、高盐低pH法和改良SDS法进行比较.结果表明,改良的CTAB法更适合狭叶坡垒基因组总DNA的提取,且硅胶干燥30 d的叶样和新鲜叶样所得的DNA几乎没有区别.再对改良CTAB法的水浴时间进行探索,发现150 min是较为合适的水浴时间.对比酚纯化法和试剂盒纯化法,发现试剂盒纯化损失的DNA少,得率高,是一种简便、快速、安全的纯化方法.     

苯噻草胺与玉米DNA和狗尾草DNA作用的研究

提出了苯噻草胺用于旱地除草的新除草机理,BTMPA嵌入旱地植物DNA双螺旋中,使DNA变性而抑制DNA复制,造成狗尾草等杂草细胞不能分裂,从而杀除杂草。用苯噻草胺旱地除草时,在植物体内的有效浓度为5.4×10-8mol/L-5.4×10-5mol/L,最宜施药期为芽期至三叶期,最宜施药温度为20℃-30℃。     

温和噬菌体ρ11的分离纯化及其DNA的提取

枯草芽孢杆菌(Bacollus subtilis)温和噬菌体已广泛用于转导、转染、分子生物学和基因克隆等研究,但是它的分离和纯化尚有一定的困难。原因在于:1.和烈性噬菌体不同,高     

松科植物基因组总DNA提取方法的比较

目的:研究对比了用不同方法提取红松、樟子松和红皮云杉等3种松科植物叶片基因组DNA的效果,以寻找适合提取松科植物叶片基因组DNA的方法。方法:分别比较了用传统的CTAB法、SDS法以及3种改良的CTAB法提取的上述3种松科植物叶片基因组DNA的电泳、纯度和酶切效果。结果:采用不同方法提取的3种松科植物叶片基因组DNA的质量差异较大。结论:常规CTAB法和SDS法无法提取出高质量松科植物基因组DNA,而改良后的CTAB法的提取效果较好。     

一种优化的植物总DNA提取方法

根据自己提取植物基因组DNA的实际经验,改进了Clark利用CTAB提取植物基因组DNA的方法。在试验过程中发现,通过在研磨材料时加入液氮、用剪去端部的吸头转移含有DNA的溶液,并且将加入RNase A消化RNA的步骤改在最后进行等一系列改进,可以获得高质量的DNA。本文同时就主要提取步骤进行了分析。     

浙贝母根际土壤总DNA提取和纯化方法的比较

本研究通过对6种土壤总DNA提取方法(CTAB-SDS-冻融法、玻璃珠-SDS-酚氯仿抽提法、玻璃珠-聚乙烯聚吡咯烷酮-SDS法、玻璃珠-聚乙烯聚吡咯烷酮-溶菌酶法、玻璃珠-聚乙烯聚吡咯烷酮-冻融法和UltraClean试剂盒法)和4种纯化方法(改进琼脂糖凝胶电泳法、2%聚乙烯吡咯烷酮-琼脂糖凝胶电泳法、PVPP层析柱法和低熔点琼脂糖电泳法)的比较,证明利用20 mmol/L EDTA(pH 7.5)预处理土壤后,利用CTAB-SDS-冻融法提取土壤总DNA并经改进琼脂糖凝胶电泳法纯化获得的浙贝母根际土壤总DNA的得率和纯度相对较高,达44.00 μg/g±2.65 μg/g土壤,可用于后续基于16S rDNA分析基础上的土壤微生物分子生态学的分析工作.     

镇江香醋固态发酵醋醅中微生物总DNA提取方法比较

【目的】为了更加全面地分析我国传统固态发酵过程中微生物群落的多样性和演替情况,本文以镇江香醋固态发酵为例,对比研究了11种不同的总DNA提取法对醋醅中总DNA提取的影响。【方法】使用紫外分光光度计法和荧光定量PCR(Realtime Quantitative PCR)测定了不同提取方法得到的醋醅样品总DNA的产量与纯度,采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)法对固态发酵中细菌和真菌的多样性进行了分析。【结果】醋醅总DNA得率最高可达93.2±1.5μg/g干醅,细菌总数最高达到1.73×1013 copies.(g干醅)-1,真菌总数最高达到6.49×1012 copies.(g干醅)-1。不同的提取方法对DGGE结果有明显的影响,6种基于SDS裂解的方法所获得的条带较多。【结论】结果表明,液氮研磨+溶菌酶+SDS高盐抽提法(方法3)为最优的醋醅总DNA提取方法。     

Evaluation of Five Methods for Total DNA Extraction from Western Corn Rootworm Beetles

Background

DNA extraction is a routine step in many insect molecular studies. A variety of methods have been used to isolate DNA molecules from insects, and many commercial kits are available. Extraction methods need to be evaluated for their efficiency, cost, and side effects such as DNA degradation during extraction.

Methodology/Principal Findings

From individual western corn rootworm beetles, Diabrotica virgifera virgifera, DNA extractions by the SDS method, CTAB method, DNAzol® reagent, Puregene® solutions and DNeasy® column were compared in terms of DNA quantity and quality, cost of materials, and time consumed. Although all five methods resulted in acceptable DNA concentrations and absorbance ratios, the SDS and CTAB methods resulted in higher DNA yield (ng DNA vs. mg tissue) at much lower cost and less degradation as revealed on agarose gels. The DNeasy® kit was most time-efficient but was the costliest among the methods tested. The effects of ethanol volume, temperature and incubation time on precipitation of DNA were also investigated. The DNA samples obtained by the five methods were tested in PCR for six microsatellites located in various positions of the beetle''s genome, and all samples showed successful amplifications.

Conclusion/Significance

These evaluations provide a guide for choosing methods of DNA extraction from western corn rootworm beetles based on expected DNA yield and quality, extraction time, cost, and waste control. The extraction conditions for this mid-size insect were optimized. The DNA extracted by the five methods was suitable for further molecular applications such as PCR and sequencing by synthesis.     

飞蝗总DNA的抽提及其RAPD分析条件的摸索

通过试验寻求得到一种快速、简便抽提飞蝗（Ｌocusta sp.)总DNA方法,使每头雄性和雌性成虫分别可以得以５０和１００μg的总ＤＮＡ。所得到的总ＤＮＡ ＯＤ２６０／ＯＤ２８０为１．５－２．２,分子量４５kb。为了获得高分子量的ＤＮＡ产品,使ＲＰＡＤ结果具重复性,酚氯仿抽提后的ＤＮＡ沉淀用灭菌Ｔip头挑出,而不用离心收集。对各种分析条件如摸板、Ｔaq酶、dNTP及引物的浓度、不同的ＰＣＲ仪、反应管进行了比较试验,发现在一定的范围内,它们对ＲＡＰＤ结果影响。用优化的试验条件对我国３个飞蝗亚种５个地理种群进行ＲＡＰＤ分析。结果在３个亚种ＵＰＧＭＡ聚类图中,东亚飞蝗和西藏飞蝗珠２个种群以１００％Ｂootstrap分别聚类在一起,亚洲飞蝗与东亚飞蝗的２个种群以６６％的Ｂootstrap聚类在一起,在３个亚种所有个体的ＵＰＧＭＡ聚类图中,亚种内的所有个体都聚类在一起,各自形成独立分支,说明３个飞蝗亚种有明显的区别。西藏飞蝗的２个种群之间,群居型与散居型东亚飞蝗之间在聚类图中混合聚类,说明它们之间存在基因交流。     

鹌鹑肠道微生物PCR-DGGE方法的优化

通过对鹌鹑肠道微生物总DNA不同提取方法的效率进行比较,探讨DNA质量以及PCR-DGGE反应条件对研究鹌鹑肠道微生物多样性的影响。本试验利用常规的饱和苯酚/氯仿法和3种试剂盒(QIAGEN试剂盒、上海生工试剂盒、天根试剂盒)方法提取鹌鹑肠道微生物总DNA,分别以细菌V3可变区引物和V6-V8可变区引物以及不同退火温度进行PCR-DGGE分析。QIAGEN试剂盒法提取的肠道微生物总DNA的A260/A280值在1.8-1.9之间,浓度约200 ng/μL,DGGE微生物多样性条带均匀度均高于其他3种提取方法。此外,利用不同引物扩增的DGGE图谱发现,以V6-V8可变区引物扩增的DGGE图谱条带均匀,分离充分,较V3可变区更能反映鹌鹑肠道微生物种群的多样性;同时,随PCR退火温度的升高,V6-V8可变区的微生物多样性指数下降,V3可变区的微生物多样性则无明显变化。     

工业化废水处理反应器污泥总DNA提取方法

根据工业化废水处理反应器污泥特性,对常规的溶菌酶-SDS-酚/氯仿环境样品总DNA提取方法进行改进,增强样品预处理,强化细胞裂解,提高杂质去除效率,获得了一种工业化污泥总DNA提取的通用方法,并采用该方法对石家庄若干实际运行的工业化厌氧、好氧反应器的污泥样品进行了总DNA提取研究.结果表明,该方法对所选污泥样品均有效,具有普适性.提取的污泥总DNA杂质含量少,纯度高,A260/A280在1.8左右;提取效率较高.总DNA产率都在0.7 mg/g以上,最大产率可达0.85 mg/g.所提取的污泥总DNA可以直接作为模板进行PCR反应,PCR产物直接进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),能够得到较好的DGGE谱图,表明该方法提取的污泥总DNA样品可满足后续分析研究的要求.     

大型纤毛虫总RNA的提取方法

以冠突伪尾柱虫为材料,建立了一种适合于富含RNase和多糖的大型纤毛虫总RNA的提取方法。该方法采用异硫氰酸弧和β-巯基乙醇联合快速变性,酚、氯仿和异戊醇抽提,同时在变性剂存在的条件下两次选择性地沉淀RNA,从而有效地去除了DNA、蛋白质和多糖。所得RNA样品经电泳、紫外分光光度法检测和RT-PCR分析,证实为完整、均一且无基因组污染的总RNA.这为构建冠突伪尾柱虫有小核系与无小核系之间的削减文库、筛选两细胞系差异表达的基因奠定了基础。     

金弹总DNA提取及RAPD体系优化

以金弹叶片为材料,研究其总DNA提取方法及RAPD-PCR条件。结果表明,用改良CTAB法Ⅱ提取的DNA适于RAPD分析;优化的金弹RAPD-PCR体系为:反应体积20μl,Mg²⁺2.5 mmol/L、dNTP 0.25 mmol/L、引物0.20μmol/L、模板DNA 1.0 ng/μl和1 U Taq DNA聚合酶。相应的扩增程序为:94℃预变性3 min;94℃变性45 s,37℃复性60 s,72℃延伸120 s,循环45次;72℃延伸10 min,4℃结束。     

狮子头热泉菌席样品环境总DNA提取方法的比较研究

通过对狮子头热泉7个环境菌席样品所提取的总DNA进行纯度检测、提取得率计算和DGGE分析,比较了3种直接和1种间接DNA提取方法。结果表明：综合利用多种裂解方式比单一裂解方式更能充分释放环境DNA;其中3种方法获得的DNA片段能够进行后续16S rDNA扩增;针对同一样品,不同方法提取的环境DNA,可获得不同DGGE群落指纹图谱;间接提取法提取的总DNA,能更好地反映狮子头热泉菌席的微生物多样性。     

皱边石杉内生真菌DNA提取有效方法比较

目的:优化确定适用于皱边石杉内生真菌DNA提取的有效方法,并评价其效果。方法:运用氯化苄改良法、CTAB改良法分别提取皱边石杉内生真菌菌丝体DNA。结果:氯化苄改良法可从17个内生真菌菌丝体中均获得了高质量的DNA,除5、13、14号生长缓慢的内生真菌其菌丝体DNA浓度≤60ng/μL,其余样品的DNA浓度均≥200ng/μL。而CTAB改良法仅适宜于平板培养菌落生长迅速、菌落疏松,发酵培养菌丝体产量高的1、2、3、9、10、12号菌株。结论:氯化苄改良法是适宜于皱边石杉内生真菌DNA提取的理想方法。