中国部分地区蝙蝠携带病毒的宏基因组学分析

蝙蝠携带有60多种病毒,其中许多对人有高度致病性.为了解中国蝙蝠携带病毒的自然本底、蝙蝠病毒的多样性和挖掘潜在的病毒病原,通过基于Solexa高通量测序的病毒宏基因组学技术对从吉林、云南、湖南采集的蝙蝠组织进行病毒组学研究,获得了11 644 232条读长(Reads),并拼接出44 872条重叠序列(Contig).通过核酸序列注释发现,其中8.2％(4 002/44 872)的重叠序列与病毒相关,能进一步注释到36个病毒科,包括19种脊椎动物病毒、6种植物病毒、4种昆虫病毒和4种噬菌体.通过对重叠序列的遗传进化分析、多序列比对显示,被注释为细小病毒、腺联病毒、博卡病毒、腺病毒、小双节RNA病毒等的重叠序列与已知病毒相似,部分序列却又呈现出明显的序列差异.通过对腺病毒和博卡病毒进一步的PCR扩增证实了此研究方法可靠.旨在了解我国蝙蝠携带病毒组的构成,对建立高效的野生动物源人兽共患病的监测方法提供参考.     

贵州省四种蝙蝠携带病毒组

翼手目(Chiroptera)动物已被确认是人畜共患病毒的重要自然宿主。贵州省翼手目物种多样性资源丰富,包括了2亚目7科19属65种,但在其携带病毒方面的研究仍然不全面。本文基于病毒宏基因组学和s RNA病毒检测,对贵州省广泛分布的大蹄蝠(Hipposideriderosarmiger)、三叶蹄蝠(Aselliscus wheeleri)、贵州菊头蝠(Rhinolophus rex)和皮氏菊头蝠(R. pearsoni)携带的病毒进行注释及鉴定。通过分析得到所携带病毒的种类;并比较了贵州省与云南省和广西省3个地区翼手目携带病毒在种类上的差异。结果显示,在4种蝙蝠中检测出脊椎动物病毒、昆虫病毒、植物病毒、细菌病毒4大类,共计53科111属170余种病毒,其中具有公共卫生学意义病毒9科10属46种,如:人疱疹病毒1型病毒(Human herpesvirus 1)、戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus)、人乳头瘤病毒16型(Human papillomavirustype16)等相关的病毒。贵州省与云南省和广西省3个地区的蝙蝠所携带病毒种类比较发现,只有腺病毒科(Adenovir...     

中国广西龙虎山野生猕猴粪便的病毒宏基因组学分析

非人灵长类携带的病毒种类繁多,其中部分对人具有致病性。为深入了解我国野生猕猴携带病毒的状况,本研究应用MiSeq高通量测序及生物信息学分析技术,对从广西采集的280份猕猴粪便标本进行了病毒宏基因组学的分析。高通量测序共获得了233 726 79条读长(Reads),其中4641条序列与病毒相关,进一步注释到27个病毒科(包含细小病毒科中的细小病毒亚科和浓核病毒亚科),包括其中5种脊椎动物病毒(占78.2%)、6种昆虫病毒(占5.5%)、11种植物病毒(占10.4%)、其他的病毒(占9.8%);遗传进化分析结果显示,被注释为萨佩罗病毒、肠道病毒、细小病毒、腺相关病毒等序列与已知病毒相似,部分序列呈现明显的差异;应用PCR扩增进一步证实了病毒序列的真实存在。本研究初步确定了广西地区猕猴粪便中病毒的病毒谱,为深入分析和研究其中有潜在公共卫生意义的病毒奠定了基础。     

共生病毒组的组成及其功能

共生病毒广泛参与机体各项生理和病理过程,近年来受到高度关注。共生病毒在自身免疫性疾病、变应性疾病、肿瘤发生、抗病毒免疫反应及炎症性疾病的发生、发展过程中发挥重要作用,其可通过调控免疫细胞的分化发育和功能行使,尤其是细胞因子的分泌进而参与其中。由于二代测序技术的发展,宏基因组学研究技术进展迅速,共生病毒与疾病进展的研究进一步加深了人们对共生病毒功能的理解。由于共生病毒在机体的分布、宿主遗传背景以及共生微生物的不同,共生病毒可能诱导机体产生多种有益或不利的免疫反应。本文简要阐述了共生病毒在机体的分布、组成和作用机制,及其在疾病诊断和治疗中的潜在意义,并对共生病毒未来在疾病诊疗中的潜在应用前景做一展望。     

人体肠道病毒群的宏基因组学研究进展

随着高通量测序技术的发展,与人体共生的微生物群成为当今研究的热点。肠道微生物群是人体最庞杂且重要的微生态系统,与人体健康密切相关。其中,肠道菌群与疾病的研究是热点,但是人们对肠道病毒群的关注较少。该文对人体肠道病毒宏基因组学的研究进行综述,介绍病毒宏基因组学的基本研究内容,以及研究面临的瓶颈问题,阐述利用宏病毒组学探索健康人体肠道病毒群组成的特征、肠道病毒群与某些人类疾病相关性的研究进展。     

基于宏组学方法认识微生物群落及其功能

进入后基因组学时代,测序技术飞速发展,测序成本明显下降,形成了涵盖宏基因组学、宏转录组学和宏蛋白质组学的宏组学技术,推动了对微生物群落的多样性、结构及潜在基因功能方面的深入研究。最近随着整合的宏组学技术的提出及应用,全面系统分析微生物群落动态变化及其代谢功能已成为可能,这将成为微生物生态学研究的新趋势。本文综述了宏组学在研究海洋湖泊、深海热泉、人体肠道、牛瘤胃生境、森林土壤与堆肥生境等环境中微生物群落的结构和功能方面的最新进展与成功应用案例。     

宏组学方法在污水处理系统中的应用进展

污水生物处理由微生物生理过程驱动,宏组学方法能够获得不同水平的分子信息,为认识污水处理系统中的微生物提供了新途径。本文对宏基因组学、宏转录组学、宏蛋白质组学与代谢组学等宏组学方法的发展进行综述,着重介绍各组学及整合宏组学在污水处理系统中的研究现状,并指出其应用前景。     

环境微生物学的组学技术应用和突破（英文稿）

由于研究环境变化和微生物群落的需要,近年来高通量组学技术得到了迅猛开发和应用.其中,基于测序和芯片技术的宏基因组学是一个关键的、最成熟的组学技术,为大多数的其它组学技术提供了支撑.相比较而言,宏转录组学、宏蛋白质组学和宏代谢组学也取得了少数的有限成功,但已经显示出可喜的潜力.所有的组学技术都有赖于生物信息学,使得后者成为组学技术应用的一个主要的技术瓶颈.这些新的组学技术对环境微生物学领域产生了革命性的影响,极大地丰富了我们对于环境微生物基因资源和功能活性的了解.     

肠道微生物功能宏基因组学与代谢组学关联分析方法研究进展

近年来基于高通量基因测序的微生物组学研究极大加深了人们对微生物与健康和疾病关系的认识。然而基因测序方法不能直接测定微生物的功能活性,难以鉴定微生物中的关键功能分子,单独使用无法回答肠道微生物何种成员通过何种方式影响宿主等关键科学问题。单一组学研究弊端尽显,多组学联用势在必行。肠道微生物代谢组学以微生物群落所有小分子代谢物为研究对象,可发现肠道微生物随宿主病理生理变化的关键代谢物,为微生物组-宿主互作机制研究提供线索,成为微生物组学研究的重要补充。肠道微生物功能基因组学与代谢组学关联分析在宿主生理、疾病病理、药物药理等方面取得众多进展,展现良好应用前景。然而目前肠道微生物功能基因组学与代谢组学关联分析存在方法滥用、相关性结论与生物学知识相悖等突出问题。为帮助正确应用肠道微生物功能宏基因组学与代谢组学关联分析,本文综述了各种多组学数据整合分析方法的原理、优缺点与适用范围,并给出了应用建议。     

非洲猪瘟病毒研究进展:组学视角

非洲猪瘟(African swine fever,ASF)是由非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)引起的一种致死率可高达100%的猪烈性传染病。ASF的传播方式复杂多样,目前无商品化疫苗可用,仅能依靠检疫结合扑杀进行防控,严重威胁全球养猪及相关行业的健康发展。阻碍ASF疫苗研发的主要因素是ASFV的基因型众多、结构复杂,以及对ASFV致病和免疫逃逸机制的认识不足。本文从基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等层面多角度综述ASFV的生物学特性及其致病和免疫逃逸机制,以期揭开ASF这个"杀手"的神秘面纱,为ASFV的致病机制研究和ASF的防控提供参考。     

内蒙古贺兰山冬春季岩羊种群现状及保护

为调查内蒙古贺兰山国家级自然保护区内岩羊（Pseudois nayaur alashanicus）的种群现状,通过样线法在2017、2018年冬季,2018、2019年春季进行了调查,利用R 4.0.3中的Distance 1.0.2对样线观测数据进行分析,估测保护区内岩羊的种群数量及密度,分析其种群结构。结果显示,调查共观测到岩羊6299只,其中,2018年冬季种群数量最高,约为2654（2230-3161）只（括号内为95%数量置信区间）,种群密度为3.921（3.293-4.668）只/km²。与2003年同季节的调查数据对比发现,保护区内岩羊的种群数量在15年间增长迅速,岩羊的种群密度累计增长了约53.17%,年平均增长3.54%。岩羊集群形式：混合群（88.03%,80.95%）为岩羊冬、春最主要的集群形式,且混合群的数量冬季多于春季,独羊出现的次数最低（1.99%,2.86%）,不同的集群类型在不同的季节的差异极显著（P<0.001）;岩羊平均群大小：春季为（13.439±12.085）只,冬季为（9.011±8.610）只,调查季节中集群大小多为1-10只,岩羊的不同季节的群大小差异极显著（P<0.001）。种群成体与幼体比在不同季节的变化范围为1.411-2.673,雌雄比在不同季节的变化范围为0.934-1.469,种群结构的季节性差异极显著（P<0.001）。集群类型、群大小及群组成的调查表明,不同季节间岩羊种群结构差异明显。     

内蒙古被子植物分布新资料

报道了内蒙古1个新分布记录属:粟草属(Milium L.);2个新分布记录种:翅柄车前(Plantago komaroviiPavl.)和粟草(Milium effusum L.)。     

内蒙古高原土壤中的暗色丝孢菌

从内蒙古高原及河套地区不同生境中,采集混合土样52份。分离获得51个暗色丝孢菌菌株,经鉴定分隶于18属27种。其中包括1个新种,贺兰山小镰孢Fusariella helanshanensis和1个中国新记录种,葫芦细基格孢Ulocladium cucurbitae。除新种具拉丁文特征集要和图示、对中国新记录种作简要描述和绘图外,25个国内已报道种附有分布和生境的引证。所有供研究标本(干制培养物)与活菌种,均保存于山东农业大学植物病理学标本室(HSAUP)。     

A new middle Miocene pliopithecid from Inner Mongolia, China

In addition to the new fragments of the Omo I skeleton, renewed fieldwork in the Kibish Formation along the lower reaches of the Omo River in southwestern Ethiopia has yielded new hominin finds from the Kibish Formation. The new finds include four heavily mineralized specimens: a partial left tibia and a fragment of a distal fibular diaphysis from Awoke's Hominid Site (AHS), a parietal fragment, and a portion of a juvenile occipital bone. The AHS tibia and fibula derive from Member I and are contemporaneous with Omo I and II. The other specimens derive from Chad's Hominid Site (CHS), and derive from either Member III or IV, which constrains their age between approximately 8.6 and approximately 104ka.     

内蒙古胡列也吐的鹤类及保护

胡列也吐位于内蒙古自治区呼伦贝尔盟陈巴尔虎旗境内 ,地理位置在东经 4 9°4 8′,北纬 1 1 8°2 7′ ,总面积为 4 0km2 。 1 998年笔者对本区的鹤类资源进行了为期一年的调查。本区共有 5种鹤栖息 ,本次共记录到 4种鹤计 78只。其中白头鹤 52只 ,丹顶鹤 1 1只 ,白枕鹤 4只 ,蓑羽鹤 1 1只。灰鹤在本区有分布 ,但本次调查未见。此外还记录到我国最大的白头鹤夏季集群。     

Photosynthetic Pathway Types in Rangeland Plant Species from Inner Mongolia,North China

Photosynthetic pathway types, based on ¹³C measurements, were determined for 125 species in 95 genera and 32 families growing in rangelands from Inner Mongolia. Of the total species, 4 species from 3 genera and 2 families had C₄ photosynthesis (2 species in Gramineae and 2 in Chenopodiaceae) and 118 species from 90 genera and 31 families had C₃ photosynthesis. The number of C₄ species differed significantly among four rangeland sites, 4 species in desert, 3 species in steppe, but no C₄ species were identified in meadow and dune. Six species [e.g. Agriophyllum arenarium Bieb., Bassia dasyphylla O. Kuntze, Saussurea japonica (Thunb.) DC.] earlier identified as C₄ species using the enzyme ratio method were found as C₃ species using the carbon isotope ratios (¹³C). Hence the enzyme ratio method for C₃ and C₄ identification may not always be reliable. The ¹³C values of 3 species of Crassulaceae, which had been considered as CAM species, differed remarkably [–25.79 for Sedum aizoon L., –24.42 for Osostachys fimbriatus (Turcz.) Berger, and –16.97 for O. malacophyllus (Pall.) Fisch], suggesting that the use of ¹³C method as a diagnosis for CAM photosynthetic pathway type may not always be reliable and supplementary measurements are needed.     

大兴安岭地区土壤中的暗色丝孢菌Ⅰ

A total of 50 isolates of soil dematiaceous hyphomycetes belonging to 39 species in 18 genera were found from the area of Dahingganling Mountain Range. Among them, Monodictys arxanensis is a new species. Chrysosporium fastidium, Exserohilum pedicellatum, Monodictys asperospora, Papulaspora brachiata, Scolecobasidium anelli, Scolecobasidium verruculosum and Ulocladium tuberculatum are new to China. The other 31 taxa which have been previously reported from China are also listed. Specimens (dried cultures) and living cultures of all fungi studied have been deposited in the Herbarium of Shandong Agricultural University: Plant Pathology (HSAUP).