与结瘤基因nodF的启动子相互重叠的启动子起始一个RNA分子的转录(英文)

在根瘤菌中 ,结瘤基因的表达受到转录水平上复杂的调控。通过体外转录、引物延伸等一系列实验在豌豆根瘤菌中发现一个与结瘤基因nodF的启动子相互重叠 ,但转录方向相反的启动子 ,该启动子特异起始一个新的RNA分子———px2 的转录。Northern印迹确定 px2 的长度为 0 .72kb ,并且证明 px2 的转录是依赖于根瘤菌的与E .coliσ70 同源的sigma因子。px2的转录启始位点在体内、体外均相同 ,它坐落在结瘤基因顺式元件的“nodbox”内。进一步发现 px2 的体外转录受到一个参与结瘤基因调控的蛋白———Px的抑制。有结果显示 ,px2 影响结瘤基因的表达     

可诱导结瘤基因nodA的体外转录

报道结瘤基因nodA的体外诱导转录 :当转录体系中有一定量的调控蛋白NodD和植物诱导分子柚皮素 (naringenin )存在时 ,在体外转录的产物中始终存在着与体内转录相一致的特异产物。体外诱导转录表明 ,可诱导结瘤基因nodA在体内转录时 ,可能同样存在NodD蛋白、柚皮素诱导剂分子和nodA启动子的某种方式的直接相互作用     

豌豆根瘤菌结瘤基因启动子内二级结构区与转录活性有关

用羟胺随机改变豌豆根瘤菌(Rhizobium leguminosarum)结瘤基因 nodD上游的调控区间的核苷酸顺序,将它们插入广谱转录质粒pMP220的LacZ基因前,启动LacZ基因的表达、突变表明与结瘤基因的转录活力有关.DNA序列分析发现,这些突变都在距nodD基因起始密码子约80bp的二级结构区内.     

黄烷酮、NODD和nod-启动子分子间专一性作用的证明

采用亲和层折的方法纯化了NODD蛋白——根瘤菌中结瘤基因D(nodD)的产物。用这纯化的NODD研究黄烷酮(Naringenin,以下简称NAR)、NODD和nod－启动子间的相互作用。当NAR浓度低于0．4mmol／L时,实验没显示NARR对NODD和nod启动子之间专一性结合的影响,然而当浓度达到4．0mmol／L时,NAR能明显解离NODD和nod－启动子间的结合,这表明NAR、NODD和nod－启动子之间的相互作用是存在的。     

两种真核启动子体内外转录活性比较研究

启动子作为基因工程表达载体的核心组成部分,在很大程度上决定了目的基因的转录活性。为筛选出一个转录活性较高的真核启动子,以目的蛋白与增强型绿色荧光蛋白融合表达的形式,在体内外检测CMV和CAG两种真核启动子的转录活性。首先,通过常规分子生物学技术将神经钙黏着蛋白(N-cad)克隆到p CAG-MCS-EGFP质粒中(携带CAG启动子),菌落PCR、双酶切及测序验证;与p EGFP-N-cad质粒(携带CMV启动子)一起通过磷酸钙法分别转染HEK293T细胞,比较两种质粒在体外细胞水平转染目的基因效率;随后,通过已建立的鸡胚脊髓活体电转方法比较两种质粒在活体鸡胚脊髓内转录目的基因效率,冷冻切片后进行荧光强度观察;而体内外实验均应用常规Western blot和RT-PCR技术验证目的基因N-cad在蛋白及基因水平上的表达。荧光显微镜观察结果表明,CMV启动子仅能在体外细胞水平上行使其转录活性,而CAG启动子可在体内体外高效行使其转录活性,进一步的Western blot和RT-PCR结果与荧光观察结果一致。该研究结果可为体内研究目的基因功能时的载体构建提供借鉴。     

慢生根瘤菌属结瘤基因的进化及遗传分析

根瘤菌中存在一系列控制固氮结瘤因子(lipo-chito-oligosaccharides)合成的结瘤基因(nodulation genes)。其中, nodA基因是合成结瘤因子所必需的, 该基因负责酰基转移酶的合成, 能将不饱和脂肪酸转移到结瘤因子寡聚糖骨架上; 基因nodZ, nolL和noeI为宿主专一性结瘤基因, 分别转录合成岩藻糖基转移酶, 岩藻糖乙酰化酶和岩藻糖甲基化酶。通过GenBank调取慢生根瘤菌属及其他根瘤菌属的结瘤基因nodA, nodZ, nolL和noeI, 构建系统发育树, 进行进化和遗传分析。结果表明, 慢生根瘤菌属各个菌株的nodA, nodZ, nolL和noeI具有很高的相关性, 但是与根据保守基因16S rDNA和dnaK分类情况不完全相符。这表明慢生根瘤菌属的结瘤基因主要是通过直系遗传的, 同时可能为适应宿主及环境条件, 结瘤基因有少量的平行转移。结果表明, 慢生根瘤菌属各个菌株的nodA, nodZ, nolL和noeI具有很高的同源性, 同时发现基于保守基因16S rDNA和dnaK对慢生根瘤菌的分类情况与慢生根瘤菌属各菌株在nodA, nodZ, nolL和noeI具有较高同源性的事实不完全相符。这表明慢生根瘤菌属的结瘤基因主要是通过直系遗传的, 同时可能为适应宿主及环境条件, 结瘤基因有少量的平行转移。     

广东两种决明属（Cassia）植物根瘤菌的生物学特性

调查了广东地区１０种Ｃａｓｓｉａ植物结瘤状况,仅山扁豆（Ｃ．ｍｉｍｏｓｏｉｄｅｓ）和圆叶决明（Ｃ．ｒｏｔｕｎｄｉｆｏｌｉａ）结瘤,从山扁豆和圆叶决明各分离到１株根瘤菌并鉴定为慢生型．在所试的１０种Ｃａｓｓｉａ植物中,２株Ｃａｓｓｉａ植物根瘤菌除了与山扁豆和圆叶决明结瘤外,均不与其余８种Ｃａｓｓｉａ植物结瘤;同样,３株蝶形花科植物根瘤菌和３株含羞草科植物根瘤菌除了与山扁豆和圆叶决明结瘤外,也均不与其余８种Ｃａｓｓｉａ植物结瘤．此外,２株Ｃａｓｓｉａ植物根瘤菌均能与所试５种蝶形花科和４种含羞草科植物结瘤．２株Ｃａｓｓｉａ植物根瘤菌在碳源利用、耐盐性、耐酸碱度及５种酶的活性等特性方面,与３株蝶形花科植物根瘤菌和３株含羞草科植物根瘤菌极为相似．     

根瘤菌转录因子RluD基因突变抑制大豆共生结瘤

[目的]研究根瘤菌自身转录因子RluD在大豆共生结瘤中的作用,[方法]利用三亲杂交对根瘤菌RluD突变体进行构建,并利用PCR和qRT-PCR对突变体进行验证。利用大豆结瘤实验,测定RluD突变对根瘤菌结瘤能力的影响。最后,利用转录组对RluD突变所影响的信号通路进行了研究。[结果]根瘤菌转录因子RluD突变能够抑制根瘤的产生,显著降低大豆植株根瘤数和根瘤干重,根瘤数由每株17.0下降到12.0,根瘤干重由每株24.0 mg下降到18.0 mg。表达量分析表明,在大豆共生结瘤过程中RluD所调控的基因能够参与到大豆的免疫信号途径。转录组结果表明,转录因子RluD主要参与根瘤菌ABC转运,鞭毛组装,胞外多糖生物合成,细菌分泌系统,碳代谢等通路。[结论]根瘤菌转录因子RluD能够正调控大豆共生结瘤,其突变情况下能够降低29.4%的根瘤数和25.0%的根瘤干重。     

在结瘤基因nodA启动子内发现了两个不同功能的结构区域

在豌豆根瘤菌（ＲｈｉｚｏｂｉｕｍＬｅｇｕｍｉｎｏｓａｒｕｍ）结瘤基因ｎｏｄＡ的启动子内发现了具有两个不同功能的结构区域,其一我们称为Ｒｉｐ,在ｎｏｄＡ诱导表达中起着关键作用,可能识别经诱导剂作用而发生构象变化的调控蛋白ＮｏｄＤ,另一为ＲＩＰ缺失后留下的,我们称为ＲＰ区,只要ＲＰ存在,不需要诱导剂,ＮｏｄＤ蛋白即能导致结瘤基因ｎｏｄＡ的表达。因此该区可能识别原始构象的调控蛋白ＮｏｄＤ。     

水稻 ADP-葡萄糖焦磷酸化酶小亚基 I 基因的启动子分析

水稻（Oryce sativa L．）基因组中的ADP-葡萄糖焦磷酸化酶小亚基（ADP-Glucose pyrophosphorylase small subunit,OsAgpS）由两个基因编码,即OsAgpSl和OsAgpS2。其中OsAgpSl基因产生两个转录本OsAgpSla和OsAgpSlb,区别在第一个外显子的位置不同。通过RT—PCR方法分析了两个转录本在水稻组织和胚乳不同发育时期的表达特性;同时通过报告基因GUS检测了两个转录本上游转录调节区DNA片段的转录启动特性。结果表明,两个启动子与其下游转录本的表达模式完全一致,即OsAgpSla转录本和OsAgpSla上游启动子控制的GUS基因主要在胚乳中高水平表达,在叶片中有很低水平的表达;而OsAgpSlb转录本和OsAgpSlb上游启动子控制的GUS基因主要在叶片和胚乳发育早期低水平表达。这说明OsAgpSl基因产生的两个转录本是由不同的启动子控制转录的,OsAgpSla上游启动子可以作为胚乳表达用启动子。     

rmf基因启动子识别因子选择性研究

分别用σ^(70)或σ^(38)因子和核心酶(Core enzyme)重建RNA聚合酶全酶(Holoenzyme)对含有rmf基因启动子的DNA模板进行体外转录。不同的限制性内切酶酶切片段模板证实了rmf基因转录起始位点,尽管rmf基因在大肠杆菌进入稳定期大量表达,但是其启动子对稳定期起重要作用的σ^(38)因子的识别能力很低,而只能被σ^(70)所识别。rmf基因启动子体外转录的最适温度为37℃,最适NaCl浓度为50mmol/L。     

苜蓿中华根瘤菌042B共同结瘤基因nodABC的克隆与序列分析

根瘤菌的ｎｏｄＡＢＣ和ｎｏｄＤ在结构和功能上保守,在不同的菌种之间能够互换［１］,是目前所有供试的豆科植物结瘤所必不可少的,称为共同结瘤基因。另一类是寄生专一性结瘤基因,如苜蓿中华根瘤菌（Ｓｉｎｏｒｈｉｚｏｂｉｕｍｍｅｌｉｌｏｔｉ）的ｎｏｄＰＱ等［２...     

人PRR11启动子的结构与功能初步分析

PRR11（proline-rich protein 11,PRR11）是我们最近发现的一个新的肿 瘤相关基因.初步研究表明, PRR11参与细胞增殖、细胞周期和细胞癌变等多种生 物学过程．为了进一步研究PRR11基因的转录调控机制并全面解析其功能,本研究 对PRR11基因的启动子进行了克隆鉴定和初步分析．首先,应用5' RACE（rapid amplification of cDNA ends,cDNA末端快速扩增）技术鉴定了PRR 11基因的转 录起始位点,发现了其具有多个转录起始位点．通过PCR定向克隆和DNA blunting 技术,构建了6个相互重叠并覆盖PRR 11基因转录起始位点附近约2.0 kb区域的 PRR 11基因启动子荧光素酶报告基因重组体．启动子活性分析表明,PRR 11基因 启动子主要定位于转录起始位点附近-563 bp～+341 bp的区域内．采用转录因子 结合位点预测分析软件分析表明,PRR 11基因启动子缺乏典型的TATA盒,但含有 典型的GC盒、CCAAT盒以及潜在的经典转录因子E2F1和MYB的结合位点,提示Sp1、 NF-Y、E2F1和MYB等经典转录因子可能参与PRR 11基因的转录调控．     

组蛋白与hAMFR基因启动子的结合对体外转录活性的影响

采用从鸡血红细胞中分离纯化的组蛋白,从ＨｅＬａ细胞核中萃取的含有ＲＮＡ聚合酶Ⅱ和多种Ⅱ类基因转录因子的可溶性抽提物,以及从非洲爪蟾卵细胞核中撮以的萃取物热处理物上清用于核小体构建,以含有人自泌移动因子受体基因启动子序列的ＤＮＡ片段为模板进行体外转录实验,结果表明,组蛋白和转录因子在ｈＡＭＦＲ基因启动子序列上的竞争性结合对转录活性具有重要的影响作用,在启动子区域预先构建的核小体能够抑制转录活性;     

在结瘤基因nodA启动子内发现了两个不同功能的结构区域

豌豆根瘤菌(Rhizobium Leguminosarum)结瘤基因nod A的启动子内发现了具有两个不同功能的结构区域：其一我们称为Rip在nodA诱导表达中起着关键作用,可能识别经诱导剂作用而发生构象变化的调控蛋自NodD;另一为Rip缺失后留下的,我们称为Rp区。只要Rp存在,不需要诱导荆,NodD蛋白即能导致结瘤基因nodA的表达。因此该区可能识别原始构象的调控蛋白NodD。     

普通结瘤基因探针鉴定根瘤菌的研究

普通结瘤基因（ｎｏｄＡＢＣ）是所有根瘤菌所特有的、最为保守的基因,用苜蓿根瘤菌结瘤基因（ｎｏｄＡＢＣ）和豌豆根瘤菌的（ｎｏｄＣ）基因片段为探钉,与５２株包括常见土壤细菌、已知根瘤菌、根瘤未知分离物的总ＤＮＡ进行斑点杂交,探索用普通结瘤基因（ｎｏｄＡＢＣ）或（ｎｏｄＣ）探针鉴定根瘤菌的可能性。结果,未找到合适实验条件,使来自这两个种的结瘤基因只能与根瘤菌菌株杂交,而不与土壤细菌的菌株杂交。但在高温条件下,两种探针都专一性的和种内菌株杂交。此结果表明：在一定的实验条件下,普通结瘤基因探针用做根瘤菌的鉴定,只能     

紫云英根瘤菌基因文库的构建及含完整结瘤基因的重组质粒pRaZ15的分离

以紫云英根瘤菌菌株7653R为材料,制备总DNA,经EcoRⅠ限制酶部分酶解,通过10—50％蔗糖梯度离心,分离到20一30 kb的DNA片段。利用能在革兰氏阴性菌中转移和复制的广谱寄主载体——pLAFRl质粒,构建了紫云英根瘤菌基因文库。通过与苜蓿根瘤菌102l菌株中8．7kb的共同结瘤基因(作探针DNA)杂交,从基因文库中分离到紫云英根瘤菌共同结瘤基因片段。以紫云英根瘤菌不结瘤突变株7653R+1(7653R消除共生质粒)为受体、构建的7653R基因文库(E．Coli C600)为供体,通过协助转移质粒pRK2013(LE392)进行三亲交配,在含四环素的根瘤菌台成培养基(sM)上选择接合转移子。将得到的所有接台转移子混合在一起接种植物,通过植物结瘤试验,分离到含紫云英根瘤菌结瘤基因的重组质粒pRaz15。将该质粒用EcoRⅠ完全酶切,得到25kb左右的外源DNA片段,该片段携带完整的结瘤基因簇。     

基因启动子甲基化对转录因子结合的抑制作用分析方法

基因启动子甲基化对转录因子结合的抑制作用是一种有效的基因转录调控机制.尽管基因启动子甲基化水平已经可以通过实验测量,但仍未有有效的方法利用这些数据定量分析甲基化对转录因子结合的影响.设计一个通用模型来描述基因启动子甲基化对转录因子结合的抑制作用.在特定细胞环境下,通过基因表达与转录因子在基因启动子上结合值之间的相关性分析,实现模型参数求取,并基于该模型进行甲基化对转录因子结合的抑制作用分析.神经细胞生物实验数据测试证明了该方法的有效性.     

σ~(38)识别的启动子-35区核酸序列特征研究

依据部分资料假定大肠杆菌ＲＮＡ聚合酶的σ３８亚单位在特异启动子的－３５区识别的保守序列是－ＴＣＴＣＣＣ－,合成用其它碱基分别取代这一区域每一个碱基的引物,以ｏｓｍＹ基因片段为模板,通过ＰＣＲ扩增成－３５区含不同碱基序列的转录模板,用体外重组的由σ３８和核心酶（Ｅ）组成的全酶（Ｅσ３８）对这些启动子进行体外转录．结果显示含－ＴＣＴＣＣＣ－序列的启动子的转录水平既低于原始的ｏｓｍＹ启动子,又低于经ＰＣＲ扩增的其它序列．综合研究结果推测,这一区域的保守序列是－ＴＣＴＣＴＣ－．     

根瘤菌结瘤基因及结瘤竞争研究的新进展

根瘤菌作为一个重要的土壤微生物类群,日益受到人类的重视。近廿年来,对根瘤菌本身及根瘤菌-豆科植物共生体系的研究发展很快。本文仅就根瘤菌结瘤基因及结瘤竞争研究的新进展作一简略介绍。根瘤菌中最重要的两个基因是固氮基因(n(?))和结瘤基因(nod)。过去若干年里对nif基因做了大量的研究,取得了重要的成果。对它们的研究目前仍在继续深入。比起nif基因,对结瘤(nod)基因的研究处于起始阶段,但进展很快。这可以从几个方面反映出来。