Histopathology of aflatoxicosis in the marine shrimp Penaeus stylirostris and P. vannamei

The acute and subacute toxicity of aflatoxin B₁ to the marine shrimp Penaeus stylirostris and P. vannamei (Order: Decapoda, Class: Crustacea) was investigated. Experimental shrimp were exposed to a range of concentrations of the toxin directly by intramascular injection (from 2 to 160 μg aflatoxin B₁/g body weight), or by multiple per os dosing with the feed (from 53 to 300 μg aflatoxin B₁/g feed) for up to 25 days. The histopathogenesis of aflatoxicosis in the aflatoxin-exposed animals was followed and found to be time and dose dependent in the hepatopancreas, mandibular organ, and in the hematopoietic organs. Less significant and/or inconsistent lesions were also observed in other organs and tissues, but a time-dose dependency was not noted. The principal lesions of aflatoxicosis in penaeid shrimp occur in the hepatopancreas and the mandibular organ. In the former organ, subacute and acute aflatoxicosis is expressed as necrosis of the hepatopancreatic tubule epithelium that proceeds from the proximal (older) portion of the tubules, in the center of the organ, to the peripheral (younger) tubule tips. A marked intertubular hemocytic inflammation followed by encapsulation and fibrosis of affected tubules follows in subacute aflatoxicosis, but is not as developed as in acute aflatoxicosis. The mandibular organ in aflatoxicosis displays a necrosis of the peripheral epithelial cells of the cords within the gland that progresses proximally to the central vein. Only a slight hemocytic inflammation accompanies the degenerative changes in this latter organ.     

池养南美蓝对虾与南美白对虾肌肉营养品质的比较

对南美蓝对虾和南美白对虾的肌肉营养成分与营养品质进行了分析比较。结果表明:南美蓝对虾的粗蛋白含量显著高于南美白对虾(P>0.05),南美白对虾的水分、粗脂肪和粗灰分含量均显著高于南美蓝对虾(P>0.05)。两种对虾的氨基酸组成基本一致,均含有18种氨基酸,四种鲜味氨基酸总量分别为31.30%、30.73%(干样百分比),必需氨基酸指数(EAAI)分别为69.88、62.42,其构成比例符合FAO/WHO的标准。脂肪酸中EPA与DHA含量均较高,分别为20.91%、18.60%,矿物元素含量丰富。上述分析表明,南美蓝对虾和南美白对虾肌肉均为优质的动物蛋白食品,从营养学的角度,南美蓝对虾的蛋白质营养价值要高于南美白对虾,南美白对虾的脂肪酸营养价值高于南美蓝对虾。     

木薯Actin基因片段的克隆及序列分析

克隆木薯Actin基因片段,为研究其他基因在木薯中的表达和调控提供内参基因.通过比较拟南芥、蓖麻和麻风树Actin基因cDNA同源区域,根据基因的保守序列设计一对简并性引物,采用RT-PCR的方法扩增Actin基因片段,使用分子生物学软件进行分析.结果显示,获得一段大小为698 bp的基因片段,编码233个氨基酸;该基因序列与其他Actin基因核苷酸序列的同源性均在85%以上,氨基酸序列的同源性达94%以上;系统进化分析表明,木薯Actin基因与大戟科植物橡胶、麻风树及蓖麻的亲缘关系最近,与毛果杨、陆地棉及木瓜等植物Actin基因具有较高的保守性.克隆的基因片段为木薯Actin基因片段,并命名为msACT.     

基于线粒体16S rRNA基因探讨鹿科动物系统发生关系

鹿类动物的系统演化关系一直存在争议,特别是獐亚科的设立与否.通过测定獐的线粒体16S rRNA基因,并从GenBank获得鹿类另外14种动物的线粒体16S rRNA基因全序列,以水牛和绵羊作双外群,构建系统进化树,探讨鹿类动物系统发生关系及獐亚科的有效性.结果分析表明:(1)支持鹿科分为鹿亚科、麂亚科、獐亚科和美洲鹿亚科,麝科成立;(2)獐亚科有效,支持獐与原属美洲鹿亚科狍共同组成獐亚科;(3)毛冠鹿的分类地位还有待进一步确定.     

果胶酶pelB基因片段克隆及序列分析

根据GenBank上登录的果胶酶基因保守序列设计引物,从本实验室已筛选的一株具有降解果胶质功能的枯草芽孢杆菌S-1中克隆到了pelB基因片段,pelB与pMD20-T载体连接后转化到大肠杆菌JM109中,测序并构建进化树分析.结果表明,其序列与来源于Bacillus sp.果胶裂解酶pel-15和pelA的同源性分别为40.98%和39.20%;与Bacillus Pumilus的pelB一致性为40.32%.推断此pelB为类似果胶酶基因片段.     

球形棕囊藻(Phaeocystis globosa)叶绿体psaA基因片段的序列分析

根据GenBank中检索到的南极棕囊藻(Phaeocystis globosa)psaA基因序列设计psaAL和psaAR引物,对球形棕囊藻(Phaeocystis globosa),的psaA基因片段进行PCR扩增并测序,获得了629bp的DNA序列。应用clustal X对球形棕囊藻P1、P2株系和南极棕囊藻的psaA基因片段序列进行比对,结果表明,球形棕囊藻psaA基因片段序列无插入／缺失,核苷酸差异率为3.34％。应用DNAstar分析软件推断球形棕囊藻和南极棕囊藻的psaA基因对应的氨基酸序列和RNA二级结构,发现它们的氨基酸序列差异不大,序列中209个氨基酸只有1个发生了变化,其氨基酸变异率为0．48％;除部分结构域比较相似外,RNA二级结构上体现一定程度的差异,这可能对棕囊藻的分子分类研究有参考价值。因所获得的psaA基因片段序列及氨基酸序列具有种的极端保守性,不适宜用作Phaeocystis属种间的分子分类研究。     

Characterisation of a serine proteinase from Penaeus vannamei haemocytes

Serine proteinases are involved, besides digestive role, in immune response processes. In addition to the typical serine proteinase domain, proteinases from arthropod haemocytes contain so-called clip domains which are believed to exert regulatory functions. Clones coding for clip domain-containing serine proteinases were isolated from both Penaeus vannamei and Penaeus monodon haemocyte cDNA libraries. These proteins have most of the structural characteristics of serine proteinase domain, but in the clip domain there are only four cysteines, whereas in most other clip domains there are six. Such structures are named pseudo-clip domains and apparently seem to be widely distributed in Penaeid shrimp. These proteinases were only expressed in haemocytes and not in muscles, hypodermis, heart, tail stalk, pleopods or hepatopancreas.     

一枚恐龙蛋内细胞色素b基因片段的序列分析

用一对根据人线粒体细胞色素ｂ基因保守区序列设计的引物,以一枚恐龙蛋内ＤＮＡ为模板,在ＰＣＲ上扩增出大约１７０ｂｐ的基因片段。序列测定后经ＩＮＴＥＲＮＥＴ联网的ＢＬＡＳＴ数据库类似性检索,结果表明,该序列与人类线粒体细胞色素ｂ基因的序列完全相同（９６－１００％相似）。因此,可以肯定实验材料本身有严重污染。     

厚藤Actin基因片段的克隆及序列分析

为研究功能基因在厚藤(Ipomoea pes-caprae L)中的表达和调控提供内参基因,本文根据Actin基因的保守区设计简并性引物,采用RT-PCR克隆厚藤的Actin基因片段,然后将获得的片段连接于克隆载体上进行测序,并运用分子生物学软件对该基因序列进行分析。结果表明,该基因片段大小为554bp,编码184个氨基酸;该序列与其他植物Actin基因的cDNA序列的同源性均在80%以上,与氨基酸序列的同源性在94%以上。由此得出,本研究克隆的基因序列为Actin基因片段,将其命名为IpActin1,并登录在GenBank,登录号为KU564627。     

白沙蒿肌动蛋白基因核心片段的克隆和序列分析

本研究以荒漠植物白沙蒿总RNA为模板,运用RT-PCR方法扩增出肌动蛋白基因核心序列.将获得的片段克隆到T载体后进行测序,序列分析表明:白沙蒿肌动蛋白基因核心片段长599 bp,编码198个氨基酸.将该序列在GenBank中注册,并与多种植物肌动蛋白序列进行同源性比较,发现该片段的核酸序列同源性在75%以上,氨基酸序列同源性在85%以上,具有高度保守性.     

Characterization of a rediscovered haplosporidian parasite from cultured Penaeus vannamei

Mortalities of Penaeus vannamei, cultured in ponds in Belize, Central America, began during the last part of the grow-out cycle during the cold weather months from September 2004 through February 2005. Tissue squashes of infected hepatopancreata and histological examination of infected shrimp revealed that the mortalities might have been caused by an endoparasite. To confirm the diagnosis, DNA was extracted from ethanol preserved hepatopancreata and the small-subunit rRNA gene was sequenced. The 1838 bp sequence was novel and phylogenetic analysis placed the P. vannamei parasite within the phylum Haplosporidia as a sister taxon to a clade that includes Bonamia and Minchinia species. In situ hybridization was performed using anti-sense DNA probes that were designed to hybridize specifically with the parasite's nucleic acid. This organism presents similar characteristics to those of a haplosporidian that infected cultured P. vannamei imported from Nicaragua into Cuba, as described by Dyková et al. (1988; Fish Dis 11:15-22).     

盐生植物碱蓬Actin基因片段的克隆及序列分析

目的:克隆盐生植物碱蓬(Suaeda glauca)Actin基因片段,为研究其它基因在碱蓬的表达和调控提供内参基因.方法:根据已知植物Acfin基因的保守序列设计一对简并性引物,采用RT-PCR的方法扩增Actin基因片段,使用分子生物学软件进行序列分析.结果:获得一段大小为598bp的基因片段,编码198个氨基酸;该序列与其它Actin基因核苷酸序列的同源性均在80%以上,与氨基酸序列的同源性达93%以上.结论:克隆的基因为Actin基因片段,将其命名为SgACT,并登录在GenBank,登录号为EU429457.     

拒盐型盐生植物小花碱茅肌动蛋白基因片段的克隆及序列分析

本研究根据其它植物Actin基因的保守序列设计一对简并性引物,以拒盐型盐生植物小花碱茅根部总RNA为模板,采用RT-PCR的方法扩增出Actin基因片段并克隆到PUCm-T载体,阳性克隆经PCR检测后进行测序,在GenBank中注册;序列分析结果表明:该片段长约600 bp,编码198个氨基酸;所得序列与GenBank中注册的其它植物Actin基因序列同源性均在84%以上,与其它肌动蛋白的氨基酸序列同源性达94%以上.     

日本沼虾三群体线粒体16S rRNA基因片段序列的差异与系统进化

通过对日本沼虾(Macrobrachium nipponense)3个群体线粒体DNA 16S rRNA基因片段进行扩增和测定,得到长度为495bp的片段,其碱基A、T、G和C的平均含量分别为28.6%、36.1%、22.7%和12.5%,AT含量明显高于GC含量。通过对日本沼虾16SrRNA基因片段遗传特征的研究发现其种内变异很小,在3个群体中只有5个位点发生转换。另外,利用其454bp的同源序列,以中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)为外群探讨了沼虾属日本沼虾、罗氏沼虾(M.rosenbergii)等8种沼虾的系统进化关系。用MEGA3.1软件中的NJ法构建的分子进化树,日本沼虾3个群体先聚在一起后与海南沼虾聚在一起;另外,罗氏沼虾与马氏沼虾、短腕沼虾与贪食沼虾亲缘关系较近先聚在一起,然后再与大臂沼虾和等齿沼虾聚在一起,最后才与外群中国明对虾聚在一起。     

金丝猴属的DNA序列变异及进化与保护遗传学研究

金丝猴的分类及系统发育存在许多争议。本文测定了２只川金丝猴、８只滇金丝猴、１只越南金丝猴和１只灰叶猴的２５３ｂｐ的线粒体细胞色素ｂ基因的序列。其中４７个位点（１９％）检出变异。我们采用简约法、最大似然法和距离法构建了一系列的分子系统树,得到相同的拓扑结构,从而可能在分子水平澄清了金丝猴属的系统发育。结果表明,云南金丝猴与越南金丝猴间的关系较与川金丝猴的为近。金丝猴属的分化大约发生在２～６百万年以前。这３种金丝猴均是独立的种,且都应归入金丝猴属。对８只来自野外的滇金丝猴（其中包括了昆明动物研究所圈养群体的所有６只创立者）的非损伤性遗传分析提示,编号为ＹＫ２的母猴是维持该圈养群体遗传多样性的关键猴。我们建立的这种非损伤性遗传分析方法广泛适用于珍稀濒危动物的遗传多样性及遗传管理研究。     

基于matR基因序列分析的山茶科系统关系

通过线粒体matR基因序列分析探讨了山茶科的分类学范围和系统演化关系。结果显示,传统山茶科的两个核心——山茶亚科（Theoideae或Camellioideae）和厚皮香亚科（Ternstroemioideae）不构成姐妹群关系,山茶亚科是一个支持率很高的单系类群,厚皮香亚科没有形成单系;山茶亚科下可区分出3个明显的分支,基部的分支由紫茎属（Stewartia）和舟柄茶属（Hartia）组成,木荷属（Schima）、美洲荷属（Franklirda）和美国大头茶属（Gordonia）构成第2个分支,该分支与由山茶属（Camellia）、核果茶属（Pyrenaria）、多瓣核果茶属（Parapyrenaria）、石笔木属（Tutcheria）、大头荣属（Polyspora）和圆籽荷属（Aptersperma）组成的第3个分支互为姐妹群。研究结果很好地支持了Prince和Parks等学者提出的的狭义山茶科（仅含山茶亚科）和狭义大头茶属的概念以及科下3个族（紫茎族Stewartieae、大头茶族Gordonieae和山茶族Theeae）的划分。但本研究更为清晰地揭示了科下3个族间的系统关系,即紫茎族是最基部的分支,山茶族与大头茶族间有更近的亲缘关系。同时,本文认为,厚皮香（亚）科是否为单系类群值得进一步研究。     

'黄金桃'PpAG基因克隆及其相似片段序列分析

以桃品种黄金桃为材料,通过同源克隆法获得了AGAMOUS基因的同源基因,命名为PpAG.序列分析表明:该基因全长为6 372 bp,含有8个外显子,大小为42~231 bp;7个内含子,大小为88~3 889 bp.Southern杂交结果表明,该基因在桃基因组中为单拷贝.此外,还获得了与PpAG基因5′端序列近似的一段序列,但该序列缺失了PpAG基因表达的关键序列.推测在桃基因组中PpAG基因只存在单拷贝,但可能存在着不能正常表达的基因或基因片段,从而影响雌蕊与雄蕊的形成和发育.     

Quantitative Comparisons of 16S rRNA Gene Sequence Libraries from Environmental Samples

To determine the significance of differences between clonal libraries of environmental rRNA gene sequences, differences between homologous coverage curves, C_X(D), and heterologous coverage curves, C_XY(D), were calculated by a Cramér-von Mises-type statistic and compared by a Monte Carlo test procedure. This method successfully distinguished rRNA gene sequence libraries from soil and bioreactors and correctly failed to find differences between libraries of the same composition.     

嗜盐古生菌AJ4中BR蛋白基因部分片段和16S rRNA基因序列研究

为了研究分析新疆阿尔金山国家自然保护区阿牙克库木湖嗜盐古生菌物种与细菌视紫红质(bacteriorhodopsin ,BR)蛋白资源 ,对分离纯化到的极端嗜盐古生菌AJ4 ,采用PCR方法扩增出其 16SrRNA基因 (16SrDNA)和编码螺旋C至螺旋G的BR蛋白基因片断 ,并测定了基因的核苷酸序列 .通过BR蛋白部分片段序列分析表明 ,BR蛋白中对于完成质子泵功能以及与视黄醛结合的关键性氨基酸残基均为保守序列 ,位于膜内侧的序列比位于膜外侧的序列更保守 ;基于BR蛋白基因和16SrDNA序列的同源性比较以及 16SrDNA序列的系统发育学研究表明 ,AJ4是Haloarcula属中新成员 .由此建立了一种快速筛选具有新BR蛋白的新嗜盐古生菌的方法 .