鸡Myf6基因遗传多态性及其遗传效应研究

采用测序和单链构象多态(SSCP)的方法分析了Myf6基因在5个优质肉鸡纯系和3个杂交配套系中的遗传分布、遗传变异及群体杂合性等群体遗传信息, 并分析了Myf6基因对胴体性状及肉质性状的遗传效应。结果发现该基因的CDS区域非常保守, 仅在外显子1的47位处发生点突变由G→A, 由于人工选育的原因, 该基因不同基因型的分布在2个优质肉鸡纯系中偏离了Hardy-Weinberg平衡, 并且杂合度较低, 遗传一致性较高, 但在3个杂交配套系中仍都服从Hardy-Weinberg平衡, 杂合度较高, 达到了配套杂交的目的。野生型A基因可显著地提高活重、屠体重、胸肌重和腿肌重(P <0.05), 同时也会降低肉的嫩度。具体地讲, A基因对增加活重、屠体重、胸肌重和腿肌重的加性效应值分别为45.54 g, 41.03 g, 6 g和9.775 g; 对增加肌纤维直径和肌纤维密度的加性效应值分别为1.025 mm和-29.99 mm2。     

Myf-6基因在不同猪种中的PCR-RFLP遗传多态性及其遗传效应分析

作为生肌调节因子家族的一个成员,Myf-6基因在肌形成的过程中发挥着重要的作用。实验采用PCR-RFLP技术分析了Myf-6基因在12个中外猪种及部分杂交群体中的分布情况,并分析了Myf-6基因对肌纤维、胴体品质、胴体等级性状和肉质性状的遗传效应。结果表明：Myf-6基因内含子1内的Ava I酶切位点多态性不丰富,多数中国地方猪种群体中A等位基因已经完全固定,B等位基因仅以较低的频率存在于外种猪或含外种猪血缘的杂交群体中。尽管没有检测到BB纯合个体,但AB杂合子的平均瘦肉率为50.344 %,极显著地高于AA纯合子的45.875 %(P<0.01)。AB杂合子的眼肌面积为27.097 cm2,极显著地大于AA纯合子的22.572 cm2(P<0.01)。AB杂合子的皮脂率（39.889 %）极显著地低于AA纯合子（44.503 %）(P<0.01)。上述结果说明本次试验群体中的B等位基因具有增加胴体瘦肉率和眼肌面积,降低胴体脂肪含量从而改善胴体品质的遗传效应。此外,Myf-6基因对肌纤维生长性状、FOM肉脂仪测定的胴体等级性状以及肉质性状等都没有显著影响(P>0.05)。     

猪CAST基因的遗传多态性及遗传效应分析

采用PCR—SSCP方法对猪cAST基因遗传多态性进行分析。并研究基因型与肉质性状和背膘厚的相关性。根据猪CAST基因的cDNA序列（M20160）设计7对引物。结果在F1／R1。F6／R6引物对扩增的片段上发现了多态性。并对纯合子进行测序。发现317位A—G突变。2042位G—C突变。基因型在不同猪种分布的多重比较结果表明。长白猪、大白猪和杜洛克猪与沂蒙黑猪和莱芜猪比较差异极显著（P〈0．01）。固定效应模型分析结果表明,嫩度及背膘厚基因型间差异显著（P〈0．05）,而pH值、温度及滴水损失基因型间差异不显著（P〉0．05）。最小二乘分析结果表明,不同猪种比较,屠宰12h和24h后肌肉温度、30min和1h后pH值及滴水损失差异显著（P〈0．05）;BBCC和BBDD单元型个体与其他单元型个体比较肌肉嫩度的差异显著（P〈0．01）。AACC和AADD单元型个体与其他单元型个体比较背膘厚的差异显著（P〈0．01）。因此,推测CAST基因对猪肉品质及背膘厚存在一定的影响。将CAST基因应用于猪育种过程中的标记辅助选择将可以改善猪肉品质。加快猪的育种进程。     

猪甲状腺激素应答Spot14基因编码区多态性与猪产脂能力的关联性

甲状腺激素应答Spot14(THRSP)是甲状腺激素诱导的核内蛋白质,对动物脂肪生成具有重要的调控作用.为了探明中国地方猪品种(脂肪型)和引入品种(瘦肉型)胴体脂肪沉积之差异的遗传机理,提取脂肪型猪(皖南花猪、绩溪黑猪、定远猪,n=228)和瘦肉型猪(长白猪、大白猪、杜洛克及其杂种猪,n=92)的耳组织DNA,检测THRSP基因编码区的单核苷酸多态性(SNP),分析其变异对mRNA折叠和蛋白质二级结构的影响以及在群体中的分布规律,研究其变异与猪产脂能力之间的关联性.结果发现,猪THRSP基因编码区的核苷酸序列与人和牛的同源性分别为86%和88%,存在2个SNPs位点(G123A和A308G)分别位于距CDS起点的123 bp和308 bp处,其中G123A为同义突变,而A308G导致THRSP蛋白质103位的赖氨酸变为精氨酸,引起了酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点由TKEE转变为TREE,并产生了2种类型的mRNA折叠和蛋白质二级结构,脂肪型猪群中123G和308A的频率分别为0.975 9和0.589 9,瘦肉型猪群的123G和308A频率分别为0.657 7和0.815 2,脂肪型猪123G308A和123G308G配子的总频率达到0.975 9,而瘦肉型猪的123A308A和123G308A配子的总频率为0.815 3.实验提示,THRSP基因编码区的G123A和A308G位点多态性与猪脂肪生成能力密切关联,对脂肪生成相关基因表达具有重要的调节作用.     

猪PEG1基因多态性及其遗传印记

PEG1基因影响动物胚胎生长及母性行为,多数动物PEG1为父方表达的遗传印记特征,但出生后猪的PEG1印记表达尚不清楚。因此,文章选取长白、大白和蓝塘3个品种共166头纯种猪,在猪的PEG1基因外显子12区域内寻找SNP,采用PCR-SSCP方法对其多态性进行检测和基因频率分析;取带有PEG1基因该位点SNP为杂合的仔猪3头,对其胃、胸腺、胰、脾、肺、肌肉、肝、舌、肾、脑、膀胱、心脏等组织器官和胎盘的mRNA产物分别进行RT-PCR-SSCP分析,结果表明:PEG1基因外显子12存在一个由G突变为A的单核苷酸多态性位点;PEG1的外显子12在3头仔猪的主要组织器官仅表达父亲来源的等位基因,表明猪的PEG1基因呈母方印记、父方表达的遗传特征。     

猪IGF-I基因的一个遗传多态性及其遗传效应分析

采用PCR-SSCP方法对长白猪（87头）、大白猪（79头）和马身猪（102头）的胰岛素样生长因子-I（IGF-I）基因exon3和exon4分别进行单核苷酸多态性分析。发现exon3上有多态性,且存在3种基因型（AA、AB、BB）。统计结果表明,3种基因型在各品种中的分布不一致,多重比较差异极显著（P<0.01）。固定效应模型分析结果表明,背膘厚基因型间差异显著（P<0.05）,而初生重、断奶重和6月龄重基因型间差异不显著（P>0.05）。最小二乘分析结果表明,BB基因型与其它2种基因型比较有较大的初生重,同AA和AB型比较差异极显著（P<0.01）,3种基因型在初生重的大小排列顺序为AA相似文献   

猪IGF2基因的遗传多态性及其遗传效应分析

采用PCR-SSCP方法检测胰岛素样生长因子2 (insulin-like growth factor 2, IGF2)基因外显子7, 8, 9的多态性, 并分析其对初生重、断奶重、6月龄重和6月龄背膘厚的遗传效应。根据猪IGF2基因的DNA序列(AY044828)设计3对引物, 结果在Ex8引物对扩增的片段上发现了多态性, 并对纯合子进行测序, 发现exon8的53位存在C→T转换, 且检测到3种基因型(AA、AB、BB)。统计结果表明, 3种基因型在各品种中的分布不一致, 长白猪与大白猪比较, 莱芜猪与大薄莲猪比较, 沂蒙黑猪和里岔黑猪比较差异不显著(P > 0.05); 其他猪种间基因型分布的差异均显著(P < 0.01)。固定效应模型分析结果表明, 初生重和6月龄背膘厚基因型间差异显著(P < 0.05), 而断奶重和6月龄重基因型间差异不显著(P > 0.05)。最小二乘分析结果表明, BB基因型个体同AA和AB基因型个体比较初生重的差异显著(P < 0.05), 3种基因型在初生重的大小排列顺序为AB > AA > BB; AA基因型个体同AB和BB基因型个体比较6月龄背膘厚的差异显著(P < 0.05), 3种基因型在6月龄背膘厚的大小排列顺序为BB > AB > AA。因此, 推测IGF2基因对个体的初生重和胴体瘦肉率存在一定的影响, 将IGF2基因应用于猪育种过程中的标记辅助选择可以加快猪的育种进程。     

五指山猪IGF2基因5′调控区单核苷酸多态性分析

利用PCR产物直接测序法, 对五指山猪、滇南小耳猪、香猪、梅山猪和大白猪共60个样本的IGF2基因5＇调控区部分片段的单核苷酸多态性进行了研究。找到13个SNP, 分别是: C5872T、C5888T、A5976G、C6010T、T6029A、C6037T、C6043T、C6063T、C6112T、C6164T、G13520A、G13563A和G13669A。T6029A为T←→A碱基颠换, A5976G、G13520A、G13563A和G13669A为A←→G转换, 其他均为C←→T转换。针对13个SNP位点得到23种组合基因型。统计各位点等位基因和基因型以及各组合基因型在总群体与各品种内的分布频率, 发现3个小型猪在A5976G、C6164T和G13669A位点上的优势等位基因均分别为G、T和A, 而梅山猪和大白猪的优势等位基因均分别为A、C和G; H19型为3个小型猪的特征组合基因型, 而另两个猪品种为H15型。同时对123头五指山猪IGF2基因C5888T位点进行了PCR-RFLP分析, 研究表明该位点C为优势等位基因(0.8536), CC为优势基因型(0.7235)。卡方检验表明该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态。这些结果可为五指山猪等小型猪的生长发育规律、矮小机制等方面的研究提供遗传学依据。     

猪IGF2基因外显子3的遗传多态性及遗传效应分析

采用PCR-SSCP方法检测猪胰岛素样生长因子2(insulin-like growth factor 2,IGF2)基因外显子3多态性,分析其对初生重、断奶重、6月龄重和背膘厚的遗传效应,根据猪IGF2基因的DNA序列(AY044828)设计引物,结果在其扩增片段上检测到多态性,对纯合子进行测序,发现1GF2-ex3-A36T和IGF2-ex3-G109A两个多态性位点,并且这2个多态性位点完全连锁,检测到3种基因型(A36A/G109G.A36T/G109A和T36T/A109A),统计结果表明,基因型在各品种中分布不一致,长白猪和大白猪与莱芜猪、大薄莲猪、沂蒙黑猪和里岔黑猪比较基因型分布差异极显著(P＜0.01);其它猪种间基因型分布差异均不显著(P＞0.05),固定效应模型分析结果表明,初生重和背膘厚基因型间差异显著(P＜0.05),而断奶重和6月龄重基因型间差异不显著(P＞0.05),最小二乘分析结果表明,A36A/G109G基因型个体同A36T/G109A和T36T/A109A基因型个体比较初生重和背膘厚的差异显著(P＜0.05),3种基因型初生重的大小排列顺序为A36A/G109G＜A36T/G109A＜T36T/A109A,背膘厚的大小排列顺序为A36A/G109G＞A36T/G109A＞T36T/A109A.因此,推测IGF2基因对个体的初生重和胴体瘦肉率存在一定的影响,将IGF2基因应用于猪育种过程中的标记辅助选择,将可以改善猪肉品质,加快猪的育种进程.     

猪CAPN1基因部分外显子及3'UTR区的SNPs检测

以野猪.民猪和大白猪为研究对象,根据网上公布的序列设计了7对引物,采用测序,PCR-SSCP和PCR-RFLP方法对CAPN1基因的部分外显子和3'UTR区进行了单核苷酸多态性检测和基因型分析,探讨CAPN1基因多态性与瘦肉率和嫩度的关系.研究发现11个SNPs,其中5个位于外显子,4个位于内含子,2个位于3'UTR区,外显子中的突变有一处是错义突变,导致了蛋白质多肽链第260位氨基酸发生了M/V的替代.群体遗传学分析表明,在所检测的各多态位点上,野猪、民猪、大白猪3个品种间不同基因型的分布都存在着极显著的差异(P<0.01),而野猪和民猪之间各基因型的分布差异不显著(P>0.05),民猪和大白猪之间各基因型的分布存在着极显著的差异(P<0.01).结合品种特性分析表明,P4、P6引物和3'UTR区Hinf1位点所检测的不同基因型和瘦肉率具有一定的相关性.     

Porcine Picornavirus 3C Protease Degrades PRDX6 to Impair PRDX6-mediated Antiviral Function

Virologica Sinica - Peroxiredoxin-6 (PRDX6) is an antioxidant enzyme with both the activities of peroxidase and phospholipase A2 (PLA2), which is involved in regulation of many cellular reactions....     

PRDX6 promotes lung tumor progression via its GPx and iPLA2 activities

PRDX6 is a bifunctional protein with both glutathione peroxidase (GPx) and calcium-independent phospholipase A2 (iPLA2) activities, which are concomitantly increased with the expression of PRDX6. PRDX6 promoted lung tumor growth in an in vivo allograft model. Herein, we further studied the vital roles in tumor progression of PRDX6 in lung cancer using nude mice bearing PRDX6-overexpressing lung cancer cells. Nude mice xenografted with PRDX6 showed increases in tumor size and weight compared to control mice. Histopathological and Western blotting examination demonstrated that expression of proliferating cell nuclear antigen, vascular endothelial growth factor, metalloproteinases 2 and 9, and cyclin-dependent kinases accompanied by increased iPLA2 and GPx activities were increased in the tumor tissues of PRDX6-overexpressing nude mice. In tumor tissues of PRDX6-overexpressing mice, the activation of mitogen-activated protein kinases and AP-1 DNA binding were also increased. The growth of lung cancer cell lines (A549 and NCI-H460) was enhanced by the increase in iPLA2 and GPx activities of PRDX6. In addition, mutant PRDX6 (C47S) attenuated PRDX6-mediated p38, ERK1/2, and AP-1 activities as well as its enzyme activities in the A549 and NCI-H460 lines. Furthermore, tumor growth and p38, ERK1/2, and AP-1 activities were also inhibited in nude mice bearing mutant PRDX6 (C47S) compared to PRDX6. Therefore, our findings indicate that PRDX6 promotes lung tumor growth via increased glutathione peroxidase and iPLA2 activities.     

PRDX6 promotes tumor development via the JAK2/STAT3 pathway in a urethane-induced lung tumor model

Peroxiredoxin 6 (PRDX6) is a bifunctional protein with both glutathione peroxidase (GPx) and iPLA2 activities. Even though several pathophysiological functions have been studied, the definitive role of PRDX6 in tumor growth is not clear. Here, we compared carcinogen-induced tumor growth in PRDX6-transgenic (Tg) mice and non-Tg mice to evaluate the roles of PRDX6 in lung tumor development. Urethane (1 g/kg)-induced tumor incidence in PRDX6-Tg mice was significantly higher compared to non-Tg mice. In the tumors of PRDX6-Tg mice, the activation of JAK2/STAT3 and STAT3 DNA binding were also increased, accompanied by increased GPx and iPLA2 activities. PRDX6 was colocalized with JAK2 in tumor tissues and lung cancer cells and also showed physical interaction with JAK2. We found that increasing levels of PRDX6 increase the activation of the JAK2/STAT3 pathway. Furthermore, PRDX6-Tg mice showed altered cytokine levels in the tumors, especially leading to increased CCL5 levels. We validated that the activation of JAK2 was also decreased in lung tumors of CCR5^−/− mice, and CCL5 increased the JAK2/STAT3 pathway in the lung cancer cells. Thus, our findings suggest that PRDX6 promotes lung tumor development via its mediated and CCL5-associated activation of the JAK2/STAT3 pathway.     

血清PRDX3在肝癌高风险人群中检测的临床价值

目的探讨过氧化物酶3（peroxiredoxin 3,PRDX3）在肝癌高风险人群（不同类型HBV感染）患者血清中的表达水平及临床意义。方法采用酶联免疫吸附法（ELISA）对慢性乙型肝炎、乙肝后肝硬化、乙肝相关肝癌患者及正常对照组的血清PRDX3进行检测,另所有受试者均进行AFP、肝功能以及肝纤维谱测定;同时分析肝癌患者上述检测指标及临床病例因素与血清PRDX3浓度的关系。结果不同类型乙型肝炎病毒感染者血清PRDX3含量均显著高于正常对照组（P〈0.01）。肝癌患者血清PRDX3含量显著高于其他组（P〈0.01）,ROC曲线分析显示,PRDX3和AFP的曲线下面积AUC分别为0.912和0.836;Spearman相关分析表明肝癌患者血清PRDX3与碱性磷酸酶（ALP）、甲胎蛋白（AFP）、透明质酸（HA）的相关性较高（r均大于0.60,P均〈0.01）。肝癌患者血清PRDX3浓度不受HBV-DNA载量、肿瘤直径、门静脉转移的影响,而与肝病患者的TNM分期密切相关（r=0.898,P〈0.01）。结论血清PRDX3的测定有助于乙肝相关性肝癌的诊断,并且对乙肝相关性肝癌的早期发生起到一定的预警作用。     

植物的单核苷酸多态性及其在作物遗传育种中的应用

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是基因组中最常见的遗传多态性,在遗传学研究的许多方面具有重要的作用.综述了单核苷酸多态性的发现、特点及其应用等方面对植物SNP的研究进展,并展望其在作物遗传育种中的应用前景.     

Polymorphism and genetic control of erythrocyte 6-phosphogluconate dehydrogenase in the genus Cervus

A study of 11 enzyme systems in blood samples of Cervus dama, C. elaphus, C. nippon and hybrids C. elaphus X nippon has revealed an erythrocyte 6-phosphogluconate dehydrogenase polymorphism in the hybrid populations. Genetic analysis suggests that this enzyme is controlled by one gene locus with two codominant alleles, one specific for pure Japanese sika deer, the other for pure red deer as well as for fallow deer, while both alleles have been found in the red X sika hybrids.     

A new mutation in the coding region of the bovine leptin gene associated with feed intake

An experimental cattle population was screened for polymorphisms in the leptin gene and five SNPs were found in the regions containing the coding sequences. The association of these polymorphisms with feed intake and fat-related traits was evaluated. The results suggest an association between a polymorphism in exon 2, described here for the first time, and feed intake. Individuals with genotype A/T at this position had 19% greater mean feed intake than individuals with genotype A/A. There was also evidence for a link between leptin haplotypes and some fat-related traits.     

猪MyoG基因3'端PCR-SSCP遗传多态性及其遗传效应

采用PCR—SSCP方法对长白猪、大白猪、杜洛克猪、山西黑猪和马身猪共636头猪的肌细胞生成素（Myogenin,简称MyoG）基因3’端的遗传多态性进行检测,分析MyoG基因对猪的初生体质量、断奶体质量、6月龄体质量和背膘厚的影响。根据已发表的猪MyoG基因3’端侧翼序列设计3对引物,发现F1／R1引物对扩增的片段有多态性。统计结果发现：长白、大白、杜洛克猪种B基因为优势基因,其基因频率分别为0．8807、0．7256和0．8581：山西黑猪种4基因为优势基因,其基因频率为0．9359;马身猪种只检测到4基因。χ^2独立性检验表明,基因型分布在外来猪种（长白猪、大白猪、杜洛克猪）与地方猪种（山西黑猪、马身猪）间存在极显著差异（P〈0．01）。固定效应模型分析结果表明,初生体质量基因型闻差异显著（P〈0．05）,而断奶体质量、6月龄体质量和背膘厚基因型闻差异不显著（P〉0．05）。最小二乘分析结果表明,BB基因型与其它2种基因型比较有较大的初生质量,同似和AB型比较差异极显著（P〈0．01）。因此,推测MyoG基因对个体的初生体质量存在一足的影响,选择带有B等位基因的个体有望提高个体的初生体质量。     

35S驱动Pib基因启动区和编码区的转基因初步分析

将包含Pib基因启动区及下游完整编码区的9.9 kb DNA片段克隆到双元载体pPZP2Ha3(+)中, 构建了35S驱动的正义表达载体pNAR701(20.3 kb); 同时将Pib基因编码区6 986~9 392 bp之间的DNA片段, 克隆到双元载体pPZP2Ha3(-)中, 构建了35S驱动的反义表达载体pNAR703(12.8 kb); 用农杆菌介导法转入中感稻瘟病水稻品种R109中。PCR、Southern blot鉴定以及转基因T0代种子的潮霉素抗性鉴定证明, 目的基因已经整合到R109基因组中, 并能在后代稳定遗传。Northern blot分析表明含有启动区及下游完整编码的Pib基因片段在35S驱动下能够在转基因后代中表达。对T1代苗期转基因植株和分蘖期离体叶片进行抗稻瘟病初步分析, 结果显示pNAR701转基因植株对稻瘟病生理小种ZD1和ZG1的抗性较对照增强, 而转反义片段的pNAR703转基因植株对稻瘟病的抗性较对照减弱。