羊草种质基因组DNA的AFLP多态性研究

羊草是禾本科牧草之王 ,在当前我国西部生态建设和草原畜牧业发展中发挥着重要作用。用AFLP方法对2 7份我国不同地区分布的羊草 (Leymuschinensis (Trin .)Tzvel)材料进行了基因组DNA多态性分析 ,8对AFLP引物组合在 2 7个不同羊草基因型中共扩增出 5 37条带 ,产生出的DNA片段大小分布在 75bp - 5 30bp之间。其中单态性带 89条 ,占 16 .6 % ,多态性带 32 9条 ,占 6 1.3%。平均每对引物组合扩增的DNA带数为 6 6 .13,总的多态性比率为 78.84%。AFLP多态信息含量PIC值分布于 0 .0 - 0 .5之间 ,平均PIC值为 0 .2 16 ,出现的PIC最大值 (0 .5 )约占AFLP标记的 8.5 % ,说明羊草基因组DNA的多态性比较丰富。以 5 37个AFLP标记为原始数据 ,根据Nei和Li的方法对 2 7份羊草材料进行遗传变异和聚类分析的结果表明 :羊草种内有高频率的遗传变异发生 ,且与地理分布和生态环境密切相关 ;2 7份羊草不同基因型被划分为四大类群 ,不同类群相互间的遗传距离相对较大 ,在树状图中表现为较远的亲缘关系。对羊草种内遗传变异发生的原因和品种的形成进行了初步讨论。     

中国食用向日葵种质资源遗传变异的RAPD及AFLP分析

本研究采用RAPD和AFLP方法对23个中国不同地区的食用向日葵(Helianthus annuus L.)骨干品种进行了遗传变异分析,同时对两种标记系统进行了比较.26个RAPD引物产生了总计192条DNA条带,大小分布于0.26 kb～1.98 kb之间,其中165条(86.12%)具有多态性,每条引物产生DNA条带的平均数为7.38.8对AFLP引物组合共产生了576条带,分布于100 bp～500 bp之间,其中的341条具有多态性,多态百分率为76.00%,每对引物组合产生DNA条带的平均数为72.RAPD方法检测到的每位点有效等位基因数(1.76)大于AFLP(1.65),AFLP标记位点的平均多态性信息量(PIC)(0.38)低于RAPD标记位点的PIC(0.41),但AFLP标记具有很高的多态性检测效率(Ai=38.52).用RAPD标记分析23个食用向日葵材料的亲缘关系,Nei氏相似性系数分布在47.84%～82.06%,平均相似性系数为0.649 5, 而采用AFLP的Nei氏相似性系数分布在54.15%～83.52%,平均相似性系数为0.688 4.RAPD数据的标准差为0.13,而AFLP数据的标准差为0.08.因此,采用RAPD和AFLP方法分析食用向日葵遗传变异,RAPD标记具有较低相似性系数和较高方差而AFLP则相反.源于两种不同标记的遗传相似性矩阵的相关系数为0.51,说明采用RAPD和AFLP系统分析食用向日葵遗传变异得到的结果有一定的相关性.无论采用RAPD还是AFLP标记进行聚类分析,都将23个不同基因型的食用向日葵材料分成了三个类群.     

利用AFLP标记鉴定小豆种质遗传多样性

利用11对AFLP引物对106份小豆种质的基因组DNA进行扩增,共扩增出603条清晰可辨的带型,其中208条具有多态性,比例为34.5%,平均每对引物扩增出18.9条多态性带.基于AFLP标记,把106份小豆种质聚类划分为4个组群,该组群的划分与小豆的生态地域性存在一定的相关性.     

中国食用向日葵种质资源遗传变异的RAPD及AFLP分析

本研究采用RAPD和AFLP方法对23个中国不同地区的食用向日葵（Helianthus annuus L.)骨干品种进行了遗传变异分析,同时对两种标记系统进行了比较。26个RAPD引物产生了总计192条DNA条带,大小分布 于0.26kb-1.98kb之间,其中165条（86．12％）具有多态性,每条引物产生DNA条带的平均数为7．38。8对AFLP引物组合共产生了576条带,分布于100bp-500bp之间,其中的341条具有多态性,多态百分率为76．00％,每对引物组合产生DNA条带的平均数为72。RAPD方法检测的每位点有效等位基因数（1．76）大于AFLP（1．65）,AFLP标记位点的平均多态性信息量（PIC）（0．38）低于RAPD标记位点PIC（0．41）,但AFLP标记具有很高的多态性检测效率（Ai=38．52）。用RAPD标记分析23个食用向日葵材料的亲缘关系,Nei氏相似性系数分布在47．84％－82．06％,平均相似性系数为0．6495,而采用AFLP的Nei氏相似性系数分布在54．15％－83．52％,平均相似性系数为0．6884。RAPD数据的标准差为0．13,而AFLP数据的标准差为0．08。因此,采用RAPD和AFLP方法分析食用向日葵遗传变异,RAPD标记具有较低相似性系数和较高方差而AFLP则相反。源于两种不同标记的遗传相似矩阵的相关系数为0．51,说明采用RAPD和AFLP系统分析食用向日葵遗传变异得到的结果有一定的相关性,无论采用RAPD还是AFLP标记进行聚类分析,都将23个不同基因型的食用向日葵材料分成了三个类群。     

利用AFLP标记鉴定小豆种质遗传多样性

利用11对AFLP引物对106份小豆种质的基因组DNA进行扩增,共扩增出603条清晰可辨的带型,其中208条具有多态性,比例为34．5％,平均每对引物扩增出18．9条多态性带。基于AFLP标记,把106份小豆种质聚类划分为4个组群,该组群的划分与小豆的生态地域性存在一定的相关性。     

棉花2个多标记基因系及其杂交后代AFLP分析

应用AFLP分子标记技术,对陆地棉两个多标记基因系T582和T586及其杂交后代F1等进行了DNA多态性分析。结果表明:在58对EcoRI/MseI引物组合中,筛选出41对引物组合具有多态性,多态性的引物组合占筛选总组合的70.69%。AFLP分子标记具有高度的多态性,非常适于基因组差异较小的(棉花)材料之间的多态性筛选。采用聚丙烯酰胺银染法显带技术,AFLP进行PCR扩增能看到30~80条DNA亮带,且检测灵敏度高,可区别只相差十几个bp甚至几个bp大小的DNA片段。但AFLP标记以显性标记占绝对优势,共显性标记比率极少,故而难以区分种质的杂合和纯合,这是它的惟一不足之处。     

转基因抗虫棉SSR和AFLP遗传变异研究

利用SSR和AFLP两种分子标记技术,分析了52份转基因抗虫棉品种（系）的遗传多样性。结果表明：在61对SSR引物中,有4对引物在供试材料中表现出多态性,共扩增出102个标记,其中多态性标记25个,多态性百分率为24．51％,每对引物的扩增带数变化在17～30之间;在100对AFLP引物中,有9对引物在供试材料中产生多态性,共扩增出618个标记,多态性标记33个,占总数的5．34％,每对引物组合扩增的标记数分布于47～81之间。成对品种的欧式距离变化在2．00～5．57之间,平均值为4．21,单一品种欧氏距离的平均值分布在3．73～4．75之间,表明不同品种之间遗传差异不大。基于SSRs和AFLPs多态性数据的聚类分析,可以将供试材料划分为3个类群（SAGs）,但类群划分与品种地理来源不十分吻合。     

东北梅花鹿居群内亲缘关系的AFLP指纹分析

用扩增片段的长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)标记分析研究了东北梅花鹿同一居群内27个个体的亲缘关系,并以此作为优良种鹿选育种的辅助手段。筛选出9对AFLP引物组合,用EcoRⅠ/MseⅠ双酶切,对27只东北梅花鹿基因组DNA进行AFLP检测,共获得15 169条扩增带,检测出多态性条带11 443,多态性比率78.43%,平均每对引物检测到1 271个多态性位点。群体内相似系数AFLP研究结果,平均为0.7841(0.6809-0.8648),27只鹿聚为Ⅰ和Ⅱ两大类群,Ⅱ大类群分为5组,说明该鹿群个体间有较丰富的遗传变异,且与人工定向选配种有关。Ⅱ-4组群体内相似系数最高,在0.82以上,个体之间遗传距离最小在0.1354-0.1563之间,与繁殖记录的亲缘关系基本一致。该研究表明AFLP指纹技术用于梅花鹿遗传多态性分析,品种鉴定及亲缘关系分析是可行的。     

应用RAFD标记研究不同生态区谷子品种的遗传差异

应用RAPD标记对19份国内不同生态区的谷子品种的遗传变异进行了研究。结果表明：分子水平上,不同生态区的谷子品种间存在一定的遗传差异,但遗传差异程度并不高。11个随机引物共扩增出54条多态性带,不同引物扩增的带数差异较大,每个引物可扩增2—8条多态性带,平均每个引物扩增出4．91条多态性带。引物1050扩增的多态性带最多(8条)。聚类结果表明,基于RAPD标记分析的遗传聚类群与生态类型有很大的一致性。     

111份大薯种质资源遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP分子标记方法对收集于6省不同地区的111份大薯种质资源进行遗传多样性分析。筛选到的8个AFLP引物组合扩增到1291个位点,其中1286个是多态性位点。利用多态性信息含量(PIC)、标记指数(MI)和解析强度(RP)分析不同引物组合的标记效率,获得引物的PIC平均值为0.22,MI平均值为35.67,RP平均值为50.50,表明引物扩增位点的高多态性和对大薯种质资源具有强辨别能力,其中引物E-AAC/CAG-M(PIC 0.24、MI 38.56、RP 56.35)具有较高的标记效率。111份大薯种质的遗传相似系数(GS)在0.30~0.82之间,平均为0.58,表明大薯种质资源的遗传相似性较低。采用UPGMA对大薯种质进行聚类分析,遗传相似系数在0.54时,111份材料被划分为4个类群和3个单独的分支,不同地区来源的大薯材料在聚类图中没有明显界限。     

香蕉种质遗传多样性与亲缘关系的AFLP分析

应用AFLP技术,对60个栽培蕉和野生蕉种进行了遗传多样性分析及分类研究。在相似系数0.62的水平上将供试的60份蕉类植物分为4个群体;在相似系数0.64的水平上将栽培蕉划为两个类群;在相似系数0.83的水平上将香牙蕉类群划分为6个亚群;认为传统地将Cavend ish亚群分为5个类别的分类依据与基因型之间并无严格的对应关系。将Saba归入ABB群体;吊罗矮蕉和北大矮蕉2号很可能是同一品种;国家果树种质广州香蕉圃收集的小米蕉、63-1与华农香蕉园种植的小米蕉、63-1均属同名异物情况。     

AFLP分析江西省4个斑点叉尾鮰养殖群体遗传多样性

本文运用AFLP分子标记技术,对江西省4个斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)养殖群体(GZ、XJ、PYA和PYB)进行遗传多样性分析。结果表明,在64对引物组合中,E3/M2、E4/M7、E3/M8和E5/M5引物从4个群体72个体中共扩增出179个位点,其中多态位点为109,占60.89%。其中,PYA、GZ、XJ和PYB群体的多态位点比例(P)分别为56.54%、56.47%、56.32%和56.14%。Shannon多样性指数(I)分别为0.2890、0.3003、0.2896和0.2852,平均杂合度(H)分别为0.1935、0.2027、0.1938和0.1898。4个群体间的遗传分化系数(Gst)为0.1314,说明群体间发生了一定程度的遗传分化,但分子方差分析(AMOVA)显示,群体的遗传变异90.98%来源于群体内的个体间,9.02%来源于群体间。聚类分析也表明,4个群体所产生的遗传分化主要也来源于群体内。本研究为斑点叉尾鮰种质资源的调查和保护提供参考,为斑点叉尾鮰优良品种的选育提供科学依据。     

斑鳢、乌鳢及其杂交种遗传差异的AFLP分析

本文采用AFLP分子标记技术对斑鳢、乌鳢和杂交鳢(斑鳢(母本)与乌鳢(父本))共85个个体(其中斑鳢、乌鳢各30个,杂交鳢25个)进行了遗传差异分析。结果表明11对引物组合共检出了459个不同的扩增片段,扩增出的多态谱带数350条,多态性比例为76.25%,平均每对引物组合扩增出31.8条多态条带。乌鳢与斑鳢种群间存在稳定的、可以简单地借以进行群体鉴别的标记条带169条,其中父本(乌鳢)特异性条带78条,72条能够稳定地遗传给杂交鳢;母本(斑鳢)特异性条带89条,71条能够稳定地遗传给杂交鳢。杂交鳢另外出现了3条非双亲的条带。遗传差异的分子方差分析结果发现,斑鳢与乌鳢种群间的遗传相似度为0.5161,杂交鳢与斑鳢和乌鳢种群间的遗传相似度相近,分别为0.7189和0.7476,斑鳢与乌鳢之间以及杂交鳢与斑鳢和乌鳢之间的种群间遗传距离分别为0.6615、0.3300和0.2909,即AMOVA分析显示斑鳢、乌鳢和杂交鳢间存在极显著的遗传分化。UPGMA聚类分析显示,在个体间,斑鳢与乌鳢能区分成两大类,杂交鳢则分散于斑鳢和乌鳢种群中;在群体间,杂交鳢首先与乌鳢聚类,然后与斑鳢相聚,表明杂交鳢种群总体上更偏向于父本乌鳢。研究结果表明,杂交鳢与斑鳢和乌鳢发生混杂的可能性很大,应该对杂交鳢进行隔离养殖。本文结果将为斑鳢、乌鳢和杂交鳢的遗传分析提供实验依据,也为其种质的合理利用提供参考。     

白桦AFLP遗传连锁图谱的构建

以80个中国白桦(Betula platyphylla Suk)×欧洲白桦(Betula pendula Roth)的F1个体为作图群体, 利用扩增片段长度多态性(Amplified fragment length polymorphism, AFLP)标记, 按照拟测交作图策略, 分别构建了中国白桦和欧洲白桦的分子标记遗传连锁图谱。从64对AFLP引物组合中筛选出34对多态性丰富的引物组合, 这些入选的引物组合在分离群体中共检测到451个多态性位点。χ2检验结果表明, 有362个位点符合1∶1分离(拟测交分离位点), 41个位点符合3∶1分离, 20个位点符合1∶3分离, 28个位点属偏分离位点。在符合拟测交分离的位点中, 201个位点来自中国白桦, 161个位点来自欧洲白桦。利用2点连锁分析, 来自中国白桦的201个标记构成了14个连锁群(4个以上标记), 10个三连体和14个连锁对, 45个为非连锁位点, 连锁标记覆盖的总图距为1 296.1 cM, 平均图距15.5 cM。而来自欧洲白桦的161个标记构成了17个不同的连锁群(4个以上标记), 8个三连体和4个连锁对, 15个为非连锁位点, 连锁标记覆盖的总图距为1 035.8 cM, 平均图距12 cM。     

真正柑橘果树类植物基于AFLP分子标记的分类与进化研究

用AFLP分子标记技术对芸香科Rutaceae柑橘亚科Aurantioideae真正柑橘果树类(the True Citrus Fruit Trees Group) 6属植物的59个生物类型以及九里香Murraya exotica L.、蚝壳刺Severinia buxifolia Tenore和酒饼簕Atalantia buxifolia Oliv.进行了分析。从64对引物组合中筛选出15对分辨率好的引物对全部材料进行了扩增, 共获得312条带, 其中多态型带305条, 多态位点达97.8%。利用PAUP软件构建了全部材料基于AFLP数据的UPGMA距离树。结果表明, AFLP证据支持基于形态特征建立的真正柑橘果树群以及群内各属的划分, 只是金柑属Fortunella Swingle作为一个独立的分支嵌于柑橘属Citrus L.内。对于柑橘属, 我们的分子证据支持Swingle关于亚属的划分以及Scora等关于C. medica、C. grandis和C. reticulata是真正柑橘亚属subgen. Eucitrus三个基本种的观点。AFLP分子证据显示宜昌橙C. ichangensis Swingle位于真正柑橘亚属中, 与香橙C. junos Sieb. ex Tanaka的亲缘关系最近, 而与大翼橙亚属subgen. Papeda中马蜂柑C. hystrix DC.相隔甚远。另外, 莽山野橘C. mangshanensis S. W. He &; G. F. Liu在系统树上居于宽皮柑橘类的基部。最后, 对真正柑橘果树群6属植物间以及柑橘属各主要类型(种)的进化关系进行了详细的讨论。     

野生鸭茅种质遗传多样性的AFLP分析

本文应用扩增片段长度多态性（AFLP）技术,从64个引物对中筛选出9个,分别对37份鸭茅种质进行扩增,共得到400条清晰条带。其中多态性带336条,平均多态位点水平为84.0%,表现出较高的多态性。利用NTSYS-pc软件计算种质间的遗传距离,变化范围为0.0692～0.4214。用UPGMA方法进行聚类分析,在遗传相似系数为0.81水平上37份鸭茅种质可分为8个类群。用EIGEN方法进行主坐标分析,建立种质间相互关系的二维图。各种质在二维图中的分布与UPGMA聚类基本吻合。从分子水平分析,鸭茅遗传变异与染色体倍性和地理分布密切相关。     

与番茄Ps-2位点紧密连锁的AFLP分子标记的获得

含有ps-2雄性不育基因的番茄材料可通过自交获得100％的不育后代,方便地应用于番茄杂交制种。作者以来自保加利亚含有ps-2基因的不育材料CMC1ps2为母本。以优良的加工番茄92155为父本。构建了123个F2分离群体,育性表型分离比例完全符合孟德尔遗传规律,为单基因隐性遗传。采用AFLP分子标记技术,通过筛选64对AFLP引物组合,获得了与可育ps-2位点紧密连锁的3个AFLP标记（E37／M47、E38／M48及E33／M50）,它们与可育基因的遗传图距分别是6．04cM、6．04cM、6．06cM,而且位于可育基因的同一侧,位置基本相同,分别扩增出390bp、150bp、80bp的DNA片断。这3个标记的获得,可直接用于标记辅助选育。加速番茄雄性不育的转育和利用。     

中国沿海鼠尾藻遗传多样性分析

鼠尾藻是我国沿海重要经济海藻,本文采用AFLP分子标记技术对我国辽宁、山东和浙江沿海的野生鼠尾藻共120个个体进行了遗传多样性分析.5对引物共得到340个位点,多态性位点比例分别为旅顺盐场群体82.31%、大连长海群体78.97%、山东海阳群体91.03%和浙江洞头群体94.87%,平均杂合度分别为0.2088、0.1862、0.2505和0.2736.Shannon多样性指教分别为0.3273、0.2974、0.3911和0.4236,群体间的遗传距离在0.0301～0.1437之间.分析结果表明,4个群体的遗传多样性水平均出现了一定程度的降低.     

广东甘蔗品种遗传多样性的AFLP分析

采用15对多态性较好的AFLP引物对广东育成的41个甘蔗品种的遗传多样性进行分析.结果表明:每对引物的多态性位点平均为61.5,多态性位点百分率为77.40%.41个甘蔗品种间的遗传相似系数为0.5210～0.9211,平均为0.6842,遗传多样性属中等水平.聚类分析把41个品种分为2大类,在系谱中亲缘关系密切的大多数品种,如粤农81-762与粤农85-1285和粤农86-295,粤糖57-423与粤糖85-5和粤糖85-177等都能分别聚在一起.但也有例外,如粤糖83-251和粤糖83-271,都是CP72-1210×华南56-12组合的后代,但没有归为同一类.遗传多样性指数分析显示,不同年代的品种多样性指数差异明显,最高是80年代,为0.3072,最低是60年代,为0.1162;不同单位选育的品种遗传多样性指数变化不大,为0.2756～0.3061.加强新种质利用是有效提高甘蔗品种遗传多样性的重要措施.     

吉富罗非鱼AFLP反应体系的建立与优化

本文以我国水产养殖主导品种吉富罗非鱼(farmed tilapia)为研究材料,进行扩增片段长度多态性(AFLP)反应体系的研究,初步建立了一套适合罗非鱼的AFLP反应体系。对体系中关键环节的优化结果如下:基因组DNA要求无降解和RNA污染,OD260/OD280比值在1.8~2.0之间;基因组DNA EcoRⅠ/MseⅠ37℃双酶切6h、20℃连接20h,连接产物10倍稀释,PCR预扩增产物稀释45倍作为选择性扩增的模板,选择性扩增产物经6%变性丙烯酰胺凝胶电泳检测可获得条带清晰、背景干扰小的图像。该体系的构建为今后进行罗非鱼群体遗传多样性分析、种质鉴定、重要经济性状分子标记的开发及遗传连锁图谱构建等方面研究提供了参考。