病原真菌生态学研究现状及方法

通过形态学、生理生化学及分子生物学等方法鉴定由自然界分离的真菌菌种,构建系统发生树,了解菌种间亲缘关系,评估种间和种内的进化规律,了解真菌与其所处环境的相互关系,是真菌生态学的主要研究目的之一。本文就真菌与自然界和动物宿主的相互关系,环境中真菌的分离和鉴定方法及系统发生学研究及现状进行综述,以期了解致病真菌的生存环境、种类发生、感染途径等,达到尽早控制感染源、探讨致病性及防治疾病传播的目的。     

中国广西地区格特隐球菌菌种复合体的基因型分析

目的探讨中国广西地区格特隐球菌菌种复合体的基因型特点、种群结构特征和全球菌株的进化关系。方法收集2014—2018年间分离自临床确诊为隐球菌病患者的隐球菌临床株,利用CGB培养基初步筛选格特隐球菌菌种复合体。采用多位点序列分型方法(MLST)确定基因型。通过MEGA7软件构建系统发育树,利用R语言进行主成分分析。使用微量肉汤稀释法M27-A3方案行体外抗真菌药物敏感性检验。结果120株临床隐球菌中,分离出11株格特隐球菌菌种复合体,6株属于C.deuterogattii(AFLP6/VGII),5株属于C.gattii sensus stricto(AFLP4/VGI)。分离自广西的AFLP6/VGII呈遗传多样性,主要起源进化自南美巴西格特隐球菌菌种复合体。11株分离菌株均对常用抗真菌药物敏感。结论中国广西可能出现高致病性AFLP6/VGII,对格特隐球菌菌种复合体进行有效的全国性监测是必要的。     

分子进化与系统树

生物在从低级向高级进化的同时,某些生物大分子也在进化。根据分子生物学资料可以构建同源分子的系统树。本文具体介绍了Fitch和Margoliash提出的系统树构建法,并对20种细胞色素c分子组成的系统树作了扼要说明。     

基于保守序列挖掘的乙型肝炎病毒进化研究

乙型肝炎是一种十分严重的全球性传染疾病,乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)是导致乙型肝炎的直接原因。而HBV突变是乙肝病毒进化过程中的一个重要部分,近几年,国内外针对HBV突变进行了广泛研究。但是,对乙肝病毒序列中保守序列的研究为仍处于起步阶段。本文首先采用MEME(Multiple EM for motif elicitation)算法挖掘HBV基序(生物序列中的保守序列片段,即Motif),并提出了一种新的度量标准保守指数(Conserved index,CI),然后对HBV序列进行系统发育分析,最后对构建的系统发育树进行可靠性评价。结果表明,新的度量标准CI可以有效地利用MEME方法挖掘出多个保守序列,进行HBV序列的系统发育树构建,进而分析HBV序列之间的进化关系,并可以找出样本可能的祖先序列。本文的实验方法对HBV大数据集分析方法的研究有积极地启示作用。     

基于ITS序列分析对杏鲍菇菌种的鉴定

采用拮抗实验和ITS序列分析结合的方法,对供试的20株菌株进行了分析。ITS序列分析结果表明,供试菌种的ITS序列长度为624 bp,与GenBank数据库中杏鲍菇菌种的ITS序列相似度为99%以上,在种的水平上证明供试菌种为杏鲍菇,同时构建的系统发育树将供试菌种聚在了4个类群。     

U83 Box C/D snoRNA构建果蝇科系统发生树

利用已报道的黑腹果蝇U83基因搜索果蝇基因数据库,鉴定了10种新的果蝇科U83同源基因,它们均位于相应物种核蛋白基因rpl3的内含子中。以冈比亚按蚊为外类群,对11种果蝇的U83核苷酸序列作进化关系分析,用邻接法重建了系统发生树,结果与传统方法构建的系统发生树相比,能反映果蝇科的大致进化关系,但还存在部分差别。为增加序列信息,把序列长度拓展至整个U83所在的内含子,同法构建系统发生树,结果与传统系统发生树几乎完全一致。该研究是用boxC/D snoRNA基因序列构建系统发生树的首次尝试,实验结果证明U83可以很好地用于构建果蝇科内各物种的种系发生树。     

基于密码对使用的基因组进化

以密码对使用偏好性和密码对中二核苷酸频率分别构建了系统发育树。发现用40种模式生物编码序列中密码对的二核苷酸频率构建的系统发育树,明显将生物按进化分成细菌,古菌,真核生物;用密码对使用偏好性指标构建的系统发育树与基于密码对中二核苷酸频率的系统发育树基本一致。结果表明密码对中二核苷酸组分是密码对偏好的决定因素之一。     

DNA分子进化的研究基础和策略

从研究方法和技术手段等方面讨论了分子进化研究上的一些重大问题．阐述了基因的基本结构及DNA分子的进化方式：净化选择、中性进化和分化选择。探讨了利用DNA分子进化数据构建系统树的原理,评价了NJ、UPGMAM、MP和ML4种算法在构建进化树时的合理性与不足,以及进化树可靠性检验的方法,并对未来分子进化生物学的发展加以展望。     

蝽类昆虫在地球生命中的主干种演化历程

以支系和进化主干的视角看待某一类群的系统发育地位更有利于将前进进化与分支进化的认识相结合.关于蝽类昆虫在生命树中的支系位置,近年来积累的证据已经在对于若干节点的认识上有了新的观点.随着现生类群生命树的构建以及化石类群与现生类群系统发育关系的整合,每个支系所经过的系统发育历程将逐渐变得清晰,并对相关的个体发育研究具有一定参考价值.本文致力于将近10年来的各种主流意见更迭完整地体现在对于蝽类昆虫支系地位的认识上.     

慢病毒与哺乳动物宿主的协同进化

选取部分哺乳动物代表类群为例,构建病毒及宿主因子基因树并与宿主物种树进行拓扑结构比较,探讨感染哺乳动物的慢病毒与宿主的协同进化.结果表明慢病毒Pol酶基因以及部分宿主因子的进化与宿主的进化历史相同,提示慢病毒可能随哺乳动物的基因组垂直进化,或其首次感染哺乳动物是一次较古老的事件.     

音乐治疗效应的动物实验研究

近年来国内外关于音乐治疗效应的动物实验研究认为：音乐能影响动物的情绪;音乐还对动物的免疫功能、学习及记忆能力、以及动物的神经系统结构和功能等均有一定影响。该领域的研究有利于深入探索音乐疗法的作用机理。     

Time on task effects on safety

Reviewing the literature on time on task effects on safety shows contradictory evidence, especially with regard to 12 h shifts. It is argued that this might depend on methodological problems associated with the analysis of accident data, e.g. selectivity of samples, validity of data bases and study designs, especially for analyses at the company level. Analyses of aggregated data seem to indicate an exponential increase of accident risk with time on task beyond the normal working day. This is supported by some recent studies based on data from the Federal Republic of Germany.     

热带气旋对红树林的影响研究进展——基于文献计量分析

红树林在防风消浪、促淤保滩、固岸护堤等方面发挥重要的作用,是抵御台风、风暴潮、海岸侵蚀等自然灾害的重要天然屏障。热带气旋是红树林面临的最主要自然威胁之一,削弱了红树林对自然灾害的抵御及生物多性维持等功能发挥。然而,尽管热带气旋对红树林的影响日益受到全球的广泛关注,但缺乏对该领域研究进展的系统分析和总结。以Web of science核心集数据库为数据源,利用CiteSpace软件对1995—2021年间热带气旋对红树林影响研究进行文献计量分析和可视化图谱绘制,以厘清该领域研究的现状、趋势和热点,并揭示未来的发展方向。研究表明：（1）该领域研究年发文量随时间处于波动上升的趋势,尤其2013年后迅速增加,表明该领域的研究日益受到重视;（2）美国、澳大利亚和印度等国家在该领域的研究走在前列,美国的中介中心性最高,其次是德国,美国广泛地与德国、法国、日本等许多国家有密切合作;（3）美国佛罗里达、加勒比地区、澳大利亚北部和印度南部等是当前研究的热点区域;（4）研究热点随时间推移而不断发展,从红树林植被的干扰损害逐渐发展到固碳储碳、海岸防护等功能的影响。全球变化背景下热带气旋对红树林的影响、红树林对热带气旋干扰的弹性、基于遥感和大数据处理的模型模拟等日益受到关注,量化热带气旋对红树林功能的影响、探明热带气旋与海平面上升的关系及对红树林影响、构建完善的观测体系数据集等将是未来研究的重要方向。研究对长期关于热带气旋对红树林影响的研究进展进行定量和可视化分析,可为预测热带气旋对红树林的影响和风险、及减缓和应对其风险等研究提供借鉴参考。     

Perspectives on hair evolution based on some comparative studies on vertebrate cornification

Hair evolution contributed to the biological success of mammals. Hair origin from synapsid scales is speculative and requires extensive modifications of the morphogenetic process transforming lens-shaped dermis of scales into small dermal papillae in hair. Hair evolution from glands is hypothetical but is supported from studies on the signaling control of hair vs. glandular morphogenesis. Based on immunocytochemical and comparative studies, it is hypothesized that the onion-like organization of hair derived from glandular pegs which central part produced lipids and some keratin. In a following stage, involucrin, trichohyalin, and keratins were produced in the central cells of the gland and formed a solid medulla surrounded by keratinocytes of the inner root sheath. The origin of this protohair was possibly related to increased concentration of beta-catenin and other signaling molecules in epithelial cells following the evolution of a dermal papilla. The latter activated the keratogenic genes, already utilized in cells of the claws, in concentric layers of cells of the glandular peg. Lipidogenic genes were depressed. As new genes evolved in the genome of synapsids, new circular layers of keratinocytes containing specialized hard keratins and keratin-associated proteins were formed around medullary cells. The new keratinocytes probably originated the cortex separating medulla from the external cells that became the inner root sheath. The hypothesis indicates that in a following stage, the medulla was obliterated or replaced by cortical cells while the external part of the cortex formed a cuticular surface due to the different growth rate with inner root sheath cells.     

Studies on the Enzymes Acting on Araban

Arabanase was purified by various procedures of gel filtrations and column chromatographies from the submerged culture filtrate of Aspergillus niger grown on the medium containing beet-araban as a carbon source, and the properties of the enzyme was examined. The purified enzyme was homogeneous protein in ultracentrifugal analysis, the optimum pH for enzymatic action was 4.0. The enzyme was thermostable at pH 6.0, namely, even after heating at 98°C for 10 minutes, 20.8 per cent of the initial activity still remained. The enzyme hydrolyzed beet-araban with producing l-arabinose.