松江鲈线粒体DNA控制区结构和遗传多样性分析

为探讨松江鲈(Trachidermus fasciatus Heckel)线粒体控制区特征及其群体遗传结构, 研究测定分析了中国和日本沿海共8个群体的线粒体控制区序列, 分析了其结构特征, 识别出终止序列区(ETAS)、中央保守区(CD)和保守序列区(CSB)的特征序列。遗传多样性分析结果显示: 69个松江鲈个体共检测到47个单倍型, 呈现出核苷酸多样性(0.0079)较低和单倍型多样性(0.978)较高的特点。单倍型邻接关系树和单倍型网络关系图均显示松江鲈分为中国和日本两大世系。遗传分化系数(Fst)和分子方差分析(AMOVA)结果表明, 松江鲈中国群体和日本群体之间存在的遗传差异较显著, 中国沿海各群体之间亦存在着一定程度的遗传差异, 该分化主要由历史环境变动、当代环境因素和自身生态习性等原因造成。     

南蝠线粒体DNA控制区结构及贵州7个种群遗传多样性的分析研究

采用PCR技术获得了贵州7个南蝠(Ia io)自然种群42个个体的线粒体DNA控制区全序列,长度为1256～1340 bp.对控制区结构进行分析,识别了其延伸的终止结合序列区(包括ETAS1和ETAS2元件)、中央保守区(包括F、E、D、C、B元件)和保守序列区(包括CSB1、CSB2和CSB3元件);同时,在延伸的终止结合序列区还发现了若干能形成发夹结构的主体序列TACAT—ATGTA.在7个自然种群42个个体中共定义了16个单倍型.遗传多样性分析表明:贵州南蝠种群具有较高的单倍型多样性(h=0.945)和中等的核苷酸多样性(π=0.012).基因流、AMOVA和系统进化树分析表明贵州这7个南蝠自然群体间没有发生遗传分化.     

白鱼线粒体DNA控制区结构和种群遗传多样性分析

用特异性引物对白鱼(Anabarilius grahami)DNA进行PCR扩增,获得了白鱼线粒体DNA控制区基因全序列(930bp)。控制区T、C、A和G碱基组成为29.8%、22.5%、33.0%和14.7%。对照其他已报道的鱼类控制区结构,对白鱼控制区结构进行了分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区,找到了终止相关的序列TAS以及保守序列(CSB-F、CSB-D、CSB-1、CSB-2、CSB-3)。同时运用DNA分析软件对白鱼一个驯养种群(中国科学院昆明动物研究所珍稀鱼类繁育中心)及两个自然地理种群(江川县明星鱼洞、江川县牛摩村)进行了遗传多样性分析。结果显示:两个自然种群存在较强基因交流,未出现遗传分化;人工驯养种群遗传多样性最高,种群复壮程度较好。     

白鱼线粒体DNA控制区结构和种群遗传多样性分析

用特异性引物对白鱼（Anabarilius grahami）DNA进行PCR扩增,获得了白鱼线粒体DNA控制区基因全序列（930 bp）。控制区T、C、A和G碱基组成为29.8%、22.5%、33.0%和14.7%。对照其他已报道的鱼类控制区结构,对白鱼控制区结构进行了分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区,找到了终止相关的序列TAS以及保守序列（CSB-F、CSB-D、CSB-1、CSB-2、CSB-3）。同时运用DNA分析软件对白鱼一个驯养种群（中国科学院昆明动物研究所珍稀鱼类繁育中心）及两个自然地理种群（江川县明星鱼洞、江川县牛摩村）进行了遗传多样性分析。结果显示：两个自然种群存在较强基因交流,未出现遗传分化;人工驯养种群遗传多样性最高,种群复壮程度较好。     

黑龙江省南部小飞鼠种群mtDNA控制区的遗传结构

小飞鼠（Pteromys volans）为树栖夜行滑行类啮齿动物,受森林采伐与栖息地丧失等因素影响,其种群数量与分布在不断减少。为增强保护与管理的针对性,亟需对其种群的遗传变化,特别是遗传多样性与基因流等种群遗传信息开展进一步评价。本研究在黑龙江省南部的方正、宾县、苇河和穆棱4个重点研究区域,分别采集到20、26、15和27只小飞鼠个体的毛发样本,采用mt DNA控制区全序列（1 070 bp）评估其种群遗传多样性与遗传结构。研究发现,在88个小飞鼠控制区全序列中,共检测到155个变异位点和67个单倍型,单倍型多样性（H_d）为0.992（0.945～0.986）,核苷酸多样性（P_i）为1.772%（1.221%～1.974%）,仅单倍型H＿20为宾县与苇河种群共享,只有1只个体的单倍型有52个,其稀有单倍型高达77.16%（52/67）;种群之间遗传分化系数(F_ST)为0.051 3～0.135 7（P<0.05）,基因流（N_m）为3.19～9.24;种群之间遗传分化程度与地理距离的Mantel检验呈现不显著的正相关（r=0.413,P>0.05）。结果表明,小飞鼠种群遗传多样性丰富,其中,苇河和穆棱种群最高、宾县种群次之、方正种群最低,高比例稀有单倍型提示,未来种群存在遗传多样性下降的风险;4个地理种群之间均存在显著的中等水平遗传分化,距离隔离模型不能有效地解释小飞鼠种群目前遗传格局的形成;系统进化树与单倍型网络图没有呈现出明显的系统地理格局,其种群间基因流的限制可能是近期出现的。研究结果提示,需开展栖息地修复和生态廊道构建,从而实现该物种的种群增长与扩散。     

中国大陆黑斑侧褶蛙基于mtDNA控制区序列的种群遗传结构

用分子遗传数据研究了黑斑侧褶蛙 (Pelophylaxnigromaculata)种群的遗传结构和分化。标本采自中国大陆的 12个地点 ,每个种群测定 10只或少于 10只蛙的mtDNA控制区 5′端 6 85bp的序列。 112只蛙的序列经比对后 ,共发现 111个变异位点 ,定义了 6 7种单元型 ,其中 7种单元型为地方种群间共享单元型 ,多数单元型为地方种群内特有。 12个地方种群合并成一个大种群分析时表明 ,中国大陆黑斑侧褶蛙的线粒体单元型多样性相当高 (h=0 98± 0 0 0 5 ) ,总体核苷酸多样性也较高 (π =0 0 30 3± 0 0 0 2 9)。这样高的单元型多样性和核苷酸多样性与黑斑侧褶蛙作为古北界和东洋界的广布种、种群大是相应的。基于最大简约法的单元型系统发生树和基于邻接法的地方种群系统发生分析中 ,吉林通化和辽宁辽阳种群与中国大陆其他地方种群构成姐妹群。分子变异分析表明 ,吉林和辽宁种群代表的吉辽组和其余 10个地方种群代表的综合组间出现了显著的种群分化 (Φ CT=0 80 9,P <0 0 0 1) ,各地方种群间成对的FST及种群间的核苷酸歧异度也均表明两者之间出现了显著的遗传分化。吉辽组与综合组间的遗传分化最可能的原因就是受第四纪冰川的影响     

黄山短尾猴mtDNA控制区序列变异及种群的遗传多样性

短尾猴属灵长目(Primates)猴科(Cercopithecidae)猕猴属(Macaca),是我国特有的国家二级保护动物。为了更有效地保护其野生种群,本文研究了黄山短尾猴种群内的遗传多样性,并对黄山短尾猴与四川短尾猴种群间的遗传差异进行了分析。共测定了黄山短尾猴7个群体中的30个样本的mtDNA控制区5′端493bp的序列,只发现了7个变异位点,定义了3种单倍型,单倍型序列之间缺乏变异,种群中的核苷酸多样性很低(0.006);3种单倍型相应地将黄山种群分为了3个亚群,不同亚群之间呈现出一定的片断化分布,从分子水平上初步揭示了短尾猴黄山种群的遗传多样性。与四川短尾猴的相应序列比较,黄山短尾猴控制区序列存在很大差异,共有59个变异位点,而且存在大片段的碱基插入/缺失,有78%的遗传变异发生在两个种群之间,两个种群间的核苷酸歧异度已达8.21%。进一步分析表明,黄山短尾猴与四川短尾猴之间存在着极显著的遗传分化(FST=0.399,P<0.001),基于最大似然法和邻接法构建的系统发生树均将两者聚为不同的类群,支持将它们归入各自的管理单元。     

峨眉山藏酋猴mtDNA控制区序列变异及种群遗传多样性

为更有效地保护藏酋猴Macaca thibetana野生种群,本文测定了来自峨眉山藏酋猴8个亚群体的47个样品mtDNA控制区5'端505 bp的序列,发现了27个变异位点(5.74%),定义了4种单倍型,其单倍型多样性(h)为0.236±0.079、核苷酸多样性(π)为0.00902±0.00354,单倍型之间的序列差异平均为0.623%,平均核苷酸差异(K)为4.274,单倍型序列之间变异较大,种群中的核苷酸多样性较高;将峨眉山的藏酋猴看成一个种群与同为四川地区的马边群体及安徽的黄山群体的相应序列进行比较,结果显示峨眉山藏酋猴种群mtDNA控制区序列与马边群体间的差异性较小,而与黄山群体间的差异性较大。分子方差分析(AMOVA)表明,90.04%的遗传变异发生在种群之间,仅有9.96%的变异发生在种群内。进一步分析表明,藏酋猴各地理种群间均不同程度地存在着一定的遗传分化(Fst=0.9004,P<0.05),种群间基因交流较贫乏(Nm<1)。基于最大似然法和邻接法构建的系统发生树均支持四川地区的藏酋猴种群和安徽黄山种群分别聚为不同的类群,支持将它们归入各自的管理单元;而本研究中的四川地区藏酋猴在系统发生树上也分为2个亚支,但这2个亚支并未与地理分布成完全的对应关系,应归为一个管理单元加以保护。     

中国大陆梅花鹿mtDNA控制区序列变异及种群遗传结构分析

测定了37只中国大陆梅花鹿(Cervus nippon)不同种群mtDNA控制区5′端351 bp的序列，共发现23个变异位点，定义了5种单元型。分子变异分析表明，中国大陆梅花鹿出现了显著的种群分化(Φm＝0．45，Fst＝0．60，P＜0．001)，支持把分布于东北、华南和四川的梅花鹿种群归入各自独立的管理单元。中国大陆、日本南部和日本北部之间无共享单元型，且有25个鉴别位点。最小跨度网络图(Minimum spannlng network，MSN)和基于最大似然法和邻接法的系统发生分析均把单元型聚类为对应于中国大陆、日本南部和日本北部的三个单系，其中中国大陆和日本南部梅花鹿有相对较近的亲缘关系，支持日本梅花鹿的祖先通过至少两个大陆桥从亚洲迁移到日本的观点。     

中国胭脂鱼线粒体控制区遗传多样性分析

利用PCR技术扩增了采自长江宜昌江段和清江的8尾中国胭脂鱼线粒体DNA控制区全序列,研究发现该种具有脊椎动物线粒体控制区的一般结构,在获得的958bp的碱基序列中,共检测出32个多态性核苷酸变异位点,多态位点比例为0.033。核苷酸的变异位点除一个为缺失外,其余全部为碱基转换。变异位点主要集中在55-365bp高变异区,而其他区域突变稀少,个体的变异在0-1.36%之间,表现出较大的个体多态性差异。中国胭脂鱼的线粒体控制区的变异远大于美国胭脂鱼（Moxostoma robustum)的0.016。     

太行山猕猴的冬季生境选择

2007 年11 月至2008 年2 月,在太行山猕猴国家级自然保护区愚公保护站,根据观察到的猕猴活动痕迹和位置,设置了180 个10 m × 10 m 的样方。在这些样方中,对10 个生态因子(地形、海拔高度、坡位、坡向、坡度、离水源距离、人为干扰、郁闭度、隐蔽度、平均胸径)进行了调查分析,以期了解太行山猕猴的冬季生境选择特征。结果表明:太行山猕猴在冬季喜好选择的生境特征为:倾向于围绕大树(乔木平均胸径> 15 cm)活动;较之其它季节,冬季的猕猴更愿意接近人类居所(< 2 000 m),并选择离水源近(< 1 000 m)的地方活动,说明直接饮水可能是猕猴在干旱冬季获得足量水分的重要途径;冬季猕猴喜欢在坡度为15° ～40°、郁闭度< 60% 的阳坡活动,活动区域的海拔高度为1 000 ～1 300 m。猕猴对生境中地形特征和坡位无明显偏好,对活动地点的隐蔽条件也无特殊要求。文中还对所选择的生态因子进行了主成分分析,结果表明,前5 个主成分的特征值均大于1,其累积贡献率达到70.713% ,可以较好地反映猕猴的冬季生境特征。     

基于团抱行为的太行山猕猴社会联属

社会联属是指一些社会性动物社群内由于不同年龄、性别组的个体的社会角色与等级地位存在明显差异,在个体间形成的复杂的支配-从属关系,而这种支配-从属关系在不同的物种有着各自独特的模式(Clutton-Brock,1974)。了解社群内个体通过亲缘、非亲缘联盟、婚配、竞争而建立的支配-从属关系,是进一步开展社群内个体等级与资源竞争、互惠利益、母系投入策略等诸多研究的前提,     

中国猕猴生态学研究进展

中国的灵长类学研究始于19世纪中期之后,而兴盛于20世纪80年代至今。猕猴（Macaca mulatta）是世界及中国分布最为广泛的一种非人灵长类动物,在中国境内分布于17个省（市、区）,已被列为国家二级重点保护野生动物。迄今为止,学者们已对猕猴进行了包括地理分布、种群动态、食性、社会生态、保护生态等多方面的研究。本文拟对国内有关猕猴生态学方面的研究工作进行回顾与综述,以期通过对以往工作的汇总,梳理关于猕猴的研究线索与动态,并对今后的研究有所启示。     

四个猕猴地理种群惊叫行为的比较

对华南地区４个猕猴种群惊叫行为的比较表明：叫声发生时,发声猴的行为在地理种群间的差异不明显。在叫声的频谱结构方面,个体间的差异不明显;湖南索溪峪、广西龙虎山、海南南湾种群间差异不明显,但深圳内伶仃岛种群与上述３个地理群间有明显差异。判别分析表明,基频频率（Ｆ１）是区分猕猴上述各地理种群间异同的重要参数。这些结果为研究猕猴的分类及演化提供了基础资料。对上述的猕猴地理种群,惊叫声传输性较好和“符号”较专一而有效与群体大、生境降雨量小的相关,本质上是惊叫声对内陆、热带地区、小海岛不同环境的适应     

环境和社会因素对喀斯特石山猕猴日活动节律和活动时间分配的影响

2007年9月至2008年8月,以广西弄岗国家级自然保护区内的一大群野生猕猴为研究对象进行连续的跟踪观察,采用瞬时扫描取样法收集其食物组成、活动节律和活动时间分配的数据,旨在探讨影响石山猕猴活动节律及活动时间分配的环境和社会因素。结果表明：研究猴群的日活动节律表现为上午和下午的觅食高峰以及中午的休息高峰,这与白天温度和日照强度的变化有关。日活动时间分配中,休息42.1%,移动34.5%,觅食15.1%,玩耍2.0%,理毛5.2%,其他行为1.3%。猴群依据食物的变化调整活动时间分配,其中用于移动的时间与食物中果实的比例成显著的正相关性。不同性别年龄组个体的活动时间分配表现出显著差异,主要表现为成年雄性花费更多的时间休息,而成年雌性花费更多的时间觅食和社会性理毛,未成年个体则花费更多的时间玩耍。与同域分布的小群猕猴相比,本研究群花费更多的时间休息,较少的时间觅食。这些差异可能与盗食农作物有关。     

猕猴牙齿的变异性研究

本文是猕猴（Ｍａｃａｃａｍｕｌａｔｔａ）７个亚种１３０个头骨的牙齿比较研究结果。在２２项变量中,有１２项表现出明显的性二型,对另外１０项不等于２２项的单因子方差分析表明,除Ｍ＿２近中远侧距离（ＬＭ＿２ＭＤＬ）外,其余变量在７个亚种之间具有显著性差异。判别分析结果说明,其中６项变量虽对亚种的划分具有显著性贡献,但各亚种间的总判别率仅为３２．５６％,亦即牙齿结构在猕猴各亚种间的变异较小。６项变量组成的星状图表明,印度指名亚种与中国各亚种的牙齿形态有较大差异。在中国猕猴各亚种间,指名亚种ｍｕｌａｔｔａ（Ｃｈｉｎａ）与福建亚种ｌｉｔｔｏｒａｌｉｓ和西藏亚种ｖｅｓｔｉｔａ与川西亚种ｌａｓｉｏｔｉｓ表现出较大的相似性。猕猴的牙齿结构随纬度不同呈现出梯度性变化。各亚种间的牙齿差异主要表现在大小或形状方面,这与不同亚种的个体大小相关。     

From Rhesus macaque to human: structural evolutionary pathways for immunoglobulin G subclasses

The Old World monkey, Rhesus macaque (Macaca mulatta, Mm), is frequently used as a primate model organism in the study of human disease and to test new vaccines/antibody treatments despite diverging before chimpanzees and orangutans. Mm and humans share 93% genome identity with substantial differences in the genes of the adaptive immune system that lead to different functional IgG subclass characteristics, Fcγ receptors expressed on innate immune cells, and biological interactions. These differences put limitations on Mm use as a primary animal model in the study of human disease and to test new vaccines/antibody treatments. Here, we comprehensively analyzed molecular properties of the Fc domain of the four IgG subclasses of Rhesus macaque to describe potential mechanisms for their interactions with effector cell Fc receptors. Our studies revealed less diversity in the overall structure among the Mm IgG Fc, with MmIgG1 Fc being the most structurally like human IgG3, although its C_H2 loops and N²⁹⁷ glycan mobility are comparable to human IgG1. Furthermore, the Fcs of Mm IgG3 and 4 lack the structural properties typical for their human orthologues that determine IgG3’s reduced interaction with the neonatal receptor and IgG4’s ability for Fab-arm exchange and its weaker Fcγ receptor interactions. Taken together, our data indicate that MmIgG1-4 are less structurally divergent than the human IgGs, with only MmIgG1 matching the molecular properties of human IgG1 and 3, the most active IgGs in terms of Fcγ receptor binding and Fc-mediated functions. PDB accession numbers for deposited structures are 6D4E, 6D4I, 6D4M, and 6D4N for MmIgG1 Fc, MmIgG2 Fc, MmIgG3 Fc, and MmIgG4 Fc, respectively.     

云南地区恒河猴线粒体DNA控制区遗传多态性研究

目的从分子水平探讨云南地区恒河猴遗传多样性,为今后开展恒河猴遗传资源的保护及合理利用提供借鉴和背景资料。方法采用PCR直接测序法测定云南地区恒河猴96份样品的线粒体DNA控制区全序列,用Mege 4.0和DNA SP软件对变异位点数、简约信息位点数、单倍型、单倍型多样度、核苷酸多样度等遗传信息进行分析,基于邻接法（neighbor-joining,NJ）和最小进化法（minimum-evolution,ME）构建系统发生树。结果在96份样品中,共检测出了149个多态性位点,定义了46种单倍型,单倍型多样度（Hd）为0.968±0.007,核苷酸多样度（Pi）为0.020。结论云南地区恒河猴存在着较丰富的遗传多态性。     

Genetic variation in transferrin alleles of rhesus macaques, Macaca mulatta

The rhesus macaque displays an extensive polymorphism at the transferrin locus. A principal components analysis describes the variance and covariance of alleles at the transferrin locus in eight widely dispersed sample populations. Using an eigenvectorial representation of the covariance matrix and systematically approximated geographical locations the distribution of populations and transferrin alleles is compared. Alleles with high variance prove to be the determining factor in the placement of populations in a "genetic map" and provide a means for interpreting the low congruence of genetics and geography found.