三株牛源亚洲1型口蹄疫病毒VP1基因的克隆与序列分析

以3株国内分离的亚洲1型口蹄疫病毒(分别命名为F1、F2、F3)为研究目标,根据GenBank中注册的FMDV VP1基因的序列设计1对引物,采用RT-PCR方法成功地扩增出含有VP1全基因的片段,并测定了3个毒株VP1基因的序列.结果表明,3株亚洲1型FMDV毒株VP1基因长度均为633 bp,编码211个氨基酸.3株毒株彼此之间的核苷酸序列同源性在82.8% ～99.1%之间,推导氨基酸序列同源性在89.1% ～99.1%之间.从系统发生树看,F1株与我国香港2005年牛毒株序列同源性99.5%,属同一遗传谱系,F2株、F3株与2005年引起河北省万全县、北京市延庆县、甘肃静宁县疫情的毒株分属同一个基因群.     

三株牛源亚洲1型口蹄疫病毒聊基因的克隆与序列分析

以3株国内分离的亚洲1型口蹄疫病毒（分别命名为F1、F2、F3）为研究目标,根据GenBank中注册的FMDV VP1基因的序列设计1对引物,采用RT-PCR方法成功地扩增出含有VP1全基因的片段,并测定了3个毒株VP1基因的序列。结果表明,3株亚洲1型FMDV毒株VP1基因长度均为633bp,编码211个氨基酸。3株毒株彼此之间的核苷酸序列同源性在82．8％～99．1％之间,雅导氨基酸序列同源性在89．1％～99．1％之间。从系统发生树看,F1株与我国香港2005年牛毒株序列同源性99．5％,属同一遗传谱系,F2株、F3株与2005年引起河北省万全县、北京市延庆县、甘肃静宁县疫情的毒株分属同一个基因群。     

新疆乌鲁木齐HIV—1流行毒株膜蛋白基因C2—V3区序列测定和亚型分析

应用ＰＣＲ方法对７份１９９６年３－５月采集于新疆乌鲁木齐ＨＩＶ－１阳性静脉吸毒者的外周血单核细胞样品进行扩增,获得了ＨＩＶ－１膜蛋白基因的核酸片段,并对其Ｃ２－Ｖ３区及邻区３５０－４５０个核苷酸序列进行了测定和分析。     

H5N1亚型高致病性禽流感病毒NS1基因的克隆及其序列分析

目的：克隆H5N1亚型禽流感病毒的NS1基因,并分析其序列特性。方法：通过RT-PCR方法克隆H5N1亚型禽流感病毒NS1基因,并对该基因片段进行测序,将此序列与数据库中不同时间、地点、宿主来源的H5N1亚型流感毒株NS1基因序列进行同源性比较。结果：获得了678bp的NS1全长基因,可编码225个氨基酸;其与毒株A／chicken／Jilin／hq／2003的同源性最高,二者的核酸和氨基酸的同源性分别为99．7％和99．1％。比对分析发现,该毒株NS1基因在第238-252位有15个核苷酸的缺失;进化树分析表明,它与1997年香港流行的H5N1亚型禽流感病毒毒株分别属于2个不同的分支。结论：克隆了一株H5N1亚型禽流感病毒的NS1基因,并初步分析了其序列特性,为进一步研究NS1基因的功能奠定了基础。     

鸡传染性支气管炎病毒两个地方分离株S1基因的扩增克隆与序列分析

对IBV肾型毒株JS/95/03和呼吸型毒株SD/97/01的S1全基因进行了扩增、克隆和序列测定,将两毒株的S1基因序列与10个参考毒株进行了比较.结果表明,JS/95/03和SD/97/01分别与M41和H120株亲缘关系最近,它们可能是疫苗毒株的变异株.JS/95/03和SD/97/01间的亲缘关系也较近,两者S1蛋白中只有24个氨基酸的差异,其中有15个位于前130个氨基酸中,第116位氨基酸可能与毒株的致病性有关.对两毒株S1蛋白的二级结构进行了预测和比较,结果发现,一个或极少数氨基酸的差异即可导致S1蛋白二级结构和抗原性的改变.     

鸡传染性支气管炎病毒两个地方分离株S1基因的扩增克隆与序列分析

对IBV肾型毒株JS/95 /0 3和呼吸型毒株SD/97/0 1的S1全基因进行了扩增、克隆和序列测定 ,将两毒株的S1基因序列与 10个参考毒株进行了比较。结果表明 ,JS/95 /0 3和SD/97/0 1分别与M41和H12 0株亲缘关系最近 ,它们可能是疫苗毒株的变异株。JS/95 /0 3和SD/97/0 1间的亲缘关系也较近 ,两者S1蛋白中只有 2 4个氨基酸的差异 ,其中有 15个位于前 130个氨基酸中 ,第 116位氨基酸可能与毒株的致病性有关。对两毒株S1蛋白的二级结构进行了预测和比较 ,结果发现 ,一个或极少数氨基酸的差异即可导致S1蛋白二级结构和抗原性的改变     

水杨酸诱导的烟草抗性相关序列的分离

通过已分离鉴定的水杨酸诱导烟草‘云烟85’中与抗性相关的差异表达基因,采用差示筛选和反式Northern检测以及序列分析得到94个烟草差异表达的EST序列。经测序及同源性比较,其中87个有同源序列,7个为新序列;有51个与抗性相关,占总序列的54.3%,其中有系统获得抗性蛋白基因和病程相关蛋白基因等。     

马铃薯Y病毒p1基因的克隆与序列分析

利用依据马铃薯Y病毒(PVY)p1基因序列设计合成的一对引物YP1,YP2,以带毒烟草总RNA为模板,通过RT-PCR方法扩增得到了0．83kb的目的条带,测序结果表明为PVY p1基因。通过对PVY P1蛋白氨基酸序列分析发现PVY不同分离物间P1蛋白氨基酸序列存在明显差异,氨基酸序列同源性在64％～94％间。依据P1蛋白氨基酸序列建立了PVY系统关系树并对PVY进行了类型分析。     

6株O型口蹄疫病毒结构蛋白vp1基因的克隆与序列分析

提取6株O型口蹄疫病毒(FMDV)(T1-T6)的RNA,用一对通用引物经RT-PCR方法将6株FMDVVP1基因片段扩增出来。克隆测序,核苷酸序列分析表明,T1-T6六株vp1基因的核苷酸序列同源性在95%～99.8%之间,氨基酸序列同源性在94.8%～100%之间。T1-T6六株病毒vp1基因的核苷酸序列与已经发表的O/HKN/14/82、O/TAW/81/97、O/PHI/7/96、O/HKN/1/99和O/HKN/16/96的同源性较高,核苷酸序列同源性在86.1%～95.8%之间;发现6株毒株的主要中和抗原表位140-160、200-213位的氨基酸序列完全相同,推测它们有相近的中和抗体表位和抗原性。故推断本试验中的6株FMDV株属于同一基因型,即FMDVO型中国拓朴型(Cathaytopotype)。     

棉花抗逆相关基因GhDr1的克隆及生物信息学分析

通过TAIL-PCR的方法从棉花中克隆到未知功能的新基因GhDr1,生物信息学分析结果表明,GhDr1的预测蛋白含有酪氨酸激酶和蛋白酶C磷酸化位点、潜在的锌指类功能模块、MAPK磷酸化位点及MAPK相互作用识别位点;与GhDr1同源基因位于同一基因簇的基因多为参与逆境信号转导的蛋白。推测GhDr1基因可能在逆境信号转导途径的磷酸化级联反应中被调节,参与棉花逆境应答的生理过程。     

大菱鲆MC1R基因克隆与序列分析

黑素皮质素受体1(melanocortin-1-receptor,MC1R)是黑色素形成调控中的一个关键因子.MC1R通过调节色素产生的数量和类型,决定皮肤表型.本研究根据鱼类的MC1R基因保守区的核苷酸序列设计引物,利用PCR技术扩增出大菱鲆MC1R基因部分片段,纯化后进行克隆测序.经生物软件拼接后,得到大菱鲆MC1R基因编码区951 bp片段.序列分析表明:此片段与GenBank上公布的部分鱼类的MC1R基因序列同源性较高(97%～86%).本试验结果为进一步研究该基因的结构与生物学功能奠定了基础.     

猪a1-岩藻糖转移酶基因(FUT1)在26个中外猪种中的遗传变异研究

肠毒素大肠杆菌F18(ECF18)是引起仔猪断奶后水肿和腹泻病的主要病原菌,a1—岩藻糖转移酶基因(FUT1)是ECF18侵染猪小肠的受体蛋白候选基因。通过采用PCR—RFLP方法检测了5个西方商业猪种以及21个中国地方猪种(群)1458个个体在FUT1基因开放阅读框架的307核苷酸位点的G-A点突变(M307^G-A)遗传变异。结果表明：5个外来猪种以及中国地方猪种中的临高猪在该FUT1基因位点存在多态性,其他中国地方猪种均表现为极端的单态分布,只有易感的GG基因型,没有多态性。由此提示：1)如果猪FUT1 M307^G-A点突变是决定猪小肠上ECF18受体表达与否的关键因素,则绝大部分中国地方猪种均不具备抵抗ECF18的遗传基础,这除了表明ECF18抗性基因有可能起源于西方猪种外,同时也表明对中国地方猪种中在这个位点惟一存在多态性的海南临高猪的品种资源保存具有非常重要的意义。2)一般而言,在中国的养猪生产实践中,中国地方猪种的仔猪抗水肿与腹泻病能力普遍强于外来猪种,研究的结果提示有必要对中国地方猪种所具备的上述遗传抗性做更深入的研究,寻找、定位其相应的QTL或／和抗性基因。     

猪Ⅱ型圆环病毒ORF1基因克隆及在E.coli中的表达

猪圆环病毒(porcinecircovirus ,PCV)属圆环病毒科(Circoviridae) ,为单股负链DNA病毒,以滚环方式进行复制,是目前已知的最小的动物病毒之一.PCV有2种基因型即PCV 1和PCV 2 ,两者细胞培养均不引起病变.前者广泛存在于猪源肾细胞中,但并不引起感染猪发病,其基因组为1 75 9bp ;后者首先由Allan等[1 ] 从患断奶猪多系统衰弱综合症(postweaningmultisystemicwastingsyndrome ,PMWS)的猪群中分离到,被证明为PMWS的重要病原.PCV 2主要侵害感染猪的免疫系统[2 ] ,从而诱发猪体的免疫抑制.PCV 2常和呼吸与繁殖障碍综合征病毒(PRRSV)…     

Polymorphism of the Serotonin Receptor Type 2A (5-HTR2A) Gene and Verbal Fluency in Normalcy and in Schizophrenia

To study the effect of the serotonergic brain system on verbal fluency (i.e., the ability to rapidly extract necessary words from the internal vocabulary), the T102C polymorphism of the serotonin receptor type 2A (5-HTR2A) gene was tested for association with verbal fluency in 108 patients with schizophrenia or disorders of the schizophrenic spectrum and 97 mentally healthy individuals. A significant association was observed only in male schizophrenics (n = 67), with homozygotes A2A2 having lower verbal fluency. The results do not support the association between the 5-HTR2A polymorphism and verbal fluency in normalcy, and agree with the assumed contribution of genotype A2A2 to the severity of schizophrenia.     

深圳地区2001～2004年肠道病毒71型部分VP1区基因分析

肠道病毒71型（Enterovirus type71,EV71）自1974年Sehmidt等人首次报道从美国加利福尼亚暴发的表现为中枢神经系统症状的患者标本中分离到后,世界上许多国家相继报道了EV71在不同地区的流行。近年来EV71在亚洲地区的流行呈上升趋势。目前已知EV71的感染可以导致手足口病、无菌性脑膜炎、脑炎和脊髓灰质炎样的麻痹性疾病等多种与神经系统相关的疾病。EV71已经取代脊髓灰质炎病毒成为肠道病毒中最受瞩目的成员。根据病毒衣壳蛋白VP1核苷酸序列的差异,可将EV71分为A、B、C3个基因型。