转录因子结合位点的计算分析方法

基因组上众多基因和非编码转录体按照特定的规律有序地表达是细胞正常生命活动的基础。转录调控是基因表达调控的关键步骤,转录因子结合在基因启动子序列中的转录因子结合位点,启动基因的转录和控制基因的转录效率。分析转录因子结合位点对研究基因调控系统有着重要意义,生物信息学在转录因子结合位点的研究中发挥着关键的作用。文章综述了分析蛋白质编码基因的转录因子结合位点的典型流程,总结了主要的算法、软件和资源,并简要评述了目前非编码RNA转录调控的研究现状。     

转录因子结合位点生物信息学研究进展

By using genome in situ hybridization (GISH) on root somatic chromosomes of allotetraploid derived from the cross Gossypium arboreum × G. bickii with genomic DNA (gDNA) of G. bickii as a probe, two sets of chromosomes, consisting of 26 chromosomes each, were easily distinguished from each other by their distinctive hybridization signals. GISH analysis directly proved that the hybrid G.arboreum×G. bickii is an allotetraploid amphiploid. The karyotype formula of the species was 2n = 4x = 52 = 46m (4sat) + 6sm (4sat). We identified four pairs of satellites with two pairs in each sub-genome. FISH analysis using 45S rDNA as a probe showed that the cross G. arboreum×G. bickii contained 14 NORs. At least five pairs of chromosomes in the G sub-genome showed double hybridization (red and blue) in their long arms, which indicates that chromatin introgression from the A sub-genome had occurred.     

酿酒酵母转录调控位点生物信息学研究进展

随着转录调控网络成为后基因组时代研究的最重要的问题之一,研究转录因子结合位点对此有着重要意义,生物信息学在转录因子结合位点的研究中也发挥着越来越关键的作用。方法:本文对目前研究最早最成熟的真核模式生物酿酒酵母基因组转录调控位点生物信息学研究现状进行分析。结果:本文总结了常用的转录因子相关的数据库、转录因子结合位点的表示方法、预测算法,并简要阐述了调控网络的类型和研究现状。结论:本研究结果为深入研究真核生物的转录水平调控模式奠定理论基础。     

基因表达与转录因子

单细胞生物经历漫长的过程进化为多细胞生物,胚胎的发育与分化则为此过程的缩影。由一个多向性的单细胞发育成一个具有复杂的、各种不同功能的多细胞个体,这就是分化。从进化和分化的角度而言,为节省能源又不失去必要的功能,细胞间出现了分工合作,每个细胞利用有限的...     

基于转录组的楠木MYB转录因子的挖掘及分析

楠木(Phoebe zhennan)为樟科常绿乔木,是国家二级重点保护树种。楠木生长缓慢,木材形成所需周期较长,其原因有待进一步深入分析。近年来转录因子已成为植物分子生物学研究的热点,高通量测序技术的应用和发展促进了转录因子的挖掘和深入分析。该研究基于我国特有濒危树种楠木的转录组数据,通过与拟南芥基因组MYB转录因子进行对比,对楠木MYB转录因子进行挖掘和生物信息学分析,并结合功能预测和不同组织表达对其进行深入分析。结果表明:从楠木转录组数据中,共挖掘出82个MYB转录因子,这82个MYB转录因子蛋白质所含氨基酸数目为50~1 121个、分子量为5.907~123.64 k Da,整体表现为亲水性不稳定蛋白,以α-螺旋和无规则卷曲为主要二级结构元件。序列比对和进化树分析表明,楠木MYB转录因子的结构域有高度保守性,含有[W]-X(19)-[W]-X(19)结构;82个Pz MYB可分为22类,参与生长发育、次生代谢、逆境响应等过程,与功能预测分析结果相一致。同时,在楠木茎和叶中,差异表达Pz MYB数目为18个,其中上调10个、下调8个。该研究结果不仅对楠木MYB转录因子的挖掘和功能分析以及分子生物学研究奠定了基础,而且还对其遗传改良和分子育种具有参考价值。     

GATA—1红系特异性转录调节因子

ＧＡＴＡ－１是一种红系特异性转录调节因子,其结合基序广泛存在于红系特异表达基因的顺式调节元件中;ＧＡＴＡ－１具有锌指结构;能反式激活携带其结合基序的报告基因,在红系细胞分化发育中起重要作用。     

铁皮石斛WOX转录因子的鉴定和分析

为了解铁皮石斛(Dendrobium officinale)WOX转录因子的功能,采用全基因组分析技术对铁皮石斛WOX家族成员进行鉴定,并进行生物信息学和表达模式分析.结果表明,铁皮石斛基因组中有9个WOX转录因子(DoWOX 1～DoWOX 9),大部分的DoWOXs含有2～3个外显子,启动子含有与激素诱导、逆境胁迫...