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1.
白皮松的保育遗传学研究I.基因保护分析   总被引:3,自引:0,他引:3  
在白皮松主要分布区抽取了10个天然群体进行酶电泳分析,共测定了16种酶系统,得到31个清晰酶位点和53个等位基因。按照基因频率进行分类,53个基因中有32个全局基因、14个广域基因、6个局域基因和1个特异基因。通过计算机模拟建立基因捕获曲线的结果表明,随机抽取5个群体可平均捕获99.9%的基因。群体的等位基因频率与地理生态因子的相关分析表明,Idh与Pgi—2两个位点的基因频率呈现明显的梯度变异。该项研究为有效保护白皮松天然群体的基因资源提供了依据。  相似文献   

2.
用基因芯片检测DPYD等位基因在受试人群中的发生频率   总被引:1,自引:0,他引:1  
二氢嘧啶脱氢酶基因(DPYD基因)所编码的二氢嘧啶脱氢酶(DPD酶)是氟化嘧啶类抗肿瘤药物代谢的主要限速酶,其活性存在显著的个体差异,并因此影响药物的疗效和毒副作用.大部分编码低/无活性酶的突变型等位基因是由于基因中的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)造成的,检测这些SNPs是预测患者对药物的反应和实现个体化给药方案的基础.制备并优化了用于检测DPYD基因中6个已知SNPs所编码的等位基因(DPYD*2,*3,*4,*5,*9,*12)的基因芯片,建立了该芯片的基因分型标准.并利用该芯片检测了肿瘤患者(112例)、肾病患者(83例)和健康者(45例)中DPYD突变型等位基因的发生频率.在受试人群中,突变型等位基因DPYD*5和DPYD*9平均发生率分别为32.08%和11.25%,未发现DPYD*2,*3,*4,*12突变型等位基因.而且以上单碱基突变的发生率在肿瘤患者、肾病患者和健康者间以及男性、女性肿瘤患者间无显著性差异,表明其与疾病的发生或性别无显著性关联.对20例标本的基因分型结果采用直接测序法进行验证,19例基因芯片分型结果与直接测序法结果相一致.DPYD*5、DPYD*9突变型等位基因在受试人群中具有较高的发生率.利用基因芯片能够对其实现快速准确的检测.  相似文献   

3.
用固相pH梯度等电聚焦分析Gc蛋白亚型   总被引:1,自引:1,他引:0  
用固相pH梯度等电聚焦技术及免疫固定技术对201名北京地区无关汉族群体的人血清Gc蛋白亚型进行了分型鉴定及基因频率的调查.Gc1F为0.3698.Gc1S为0.2812.Gc2为0.3490.观察值与期望值吻合良好(Σx2=1.057,P>0.70)  相似文献   

4.
白皮松天然群体种实性状表型多样性研究   总被引:73,自引:4,他引:73  
在白皮松天然林分布区共抽取了13个群体,分别测量了5个种实性状。方差分析表明:白皮松种实性状在群体间和群体内存在广泛的变异,5个性状在群体间的F值为2.44~14.68,群体内的F值为7.48~44.53,差异均达显著或极显著水平。群体内的方差分量接近80%,是白皮松表型遗传变异的主要部分。群体间的表型分化系数VST=22.8%,与其他松类树种相比,分化水平处于中等偏上。各群体内变异系数和相对极差存在显著或极显著差异,根据二者的多重比较,可将13个群体按群体内表型变异程度分为4组。种子性状地理梯度变异明显, 呈东北—西南走向。种子3个性状(亲代)的表型变异系数与子代的2年生苗高和地径、1年生苗的全干重之间达到或接近显著相关。  相似文献   

5.
【背景】主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)的多态性在很大程度上会影响生物医学实验的结果,而且特定的MHC-B等位基因与多种疾病的发展进程密切相关。食蟹猴(Macaca fascicularis,Mafa)是一种开展生物医学研究的重要实验动物,与人类相比,目前尚缺乏对食蟹猴Mafa-B等位基因的综合表征。【目的】获得全面的食蟹猴Mafa-B等位基因信息,鉴定Mafa-B等位基因共表达与进化关系。【方法】基于三代测序获得的食蟹猴MHC-B基因组信息,设计特异性引物扩增33只越南食蟹猴群体中的Mafa-B序列,并结合多种生物信息学方法进行分析。【结果】基于92个Mafa-B等位基因信息,鉴定了65个新的Mafa-B等位基因。其中,8个Mafa-B等位基因与其他地理来源的食蟹猴群体中已报道的序列相同,32个Mafa-B等位基因与其他猕猴物种中已报道的序列相同。此外,鉴定了7个高频Mafa-B谱系和7对共表达的Mafa-B等位基因,并检测到了一个潜在的重组事件。进化分析表明不同地理来源的食蟹猴群体Mafa-B序列具有很高的相似性。【结论】越南食蟹猴群体中共表达的Mafa-B等位基因经历了某些抗原的选择,不同地理来源的食蟹猴群体可能微调其Mafa-B序列以适应病原体的选择压力,本文为食蟹猴MHC遗传背景研究奠定了基础。  相似文献   

6.
大明松是广西和贵州特有的高山松类,具有很高的经济价值和生态价值,其自然种群长期没有得到充分的保护和利用,不利于该树种长期稳定发展。为了合理保护和开发利用大明松天然遗传资源,该文利用12个SSR分子标记对大明松3个天然群体进行遗传多样性研究,分析其群体间的遗传分化和基因流,为该物种的保护策略提供参考。研究结果表明:(1)12对引物共检测到37 个等位基因,多态位点百分率为100%。每个位点平均观察等位基因数(Na)为3.08,平均有效等位基因数(Ne)为1.68, 不同位点间有效等位基因数差异较大; 每个位点平均观察杂合度(Ho)为0.35,平均期望杂合度(He)为0.40,平均多态信息含量(PIC)为0.31。(2)3 个群体的Shannon''s多样性指数变化范围为0.48~0.65,Nei''s基因多样度的变化范围为0.27~0.39,与其他近缘种松类相比遗传多样性偏低。群体平均观察杂合度为0.40,平均期望杂合度为0.33,平均有效等位基因数为1.58。群体间基因分化系数(Gst)为0.10,群体间的遗传分化水平较低,大部分变异均存在群体内。群体间的基因流(Nm)为2.74,说明大明松群体间的基因交流比较充分。该研究可为大明松生物多样性保护提供重要参考依据,为科学利用大明松资源打下基础。  相似文献   

7.
[目的]克隆多形拟杆菌(Bacteroides thetaiotaomicron)Heparinase I基因,在大肠杆菌(Escherichia coli)中进行基因工程表达获得重组酶SUMO-Bt-HepI和Bt-HepI,并研究其酶学特性。[方法]对B.thetaiotaomicron肝素酶I(Bt-HepI)的基因序列进行密码子优化,PCR扩增得到目的基因,构建表达载体pET-28a-Bt-HepI和pE-SUMO-Bt-HepI,并转化至E. coli Rosetta(DE3)进行表达,分别得到重组产物Bt-HepI和SUMO-Bt-HepI,以肝素钠为底物研究两者的酶学性质。[结果]SDS-PAGE检测显示Bt-HepI和SUMO-Bt-HepI的分子量大小分别约为42.5 kDa和55 kDa。与Bt-HepI相比,融合SUMO-Tag后的肝素酶I比酶活提高了48.9%。酶学性质表明:Bt-HepI和SUMO-Bt-HepI的最适pH和温度均为pH 9、45℃,二者在pH 5-9都具有很好的稳定性,但pH<5时,SUMO-Bt-HepI的耐酸性明显高于Bt-HepI。同时,在温度低于50℃时,SUMO-Bt-HepI的比酶活高于Bt-HepI。此外,Ca2+和Mg2+对重组肝素酶I具有明显的促进作用,而Cu2+、Mn2+、Zn2+则表现出一定的抑制作用,提示在多形拟杆菌肝素酶I的结构中除了存在已知的Ca2+结合位点外,可能还存在Mg2+的结合位点。[结论]本研究首次将多形拟杆菌来源的肝素酶I和SUMO-Tag进行了融合表达,使其比酶活得到了显著的提高,为其生产应用奠定了基础。  相似文献   

8.
【背景】环境中高毒性As3+的微生物氧化在砷的生物地球化学循环中起重要作用,具有潜在的应用价值。【目的】Bacillus sp.ZJS3菌株是本实验室前期分离鉴定的一株As3+耐受菌株,而且对多种重金属具有耐受性,期望进一步明确该菌株在As3+胁迫下菌体形态变化及应对砷胁迫的遗传基础,为As3+耐受细菌的研究提供基础数据。【方法】使用单分子实时测序(single-molecule real-time sequencing,SMRT)及Illumina测序技术对Bacillus sp.ZJS3菌株进行全基因组测序,对其基因进行功能注释和生物信息学分析,并结合绝对定量PCR技术对砷抗性及砷代谢相关基因进行分析。【结果】Bacillus sp.ZJS3菌株基因组大小为5.82 Mb,GC含量为35.9%,包含染色体1个、质粒3个、CDS数量为5 981个、tRNA 104个、sRNA 136个、rRNA 42个、串联重复序列173个、基因岛13个、转运蛋白1 023个、跨膜蛋白1 717个和双组分调控基因160个。NR、Swiss-Prot、Pfam、COG、GO和KEGG数据库分别可注释Bacillus sp.ZJS3菌株基因组中97.66%、69.30%、78.52%、65.49%、67.65%和43.87%的基因。绝对定量PCR结果表明,arsC基因在砷处理条件下显著高于对照组,而arsB基因在砷处理条件下显著低于对照组。【结论】Bacillus sp.ZJS3菌株在As3+胁迫下可能导致细胞分裂无法正常进行,进而影响细胞形态。基因组中aqpZarsAarsBarsC等基因的存在表明该菌株具有As3+外排和还原As5+的能力,phoUpstBACS的存在表明菌株可以吸收As5+,但菌株受到外界环境As3+胁迫时arsB表达水平降低。  相似文献   

9.
为对北京汉族D3S1358、vWA、FGA、D8S1179、D21S11、D18S51、D5S818、D13S317及D7S820等9个STR基因座的遗传多态性进行群体遗传学研究,利用荧光标记复合扩增及毛细管电泳自动荧光检测的方法,对236名无关个体获得9个STR基因座等位基因的分布频率,结果均符合Hardy-Weinberg平衡.计算了各基因座的杂合度(H)、个人识别能力(DP)、偶合率(PM)、非父排除率(EPP)和多态性信息总量(PIC)等群体遗传学数据.结果表明,这9个STR基因座多态性好,灵敏度高,可用于人类遗传分析及法医学中的亲子鉴定和个人识别.  相似文献   

10.
中国7个地方绵羊品种遗传多样性的微卫星分析   总被引:8,自引:0,他引:8  
利用26个微卫星标记分析了中国7个地方绵羊(Ovis aries)品种的遗传多样性。通过计算基因频率、平均杂合度(H)、多态信息含量(PIC)及有效等位基因数(Ne),并根据Nei氏标准遗传距离,利用UPGMA法进行了聚类分析,评估其种内遗传变异和品种间遗传关系。结果表明:26个微卫星位点共检测到278个等位基因,Ne 在2.1288-13.3924之间;以等位基因频率为基础,得出位点的平均杂合度在0.0629-0.5903之间,品种平均杂合度在0.3633-0.4489之间。26个位点均为高度多态位点,PIC在0.6628-0.8712之间。聚类分析表明哈萨克羊、阿勒泰羊和巴音布鲁克羊遗传关系最近;然后与白藏羊、黑藏羊聚为一类;湖羊和晋中羊聚为一类。各绵羊品种的聚类关系与其来源、育成史及地理分布基本一致。  相似文献   

11.
为了明确不同群体间和群体内砂生槐天然种子富含生物碱含量与组成的差异,该研究选取来自西藏“一江四河”流域、海拔2 900~4 100 m范围内10个群体的砂生槐种子作为研究材料,采用高效液相色谱法,测定10个群体300个单株种子重要生物碱(氧化苦参碱、苦参碱、槐果碱、槐定碱)含量,应用SPSS软件分析了地理分布特征与生物碱含量之间的相关性及群体遗传变异关系,以筛选生物碱含量较高的群体,为砂生槐药物开发利用提供依据。结果表明:(1)10个群体的砂生槐种子中均含有氧化苦参碱、苦参碱和槐果碱,含量依次为:氧化苦参碱(46.18~64.08 mg/g)>苦参碱(1.14~9.82 mg/g)>槐果碱(0.08~1.16 mg/g),其中氧化苦参碱占生物碱总量的90%以上,且群体4中含量最高(64.08±7.37 mg/g);其他微量生物碱在群体3中含量最高;群体间氧化苦参碱、苦参碱和槐果碱均差异极显著(P<0.01)。(2)氧化苦参碱群体内和群体间变异相对较小,苦参碱和槐果碱群体内和群体间变异系数均较大,而且氧化苦参碱和槐果碱的群体间变异均大于群体内变异,苦参碱的群体间变异小于群体内变异。(3)氧化苦参碱与海拔呈显著正相关关系(r = 0.117*),苦参碱与海拔、经度和纬度均呈极显著负相关关系(r < -0.326**),其他关系不显著。氧化苦参碱与苦参碱和槐果碱均呈显著负相关关系(r <-0.162**),而苦参碱与槐果碱呈显著正相关关系(r =0.789**)。(4)聚类分析将10个群体聚为4类,各类间的距离差异比较大,且大多与地理因素有关。  相似文献   

12.
利用27对SSR分子标记对新疆4个野杏群体遗传多样性和遗传结构进行分析,评价新疆野杏遗传多样性水平和分化程度,为新疆野杏合理保护与利用提供科学依据。结果显示:(1)27对SSR引物共检测到431个等位基因(Na),各位点平均等位基因数(Na)和多态性信息含量(PIC)分别为15.96和0.84;物种水平上Shannons信息指数(I)和期望杂合度(He)分别为2.21和0.78。(2)群体水平上等位基因数(Na)、有效等位基因(Ne)、Shannons信息指数(I)、期望杂合度(He)和观察杂合度(Ho)分别为10.98、5.85、1.92、0.79和0.55;其中新源县野杏群体遗传多样性最丰富,巩留县群体遗传多样性最低。(3)基于F统计量分析的遗传分化系数(Fst)为0.05,基因流(Nm)为5.26;分子方差分析显示新疆野杏群体大部分遗传变异来自群体内(95.4%),群体间的遗传变异仅占4.6%。(4)新疆野杏群体遗传距离为0.06~0.49,平均为0.24;遗传相似度为0.61~0.94,平均为0.80;遗传相似度的聚类分析和遗传距离的主坐标分析结果一致,均将供试4个群体划分为两组;Mantel检测显示,新疆野杏群体遗传距离与地理距离无显著相关(r=0.332,P=0.16)。研究表明,新疆野杏资源具有丰富的遗传多样性,群体遗传分化程度较低,群体间遗传距离较小,这与新疆野杏群体的大小和悠久的演化历史以及群体间频繁的基因交流相关。  相似文献   

13.
栓菌420(Trametes sp. 420)漆酶基因lacD以两种方式在巴斯德毕赤酵母(Pichia pastoris)进行异源表达,产生两种重组漆酶:rLacDx(具有天然N-末端)和rLacDe(N-末端带有8个额外的氨基酸残基)。摇瓶发酵18d,rLacDx和rLacDe的产量分别为1.21×105u/L、7.38×104u/L [以2,2′-连氮-3-乙苯-二噻唑-6磺酸(ABTS)为底物]。在高密度发酵条件下,rLacDx的产量增加到2.39×105u/L,同时其生产周期降至7.5 d。两种重组酶对愈创木酚底物的氧化特性相似,且在50℃和pH3~10的范围内均稳定。然而,rLacDx对底物ABTS的比活力(1761u/mg)高于rLacDe (1122u/mg),其表观Km值(427μmol/L)低于rLacDe (604μmol/L)。  相似文献   

14.
目的 探索江苏常熟地区汉族人群在47个常染色体微单倍型基因座的遗传多态性,评估应用效能及法庭科学参数。方法 采用MHSeqTyper47混合DNA鉴定试剂盒进行基因座复合扩增及文库构建,使用MiSeq FGx测序平台进行测序,测得的数据应用MHTyper数据分析软件进行分析,对获得的样本遗传信息进行评估,结合千人基因组数据(1000 Genomes Project phase 3,1KG)评估群体间遗传分化指数及遗传距离,并计算法庭科学参数。结果 江苏常熟地区汉族人群与1KG中的中国北京群体的遗传分化和遗传距离最小,并得到最接近的有效等位基因数(Ae),累积随机匹配概率(combined matching probability,CMP)与1KG中东亚参考人群的5个群体均接近,为1.25×10-36,累积非父排除概率达0.999 999 999 964 1。结论 本研究报告了47个微单倍型基因座在江苏常熟地区汉族人群中的等位基因频率及遗传多态性信息,为47个微单倍型在法医学应用中提供了数据基础。另外,比较了1KG参考人群与江苏常熟地区汉族人群的多态性差异,并揭示了47个微单倍型在江苏常熟地区汉族人群中的遗传结构。总的来说,1KG中的东亚人群参考数据更符合江苏常熟地区汉族人群的遗传特征。  相似文献   

15.
铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa) Ⅲ型分泌系统(typeⅢ secretion system,TTSS)是重要的细菌致病因子之一,能够将酶蛋白直接注入到宿主细胞内,导致细胞损害的发生。重点研究了TTSS中的popN基因的功能,通过构建popN-突变子,发现该突变子在非诱导条件下,能够分泌酶蛋白,显示popN基因编码的蛋白对TTSS蛋白的分泌具有负调控作用。进一步研究发现,popN-突变子在不同培养基中TTSS的分泌水平存在着显著差异,影响对popN基因的功能的判断。为了解决这一矛盾,从几个方面分析了造成表型差异的可能因素,确定蛋白酶对TTSS分泌蛋白的降解作用,是表型差异存在的主要原因,从而首次系统地阐明popN--突变子在不同培养基中都具有TTSS组成型表达的表型,对于深入研究TTSS的调控机制具有重要意义。  相似文献   

16.
用快速微量等电聚焦技术对190名北京地区汉族健康人血清Gc蛋白亚型、Pi蛋白亚型进行分型鉴定和基因频率调查.上样量为1.5μl,电泳和染色各0.5h.Gc1F=0.4891,Gc1S=0.2432,Gc2=0.2678.观察值与期望值吻合良好.(∑X2=1.404,0.7<P<0.8).PiM1=0.7542,PiM2=0.1808,PiM3=0.0650,观察值与期望值吻合也良好,(∑X2=1.1233,0.7<P<0.8).  相似文献   

17.
β-葡萄糖苷酶在食品、医药、生物质转化等领域具有重要的应用价值,因此发掘适应性强、性质优良的β-葡萄糖苷酶是国内外研究热点。本研究从嗜热古菌Infirmifilum uzonense中成功克隆出一个GH3家族的β-葡萄糖苷酶基因,命名为Iubgl3。基因序列分析显示Iubgl3全长为2109bp,编码702个氨基酸,理论分子量为77.0kDa。将该基因在大肠杆菌中进行克隆表达并对纯化后的IuBgl3进行酶学性质研究。结果显示,重组酶IuBgl3最适pH5.0,最适温度85℃。该酶具有良好的热稳定性,80℃处理2h后仍能保持85%以上的酶活力。其具有优良的pH稳定性,在pH4.0−11.0范围内处理1h,仍维持85%以上的酶活力。通过底物特异性测定发现,该酶对对硝基苯-β-d-吡喃葡萄糖苷(p-nitrophenylβ-d-glucoside,pNPG)和对硝基苯-β-d-吡喃木糖苷(p-nitrophenyl β-d-xylopyranoside,pNPX)均有很高的水解能力,是典型的双功能酶。以pNPG为底物时的动力学参数KmVmax分别为0.38mmol和248.55μmol/(mg·min),催化效率kcat/Km=6149.20s−1mmol−1。大多数金属离子对IuBgl3的酶活力没有显著影响,SDS可导致酶完全失活,而EDTA却能提高30%的酶活力。本研究丰富了高温古菌GH3家族的β-葡萄糖苷酶基因,获得了一个稳定性优良的高温酸性双功能酶,具有良好的工业应用前景。  相似文献   

18.
为分析DNA损伤修复相关基因NBS1单核苷酸多态性(SNPs)与原发性肝癌遗传易感性的关系,并对高分辨率单链构象多态性(SSCP)检测技术在SNPs分型中的适用性进行评估,本研究对来自中国汉族人群的327例原发性肝癌以及295例阴性对照中NBS1基因常见SNPs的稀有等位基因频率进行检测和分析.此外,对NBS1基因6个常见SNPs分别选择部分样本同时进行直接序列测定,以比较2种方法的检测效果.119例原发性肝癌以及95例肝硬化/慢性肝炎组织标本的SSCP分析结果表明,6个常见NBS1基因SNPs位点(102G>A, 320+208G/A, 553G>C, 1197T>C, 2016A>G和2071-30A>T)中,SNP 1197T>C的稀有等位基因频率为68.1%,显著高于肝硬化/慢性肝炎对照的57.9% (P = 0.0298).对该SNP位点另外采用208份肝细胞癌和200份健康人群血液标本进一步分析, 肝细胞癌SNP 1197T>C的稀有等位基因频率为66.8%,显著高于健康人群对照的58.8% (P = 0.0170).其他5个SNPs的稀有等位基因频率在原发性肝癌与肝硬化/慢性肝炎之间均无显著性差异.高分辨率SSCP分析法与直接序列测定法对所选样本的SNPs基因分型结果完全一致,而且直接测序法对PCR扩增产物质量的要求相对高分辨率SSCP分析更高.研究表明,中国汉族人群NBS1基因SNP 1197T>C可能与原发性肝癌的发生相关,高分辨率SSCP技术准确度与直接测序法相当,且操作更加简便易行,非常适用于大量样本多个已知SNPs的基因分型.  相似文献   

19.
铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa) Ⅲ型分泌系统(typeⅢ secretion system,TTSS)是重要的细菌致病因子之一,能够将酶蛋白直接注入到宿主细胞内,导致细胞损害的发生。重点研究了TTSS中的popN基因的功能,通过构建popN-突变子,发现该突变子在非诱导条件下,能够分泌酶蛋白,显示popN基因编码的蛋白对TTSS蛋白的分泌具有负调控作用。进一步研究发现,popN-突变子在不同培养基中TTSS的分泌水平存在着显著差异,影响对popN基因的功能的判断。为了解决这一矛盾,从几个方面分析了造成表型差异的可能因素,确定蛋白酶对TTSS分泌蛋白的降解作用,是表型差异存在的主要原因,从而首次系统地阐明popN--突变子在不同培养基中都具有TTSS组成型表达的表型,对于深入研究TTSS的调控机制具有重要意义。  相似文献   

20.
为了提高‘云资粳41’和‘云资粳43’的抗稻瘟病能力,利用农杆菌介导法将二价表达载体pCAMBIA1300-Pi-ta+-Bchi转化到水稻愈伤组织中。经组织培养获得再生苗,再通过氯酚红显色法、PCR检测和抗稻瘟病鉴定法获得抗稻瘟病的转基因植株,为进一步创建持久、广谱抗稻瘟病水稻新材料奠定基础。结果显示:(1)抗性愈伤组织经分化和生根培养后,共获得T0代水稻再生苗137株,其中‘云资粳41’14株,‘中花11’82株,‘云资粳43’41株。(2)经氯酚红显色法和PCR对再生苗检测,‘中花11’、‘云资粳41’、‘云资粳43’的转化苗阳性率分别为66%、43%和55%。证明2个外源基因已经整合到水稻基因组中。(3)对转化阳性植株温室接种稻瘟病病菌66b鉴定结果显示,转基因植株较非转基因植株对稻瘟病的抗性明显增强,而且转Pi-ta+基因和几丁质酶基因双价的水稻植株比转单价Pi-ta+基因或几丁质酶基因的水稻植株抗稻瘟病能力强。(4)氯酚红检测结果存在一定的假阳性,PCR检测结果更真实可靠,但氯酚红显色法方便、快速,结果观察直观,可对大量的转基因植株进行初步筛选。研究表明,转Pi-ta+基因和几丁质酶基因双价基因的水稻植株具有更高的抗稻瘟病能力。  相似文献   

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