Down-regulation of 21A Alu RNA as a tool to boost proliferation maintaining the tissue regeneration potential of progenitor cells

21A is an Alu non-coding (nc) RNA transcribed by RNA polymerase (pol) III. While investigating the biological role of 21A ncRNA we documented an inverse correlation between its expression level and the rate of cell proliferation. The downregulation of this ncRNA not only caused a boost in cell proliferation, but was also associated to a transient cell dedifferentiation, suggesting a possible involvement of this RNA in cell dedifferentiation/reprogramming. In this study, we explored the possibility to enhance proliferation and dedifferentiation of cells of interest, by 21A down-regulation, using a mixture of chemically modified Anti-21A RNAs. Our results confirmed the validity of this approach that allows the amplification of specific cell populations, in a controlled manner and without inducing permanent effects. In addition to induce cell proliferation, the procedure did not decrease the tissue regeneration potential of progenitor cells in two different cell systems.     

动物长链非编码RNA研究进展

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类广泛存在于动植物体内、长度大于200nt、基本不编码蛋白质的转录本。研究表明,lncRNA能够协助蛋白质复合体转运、参与基因和染色体的激活与失活调控等,在胚胎发育、肌肉生长、脂肪沉积以及免疫应答等过程中发挥重要作用。近年来,在人类基因组计划和ENCODE(The Encyclopedia of DNA Elements)计划推动下,在动物中不仅鉴定出数量众多的lncRNA,而且在lncRNA调控脂肪代谢、肌肉发育以及免疫抗病等重要生物学过程的机理研究方面也取得了突破性的进展。这些研究结果颠覆了lncRNA不编码蛋白的传统观念,提出了lncRNA编码功能性小肽调控生物学过程的新模型。本文主要介绍了动物lncRNA的特征与类型、常用数据库、生物学功能、分子调控模型以及未来lncRNA的研究方向,以期为动物lncRNA功能研究提供参考信息。     

长链非编码RNA与肿瘤的关系及其临床价值

长链非编码RNA（long non-coding RNA,IncDNA）是指长度超过200个核苷酸、具有调控基因表达作用的非编码RNA。近年来研究表明,长链非编码RNA在肿瘤的发生、发展过程中发挥着促癌或抑癌作用,它们参与了细胞凋亡调控、肿瘤浸润与转移等过程;另外,它们还通过表观遗传调控的方式影响肿瘤细胞的生长。它们有希望成为新型肿瘤标志物和肿瘤治疗的靶点,在肿瘤诊断和治疗方面显示出良好的临床应用前号。     

小细胞外囊泡及其携带的非编码RNA在非酒精性脂肪性肝病中的作用

小细胞外囊泡（small extracellular vesicles,sEVs）是由细胞分泌的一种细胞外囊泡,产生于多泡体,多泡体与质膜融合并释放到细胞外基质。由于小细胞外囊泡可以携带分子质量相对较小的核酸、蛋白质、脂质,能够执行细胞间物质传递、细胞间通讯等功能。因此,小细胞外囊泡及其携带的非编码RNA不仅参与细胞正常生理过程,也可以在多种疾病的发生发展过程中起重要作用。本文综述了小细胞外囊泡在非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）中的作用,小细胞外囊泡及其携带的非编码RNA不仅有望成为NAFLD诊断的标志物,同时也具有治疗NAFLD的潜在作用,或能为治疗NAFLD提供新思路。     

长链非编码RNAs与妇科肿瘤

长链非编码RNAs(long non-codiong RNAs,lncRNAs)是具有原始或是剪切转录本功能的RNA,并不符合小分子RNAs和结构RNAs的已知定义。它们分别在宫颈癌、卵巢癌、子宫内膜癌、乳腺癌等妇科肿瘤中出现异常表达的现象,使其有希望成为未来妇科肿瘤的新型标志物和治疗靶点,但其作用机制有待于进一步探索。     

长非编码RNA HOTAIR调控胃癌细胞SGC-7901来源肿瘤干细胞样细胞

肿瘤干细胞样细胞具有自我更新、无限增殖和多向分化能力,且受到长非编码RNA（long non-coding RNAs, lncRNAs）的调控。长非编码RNA HOTAIR在人胃癌细胞中表达升高,且具有调控功能。但目前对其在胃癌干细胞样细胞中的功能尚无研究。本研究的目的是探讨胃癌肿瘤干细胞中HOTAIR对肿瘤恶性行为的调控作用。本研究采用无血清培养基在补充细胞因子条件下培养SGC-7901细胞,获得悬浮生长的肿瘤干细胞样细胞微球,检测微球细胞的表面特征因子CD44、CD24及HOTAIR的表达量变化;并通过CCK-8、流式细胞分析及ELISA等技术探讨了HOTAIR对肿瘤干细胞样细胞功能调控作用。结果表明,无血清培养基中获得的肿瘤干细胞样细胞具有自我更新能力,其可连续传代细胞微球的比率为4.75%±0.76%;RT-qPCR检测显示,相对于SGC-7901细胞,肿瘤干细胞样细胞中的HOTAIR表达量明显升高;通过慢病毒干扰技术发现,HOTAIR干扰抑制了HLA-G蛋白分泌、促进肿瘤干细胞样细胞的细胞周期推进、细胞增殖和自我更新能力维持。本研究提示,胃癌细胞系SGC-7901中的肿瘤干细胞样细胞中HOTAIR表达量升高,并可能通过促进肿瘤干细胞样细胞干性调控肿瘤恶性行为。     

乳腺癌中长非编码RNA及LncRNA编码多肽的功能

长非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)的序列长度超过200核苷酸(nucleotide, nt),部分可编码多肽。生物信息分析和多组学技术已被用于在乳腺癌中批量鉴定lncRNA与lncRNA编码肽。本文通过在线软件分析了Spencer数据库中收录的919个lncRNA编码的乳腺癌肿瘤特异性多肽,结果显示,这些多肽涉及抗癌、抗炎和细胞穿透等活性。乳腺癌的发生发展与lncRNAs的异常表达密切相关,lncRNAs通过编码多肽、调控表观遗传、调节免疫等多种途径影响乳腺癌发展。部分lncRNA编码肽独立于lncRNA,通过表观遗传调控、抑制血管生成等途径调控乳腺癌的发展。lncRNA与lncRNA编码肽在乳腺癌的诊断与治疗中也有较大的应用潜力。因此,本文系统综述了lncRNA与lncRNA编码肽在乳腺癌发生发展与诊断治疗中的作用,对该研究领域目前存在的问题和挑战进行了分析。     

心肌细胞周期调控的研究进展

尽管分子心脏学在很多方面已经取得了较大的进展,但是有关心脏形成细胞的起源、诱导心脏发生的机理、胚胎期和成人期心肌细胞增殖的调控途径仍然不是很清楚.在最近的研究中,人们对心肌细胞周期调控已有所了解.主要就心肌细胞周期活动和成人心肌细胞发生的研究进展进行了综述.     

细菌非编码RNA及其分子伴侣Hfq

细菌在生存过程中要面对复杂多样的环境,在长期进化过程中,细菌逐渐形成不同的应答机制来感应环境信号的变化,并通过精确的基因表达来调控生理生化反应。基因表达调控可分为转录水平和转录后水平两个方面,对于细菌来说,非编码RNA在转录后调控上发挥着重要的作用,而大多数非编码RNA与靶标m RNA的相互作用过程又离不开Hfq蛋白的辅助。本文综述了非编码RNA的分类、调控特点,伴侣蛋白Hfq的结构、功能以及两者相互作用的机制,以期深入了解非编码RNA及其伴侣蛋白Hfq在转录后调控中发挥的作用。     

非编码DNA序列的功能及其鉴定

非编码DNA序列是指基因组中不编码蛋白质的DNA序列。这些序列可以结合调节因子、转录为功能性RNA、单独或协同地调节生理活动和病理过程。文章围绕基因表达调控作用, 总结了近几年非编码DNA序列的研究成果, 对其结构、功能和可能的作用机制进行了初步阐述, 介绍了目前鉴定非编码DNA序列中功能元件的计算方法和实验技术, 并对非编码DNA未来的研究进行了展望。     

植物长链非编码RNA研究进展

长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)长度大于200个核苷酸,大量存在于生物体中并具有多种生物学功能。目前,植物中发现的lncRNA大多由RNA聚合酶Ⅱ转录,并通过目标模仿、转录干扰、组蛋白甲基化和DNA甲基化等多种机制介导基因的表达,在植物开花、雄性不育、营养代谢、生物和非生物胁迫等生物过程中起着调节因子的作用。文章综述了近年来发现的植物lncRNA数据库、预测方法、表达及可能的生物学功能。     

Defining a minimal cell: essentiality of small ORFs and ncRNAs in a genome-reduced bacterium

Identifying all essential genomic components is critical for the assembly of minimal artificial life. In the genome-reduced bacterium Mycoplasma pneumoniae, we found that small ORFs (smORFs; < 100 residues), accounting for 10% of all ORFs, are the most frequently essential genomic components (53%), followed by conventional ORFs (49%). Essentiality of smORFs may be explained by their function as members of protein and/or DNA/RNA complexes. In larger proteins, essentiality applied to individual domains and not entire proteins, a notion we could confirm by expression of truncated domains. The fraction of essential non-coding RNAs (ncRNAs) non-overlapping with essential genes is 5% higher than of non-transcribed regions (0.9%), pointing to the important functions of the former. We found that the minimal essential genome is comprised of 33% (269,410 bp) of the M. pneumoniae genome. Our data highlight an unexpected hidden layer of smORFs with essential functions, as well as non-coding regions, thus changing the focus when aiming to define the minimal essential genome.     

LncRNA ITGA9-AS1抑制乳腺癌细胞增殖并增强其对顺铂的敏感性

长链非编码RNAs (long non-coding RNAs, lncRNAs) 是一类长度大于200 nt,无蛋白质编码功能的RNAs。近年来,lncRNAs在肿瘤发生发展中的作用备受关注。LncRNAs芯片分析结合后期实时荧光定量PCR验证发现,ITGA9-AS1在MCF-7细胞中的表达量显著高于耐药细胞MCF-7/5Fu,且其在乳腺癌细胞中的表达量显著低于正常乳腺上皮细胞。生物信息学预测,ITGA9 AS1无蛋白质编码功能。在乳腺癌细胞T47D中过表达ITGA9-AS1,可显著抑制该细胞的增殖和克隆形成能力,增加该细胞对化疗药物顺铂（cisplatin, cDDP）的敏感性。相反,在乳腺上皮细胞MCF-10A中敲低ITGA9-AS1的表达,能够明显增加该细胞的增殖能力和克隆形成能力,同时降低该细胞对cDDP的敏感性。总之,lncRNA ITGA9-AS1可抑制乳腺癌细胞增殖,增强乳腺癌细胞对化疗药物的敏感性。