上海地区人类免疫缺陷病毒1型感染/艾滋病患者病毒耐药基因突变及亚型分布

目的 研究上海地区人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)感染／艾滋病(AIDS)患者中HIV-1耐药株出现的情况及亚型分布。方法 对33例HIV-1感染／AIDS患者的血浆HIV-1分离株,进行抗HIV-1药物(核苷类反转录酶抑制剂、非核苷类反转录酶抑制剂和蛋白酶抑制剂)的基因型耐药检测和亚型分析。结果 33例的HIV-1均未检出对PI的耐药突变;10例高效抗反转录病毒疗法(HAART)治疗失败或抑制病毒复制不完全者中,检出的耐药突变为70％,过渡型耐药突变为20％;23例未经抗HIV-1治疗者中,耐药突变为4．3％,过渡型耐药突变为13％。所有过渡型耐药突变均为T215S。15例经血制品传播的HIV- 1均为B亚型;18例经吸毒和性传播的HIV-1中,B和CRF01-AE亚型分别为39％,和33％,此外,还有C、D、G、K和CRF02-AG亚型。结论 上海地区HIV-1感染／AIDS患者中,HAART治疗失败或复制抑制不完全者HIV-1的NRTI和NNRTI耐药突变率高;吸毒和性传播者的HIV-1中,除主要为B和CRF01-AE亚型外,尚有其他少见的亚型。     

一类新型的抗病毒药物:病毒进入抑制剂

艾滋病是严重威胁人类健康的病毒性传染病.目前临床上抗人类免疫缺陷病毒(HIV)感染的药物主要是针对反转录酶和蛋白酶.反转录酶抑制剂和蛋白酶抑制剂的联合使用能显著降低HIV感染者的发病率和病死率,然而不良反应较大,价格昂贵,而且耐药的问题日益突出.近来一类新型抗HIV药物相继问世,其中T-20已经被美国食品药品管理局(FDA)批准正式在临床使用,此外几十种同类药物已经进入临床试验.     

河南省部分地区人类免疫缺陷病毒1型耐药性发生和演变的队列研究

目的 了解河南省某地人类免疫缺陷病毒(HIV)耐药性毒株的进化演变规律.方法 将河南省南部某地74例接受齐多夫定(AZT)+去羟肌苷(ddI)+奈韦拉平(NVP)联合抗病毒治疗的艾滋病患者纳入研究队列,分别在抗病毒治疗后3、6、12、18个月进行随访调查,通过逐一访谈了解一般情况、服药方案、服药依从性及保障措施、抗病毒治疗前后的临床表现等,同时采集14 ml EDTA抗凝静脉血,检测CD4/CD8细胞数、病毒载量及基因型耐药性.结果 核苷类反转录酶抑制剂中,发生频率最高的耐药突变位点是:67、118、151和215.治疗3、6、12、18个月时AZT耐药发生率分别为6.76%、13.51%、14.86%和9.46%,ddI的耐药发生率分别为2.70%、6.76%、8.11%和5.45%,AZT的耐药发生率高于ddI,核苷类反转录酶抑制剂的耐药性呈现出先上升后下降的趋势.非核苷类反转录酶抑制剂的耐药发生率高于核苷类反转录酶抑制剂,发生频率最高的耐药突变位点是:103和181.治疗3、6、12、18个月时,NVP耐药发生率分别为9.46%、18.92%、22.97%和32.43%.非核苷类反转录酶抑制剂呈现出持续上升的耐药发生趋势.耐药和不耐药患者的病毒载量和CD4+T淋巴细胞计数无显著性差异.服药依从性差可能是耐药发生的主要影响因素.结论 本组患者中已出现对非核苷类反转录酶抑制剂的高度耐药,服药依从性是耐药发生的主要影响因素.应加强服药的监督管理,改善患者的服药依从性.     

上海地区HIV毒株基因亚型分布及原发基因耐药的分子流行病学研究

本文通过对未经抗病毒治疗患者的人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）毒株进行检测,了解上海地区HIV-1的亚型分布及原发耐药基因变异现状。对118例未经治疗的HIV感染者其标本中HIV蛋白酶全长和部分反转录酶基因进行反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增,经DNA测序后进行系统进化树分析和重组分析,以确定HIV-1基因亚型和重组体,并与斯坦福耐药数据库比对,了解耐药性突变位点。使用斯坦福REGA HIV亚型分型工具和美国国立生物技术信息中心（NCBI）HIV亚型分析工具分析亚型,获得118例患者的HIV基因序列,基因分型分别为CRF01_AE重组体57例(48.3%)、B亚型36例(30.5%)、CRF07_BC 15例 (12.7%)、CRF08_BC 7例(5.9%)、C亚型2例(1.7%),亚型间或重组体间二重重组体(B/CRF01_A E)1例(0.8%)。蛋白酶抑制剂(PI)和反转录酶抑制剂相关的耐药基因突变率达54.2%（64/118）,其中2例（1.7%）发生PI耐药,基因突变位点：M46L、Q58E。5例(4.1%)对反转录酶抑制剂产生耐药,其中对核苷类反转录酶抑制剂（NRTI）和非核苷类反转录酶抑制剂（NNRTI）的耐药率分别为3例(2.4%)和5例(4.1%)。基因突变位点：NRTI为M41L、D67N、T69I/N/S、K70L、L74V、V75L、V118I、M184V、L210W/F/M/S和T215F;NNRTI为V90I、L100V、K103R/N、V106M/P/I/G、E138G/A、V179E/D/T、Y181C、G190A、H221Y、F227L、K238S和Y318F。结果提示,上海地区HIV毒株以CRF01_AE重组亚型为主,且发现新的重组体,可能出现新重组体流行的趋势。PI和反转录酶抑制剂相关的耐药基因突变率较高,且存在高度原发耐药毒株,应加强HIV-1耐药基因变异监测,科学、合理地给予抗病毒治疗。     

上海2009甲型H1N1流行性感冒病毒全基因组分析

2009年全球暴发2009甲型H1N1流行性感冒(简称流感)疫情,上海于2009年5月出现第1例输入型病例。为了解上海地区输入型2009甲型H1N1流感病毒的生物学特征,以上海较早发现的2例输入型甲型H1N1流感患者作为研究对象,分离出A/Shanghai/37T/2009和A/Shanghai/71T/2009病毒,利用实时定量荧光反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)鉴定病毒,通过扫描透射电子显微镜观察、免疫荧光检测、全基因组测序和生物信息软件分析,对这2株流感病毒形态、结构、耐药性、基因特点和病毒型别等进行研究。结果显示,病毒呈现正黏病毒颗粒形态特征;犬肾(MDCK)细胞内的病毒能与患者恢复期血清反应。此2株病毒的全基因核酸序列和氨基酸序列与美国参考株A/California/04/2009(H1N1)有较高同源性,其中第31位氨基酸残基发生改变。对金刚烷胺耐药,而对奥司他韦敏感。基于全基因组的系统发育分析,确认此2株病毒属2009甲型H1N1流感病毒。     

010 一种可抑制人类免疫缺陷病毒1型与CD4结合的小分子

除了最近证实的融合抑制物enfuvirtide(T-20)外,所有已确认的人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)药物都以病毒的两个酶作为作用靶：反转录酶和蛋白酶。尽管抗反转录病毒联合疗法已取得令人瞩目的成就,但由于病毒抗药性的出现和由于药物强烈的不良反应和复杂的服药方案造成患者不配合现象,     

南宁市HIV-1/AIDS人群治疗前pol区遗传特性及蛋白结构分析

为探讨南宁市某县艾滋病病毒1型(HIV-1)感染人群中治疗前pol区遗传特性及蛋白结构变化情况,本研究通过RT-PCR扩增pol区部分序列并进行测序,将序列同源比对构建系统进化树;分型确定毒株亚型和斯坦福大学HIV耐药性数据库比对,分析耐药相关位点;SWISS-MODEL蛋白质同源数据库进行建模分析氨基酸的突变对蛋白质结构和功能的影响。本研究在90份HIV-1标本中获得46个pol区有效序列,共发现4种亚型,其中CRF01_AE占76.08%(35/46)、CRF08_BC占15.22%(7/46)、CRF07_BC占(3/46)6.52%、CRF59_01B1占2.17%(1/46);46个序列中有4例(8.69%)出现耐药突变位点,没有针对核苷酸反转录酶抑制剂(NRTI)的耐药突变;针对蛋白酶类抑制剂(PIs)1例,PR蛋白酶的柔性部位I47V位点发生突变,β折叠结构的I84V位点发生突变,都是异亮氨酸突变为缬氨酸;针对非核苷酸反转录酶抑制剂(NNRTI)有3例,2例位于活性中心的Y181C位点由酪氨酸突变为半胱氨酸,1例位于转角处的E138G位点由谷氨酸突变为甘氨酸。研究表明,南宁市某县HIV-1病毒CRF01_AE重组亚型比例最大,未经抗病毒治疗HIV1感染者中已经出现pol区耐药突变株,突变位点主要位于活性中心及柔性部位,传播水平已经处于中等流行状态。深入分析蛋白质与抑制剂相互作用机制,有助于为艾滋病抗病毒及耐药性监测方案提供科学依据。     

动物反转录病毒的进展——第二十一次国际生物标准会议记要

<正>由于马感染性贫血病毒(EIAV)关系到世界范围内兽医学的研究,所以它的研究正反转录病毒的各方面均处于领先地位。这些成就包括首先了解一种动物疾病的病毒性病因,发展了反转录病毒的商品诊断试剂,揭示了反转录病毒传染的昆虫媒介。描述了慢性反转录病毒感染中的抗原变异,以及预防反转录病毒感染的最早的疫苗的现场试验。随着发现了人免疫缺陷病毒(HIV)和它被定为一种慢性感染特征。EIAV系统作为一种唯一的动力     

HIV-1耐药性相关研究进展

随着高效抗逆转录病毒治疗(highly active anti-retroviral therapy,HAART)的应用和推广,人免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)耐药性的问题日益突出。目前,HIV-1型病毒(HIV-1)耐药现象普遍存在,且其耐药率处于较高水平,已成为影响艾滋病(acquired immunodeficiency syndrome,AIDS)防治工作的突出难题。鉴于HIV-1耐药问题的重要影响,现就HIV-1耐药的产生和进化、耐药现状及其耐药机制作一概述。     

美国微生物学会会讯摘要(2005年第4期)

1．关于艾滋病(AIDS)流行的起源,目前仍是未解的秘密。一种观点认为其起源为黑猩猩的一种反转录病毒(SIVcpz),因跨种而致感染(Nature,1999,397：436),然而仅在一只黑猩猩中发现该病毒,与人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)相似,从其他黑猩猩中并未发现同样的病毒。由于1960年Houghton Miffin公司在购买黑猩猩时常用混合的人全血给予腹腔注射以“防止得到人中的疾病”,因此该黑猩猩体内发现的反转录病毒可能来自人血,故Goldberg等认为目前尚不能认为SIVcpz是人HIV的起源。     

替换HIV-1衣壳蛋白基因SHIV的构建及其活性测定

将猴免疫缺陷病毒(Simianimmunodeficiencyvirus,SIVmm239)中gag基因的衣壳蛋白部分置换成人免疫缺陷病毒(Humanimmunodeficiencyvirustype1,HIV-1HXBc2)的相应部分,构建出替换了衣壳蛋白基因的人/猿嵌合免疫缺陷病毒(SHIV)原病毒DNA。用此SHIV原病毒DNA转染293T细胞,细胞中能够检测到嵌合病毒基因的转录与翻译;在细胞培养液上清中亦可检测到装配出的病毒颗粒。病毒颗粒形态正常,含有基因组RNA,具有反转录酶活性,嵌合的外源衣壳蛋白能够正确剪切,形成棒状的核心。将此嵌合SHIV病毒感染MT4细胞,病毒能够吸附并进入细胞,能完成反转录过程,但不能增殖。     

替换HIV-1衣壳蛋白基因SHIV的构建及其活性测定

将猴免疫缺陷病毒(Simian immunodeficiency virus,SIVmm239)中gag基因的衣壳蛋白部分置换成人免疫缺陷病毒(Human immunodeficiency virus type1,HIV-1 HXBc2)的相应部分,构建出替换了衣壳蛋白基因的人/猿嵌合免疫缺陷病毒(SHIV)原病毒DNA.用此SHIV原病毒DNA转染293T细胞,细胞中能够检测到嵌合病毒基因的转录与翻译;在细胞培养液上清中亦可检测到装配出的病毒颗粒.病毒颗粒形态正常,含有基因组RNA,具有反转录酶活性,嵌合的外源衣壳蛋白能够正确剪切,形成棒状的核心.将此嵌合SHIV病毒感染MT4细胞,病毒能够吸附并进入细胞,能完成反转录过程,但不能增殖.     

牛免疫缺陷病毒反式激活因子功能域的研究

牛免疫缺陷病毒(Bovine immunodeficiency virus, BIV)与人免疫缺陷病毒(Human immunod eficiency virus, HIV)同属反转录病毒科慢病毒属[1].BIV基因组5′端的长末端重复序列(LTR)起始病毒结构基因和非结构基因的转录[2],因而许多细胞因子和病毒编码的调节蛋白作用于LTR,以调节BIV的基因表达.     

植物反转录转座子及其在功能基因组学中的应用

高等植物中的反转录转座子是构成植物基因组的重要成分之一.它分病毒家族和非病毒家族两类,病毒家族包括反转录病毒和类似于反转录病毒的非病毒转座子,病毒家族中的反转录转座子可再细分为Ty3-gypsy类和Ty1-copia类;非病毒家族可细分为LINE类和SINE类.正常情况下大部分反转录转座子不具有活性,某些生物或非生物因素胁迫可激活部分反转录转座子转座.反转录转座子自身编码反转录酶进行转录,以"拷贝-粘贴"的转座模式导致基因组扩增和进化.具有活性的反转录转座子通过插入产生新的突变,可作为一种基因标签技术,应用于功能基因组学研究,并成为研究植物基因功能和表达的重要技术平台.本文综述了近几年来在植物反转录转座子方面的研究进展,主要包括植物反转录转座子的结构、特征、活性及其对基因组的影响和它们在功能基因组学中的应用.     

COPI相关蛋白在病毒复制中作用的研究进展

COPI主要负责从高尔基体到内质网的蛋白囊泡运输。许多病毒包括RNA病毒和DNA病毒以及反转录病毒会劫持或借助COPI通路和(或)COPI相关蛋白如coatomer,ARF1和GBF1以利于其自身生命活动。本文就COPI相关蛋白在病毒复制中的作用的最新进展进行综述。     

链特异性RT-PCR方法检测口蹄疫病毒负链RNA

旨在建立一种快速、灵敏、特异的检测口蹄疫病毒在复制过程中产生的负链RNA的方法。根据口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus,FMDV)病毒5’-非编码区(5’-UTR)基因序列,设计了5条引物链特异性RT-PCR引物,建立检测口蹄疫病毒负链RNA的链特异性RT-PCR方法。提取FMD病毒RNA,应用设计的正向引物T1-H1做反转录引物,经反转录和RNA酶A消化后,再经两轮链特异性PCR扩增,可特异性地检测FMDV在复制过程中产生的负链RNA。所建立的检测口蹄疫病毒负链RNA的链特异性RT-PCR方法是一种可靠的方法,在确定细胞培养物和动物感染FMDV的病毒复制和了解病毒的致病性研究中具有应用前景。     

耐药相关性的人类免疫缺陷病毒基因变异

随着高效抗反转录病毒治疗的广泛应用,艾滋病的治疗已获得实质性的进展。现已有23种抗病毒药物,但耐药性的出现使治疗效果下降。回顾性研究显示药物耐药性可以先于新的药物治疗而存在。前瞻性研究显示若事先掌握病人的基因耐药资料,抗病毒治疗的效果将好于未掌握资料者。本文将详细综述人类免疫缺陷病毒耐药机制和临床意义以指导抗病毒治疗。     

HBV定量检测对拉米夫定停药的指导意义

目的:探讨核苷类似物(NAs)拉米夫定(LAM)用药时间与乙型肝炎(CHB)患者体内HBV病毒血清HBV-DNA载量的关系。方法:选取214例HBeAg阳性患者,在LAM(100 mg/d)的36个月用药治疗前使用实时荧光定量PCR进行血清HBV-DNA载量进行测定,并使用特异性引物鉴定HBV病毒DNA保守位点YMDD的抗药性突变以及病毒株的变化情况。结果:(1)214例患者均对LAM产生应答,在治疗12-18个月后血清HBV-DNA载量稳定在较低水平。(2)病毒株在NAs治疗前已经出现耐药性突变(18%),用药加速了HBV病毒的耐药进化,18个月后耐药病毒数在214例样本中均超过10%的检测标准。结论:LAM治疗在9-18个月获得良好的治疗效果,建议24个月后停药更换临床处方防止耐药病毒株的进化。     

马传染性贫血强/弱毒嵌合病毒的体外构建

马传染性贫血病毒(equine infectious anemia virus,EIAV)引起马传染性贫血(简称马传贫),导致马持续性感染和反复病毒血症[1].EIAV与人免疫缺陷病毒Ⅰ型(HIV-1)同属反转录病毒科慢病毒属,二者有很多相似的特性[2].在反转录病毒前病毒基因组两端含有长末端重复序列(long terminal repeat,LTR).LTR含有真核启动子,其中含有病毒转录调控顺式作用位点,病毒编码的反式作用因子与其结合后可以反式激活基因的表达,对病毒基因的表达和其它生命活动起重要调控作用[3,4].因此,LTR序列的变异可能会引起病毒转录和复制方式的改变,进而引起其细胞嗜性和致病性的改变[5,6].为了探讨LTR在EIAV病毒复制和转录过程中的作用,并进一步研究EIAV的致病和免疫机制,用EIAV强毒L株LTR置换了以前构建的EIAV DLA(弱毒)感染性分子克隆中的LTR,构建了马传贫强/弱毒嵌合分子克隆,并获得了具有感染性的强/弱毒嵌合病毒.     

反转录病毒感染与肿瘤发生

病毒感染与癌症的关系是生物医学领域中非常重要的研究方向, 估计当前全世界至少20% 人类肿瘤的发生与病毒感染有密切联系。本文对反转录病毒诱发肿瘤的各种作用机制进行了详细阐述。根据致病速度的快慢, 反转录病毒被分为两大类: 能迅速诱导肿瘤产生的急性转化反转录病毒和缓慢诱导肿瘤产生的非急性转化反转录病毒。急性转化反转录病毒通过其自身携带的癌基因快速诱导肿瘤产生, 而细胞原癌基因的插入激活则是非急性转化反转录病毒引起肿瘤的主要机制。对反转录病毒致瘤机制的研究揭示了肿瘤发生过程中的一些重要原理和机制, 包括原癌基因激活以及肿瘤抑制基因失活等, 对探讨非病毒引起的人类肿瘤的发生机制同样具有重要的参考意义。