16SrDNA同源性所揭示的双歧杆菌与有关细菌的亲缘关系

本研究测定了低ＧＣ含量的双歧杆菌（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｏｐｉｎａｔｕｍ）和新种Ｂ。ｔｈｅｒｍｏｃｉ．ｄｏｐｈｉｌｕｍ的１６ＳｒＤＮＡ全序列,在同另外１９个双歧杆菌及８个相关细菌的１６ＳｒＮＡ同源笥分析的基础上构建了系统发育树。结果表明：除低ＧＣ含蜈的Ｂ．ｉｎｏｐｉｎａｔｕｍ外,所有双杆菌的种在１６ＳｒＤＮＡ序列相似性≥８２％的水平上聚类为一个簇群。尽管Ｂ．ｉｎｏｐｉｎａｉｕｍ与其它     

应用PCR与温度梯度凝胶电泳分析龈上菌斑微生物群落

目的应用PCR与温度梯度凝胶电泳(PCR—TGGE)分子技术对成年健康口腔的龈上菌斑中微生物群落组成进行分析。方法8例成年个体包括4男4女,年龄19～29岁,分别采取每例个体上下颌牙周龈上菌斑样品,共18份(个体Subl间隔10天采集2次样品)。提取菌斑DNA,PCR扩增16SrDNAV3可变区,产物经TGGE后进行相似系数分析。结果同一个体的上下颌微生物群落组成相似性系数为81％～95％,而不同个体的龈上菌斑微生物群落组成相似性系数,均在60％以下。结论不同个体具有其独特的牙周微生物群落,而且在一定时期内组成稳定。     

适用于分离人肠道中双歧杆菌的选择性培养基

【目的】比较并评价5种双歧杆菌选择性培养基对人源双歧杆菌的分离效果,试图筛选出一种适用于人肠道中双歧杆菌分离培养的选择性培养基。【方法】采集6份健康人粪便样品稀释涂布于5种选择性培养基上,厌氧培养后计数菌落并挑选单菌落进行鉴定。同时提取样品中细菌宏基因组DNA,应用变性梯度凝胶电泳技术(Denaturing Gel Gradient Electrophoresis,DGGE)和荧光定量PCR技术(Quantitative Polymerase Chain Reaction,q-PCR)揭示样品中双歧杆菌种类和数量,并以此为依据,客观评价上述5种选择性培养基的分离效果。【结果】BSM培养基和BLM培养基上双歧杆菌的计数结果与q-PCR的定量结果最为接近,并显著高于其它3种培养基。BLM培养基上分离到双歧杆菌的种类与DGGE图谱多样性分析的结果最为接近。【结论】BLM培养基是一种适用于人肠道中双歧杆菌分离培养的选择性培养基。     

胆管结扎对大鼠肠道双歧杆菌组成的影响

目的分析胆管结扎对SD大鼠肠道双歧杆菌菌群结构组成的影响。方法采集手术前3 d和手术后2周5只模型组和5只对照组大鼠的粪便样品,提取粪便样品中微生物的混合DNA进行双歧杆菌类群特异性PCR-DGGE,结合主成分分析技术比较2组大鼠在手术前后肠道内双歧杆菌结构组成的变化。结果DGGE图谱及其主成分分析表明手术后对照组和模型组大鼠肠道双歧杆菌菌群的结构组成明显不同,主要表现在假长双歧杆菌的数量在模型组显著增加,而动物双歧杆菌却明显减少。结论胆管结扎导致SD大鼠肠道双歧杆菌结构发生异常变化。     

婴儿肠道双歧杆菌种群多样性分析

使用分子生物学方法,对4例出生时间为17～120h婴儿的肠道双歧杆菌种群多样性进行分析。肠道中剖腹产婴儿在出生17h后,双歧杆菌就已定植;另外,婴儿肠道中双歧杆菌群有短双歧杆（Bifidobacterium breve）和长双歧杆菌（Bifidobacterium longum）,分别占双歧杆菌种群的65％和35％。     

轮状病毒所致幼儿腹泻中肠道双歧杆菌的动态变化

测定36例轮状病毒腹泻幼儿的粪便双歧杆菌数量,与15例健康小儿对照,并对5例轮状病毒腹泻患儿自发病早期至愈后一周作双歧杆菌的动态定量分析,结果提示双歧杆菌在腹泻早期(3天以内)未表现明显脱水时数量不减,腹泻过程中则减少,减少的程度与脱水程度有关。对双歧杆菌在轮状病毒腹泻过程中的作用作了讨论。     

儿童肠道双歧杆菌和乳杆菌种群结构分析

以21例2～5岁中国儿童的肠道菌群为研究对象,利用传统培养计数法和分子生物学技术,对此年龄段健康儿童的肠道菌群分布及其中关键益生菌的种群结构进行了定量研究。实验表明,儿童肠道厌氧菌的数量高达109CFUg(湿重),其肠道菌群的定植抗力(平均BE=2.38)较强;不同的个体之间所能检测到的关键益生菌的种类有所不同,一般能检测到其中的1～4种双歧杆菌和1～5种乳杆菌;长双歧杆菌和假小链双歧杆菌的平均数量多达107CFUg(湿重),检出率分别为90.48%和85.71%,为儿童肠道内双歧杆菌的优势菌种;L.mucosae和发酵乳杆菌的数量较多,平均为3.68log10CFUg(湿重)和3.97log10CFUg(湿重),检出率分别为71.43%和52.38%,为稳定定植于儿童肠道内的优势乳杆菌;不同种类的益生菌在不同样本之间的数量组成均存在有很大差异,双歧杆菌的样本差异为1.86～3.85,乳杆菌的为2.43～4.07。     

水貂粪便中双歧杆菌的分离与鉴定

目的运用TPY培养基,从健康水貂的粪便中分离培养、筛选出2个肠道菌株。方法细菌培养、菌落形态观察、染色镜检、分离纯化、生化试验和药敏试验。结果分离培养出的2株菌株为双歧杆菌,其中1株为长双歧杆菌,另1株为青春双歧杆菌;双歧杆菌对氯霉素极其敏感,对阿米卡星耐药。结论本实验为毛皮特种经济动物微生态制剂的研究工作奠定了基础。     

健康老年人肠道双歧杆菌和乳杆菌种群多样性分析

从31个60岁以上的符合中华医学会老年医学分会健康老年人标准的健康老人中随机选取4例作为研究对象,使用分子生物学方法,对他们的肠道双歧杆菌和乳杆菌种群多样性进行分析.研究结果表明,健康老人肠道中双歧杆菌的优势种群为长双歧杆菌（Bifi∥dobacterium longum）和假小链双歧杆菌（Bifidobacterium pseudocatenulatum）,分别占双歧杆菌种群的55%和45%;而肠道乳杆菌则有唾液乳杆菌（Lactobacillus salivarius）50%、Lactobacillus mocosae 31.1%、口腔乳杆菌（Lactobacillus oris）6.3%、鼠李糖乳杆菌（Lactobacillus rhamnosus）6.3%和瑞士乳杆菌（Lactobacillus helveticus）6.3%,其中唾液乳杆菌、Lactobacillus mocosae为健康老人肠道优势乳杆菌种群.     

成都地区母乳双歧杆菌对婴儿肠道双歧杆菌构建的影响

观察不同喂养方式婴儿肠道双歧杆菌的构建规律,初步探索母乳双歧杆菌与婴儿肠道双歧杆菌之间的相关性。

在四川大学华西第二医院纳入57对母婴志愿者,根据喂养方式分为母乳（BF）组（n = 31）和混合喂养（MF）组（1月龄内添加奶粉时间＞8 d,n = 26）,收集产妇产后0天、第30天的母乳,以及婴儿出生后0天、第7天、第30天的粪便。采用实时荧光定量PCR测定母乳和婴儿粪便中双歧杆菌属、角双歧杆菌（B. angulatum）、链双歧杆菌（B. catnulatum）、齿双歧杆菌（B. dentium）、短双歧杆菌（B. breve）、两歧双歧杆菌（B. bifidum）、长双歧杆菌长亚种（B. longum subsp. longum）、长双歧杆菌婴儿亚种（B. longum subsp. infantis）及青春双歧杆菌（B. adolescentis）的丰度。观察2组婴儿肠道双歧杆菌0―7―30天的构建规律;分析母乳双歧杆菌与婴儿肠道双歧杆菌之间的相关性。

0―7―30天2组婴儿肠道双歧杆菌构建过程存在差异。母乳双歧杆菌与婴儿肠道双歧杆菌存在相关：0 d时,BF组母乳B. angulatum与婴儿肠道B. longum subsp. longum呈正相关（r = 0.962 3,P = 0.037 7）,母乳B. longum subsp. infantis与婴儿肠道B. longum subsp. longum、B. breve及B. dentium呈正相关（r = 0.998 4,P = 0.036 1;r = 1.000 0,P = 0.000 2;r = 1.000 0,P = 0.002 3）,母乳B. catnulatum与婴儿肠道B. dentium呈正相关（r = 0.997 7,P = 0.043 1）;30 d时,BF组母乳B. adolescentis与婴儿肠道双歧杆菌属呈正相关（r = 0.532 2,P = 0.013 0）,母乳B. longum subsp. longum与婴儿肠道B. breve、B. catnulatum呈负相关（r = ‒0.458 9,P = 0.048 1;r = ‒0.520 7,P = 0.032 1）,母乳B. catnulatum与婴儿肠道B. angulatum呈负相关（r = ‒0.682 8,P = 0.007 1）,母乳双歧杆菌属与婴儿肠道B. longum subsp. longum呈负相关（r = ‒0.714 3,P = 0.046 5）;30 d时,MF组母乳B. bifidum与婴儿肠道B. longum subsp. longum呈正相关（r = 0.579 2,P = 0.030 0）,母乳B. angulatum与婴儿肠道B. catnulatum呈正相关（r = 0.550 1,P = 0.022 1）。

喂养方式会影响婴儿肠道双歧杆菌构建;母乳中存在双歧杆菌且与婴儿肠道双歧杆菌相关,母乳喂养与婴儿肠道双歧杆菌的相关性更密切,尤其0 d时相关性更强;混合喂养可能由于奶粉的添加使母乳双歧杆菌与婴儿肠道双歧杆菌的相关性降低,规律性减弱。

     

Application of denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and temperature gradient gel electrophoresis (TGGE) in microbial ecology

Here, the state of the art of the application of denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and temperature gradient gel electrophoresis (TGGE) in microbial ecology will be presented. Furthermore, the potentials and limitations of these techniques will be discussed, and it will be indicated why their use in ecological studies has become so important.     

应用16S rDNA克隆文库解析人工快速渗滤系统细菌种群多样性

本文通过构建16S rDNA克隆文库开展了人工快速渗滤(CRI)系统表层(10 cm深)细菌种群多样性研究, 结果表明, 在CRI系统表层填料中细菌多样性十分丰富, 存在7个主要类群, 其中不可培养的酸杆菌纲(uncultured Acidobacteria)和其它不可培养细菌(uncultured bacteria)在整个克隆文库中比例最大, 比例为53.72%, 其次是浮霉菌纲(uncultured planctomycete)和β-变形菌纲(β-proteobacterium), 分别占文库比例的13.89%和8.33%; 克隆文库中反硝化菌的比例高于亚硝化单胞菌属细菌(0.925%), 没有出现Nitrospira属的克隆子。本文通过16S rDNA克隆文库揭示了在生物膜上存在的优势菌为不可培养菌, 而假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)和紫色色杆菌(Chromobacterium sp.)等在平板分离培养中出现的频率较高, 两种方法之间的结果存在差异。本研究采用16S rDNA克隆文库方法揭示的结果, 将为CRI系统生物降解的进一步提高提供依据。     

应用16S rDNA克隆文库解析人工快速渗滤系统细菌种群多样性

本文出不穷通过构建16S rDNA克隆文库开展了人工快速渗滤(CRI)系统表层(10cm深)细菌种群多样性研究,结果表明,在CRI系统表层填料中细菌多样性十分丰富,存在7个主要类群,其中不可培养的酸杆菌纲(uncultured Acidobacteria)和其它不可培养细菌(uncultured bacteria)在整个克隆文库中比例最大,比例为53.72%,其次是浮霉菌纲(uncultured planctomycete)和β-变形菌纲(β-proteobacterium),分别占文库比例的13.89%和8.33%;克隆文库中反硝化菌的比例高于亚硝化单胞菌属细菌(O.925%),没有出现Nitrospira属的克隆子.本文通过16S rDNA克隆文库揭示了在生物膜上存在的优势茵为不可培养菌,而假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)和紫色色杆菌(Chromobacterium sp.)等在平板分离培养中出现的频率较高,两种方法之间的结果存在差异.本研究采用16S rDNA克隆文库方法揭示的结果,将为CRI系统生物降解的进一步提高提供依据.     

Combining denaturing gradient gel electrophoresis of 16S rDNA V3 region and 16S-23S rDNA spacer region polymorphism analyses for the identification of staphylococci from Italian fermented sausages

Separation of amplified V3 region from 16S rDNA by denaturing gradient gel electrophoresis (PCR-DGGE) and 16S-23S rDNA intergenic spacer region polymorphism (ISR-PCR) analyses were tested as tool for differentiation of staphylococcal strains commonly isolated from fermented sausages. Variable V3 regions of 25 staphylococcal reference strains and 96 wild strains of species belonging to the genera Staphylococcus, Micrococcus and Kocuria were analyzed. PCR-DGGE profiles obtained were species-specific for S. sciuri, S. haemolyticus, S. hominis, S. auricularis, S. condimenti, S. kloosi, S. vitulus, S. succinus, S. pasteuri, S. capitis and S. (Macrococcus) caseolyticus. Moreover, 7 groups could be distinguished gathering the remaining species as result of the separation of the V3 rDNA amplicons in DGGE. Furthermore, the combination of the results obtained by PCR-DGGE and ISR-PCR analyses allowed a clear differentiation of all the staphylococcal species analysed, with exception of the pairs S. equorum-S. cohnii and S. carnosus-S. schleiferi. The suitability of both molecular techniques and of the combination their results for the identification of staphylococci was validated analysing partial nucleotide sequence of the 16S rDNA of a representative number of wild strains.     

苜蓿青贮用乳酸菌复合系Al2的组成多样性

苜蓿是高蛋白的饲料作物,青贮是保存青草过冬的主要手段,但苜蓿是难青贮的作物,添加乳酸菌制剂是解决苜蓿青贮难的有效措施。本研究室通过连续的限制性培养筛选到苜蓿青贮用乳酸菌复合系Al2,用变性梯度凝胶电泳(DGGE)、平板分离及建立16S rDNA克隆文库3种手段相结合分析Al2的组成多样性,确认Al2复合菌系由7株菌组成,全部属于Lactobacillus。其中3株菌Al2-1i,Al2-2i,Al2-3i通过平板分离得到,分别属于L.plantarum(99.9%)、L.kimchii(99.4%)、L.farciminis(100%)。在Al2复合菌系的16S rDNA克隆文库中,上述7种菌的组成比例分别为55.21%、19.79%、14.58%、3.13%、3.13%、3.13%、1.03%。     

应用变性梯度凝胶电泳和16S rDNA序列分析对kefir粒中细菌多样性的研究

以开菲尔(Kefir)粒为材料,经过DNA抽提和16S rDNA V3区PCR扩增,扩增产物经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离并切割电泳条带进行序列测定,并与现有的数据库进行了比较,对Kefir粒的细菌多样性进行分析。结果表明,DGGE图谱中可检测到的8条带的16S rDNA基因序列中有7个基因序列与GenBank数据库登录的相关序列的相似性大于98%,余下的1个基因序列的相似性也大于96%。相似性大于98%的7个克隆中,有3个属于鞘氨醇杆菌属(Sphingobacterium),2个属于乳杆菌属(Lactobacillus),其它2个分别属于肠杆菌属(Enterobacter)和不动杆菌属(Acinetobacter)。首次报道了鞘氨醇杆菌作为优势菌群存在开菲尔Kefir粒中。     

Differentiation of bacterial strains by thermal gradient gel electrophoresis using non-GC-clamped PCR primers for the 16S-23S rDNA intergenic spacer region

The method for DNA fingerprinting of the 16S-23S rDNA intergenic spacer region was modified to increase resolution of bacterial strains by thermal gradient gel electrophoresis (TGGE) analysis. By utilizing the high melting temperature region of the tRNA gene located in the middle of the 16S-23S rDNA intergenic spacer region as an internal clamp for TGGE, multiple melting domain problems were solved. PCR primers lacking a stretch of GC-rich sequences (GC-clamp) amplified the intergenic spacer region more efficiently than GC-clamped primers. Therefore, PCR artifacts were avoided by using low, 17-cycle, PCR. The method was successfully applied to diverse bacterial species for strain differentiation by TGGE without requiring a special PCR primer set.     

Temporal temperature gradient gel electrophoresis (TTGE) as a tool for the characterization of arbuscular mycorrhizal fungi

The aim of this study was to assess the feasibility of using temporal temperature gradient electrophoresis (TTGE) of PCR-amplified 18S rDNA fragments of different Glomus species for their detection and characterization. Screening of Glomus clarum, Glomus constrictum, Glomus coronatum, Glomus intraradices, Glomus mosseae and Glomus viscosum by PCR-TGGE revealed that the NS31-AM1 region of the 18S rRNA gene contained insufficient variation to discriminate between them. In contrast, TTGE analysis of the NS31-Glo1 region, which was obtained by nested PCR of the NS31-AM1 amplicon, showed that each species was characterized by a specific TTGE fingerprint. However, isolates of the same species could not be distinguished. The nested PCR-TTGE approach developed allowed identification of the Glomus species colonising the roots of different plant species.