棉铃虫单核衣壳核多角体病毒解螺旋酶基因的序列分析

对棉铃虫单核衣壳核多角体病毒(Helicoverpa armigera single-nucleocapsid nucleopolyhedrovirus,HaSNPV)基因组中EcoRI-N片段进行序列分析,获得了完整的解螺旋酶基因(hel),其开放阅读框大小为3 762bp,编码一个分子量为146kD的蛋白质.在hel起始密码子ATG上游50位有强晚期启动子转录起始信号ATAAG,在-112位和-189位存在两个TATA box,但未发现早期转录信号CAGT.其在终止密码子下游第12位有一PolyA终止信号AATAAA.在其它真核或原核解螺旋酶中存在的7个保守基元(I、Ia、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ),只有5个(I、Ia、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ)在杆状病毒中保守.同源性比较发现,HaSNPV解螺旋酶的氨基酸序列与甜菜夜蛾核多角体病毒(Spodoptera exigue MNPV,SeMNPV)的解螺旋酶具有最高的同源性(66%),与Xestia c-nigrum颗粒体病毒(XcGV)解螺旋酶的同源性最低(43%).HaSNPV解螺旋酶基因是第一个报道的单粒包埋核多角体病毒的解螺旋酶基因.     

棉铃虫单核衣壳核多角体病毒（HaSNPV）Hind Ⅲ—L片段的序列分析

本文报道了棉铃虫单核衣壳核多角体病毒（Helicoverpa armigera single-nucleocapsid nucleopolyhedrovirus,HaSNPV）基因组的HindⅢ－L片段的全序列。该片段全长2635bp,包括5个有意义的开放阅读框：HaSNPV ORF227,晚期表达因子10基因（lef10 ),vp1054基因,Ac55(AcMNPV ORF55的同源基因）,Ac56（AcMNPV ORF56的同源基因）。与其它6种杆状病毒的氨基酸序列比较表明,HaSNPV的lef10基因与甜夜蛾核型多角体病毒（SeMNPV）的同源性最高。为64％,与冷杉毒蛾核型多角体病毒（OpMNPV）的同源性最低,为43％;HaSNPV的vp1054基因与SeMNPV的同源性最高。为65％,与OpMNPV的同源性最低,为49％。序列比较表明,HaSNPV的LEF10与VP1054蛋白与其它6种杆状病毒具有相同的保守区和亮氨酸拉链（leucine zipper）。     

棉铃虫核型多角体病毒几丁质酶基因及杆状病毒 几丁质酶基因的分子进化

用PCR方法扩增了棉铃虫Helicoverpa armigera单粒包埋型核型多角体病毒（HaSNPV）几丁质酶基因,测定了基因编码区的核苷酸全序列。基因编码区全长1.713 bp,可编码570个氨基酸残基组成的多肽,预计分子量为63.6 kD。将所推导的HaSNPV几丁质酶氨基酸序列与其它已知杆状病毒几丁质酶氨基酸序列进行联配比较,结果表明HaSNPV 与谷实夜蛾H.zea单粒包埋型核型多角体病毒（HzSNPV）的氨基酸序列非常相似,同源性高达90.7%,与苜蓿丫纹夜蛾Autographa californica多粒包埋型核型多角体病毒（AcMNPV）、家蚕Bombyx mori核型多角体病毒（BmNPV）、美国白蛾Hyphantria cunea核型多角体病毒（HcNPV）、舞毒蛾Lymantria dispar多粒包埋型核型多角体病毒（LdMNPV）、黄杉毒蛾Orgyia pseudotsugata多粒包埋型核型多角体病毒（OpMNPV）和云杉卷叶蛾Choristoneura fumiferana核型多角体病毒（CfMNPV）氨基酸序列同源性分别为64.4%、64.9%、64.2%、62.9%、66.2%和61.5%。根据氨基酸序列用PC＼GENE程序绘制已知杆状病毒几丁质酶的分子系统树,并与杆状病毒中最为保守的多角体蛋白基因系统树作了比较,结果表明几丁质酶基因和多角体蛋白基因的进化速率是不尽相同的。     

棉铃虫单核衣壳核多角体病毒(HaSNPV)Hind Ⅲ-L片段的序列分析

本文报道了棉铃虫单核衣壳核多角体病毒(Helicoverpa armigera single-nucleocapsid nucleopolyhedrovirus,HaSNPV)基因组的HindⅢ-L片段的全序列.该片段全长2 635bp,包括5个有意义的开放阅读框HaSNPV ORF227,晚期表达因子10基因(lef10),vp1054基因,Ac55(AcMNPV ORF55的同源基因),Ac56(AcMNPV ORF56的同源基因).与其它6种杆状病毒的氨基酸序列比较表明,HaSNPV的lef10基因与甜菜夜蛾核型多角体病毒(SeMNPV)的同源性最高,为64%,与冷杉毒蛾核型多角体病毒(OpMNPV)的同源性最低,为43%;HaSNPV的vp1054基因与SeMNPV的同源性最高,为65%,与OpMNPV的同源性最低,为49%.序列比较表明,HaSNPV的LEF10与VP1054蛋白与其它6种杆状病毒具有相同的保守区和亮氨酸拉链(1eucine zipper)     

棉铃虫核多角体病毒lef-3基因的序列分析

在棉铃虫核多角体病毒(Helicoverpa armigera Single-nucleocapsid Nucleopolyh edrovirus,HaSNPV)基因组中发现了lef-3基因,该基因位于病毒基因组的BamHⅠ -F片段上, 全长1140bp,编码379个氨基酸,预计蛋白质分子量为44kD,启动子区具有TATAbox,位于起 始密码子ATG上游40～43nt处,在终止密码子下游具典型的poly(A)终止信号AATAAA.并且 在它的氨基酸序列的N-端也具有一个类似SSB保守序列的基元结构.     

棉铃虫核型多角体病毒p40基因序列分析

克隆了棉铃虫（Helicoverpa armigera）单粒包埋型核型多角体病毒（HaSNPV）基因组HindⅢ-H,J片段,其长度分别为10kb和6．7kb。通过对克隆片段末端测序,得到HaSNPV p40基因全序列。p40基因编码区全长966bp,预计可编码36.kD的多肽。HaSNPVp40基因核苷酸序列与HzSNPVp40基因有98％的相同性,这两种基因与BmNPVp40（GenBank-L33180）和AcMNPVgp41(GenBank-L22858)的在酸序列相似性43％左右,但四种蛋白对应于HzSNPVp40,HaSNPVp40的28－277氨基酸区域,同源性高达62％,并且存在一个保守的亲水性结构域,进一步将在基因组中相邻的Hind Ⅲ-H、J两片段用BamHⅠ、EcoRⅠ、HinⅢ、PstⅠ四种限制性切酶进行了分析。     

中国棉铃虫单粒包埋核型多角体病毒多角体蛋白基因的序列分析

以AcMNPV的多角体蛋白基因为探针,定位了中国棉铃虫单粒包理核型多角体病毒（HaSNPV）的多用体蛋白基因。序列测定表明,HaSNPV的多角体蛋白基因编码区为738个核苷酸,编码246个氨基酸,预计蛋白质分子量为29kDa。同源性分析表明,HaSNPV与美洲棉铃虫单粒包理核型多角体病毒（HzSNPV）具有最高的同源性,在整个阅读框架中只有4个碱基的差异,其中第179位碱基的变化导致唯一的氨基酸变化,这种变化并未导致其二级结构的改变。此外,两种病毒该基因的启动子结构也完全一样。HaSNPV与其它的SNPV和MNPV的同源性明显要低。结果预示HaSNPV与HzSNPV可能为同种病毒的不同变种。     

棉铃虫核型多角体病毒基因组结构及p10基因

用BamHI、EcoRV、HindⅢ、KpnⅠ、PstⅠ和XbaⅠ六种限制性内切酶消化HaSNPV C1株基因组DNA,电泳后形成的大于400bp的片段数分别为11、31、13、6、7和25条。预计整个基因组长度为137.7kb左右。构建了HaJSNPV基因组6种限制性内切酶的物理图谱,并在图谱上定位了5个同源重复区hr1、hr2、hr3、hr4和hr5以及多角体蛋白(ph）基因、极早基因（ie1)、p10、几丁质酶（chitinase）基因、DNA聚合酶基因（DNApol）、解旋酶（helicase）基因、超氧化物歧化酶基因(sod）、碱性外切核酸酶基因（alk-exo）、蜕皮甾体尿苷二磷酸葡萄糖转移酶基因（egt）。HaSNPV的基因组结构与其他已知的病毒表现了很明显的差异。p10基因位于BamHI-Ⅰ片段（1.89kb)上,其转录方向与多角体蛋白基因（polh）相反。p10上游为p26基因,下游为p74基因,p26和p10基因转录方向一致,p74基因转录方向与前两者相反。p10基因编码区全长261bp,可编码分子量为9.3kD ,由87个氨基酸残基组成的多肽。编码区上游是一个富含AT区,在起始密码子ATG上游－52bp处有杆状病毒晚期基因启动子典型的转录起始位点元件TAAG,而在翻译终止密码子TGA下游20bp处有转录终止信号AATAAA。     

棉铃虫核多角体病毒iap2基因的克隆和序列分析

棉铃虫核多角体病毒（Helicoverpa armigera sinle-nucleocapsid nucleopolyhedrovirus,HaSNPV）基因组中发现了一个抗细胞凋亡基因iap2。该基因位于病毒基因组的BamH I-F片段,全长753个核苷酸,编码250个氨基酸,预计蛋白质分子量29.2kD。在iap2基因上游－30－－33的集团有一个TATA框,在－50－53的位置有一个早期转录信号CAAT,在终止密码子下游有一个poly(A)信号AATAAA,HaSNPV iap2基因编码一个锌指结构和两个BIR结构。与LdMNPV、AcMNPV、SeMNPV和OpMNPV的IAPs及果蝇DIAP2和人类XIAP等九种IAPs相比较,HaSNPV IAP2与其它的BIR（baculovirus IAP repeater）和RING结构在Cys/His基元（motif）位点上高度保守。     

棉铃虫核多角体病毒lef—3基因的序列分析

在棉铃虫核多角体病毒 (HelicoverpaarmigeraSingle nucleocapsidNucleopolyhedrovirus ,HaSNPV)基因组中发现了lef 3基因 ,该基因位于病毒基因组的BamHⅠ F片段上 ,全长 114 0bp ,编码 379个氨基酸 ,预计蛋白质分子量为 4 4kD ,启动子区具有TATAbox ,位于起始密码子ATG上游 4 0～ 4 3nt处 ,在终止密码子下游具典型的 poly(A)终止信号AATAAA。并且在它的氨基酸序列的N -端也具有一个类似SSB保守序列的基元结构