新型戊肝病毒ORF3和部分ORF1基因的序列分析

用RT-PCR方法对2例感染新型HEV的样品进行了检测,并对PCR产物进行了克隆及测序。检测结果显示用常规PCR检测易造成ORF3中GC丰富区的缺失,但在常规PCR反应液中加入GCmelt溶液可成功地扩增GC丰富区。序列分析显示T1和T11属于同一基因型,但不同于已报道的HEVI型、II型和III型,为一新的基因型。T1和T11与I型在该区的核苷酸同源性为79%～82%;与II型的同源性为80%～81%;和III型的同源性为83%～85%。     

新疆猪粪便戊型肝炎病毒RNA的检测及序列分析

从戊型肝炎病毒(Hepatitis Evirus,HEV)IgG检测阳性的新疆某猪场采集70份猪粪便,利用逆转录套式聚合酶链方法(RT-nPCR),检测HEV RNA,其中13份为阳性,阳性率18．57％。将PCR扩增产物克隆到pMD18-T载体上,构建成重组质粒并测序,结果表明,13株猪源HEV分离株在HEV ORF2 348bp核苷酸序列的同源性为97．1％～100％,为同一基因型;与HEVⅠ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ的同源性分别为74．1％-77．6％,71．6％-74．1％,73.3％～78．2％和82．8％-91.4％,与ⅣA亚型的同源性同源性最高达89．4％-91．4％。以该核苷酸片段绘制的基因进化树显示13株猪源HEV与HEV Ⅳ T1株在同一分支上,属基因Ⅳ型;与国内其他猪源HEV分离株该片段核苷酸序列的同源性为82．6％-91．3％,提示中国猪源HEV的基因型比较一致,同属HEV Ⅳ型。     

新疆猪粪便戊型肝炎病毒RNA的检测及序列分析

从戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)IgG检测阳性的新疆某猪场采集70份猪粪便,利用逆转录套式聚合酶链方法(RT-nPCR),检测HEV RNA,其中13份为阳性,阳性率18.57%.将PCR扩增产物克隆到pMD18-T载体上,构建成重组质粒并测序,结果表明,13株猪源HEV分离株在HEV ORF2 348bp核苷酸序列的同源性为97.1%～100%,为同一基因型;与HEV Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ的同源性分别为74.1%～77.6%,71.6%～74.1%,73.3%～78.2%和82.8%～91.4%,与ⅣA亚型的同源性同源性最高达89.4%～91.4%.以该核苷酸片段绘制的基因进化树显示13株猪源HEV与HEVⅣT1株在同一分支上,属基因Ⅳ型;与国内其他猪源HEV分离株该片段核苷酸序列的同源性为82.6%～91.3%,提示中国猪源HEV的基因型比较一致,同属HEVⅣ型.     

丙型肝炎病毒NS4区基因的克隆,序列分析及其表达

用RT－PCR法从一名抗-HCV阳性献血员血清中扩增到约900bp的DNA片段,经EcoRI酶切后插入pET17Xb表达质粒。SDS－PAGE表明重组质粒在约65kD处有融合蛋白表达,表达蛋白含量约为24％。对其插入片段进行序列分析：核着酸长度为945bp,A：T：G：C比例为18．6：21.9:30.5：29.0,G/C含量占59％,与其它一些HCV殊比较,核着酸同源性Ⅰ型为77．1％．Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ型均＜70％．Ⅱ型各株均＞90％;氨基酸序列比较的同源性Ⅰ型为857％,Ⅲ、Ⅳ、ⅤⅥ型各株均＞70％,Ⅱ型各株均＞93％。NS4基因的克隆和表达为其基因和产物作用的进一步研究奠定了基础。     

新疆羊粪便戊型肝炎病毒RNA的检测与序列分析

【目的】为了了解新疆地区羊群中是否存在戊型肝炎的感染,我们从戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)IgG检测阳性的新疆某羊场采集54份1-3岁的羊粪便,【方法】利用逆转录套式聚合酶链方法(RT-nPCR),检测HEVRNA,其中6份为阳性,阳性率11.11%。【结果】将PCR扩增产物克隆,测序并进行序列分析,结果表明,6株羊源HEV检测株在HEV ORF2 189bp 99.38%-100%,为同一基因型;与HEVⅠ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ型的同源性分别为78.67%-85.33%、81.33%-82.67%、78.67%-84.00%和84.67%-95.36%,与Ⅳ型最高同源性达94.04%-95.36%。以该189bp片段绘制进化树,发现与新疆牛源分离株、中国大陆猪源分离株(FJ610232)和中国大陆人源分离株(AJ272108)在同一分枝上,同属基因Ⅳ型;【结论】提示新疆羊群中可能存在HEV感染,并且羊可能是人类HEV传染源中除猪之外的新宿主。     

汉坦病毒的基因分型及其序列分析

为了探讨从核苷酸水平耐汉坦病毒进行分型,设计两对型特异性引物,采用反转录和聚合酶链式反应（ＲＴ－ＰＣＲ）,对亚太地区１８株汉坦病毒进行了扩增鉴定,并对其中７株汉坦病毒的ＰＣＲ产物进行了测序分析。ＰＣＲ的分型结果表明,Ⅰ型引物只能扩增血清Ⅰ型病毒的ｃＤＮＡ;Ⅱ型引物也只能扩增血清Ⅱ型病毒,其间无交叉反应。采用巢式ＰＣＲ和限制性内切酶验证了ＰＣＲ产物的特异性。序列分析结果表明,Ｒ３６Ｍ片段Ｇ１区的核苷酸序列与血清Ⅰ型病毒代表株７６－１１８的同源性为７８．４％,而与血清Ⅱ型病毒Ｒ２２的同源性为６８．１％;Ｒ３６与汉坦病毒序列同源性的成对比较结果也表明,Ｒ３６与血清Ⅰ型病毒的同源性均高于血清Ⅱ型病毒;Ｌｅａｋｅｙ虽然能被Ⅱ型引物扩增,但其序列与血清Ⅱ型病毒Ｒ２２的同源性仅为４４．９％,故不属于血清Ⅱ型病毒。上述研究结果表明,反转录聚合酶链反应能对多数汉坦病毒准确分型,但最终结果尚有赖于序列分析。     

丙型肝炎病毒C区基因的克隆与分析

通过RT－PCR从1份来自甘肃武威地区献血员HCV阳性血清顺克隆到573bp的HCV核心基因全片段,用T－A克隆载体法将该片段接入克隆载体pUC19中并测序,结果表明武威地区分离株与Ⅰ型株HCV－Ⅰ和Ⅱ型株HCV－HeBei在该基因区段的核苷酸／氨基酸序列同源性分别为89.6%／95.4%、97.3%／97.4%,属于Ⅱ型株。     

南京地区戊型肝炎病毒基因型鉴定和变异分析

为了解南京地区戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)基因型的分布以及变异状况,本研究采用逆转录套式聚合酶反应(RT-nPCR)的方法检测南京地区40份急性散发性戊型肝炎患者的粪便标本,对PCR产物进行测序,利用生物信息学软件比较核苷酸的同源性、遗传距离,进行基因分型和变异分析.40份粪便标本中检测到14份阳性HEV、RNA,检出率为35%,基因分型均为HEV Ⅳ型,且分属2个不同的亚型;利用生物信息学软件对国内Ⅰ型和Ⅳ型毒株加以比较,发现HEV Ⅳ型毒株比Ⅰ型变异程度高,不同年份的HEV Ⅳ型毒株变异更大,有新的亚型出现,且变异有随时间推移而增大的趋势.     

东北地区戊型肝炎病毒基因特征分析

为探索东北地区戊型肝炎病毒(HEV)流行背景和特征,本实验用抗-HEV抗体酶联免疫试剂盒检测了不同样品血清中的抗体;对样品用RT-PCR检测HEV RNA,对PCR阳性产物进行克隆测序,然后对序列进行分析。对49个呈RNA阳性的样品进行了序列测定,结果显示HEV分离株之间核苷酸同源性为82.2%~100.0%;同时,还与其它四种基因型戊型肝炎病毒进行了核苷酸序列同源性比对,分别在75.6%~81.6%、77.7%~80.9%、73.6%~81.0%和80.9%~95.7%之间。本实验还针对吉林省内的动物源HEV与人源HEV的序列进行了比对,结果其同源性在86.2%~100.0%之间,其中有5对序列完全相同。本研究获得的44个核酸片段结合HEV基因Ⅳ型中已知亚型的12个基因序列进行了亚型分类。结果 44个核酸片段对应3个分支,包括Ⅳa、Ⅳb亚型及另一支独立分支,表明本实验所获得的独立分支里包含的病毒分离株可形成新的亚型,本实验中将其命名为Ⅳh亚型。中国东北地区主要流行的HEV基因型为Ⅳ型,并且人源HEV与动物源HEV有极高的同源性,同时,还发现中国东北地区流行着国内已有报道的Ⅳa、Ⅳb亚型外,存在着一个新的亚型。     

抗—HCV阴性献血员中丙型肝炎病毒RNA检测及序列分析

对95份抗—HCVIgG阴性献血员采用逆转录聚合酶链反应法（PCR）检测丙型肝炎病毒RNA,结果8次中有6次其检测出17份阳性标本（17／95,17．9％）,复查抗—HCVIgG仍为阴性。对其中8份阳性产物中高变区1的序列分析结果表明均为不同株HCV序列．排除了PCR污染的可能性。对其中2份阳性产物测定了全序列并与HCV各基因型代表株的相应序列比较,与HCVⅡ型相应序列的核苷酸同源性为77％～79％。而与HCVⅠ、Ⅲ、Ⅳ相应序列间的同源性为62％～69％,表明为HCVⅡ型序列。结果提示献血员抗—HCVIgG筛选不能完全排除HCV感染者,漏检不是由于HCV基因序列变异．而是检测方法本身缺陷所致。     

Molecular Analysis of ORF6, ORF7 and ORF8 of Beet yellows virus Iranian Isolate

Beet yellows virus (BYV), a member of the Closteroviridae family, is one of the most important sugar beet yellowing viruses. The nine ORFs of BYV genome encode different proteins required for BYV life cycle. We sequenced a part of the genome of BYV Iranian isolate consisting of ORF6, ORF7 and ORF8. The primer pair BYVA/Z was used for amplification of this region in RT‐PCR. The amplicon (1615 bp) was cloned and sequenced. Comparisons showed the amplified segment is corresponding to ORF6, ORF7 and ORF8 of BYV genome encoding coat protein, p20 and p21 proteins, respectively. The ORF7 of BYV Iranian isolate overlaps with ORF6 and ORF8 in four and 26 nucleotides at 5′ and 3′ ends, respectively. The ORF7 of Iranian isolate of BYV was sequenced completely. However, approximately 24 nt. from the beginning of ORF6 and 23 nt. from end of ORF8, including the stop codon, were not determined. ORF6, ORF7 and ORF8 showed the highest similarity at nucleotide (98.3, 99.4 and 99.2%) and amino acid (97.4, 98.9 and 100%) sequence levels, with BYV Ukrainian isolate. Phylogenetic analysis of the deduced amino acid sequences of ORF6, ORF7 and ORF8 revealed closer relationship of Iranian isolate of BYV with BYV Ukrainian isolate than other BYV isolates available at GenBank.     

甜菜夜蛾核多角体病毒(SeMNPV)ORF100和ORF101基因的克隆、表达与纯化

目的构建甜菜夜蛾核多角体病毒(Spodoptera exigua nucleopolyhedrovirus,SeMNPV)ORF100(Se100)和ORF101(Se101)基因的原核表达载体,表达并纯化两种蛋白.方法用PCR方法扩增Se100和Se101基因,分别将它们克隆至原核表达载体pQE-30上,转化宿主菌M15[pREP-4],用IPTC进行诱导表达,表达产物用Ni-NTA金属螯合层析法进行纯化,SDS-PAGE检测表达的目的蛋白.结果构建了分别含有Se100和Se101基因的原核表达质粒pQE100和pQE101;SDS-PAGE检测显示,表达的两个融合蛋白的分子量分别为15kDa和31kDa,比预期分子量稍大;Ni-NTA亲和层析结果显示6×His-Se100和6×His-Se101融合蛋白主要存在于pH值为4.5的缓冲液中.结论成功克隆并高效表达了Se100和Se101两个基因,有效纯化了两种蛋白,为深入进行基因的功能研究奠定了基础.     

缺失ORF73或ORF214基因对重组鸡痘病毒免疫应答的影响

【目的】旨在研究鸡痘病毒ORF73和ORF214编码蛋白是否具有IL-18结合蛋白的功能,以及ORF73或ORF214基因缺失后对重组病毒诱导免疫应答的影响。【方法】以缺失ORF73或ORF214基因并表达H5亚型AIVHA基因的重组鸡痘病毒(rFPVLP-△73LRH5A、rFPVLP-△214LRH5A)作为研究对象,以未缺失ORF73或ORF214基因而表达H5亚型AIVHA基因的重组鸡痘病毒(rFPVLP-12LSH5A)作为对照,检测重组病毒体外诱导SPF鸡脾细胞和外周血淋巴细胞产生IFN情况,同时检测重组病毒免疫SPF鸡后诱导的体液免疫、CD4+/CD8+比值、外周血淋巴细胞的增殖能力和H5亚型AIV强毒攻击后的免疫保护效力。【结果】rFPVLP-△73LRH5A和rFPVLP-△214LRH5A体外诱导脾细胞产生的IFN量显著高于rFPVLP-12LSH5A,而免疫10d后的CD4+/CD8+比值显著低于rFPVLP-12LSH5A;3种重组鸡痘病毒诱导外周血淋巴细胞增殖的能力没有明显差异;3种重组病毒在SPF鸡均产生针对H5亚型AIV的HI抗体,免疫14d后rFPVLP-△214LRH5A组诱生的HI抗体水平显著低于rFPVLP-12LSH5A组的抗体,但3组在免疫21d后HPAIV的致死性攻击时,均100%被保护。【结论】鸡痘病毒ORF73和ORF214编码蛋白具有IL-18结合蛋白抑制IFN产生的功能,虽然缺失株和亲本株重组鸡痘病毒在细胞和体液免疫应答存在一定差异,但在SPF鸡均能诱导产生良好的免疫保护。     

Varicella-zoster virus ORF47 protein serine kinase: characterization of a cloned, biologically active phosphotransferase and two viral substrates, ORF62 and ORF63

Varicella-zoster virus (VZV) codes for a protein serine kinase called ORF47; the herpes simplex virus (HSV) homolog is UL13. No recombinant alphaherpesvirus serine kinase has been biologically active in vitro. We discovered that preservation of the intrinsic kinase activity of recombinant VZV ORF47 required unusually stringent in vitro conditions, including physiological concentrations of polyamines. In this assay, ORF47 phosphorylated two VZV regulatory proteins: the ORF62 protein (homolog of HSV ICP4) and the ORF63 protein (homolog of HSV ICP22). Of interest, ORF47 kinase also coprecipitated ORF63 protein from the kinase assay supernatant.