用PCR扩增和克隆鸡传染性贫血病毒全基因组DNA

根据已发表的序列,分别在鸡贫血病毒（ＣＡＶ）环形基因组ＤＮＡ（全长２．３ｋｂ）的ＥｃｏＲＩ位点和ＢａｍＨＩ位点的两侧选择适当序列合成两对引物,用ＰＣＲ技术,从斑点杂交检测到病毒核酸的ＣＡＶ感染的ＭＤＣＣＲＰ１细胞基因组ＤＮＡ中,分别扩增出包含ＥｃｏＲＩ和ＢａｍＨＩ分割开的病毒基因组两部分（１．５ｋｂ和０．８ｋｂ）约１．５ｋｂ和约１．２５ｋｂ的两个片段。再将其中相应序列拼接克隆进ｐＵＣ１８载体,获得包含ＣＡＶ全基因组序列ＤＮＡ片段的克隆质粒ｐＣＡＶ２．４。酶切分析表明,该质粒具有预期的ＢａｍＨＩ位点、ＰｓｔＩ位点、ＨｉｎｄⅢ位点,而预期的ＥｃｏＲＩ位点消失。重组质粒插入ＤＮＡ片段的两端序列分析表明,质粒ｐＣＡＶ２．４是包含ＣＡＶ全基因组序列的重组质粒,插入ＤＮＡ片段序列中的ＥｃｏＲＩ位点序列发生了一个碱基突变。     

Gibson组装技术简化腺病毒载体反向遗传改造

重组腺病毒是常用的基因转移载体,本文介绍一种对腺病毒基因组进行反向遗传改造的策略。拟在维持基因编码蛋白氨基酸序列不变的前提下,突变去除重组人5型腺病毒Ad5GFP基因组的PmeI酶切位点。软件分析腺病毒质粒pAd5GFP序列,选择限制性内切酶BamHI将pAd5GFP切割为大小11.7和24.6kb两个片段,24.6kb大片段自身环化形成一个质粒pAd5GB,PmeI位于其上。PmeI/AscI双酶切pAd5GB质粒,产生2.4kb和22.2kb两个片段;在引物部位引入突变的PmeI位点(由gtttaaac突变为gtttaaaT),PCR扩增得到两端各延长30bp的上述2.4kb片段,与22.2kb片段进行Gibson组装,转化E.coli TOP10感受态细胞,得到pAd5GBXP质粒。BamHI酶切pAd5GBXP,碱性磷酸酶处理,与11.7kb片段连接,还原得到腺病毒质粒pAd5GXP。PacI线性化pAd5GXP质粒,转染293细胞,拯救得到Ad5GXP病毒;酶切分析证明Ad5GXP基因组不含有PmeI位点。研究结果说明将酶切连接与DNA组装技术相结合,能够方便灵活地对腺病毒基因组进行突变改造。     

应用逆转录聚合酶链反应法扩增类胰岛素生长因子Ⅱ基因

利用酸性异硫氰酸胍－酚－氯仿一步法从人胚胎组织中提取总ＲＮＡ,经Ｏｌｉｇｏ（ｄＴ）纤维柱分离纯化出ｍＲＮＡ。用逆转录与聚合酶链反应相结合的ＲＴ－ＰＣＲ法,扩增出人类胰岛素生长因子Ⅱ的ｃＤＮＡ片段,在限制性内切酶ＳｍａＩ存在的连接体系中,将扩增出的ｃＤＮＡ片段克隆进ＰＵＣ１２的ＳｍａＩ位点处。经限制性内切酶ＥｃｏＲＩ,ＳａｌＩ,Ｅｃｏ４７Ⅲ酶切鉴定其方向。以重组质粒的双链ＤＮＡ为模板,用末端终止法测     

具有真细菌基因启动子活性的盐生盐杆菌质粒DNA片段

利用大肠杆菌启动子探测质粒ｐＫＫ２３２－８为载体、用两组限制性内切酶ＢａｍＨＩ－ＳａｌＩ和ＨｉｎｄⅢ－ＳａｌＩ分别消化盐生盐杆菌Ｊ７（Ｈａｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｈａｌｏｂｉｕｍ）的质粒ｐＨＨ２０５,在体外进行重组,转化Ｅ．ｃｏｌｉＨＢ１０１感受态细胞,在含氨苄青霉素和氯霉素的选择平板上筛选转化子,并从随机挑选的２０株转化子中,获得抗氯霉素水平达到１１０μｇ／ｍｌ的转化子Ｔ１和Ｔ２,所含重组质粒分别被命名为ｐＪＨ和ｐＪＢ。经限制性酶切分析及杂交分析表明,ｐＪＨ质粒上插入了一段来源于ｐＨＨ２０５质粒的ＤＮＡ片段,其大小为８００ｂｐ左右。通过重新转化实验进一步表明,该ＤＮＡ片段在大肠杆菌中具有启动子功能,从而证明,在古细菌（盐生盐杆菌）的质粒ＤＮＡ中存在具有真细菌（大肠杆菌）基因启动子活性的ＤＮＡ片段。     

用PCR技术克隆细小病毒H－1部分非结构蛋白基因

应用ＰＣＲ技术定向克隆了细小病毒Ｈ－１的非结构蛋白（ＮＳ）部分基因片段。自行设计并合成了ＰＣＲ引物△Ｐ３和△Ｐ４,在两个引物中分别引入两个突变碱基,使扩增后的ＤＮＡ片段的两端含有限制性核酸内切酶ＨｉｎｄⅢ或ＢａｍＨＩ的酶切位点,经双酿切法把该ＤＮＡ片段重组到ｐＵＣ１１８质粒中。对插入片段的ＤＮＡ序列测定和分析结果证实该片段为Ｈ－１ＮＳ－１基因序列。以此重组质粒为探针,采用分子杂交的方法,分别测定了Ｈ－１及ＭＶＭＤＮＡ在细胞内的复制水平。这一基因的克隆为制备Ｈ－１的质量监测、Ｈ－１及ＭＶＭＮＳ－１蛋白抑瘤作用机理及其在肿瘤细胞及正常组织中的转录表达等研究奠定了基础。     

中国野生葡萄葛lei叶绿体DNA质粒文库的构建

限制性内切酶ＢａｍＨＩ水解中国野生葡萄葛ｌｅｉ的叶绿体ＤＮＡ（ｃｐＤＮＡ）,电泳分离为３４条带,最大为１１．７ｋｂ,最小为０．２３ｋｂ,分别为ｐＵＣ和ｐＢＲ３２２质粒克隆所得片段,转化大肠杆菌,并从转化菌中提取质粒ＤＮＡ,经酶切电泳分析证明含有葛ｌｅｉ ｃｐＤＮＡ经ＢａｍＨＩ水解的不同片段,从而构建了葛ｌｅｉ ｃｐＤＮＡ的ＢａｍＨＩ质粒文库。     

用改进的重叠延伸PCR技术构建三位点突变载体

目的:改进传统重叠延伸PCR方法,实现引入3个不同DNA突变位点的简便的多位点定点突变。方法:根据前期构建的包含人线粒体12S rRNA(NC 01290)3个热点突变位点的野生型质粒序列,利用Muta Primer 2.0软件设计针对3个热点突变位点的3对互补的定点突变引物,以野生型质粒为模板,结合重叠延伸PCR反应和冷冻析出法,产生同时包含3个突变位点的突变目的片段,酶切后克隆到载体中,测序确证是否突变成功。结果:DNA测序证实3个不同突变位点同时成功引入,定点突变载体构建成功。结论:用改进的重叠延伸PCR技术能简便、高效地获得多位点定点突变载体,在分子生物学领域有较高的使用价值。     

限制性内切酶介导的重叠延伸在人环氧合酶-1(COX-1)基因克隆中的应用

建立一种用于克隆全长基因的、限制性内切酶介导的重叠延伸法 .对全长基因进行分段扩增 ,并利用适当的限制性内切酶对基因序列内相应的限制性位点进行酶切 ,从而使分段扩增片段得以重叠并互为模板 ,在DNA聚合酶的作用下延伸获得全长基因 .将环氧合酶 1 (COX 1 )基因的外显子 9巧妙地拼接到了缺失外显子 9的COX 1cDNA片段中 ,获得了COX 1基因的全长cDNA .该方法分 3步进行 .首先 ,通过RT PCR分别扩增跨外显子 9的cDNA片段和缺失外显子 9的cDNA片段 ,并克隆到pMD1 8 T载体上 ;其次 ,PCR扩增外显子 9片段 ,限制性内切酶StuI酶切缺失外显子9cDNA片段的重组质粒 ,二者以一定的比例混合 ,互为模板 ,在pfuDNA聚合酶的作用下进行延伸 ,从而产生一个双链的DNA分子 .最后 ,以延伸产物为模板 ,用COX 1cDNA两端的引物进行PCR扩增 ,产生包含外显子 9的COX 1基因的全长cDNA .这种限制性内切酶介导的重叠延伸方法 ,对于克隆mRNA剪接水平上受调控的基因尤为有用 ,同时也为基因的重组和修饰提供一个新的思路     

中国野生葡萄葛蘲叶绿体DNA质粒文库的构建

限制性内切酶ＢａｍＨＩ水解中国野生葡萄葛（ＶｉｔｉｓｆｌｅｘｕｏｓａＴｈｕｎｂ）的叶绿体ＤＮＡ（ｃｐＤＮＡ）,电泳分离为３４条带,最大为１１．７ｋｂ,最小为０．２３ｋｂ,分别用ｐＵＣ和ｐＢＲ３２２质粒克隆所得片段,转化大肠杆菌,并从转化菌中提取质粒ＤＮＡ,经酶切电泳分析证明含有葛ｃｐＤＮＡ经ＢａｍＨＩ水解的不同片段,从而构建了葛ｃｐＤＮＡ的ＢａｍＨＩ质粒文库。     

人淋巴细胞CD2基因5’侧翼序列的克隆和鉴定

本文报告以ＣＤ２ｃＤＮＡ５’端的片段作探针,从人Ｔ淋巴细胞基因组文库筛选阳性重组克隆,经限制性内切酶降解和Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交分析,证明其中一个阳性克隆的插入片段中含ＣＤ２基因５’侧翼顺序。经插入片段的亚克隆、限制性内切酶图谱及ＤＮＡ序列分析,鉴定出一含转录起始点及其上游序列的４．０ｋｂ片段。将此片段中含转录起始点和两个ＤＮ（ａｓｅ）Ⅰ高敏感位点的２．５ｋｂ片段定向克隆到以虫萤光素酶为报告基因的表达载体ｐＭＧ３中,并用限制性内切酶对此２．５ｋｂ片段作不同程度缺失,构成一系列突变子。这些重组的表达质粒转染人ＪｕｒｋａｔＴ细胞后,以瞬时表达实验分析各突变子驱动虫萤光素酶基因的表达,结果发现在ＣＤ２基因５’上游具有很弱的启动子活性,初步测定该启动子位于－１．２ｋｂ～－９８ｂｐ域。ＣＤ２基因具有弱启动子、强增强子的特点与Ｔ细胞表面其它抗原分子基因是相似的。     

人淋巴细胞CD2基因5‘侧翼序列的克隆和鉴定

本文报告以ＣＤ２ｃＤＮＡ５＇端的片段作探针,从人Ｔ淋巴细胞基因组文库筛选阳性重组克隆,经限制性内切酶降解和Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交分析,证明其中一个阳性克隆的插入片段中含ＣＤ２基因５＇侧翼顺序。经插入片段的亚克隆、限制性内切酶图谱及ＤＮＡ序列分析,鉴定出一含转录起始点及其上游序列的４．ｋｂ片段。将此片段中含转录起始点和两个ＤＮａｓｅＩ高敏感位点的２．５ｋｂ片段定向克隆到以虫萤光素酶为报告基因的表达载体     

鸡肌球蛋白轻链激酶表达载体的构建

鸡肌球蛋白轻链激酶（ＭＬＣＫ）在调节平滑肌细胞收缩中具有重要作用。用ＰＣＲ产生构建所需的限制性内切酶Ｓａｌ Ｉ位点,将鸡ＭＬＣＫ ｃＤＮＡ插入质粒ｐＢＫｒｓｖ中,构建成ｐＢＫｒｓｖ－ＭＬＣＫ,并通过酶切图谱、ＳａｌＩ位点序列分析得到证实。重组质粒在大肠杆菌中获得表达。     

用PCR扩增和克隆鸡传染性贫血病毒全基因组DNA

根据已发表的序列,分别在鸡贫血病毒(CAV)环形基因组DNA(全长2.3kb)的EcoRI位点和BamHI位点的两侧选择适当序列合成两对引物,用PCR技术,从斑点杂交检测到病毒核酸的CAV感染的MDCC-RP1细胞基因组DNA中,分别扩增出包含EcoRI和BamHI分割开的病毒基因组两部分(1.5kb和0.8kb)约1.5kb和约1.25kb的两个片段.再将其中相应序列拼接克隆进pUC18载体,获得包含CAV全基因组序列DNA片段的克隆质粒pCAV2.4.酶切分析表明,该质粒具有预期的BamHI位点、PstI位点、HindⅢ位点,而预期的EcoRI位点消失.重组质粒插入DNA片段的两端序列分析表明,质粒pCAV2.4是包含CAV全基因组序列的重组质粒,插入DNA片段序列中的EcoRI位点序列发生了一个碱基突变.     

簇毛麦低拷贝cDNA序列的克隆和鉴定

从簇毛麦叶片中提取总ＲＮＡ,进一步分离ｍＲＮＡ。以ｍＲＮＡ为模板反转录合成ｃＤＮＡ,两端经Ｔ４ＤＮＡ多聚酶修平后加ＥｃｏＲ１接头分子,连接于质粒ｐＧＥＭ－７Ｚｆ（＋）的ＥｃｏＲ１克隆位点,转化大肠杆菌ＪＭ１０３菌株建立了ｃＤＮＡ文库。用ＰＣＲ扩增重组质粒的ｃＤＮＡ插入序列,用＾３２Ｐ标记后分别与ＨｉｎｄⅢ或ＸｂａⅠ酶切的小麦－黑麦附加系ＤＮＡ进行Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交。根据其杂交结果,目前已鉴定出４     

鸡肌球蛋白轻链激酶表达载体的构建

鸡肌球蛋白轻链激酶（ＭＬＣＫ）在调节平滑肌细胞收缩中具有重要作用．用ＰＣＲ产生构建所需的限制性内切酶ＳａｌⅠ位点,将鸡ＭＬＣＫｃＤＮＡ插入质粒ｐＢＫｒｓｖ中,构建成ｐＢＫｒｓｖ－ＭＬＣＫ,并通过酶切图谱、ＳａｌⅠ位点序列分析得到证实．重组质粒在大肠杆菌中获得表达．     

融合酶表达载体的构建及出现问题的初探

目的:将限制性内切酶FokⅠ催化区域基因(631bp)和PI-SceⅠ识别区域的基因(546bp)连接到一起,克隆入载体质粒pET28a+中,为表达新的限制性内切酶融合酶做准备。方法:分别以啤酒酵母和海床黄杆菌作模板,PCR扩增PI-SceⅠ和FokⅠ基因片段,再将它们克隆入载体质粒pET28a+,然后对整合质粒进行双酶切检测。结果:整合过程中,无论是PI-SceⅠ还是FokⅠ基因片段,都能单独成功插入载体,但当插入第二段基因片段时,酶切结果显示大约600bp的基因片段缺失了。结论:缺失可能因为两段连在一起的新基因在转化过程中对宿主细胞有毒性,宿主细胞对其进行了剪切;也可能这两段基因会形成某种高级结构而导致其不能很好的连接,产生缺失现象。     

L—山梨酮脱氢酶基因在大肠杆菌中的克隆和表达

参照已知的Ｌ－山梨酮脱氢酶基因序列,合成了两个引物序列,以ＡｃｅｔｏｂａｃｔｅｒｌｉｑｕｅｆｉｃｉｅｎｓＩＦ０１２２５８的染色体ＤＮＡ为模板进行ＰＣＲ反应,克隆得到了Ｌ－山梨酮脱氢酶基因,经酶切验证与预期结果相同,序列测定结果也与已知序列一致,采用ＰＣＲ方法在此基因的两端加上了Ｅ．ｃｏＲＩ和ＨｉｎｄＩＩ两个酶切位点,经Ｅ．ｃｏＲＩ和ＨｉｎｄＩＩ酶切后去掉了两端的多余序列后,将此片段连接到ｐＫＫＨｈ     

人血小板生成素（hTPO）的cDNA克隆,序列测定及其在COS—7细胞中的表达

本文利用反转录ＰＣＲ技术从人胎肝ｍＲＮＡ中分别扩增出ｈＴＰＯ　Ｎ－端和Ｃ－端两个ｃＤＮＡ片段,然后经酶切分别连接重组到质粒ｐＵＣ１９中进行序列分析,在确证其序列与国外文献报道完全一致的基础上,酶切、回收、连接其Ｎ－端、Ｃ端ｃＤＮＡ,并以此为模板,用ＰＣＲ法扩增出全长ＴＰＯｃＤＮＡ片段,并将其重组到穿梭质粒ｐＳＶＫ３中,在ＣＯＳ－７中进行了瞬时表达并检测出表达产物的活性     

部分扩增结合双片段连接法克隆系列截短基因突变体

体外合成DNA伴随的随机突变是制约基因定点突变效率的重要因素。以克隆周期蛋白E（cyclin E）及其截短基因的激酶活性缺失突变体为例,对传统重叠延伸PCR（overlap extension PCR,OE-PCR）作适当改进,提出一种系列相关基因定点突变的优化方案。前期研究中已克隆了cyclin E基因及其2个截短基因T1、T2,并通过EcoRⅠ/SalⅠ双酶切插入pEGFP_C2载体。限制性酶切分析发现cyclin E基因序列中含有1个AgeⅠ位点将其分为F1、F2两段,目标突变位点KD位于F2段。对于cyclin E及其截短基因,F2段是完全一致的。因此,通过重叠延伸PCR扩增含突变位点的共有片段F2,从C2-cyclin E、C2-cyclin E_T1和C2-cyclin E_T2这3个原始质粒中切取相应的F1片段,再将F1与酶切的F2一起连接插入载体以重构完整突变体。对比检测发现OE-PCR扩增较短DNA片段更易成功。C2-cyclin E、C2-cyclin E_T1和C2-cyclin E_T2这3组均能筛选出一定数量克隆,经检测和序列鉴定,每组各得到1个序列完全准确的目标突变体。研究表明,采用部分扩增可以缩短DNA合成长度,避免了目标基因反复扩增等不利因素,从而减少随机突变;双片段连接避免了双AgeⅠ位点对常规酶切-连接的限制。两者相结合,可作为其他系列相关基因定点突变的优化方案。     

PCR——四步两段扩增法分离人碱性成纤维细胞生长因子（hbFGF）基因

引物是决定ＰＣＲ结果的关键,本实验中,引物Ⅰ,Ⅱ虽有２６个碱基,但由于其５′端有８个碱基为限制性内切酶的识别序列,所以实际上只有１８个碱基与原始模板互补配对,采用标准的ＰＣＲ方法时不能产生理想结果,经采用ＰＣＲ－四步两段扩增法从人胎盘ｃＤＮＡ文库中分离得到了－４８４ｂｐ的ＤＮＡ片段。通过斑点杂交鉴定,结果表明该ＤＮＡ片段为ｈｂＦＧＦ基因。