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相似文献
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1.
用RT-PCR方法对2例感染新型HEV的样品进行了检测,并对PCR产物进行了克隆及测序。检测结果显示用常规PCR检测易造成ORF3中GC丰富区的缺失,但不同于已报道的HEVⅠ型、Ⅱ型和Ⅲ型,为一新的基因型。T1和T11与Ⅰ型在该区的核苷酸同源性为79%-82%;与Ⅱ型的同源性为80%-81%;和Ⅲ型的同源性为83%-85%。  相似文献   

2.
新疆猪粪便戊型肝炎病毒RNA的检测及序列分析   总被引:9,自引:0,他引:9  
马勋  陆承平 《中国病毒学》2004,19(4):360-363
从戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)IgG检测阳性的新疆某猪场采集70份猪粪便,利用逆转录套式聚合酶链方法(RT-nPCR),检测HEV RNA,其中13份为阳性,阳性率18.57%.将PCR扩增产物克隆到pMD18-T载体上,构建成重组质粒并测序,结果表明,13株猪源HEV分离株在HEV ORF2 348bp核苷酸序列的同源性为97.1%~100%,为同一基因型;与HEV Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ的同源性分别为74.1%~77.6%,71.6%~74.1%,73.3%~78.2%和82.8%~91.4%,与ⅣA亚型的同源性同源性最高达89.4%~91.4%.以该核苷酸片段绘制的基因进化树显示13株猪源HEV与HEVⅣT1株在同一分支上,属基因Ⅳ型;与国内其他猪源HEV分离株该片段核苷酸序列的同源性为82.6%~91.3%,提示中国猪源HEV的基因型比较一致,同属HEVⅣ型.  相似文献   

3.
采用逆转录 聚合酶链式反应 (RT PCR) ,分节段扩增汉滩病毒 84FLi株的L基因片段cDNA ,纯化的PCR产物片段直接用于序列测定或克隆入 pND18 T载体中进行测序。结果表明 ,84FLi株的L片段cDNA由 6 5 33个核苷酸组成 ,四种核苷酸的比例分别为A33.39% ,C16 .4 3% ,G2 0 .74 % ,T2 9.4 4 %。GC含量为 37.17% ,AT含量为6 2 .83%。推导出的最大开放读码框架为从 38到 6 4 93,共编码 2 15 1个氨基酸。序列同源性分析表明 ,84FLi株核苷酸与HTN型国际标准毒株 76 118的同源性为 83.7% ,差异性为 18.8% ;而与中国株A9的同源性高达 97.6 % ,差异性仅为 2 .4 %。与SEO型代表Seoul80 39的同源性为 75 .2 % ,6 6 .1%~ 6 6 .5 %。L片段的氨基酸比较分析表明 ,L片段与HTN型间的同源性为 97.5 %~ 98.0 % ,而与SEO型的同源性为 83.5 %~ 85 .5 %。与PUC、TUL、SN和AND等其它型汉滩病毒的同源性仅为 6 8.6 %~ 6 9.6 %。结果表明 84FLi株属于HTN型 ,并与分离自国内的HTN型病毒高度同源  相似文献   

4.
不同人群肠道携带耐万古霉素肠球菌的研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
调查住院病人、门诊病人和正常人粪便中耐万古霉素肠球菌的携带率及其耐药表型、基因型和同源性,为临床预防和治疗选药提供依据.根据CLSI指南做药敏试验,用PCR法检测万古霉素耐药基因,用重复基因外回文序列-聚合酶链反应(REP-PCR)进行同源性分析.从住院病人肠道中分离出31株(20.67%)耐万古霉素肠球菌,其中22株VRE为VanA基因型,9株VIE为VanC1基因型.22株VRE同源性分析,A型有19株,其中A1型4株,A2型6株,A3型4株,A4型3株,A5型2株.B型、C型、D型各1株.9株VIE中有3对菌株分别有100%同源性.门诊病人分离出4株VIE(4%),为VanC1型,其中两株有100%同源性.正常人中分离出11株(27.5%)VIE,8株为VanC1型,3株为VanC2型;11株VIE同源性分析,以A型为主,A1型有1株,A2型有2株,A3型有1株,A4型有1株,D1、D2、D3型各有1株,B、C、E型各有1株.2株住院病人VIE与2株门诊病人VIE有100%同源性,另外2株住院病人VIE与1株门诊病人VIE有100%同源性.他们与正常人分离的VIE同源性低.22株VRE对万古霉素的MIC值>512μg/mL,16株VIE对万古霉素的MIC值为16μg/mL.8株VIE对万古霉素MIC值为8μg/mL.可见住院病人肠道中VRE携带率高,是医院感染的危险因素,46株耐万古霉素肠球菌的耐药表型与耐药基因型一致:耐万古霉素肠球菌对多种抗菌药物耐药;部分菌株有较高的同源性.  相似文献   

5.
于艳华  许淑珍 《微生物学报》2008,35(3):0402-0407
调查住院病人、门诊病人和正常人粪便中耐万古霉素肠球菌的携带率及其耐药表型、基因型和同源性, 为临床预防和治疗选药提供依据。根据CLSI指南做药敏试验, 用PCR法检测万古霉素耐药基因, 用重复基因外回文序列-聚合酶链反应(REP-PCR)进行同源性分析。从住院病人肠道中分离出31株(20.67 %)耐万古霉素肠球菌, 其中22株VRE为VanA基因型, 9株VIE为VanC1基因型。22株VRE同源性分析, A型有19株, 其中A1型4株, A2型6株, A3型4株, A4型3株, A5型2株。B型、C型、D型各1株。9株VIE中有3对菌株分别有100%同源性。门诊病人分离出4株VIE(4%), 为VanC1型, 其中两株有100%同源性。正常人中分离出11株(27.5%)VIE, 8株为VanC1型, 3株为VanC2型; 11株VIE同源性分析, 以A型为主, A1型有1株, A2型有2株, A3型有1株, A4型有1株, D1、D2、D3型各有1株, B、C、E型各有1株。2株住院病人VIE与2株门诊病人VIE有100%同源性, 另外2株住院病人VIE与1株门诊病人VIE有100%同源性。他们与正常人分离的VIE同源性低。22株VRE对万古霉素的MIC值>512 μg/mL, 16株VIE对万古霉素的MIC值为16 μg/mL。8株VIE对万古霉素MIC值为8 μg/mL。可见住院病人肠道中VRE携带率高, 是医院感染的危险因素, 46株耐万古霉素肠球菌的耐药表型与耐药基因型一致; 耐万古霉素肠球菌对多种抗菌药物耐药; 部分菌株有较高的同源性。  相似文献   

6.
汉滩病毒西安分离株84FLi的L片段核苷酸序列测定以及分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
采用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR),分节段扩增汉滩病毒 84FLi株的L基因片段cDNA,纯化的PCR产物片段直接用于序列测定或克隆入pND18-T载体中 进行测序.结果表明,84FLi株的L片段cDNA由6533个核苷酸组成,四种核苷酸的比例分别为A33.39%,C16.43%,G20. 74%,T29.44%.GC含量为37.17%,AT含量为62.83%.推导出的最大开放读码框架为从38到649 3 ,共编码2151个氨基酸.序列同源性分析表明,84FLi株核苷酸与HTN型国际标准毒株76-11 8的同源性为83.7%,差异性为18.8%;而与中国株A9的同源性高达97.6%,差异性仅为2.4%. 与SEO型代表Seoul80-39的同源性为75.2%,66.1%~66.5%.L片段的氨基酸比较分析表明, L 片段与HTN型间的同源性为97.5%~98.0%,而与SEO型的同源性为83.5%~85.5%.与PUC、TUL 、SN和AND等其它型汉滩病毒的同源性仅为68.6%~69.6%.结果表明84FLi株属于HTN型,并与分离自国内的HTN型病毒高度同源.  相似文献   

7.
为了解河北省儿童病毒性脑炎和脑膜炎患者中埃可病毒30型(Echovirus 30,E30)流行株基因特征及进化。本研究对2013~2015年间河北省儿童病毒性脑炎和脑膜炎病例中151份鉴定为肠道病毒阳性的脑脊液标本进行血清型鉴定,扩增E30流行株VP1区全基因序列;并与GenBank下载的325株E30的VP1基因序列进行同源性及亲缘关系分析。共获得18条E30 VP1基因序列。亲缘性分析显示E30可分为A~H 8个基因型;我国E30流行株主要为D、E、G和H基因型;本研究中E30流行株均为H基因型。18条E30 VP1基因核苷酸同源性为93.3%~100%,氨基酸同源性为98.2%~100%,与原型株(Bastianni)核苷酸和氨基酸同源性分别为80.9%~81.1%和91.4%~92.4%。该研究中18株E30与我国浙江省和山东省的分离株核苷酸和氨基酸同源性最高。2013~2015年间引起河北省儿童病毒性脑炎和脑膜炎的E30流行株为H基因型,可能存在多个传播链。  相似文献   

8.
从健康狐狸、貉粪中检出犬冠状病毒的两种基因型   总被引:2,自引:0,他引:2  
取某养殖场健康狐狸 (6 1份 )、貉 (2 4份 )粪样 ,用套式PCR(RT-nPCR)方法检测犬冠状病毒 (CCV)并进行基因型鉴定。结果显示 :狐狸粪样中有 4 3份 (70 . 5 % )为CCVⅡ型阳性 ,2 9份 (47. 5 % )为CCVⅠ型阳性 ,两型混合感染2 5份 ,占 4 1 0 % ,两型总感染率为 77 .0 %。 2 4份貉粪样中 ,2 2份为CCVⅡ型阳性 (91 .7% ) ,其中 16份为CCVⅠ型、Ⅱ型混合感染 (6 6 . 7% )。分别取狐狸和貉粪样中CCVⅠ、Ⅱ型阳性PCR产物各 2份 (共 8份 )进行测序 ,均与CCV的M基因序列相符 ,证实PCR结果非假阳性。序列及系统进化分析表明 ,CCVⅠ型与源于意大利腹泻犬的CCVⅠ型 (AF5 0 2 5 83)同源性最高 (96 . 7%~ 98. 1% ) ;CCVⅠ、Ⅱ两种基因型同源性为 88. 3%~ 89. 7% ,在进化树中处于两个大的分支上 ;同为CCVⅡ型 ,狐狸源与貉源序列也存在多个位点差异。首次在貉粪中检出CCV ,证实在健康狐狸、貉群体中存在CCV流行 ,且CCVⅠ、Ⅱ型并存。  相似文献   

9.
广州地区急性散发性HEV毒株基因特征和生物学性状的研究   总被引:3,自引:1,他引:3  
利用RT-PCR技术对我国广州地区急性散发性戊型肝炎病毒细 胞培养分离株G93-1、G93-2、G93-3和G93-4基因组聚合酶区部分核苷酸序列(4522~4761nt)进行检测,PCR阳性产物经纯化、克隆后测序。结果G93-1、G93-3和G93-4株 病毒的 这段序列完全相同,且与我国新疆暴发流行的HEV 87A株及亚洲HEV代表株的同源性为100%; 而G93-2株与它们的差异较大,同源性只有79.9%;但是,它与1997年从厦门地区急 性戊型肝炎病人血清中检测的X-S1株同源性很高,达99.2%。并对G93-2株病毒的生物学特性进行了研究,结果与87A株一致。表明我国南方散发性HEV毒株的基因组存在差异,可能同时流行着两种不同的HEV基因型,但生物学性状是相同的。  相似文献   

10.
肠道病毒71型的RT-PCR诊断及基因特征   总被引:63,自引:1,他引:62  
2002~2003年从上海市和重庆市手足口病患儿的疱液标本中分离到10株病毒,其中上海9株,重庆1株.利用两对分别针对EV71和Cox.A16病毒VP1区的特异性引物,用RT-PCR方法对病毒进行初步鉴别.根据PCR所用引物及PCR扩增出的产物片段大小不同,可初步判定出EV71和Cox.A16病毒的血清型别.RT-PCR结果提示,上海分离到的9株病毒中,有2株为EV71,其余7株病毒为Cox.A16;重庆分离到的1株病毒为EV71.10株病毒的RT-PCR产物经序列测定和分析证实,PCR定型结果正确,说明PCR法具有很高的特异性,可作为EV71初步鉴定的首选方法.对所分离的3株EV71病毒进行VP1区编码基因全序列的测定和遗传学分析,通过同源性比较和构建系统发生树发现,此3株EV71病毒和中国大陆已发表的7株EV71病毒(SHZH03、SHZH98、SH-F1、SH-F2、SH-H25、SH-H26和CHN-87)全部属于C基因型,与该型代表株比较,同源性为89.3%~94.6%;与A、B基因型代表株比较,同源性为81.3%~84.0%,差异较大.在C基因型中,此3株EV71病毒和中国大陆先前分离的6株病毒(SHZH03、SHZH98、SH-F1、SH-F2、SH-H25、SH-H26)的同源性较高,在94.5%~100%范围内.在系统发生树上,这9株病毒形成一个较独立的分支.与CHN-87株的同源性在92.1%~93.6%之间.与已知的C1、C2、C3亚型代表株比较,同源性在89.3%~92.9%,差异≥7%,因此认为可将这9株病毒划分为C4亚型.上海、重庆和深圳的EV71病毒有较高的同源性,提示该病毒EV71-CA亚型在中国大陆1998~2003年间有较广泛的传播.建立中国流行的EV71病毒毒株库和基因库,对诊断、预防和控制EV71在中国的爆发有重要意义,对加强EV71的实验室诊断、病毒学监测和病毒基因型和亚型的标准命名和分子流行病学研究有重要帮助.  相似文献   

11.
This study investigated the genetic characteristics of the Toxoplasma gondii strains isolated from 87 patients with cerebral toxoplasmosis and AIDS, treated in Sao Paulo State, Brazil. The laboratorial diagnosis of cerebral toxoplasmosis was based on positive serological exams and PCR of blood and/or cerebrospinal fluid. Four markers (5'-SAG2, 3'-SAG2, SAG3 and GRA6) were chosen to analyze the samples. Each having clear resolution to distinguish the three clonal lineages after PCR amplified targets were treated with restriction enzyme digestion (PCR-RFLP). The genotyping provided the following results: 40 patients (46%) were infected with strains classified as type I; 4 (4%), as type III; 13 (15%) were infected with polymorphic strains (unusual genotype); 6 patients with type I or II alleles; and 15 (17%) patients had strains not classified for any marker. PCR-RFLP, also classified 9 (11%) clinical isolates as type II, which is uncommon in South America. However, the sequencing of the nested-PCR products (of SAG3 marker) of type II and polymorphic isolates (of 5'-SAG2, SAG3 and GRA6 markers) showed a nucleotide polymorphism compared with the archetypal clonal genotypes (types I, II and III) and these isolates were considered as polymorphic strains. The markers used here were inappropriate to distinguish the most isolates considered as polymorphic strains. These data confirm other studies showing the high rate of genetic polymorphism in T. gondii strains isolated in Brazil.  相似文献   

12.
对家蚕细小病毒样病毒(BmPLV-Z)VD1 ORF4理论上编码的氨基酸序列进行Blast搜索,结果表明其与DNA聚合酶B家族同源。通过PCR扩增其DNA聚合酶同源区(1 077 bp),将扩增的目的DNA片段与原核表达载体pET30a进行连接,通过不同浓度的IPTG对捕获pET30a-1 077 bp重组质粒的大肠埃希菌进行诱导,对诱导产物进行SDS-PAGE电泳,结果表明其聚合酶同源区获得了表达;Western blot分析进一步确证诱导蛋白为带有6个组氨酸的融合蛋白。将割胶获得的目的蛋白免疫昆明小鼠制备其多抗,以纯化后的抗血清对VD1 ORF4全长序列和部分序列在原核中的漏扫描表达情况进行研究,SDS-PAGE和Western blot结果表明VD1 ORF4全长序列和部分序列的原核表达产物均一,都只有一条特异的目的蛋白带,说明了VD1 ORF4序列在原核表达系统中没有漏扫描表达的蛋白。  相似文献   

13.
根据GenBank中猪圆环病毒2型(PCV-2)ORF2基因序列,设计一 对引物,应用PCR从疑患断奶仔猪多系统消耗综合症(PMWS)的死亡仔猪组织病料中扩增出ORF 2全基因(702bp)。将此片段克隆入pGEM-T easy载体,筛选获得重组质粒pTORF2,并对此质 粒中的插入序列进行了测序分析,结果表明本试验克隆的ORF2与美国PCV-2分离株AF264039 的核苷酸及氨基酸序列同源性均达到100%,与其他PCV-2毒株同源性分别为92.3%~98. 6%和 92.3%~96.6%。重组质粒pTORF2经 Bam H I、Eco R V双酶切,回收ORF2基因,转 移入真 核表达载体pSecTag2/HygroB的相应酶切位点之间,构建成重组质粒pSecTagORF2。此重组表 达载体的构建成功为进一步研究ORF2编码蛋白的生物学活性及建立PCV诊断试剂盒打下基础。  相似文献   

14.
K Kamimura  S Wakai  T Sugio 《Microbios》2001,105(412):141-152
The 16S rDNA sequences from ten strains of Thiobacillus ferrooxidans were amplified by PCR. The products were compared by performing restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis with restriction endonucleases Alu I, Hap II, Hha I, and Hae III. The RFLP patterns revealed that T. ferrooxidans could be distinguished from other iron- or sulphur-oxidizing bacteria such as T. thiooxidans NB1-3, T. caldus GO-1, Leptospirillum ferrooxidans and the marine iron-oxidizing bacterium strain KU2-11. The RFLP patterns obtained with Alu I, Hap II, and Hae III were the same for nine strains of T. ferrooxidans except for strain ATCC 13661. The RFLP patterns for strains NASF-1 and ATCC 13661 with Hha I were distinct from those for other T. ferrooxidans strains. The 16S rDNA sequence of T. ferrooxidans NASF-1 possessed an additional restriction site for Hha I. These results show that iron-oxidizing bacteria isolated from natural environments were rapidly identified as T. ferrooxidans by the method combining RFLP analysis with physiological analysis.  相似文献   

15.
通过聚合酶链式反应(PCR)技术,以戊肝病毒cDNA为模板将开读框架3的基因片段扩增并克隆入载体pUC18中,再对扩增片段进行酶切鉴定及测序。结果表明此片段与膜板序列的同源性达到99%以上,将此片段克隆后通过一系列分子生物学技术装入真核胞内表达载体PPIC3及分泌性载体PPIC9中,并对载体进行酶切鉴定证实外源基因插入的正确性,最终完成表达载体的构建。  相似文献   

16.
To explore phylogenetic relationships of Trichaptum species, internal transcribed spacer (ITS) regions of nuclear ribosomal DNAs were sequenced and analyzed. Gene trees from ITS1 and ITS2 sequences showed striking discrepancy in relationships of eight T. abietinum strains. All strains of T. abietinum had a single orthologous ITS2 type, but there were three paralogous types in the ITS1 region, which were designated Types I, II, and III. PCR amplification tests using type-specific primers showed that Types I and II are present in all strains of T. abietinum. The results suggest that gene duplication of the ancestral ITS1 region might have occurred prior to evolutionary radiation of Trichaptum and both types have been maintained in Trichaptum. However, Type III was amplified only in three T. abietinum strains collected from Korea, indicating that a new local geographic subtype has arisen in Korean strains.  相似文献   

17.
Beet yellows virus (BYV), a member of the Closteroviridae family, is one of the most important sugar beet yellowing viruses. The nine ORFs of BYV genome encode different proteins required for BYV life cycle. We sequenced a part of the genome of BYV Iranian isolate consisting of ORF6, ORF7 and ORF8. The primer pair BYVA/Z was used for amplification of this region in RT‐PCR. The amplicon (1615 bp) was cloned and sequenced. Comparisons showed the amplified segment is corresponding to ORF6, ORF7 and ORF8 of BYV genome encoding coat protein, p20 and p21 proteins, respectively. The ORF7 of BYV Iranian isolate overlaps with ORF6 and ORF8 in four and 26 nucleotides at 5′ and 3′ ends, respectively. The ORF7 of Iranian isolate of BYV was sequenced completely. However, approximately 24 nt. from the beginning of ORF6 and 23 nt. from end of ORF8, including the stop codon, were not determined. ORF6, ORF7 and ORF8 showed the highest similarity at nucleotide (98.3, 99.4 and 99.2%) and amino acid (97.4, 98.9 and 100%) sequence levels, with BYV Ukrainian isolate. Phylogenetic analysis of the deduced amino acid sequences of ORF6, ORF7 and ORF8 revealed closer relationship of Iranian isolate of BYV with BYV Ukrainian isolate than other BYV isolates available at GenBank.  相似文献   

18.
不同基因型戊型肝炎病毒存在多种类型抗原表位   总被引:4,自引:0,他引:4  
以戊型肝炎病毒(HEV)ORF2重组蛋白p166Us为免疫原制备单克隆抗体(McAbs),采用间接ELISA和免疫印迹法,检测McAbs与不同基因型和亚型HEV重组蛋白p166Bur(Ⅰa型)、p166Pak(Ⅰb型)、p166Mor(Ⅰc型)、p166Mex(Ⅱ型)、p166Us(Ⅲ型)、p166Nz(猪HEV,Ⅲ型)和p166Chn(Ⅳ型)的反应性,采用抗原或抗体竞争ELISA分析p166蛋白与天然HEV颗粒之间抗原表位的关系。结果获得4D3、2E3、11E11、12H5、3A3和1F16株稳定分泌McAbs的杂交瘤细胞株。4D3分泌的McAb与7种p166均发生反应,其与免疫原p166Us的结合可被Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ或Ⅳ型天然HEV颗粒或病人血清竞争抑制。2E3、11E11和12H5分泌的McAbs只与p166Us、p166Nz和p166Chn发生反应,它们与p166Us的结合仅能被Ⅲ和IV型病毒或血清所抑制。3A3分泌的McAb只与p166Us及p166Nz结合,1F1分泌的McAb只与p166Us结合,两者均能被Ⅲ型美国株竞争抑制,而Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ型不能抑制它们与p166Us的结合。由此可见,不同基因型和亚型HEV ORF2编码蛋白p166上存在多种类型抗原表位,其中包括Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ基因型共同的,Ⅲ、Ⅳ基因型共有的和第Ⅲ基因型特异的等,这些表位与天然HEV颗粒上的抗原表位具有相同的免疫学特征。  相似文献   

19.
The X region of the human T-cell leukemia virus type I contains the second coding exon of the tax and rex regulatory proteins (open reading frame IV [ORF IV] and ORF III, respectively), as well as coding regions for more recently described proteins, p30II (or the tof protein) and p13II in ORF II and the putative rof protein and p12I in ORF I. Deletions and transcomplementation experiments showed that expression of the envelope, as well as that of the tax and rex proteins, was independent of the proteins encoded in the ORF I/ORF II region. Furthermore, p30II and p12I proteins could not replace the rex protein in a rex-dependent envelope or Gag protein expression system.  相似文献   

20.
猪圆环病毒(porcinecircovirus ,PCV)属圆环病毒科(Circoviridae) ,为单股负链DNA病毒,以滚环方式进行复制,是目前已知的最小的动物病毒之一.PCV有2种基因型即PCV 1和PCV 2 ,两者细胞培养均不引起病变.前者广泛存在于猪源肾细胞中,但并不引起感染猪发病,其基因组为1 75 9bp ;后者首先由Allan等[1 ] 从患断奶猪多系统衰弱综合症(postweaningmultisystemicwastingsyndrome ,PMWS)的猪群中分离到,被证明为PMWS的重要病原.PCV 2主要侵害感染猪的免疫系统[2 ] ,从而诱发猪体的免疫抑制.PCV 2常和呼吸与繁殖障碍综合征病毒(PRRSV)…  相似文献   

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