乙型肝炎表面抗原S-蛋白糖化位点序列的人工变异及其哺乳动物细胞表达产物的性状研究

利用末端重叠ＰＣＲ法和定点突变技术,获得了去除Ｎ－连接多糖结构的乙肝表面抗原Ｓ突变基因,将乙肝表面抗原Ｓ－蛋白中结合Ｎ－连多糖结构序列Ａｓｎ－Ｘ－Ｔｈｒ中的第１４８苏氨酸的密码子ＡＣＴ,改变为编码甘氨酸的密码子ＧＧＴ。构建了该突变基因的表达载体并在ＣＨＯ细胞中表达,筛选到两株表达水平较高的细胞系。对其中的一株细胞系Ｃ４１的表达产物做了初步纯化和鉴定。纯化样品经ＳＤＳ－ＰＡＧＥ电泳分析,只含有２３ｋＤ一条蛋白带,而对照原基因ＣＨＯ细胞的表达产物则含有２３ｋＤ、２７ｋＤ和３０ｋＤ三条蛋白带,证实经人工修饰后其哺乳动物细胞表达产物不再含有糖基,纯化样品在电镜下可清楚地显示２２ｎｍ的球形颗粒。单克隆抗体反应谱分析发现,ＣＨＯ细胞表达的无糖ＨＢｓＡｇ与含糖ＨＢｓＡｇ的抗原表位存在明显差别。     

乙型肝炎病毒的表面抗原126位Ilie→Ser变异株

乙型肝炎病毒的表面抗原１２６位Ｉｌｉｅ→Ｓｅｒ变异株房德兴,甘人宝,李载平（中国科学院上海生物化学研究所,２０００３１）段恕诚（上海医科大学附属儿科医院,２０００３２）关键词乙型肝炎病毒,Ｓ基因,表面抗原,变异株乙型肝炎病毒（ＨＢＶ）为嗜肝ＤＮＡ病毒...     

乙型肝炎病毒X蛋白的优势氨基酸序列与热点突变位点的生物信息学分析

乙型肝炎病毒X蛋白(hepatitis B virus X protein,HBx)全长154个氨基酸,与肝癌发生密切相关.为确定HBx的优势氨基酸序列和热点突变位点,在GenBank中下载所有HBx的氨基酸序列13950条,剔除插入突变、缺失突变和起始密码子非甲硫氨酸的序列,最后保留7126条.通过分析这7126条序列,计算出HBx每个位点的氨基酸分布情况,出现频率最高的氨基酸为该位点的优势氨基酸,其他氨基酸为突变氨基酸.154个位点的优势氨基酸组成HBx优势氨基酸序列.突变率>10.0%的热点突变位点有32个.其中第36、42、44、87、88和127位氨基酸有4种(突变率>1.0%)以上突变形式,具有较高的多态性.与肝癌密切相关的K130M/V131I双突变率为34.7%.通过7126条HBx序列与优势序列的同源性比较,随机选出其中50条序列(2条与优势序列同源性<75%,48条同源性为76%~99%),与23条参考序列及优势序列共同构建系统发生树.结果显示,HBx优势氨基酸序列属于基因型C,这与基因型C为全球主要流行型一致.本研究首次系统性分析了GenBank中HBx的优势序列,确定了32个HBx热点突变位点和6个多态性较高的位点,为基于HBx突变的基础和应用研究奠定了基础.     

乙型肝炎病毒S蛋白的序列特征分析

乙肝病毒S蛋白是病毒的包膜蛋白,与病毒进入细胞有关,它存在逆转录过程并且具有极强的潜伏性。本论文应用生物信息学分析乙肝病毒S蛋白的序列特征,利用在线分析软件预测乙肝病毒S蛋白的理化性质和亲疏水性、跨膜区域、信号肽特征、磷酸化位点、二级结构以及乙肝病毒S蛋白的最佳抗原表位形成位置等。结果显示了乙肝病毒S蛋白由226个氨基酸组成,理论等电点是8.21,为不稳定蛋白,总平均亲水性为0.649,是疏水蛋白质,并且该蛋白存在信号肽,有4个跨膜区,有30个潜在的磷酸化位点,主要二级结构为α螺旋和无规则卷曲,同时,结合乙型肝炎病毒S蛋白的序列可及性、线性表位、β转角、柔性、抗原性的预测结果,可以找到潜在的抗原表位区域,为乙型肝炎的表位疫苗研制提供重要的参考依据,有利于进一步对乙型肝炎S蛋白的抗原性进行研究。     

CHO—C28细胞收集液中乙型肝炎病毒表面抗原收率的研究

用CHO-C28细胞表达乙型肝炎病毒表面抗原(HBsAg)生产基因工程乙肝疫苗,其产量受到CHO-C28细胞表达外源基因量的影响.本文通过CHO-C28细胞连续培养过程中表达(HBsAg)的参数、纯化过程中硫酸铵(A·S)饱和度、细胞收集液放置时间三个因素对RPHA滴度影响的研究结果表明细胞收集液以45%饱和度的A·S沉淀HBsAg能获得较高的HBsAg收率,细胞收集液4℃放置时间不宜超过15 d,RPHA滴度在132～1128之间的细胞收集液均可进入纯化流程进行纯化.     

利用序列比较寻找胰岛素基因表达启动区与DNA结合蛋白的结合位点

NDFl、IPFl和HNF4是与胰岛素基因表达有关的DNA结合蛋白,通过比较SWISSPROT蛋白质数据库中人类、小鼠、大鼠这三种核蛋白氨基酸一级序列、模体和结构域,发现其结构十分相似,根据蛋白质结构和功能的关系,推测这些DNA结合蛋白与胰岛素基因结合的核苷酸序列相似;从GenBanl(核酸数据库中获得人类、小鼠、大鼠胰岛素DNA序列,用ClustalW比较三者Promoter区的核苷酸序列,显示有一段核苷酸序列较为相似,同时搜索TRANSFAC基因转录数据库中NDFl、IPFl和NHF4蛋白核苷酸结合位点,发现核酸比对保守的部分序列与TRANSFAC数据库中这三个转录因子的DNA结合位点一致,另外一些核酸保守序列可能为其他未知DNA结合蛋白的结合位点。这种核酸序列比对设计为分子生物学实验寻找和验证胰岛素DNA结合蛋白与核苷酸的结合位点提供了简单而实用的方法。     

栝楼种子中一种新型小分子核糖体失活蛋白——S—tric …

通过硫酸铵分级沉淀、ＣＭ－５２阳离子交换层析、Ｓｅｐｈａｃｒｙｌ Ｓ－１００凝胶过滤和ＦＰＬＣ Ｍｏｎｏ－Ｓ离子交换层析等步骤,从栝楼种子中分离到一种核糖体失活蛋白－－Ｓ－ｔｒｉｃｈｏｋｉｒｉｎ,经１５％ＳＤＳ－ＰＡＧＥ测定分子量为８ｋＤ左右,１３．５％聚丙烯酰胺凝胶酸性电泳结果显示其等电点在ｐＨ９．５左右。通过对大鼠肝核糖体作用的研究,表明Ｓ－ｔｒｉ－ｃｈｏｋｉｒｉｎ属于ＲＮＡ Ｎ－糖苷酶催化型     

乙型肝炎病毒表面抗原S和前S1融合基因转基因细胞系的建立与细胞性质的研究

构建了ｐＣＨＢＳＳＩＧ质料,其特点是ＣＭＶ立即早期启动子调控乙型肝炎（乙肝）表面抗原Ｓ＋前Ｓ１融合基因在前,ＳＶ４０早期启动子调控ＧＳ扩增基因在后,此质粒转化到ＣＨＯ－ｄｈｆｒ＾－细胞中,经克隆加ＭＳＸ及ＭＴＸ筛选、扩增,建立了７个高效表达乙肝表达抗原Ｓ及前Ｓ１融合蛋白细胞系ＧｄＳＳ１,并检测了其中ＧｄＳＳ１－１８细胞系的生物学特性,结果表明：未发现微生物污染,无致瘤性、遗传稳定,电镜下可观察到２     

S100A9参与乙型肝炎病毒X蛋白介导的HepG2细胞增殖与迁移

目的:探讨S100A9在乙型肝炎病毒X(HBx)介导的HepG2细胞增殖及迁移中的作用。方法:用表达HBx蛋白的重组腺病毒AdHBx感染HepG2细胞后,用CCK-8实验检测细胞增殖能力及划痕愈合实验检测细胞迁移能力;在HepG2/AdHBx细胞中转染S100A9-siRNA及其对照siRNA后,检测HepG2细胞增殖及迁移能力;在HepG2/Ad HBx和对照组HepG2/AdGFP细胞中,采用Real-time PCR及Western Blot检测S100A9基因及蛋白的表达情况;在HepG2/AdHBx细胞中,加入不同剂量的NF-κB抑制剂BAY11-7082后,检测各组中S100A9的基因及蛋白表达情况。结果:HBx促进HepG2细胞的增殖与迁移; S100A9-siRNA抑制S100A9的表达后,HBx促进HepG2细胞的增殖与迁移的作用降低,HBx介导的HepG2细胞的增殖与迁移部分依赖于S100A9; S100A9基因及蛋白表达在HepG2/AdHBx中较对照组HepG2/Ad GFP显著升高,HBx可致S100A9表达增加;抑制NF-κB转录活性后,AdHBx+BAY11-7082组S100A9基因及蛋白表达较对照组显著降低,阻断NF-κB转录活性可部分抑制HBx调控的S100A9表达。结论:HBx可调控S100A9的表达且与NF-κB活化有关,S100A9参与HBx介导的HepG2细胞的增殖与迁移。     

人骨形态发生蛋白—7全长cDNA的克隆及序列测定

从人胎儿肾中提取总ＲＮＡ,反转录得ｃＤＮＡ,ＰＣＲ扩增获得１．３ｋｂ的骨形态发生蛋白－７（ＢＭＰ－７）的全长ｃＤＮＡ。克隆的ＢＭＰ－７基因编码的氨基酸序列与献报道相同。     

木蓝根瘤菌的16S rDNA全序列分析及DNA—DNA杂交

通过数值分类,ＳＤＳ－全细胞蛋白电泳分析,对分离自西北黄土高原地区的木蓝根瘤菌进行了研究,获得了１个新类群。在此基础上,进行了中心菌株ＳＨＬ０４２的１６Ｓ ｒＤＮＡ全序列分析,得到系统发育树状图。ＳＨＬ０４２与Ｒ．ｔｒｏｐｉｃｉ Ａ、Ｒ．ｔｒｏｐｉｃｉ Ｂ、Ｒ．ｌｅｇｕｍｉｎｏｓａｒｕｍ、Ｒ．ｅｔｌｉ、Ｒ．ｈａｎａｎｅｓｉｓ、Ｒ．ｍｏｎｇｏｌｅｎｓｅ和Ｒ．ｇａｌｌｉｃｕｍ构成一个发育分支,其与这些     

细胞色素P450超家族蛋白质基于结构知识的序列联配

应用计算机程序对细胞色素Ｐ４５０蛋白２０个家族的代表序列进行初步多序列联配后,利用结构知识对匹配结果加以调整,调整的依据是Ｐ４５０蛋白二级结构特征和某些超二级结构特征的保守性,三维结构空间配置的保守性,在结构与功能重要残基的保守性,亲水和疏水片段的保守性。大量定点突变实验、选择性化学修饰实验、抗多肽抗体结合实验等能很好地确证该联配结果的正确性。联配结果对真核Ｐ４５０蛋白膜结合方式、活性位点残基分布、与氧化还原偶联蛋白有相互作用的残基的分布等作出了合理的推断。细胞色素Ｐ４５０超家族蛋白基于结构知识的序列联配的尝试对Ｐ４５０蛋白结构与功能关系研究提供了参考     

PEDV S蛋白B细胞抗原表位的筛选和鉴定

以猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)S基因的免疫优势区S1(1～2367bp)为靶基因,利用基于gⅢ表达外源多肽的fd丝状噬菌体展示系统,构建S1基因噬菌体展示肽库,以纯化病毒制备的兔抗PEDV多克隆血清为靶蛋白,对S1基因噬菌体展示肽库进行3轮生物淘选,结果获得3个高亲和力的序列,分别命名为S1P1(248～280位氨基酸)、S1P2(442～499位氨基酸)和S1P3(697～742位氨基酸).ELISA和蛋白质印迹结果显示,S1P1、S1P2和S1P3短肽都能被兔抗PEDV多克隆血清识别,其中S1P3反应性最强.为了进一步揭示S1P1、S1P2和S1P3短肽的抗原性,制备了3个短肽GST融合蛋白和它们串连后GST融合蛋白的单因子血清,间接免疫荧光试验(IFA)结果证实,抗S1P2-GST、S1P3-GST和S1P123-GST融合蛋白的单因子血清能够识别Vero细胞培养物中天然的PEDV.     

信号肽C—端和成熟蛋白N—端氨基酸序列的变化对α—淀粉酶分泌作用…

本文利用ｐＡｍｙ４１３质粒通过定点诱变技术,在α－淀粉酶基因的２８７和２９１位分别引入１个Ｇ和Ｃ,代替原来的Ｔ和Ｇ,构建成质粒ｐＡＭＹ４１３Ｂ使成熟的α－淀粉酶Ｎ－端＾７Ｌｅｕ＾８Ｍｅｔ变为＾７Ａｒｇ＾８Ｉｌｅ,ｐＡｍｙ４１３Ｌα－淀粉酶信号序列因引入１个多酶切点接头而比ｐＡｍｙ４１３的２９个氨基酸增加了１３个氨基酸,创造了１个新的信号肽酶Ｉ识别窗口Ａｌａ－Ｇｌｎ－ＡｌａＳｅｒ,利用计算机对该信号     

Q热立克次体中国株的16S—23S rDNA间区序列分析

用PCR扩增了7株中国分离株（七医、新桥、雅安、李、YS－8、YS－9和YH－11）和2株国株参考株（Henzerling和Grita）的16S－23S rDNA基因间区,对扩增产物进行了序列分析。结果发现它们仅在少数几个碱基位上有不同。在第60位上3个云南分离株YS－8、YS－9、YH－11和Grita株与Stein等报道的序列（包括九里、其它国际参考株和一些法国临床分离株）的碱基序列一致,为“C”;其他5株为“A”,此位点的不同可能与适应不同的地理环境相关。另外,YS－9株在第8和208位、新桥株在第432位也分别出现缺失,可能与适应不同的动物宿主或在实验室传代情况不同有关。     

葡萄扇叶病毒外壳蛋白基因的克隆,序列分析及其在大肠杆菌中…

通过ＲＴ－ＰＣＲ方法把葡萄扇叶病毒（ＧＦＬＶ）外壳蛋白基因（ＣＰ ｇｅｎｅ）分成两部分扩增,扩增产物克隆入ｐｇＥＭ－５Ｚｆ（＋）载体,并通过ＢｇｌⅡ位点连接成一完整的外壳蛋白基因,通过序列分析测得全长外壳蛋白基因为１５１２ｂｐ,编码５０４个ＡＡ＇ｓ与国外株系ＧＦＬＶ－Ｆ１３相比,核苷酸同源性为８８．４％,氨基酸同源性为９５．８％。并且这一外壳蛋白基因在大肠杆菌Ｅ． ｃｏｌｉＤＨ－５α中得到了表达。